Transformation in Pneumococcus

The first direct evidence showing that the genetic material is DNA rather than protein or RNA was
published by O.T. Avery, C.M.Macleod, and M.Mc.Carty in 1944. They demonstrated that the
component of the cell responsible for the phenomenon of transformation in the bacterium Diplococcus
pneumoniae (pneumococcus) is DNA. Transformation is a mode of recombination (exchange or transfer
or genetic information between organism or from one organism to another) occurring in several, but not
all, species of bacteria. It does not involve direct contact between the bacterial cells or mediation by any
vector such as a virus.

The phenomenon of transformation was discovered by Frederick Griffith in 1928. It should be

emphasized that although Griffith’s experiments demonstrated the occurrence of transformation in
pneumococcus and thus set the stage for the work of Avery, McLeod and McCarty, they provided no
evidence that DNA was involved in any way.

Pneumococci, like all other living organisms, exhibit genetic variability that can be recognized by the
existence of different phenotypes. The two phenotypic characteristics of importance in Griffith’s
demonstration of transformation were (1) the presence or absence of a surrounding polysaccharide (2)
the type of capsule, that is, the specific molecular composition of the polysaccharides present in the
capsules. When grown on appropriate media (such as blood agar) in petri dishes, pneumococci with a
capsule from large, smooth colonies and are thus designated Type S. such encapsulated pneumococci
are quite pathogenic to most mammals (e.g. causing pneumonia in humans). These virulent (disease
causing) Type S pneumococci mutate to a nonvirulent (or non-pathogenic) form that has no
polysaccharide capsule (at a frequency of about one cell in 10 7). Such nonencapsulated, nonvirulent
pneumococci from small, rough-surfaced colonies when grown on blood agar medium and are thus
designated Type R. (The polysaccharide capsule is required for virulence since it protects the bacterial
cells against phagocytosis by leukocytes). When a capsule is present, it may be of several different
antigenic types (Type II, II, etc), depending on the specific molecular composition of the polysaccharides
and, of course, ultimately on the genotype of the cell.

The different capsule types can be identified immunologically. If type II cells are injected into the
bloodstream of rabbits, the immune system of the rabbits will produce antibodies (a specific set of large
proteins whose function is to protect the organism against foreign substances such as macromolecules,
viruses, and bacteria that react specifically with Type II cells. Such Type II antibodies will agglutinate
Type II pneumococci but not Type III Pneumococci, and vice versa.

Griffith’s unexpected discovery was that if he injected heat-killed Type IIIS pneumococci (virulent when
alive) plus live Type IIR pneumococci (nonvirulent) into mice, many of the mice succumbed to
pneumonia, and live Type IIIs cells were recovered from the carcasses. When mice were injected with
heat-killed Type IIIS pneumococci alone, none of the mice died. The observed virulence was therefor not
due to a few Type IIIs cells that survived the heat treatment. It is critical to not that the live virulent
pneumococci recovered from the carcasses were of polysaccharide Type III, since it is know that
nonencapsulated Type R cells can mutate back to virulent encapsulated Type S cells. When such a
mutation occurs in a Type IIR, not Type IIIS. Thus, the “transformation” of nonvirulent Type IIR cells to
virulent Type IIIS cells cannot be explained by mutation, rather some component of the dead Type IIIS
cells (the “transforming principle”) must convert living Type IIR cells to Type IIIS.
Subsequent experiments showed that the phenomenon-described by Griffith, now called
transformations, was not mediated in any way by a living host. The same phenomenon occurred in the
test tube when live Type IIR cells were grown in presence of dead Type IIIs cells were grown in the
presence of dead Type IIIS cells or extracts of Type IIIS cells. Since it was clearly shown that the new
phenotype, Type IIIS, was hereditary, that is, was due to a permanent inherited change on genotype od
the cells, the demonstration pf transformation neatly set the stage for determining the chemical basis of
heredity in pneumococcus. What remained was to determine what component of the cell extract was
responsible for transformation.

Proof That the “Transforming Principle” Is DNA

The “transforming principle” was shown to be DNA in 1944 when Avery, MacLeod, and McCarty
published the result of a set of extensive and laborious experiments. They showed that if highly purified
DNA from Type IIIS pneumococci was present with Type IIIR pneumococci, some of pneumococci were
transformed to type IIIS. But how could one be sure that the DNA was really pure? Providing the
complete purity of any macromolecular substance is extremely difficult. Maybe the DNA preparation
contained a few molecules of protein and these contaminating proteins were responsible for the
observed transformation. The most definitive experiments in Avery, MacLeod and McCarty’s “proof”
that DNA was the transforming principle involved the use of enzymes (proteins that catalyse specific
metabolic reactions) that degrade DNA, RNA or protein. In separate experiments, highly purified DNA
from Type IIIS cells was treated with (1) deoxyribonuclease (“DNase,” which degrades DNA), (2)
ribonuclease (“RNase,” which degrades RNA), or (3) protease (which degrade proteins) and then tested
for its ability to transform Type IIR cells to Type IIIS. Only DNase had any effect on the transforming
activity of the DNase preparation; it totally eliminated all transforming activity.

Although the molecular mechanism by which transformation occurred remained to be worked out in
subsequent investigations, the result obtained by Avery and co-workers clearly established that the
genetic information in pneumococcus was present in SNA. We now know that the segment of the DNA
in the chromosome of pneumococcus that carries the genetic information specifying the synthesis of a
Type III capsule is physically integrated into the chromosome of the Type IIR recipient cell by a specific
recombination process occurring during transformation

The “Hershey-Chase Experiment”

Additional direct evidence indicating that DNA is the genetic material was published in 1952 by A. D.
Hershey (1969 Nobel Prize winner) and M. Chase. These experiments showed that the genetic
information of particular bacterial virus (bacteriophage T2) was present in DNA. Their results, although
probably less definitive that the results of Avery, MacLeod and McCarty, had a great impact on the
acceptance by scientist of DNA as the genetic material. This large impact undoubtedly was the result of
the elegant simplicity of the so-called “Hershey-Chase experiment”.

Viruses are the smallest living organisms; they are living at least in the sense that their reproduction is
controlled by genetic information stored in nucleic acids via the same processes as in cellular organisms.
Viruses, however, are acellular obligate parasites that can reproduce only in appropriate host cells. Their
reproduction is totally dependent on the metabolic machinery (ribosomes, energy-generating systems,
etc.) of the host. Viruses have been extremely useful in studying many genetic processes because of
their simple structure and chemical composition (many contain only proteins and nucleic acids) and
their very rapid reproduction (15-20 minutes for some bacterial viruses under optimal conditions).

Bacteriophage T2, which infects the common colon bacillus Escherichia coli, is composed of about 50%
DNA and about 50% protein. Experiments prior to 1952 had shown that all bacteriophage T2
reproduction takes place within E.coli cells. Therefore, when Hershey and Chase showed that the DNA of
the virus particle entered the cell, whereas most of the protein of the virus remained adsorbed to the
outside of the cell, this strongly implied that the genetic information necessary for viral reproduction
was present in DNA. The basis for the Hershey-Chase experiment is that DNA contain phosphorus but no
sulphur, whereas proteins contain sulphur but no phosphorus. Thus, Hershey and Chase were able to
specifically label either (1) the phage DNA by growth in a medium containing the radioactive isotope of
phosphorus, 32P, in place of the normal isotope, 31P, or (2) the phage protein coats by growth in a
medium containing radioactive sulphur, 35S, in place of the normal isotope, 32S. When T2 phage particles
labelled with 35S were mixed with E.coli cells for a few minutes and were then subjected to shearing
forces by placing the infected cells in a Waring blender, it was found that most of the radioactivity (and
thus the proteins) could be removed from the cells without affecting progeny phage production. When
T2 phage in which the DNA was labelled with 32P were used, however, essentially all the radioactivity
was found inside the cells, that is, it was not subject to removal by shearing in a blender. The sheared-
off phage coats were separated from the infected cells by low-speed centrifugation which pellets
(sediments) cells while leaving phage particles suspended. These results indicated that the DNA of the
virus enters the host cell, whereas the protein coat remains outside the cell. Since progeny viruses are
produced inside the cell, Hershey and Chase’s results indicated that the genetic information directing
the synthesis of both the DNA molecules and the protein coats of the progeny viruses must be present
in the parental DNA. Moreover, the progeny particles were shown to contain some of the 32P, but none
of the 35S of the parental phage.

However, the Hershey-Chase experiment did not provide unambiguous proof that the genetic material
of the phage T2 is DNA. A significant amount of 35S (and thus protein) was found to be injected into the
host cells with the DNA. Thus, one could always argue that this small fraction of the phage proteins
contained the genetic information. More recently, however, it has been possible to develop conditions
in which protoplasts (cells with the walls removed) of E.coli can be infected with pure phage DNA.
Normal infective progeny phage are produced in these experiments, called transfection experiments,
proving that the genetic material of such bacterial viruses is DNA.

RNA as Genetic Material in Small Viruses

As more and more viruses were identified and studied, it became clear that many of them contain RNA
and proteins, but no DNA. In all cases studied to date, it is clear that these “RNA viruses” store their
genetic information in nucleic acids rather that in proteins just like all other organisms, although in these
viruses the nucleic acid is RNA. One of the first experiments that established RNA as the genetic material
in RNA viruses was the so-called reconstitution experiment of H. Fraenkel-Conrat and B. Singer,
published in 1957. Fraenkel-Conrat and Singer’s simple, but definitive experiment was done with
tobacco mosaic virus (TMV), a small virus composed of a single molecule of RNA encapsulated in a
protein coat. Different strains of TMV can be identified on the basis of differences in the chemical
composition of their protein coats.

By using the appropriate chemical treatments, one can separate the protein coats of TMV from the RNA.
Moreover, this process is reversible; by mixing the proteins and the RNA under appropriate conditions,
“reconstitution” will occur, yielding complete, infective TMV particles. Fraenkel-Conrat and Singer took
two different strains of TMV, separated the RNAs from the protein coats, and reconstituted “mixed”
viruses by mixing the proteins of one strain with the RNA of the second strain, and vice versa. When
these mixed viruses produced were always found to be progeny viruses produced were always found to
be phenotypically and genotypically identical to parent strain from which RNA had been obtained. Thus,
the genetic information of TMV is stored in RNA, not in protein

DNA structure

The genetic information of all living organisms, except the RNA viruses, is stored in DNA. What, then, is
the structure of DNA, and in what form is the genetic information stored? What features of the
structure of DNA allow for the transmission of the genetic information from generation to generation?

Nucleic acids, first called “nuclein” because they were isolated from cell nuclei by F. Miescher in 1896,
are macromolecules composed of repeating subunits called nucleotides. Each nucleotide is composed of
(1) a phosphate group, (2) a five-carbon sugar (or pentose), and (3) a cyclic nitrogen-containing
compound called a base. In DNA, the sugar is 2-deoxyribose (thus the name deoxyribonucleic acid); in
RNA, the sugar ribose (thus ribonucleicacid). There are four different bases commonly found in DNA:
adenine, guanine, thymine, and cytosine. RNA also usually contains adenine, guanine, and cytosine, but
has a different base, uracil, in place of thymine. Adenine and guanine are double-ring bases called
purines; cytosine, thymine and uracil are single-ring bases called pyrimidines. Both DNA and RNA,
therefore, contain four different subunits or nucleotides. RNA usually exists as a single-stranded polymer
that is composed of a long sequence of nucleotides. DNA, however, has one very important additional
level of organization; it is usually a double-stranded molecule.

On the basis of Chargaff’s chemical data, Wilkins and Franklin’s X-ray diffraction data, and inferences
drawn from model building, Watson and Crick proposed that DNA exist as a double helix in which the
two polynucleotide chains are coiled about one another in a spiral. Each polynucleotide chain consist of
a sequence of nucleotides linked together by phosphodiester bonds, joining adjacent deoxyribose
moieties. The two polynucleotide strands are held together in their helical configuration by hydrogen
bonding between bases in opposing strands, the resulting base-pairs being stacked between the two
chains perpendicular to the axis of the molecule like the steps of a spiral staircase. The base-pairing is
specific; adenine is always paired with thymine, and guanine is always paired with cytosine. Thus, all
base-pairs consist of one purine and one pyrimidine. The specificity of base-pairing results from the
hydrogen-bonding capacities of the bases in their normal configuration, adenine and cytosine form
three hydrogen bonds. Analogous hydrogen bonding between cytosine and adenine, for example, is not
possible except when they exist in their rare structural states.

Once the sequences of bases in one strand of a DNA double helix is known, the sequence of bases in the
other strand is also known because of the specific base-pairing. The two strands of a DNA double helix
are thus said to be complementary (not identical); it is this property, complementarity of the two
strands, that makes DNA uniquely suited to store and transmit genetic information.

The base-pairs in DNA are stacked 3.4A apart with 10 base-pairs per turn (360°) of the double helix. The
sugar-phosphate backbones of the two complementary strands are antiparallel; that is, they have
opposite chemical polarity. As one moves unidirectionally along a DNA double helix, the phosphodiester
bonds in one strand go from a 3’ carbon of one nucleotide to a 5’ carbon of the adjacent nucleotide,
whereas those in the complementary strand go from a 5’ carbon to a 3’ carbon. This opposite polarity of
the complementary strands is very important in considering the mechanism of replication of DNA.

The high degree of stability of DNA double helices results in part from the large number of hydrogen
bonds between the base-pairs (even though each hydrogen bond by itself is quite weak, much weaker
than a covalent bond) and in part from the hydrophobic bonding (or “stacking forces”) between the
stacked base-pairs. The planar sides of the base pairs are relatively nonpolar and thus tend to be water
insoluble (“hydrophobic”). This hydrophobic core of stacked base pairs contributes considerable stability
to DNA molecules present in the aqueous protoplasms of living cells.

Conformational Flexibility of DNA Molecules

The vast majority of the DNA molecules present in the aqueous protoplasms of living cells almost
certainly exist in the Watson-Crick double helix form just described. This is the B-form of the DNA. The B-
form is the conformation that DNA takes underphysiological conditions (in aqueous solutions containing
low concentrations of salts). However, DNA is not a static, invariant molecule. To the contrary, DNA
molecules exhibit a considerable amount of conformational flexibility.

The structure of DNA molecules change as a function of their environment. The exact conformation of a
given DNA molecule or segment of a DNA molecule will depend on the nature of the molecules with
which it is interacting. In fact, intracellular B-form DNA appears to have an average of 10.4 nucleotide-
pairs per turn, rather than precisely 10. In high concentrations of salts or in a dehydrated state, DNA
exist in the A-form, which have 11 nucleotide-pairs per turn. It is very unlikely that DNA molecules ever
exist in the A-form in vivo. This structure is of interest, however, because it is the conformation of DNA-
RNA heteroduplexes (double helices containing a DNA strand base-paired with a complementary RNA
strand) or RNA-RNA duplexes in vivo.

Recently, certain DNA sequences have been shown to exist in a unique left handed, double helical form
called Z-DNA (Z for the zigzagged path of the sugar-phosphate backbones of the structure). The helicase
of A- and B-form DNA are wound in a right-handed manner. Moreover, specific segments of DNA
molecules can undergo conformational shifts from the B-form to the Z-form and vice versa. In fact,
certain regulatory proteins may bind only to the Z-form (or B-form) of a DNA sequence and cause it to
shift to the B-form (or Z-form). In any case, one must remember that the structure of DNA is not
invariant and that structural variations in DNA molecules may play important biological roles.
Transformasi di Pneumococcus

Bukti langsung pertama yang menunjukkan bahwa materi genetik adalah DNA daripada protein atau
RNA diterbitkan oleh OT Avery, C. M.Macleod , dan M.Mc.Carty pada tahun 1944. Mereka menunjukkan
bahwa komponen sel yang bertanggung jawab atas fenomena Transformasi dalam bakteri Diplococcus
pneumoniae (pneumococcus) adalah DNA. Transformasi adalah cara rekombinasi (pertukaran atau
transfer atau informasi genetik antara organisme atau dari satu organisme ke organisme lain) yang
terjadi pada beberapa, tetapi tidak semua, spesies bakteri. Ini tidak melibatkan kontak langsung antara
sel bakteri atau mediasi oleh vektor apa pun seperti virus.

Fenomena transformasi ditemukan oleh Frederick Griffith pada tahun 1928. Perlu ditekankan bahwa
meskipun eksperimen Griffith mendemonstrasikan terjadinya transformasi pada pneumococcus dan
dengan demikian mengatur panggung untuk karya Avery, McLeod dan McCarty, mereka tidak
memberikan bukti bahwa DNA terlibat dengan cara apa pun.

Pneumococci, seperti semua organisme hidup lainnya, menunjukkan variabilitas genetik yang dapat
dikenali dengan adanya fenotipe yang berbeda. Dua karakteristik fenotipik yang penting dalam
demonstrasi transformasi Griffith adalah (1) ada atau tidak adanya polisakarida di sekitarnya (2) jenis
kapsul, yaitu komposisi molekul spesifik dari polisakarida yang ada dalam kapsul. Ketika tumbuh pada
media yang sesuai (seperti agar darah) di cawan petri, pneumokokus dengan kapsul dari koloni besar
dan halus dan dengan demikian disebut tipe S. pneumokokus encapsulated cukup patogen bagi
kebanyakan mamalia (misalnya menyebabkan pneumonia pada manusia). Virulen (penyebab penyakit)
ini Type S pneumokokus bermutasi ke nonvirulent (atau non-patogenik) bentuk yang tidak memiliki
polisakarida kapsul (pada frekuensi sekitar satu sel dalam 10  ). Pneumokokus non-enkapsulasi dan
7 

nonvirulen dari koloni kecil dengan permukaan kasar ketika ditumbuhkan pada media agar darah dan
dengan demikian dinamai Tipe R. (Kapsul polisakarida diperlukan untuk virulensi karena ia melindungi
sel bakteri lagi dari fagositosis oleh leukosit). Ketika kapsul ada, itu mungkin dari beberapa jenis
antigenik yang berbeda (Tipe II, II, dll), tergantung pada komposisi molekul spesifik dari polisakarida dan,
tentu saja, pada akhirnya pada genotipe sel.

Jenis kapsul yang berbeda dapat diidentifikasi secara imunologis. Jika sel tipe II disuntikkan ke dalam
aliran darah kelinci, maka sistem imun kelinci akan menghasilkan antibodi (sekumpulan protein besar
khusus yang fungsinya melindungi organisme dari zat asing seperti makromolekul, virus, dan bakteri
yang bereaksi secara spesifik dengan Sel tipe II Antibodi tipe II tersebut akan menggumpalkan
pneumokokus tipe II tetapi tidak akan menggumpalkan pneumokokus tipe III, dan sebaliknya.

Penemuan Griffith yang tidak terduga adalah bahwa jika dia menyuntikkan pneumokokus tipe IIIS yang
mematikan panas (mematikan saat hidup) ditambah pneumokokus tipe IIR hidup (nonvirulen) pada
tikus, banyak tikus mati karena pneumonia, dan sel tipe III yang hidup ditemukan dari bangkai.  Ketika
tikus disuntik dengan pneumokokus Tipe IIIS yang mati panas saja, tidak ada tikus yang mati.  Virulensi
yang diamati bukan karena beberapa sel Tipe III yang bertahan dari perlakuan panas.  Penting
untuk diperhatikan bahwa pneumokokus virulen hidup yang ditemukan dari bangkai adalah polisakarida
Tipe III, karena diketahui bahwa sel Tipe R yang tidak berkapsul dapat bermutasi kembali menjadi sel
Tipe S yang terenkapsulasi virulen. Ketika mutasi seperti itu terjadi pada Tipe IIR, bukan Tipe IIIS. Jadi,
“ transformasi” sel Tipe IIR nonvirulen  menjadi  sel  Tipe IIIS yang mematikan tidak dapat dijelaskan
dengan mutasi, melainkan beberapa komponen sel Tipe IIIS yang mati (“prinsip transformasi”) harus
mengubah sel Tipe IIR yang hidup menjadi Tipe IIIS.

Eksperimen selanjutnya menunjukkan bahwa fenomena yang dijelaskan oleh Griffith, sekarang disebut
transformasi, tidak dimediasi dengan cara apa pun oleh inang yang hidup. Fenomena yang sama terjadi
pada tabung reaksi ketika sel Tipe IIR hidup ditumbuhkan dengan adanya sel Tipe III yang mati
ditumbuhkan dengan adanya sel Tipe IIIS yang mati atau ekstrak sel Tipe IIIS yang mati. Karena jelas
terlihat bahwa fenotipe baru, Tipe IIIS, adalah keturunan, yaitu, karena perubahan permanen yang
diwariskan pada genotipe sel, demonstrasi transformasi pf dengan rapi mengatur panggung untuk
menentukan dasar kimiawi hereditas pada pneumokokus. Yang tersisa adalah menentukan komponen
apa dari ekstrak sel yang bertanggung jawab untuk transformasi.

Bukti Bahwa "Prinsip Transformasi" Adalah DNA

"Prinsip transformasi" terbukti menjadi DNA pada tahun 1944 ketika Avery, MacLeod, dan McCarty
menerbitkan hasil dari serangkaian eksperimen yang ekstensif dan melelahkan. Mereka menunjukkan
bahwa jika sangat dimurnikan DNA dari Jenis IIIS pneumokokus  adalah  hadir dengan tipe IIIR
pneumokokus, beberapa pneumokokus ditransformasikan  untuk mengetik IIIS. Tetapi bagaimana orang
bisa yakin bahwa DNA itu benar-benar murni? P roviding kemurnian lengkap dari setiap substansi
makromolekul sangat sulit. Mungkin preparasi DNA mengandung beberapa molekul protein dan protein
yang mengkontaminasi ini bertanggung jawab atas transformasi yang diamati. Eksperimen paling
definitif dalam "bukti" Avery, MacLeod dan McCarty bahwa DNA adalah prinsip transformasi yang
melibatkan penggunaan enzim (protein yang mengkatalisasi reaksi metabolik tertentu) yang
menurunkan DNA, RNA atau protein. Dalam eksperimen terpisah, yang sangat dimurnikan DNA dari sel
Jenis IIIS itu diobati dengan (1) deoksiribonuklease ( “DNase,” yang menurunkan DNA), (2) ribonuklease (
“RNase,” yang menurunkan RNA), atau (3) protease (yang mendegradasi protein) dan kemudian diuji
kemampuannya untuk mengubah sel Tipe IIR menjadi Tipe IIIS. Hanya DNase yang berpengaruh pada
aktivitas transformasi dari persiapan DNase; itu benar-benar menghilangkan semua aktivitas
transformasi.

Meskipun mekanisme molekuler dimana transformasi terjadi masih harus dikerjakan dalam penyelidikan
selanjutnya, hasil yang diperoleh oleh Avery dan rekan kerja dengan jelas menetapkan bahwa informasi
genetik pada pneumokokus terdapat pada SNA. Sekarang kita tahu bahwa segmen DNA dalam
kromosom pneumokokus yang membawa informasi genetik yang menentukan sintesis kapsul Tipe
III secara fisik diintegrasikan ke dalam kromosom sel penerima Tipe IIR melalui proses rekombinasi
spesifik yang terjadi selama transformasi.

"Eksperimen Hershey-Chase"

Bukti langsung tambahan yang menunjukkan bahwa DNA adalah materi genetik yang diterbitkan pada
tahun 1952 oleh AD Hershey (Pemenang Hadiah Nobel 1969) dan M. Chase. Percobaan ini menunjukkan
bahwa informasi genetik dari virus bakteri tertentu (bakteriofag T2) terdapat dalam DNA.  Hasil mereka,
meskipun mungkin kurang pasti bahwa hasil Avery, MacLeod dan McCarty, berdampak besar pada
penerimaan DNA sebagai materi genetik oleh ilmuwan. Dampak besar ini tidak diragukan lagi adalah
hasil dari kesederhanaan yang elegan dari apa yang disebut "eksperimen Hershey-Chase".

Virus adalah organisme hidup terkecil; mereka hidup setidaknya dalam arti bahwa reproduksi mereka
dikendalikan oleh informasi genetik yang disimpan dalam asam nukleat melalui proses yang sama
seperti pada organisme seluler. Virus, bagaimanapun, adalah parasit obligat aseluler yang dapat
bereproduksi hanya dalam sel inang yang sesuai. Reproduksi mereka sangat bergantung pada mesin
metabolisme (ribosom, sistem penghasil energi, dll.) Dari inang. Virus sangat berguna dalam
mempelajari banyak proses genetik karena struktur dan komposisi kimianya yang sederhana (banyak
yang hanya mengandung protein dan asam nukleat) dan reproduksinya yang sangat cepat (15-20 menit
untuk beberapa virus bakteri dalam kondisi optimal).
Bakteriofag T2, yang menginfeksi basil usus besar Escherichia coli,  terdiri dari sekitar 50% DNA dan
sekitar 50% protein. Percobaan sebelum tahun 1952 telah menunjukkan bahwa semua reproduksi
bakteriofag T2 terjadi di dalam sel E. coli  . Oleh karena itu, ketika Hershey dan Chase menunjukkan
bahwa DNA dari partikel virus memasuki sel, sedangkan sebagian besar protein virus tetap teradsorpsi
ke luar sel, hal ini secara kuat menyiratkan bahwa informasi genetik yang diperlukan untuk reproduksi
virus ada dalam DNA. . Dasar dari percobaan Hershey-Chase adalah bahwa DNA  mengandung fosfor
tetapi tidak mengandung sulfur, sedangkan protein mengandung sulfur tetapi tidak mengandung
fosfor.  Dengan demikian, Hershey dan Chase dapat secara spesifik memberi label baik (1) DNA fag
dengan pertumbuhan dalam media yang mengandung isotop radioaktif fosfor,  P, menggantikan isotop
32 

normal,  P , atau (2) fag mantel protein oleh pertumbuhan media yang mengandung belerang
3 1 

radioaktif,  S, di tempat isotop normal,  S. Ketika T2 partikel fag diberi label dengan  S dicampur
3 5  32  3 5 

dengan E  . sel coli  selama beberapa menit dan kemudian dilakukan gaya geser dengan menempatkan
sel yang terinfeksi dalam blender Waring, ditemukan bahwa sebagian besar radioaktivitas (dan dengan
demikian protein) dapat dikeluarkan dari sel tanpa mempengaruhi produksi fag keturunan.  Ketika fag T2
di mana DNA diberi label dengan  P digunakan, bagaimanapun, pada dasarnya semua radioaktivitas
32 

ditemukan di dalam sel, yaitu, itu tidak dapat dihilangkan dengan memotong dalam blender.  Mantel fag
yang dicukur dipisahkan dari sel yang terinfeksi dengan sentrifugasi berkecepatan rendah dimana sel
pelet (sedimen) sementara meninggalkan partikel fag yang tersuspensi. Hasil ini menunjukkan bahwa
DNA virus memasuki sel inang, sedangkan selubung protein tetap berada di luar sel. Karena virus
keturunan diproduksi di dalam sel, hasil Hershey dan Chase menunjukkan bahwa informasi genetik yang
mengarahkan sintesis molekul DNA dan lapisan protein dari virus keturunan harus ada dalam DNA
induk. Selain itu, partikel keturunan terbukti mengandung sebagian dari  P , tetapi tidak ada  S dari fag
32  3 5 

induk.

Namun, percobaan Hershey-Chase tidak memberikan bukti yang pasti bahwa materi genetik dari fag T2
adalah DNA. Sejumlah besar  S (dan dengan demikian protein) ditemukan untuk disuntikkan ke dalam
3 5 

sel inang dengan DNA. Jadi, orang selalu dapat berargumen bahwa sebagian kecil dari protein fag ini
mengandung informasi genetik. Baru-baru ini, bagaimanapun, telah memungkinkan untuk
mengembangkan kondisi di mana protoplas (sel dengan dinding dihilangkan) dari E. coli  dapat terinfeksi
dengan DNA fag murni. Yang normal infektif keturunan fag yang diproduksi dalam percobaan ini, yang
disebut transfeksi  percobaan, membuktikan bahwa materi genetik dari virus bakteri tersebut adalah
DNA.
 

RNA sebagai Materi Genetik pada Virus Kecil

Karena semakin banyak virus yang diidentifikasi dan dipelajari, menjadi jelas bahwa banyak dari mereka
mengandung RNA dan protein, tetapi tidak ada DNA. Dalam semua kasus yang dipelajari hingga saat
ini, jelaslah bahwa "virus RNA" ini menyimpan informasi genetiknya dalam asam nukleat daripada dalam
protein seperti semua organisme lain, meskipun dalam virus ini asam nukleatnya adalah RNA.  Salah satu
eksperimen pertama yang menetapkan RNA sebagai materi genetik pada virus RNA adalah eksperimen
pemulihan yang disebut H. Fraenkel- Conrat dan B. Singer, diterbitkan pada tahun 1957.
Fraenkel- Conrat dan Singer sederhana, tetapi eksperimen definitif dilakukan dengan virus mosaik
tembakau (TMV), virus kecil yang terdiri dari satu molekul RNA yang dikemas dalam lapisan
protein. Strain TMV yang berbeda dapat diidentifikasi berdasarkan perbedaan komposisi kimiawi lapisan
proteinnya.

Dengan menggunakan perawatan kimia yang tepat, seseorang dapat memisahkan lapisan protein TMV
dari RNA. Selain itu, proses ini dapat dibalik; dengan mencampurkan protein dan RNA dalam kondisi
yang tepat, “pemulihan” akan terjadi, menghasilkan partikel TMV yang lengkap dan
infektif. Fraenkel- Conrat dan Singer mengambil dua galur TMV yang berbeda, memisahkan RNA dari
lapisan protein, dan menyusun kembali virus “campuran” dengan mencampurkan protein dari satu galur
dengan RNA galur kedua, dan sebaliknya. Ketika virus campuran yang dihasilkan selalu ditemukan
sebagai keturunan, virus yang diproduksi selalu ditemukan identik secara fenotip dan genotip dengan
strain induk dari mana RNA telah diperoleh. Jadi, informasi genetik TMV disimpan di RNA, bukan di
protein

Struktur DNA

Informasi genetik semua organisme hidup, kecuali virus RNA, disimpan dalam DNA. Lalu, bagaimana
struktur DNA itu, dan dalam bentuk apa informasi genetik disimpan? Ciri-ciri apa dari struktur DNA yang
memungkinkan transmisi informasi genetik dari generasi ke generasi?

Asam nukleat, pertama kali disebut " nuklein " karena diisolasi dari inti sel oleh F. Miescher pada tahun
1896, adalah makromolekul yang terdiri dari subunit berulang yang disebut nukleotida. Setiap
nukleotida terdiri dari (1) gugus fosfat, (2) gula lima karbon (atau pentosa), dan (3) senyawa yang
mengandung nitrogen siklik yang disebut basa. Dalam DNA, gula adalah 2-deoksiribosa (dengan
demikian disebut asam deoksiribonukleat); di RNA, gula ribosa (dengan demikian asam
ribonukleat ). Ada empat basa berbeda yang biasa ditemukan dalam DNA: adenin, guanin, timin, dan
sitosin.  RNA juga biasanya mengandung adenin, guanin, dan sitosin, tetapi memiliki basa yang berbeda,
urasil, sebagai pengganti timin. Adenin dan guanin adalah basa cincin ganda yang disebut purin  ; sitosin,
timin, dan urasil adalah basa cincin tunggal yang disebut pirimidin  . Baik DNA dan RNA, oleh karena itu,
mengandung empat subunit atau nukleotida yang berbeda. RNA biasanya ada sebagai polimer beruntai
tunggal yang terdiri dari urutan nukleotida yang panjang. DNA, bagaimanapun, memiliki satu tingkat
organisasi tambahan yang sangat penting; biasanya molekul beruntai ganda.

Berdasarkan data kimiawi Chargaff, data difraksi sinar-X Wilkins dan Franklin, dan kesimpulan yang
diambil dari pembuatan model, Watson dan Crick mengusulkan bahwa DNA ada sebagai heliks ganda di
mana dua rantai polinukleotida melingkar satu sama lain dalam bentuk spiral. Setiap rantai
polinukleotida terdiri dari urutan nukleotida dihubungkan oleh phosp h odiester obligasi, bergabung
gugus deoksiribosa yang berdekatan. Dua helai polinukleotida ada di dalam konfigurasi heliks mereka
dengan ikatan hidrogen antara pangkalan di helai menentang, dasar yang dihasilkan - pasang yang
ditumpuk antara dua rantai tegak lurus terhadap sumbu molekul seperti langkah-langkah dari tangga
spiral. Pasangan basa bersifat spesifik; adenin selalu dipasangkan dengan timin, dan guanin selalu
dipasangkan dengan sitosin.  Jadi, semua pasangan basa terdiri dari satu purin dan satu
pirimidin. Kekhususan hasil pasangan basa dari kapasitas ikatan hidrogen basa dalam konfigurasi
normalnya, adenin dan sitosin membentuk tiga ikatan hidrogen. Ikatan hidrogen analog antara sitosin
dan adenin , misalnya, tidak dimungkinkan kecuali jika keduanya ada dalam keadaan strukturalnya yang
langka.

Setelah urutan basa dalam satu untai heliks ganda DNA diketahui, urutan basa di untai lainnya juga
diketahui karena pasangan basa spesifik. Dengan demikian, dua untai heliks ganda DNA dikatakan saling
melengkapi (tidak identik);  Sifat inilah, komplementaritas dari dua untai, yang membuat DNA secara
unik cocok untuk menyimpan dan mengirimkan informasi genetik.

Pasangan basa dalam DNA ditumpuk 3.4A terpisah dengan 10 pasangan basa per putaran (360  ° ) dari
heliks ganda. Tulang punggung gula-fosfat dari dua untai komplementer adalah antiparalel  ; artinya,
mereka memiliki polaritas kimia yang berlawanan. Ketika seseorang bergerak searah di sepanjang heliks
ganda DNA, ikatan fosfodiester dalam satu untai berubah dari karbon 3 'dari satu nukleotida menjadi
karbon 5' dari nukleotida yang berdekatan, sedangkan yang ada di untai komplementer beralih dari
karbon 5 'menjadi 3' ' karbon. Polaritas yang berlawanan dari untaian komplementer ini sangat penting
dalam mempertimbangkan mekanisme replikasi DNA.

Tingkat kestabilan heliks ganda DNA yang tinggi sebagian disebabkan oleh banyaknya ikatan hidrogen
antara pasangan basa (meskipun setiap ikatan hidrogen dengan sendirinya cukup lemah, jauh lebih
lemah daripada ikatan kovalen) dan sebagian dari ikatan hidrofobik (atau "gaya susun") antara pasangan
basa yang ditumpuk. Sisi planar dari pasangan basa relatif nonpolar dan dengan demikian cenderung
tidak larut dalam air ("hidrofobik"). Inti hidrofobik dari pasangan basa yang ditumpuk ini memberikan
kestabilan yang cukup besar pada molekul DNA yang ada dalam protoplasma berair sel hidup.

Fleksibilitas Konformasional Molekul DNA

Sebagian besar molekul DNA yang ada dalam protoplasma berair sel hidup hampir pasti ada dalam
bentuk heliks ganda Watson-Crick yang baru saja dijelaskan. Ini adalah bentuk-B  dari DNA. Bentuk-B
adalah konformasi dimana DNA mengambil kondisi dibawah fisiologis (dalam larutan air yang
mengandung garam dengan konsentrasi rendah). Namun, DNA bukanlah molekul yang statis dan
invarian. Sebaliknya, molekul  DNA  menunjukkan fleksibilitas konformasi yang cukup besar.

Struktur molekul DNA berubah sebagai fungsi dari lingkungannya. Konformasi yang tepat dari molekul
atau segmen DNA tertentu dari molekul DNA akan bergantung pada sifat molekul yang berinteraksi
dengannya. Faktanya, DNA bentuk-B intraseluler tampaknya memiliki rata-rata 10,4 pasangan
nukleotida per giliran, bukan persis 10. Dalam konsentrasi garam tinggi atau dalam keadaan dehidrasi,
DNA ada dalam bentuk A, yang memiliki 11 nukleotida -pasangan per giliran. Sangat tidak mungkin
molekul DNA pernah ada dalam bentuk-A in vivo. Struktur ini menarik, bagaimanapun, karena ini adalah
konformasi heteroduplex DNA-RNA (heliks ganda yang mengandung untai DNA yang dipasangkan
dengan untai RNA komplementer) atau dupleks RNA-RNA in vivo.

Baru-baru ini, rangkaian DNA tertentu telah terbukti ada dalam bentuk heliks ganda tangan kiri
yang unik yang disebut Z-DNA (Z untuk jalur zigzag dari tulang punggung gula-fosfat struktur). Helikase
DNA bentuk A dan B dililitkan dengan tangan kanan. Selain itu, segmen tertentu dari molekul DNA dapat
mengalami pergeseran konformasi dari bentuk B ke bentuk Z dan sebaliknya. Faktanya, protein pengatur
tertentu dapat mengikat hanya ke bentuk Z (atau bentuk B) dari suatu urutan DNA dan
menyebabkannya bergeser ke bentuk B (atau bentuk Z). Bagaimanapun, orang harus ingat bahwa
struktur DNA tidak invarian dan variasi struktural dalam molekul DNA mungkin memainkan peran
biologis yang penting.