1

BÀI 4. TRÌNH BÀY CẤU TRÚC PHÂN TỬ

MỤC TIÊU BÀI HỌC

Sau khi học xong bài này, học viên đạt được những điều sau đây:
- Hiểu rõ cấu trúc phân tử 2 chiều, các thành phần trong cấu trúc, phần mềm trình
bày cấu trúc, một số từ khóa liên quan và lĩnh vực áp dụng.
- Thực hiện được các thao tác căn bản với các công cụ như chọn, vẽ, ấn định thông
số, thay đổi chi tiết cấu trúc, vẽ khung, liên kết, xoay, gộp/tách nhóm, quản lý tập
tin trong phần mềm ICIS Draw.
- Áp dụng trình bày được cấu trúc phân tử cho sẳn sử dụng phần mềm ICIS Draw và
sao chép sang văn bản khoa học (báo cáo, khóa luận, bài báo,…).

- Vận dụng kiến thức đã học vào trong lĩnh vực thiết kế thuốc.

GIỚI THIỆU

Nguồn gốc
ISIS/Draw là phần mềm trình bày cấu trúc phân tử 2 chiều của công ty MDL
Information Systems.
ISIS/Draw được tải miễn phí. Có thể cài đặt dễ dàng trong Windows 9x trở lên.
ISIS/Draw được tích hợp thêm phần mềm Autonom là phần mềm đọc tên cấu trúc
phân tử tự động theo danh pháp IUPAC.
Hiện nay, phiên bản mới nhất và được sử dụng trong giáo trình là ISIS/Draw 2.5 và
Autonom 2000.

Lĩnh vực áp dụng

Trình bày cấu trúc phân tử 2 chiều vừa và nhỏ thuộc các lĩnh vực hóa học:
- hóa hữu cơ,
- hóa dược,
- hóa sinh,
- hóa thực vật…
 2

Một số phần mềm trình bày cấu trúc hóa học

- 2 chiều: ISIS-Draw, ChemSketch, ChemWin, ChemDraw…
- 3 chiều: ChemSketch, Chem3D, HyperChem…

Một số từ khóa

Mẫu cấu trúc phân tử (template):

- có sẵn trong phần mềm
- chỉ cần nhấp để vẽ cấu trúc phân tử

Cấu trúc phân tử dạng tập tin (molecular structure) N

N
- sản phẩm từ các mẫu
N N
- được lưu dưới dạng *.MOL

Hình phác thảo (sketch) N N

- có thể là phân tử, chữ hay hình vẽ N

N
- được lưu dưới dạng *.SKC
Purine

VẬN HÀNH TỔNG QUÁT

Khởi động ISIS-Draw

\ All apps\ MDL ISIS-Draw 2.5 Standalone\ MDL ISIS Draw 2.5
 3

Cửa sổ ISIS-Draw
Thanh tiêu đề Thanh đơn lệnh Các nút
kiểm soát

Mẫu cấu trúc

phân tủ

Thanh Vùng làm việc

công cụ

Thanh trượt

Thoát khỏi ISIS-Draw

Thực hiện theo một trong 2 cách:
- Nhấp lần lượt: File\ Exit
- Nhấp nút trên góc phải.
 4

Công cụ vẽ cấu trúc

Chọn
Xoay
Xóa
Ký hiệu nguyên tử
Vẽ liên kết
Định hướng nhóm thế
Vẽ chuỗi
Thêm dấu + cho phản ứng
Vẽ mũi tên
Sắp đặt nguyên tử
Thành lập chuỗi
Vẽ ngoặc vuông
Nhập ký tự (từ bàn phím)
Vẽ nét
Vẽ hình
Đọc danh pháp tự động

Mẫu cấu trúc

Mẫu đơn giản Mẫu dạng tập tin

Mẫu theo
nhóm hợp chất
 5

THAO TÁC CĂN BẢN

Vẽ khung phân tử

Nhấp Nhấp Định vị

liên kết liên kết và xoay

Nhấp Nhấp
liên kết nguyên tử

Vẽ liên kết

Nhấp Nhấp Nhấp Nhấp

(Trên) (Dưới)

Nhấp

Sử dụng công cụ chọn

Giữ chuột trái tại công cụ chọn, sẽ hiện 3 công cụ thứ cấp, rê chuột đến công cụ cần
chọn.
 6

Chọn linh hoạt (Lasso tool): cho phép chọn 1 nguyên tử, 2 hay nhiều nguyên tử
không liên tiếp; 1 cạnh, 2 hay nhiều cạnh không liên tiếp và cả phân tử.
Chọn theo khung chữ nhật (Select tool): cho phép chọn 1 hay nhiều nguyên tử, 1
hay nhiều cạnh nằm trong khung hình chữ nhật và cả phân tử.
Chọn cả phân tử (Mocule select tool): chỉ cho phép chọn cả phân tử.

Chọn 1 nguyên tử Chọn 1 cạnh Chọn cả phân tử

Định hướng nhóm thế

Me Me Me Me Me Me
 7

Nhập ký hiệu nguyên tử

C2H5
Nhấp & Chọn Nhấp & Gõ

N N

Trình bày tên hay tiêu đề

N N N N

N N
N Nhập ký tự từ N
bàn phím
Purine

Xoay dọc/ ngang phân tử

Object\ Flip\
Horizontal
 8

Nhóm hay tách rời

N N N
N

N N N N
Shift &
Nhấp
Purine Purine

Object\ Group

N N N
N

N N N N
Object\
Ungroup
Purine Purine

Định dạng hệ thống

Nét vẽ, nền hay mũi tên
Áp dụng trong trước khi vẽ, muốn các hình vẽ theo một định dạng thống nhất.

Nền
Nét vẽ

Mũi tên
 9

- Phân biệt khung cấu trúc và hình phác thảo

- Khung cấu trúc không có nền, nên không sử dụng chức năng định dạng nền như
hình phác thảo.

Phông chữ

Loại Cỡ

Kiểu Canh

Định dạng hệ thống của phần mểm

Để lấy lại hệ thống định dạng mặc định của phần mềm, chọn 1 trong 2 cách:
- Options/ Read Journal or Custom Settings…/ chọn tập tin OrigDraw.cfg
- Options/ Setting/ Read/ chọn tập tin OrigDraw.cfg

Định dạng chi tiết

Áp dụng sau khi vẽ 1 hay nhiều hình, muốn thay đổi vài chi tiết riêng trên từng cấu
trúc hay hình.
Sử dụng công cụ chọn, để chọn đối tượng cần định dạng.
Tùy theo đối tượng được chọn (là nguyên tử, cạnh hay cả phân tử) mà sẽ có những
hộp thoại định dạng khác nhau.
 10

Thay đổi chi tiết nguyên tử

Chọn nguyên tử cần thay đổi. Nhấp chuột phải để xuất hiện và chọn Edit Atom.
 11

Thay đổi chi tiết cạnh cấu trúc

Chọn cạnh cấu trúc (liên kết) cần thay đổi. Nhấp chuột phải để xuất hiết và chọn Edit
Bond.
 12

Thay đổi chi tiết phân tử

Chọn cấu trúc cần thay đổi. Nhấp chuột phải để xuất hiện và chọn Edit Molecule.

Định dạng chi tiết văn bản

 13

Định dạng chi tiết hình phác thảo

THAO TÁC KHÁC

Thay đổi kích thước biểu kiến & kích thước thực
- Kích thước biểu kiến:

Options\ Zoom

O
 14

- Kích thước thực:

O O

O 50%

Đọc danh pháp tự động

Chọn phân tử và chọn chức năng Autonom

 15

BÀI TẬP ÁP DỤNG

Bài 1. Hãy trình bày cấu trúc của Novocain

O C2H5
H2N N
O C2H5

Bài 2. Hãy trình bày cấu trúc của 9-Methyl-3-methylene-deca-1,8-diene

CH3 CH2
CH2
H3C

Bài 3. Hãy trình bày cấu trúc của Thiamin

N
+
S N N
HO
N

Bài 4. Hãy trình bày cấu trúc của Chloroquine

Bài 5. Hãy trình bày cấu trúc của Celecoxib

O
S CH3
O
N N
F3 C

CH3
 16

Bài 6. Hãy trình bày cấu trúc của Arbidol

Bài 7. Hãy trình bày cấu trúc của Testosteron

OH

H H
O

Bài 8. Hãy trình bày cấu trúc của Harringtonine