Professional Documents
Culture Documents
Báo cáo sử
dụng phần
mềm
ChemDaw2
(ChemOffice)
HVTH: Giảng Thị Như Thùy 1
Sử dụng phần mềm ChemDraw (ChemOffice) GVHD: PGS.TS Bùi Thọ Thanh
MỤC LỤC
PHẦN MỞ ĐẦU .................................................................................................................3
II.1. Cài đặt phần mềm ChemOffice vào máy tính .........................................................6
Bước 7. Nhấn finish để kết thúc quá trình cài đặt ...............................................................9
Giới thiệu một vài ứng dụng co bản của ChemDraw ...................................................22
Click công cụ chọn orbital trống, click vào nguyên tử cần vẽ ...................................28
Click OK ta được công thức cấu tạo của benzyl amin .......................................................29
Bước 4: Vẽ mũi tên thẳng, cong: dùng công cụ vẽ mũi tên .......................................32
III.6 Dự đo n phổ cộng hưởng từ hạt nhân của phân tử (1H – NMR và 13C - NMR).
............................................................................................................................................32
Vào menu Structure, chọn Predict 1H – NMR Shifts hoặc Predict 13C – NMR Shifts33
PHẦN MỞ ĐẦU
I. Lí do chọn đề tài
Hiện nay, công nghệ thông tin ngày càng phát triển, nó có mặt trong hầu hết các
ngành nghề. Dạy học cũng không phải là ngoại lệ. Việc ứng dụng công nghệ thông tin
vào giảng dạy giúp giáo viên linh hoạt hơn trong việc soạn giáo án và thiết kế bài giảng
sinh động hơn, từ đó sẽ gây được hứng thú cho học sinh. Hơn nữa, sẽ tiết kiệm nhiều thời
gian. Đặc biệt trong môn Hóa học việc vẽ công thức cấu tạo của các chất và viết phương
trình phản ứng là công việc thường xuyên và không thể thiếu .
Để làm được việc này cần sử dụng các phần mềm chuyên biệt, đồng thời cũng
phải biết cách sử dụng nó. Trong khi đó hiện nay có rất ít tài liệu hướng dẫn cách sử dụng
các phần mềm Hóa học. Hiện nay có rất nhiều phần mềm hóa học hỗ trợ cho việc đó,
đồng thời có thể tính toán được góc liên kết, độ dài liên kết, năng lượng liên kết…
Chemoffice là một trong những phần mềm có ứng dụng đó, nó rất cần thiết trong
việc trình bày công thức phân tử trong không gian 2 chiều và 3 chiều, viết chuỗi phản
ứng, phương trình hóa học, và những công thức phân tử phức tạp...
Biểu diễn công thức hóa học các chất, viết phương trình phản ứng…để phục vụ
cho việc thiết kế giáo án.
Tìm hiểu và khai thác những tính năng của chương trình ChemDraw để vẽ cấu
trúc các chất…
- Vẽ cấu trúc các hợp chất hữu cơ phức tạp, cơ chế phản ứng hóa học…
-…
ChemOffice Ultra là bộ phần mềm đầy đủ nhất của trường Đại học Cambridge.
Với ChemDraw Ultra 8.0 các bạn có thể viết công thức, phương trình hóa học, chuỗi
phản ứng mà không mất nhiều công sức như làm trong word hay các phần mềm hóa học
như ChemSketch hay Chemwin. Hơn nữa, ChemDraw Ultra 8.0 có thể đọc tên hâu hết
các hợp chất hữu cơ (cả những hợp chất dị vòng phức tạp), đặc biệt có thể đo phổ cộng
hưởng từ hạt nhân của tất cả các chất.
ChemDraw BioDraw Ultra biểu diễn công thức hóa học. Phần mềm này giúp tạo
các văn bản, các hình vẽ, các dụng cụ thí nghiệm hóa học, các công thức hóa học của các
hợp chất tự nhiên quan trọng cùng với các cấu tạo cơ bản về nguyên tử các nguyên tố hóa
học.
ChemDraw hỗ trợ biểu diễn các công thức hóa học, đồng phân cấu tạo, đồng phân
hình học, đồng phân quang học với các kiểu công thức khác nhau như công thức Fisher,
phối cảnh, Newman.
Chọn: Star/Program/ChemOffice 2004/Chem Draw Ultra 8.0 hoặc nhấp đúp vào biểu
Ví dụ:
- Chọn lệnh File/List
Nicknames, hộp thoại List
Nicknames xuất hiện.
- Click chuột phải vào tên cấu trúc, chọn lệnh Expand Label (hoặc chọn lệnh Expand
Label từ menu Structure), cấu trúc xuất hiện.
O
C O
Ngoài ra còn có một số tùy chọn phục vụ việc in văn bản trên ChemDraw nằm trong
lệnh Preferences….
Get 3D Model : Chuyển cấu trúc hóa học dạng 2D sang cấu trúc hóa học dạng 3D
(mặc nhiên là dạng que).
Insert Graphic… : Chèn hình từ các file của ChemDraw hoặc các file hình.
Insert Object… : Chèn đối tượng từ các chương trình khác như Word, Excel,
Equation,…
Ví dụ: chọn lệnh view/show Periodic Table Window, bảng hệ thống tuần hoàn xuất
hiện:
- Click chọn nguyên tố bất kì, sẽ xuất hiện tên nguyên tố và số thứ tự:
Drawing Element:
Công cụ vẽ, dùng để vẽ những
hình sau:
Mẫu Aromatics:
Mẫu Bicyclics:
- Có thể sử dụng bảng MultiBond để tạo ra những liên kết đa dưới đây:
Liên kết ba, bốn: Để vẽ một liên kết ba, bốn, có thể click chuột thêm một lần lên liên kết
đôi, ba. Hoặc làm tương tự như cách ba rồi chọn Tripble hay Quadrupble.
Để vẽ liên kết cho nhận hoặc liên kết có hướng, bạn click chuột vào liên kết tương ứng.
Để thay đổi chiều của liên kết bạn click chuột vào giữa liên kết, chiều của liên kết sẽ thay
đổi.
- Đưa chuột 1 lần lên vùng vẽ. uất hiện công thức
- Khi di chuyển chuột trong vòng vừa vẽ, sẽ xuất hiện ô vuông màu xanh chỉ vị trí các
nguyên tố trong vòng, cũng như các liên kết.
- Sau khi vẽ 1 vòng, bạn click chuột liên tiếp lên một liên kết của vòng thì một vòng
khác có chung cạnh tạo ra
Decahidronaphthalene
. Ví dụ: Trình bày mô hình lai hóa của phân tử CH2 = CH2
Dùng công cụ vẽ orbital, 22ung công cụ chọn toàn phần để di chuyển và xoay
các orbital.
Bước 3: Vẽ 2 orbital s.
HVTH: Giảng Thị Như Thùy 22
Sử dụng phần mềm ChemDraw (ChemOffice) GVHD: PGS.TS Bùi Thọ Thanh
Dùng công cụ vẽ orbital, sau đó dùng công cụ chọn toàn phần để di chuyển 2
orbital đến xen phủ, tiếp tục dùng lệnh Object/Bring to front để di chuyển orbital s lên
trên.
Bước 4: Vẽ hình đối xứng. Dùng lệnh Copy và Paste, sau đó dùng lệnh Object/Flip
Horizontal để tạo đối xứng qua mặt phẳng dọc đối với hình vừa nhận được.
Bước 5: Di chuyển 2 hình xen phủ nhau: dùng công cụ chọn toàn phần, sau đó dùng công
cụ vẽ liên kết dợn sóng để liên kết 2orbital p chưa liên kết.
- Click chuột vào biểu tượng vòng benzen trên thanh công cụ (khi đó biểu
tượng sẽ bị chìm xuống so với ban đầu), sau đó đưa con trỏ ra ngoài màn hình soạn thảo,
click chuột vào vị trí cần vẽ:
- Click chuột vào biểu tượng liên kết đơn sau đó đưa trỏ vào vị trí cần liên kết
(thấy xuất hiện một ô vuông nhỏ bao quanh vị trí cần liên kết) và click chuột.
- Click chuột vào biểu tượng text sau đó đưa trỏ vào vị trí cần liên kết và click
chuột, gõ vào tên nguyên tử hoặc nhóm nguyên tử (cần chú ý chữ hoa và chữ thường)
Sau khi vẽ xong, nên chọn font và size phù hợp. Nếu các liên kết dài quá, nhìn
không đẹp thì có thể co ngắn bằng cách chọn cụm chữ ở đầu liên kết và di ngắn lại là
được.
Muốn copy sang word hoặc powerpoint ta thực hiện theo các bước sau:
- Click chuột vào một trong hai biểu tượng trên thanh công cụ để lựa chọn
phân tử.
- Sau khi chọn phân tử cần copy, vào menu Edit chọn lệnh copy hoặc sử dụng tổ
hợp phím Ctrl + C
- Chọn công cụ đưa vào màn hình làm việc kéo thẳng xuống vẽ liên kết thứ nhất và
các liên kết tiếp theo bằng cách đưa trỏ vào cuối nguyên tử kéo thẳng xuống (tổng cộng 5
liên kết)
- Thêm liên kết nằm ngang của nguyên tử thứ hai trong mạch phân tử vừa tạo ra, click lần
nữa để tạo liên kết đôi diện nằm ngang. Lặp lại các bước như ban đầu để vẽ các liên kết
nằm ngang
- Gán thêm các nhóm vào đầu và cuối của chuỗi mạch phân tử
Chọn công cụ click chọn nguyên tử cacbon ở dòng đầu tiên, text box xuất hiện và gõ
vào CHO
CHO
CH2OH
Click chọn cấu trúc vừa vẽ xong, chọn View/ show Analysis Window, click paste để đưa
thông tin chú thích vào cấu trúc
- Click chọn công cụ vẽ liên kết thứ nhất, thứ hai và thứ ba theo hình sau:
- Thực hiện lệnh copy và paste để có thêm một cấu trúc tương tự, sau đó vẽ thêm một
liên kết nối giữa hai cấu trúc
Click chọn cấu trúc phía sau chọn lệnh Object/ Bring to front, click chuột vào khung
chữ nhật dến khi có hình bàn tay sau đó rê vào chỗ cacbon được chọn ở trung tâm orbital
Trình bày cấu trúc dạng 3D của phân tử phenyl alanin (dạng que – cầu)
Dùng lệnh Structure/Convert Name to Structure, xuất hiện cửa sổ Insert Structure
gõ tên benzyl amin
Bước 3: Chuyển cấu trúc 3D từ kiểu que sang kiểu que-cầu: Click đúp vào cấu
trúc 3D, cửa sổ ứng dụng Chem3D xuất hiện, chọn Ball & Stick trong Model Type.
Chọn biểu tượng trên thanh công cụ chọn Clipsware, part 1 để lấy giá thí
nghiệm, sau đó dùng lệnh Object/Flip Horizontal để tạo kẹp đối xứng qua mặt phẳng dọc
và dùng công cụ toàn phần để di chuyển kẹp gắn lên thanh
HO- OH
O HO
O
HO- C O
O-
+ Br-
Br Br Br
Br
Dùng lệnh Copy và Paste để thêm một cấu trúc hóa học giống bước 1, sau đó dùng công
cụ vẽ thay đổi một số yếu tố cho công thức vừa mới Paste, dùng công cụ vẽ chỉ số trên
để vẽ O-.
O O OH
O-
Br Br
Br
C O
HO- OH
O HO
O
HO- C O
O-
+ Br-
Br Br Br
III.6 Dự đo n phổ cộng hưởng từ hạt nhân của phân tử (1H – NMR và 13C - NMR).
H3C C O
phenyl acetate
Bước 2:
Vào menu Structure, chọn Predict 1H – NMR Shifts hoặc Predict 13C – NMR Shifts
ChemDraw Ultra 8.0 là phần mềm hữu dụng rất cần thiết trong việc trình bày công
thức phân tử trong không gian 2 chiều và 3 chiều, viết chuỗi phản ứng, phương trình hóa
học,...
Do vậy, nó là phương tiện tiện ích cho các nhà khoa học (Hóa – Sinh học) nói
chung và đối với giáo viên chúng ta nói riêng trong việc soạn thảo giáo án, báo cáo khoa
học, mô phỏng mô hình phân tử và rất nhiều điều khác nữa có liên quan đến bộ môn khoa
học Hóa học và Sinh học.
Trên đây em chỉ giới thiệu một cách tổng quan và cách sử dụng căn bản phần mềm
ChemDraw Ultra 8.0 của bộ phần mềm ChemOffice, còn nhiều rất nhiều tính năng khác.
1) PGS.TS Bùi Thọ Thanh, Giáo trình Tin học ứng dụng trong Hóa học(2010 -2011),
ĐHSP Thành Phố Hồ Chí Minh.
2) TS. Cao Cự Giác, Ứng dụng công nghệ thông tin trong dạy và học hóa học, NXB
ĐHSP Thành Phố Hồ Chí Minh.
3) ThS. Huỳnh Kim Liên, Giáo trình thống kê hóa học và tin học trong hóa học
(2006), ĐH Cần Thơ.
4) Phần mềm chemoffice (2004), Đại học Cambridge, www.cambridgesoft.com