Có thể sử dụng các loại chế phẩm enzyme khác nhau để chuyển hóa các phế liệu, đặc

biệt là
các phế liệu nông nghiệp cải tạo đất phục vụ nông nghiệp.
Ở Nhật hằng năm đã sản xuất hàng vạn tấn chế phẩm cellulase các loại để dùng trong nông
nghiệp. Có chế phẩm chứa cả cellulase, hemicellulase, protease và amylase.
Công nghệ này khá phổ biến ở nhiều quốc gia. Ở nước ta việc dùng enzyme vi sinh vật góp
phần trong sản xuất phân hữu cơ đang được khai thác để thay thế cho phân hóa học.
Tóm lại, có thể nói rằng, việc nghiên cứu ứng dụng các chế phẩm enzyme ngày càng được chú
trọng ở các lĩnh vực khác nhau. Trong 20 năm cuối thế kỷ XX và các năm dầu của thế kỷ XXI
các enzyme khác nhau đã được ứng dụng. Ở Việt Nam bước đầu đã có nhiều nghiên cứu ứng
dụng các enzyme trong chế biến nông sản, thực phẩm, nhất là trong lĩnh vực sản xuất bia, rượu,
chế biến tinh bột (Viện công nghiệp thực phẩm, Viện công nghệ sinh học – công nghệ thực
phẩm, Đại học Bách khoa Hà Nội…). Việc nghiên cứu các enzyme phục vụ nông nghiệp, công
nghiệp cũng được quan tâm và có các kết quả đáng khích lệ. Ví dụ, chế phẩm enzyme mới ra
đời phục vụ nông nghiệp E2001 có tác dụng tăng độ phì nhiêu đất, tăng năng suất cây trồng. Đã
có các nghiên cứu ứng dụng protease trong sản xuất rượu bia, rút ngắn thời kỳ lên men cũng
như sản xuất nước mắm ngắn ngày bằng công nghệ enzyme protease. Enzyme amylase cũng
được nghiên cứu ứng dụng rộng rãi trong sản xuất đường bột, maltodextrin, nha glucose, siro,
glucose – fructose ở quy mô công nghiệp.
Enzyme có một vị trí quan trọng trong y học. Đặc biệt là các phương pháp định lượng và định
tính enzyme trong hóa học lâm sàng và phòng thí nghiệm chẩn đoán. Do đó, hiện nay trong y
học đã xuất hiện lãnh vực mới gọi là chẩn đoán enzyme, có nhiệm vụ:
- Phân tích xác định nồng độ cơ chất như glucose, ure, cholesterol… với sự hổ trợ của enzyme .
- Xác định hoạt tính xúc tác của enzyme trong mẫu sinh vật.
- Xác định nồng độ cơ chất với sự hổ trợ của thuốc thử enzyme đánh dấu.
Dùng enzyme để định lượng các chất, phục vụ công việc xét nghiệm chẩn đoán bệnh, ví dụ
dùng để kiểm tra glucose nước tiểu rất nhạy.

Urease để định lượng ure…

Dùng enzyme  làm thuốc ví dụ protease làm thuốc tắc nghẽn tim mạch, tiêu mủ vết thương, làm
thông đường hô hấp, chống viêm, làm thuốc tăng tiêu hóa protein, thành phần của các loại thuốc
dùng trong da liễu và mỹ phẩm…
Trong y học các protease cũng được dùng để sản xuất môi trường dinh dưỡng để nuôi cấy vi
sinh vật sản xuất ra kháng sinh, chất kháng độc… Ngoài ra người ta còn dùng enzyme protease
để cô đặc và tinh chế các huyết thanh kháng độc  để chửa bệnh.
Amylase được sử dụng phối hợp với coenzyme A, cytocrom C, ATP, carboxylase để chế thuốc
điều trị bệnh  tim mạch, bệnh thần kinh, phối hợp với enzyme thủy phân để chữa bệnh thiếu
enzyme tiêu hóa.