Ders Adı Enzim kinetikleri

Ders Prof.Dr. N.Nuray Ulusu

Sorumlusu
Ders Üç saat

Süresi
Dersin Dersin amacı: Enzim kinetiğinin hakkında genel bilgiye sahip olmak.

Amacı ve Öğrenim Hedefleri: Terminoloji:: Hız, ilk hız, enzim substrat kompleksi, Vm,
Km,
Öğrenim KM, Michaelis sabiti, Vmax, maksimum hızı tanımlayabilmek
Michaelis-Menten kinetik mekanizmasını v’ye karşı [S] grafiğini çizebilmek
Hedefleri Grafik üzerinden Vm, Km değerlerini gösterebilmek,
Lineweaver-Burk grafiğini çizebilmek
Grafik üzerinden Vm, Km değerlerini gösterebilmek,
Michaelis-Menten ve Lineweaver-Burk grafiğinden inhibisyon tiplerini
tanımlayabilmek.
Substrat inhibitör derişimlerinin kompetetif inhibisyon tipine etkisini
gösterebilmek.
Enzim aktivitesine toksik maddelerin ve ağır metallerin etkisini gösterebilmek.
İnhibisyon tiplerini açıklayabilmek

Ders İçeriği
Enzim hızına etki eden faktörler
Enzim derişimi
Substrat derişimi
Sıcaklık
pH
Tuz
Aktivatörler
İnhibitörler

Enzim derişimi:

↑ enzim= ↑ tepkime hızı

Çok enzim = daha sık substrat ile çarpışmak
Tepkime hız düzeyi
Substrat hız kısıtlayıcı faktör

Substrat derişimi:

Enzim derişimini sabit tutup [S] derişimi artırdığınızda hız artar, Ama
Maksimum hıza bütün enzim ES molekülleri substrat S ile bağlandığında
ulaşılır.(ES formunda).

Sıcaklık:

Birçok enzimin optimum sıcaklığı yaklaşık olarak 30°C.

Birçok balık ise enzimleri denatüre olduğu için 30°C sıcaklıkta ölürler.

1
Bazı bakteriler ise 100°C sıcakılğa dayanabilirler.
Birçok enzim 70°C de tamamen denatüre olur.
Çünkü yüksek sıcaklıklarda proteinler danatüre olur.
Enzim aktivitesine etkileri
– Optimum T°
En fazla sayıda molekülün çarpıştığı sıcaklık
İnsan enzimleri = 35°- 40°C (vücut sıcaklığı = 37°C)
– Optimum sıcaklığın üstündeki sıcaklıklar T°
Moleküllerin çarpışmalarının artması bağları bozar
– H, iyonik = zayıf bağlar
denatürasyon = 3 boyutlu yapının bozulması
– T°Düşmesi
Moleküller yavaş hareket eder
Çarpışma azalır
pH:

• Enzim hızına etkisi

protein şekli (konformasyonu)
Yüklü amino asitlerin çekimi
– pH değişimi
Yüklerin değişimi (H+ ilave edilmesi veya çıkması )
Bağların bozulması
– 3° boyutlu yapının bozulması
– Birçok insan enzimi = pH 6-8
Koşulların değişmesi
pepsin (mide) = pH 3
tripsin (ince barsak) = pH 8
Tuz derişimi:

Enzim hızını, şeklini (konformasyonunu), amino asitlerin yüklerini etkiler.

[inorganik iyonlar], yükler değişir.
( + veya – yükler ilave edilir.)
Bağlar bozulur, 3 boyutlu yapı bozulur.
Enzimler ekstrem tuza dayanıksızdır.
Ölü deniz bu nedenle ölü deniz olarak adlandırılır.

Aktivatörler

Aktivatörler enzime veya enzim-substrat kompleksine bağlanarak enzim

aktivitesini artıran moleküllerdir.
Metal iyonları
Essensiyal aktivatörler: olmazsa enzimatik aktivite olmaz
hekzokinaz için Mg2+
Esansiyel olmayan aktivatörler: katalitik gücü artırır.

İnhibitörler:

Enzim aktivitesinin regülasyonu

– Diğer moleküller enzim aktivitesini etkiler
Seçici inhibisyon & aktivasyon

2
 – kompetitif inhibisyon
– nonkompetitif inhibisyon
– unkompetitif inhibisyon
– Karışık tip inhibisyon
– Geridönüşümsüz inhibisyon
– Geri beslemeli feedback inhibisyon

Enzim inhibitörleri:

Spesifik enzim inhibitörleri enzim aktivitesini regüle eder. Enzim çalışma

mekanizmasının aydınlatılmasına yardımcı olur. (denatüre edici ajanlar
inhibitör değildir)
• Geri dönüşümsüz inhibitörler: Enzimin aktif merkezinde kovalent veya çok
sıkı bağlar ile aa’lere bağlanır ve enzimi inhibe eder.
3 sınıfta toplanır:
grupspesifik,
substrate analogları,
intihar inhibitörleri

Allosterik enzimler:

Allosterik enzimlerin bir veya daha fazla sayıda allosterik bölgeleri vardır.
Allosterik bölgeler enzimin substratını bağladığı bölgeden daha farklı bir
bölgedir.
Allosterik bölgeye bağlanan moleküllere etkileyici veya modülatör molekül
denir.
Allosterik bölgeye bağlanma enzimin aktivitesini değiştirir. Buna kooperatif
(işbirliği) yapan bağlanma denir. Allosterik enzimler Vo karşı [S] grafiklemesi
yapıldığında sigmoidal grafik verir.
Allosterik moleküller pozitif veya negatif olabilir.
Etki eden moleküller homotropik veya heterotropik olabilir.
Metabolik yollardaki kontrol enzimleri allosterik enzimlerdir. (feedback
inhibition)

Homotropik modülatör: Substrat enzimin hedef enzimin regülatör

molekülüdür. Enzimin aktivatörüdür.

Heterotropik modülatör: enzimin substratı değildir. Fakat enzimin aktivatörü

veya inhibitörüdür.

Allosterik enzimler multi-sub unit proteinlerdir.

Allosterik modülatör geri dönüşümlü olarak bağlanır.
M= pozitif modulator substrat bağlanmasını etkiliyor.

Kinetik: Hızın değişmesinin

- Enzim kinetikleri: enzimler kimyasal tepkimelere aracılık ederler.

Enzimler aktivasyon enerjisini düşürerek tepkimenin hızını artırırlar tepkimenin
hızını artırırlar.

3
Michaelis-Menten kinetiği

1. [S] << Km
vo = (Vmax / Km )[S]
2. [S] = Km
vo = Vmax /2
3. [S] >> Km
vo = Vmax

Enzim aktivitesinin ölçümünde ilk hızın önemi

İlk hız ile çalışıldığında vo

1. Ters tepkime reverse reactions
2. Ürün inhibisyonu gibi komplikasyonlar ile uğraşmazsınız.

Lineweaver-Burk grafiklemesi

Yarışmalı inhibitörler:

Enzime bağlanmak için substrat ile yarışırlar.

•E + S = ES veya E + I = EI .

S ve I enzime aynı anda bağlanamaz

•Vmax değişmez, Km artar (1 + I/Ki)

•Ör: AZT, antibacterial sulfonamides, antikanser ilaçlardan methotrexate vb.

Non-kompetetif inhibitörler:

İnhibitör bağlanma bölgesi substrat bağlanma bölgesinden farklıdır. Bu nedenle

inhibitör serbest E ve ES kompleksine bağlanabilir.

E + I = EI, ES + I = ESI or EI + S = ESI

EI ve ESI enzymatik olarak inaktifdir

[S] derişimini artırarak inhibisyon engellenmez.

Km değişmez, Vmax düşer (1 + I/Ki)

4
 Unkompetetif inhibitörler:

İnhibitör enzime doğrudan bağlanamaz fakat enzim-substrat kompleksine

bağlanır.

ES + I = ESI

Vmax ve Km düşer (1+I/Ki).

Kaynaklar Nelson, DL, Cox MM, Lehninger: Principles of Biochemistry, 4. edition, WH

Freeman and Co., New York, 2008

Voet D,Voet JG, Biochemistry 4 ed., John Wiley and Sons, Inc.NJ, 2011.

Berg JM, Tymoczkom JL, Stryer L, Biocjemistry, 5.ed., W.H. New York: W H
Freeman; 2002

Mathews CK, Van Holde KE Biochemistry, 2 nd ed., The Benjamin/cummings

Publishing Co.CA, 1995.