Arthur Filipe Gracielle Higino — Introdu¢do do uso doR para simples mortaisSUMARIO oDU: AHISTORIA DOR BAIKANDO OR ALGUMAS APLICACOES DO R 1.01NicIo DETUDO 2.0 RCOMO CALCULADORA 3. CRIANDO OBJETOS 4. OBIETO NiO IDENTIFICADO 5. SUPER R! IMPORT: UMA ULHA aaa z ALGUMAS FUNCOES GRAFICAS DO R Q 1. GRAFICO DE BARRAS 2, GRAFICO DE DISPERSKO. 3. BoxPLors 4. HISTOGRAMAS SALVE O SEU SCRIPT! LIVROS E SITES RECOMENDADOS 9 10 10 ul u 13Introdugao desenvolvimento da Ciéncia sempre vem acompanhado de novas técnicas que viabilizam a realizagio de pesquisas cientificas. A utilizagfo de ferramentas computacionais por parte dos pesquisadores possibilita aplicar uma série de andlises, tanto para a Biologia como para outras ciéncias. Existem muitos softwares utilizados por cientistas para a realizagdo de andlises, e um deles & 0 R, 0 qual abordamos aqui. Neste pequeno tutorial, procuramos esclarecer alguns pontos de uso bisico do R, ainda que © Ieitor nunca tenha utilizado o programa, Naturalmente, no pretendemos nos aprofundar muito no tema, pois nosso objetivo é familiarizar 0 leitor com essa linguagem de programacao tio importante, servindo assim como ponto de partida para outras leituras mais detalhadas. Esperamos que aproveitem bem este manual, e que, no final da leitura, no vejam a hora de usar o R sempre que for preciso. Boa leitura! A histéria do R Podemos definir o R como uma linguagem de programagio, o que significa que ele possui uma linguagem prdpria que permite nos comunicarmos com o computador. Além disso, o R também € um ambiente de programagio, pois reine uma série de ferramentas que possibilitam aos seus usudrios processar linhas de ‘comando para transformé-las em linguagem de maquina. O R disponibiliza uma grande variedade de técnicas estatisticas e griificas que vém sendo utilizadas por estatisticos no mundo inteiro. A cada ano a popularidade deste programa vem crescendo consideravelmente devido a imensa rede de pessoas que debatem constantemente sobre suas funcionalidades em diversos foruns e sites da internet. O UseR é uma conferéncia anual que aborda os mais recentes aspectos deste programa, ¢ retine os milhares de fs do R que estio espalhados pelo mundo inteiro. Contudo, apesar do R ter sido criado em 1991, o estilo desta linguagem de programagio foi implementada muito antes, em 1976, por John Chambers, criador do software S, cuja proposta principal baseava-se numa forma de programagio que pudesse ser executada com facilidade pelo usuério. Ross Ihaca ¢ Robert Gentleman so os criadores do R, ¢ inicialmente faziam parte da equipe dos programadores do S. Eles criaram 0 R como um programa completamente gratuito e livre de licengas, permitindo total liberdade de programar pelos seus usudrios. Essa acessibilidade & o que constitui adiferenga crucial entre o R e 0 S: enquanto o primeiro é gratuito, o S era pago, além de nao possuir cédigo aberto. Entretanto, & importante ressaltar que ambos os programas stio muito semelhantes entre si, de modo que se quisermos aprender um pouco sobre como utilizar © R podemos muito bem ler tutoriais de uso do S. BaixandooR Fazer 0 download do R é algo bem simples. Para obté-Io, basta acessar o site oficial: htto:/www.r-project.org/. La, vocé s6 precisa clicar no link CRAN, para, em seguida, selecionar o sistema operacional desejado, Se o sistema de seu computador for Windows, por exemplo, vocé deve clicar em Download R for Windows; entéo o R seri baixado. Enquanto vocé espera seu download concluir, uma boa dica ¢ explorar um pouco © site oficial. Ele oferece uma ampla variedade de material relacionado com as diversas aplicagdes do R para a Ciéncia. Ao clicar no link Manuals vocé encontraré virios livros eletrOnicos disponibilizados gratuitamente, que tém o objetivo de enriquecer os conhecimentos dos usuarios sobre essa linguagem de programagdo. Algumas aplicagdes do R 1. O inicio de tudo © R é um programa bastante versitil, pois ele nos oferece total liberdade para executarmos nossas andlises de dados. Assim que abrimos 0 R, vemos uma telinha branca chamada console. No console do R, 0 simbolo ‘>’ é o prompt de comando. O cursor fica piscando para que voeé comece a utilizar 0 programa: a partir dai, podemos empreender uma série de anélises. R € um projete colebezasive com muitos cont: "eoncrsbucers()" ‘eivation()* para sabex como oi ssidores. mais informagies © OR ob pacovts do A om publicagSea. Digive ‘demo()* para demons sistema on-line de aude, oa. "hed pare abrir o sistena de ajuda en ETC no sea navegador. bore at queremos fazer ¥Para escrever 0s comandos, podemos utilizar objetos, fungdes © as vezes precisaremos carregar pacotes. Os objetos geralmente guardam informagdes que nds atribuimos a eles e podem ter os nomes que nés escolhemos. Podem ser vetores, matrizes, data-frames ou listas. ‘Arquivo Editar Visualizar Misc Pacoter Janelat Ajuda eal eal] ) [S| As funges sio formas de 08 “pedagos” da fungiio que dirio como queremos que ela utilize nossos dados. As fungdes produzem resultados, ou “oufputs”, e tém nomes determinados previamente, ‘mas nés também podemos crié-las e colocar os nomes que quisermos. ilizar os dados e precisam de argumentos, que sto > fungdo (argumentol=valor, argumento2=valor, ...) Os pacotes so conjuntos de fungdes e As vezes contém dados de exemplo para que possamos aprender a utilizé-los. Como as fungées, tém nomes pré-determinados, ‘mas nés também podemos crié-los. Podem ser instalados e carregados de acordo com as nossas necessidades com as fungdes install packages() e library(), cujos argumentos so ‘0s nomes dos pacotes. Sempre que escrevemos um comando incompleto (por exemplo, uma fungi onde falta o paréntese final) e pedimos para o R executi-lo, ele entrard no estado de espera, exibindo um “+” no lugar do “>” habitual. Neste caso, basta escrever 0 que falta eexecutar, 2. O R como calculadora Com o R podemos facilmente realizar as quatro operagdes matematicas. Deste modo, digitamos ‘5*7’, pressionamos enter, e na linha seguinte apareceré ‘35° como resultado. Além disso, podemos também calcular algumas fungées um pouco mais‘complexas. Para calcularmos a raiz quadrada de 25, por exemplo, utilizamos ‘sqrt(25)’, ¢ pronto, lé estaré nosso resultado! Ah, e podemos também calcular o logaritmo utilizando a fungdo Zog(). Assim, para saber 0 logaritmo de 100 na base 10 basta escrevermos ‘log(100, 10), ¢ 0 R nos responder num piscar de olhos. 5 er rr Aun Edler Viualcar Mac Pocstes Janel & Digite *deno()* para denonstragées, theip()' para o sistema on-line de asda, ou "ueip-svare()" peza abriz © sistenm de ajuda en HTM no veu navegado: Bigise "gil" pare sear do Be 3. Criando objetos Com os simbolos “<:' e *=", nés podemos guardar uma ou mais informagdes em um iinico objeto. Assim, por exemplo, se escrevermos ‘Dados <- 25°, da préxima vez que digitarmos ‘Dados’ na linha de comando, o R nos traré 25 como resposta. Criar objetos no R é extremamente pritico quando nosso desejo é trabalhar usando conjuntos de dados com varias informagdes, como veremos na se¢o “Importando uma planilha”. Para que um objeto deixe de existir, devemos executar a fungio rm(), cujo argumento ¢ © nome do objeto a ser excluido, Também podemos verificar quais objetos esto “gravados” no momento utilizando a fungo Is) que retorna uma lista de todos os objetos atuais se nenhum argumento for utilizado.4, Objeto no identificado ‘A linguagem do R é chamada case sensitive, isto é, ela distingue entre letras maidisculas ¢ minisculas. Se, por exemplo, criarmos um objeto chamado ‘Dados’, ¢ mais a frente 0 chamamos de ‘dados’, 0 R nos responde com uma mensagem de erro dizendo que “o objeto ‘dados’ nfo foi encontrado”. Ler as mensagens de erro no R é ‘muito importante para compreendermos onde foi que erramos. Elas podem ser muito liteis para concertarmos pequenos erros que, muitas vezes, trazem grandes dores de cabeca. ‘qaxo Edtar Vusiow Me Pacer nsat Ajuda Gisele)! 5. Super R! Quando estiver aflito ¢ no souber mais o que fazer, os mecanismos de ajuda do R vio socorrer vocé! Quando desejamos saber como utilizar uma determinada fungi, basta digitarmos ‘help(nomedafungao)’. Se quisermos, por exemplo, calcular a média, colocamos ‘help(mean)’, e 0 R nos apresentaré. uma pégina em formato htm! com informages sobre como usar a fungiio desejada. Mas digamos que ndo sabemos qual a fungdo correta para calcular a média, Usamos entiio ‘??mean’. Jé para termos com mais de uma palavra, utilizamos ‘help.search()". Digamos que queremos saber como usar a fungdo relacionada com a regressao linear; digitamos ‘help.search{‘linear regression”)’, € pronto, nossos problemas estardo resolvidos! Tarue Cet Veer Noe Paces ness Ads Bee alas S12)Importando uma planilha Existem algumas maneiras de se importar uma planilha de dados para o R. Antes de tudo, é importante informarmos para o R onde esti localizada a planilha com a qual pretendemos trabalhar. Existe uma série de formatos que podemos utilizar para uma mesma planilha, como, por exemplo, uma clissica planilha no Excel, com a extensto ‘xlsx’. Para simplificarmos a leitura da planilha pelo R, uma boa sugestao ¢ copiar ¢ colar os nossos dados em um arquivo no formato bloco de notas, com extensio ‘txt’, Em seguida, acessamos 0 menu ‘Arquivo’, e selecionamos ‘Mudar dir... para escolhermos 0 diret6rio onde se encontra a planilha com os nossos dados. A partir dai, podemos nos divertir com nossas andlises! Apesar de deserevermos acima como selecionar um diret6rio de trabalho no R, essa € apenas uma das formas que podemos utilizar para importar nossos arquivos. Se quisermos definir o diretério digitando na propria linha de comando do console do R, podemos utilizar a fungio serwd(); e para ficarmos sabendo qual o nosso diretrio de trabalho atual, podemos digitar getwd(). Ah, e para saber quais so 0s arquivos que esto armazenados em nosso diret6rio, basta digitamos dir(). Agora que j4 escolhemos 0 diret6rio desejado, devemos prosseguir para a etapa seguinte, Na seco anterior, vimos a praticidade de se criar objetos no R quando o assunto sc trata de analisar conjuntos de dados que contém diversas informagdes. Para importarmos para o R 0 arquivo que contém nossos dados devemos criar um objeto utilizando 0 comando read table(“nomedoarquivo.txt”, header=T), Com o argumento *header=T”, nés explicamos para o R que existe um cabegalho em nossa planilha (T quer dizer TRUE). Na etapa seguinte & importagéo, nés vamos conferit 0 que importamos. Uma forma bastante clara de se fazer isso € digitar 0 nome do objeto que criamos, ¢ pressionar enter em seguida. O R nos mostrard entiio todos os dados que foram importados. Contudo, existem maneiras bastante simples de visualizar os nossos dados. Podemos, por exemplo, utilizar a fungao head(), que nos mostraré as primeiras seis linhas de nossa planilha, ou ainda outra fungdo chamada summary), que nos apresenta algumas estatisticas descritivas de nossos dados. Na imagem a seguir, voc pode acompanhar exemplos do que falamos acima,‘Arquivo Ecitar Visualzat Mise Pacotes Janeas Ajuda alata) sis) > nead(Dadoa) UA Sapos Unidade Temperance ad-abie ("Sapa + eT) ‘Vocé pode utilizar cada pedago do seu objeto separadamente e até criar novos objetos com estes subconjuntos. Para isso utilizamos os colehetes. Se seu objeto for um vVetor, basta indicar entre colchetes qual a posigo do dado que quer utilizar. Por exemplo: ‘Arquivo Editar Visualizar Misc Pacotes Janelas Ajuda | > x < e¢meaza™, "carson, Este procedimento retomaré “énibus” como valor do objeto y. Se vocé escrever um sinal negativo na frente do algarismo que indica a posigao do valor, este sera excluido do vetor. Se seu objeto for uma tabela como a que importamos agora, vocé pode indicar a Tinha e a coluna onde esté o valor de interesse ou um intervalo de colunas e linhas. Por exemplo:ee === Comresponde a0 valor da prim ae > Dadosti:3,2) primeira coluna oe E aqui temos o conjunto de valores nas linhas 1,2e3 | da coluna 1 va Algumas fungées graficas do R © R € uma poderosa ferramenta para criar e manipular gréficos. Quando o assunto se trata de construir grificos de boa qualidade para inclui-los em publicagSes cientificas, este programa nos apresenta étimas opgées. A seguir, conheceremos algumas fungdes dos tipos de gréficos mais comuns que podemos fazer no R. Vale Jembrar que sempre & importante utilizarmos 0 help da fungo desejada quando nosso objetivo é se aprofundar um pouco mais nas aplicagdes da fungdo. 1. Grafico de barras Os grificos de barras so utilizados quando estamos trabalhando com duas varidveis categéricas; sua fung&o no R se chama barplot. Para visualizarmos um tipico exemplo de grafico de barras no R, podemos escrever na linha de comando: > barplot (sample (10:100,10)) ‘Na imagem a seguir, acompanhamos um exemplo de gréfico de barras que representa dados importados de uma planilha. Note que podemos usar alguns argumentos para deixar nosso gréfico visualmente mais organizado. Prinisio 15) ausonta tll10 2. Grafico de dispersio Enquanto os gréficos de barras servem para representar duas variéveis categéricas, com os grificos de dispersio. podemos representar duas variiveis uantitativas. © comando que utilizamos & plot, ¢ a légica estrutural é bastante simples: plot(eixo x, eixo y). 3. Boxplots Com a fiungiio boxpior construimos grificos adequados quando pretendemos relacionar uma varidvel quantitativa © uma categérica. E de quebra, ela ainda nos possibilita enxergar graficamente algumas estatisticas descritivas de nossos dados: as medianas ¢ os quartis (¢/ou percentis). Wenncre 4, Histogramas Podemos utilizar histogramas quando nossa intengdo é representar a distribuicdo das frequéncias dos valores de determinada varivel quantitativa. Escrevemos a funco hhist para construir um histograma, e podemos acrescentar alguns argumentos para orgenizar melhor 0 nosso grifico. Assim, por exemplo, com breaks=3 podemos alterar © méimero das classes de nosso histograma. R > hist (Temperatura, br >t Histogram of Temperatura 0 15 2 2 3 35 40 “Tempera Salve o seu script! Durante a realizago de nossas andlises no R é essencial organizarmos bem as tapas que estamos executando para que tudo possa ser salvo, de modo que sejamos capazes de montar nossos préprios materiais com as aplicagdes priticas deste programa. Digitar as nossas fung6es nas linhas de comando pode ser muito importante, no entanto, ‘medida que vamos acrescentando fungdes e comandos, o console do R vai ficando um pouco bagungado, cheio de mensagens de erros e informagées de resultados. Uma maneira bastante pritica de contonar essa situagdo é utilizar scripts: basta ir ao menu ‘Arquivo’, escolher ‘Novo script’. Na janela em branco que sera aberta, podemos organizar 0 passo-a-passo de nossas anilises, e para salvar os comandos basta novamente ir em ‘Arquivo’, e clicar na opgao ‘Salvar’. Os seripts do R serio salvos em formato proprio, com a extensfio .R, mas podem ser facilmente abertos em formato de loco de notas. Sempre que digitamos qualquer fungo no script, na mesma linha em12 ‘qe cserevemos a funcdo devemos clicar em Ctrl+R para que ela seja executada na linha de comando do console. Utilizar seripts & essencial para facilitar nossa compreenstio de uso do R. Eles nos permitem, além de organizar as etapas de nossas andlises, facilitar 0 aprendizado deste programa. Portanto, sempre que estiver escrevendo seu script, fique & vontade para inserir seus préprios comentérios com informagdes das fungdes que esto sendo Utilizadas. Se vocé quiser colocar os comentirios no console, é importante colocar 0 simbolo # antes de cada comentirio, pois isso permitiré o R reconhecer que aquilo que digitamos nfo se trata de uma fungio (se digitarmos qualquer comentério no console sem o # antes, o R nos informard com uma mensagem de erro, pois ele ndo ser capaz de interpretar as informagées dos comentérios como uma fungdo itil). Ah, € vale Jembrar também que & muito importante salvarmos 0 que escrevemos em nosso script, afinal, ninguém quer ter todo o trabalho do mundo para depois perder tudo de uma vez somente por ter esquecido esse detalhes tio simples!> Livros e sites recomendados #Alguns livros The R Book, Michael J. Crawley, 2012, Wiley Numerical Ecology with R, D. Bocard, F. Gillet & P. Legendre, 2011, Springer #Alguns sites https: //cantinhodor. wordpress.com https //www.r-bloggers.com http: //recologia.com.br/