Terminology and Basic Concepts - Sinh Viên

Pharmaceutical Administration and Economics Department (PAED)
Basic concepts
MSc. Nguyen Thi Ha

Objectives
• Understand basic criteria to judge quality of journals: Impact
Factor, SJR and Quartile, H-index
• Understand some basic term: exposure, exposure time-window,

event, index date
• Distinguish and understand:
– Frequency of diseases: Incidence, prevalence, proportion,

percentage, ratio, rate
– Population, sample, points estimation and CI 95%

Hiểu các tiêu chí cơ bản để đánh giá chất lượng của tạp chí: Hệ số tác động,
SJR và Phần tư, chỉ số H
Hiểu một số thuật ngữ cơ bản: tiếp xúc, cửa sổ thời gian hiển thị, sự kiện, ngày
– P-value lập sự kiện xảy ra
• Phân biệt và hiểu:
- Tần suất bệnh: Tỷ lệ mới mắc, tỷ lệ hiện mắc, tỷ lệ phần trăm, tỷ số, tỷ xuất
- Dân số, mẫu, chỉ số đo lường và KTC 95%
- Giá trị P
Contents
Journals and criteria to judge their quality
Tạp chí và tiêu chí để đánh giá chất lượng của chúng
Basic terminology Thuật ngữ cơ bản
Journal prestige Tạp chí uy tín
• ISSN: International standardized serial number
• ISI journals (Institute for Scientific Information)
• Scopus Index Journals

• ISSN: Số sê-ri được tiêu chuẩn hóa quốc tế
• Tạp chí ISI (Viện Thông tin Khoa học)
• Tạp chí Chỉ mục Scopus
• Tạp chí được bình duyệt
• IF(Impact factor) đc tính toán dựa trê webofscience, CiteScore được tính toán
dựa trên Scopus tương tự IF, Phần tư, SJR, H-index
• Peer-reviewed journals
• IF, CiteScore, Quartiles, SJR, H-index

ISSN Mã số được cấp cho tạp chí. Mã số có ý nghĩa định danh trên toàn thế giới
ISSN: 1098-3015
International
Standardized Serial
Number ( 8 digit)
https://www.issn.org/understanding-the-issn/what-is-an-issn/
ISSN member countries
90 countries
Vietnam National ISSN Center (2005): National Agency for Science and Technology
Information – Ministry of Science and Technology cục khoa học công nghệ cấp mã số ID. Ko phản ánh tạp chí
tốt hay không tốt.
Journal prestige

ISI – web of science core collection

bộ sưu tập cốt lõi của web khoa học
1992
ISI: Institute of Scientific Information

• Chỉ số trích dẫn khoa học được mở rộng (SCIE): khoa học lâm sàng, tự
nhiên và ứng dụng
• Chỉ số trích dẫn khoa học xã hội (SSCI): khoa học xã hội
• Chỉ số trích dẫn nghệ thuật & nhân văn (AHCI): nghệ thuật và nhân văn
2016 • Chỉ số trích dẫn nguồn mới nổi (ESCI): tất cả các ngành
Web of Science Core Collection
•Science Citation Index Expanded (SCIE): clinical, natural and applied sciences
•Social Sciences Citation Index (SSCI): social sciences
•Arts & Humanities Citation Index (AHCI): arts and humanities
•Emerging Sources Citation Index (ESCI): all disciplines

Web of Science Core collection

28 criteria: 24 quality criteria + 4 impact criteria
4 Mức độ ảnh hưởng của tạp chí
Quality &
impact criteria
Quality criteria
https://clarivate.com/webofsciencegroup/journal-evaluation-process-and-selection-criteria/
Scopus index journals

• CSAB (Scopus Selection and Advisory Board)
Minimum criteria
Journal policy
Annual re-
Content evaluation
Tiêu chí được đánh giá mỗi năm 1 lần
Tạp chí nào sẽ đưa ra khỏi danh sách dữ liệu
nếu ko đạt tiêu chuẩn => Chất lượng
Journal standing
Publishing Regularity
Online availability
https://www.elsevier.com/solutions/scopus/how-scopus-works/content/content-policy-and-selection
Journal prestige

Journal Quality
• Peer-review process đánh giá quá trình về chất liệu nghiên cứu bởi những người có
kinh nghiệm trước khi công bố: Rà sót trước khi đăng bài
• Impact factor Web of science - Clarivate endnote:

đánh giá chất lượng
nghiên cứu của tạp chí
• SJR, citescore
Scopus- Elversier
• Q1,Q2,etc.
Peer-reviewed Journal
Researcher gửi bản thảo tuân thủ đề tài nghiên cứu đến nhà xuất bản, check văn bản, văn bản có copy hay ko nếu có sẽ bị loại
Thứ 2 về mặt ngữ pháp văn phong ngôn ngữ. Thứ 3 gửi sẽ đến reviewer chuyên gia về lĩnh vực ta nghiên cứu để đánh giá => quyết
định chất lượng (khoảng 2-3 reviewer. Thứ 4 check hỗ trợ pubmed. Quy trình sẽ kéo dài khoảng vài tháng đến năm để đc đăng
Impact factor (IF) MỨC ĐỘ ẢNH HƯỞNG CHẤT LƯỢNG MỘT TẠP CHÍ
Được tính toán trên dữ liệu của bởi web of science
Yếu tố tác động của tạp chí là số lần trung bình các bài báo từ tạp chí được xuất bản trong hai năm qua được trích dẫn trong năm JCR. Hệ số tác động được tính
bằng cách chia số lượng trích dẫn trong năm JCR cho tổng số bài báo được xuất bản trong hai năm trước đó.
tổng số trích dẫn trong năm 2015 tùy thuộc vào các bài báo đã xuất bản trong năm 2013 và 2014
tổng số bài báo đã xuất bản trong năm 2013 và 2014
IF càng cao cho thấy 2 năm số bài báo được trích dẫn càng nhiều và có công cụ để đánh giá
Sẽ tính được các IF cho các Journal bằng công cụ, tạp chí đc đưa vào cơ sở dữ liệu của web of science => Những tạp chí nào được đưa vào web of science
mới đánh giá được impact factor
IF càng cao mức độ ảnh hưởng của tạp chí đó càng lớn
Clarivate Analytics (previously ISI)
How to calculate IF: https://clarivate.com/webofsciencegroup/essays/impact-factor/
View general information of journal:https://mjl.clarivate.com/search-results
Citescore CHÍ SỐ GIỐNG IF. TÍNH TOÁN Tỷ SỐ DỰA SỐ LƯỢNG

ĐƯỢC TRÍCH DẪN NĂM 2016 CHIA CHO TỔNG SỐ BÀI ĐƯỢC CÔNG BỐ
TRONG 3 NĂM
Citescore sẽ được tính bằng 3 năm còn IF chỉ tính chia cho 2 năm
Ci
SJR (Scimago Journal Rank)

HAY ĐƯỢC SỬ DỤNG ĐÁNH GIÁ. VỀ BẢN CHẤT GẦN CITESCORE, và cho biết tạp chí đó có chất lượng tốt hay không tốt
CHỈ KHÁC BIỆT DỰA TRÊN XÂY DỰNG THUẬT TOÁN
ĐƯỢC HIỆU CHỈNH DỰA TRÊN SỐ LƯỢNG TẠP CHÍ A VÀ TẠP CHÍ B. ranking B cao hơn A thì điểm citation của B cao hơn A
The Scimago Journal Rank (SJR) is based on the

transfer of prestige from a journal to another
one; such prestige is transferred through the
references that a journal do to the rest of the
journals and to itself.
Xếp hạng Tạp chí Scimago (SJR) dựa trên sự chuyển giao uy tín từ một tạp chí sang tạp chí khác; uy tín đó được chuyển giao thông qua các tham chiếu mà một tạp chí
thực hiện đối với phần còn lại của các tạp chí và cho chính nó.
H-index DÙNG CHO CẢ TẠP CHÍ VÀ NHÀ NGHIÊN CỨU KHOA HỌC
Ở ĐÂY DÙNG CHO TẠP CHÍ
A composite of productivity and citation impact, h-index is defined as the

greatest number of publications h for which the count of lifetime citations is
greater than or equal to h.
Tổng hợp của tác động đến năng suất và trích dẫn, chỉ số h được định nghĩa là số lượng ấn phẩm h lớn nhất mà số lượng trích dẫn trong thời gian tồn tại lớn hơn hoặc bằng h.
vd: H index = 100 có nghĩa là thời gian trong suốt thời gian kể từ khi tạp chí này ra đời thì sẽ 100 bài báo được trích dẫn ít nhất 100 lần trở lên. và con số 100 là lớn nhất
H-index favours older and more productive authors and journals

Review the general information of journals
• Web of science: Clarivate analytics
https://mjl.clarivate.com/home
• Scimago Journal and country rank
https://www.scimagojr.com/
quartiles phân chia dựa trên SJR: Q4 là thấp nhất là số tạp chí nằm trong 25% tạp chí có SJR thấp nhất
=> Q1 > Q2 > Q3 > Q4
Objectives

event, index date

– P-value
Exposure
- Fact of a subject’s or a population’s contact with a factor
likely to increase the probability of occurrence of an
Sự tiếp xúc của một cá hoặc một quần thể với một yếu tố có khả năng làm tăng xác suất xảy ra sự kiện hoặc bệnh tật
event or disease
- Example: infectious factors (virus, bacteria), physical
(radiation, PM2.5), chemical (drugs, pesticides)…
- In pharmaco-epidemiology, exposure: use of one or
more drug(s) under condition (dose, duration) which
allow patients to expect a therapeutic or adverse effects
Trong dịch tễ học dược học, phơi nhiễm: sử dụng một hoặc nhiều loại thuốc trong điều kiện (liều lượng, thời gian) cho phép bệnh nhân đạt được tác dụng điều trị
hoặc tác dụng phụ
Exposure and drug use
• Thalidomide – birth defect (congenital
disorders) (indirect exposure) ph ơi nhiễm gián tiếp
• Antibiotics – anaphylaxis shock Kháng sinh - sốc phản vệ
SD Thuốc nhưng ko xuất hiện biến cố mà ta quan tâm thì ko phải là exposure
EXPOSURE ESTIMATION
Interview: Patients, care givers, health professional => Kém chính xác nhất
Medical record, discharge claims: Rà soát thông tin bệnh án trong tờ khai
Quantification of biological liquid: định lượng dịch sinh học => Kết quả phơi nhiễm chính xác nhất
Time-window
• Time window: interval of time considered to
explore the effect of exposure (relevant in the
design or analysis)
Time window: khoảng thời gian được xem xét để khám phá ảnh hưởng của phơi nhiễm (có liên quan và thay đổi trong mỗi thiết kế hoặc phân tích)
Time-window
• Case-control study: a priori period during which
possible exposure to the risk factor of interest will
be investigated in the previous history of bothNghiên cứu bệnh chứng: khoảng thời gian dự kiến được định nghĩa trước trong đó khả năng tiếp xúc với yếu tố
phơi nhiễm sẽ làm tăng nguy cơ của cả trường hợp có bệnh và ko có bệnh và được nghiên cứu bệnh chứng thu
thập dữ liệu ngược thời gian
cases and controls
• Cohort study: the period after the beginning of
the exposure, during which the occurrence of the
event of interest will be investigated
Nghiên cứu thuần tập: khoảng thời gian sau khi bắt đầu phơi nhiễm, trong thời gian đó quan sát sự xuất hiện của biến cố bất lợi mà chúng ta quan tâm hay ko
Time-window
CASE CONTROL STUDY
Index date: thời gian xuất hiện biến cố mà ta quan tâm

Time-window LÀM TĂNG HAY GIẢM BIẾN CỐ BẤT LỢI TRONG

KHOẢNG THỜI GIAN NÀY
COHORT STUDY
Index date: thời gian bắt đầu tiếp xúc với yếu tố nguy nhiễm hay bắt đầu thời gian dùng thuốc
2 NHÓM BỆNH CÓ PHƠI NHIỄM VỚI THUỐC VÀ KHÔNG PHƠI NHIỄM VỚI THUỐC
PHƠI NHIỄM VỚI THUỐC TRONG KHOẢNG THỜI GIAN, CHÚNG TA PHẢI ĐỊNH NGHĨA TRƯỚC TRONG THỜI GIAN TIME WINDOW => VIỆC PHƠI NHIỄM
NÀY LÀM TĂNG HAY GIẢM BIẾN CỐ BẤT LỢI MÀ TA QUAN TÂM HAY KO
KHÔNG PHƠI NHIỄM VỚI THUỐC: CŨNG KHOẢNG THỜI GIAN ĐÓ SAU KHI MÀ BỆNH NHÂN ĐÓ BẮT ĐẦU SỬ DỤNG THUỐC
Time-window
• The a priori choice of time-window is tricky if
the pathogenetic mechanism or the hazard
function of the event of interest is poorly
documented. An inappropriate time-window
can strongly bias the estimate of risk

Sự lựa chọn ưu tiên của khoảng thời gian CỬA sổ là khó khăn nếu cơ chế phát sinh bệnh hoặc mô hình nguy cơ của từng cố của biến cố quan tâm. Khoảng thời gian
không phù hợp có thể làm sai lệch đáng kể ước tính rủi ro
Nếu thuốc biết trước được hàm nguy cơ (mô hình nguy cơ ) thì Time window xác định thời gian tương đối dễ và chính xác
Event
• Any phenomenon which can be observed or studied in a
subject or population
• In Pharmacovigilance: “event” designates a desirable or
undesirable, without presuming that it is or not related to
the use of a drug
• This term “Event” is also used each time the number of
cases occurring in 2 populations (exposed and non-
exposed groups)
Bất kỳ hiện tượng nào có thể được quan sát hoặc nghiên cứu trong một bệnh nhân hoặc một quần thể
• Trong Cảnh giác Dược: “sự kiện” cho ra mong muốn hoặc không mong muốn, mà không cho rằng nó có hoặc không liên quan đến việc sử dụng thuốc
• Thuật ngữ “Event” này cũng được sử dụng cho kết quả đầu ra mỗi khi số ca bệnh xảy ra trong 2 quần thể (nhóm phơi nhiễm và không phơi nhiễm). Event có hiệu quả
điều trị cũng có thể là biến cố bất lợi
Objectives
Factor, Quartile, H-index

event, index date
• Distinguish


Frequency of disease
• Proportion/percentage, ratio, rate
• Incidence vs prevalence
Proportion, ratio, rate

• Proportion:
– Number of subjects presenting a given characteristic divided by
the total number of subjects in the study population
– Proportion vary from 0 to 1, can be converted to percentage
• Ratio
– Division of one quantity by another, denominator do not include
the numerator • Tỷ trọng:
- Số cá thể biểu hiện một đặc điểm nhất định chia cho tổng số cá thể trong quần thể
nghiên cứu
- Tỷ lệ thay đổi từ 0 đến 1, có thể được chuyển đổi sang tỷ lệ phần trăm
– Sex ratio, risk ratio, odd ratio • Tỉ lệ
- Chia đại lượng này cho đại lượng khác, mẫu số không kể tử số (Độc lập với nhau)
- Tỷ số giới tính, tỷ số rủi ro, tỷ số lẻ
Proportion, ratio, rate

• Rate
– Quantification of the frequency of an event in a
population per unit of time
– The cases forming the numerator come from the

population represented by the denominator.
Tỷ lệ
- Định lượng tần suất của một sự kiện trong một quần thể trên một đơn vị thời gian (thời gian nằm ở mẫu số)
- Các trường hợp tạo thành tử số đến từ tập hợp được biểu thị bằng mẫu số.
Rate = số lượng biến cố chia cho 10 / năm = 2/20 = 0,1 = 1/10. theo dõi 1 trong 1 năm 10 năm
Incidence vs prevalence
• Prevalence: (Hiện mắc)
- Number of cases of an event recorded in a population during
a given period of time
- Prevalence = cases occurring during the study period + cases
prior to this period that have yet not recovered

Số trường hợp của một biến cố được ghi lại trong một quần thể trong một khoảng thời gian nhất định trước đó hoặc sau này
Prevalence = các trường hợp xảy ra trong thời gian nghiên cứu + các trường hợp trước thời kỳ này mà vẫn chưa phục hồi
Incidence vs prevalence
• Incidence: mới mắc
– Number of new cases of an event identified in a population over

a given period
– Incident cases, cumulative incidence, incidence rate
– Cumulative incidence: proportion of incident cases in population
at risk over a given period
– Incidence rate: number of cases of an event in a population
during a given period/number of subjects at risk in the
- Số trường hợp mới của một sự kiện được xác định trong một quần thể trong một khoảng thời gian nhất định
- Đếm Các ca mới mắc, tỷ lệ mới mắc tích lũy, tỷ lệ mắc
population - Tỷ lệ cộng dồn: tỷ lệ các trường hợp mới mắc trong tổng số dân số có nguy cơ trong một thời kỳ nhất định
- Tỷ lệ mắc: số ca biến cố mới xảy ra trong quần thể trong một thời kỳ nhất định / số đối tượng có nguy cơ trong dân số
7 incidence cases
10 prevalance
Total person-time=?
Cumulative incidence? 11 biến cố xảy ra
Incidence rate during follow-up period?
Incidence rate during the 2nd year (Jan 2015-Jan2016)
Point prevalence: Jan 1st 2015:?
Period prevalence: Jan2015-Jan2016:? Tống số người
Objectives

event, index date

Cohort study Cross-sectional study
– P-value
Population and sample

Population and Sample khác nhau như thế nào
Sample là một mẫu nằm trong Population
1. Tiết kiệm chi phí, thời gian, nhân lực
Kết quả Ngoại suy từ nhỏ ra cái to hơn
Population: tập hợp cá thể mà chúng ta quan tâm
Kết quả thu đc từ Sample suy ra Population là ngoại suy
Population and samples

Population and samples
True value Point estimations

ước lượng giá trị thực cho
quần thể Gía trị đo lường của một mẫu để ngoại suy ra quần thể
CI 95% gọi là CI 95%
(Confident interval 95%) : LÀ KẾT QUẢ CHO QUẦN THỂ

CI 95% and p-value
• What is CI 95%, how to interpret CI 95%
• What is p value, how to interpret p-value

CI 95%
• Confident Interval:
95 % confidence is a confidence that in the long-

run 95 % of the CIs will include the population
mean. It is a confidence in the algorithm and not
a statement about a single CI.
Độ tin cậy 95% là độ tin cậy rằng nghiên cứu lặp đi lặp nhiều lần (100 lần khoảng 95 lần CI sẽ chứa giá trị thực của nghiên cứu đó dao động từ 1,5 - 2,5)
thì 95% các khoảng tin cậy từ nghiên cứu sẽ chứa giá trị thực quần thể. Đó là tin vào thuật toán chứ không phải là một phát biểu về một CI độc lập, duy nhất.
Đường ngang thì thể hiện kết quả cho mẫu

quần thể chứa giá trị O: đường gạch gạch
Đường ngang sẽ thể hiện kết quả cho mẫu
tròn: sample mean giá trị đo lường mẫu
Đường đen dài là CI 95%
5 đường ko chứa ko cắt giá trị thực của quần thể
Points estimation: đường xanh
CI 95% : màu đen hoặc màu đỏ
Points estimation ít trùng sample
Đường đen ngắn hơn nhiều khi giảm cỡ mẫu Sample size. sample size tăng CI 95% hẹp
Confident interval
• CI 50%, CI 95%, CI 99%: how they different?
• Sample size and CI 95%: how they relate?

P-value
How to interpret p-value
P<0.05
P ≥ 0.05
P-value
• P-value is a tool used in hypothesis analysis
Null hypothesis (H0): No difference, no association
Alternative hypothesis (H1): difference, association

P-value
Truth in population
Conclusion H0 is true H1 is true
from
Reject H0 Type 1 1error True positive
2
observed
data Accept H0 True negative
3 Type 2 4error
Type 1 error: α - significant level (the probability of rejecting H0 when H0 is true)
Type 2 error: β (1- β: power study)

P-value: how surprising the data is, assuming that the null hypothesis is true
P-value
• α - significant level: 0.05
p=0.01 p=0.1
 If H0 is true, the probability  If H0 is true, the probability
to observe the current data is to observe the current data is
1% 10%
 Reject H0: the probability of  Reject H0: the probability of

false positive is only 1%  in false positive is 10%  > 5% of
the range of 5% of maximum maximum of error type 1
of error type 1
 Able to reject H0  Not able to reject H0

Terminology and Basic Concepts - Sinh Viên

Uploaded by

Document Information

Original Title

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

Terminology and Basic Concepts - Sinh Viên

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

Pharmaceutical Administration and Economics Department (PAED)

MSc. Nguyen Thi Ha

• Understand some basic term: exposure, exposure time-window,

• Distinguish and understand:

– Frequency of diseases: Incidence, prevalence, proportion,

– Population, sample, points estimation and CI 95%

Journals and criteria to judge their quality

Journal prestige Tạp chí uy tín

• ISSN: International standardized serial number

• ISI journals (Institute for Scientific Information)

• Scopus Index Journals

• IF, CiteScore, Quartiles, SJR, H-index

ISSN member countries

• ISSN: International standardized serial number

• ISI journals (Institute for Scientific Information)

• Scopus Index Journals

• IF, CiteScore, Quartiles, SJR, H-index

ISI – web of science core collection

ISI: Institute of Scientific Information

Web of Science Core Collection

•Social Sciences Citation Index (SSCI): social sciences

•Arts & Humanities Citation Index (AHCI): arts and humanities

•Emerging Sources Citation Index (ESCI): all disciplines

Web of Science Core collection

Scopus index journals

• ISSN: International standardized serial number

• ISI journals (Institute for Scientific Information)

• Scopus Index Journals

• IF, CiteScore, Quartiles, SJR, H-index

• Impact factor Web of science - Clarivate endnote:

tổng số bài báo đã xuất bản trong năm 2013 và 2014

Citescore CHÍ SỐ GIỐNG IF. TÍNH TOÁN Tỷ SỐ DỰA SỐ LƯỢNG

SJR (Scimago Journal Rank)

The Scimago Journal Rank (SJR) is based on the

A composite of productivity and citation impact, h-index is defined as the

H-index favours older and more productive authors and journals

Review the general information of journals

• Web of science: Clarivate analytics

• Scimago Journal and country rank

• Understand some basic term: exposure, exposure time-window,

• Distinguish and understand:

– Frequency of diseases: Incidence, prevalence, proportion,

– Population, sample, points estimation and CI 95%

Exposure and drug use

• Thalidomide – birth defect (congenital

disorders) (indirect exposure) ph ơi nhiễm gián tiếp

• Antibiotics – anaphylaxis shock Kháng sinh - sốc phản vệ

Index date: thời gian xuất hiện biến cố mà ta quan tâm

Time-window LÀM TĂNG HAY GIẢM BIẾN CỐ BẤT LỢI TRONG

the pathogenetic mechanism or the hazard

function of the event of interest is poorly

documented. An inappropriate time-window

can strongly bias the estimate of risk

• Understand some basic term: exposure, exposure time-window,

– Frequency of diseases: Incidence, prevalence, proportion,

– Population, sample, points estimation and CI 95%

• Proportion/percentage, ratio, rate

Proportion, ratio, rate

Proportion, ratio, rate

– The cases forming the numerator come from the

- Number of cases of an event recorded in a population during

a given period of time

- Prevalence = cases occurring during the study period + cases