Üre Döngüsü

Transaminasyon & Üre Döngüsü

• Nitrojen atomları üreye iki kaynaktan dahil edilir: Glutamat ve Aspartat:
• Amino asitlerdeki amino gruplarının bir keto asit karbon iskeletinden
diğerine transferi; bu reaksiyonlara katılan birincil keto-asit alıcılarının (α-
ketoglutarat ve oksaloasetat) ve bunların ürünlerinin (glutamat ve aspartat)
üre sentezi için azot temini için gereklidir, çünkü; üre içindeki iki nitrojen
atomu, yalnızca bu iki amino asitten türetilir.
• Esas olarak glutamattan, glutamat dehidrojenaz (GDH) reaksiyonu yoluyla
üretilen amonyak, üre döngüsüne karbamoil fosfat olarak girer.
• Üre için ikinci azot, aspartat tarafından sağlanır. Fumarat bu işlemde
üretilir. Fumarat ya Krebs (TCA) döngüsü yoluyla başka bir amino grubunu
kabul edebilen ve üre döngüsüne yeniden girebilen, oksaloasetata geri
çevrilebilir veya enerji metabolizması veya glukoneojenez için
kullanılabilir.
 Transaminasyon & Üre Döngüsü
• Fumarat üretimi, üre döngüsünü (nitrojen metabolizmasını), TCA
döngüsüne ve hücresel enerji metabolizmasına bağlar.
• Amino gruplarının diğer amino asitlerden glutamata ve aspartata akıtılması,
üre döngüsünde üre sentezi için nitrojen kaynağı sağlar.
• Üre sentezi için azot (amino grubu) sağlayan temel kaynak transaminaz
reaksiyonlarıdır (transaminasyon).
• Amino asit oksidaz (oksidatif deaminasyon) veya dehidratazların (non-
oksidatif deaminasyon) katkısı nispeten daha küçüktür.

Transaminasyon
& Üre döngüsü
1
1. Çoğu amino asit, üre
döngüsüne, α-amino
gruplarının oksaloasetat
(1a) veya α-ketoglutarat’a
(1b) aktarılması yoluyla
sırasıyla aspartat (1a) veya
glutamat (1b) olarak 1b
girerler.
2. Üre sentezi için birinci
azot, Oksaloasetat’tan
Aspartat’a transfer edilen
amino grubundan gelir.
3. Karaciğerde, glutamat dehidrogenaz (GDH)
enzimi ile Glutamat’tan amonyak salınır.
6
1a 2
5
6
4
4. Amonyak, karbamoil fosfat
sentetaz-I (CPS I) enzimi ile
karbamoil fosfata dahil edilir.
5. Sitrülin, üre sentezi için ikinci
3 azotu sağlamak üzere Aspartat ile
birleşir.
6. Oksaloasetat ve α-ketoglutarat,
bu yolda aynı amaçla tekrar tekrar
geri dönüştürülebilir.
 Üre Döngüsünde Glutaminin Temel Rolü
• Amonyak, glutamine aktarılarak detoksifiye edilir, sonra üreye çevrilir.
• Glutamat, amino gruplarını GDH’a taşıma rolü yanında glutaminin de bir
öncüsü olarak amonyak molekülünün tüketilmesini sağlar.
• Bu önemlidir, çünkü; glutamin, alanin ile birlikte, çeşitli dokular ve
karaciğer arasında amino gruplarının önemli bir taşıyıcısıdır ve kandaki
diğer amino asitlerin çoğundan daha yüksek konsantrasyonlarda bulunur.
• Aynı karbon iskeletinin üç formu - α-ketoglutarat, glutamat ve glutamin -
aminotransferazlar, glutamin sentetaz, glutaminaz ve GDH enzimleri
yoluyla birbirine dönüştürülür.
• Böylece glutamin; amonyak kullanımı için bir tampon, bir amonyak
kaynağı ve bir amino grup taşıyıcısı görevi görür.
 Glutaminin temel rolü: Glutamat, glutamin ve α-ketoglutarat ilişkisi

Glutamik asidin karbon iskeletinin

çeşitli formları, amino gruplarının
metabolizmasında anahtar rollere
sahiptir.
(A) Aynı karbon iskeletinin üç formu.
(B) Glutamat dehidrojenaz, tersine
çevrilebilir bir reaksiyon ile -
ketoglutarattan glutamat üretilebilir
veya glutamatı α-ketoglutarata ve
amonyağa dönüştürebilir, bu ikinci
reaksiyon, üre sentezinde önemlidir
çünkü amino grupları, diğer amino
asitlerden transaminasyon yoluyla α-
ketoglutarata aktarılır.
Glutaminin temel rolü Glutamat, glutamin ve α-ketoglutarat ilişkisi

(C) Glutamin sentetaz, amino

gruplarının bir dokudan diğerine
taşınmasında anahtar rol oynayan enerji
gerektiren bir reaksiyonu katalize eder;
ayrıca dokulardaki serbest amonyağın
yüksek konsantrasyonlarına karşı bir
tampon sağlar.
(D) Glutaminaz: Nitrojen için glutamin
taşıma sisteminin ikinci yarısı, glutamini
glutamat ve amonyağa hidrolize eden
glutaminaz enzimidir. Bu reaksiyon
böbrekte proton taşınmasının yönetimi
ve pH kontrolü için önemlidir.
 Amonyak Dengesi
• Amonyak oldukça zehirli
olduğu için üretimi ve
kullanımı arasında bir
denge sağlanmalıdır.
• GDH reaksiyonu; fizyolojik
koşullar altında tersine
çevrilebilir ve amino asit
sentezi ve diğer
biyosentetik işlemler için
amino grupları gerekliyse
AMONYAK METABOLİZMASINDA DENGE
reaksiyon ters yönde Serbest amonyak üretimi ve kullanımı arasındaki denge, sağlığın korunması
çalışabilir. için kritiktir. Bu reaksiyonların çoğu birçok dokuda meydana gelse de üre
sentezi ve üre döngüsü karaciğer ile sınırlıdır. Glutamin ve alanin, çevresel
dokulardan karaciğere nitrojenin birincil taşıyıcıları olarak işlev görür.
 Üre döngüsü & Metabolizma

• Üre, insanlarda
azotun başlıca atılım
ürünüdür.
• Vücuttaki fazla azot,
başlıca karaciğerdeki
üre döngüsü ile atılır.
• Kreatinin, amonyum
iyonu ve ürik asit ile
de azot atılır.
 Üre döngüsü & Metabolizma
• Üre döngüsü, karbamoil fosfat
sentezi ile başlar.
• Karbamoilfosfat, karaciğer
mitokondrilerinde CO2 (bikarbonat
olarak) ve amonyum iyonundan Karbamoil fosfat sentezi
üretilir [Amonyum iyonu Amonyaktan gelen ilk
azot, üre döngüsüne
glutamattan (GDH) gelir]. karaciğerde karbamoil
fosfat sentetaz-I enzimi ile
• Bu reaksiyon, iki ATP molekülü sentezlenen karbamoil
fosfat olarak girer.
gerektirir ve mitokondriyal matrikste
yüksek konsantrasyonda bulunan
karbamoil fosfat sentetaz-I enzimi
tarafından katalize edilir.
 Karbamoil fosfat sentetaz enzimleri
metabolizmada anahtar rollere sahiptirler.
• Karbamoil fosfat sentetaz-I (CPS I) mitokondride ve
öncelikle karaciğerde; Karbamoil fosfat sentetaz-II
(CPS II) ise sitozolde ve tüm dokularda bulunur.
• Her ikisinin de ürünü karbamoil fosfat olsa da farklı
genlerden türetilir ve CPS I üre sentezinde, CPS II
ise pirimidin biyosentezinde işlev görür.
• CPS I’in azot kayağı NH3 iken CPS II’nin glutamindir,
• CPS I, N-asetilglutamat kofaktöre ihtiyaç duyar.
• Normalde, CPS I ve II bağımsızdır ve farklı hücresel
bölmelerde işlev görürler; ancak, üre döngüsü
engellendiğinde (ornitin transkarbamoilaz eksikliği
gibi), biriken mitokondriyal karbamoil fosfat,
sitozolik bölmeye dökülür ve aşırı pirimidin
sentezini uyararak, kan ve idrarda orotik asit
birikmesine neden olabilir.
 Üre döngüsü enzimleri
• Üre döngüsü, karbamoil fosfat sentezi ile başlar. Karbamoilfosfat,
karaciğer mitokondrilerinde CO2 (bikarbonat olarak) ve amonyum
iyonundan üretilir [Amonyum iyonu glutamattan (GDH) gelir]. Bu
reaksiyon, iki ATP molekülü gerektirir ve mitokondriyal matrikste
yüksek konsantrasyonda bulunan karbamoil fosfat sentetaz-I enzimi
tarafından katalize edilir.
• Ornitin transkarbamoilaz, sitrülini üretmek için karbamoil fosfat ile
bir amino asit olan ornitinin birleşmesini katalize eder.
• Buna karşılık sitrülin, argininosüksinat oluşturmak için aspartat ile
birleştirilir. Bu aşama argininosüksinat sentetaz tarafından katalize
edilir ve hem ATP hem de aspartik asit gerektirir; reaksiyon ATP'yi
adenozin monofosfata (AMP) ve inorganik pirofosfata (PPi; 2 ATP
eşdeğeri) böler.
• Argininosüksinatın oluşumu, üreye yönelik ikinci nitrojen atomunu
sağlar. Argininosüksinat, argininosüksinaz (Argininosüksinat liyaz)
tarafından arginin ve fumarata bölünür ve arginin daha sonra üre ve
ornitin vermek üzere arginaz tarafından bölünür, böylece döngü
tamamlanır.
• Ornitin ve fumarat sırasıyla üre döngüsüne ve TCA döngüsüne
yeniden girebilirken, üre kana verilir, böbreğe taşınır ve idrarla atılır.
 Üre döngsü enzimleri
Enzim Reaksiyon Açıklama Ürün

Karbamoil fosfat Amonyak + CO2 Amino asitlerden salınan amonyağı sabitler, 2 ATP
sentetaz-I (HCO3) → kullanır, eksikliği kanda yüksek amonyak
(mitokondri) Karbamoil fosfat konsantrasyonlarına ve ilgili toksisiteye yol açar.

Ornitin Transferaz enzimidir, inorganik fosfatı (Pi) serbest

Ornitin + Karbamoil
transkarbamoilaz bırakır, eksikliğinde kanda amonyak ve orotik asit
fosfat → Sitrülin
(mitokondri) yükselir, karbamoil fosfat pirimidin sentezine yönlenir.

Argininosüksinat Sitrülin + Aspartat Ligaz enzimidir, ATP gerektirir, ATP'yi AMP + PPi'ye
sentetaz → böler, eksikliğinde kanda amonyak ve sitrülin düzeyi
(sitoplazma) Argininosüksinat yükselir.

Argininosüksinat →
Argininosüksinaz Liyaz enzimidir, eksikliği; kanda yüksek amonyak ve
Arginin +
(sitoplazma) sitrülin konsantrasyonlarına yol açar.
Fumarat

Hidrolaz enzimidir, öncelikle karaciğerde bulunur,

Argininaz Arginin → eksikliğinde kan amonyak (orta derecede) ve arginin
(sitoplazma) Ornitin + Üre düzeyleri yükselir. Ürünlerden, üre idrarla atılır, ornitin
ise yeniden üre döngüsüne girer.
 Üre biyosentezi
• Üre oluşumuna katkıda bulunan
nitrojen içeren gruplar gölgelidir.
• Reaksiyon 1 ve 2 karaciğer mitokondri
matriksinde, reaksiyon 3, 4 ve 5 ise
karaciğer sitozolünde meydana gelir.
• CO2 (bikarbonat olarak), amonyum
iyonu, ornitin ve sitrülin;
mitokondriyal matrikse, karaciğer
mitokondrisinin iç zarında bulunan
belirli taşıyıcılar (kırmızı noktalar)
yoluyla girer.
• Karaciğerdeki üre döngüsünü beş enzim katalize
eder. NH4+'ı karbamoil fosfat olarak sabitleyen
birinci enzim, karbamoil fosfat sentetaz-I, üre
sentezinde düzenleyici enzimdir ve allosterik
efektör olarak N-asetilglutamata duyarlıdır.
Üre biyosentezi
Üre döngüsü, mitokondriyal matriks ve
sitozol arasında bölünür
• Üre döngüsünün ilk iki adımı
mitokondride gerçekleşir. Mitokondride
oluşan sitrülin, daha sonra belirli bir pasif
taşıma sistemi ile sitozole geçer.
• Üre döngüsü, sitozolde argininden üre
salınımı ve ornitin rejenerasyonu ile
tamamlanır. Ornitin, mitokondriyal zardan
geri taşınır ve döngüye devam eder. • Üre sentezi hemen hemen
• Argininosüksinaz aşamasında salınan sadece karaciğerdedir, arginaz
fumarat, mitokondriye girer ve TCA enzimi diğer dokularda
döngüsündeki enzimler (aminotransferaz, bulunmasına rağmen, rolü
vs.) ile oksaloasetata ve sonunda muhtemelen üre sentezinden
aspartata geri dönüştürülerek üre çok poliamin sentezi için
döngüsünün ikinci bölümünü tamamlanır. ornitin sağlamaktır.
 Amonyak toksisitesi: AMONYAK ANSEFALOPATİSİ
• Amonyak toksisitesiyle ilgili mekanizmalar - özellikle ensefalopati - iyi
tanımlanmamıştır. Bununla birlikte, kanda ve diğer biyolojik sıvılarda
konsantrasyonu oluştuğunda, amonyağın hücrelere ve kan-beyin bariyerini
aşarak yayıldığı açıktır.
• Amonyaktaki artış, α-ketoglutarattan glutamat sentezinin artmasına ve
glutamin sentezinin artmasına neden olur. Bu, hücrelerde normal bir
detoksifikasyon reaksiyonu olmasına rağmen, amonyak konsantrasyonları
önemli ölçüde arttığında, CNS hücrelerindeki a-ketoglutarat kaynakları
tükenebilir, bu da TCA döngüsünün inhibisyonuna ve ATP üretiminde bir
azalmaya neden olabilir.
• Kan amonyak konsantrasyonları yüksek olan bireylerde gözlemlenen tuhaf
davranışları açıklayan ek mekanizmalar olabilir. Glutamat, majör bir
inhibitör nörotransmiter veya türevi γ-amino butirik asitteki (GABA)
değişiklikler de CNS etkilerine katkıda bulunabilir.
Üre döngüsünün düzenlenmesi
• N-asetilglutamat ve arginin (dolaylı olarak), üre döngüsünün önemli allosterik
düzenleyicileridir.
• Üre döngüsü, karbamoil fosfat sentetaz-I’in temel allosterik aktivatörü olan
(kofaktörü) N-asetilglutamat düzeyinin kontrolü ile düzenlenir.
• Arginin; N-asetilglutamat üreten N-asetilglutamat sentaz enziminin allosterik bir
aktivatörüdür ve ayrıca üre döngüsü için bir ornitin kaynağıdır (arginaz yoluyla)
bu yüzden arginin üre sentezinde ikincil düzenleyici faktördür.
• Üre döngüsü enzimlerinin kan düzeyleri yüksek veya düşük proteinli diyetlere
yanıt olarak artar veya azalır.
• Protonları idrara salma mekanizması olarak asidoz sırasında üre sentezi ve atılımı
azalır ve NH4 + atılımı artar.
• Son olarak, açlık sırasında proteinler glukoneogenez için kullanılan serbest amino
asitlere parçalanır. Açlık sırasında protein degradasyonundaki artış, salınan
azotun atılması için bir mekanizma olarak artan üre sentezi ve atılımı ile
sonuçlanır.
Üre Metabolizması Bozuklukları
• Üre döngüsünün herhangi bir enzimindeki kusurun ciddi sonuçları vardır. Üre
döngüsündeki ilk dört enzimden herhangi birinde kusurla doğan bebekler doğumda
normal görünebilir, ancak hızla uyuşuk ve hipotermik hale gelir ve sıklıkla nefes almada
güçlük çeker. Kan amonyak düzeyi hızla artar ve bunu beyin ödemi izler. Semptomlar,
döngüdeki erken enzimler etkilendiğinde en şiddetlidir; hiperamonyakemi, beyin
ödemi, koma ve ölüme yol açabilir.
• Ornitin transkarbamoilaz eksikliği, bu üre döngüsü kusurlarının en yaygın olanıdır ve
X'e bağlı bir kalıtım modeli gösterir. Üre döngüsü ile ilişkili bilinen diğer kusurlar
otozomal resesiftir.
• Döngüdeki son enzim olan arginaz eksikliğinde semptomlar daha hafiftir, ancak yine de
kanda arginin düzeyleri artar ve amonyak orta derecede bir artış gösterir.
• Kan amonyak düzeyi yüksek olan kişilere hemodiyaliz, ardından sıklıkla intravenöz
sodyum benzoat ve fenilasetat uygulanır.
 Üre Metabolizması Bozukluğu &
Herediter Hiperamonyakemi (ornitin transkarbamoilaz eksikliği)
• Hasta Öyküsü: Görünüşe göre sağlıklı 5 aylık bir kız bebek, periyodik kusma
nöbetleri ve kilo alamama şikayeti ile bir çocuk doktorunun ofisine getirildi. Anne
ayrıca çocuğun sinirlilik ve uyuşukluk dönemleri arasında gidip geldiği bildirildi.
Sonraki inceleme ve laboratuvar sonuçları; anormal bir elektroensefalogram
(EEG), belirgin şekilde artmış plazma amonyak konsantrasyonu (323 mmol/L,
550 mg/dL; normal aralık 15–88 mmol/L, 25-150 mg/dL) ve artmış glutamin
düzeyi ancak düşük sitrülin düzeyleri olduğunu gösterdi. Bir pirimidin nükleotid
öncüsü olan orotik asit, idrarda tespit edildi.
• Yaklaşım: Bebek hastaneye kaldırıldı ve intravenöz benzoat ve fenilasetat ile
birlikte arginin ile tedavi edildi. Benzoat ve fenilasetat, nitrojen içerikleri ile
birlikte idrarla atılan glisin ve glutamat konjugatlarına metabolize edildiğinden,
arginin artık üre döngüsü aktivitesini uyarır. Bebek hızla iyileşti ve hastaneden
arginin takviyesi ile düşük proteinli diyetle taburcu edildi. Hastanın karaciğer
biyopsisi, karaciğer ornitin transkarbamoilaz aktivitesinin normalin yaklaşık
%10'u olduğunu gösterdi.
 Yenidoğanlarda Amino Asit Metabolizma Kusurlarının Taranması
• Günümüzde çoğu gelişmiş ülkede, yeni doğan bebeklerin kanından bir
damla rutin olarak filtre kağıdında toplanmakta ve kalıtsal metabolik
hastalıkların taranması için test edilmektedir. Test edilen belirteç sayısı
genellikle 10 ila 30 arasında değişir.
• Aynı anda birden fazla belirtecin seviyesini ölçmek için gaz veya sıvı
kromatografisi - kütle spektrometrisi kullanılır. Bu teknoloji ile kurumuş kan
lekelerinden 20 veya daha fazla belirteç (amino asitler veya ara ürünler)
hızlı bir şekilde taranabilir. Bu doğuştan metabolik hastalığı olan bebeklerin
tanısının konulmasında önemlidir. Aynı zamanda idrar örneklerinde de
tarama (ölçüm) yapılabilir.
Parkinson hastalığı & Amino asit deaminasyonu
• Hasta Öyküsü: Sağlıklı, 60 yaşındaki bir adam, dinlenirken ve televizyon izlerken ara sıra sol kolunda bir
titreme fark etti. Ayrıca sol bacağında ara sıra kas krampları olduğunu fark etti ve eşi ara sıra transa
benzer durumları fark etti. Tam bir fizik muayene ve bir nörologla yapılan konsültasyon ile Parkinson
hastalığı teşhisi konuldu. L-DOPA (L-dihidroksifenilalanin) ve bir monoamin oksidaz inhibitörü (MAOI)
içeren bir ilaç reçete edildi. L-DOPA, nörotransmiter dopaminin bir öncüsü iken, monoamin oksidaz,
dopaminin oksidatif deaminasyonundan ve degradasyonundan sorumlu enzimdir. Semptomları hemen
düzeldi, ancak yavaş yavaş istem dışı hareket ve davranışlar veya ruh hali sorunları dahil olmak üzere
ilaçlardan kaynaklanan önemli yan etkiler yaşadı.
• Yorum: Parkinson hastalığı, substantia nigra ve locus ceruleus'ta dopamin üreten hücrelerin ölümünden
kaynaklanır. İlaç semptomları önemli ölçüde azaltabilse de, hastalık ilerleyicidir ve ciddi sakatlığa neden
olabilir. Dopaminerjik agonistlerin sıklıkla yan etkileri vardır ve titreme üzerinde sınırlı etkileri vardır, bu
nedenle derin beyin stimülasyonu veya ablasyon gibi diğer tedaviler seçilmiş vakalarda kullanılır.
Monoamin oksidaz ayrıca beyindeki diğer aminlerin deaminasyonunda rol oynar, bu nedenle
monoamin oksidaz inhibitörlerinin (MAOI) birçok istenmeyen yan etkisi vardır.
 Azot (nitrojen) dengesi
• Azotun gıdalarla alınması ve sentezi dikkatli bir denge ile korunur. İnsanlarda
nitrojen veya amino bileşiklerinin önemli bir depolama biçimi olmadığından,
nitrojen metabolizması oldukça dinamiktir.
• Ortalama, sağlıklı bir diyette, protein içeriği, protein sentezi için esansiyel
olan ve olmayan amino asitleri sağlamak için gereken miktarı aşar ve atılan
nitrojen miktarı, yaklaşık olarak alınan miktara eşittir. Böyle sağlıklı bir
yetişkinde "nötr nitrojen dengesi" vardır.
• Travma sonrası iyileşme veya hızla büyüyen bir çocukta olduğu gibi protein
sentezine ihtiyaç artığından amino asitler yeni protein sentezi için kullanılır
ve idrarla atılan azot miktarı diyette tüketilenden daha azdır; birey "pozitif
azot dengesi" içinde olacaktır.
Azot (nitrojen) dengesi
• Protein yetersizliğinde (malnütrisyon): Temel vücut proteinlerinin
sentezleme ihtiyacı nedeniyle, diğer proteinler, özellikle kas proteinleri
yıkılır ve diyetle alınandan daha fazla nitrojen kaybedilir. Böyle bir bireyin
"negatif nitrojen dengesi" içinde olduğu söylenebilir.
• Açlık, starvasyon ve zayıf kontrol edilen diyabet gibi durumlar vücut
proteinlerinin amino asitlere indirgenmesine ve karbon iskeletlerinin
glikoneogenez için kullanılmasına sebep olmaları nedeniyle negatif nitrojen
dengesi ile de karakterize edilirler.
• Nitrojen dengesi kavramı klinik olarak önemlidir, çünkü bize vücuttaki
amino asitlerin ve proteinlerin sürekli dönüşümünü hatırlatır.