Nagsimula ang nobela sa pagbabalik ni Crisostomo Ibarra sa Pilipinas mula sa Europa.

Dahil dito,
at dahil din kasintahan ni Ibarra si Maria Clara, nagdaos ng isang piging si Kapitan Tiyago kung saan
inanyayahan niya ang ilang mga sikat na tao sa kanilang lugar. Sa piging, ilang beses binastos ni Padre
Damaso si Ibarra pero nanatili itong magalang at nagdahilan na lang siyang may mahalagang gagawin
para makaalis.

Isang gabi, habang naglalakad si Ibarra ay nakita siya ni Tinyente Guevarra na nagsalaysay ng
buong pangyayari tungkol sa pagkamatay ng kaniyang ama na si Don Rafael. Ayon sa tinyente,
inakusahan ang don ni Padre Damaso na erehe o pilibustero. Erehe ito ‘yung tawag sa mga taong hindi
sumusunod sa simbahan at pilibustero sa mga taong sumasalungat sa utos ng pamahalaan. Ngunit ang
totoo, nagsimula lang naman daw ang lahat sa pagtatanggol ni Don Rafael sa isang bata sa kamay ng
isang maniningil ng buwis na hindi sinadyang nabagok ang ulo kaya namatay.

Nang malaman ito ni Ibarra, imbes na maghiganti ay ipinagpatuloy na lamang niya ang
nasimulan ng kaniyang ama kaya nagpatayo siya ng paaralan. Noong babasbasan na ang itinayong
paaralan, muntik ng mapatay si Ibarra kung hindi siya iniligtas ni Elias

Pagkatapos non, nagkaroon muli ng kainan sa bahay ni Kapitan Tiyago dahil darating ang
Heneral. Nandoon si Ibarra at huling dumating si Padre Damaso. Pagdating nito, pinagdiskitahan niya
agad si Ibarra, kung ano anong masasamang bagay ang sinabi niya hanggang sa maungkat ang nangyari
kay Don Rafael na lubos na ikinagalit ni Ibarra to the point na muntik niyang masaksak si Padre Damaso.
Pero nandoon naman si Maria Clara kaya napigilan din ito.

Dahil sa ginawa ni Ibarra na ito, natiwalag siya sa Arsobispo ng simbahan, siya ay nagging
eskomulgado. Ito yung pagtatakwil sa isang tao sa relihiyon dahil sa hindi pagsunod sa simbahan.
Sinamantala ito ni Padre Damaso para ipagkasundo si Maria Clara sa isang binatang kastila na si Linares.

Sa kabilang banda, muli na namang napagbintangan si Ibarra na nanguna raw siya sa pagsalakay
sa kuwartel kaya hinuli na naman siya. Pero ang totoo, wala naman talagang kinalaman dito si Ibarra
dahil nang kausapin siya ni Elias na pamunuan ang pag-uusig ay tumanggi ito.

Magkaiba kasi ang pananaw ng dalawa, si Elias mas radikal kumpara kay Ibarra. Gusto ni Elias na
magkaroon ng rebolusyon, gusto niyang pabagsakin ang sistema, completely. Si Ibarra naman, gusto
niya pa ring itaguyod ang reporma, naniniwala kasi siya na kinikilala na ng gobyerno ang korupsiyon sa
simabahan at hindi kailangang pabagsakin ang sistema completely kasi mayroon pa rin naman daw itong
magandang naidudulot. Pero ayon sa nobela rin sa pagkakaalam ko nagbago naman nag pananaw ni
Ibarra nang akusahan siya na siya nga ‘yung namuno sa pag uusig na nangyari. Sabi niya, nabuksan daw
ang mga mata niya na nagtulak sa kaniya upang maging radikal na rin.

Going back, wala naming nakapagsabi na kasabwat si Ibarra sa kaguluhang naganap pero ang
liham niya kay Maria Clara na nakuha sa dalaga dahil tinakot ito, ang nagdiin sa kaniya.

Nakatakas si Ibarra sa kulungan sa tulong ni Elias. Bago siya tuluyang umalis, dumaan siya kay
Maria Clara na noon ay nakatakdang ikasal kay Linares. Dito natuklasan ni Ibarra na ang liham na ginamit
upang siya ay idiin ay panggigipit ni Padre Salvi kay Maria Clara upang hindi nito ibunyag ang totoo
niyang pagkatao, na siya ay anak ni Padre Damaso. Wala umanong nagawa si Maria Clara kaya ibinigay
na lamang niya ito.

Matapos iyon, tumakas na sina Ibarra at Elias sakay ng bangka. Pinahiga ni Elias si Ibarra at
tinabunan ito ng mga damo para mapagkamalan na iisang tao lamang ang sakay ng bangka. Hinabol sila
ng mga guwardiya sibil at sila’y pinagbabaril. Naisip ni Elias na iligaw ang mga guwardiya, tumalon siya at
ayon pinagbabaril siya hanggang mamatay.

Bago mamatay si Elias, natunton niya ang gubat at doon niya nakita si Basilio kasama ni Sisa na
patay na rin. Nakiusap si Elias na sunugin ang kaniyang bangkay kasama ng kay sisa. Inihabilin din ni Elias
ang kayamanan na kaniyang ibinaon sa kagubatan na kunin ni Basilio at gamitin para sa kaniyang pag
aaral at kinabukasan.
 Nakarating ang balita kay Maria Clara, akala nila si Ibarra yung namatay. Iyon ang naging dahilan
para umatras siya sa kasal nila ni Linares at para pumasok siya sa kumbento para mag mongha.