Jacquelyn G.

Black

Microbiology: Principles and

Explorations
Sixth Edition

Chapter 8:
Gene Transfer and Genetic
Engineering

Copyright Q,-:) 2005 by John Wiley & Sons, Inc.

 Types and Significance of Gene Transfer
• Gene transfer: refers to the movement of genetic
information between organisms

• Recombination: The combining of genes (DNA)

from two different cells

• Vertical gene transfer: When genes pass from

parents to offspring

• Horizontal (lateral) gene transfer: Pass genes to

other microbes of their same generation
Mechanisms of Lateral Gene Transfer in Bacteria

• Transformation

• Transduction

• Conjugation
 Transformation
• A change in an organism's characteristics because of
transfer of genetic information

• Naked DNA: DNA that has been released from an

organism after the cell is lysed and DNA is no longer
incorporated into chromosomes

• Competence factor is released into the medium and

apparently facilitates the entry of DNA into cell

• DNA transport proteins and DNA exonuclease (an

enzyme that cuts up DNA) is also needed
The Discovery of Transformation: Griffith's
experiment with pneumococcal infections in mice
Heat•killed smooth Live, virulent, smooth Live, nonvirulent, rough
pneumococci, with capsule pneumococci, with capsule pneumococci, no capsule

‘11;■ 4•0

Meuse lives Mouse dies Mouse lives

Heat-killed smooth Live, nonvirulent, rough

pneumococci, with capsule pneumococci, without capsule
uo.
Q

-
r 101.•-■

Mouse dies

+ 4ao
Live smooth pneumococci (with capsule) plus live rough pneumococci
( without capsule) isolated from dead mouse
Figure 6 1 Microbiology. 64
100S .1oAn Wiley S. Sons
 Heat-killed smooth Live, virulent, smooth Live, nonvirulent, rough
pneumococci, with capsule pneumococci, with capsule pneumococci, no capsule

ll ll ll

Mouse lives Mouse dies Mouse lives

Figure 8 1 part 1 Microbiology, 6 e
2005 John Miry & Sons
 Heat-killed smooth Live, nonvirulent, rough
pneumococci, with capsule pneumococci, without capsule

Mouse dies

+
Live smooth pneumococci (with capsule) plus live rough pneumococci
( without capsule) isolated from dead mouse
Figure 8 1 part 2 Microbiology, 6.e
• 200S John Wiley & Sons
 The Mechanism of Bacterial Transformation
1 . Naked DNA fragments from disintegrated cells
in the area of a potential recipient cell. This cell
must be of the correct genus and be in a state of
competence, a proper physiologic condition, to
permit entry of the DNA fragments.
c h
c;•:, 1
1 2.
9r
b
G C=
:•)c
H A B

F E D
-----
' Entry of
naked DNA
into competent
)
h
H A g

C[Dc
FE
r
f
Iff
Ic cell b
,tz fce,
ilop
c
"c d •

n
3. Recombination

Some DNA fragments replace DNA that has

(recombine with) original host cell not recombined
DNA. The resultant recombinant
cell is said to have been genetically
transformed and will now express E
b

•
/
t„i
is broken down
by enzymes.

the foreign genes it has received

and pass them on to all its
lquve 8 2 Microbiology. 6 r
2005 John Wiley & Sons
 Transduction
• A method of transferring genetic material using a
bacteriophage

• Bacteriophage (phage): a virus that can infect bacteria

• Phages: composed of a core of nucleic acid covered by

protein coat

• Phage capable of infecting a bacterium attaches to a

receptor site on the cell wall
• Virulent phage: capable of causing infection and the
destruction and death of a bacterial cell

• Temperate phage: ordinarily does not cause a

disruptive infection

• Prophage: DNA that is incorporated into the host

bacterium's DNA

• Lysogeny: persistence of a prophage without phage

replication and destruction of bacterial cell
 Bacteriophage Life Cycles
Collars, sheaths, and base plates
Heads are packed
have been attached to heads.
with DNA.
Tail fibers are added last.

•41. Bacterial cell lyres,

releasing completed
Empty phage heads
LYTK L:14 4p, infective phages.
are synthesized.
CYCLE

The phage DNA directs Phage attaches to

the cell's metabolism
to produce viral
components proteins
and copies of phage
DNA.
Binary fission is
completed; each
cell has the
phage DNA
incorporated.
receptor site on
O another bacterial cell
wall, penetrates it,
and inserts its DNA.
Phage DNA inserts itself
\ (as a prophage) into
\ bacterial chromosome.
Phage is replicated along
with the bacterial DNA
I LYSOGENIe
CYCLE
prior to binary fission.

Figure LI Microbiology. 6 e
1005 John W.ky & Sons
 Specialized Transduction

• Several lysogenic phages are known to carry out

specialized transduction

• Lambda phage in Escherichia coil has been studied

• Phages usually insert at a specific location when

they integrate with a chromosome

• Lambda phage inserts into the E. coil' chromosome

between the pi/gene (galactose) and the blo gene
(biotin)
Specialized transduction by lambda phage in Escherkhia cone
Prophage Phage DNA incorporating
some bacterial genes.

)
Induction Prophage is incorrectly
1 0
04
of the excised from
Bacterial lytic cycle. bacterial chromosome. phage ‘
chromosome replicates. 1 , "'..--
----

cd,
4
—

Bacterial cell is
lysed; phages
„-,--
- ,4 1
are released.
Host cell 9)13

chromosome [Phage infects new

acquires both phage Phage incorporated host cell.
DNA and genes into chromosome.
from previous host.
Figure & 4 Microbiology, We
L 1005 John Whey • Soils
 Bacterial
Generalized 'fransduction chromosome

1. Bacteriophage infection of a Phage injects DNA

into bacterial cell.
host bacterium initiates the
lytic cycle Bacterial DNA is
fragmented as
phage replicates.
2. Chromosome is broken into
fragments which can be Fragment of bacterial
DNA is incorporated
picked up and packaged with into phage head.
Bacterial cell is lysed,
phage DNA and new phage is
released.

3. Particles are released and

infect another bacterial cell
4. Host acquires genes that were Phage containing
bacterial DNA infects

brought along (transduced) new cell.

from previous cell Genes from first bacterial

host are incorporated into
chromosome of new host.
"11111■Minello"
Figure LS Microbiology. 6/e
C 2005 John Wiley & Sons
 Bacterial
chromosome

Phage injects DNA

into bacterial cell.

1
Bacterial DNA is
fragmented as
phage replicates.

Fragment of bacterial
DNA is incorporated
into phage head.
Bacterial cell is lysed,
and new phage is
released.

Figure 8 5 part 1 Microbiology, 6.4

2005 John Weley & Sons
 Fragment of bacterial
DNA is incorporated
into phage head.
Bacterial cell is lysed,
and new phage is
released.

Phage containing
bacterial DNA infects
new cell.

Genes from first bacterial

host are incorporated into
chromosome of new host.
Figure 8 S part 2 Microbiology 6 e
200S John Wiley &
Sons
The Discovery of Conjugation: Lederberg's Experiment
A - B - C - Ersti + A + B + CD - E - F -

E. coli E. coli
lacking lacking
ability to ability to
synthesize synthesize
nutrients nutrients
A, B, and C D, E, and F
Washed cells plated on
agar lacking required
nutrients

Mixture of
t wo strains

A + 13 + C + D+E + F +

No growth Growth No growth

Figure 841 Mstrobielogy,
lAIML lwk w 1110111.... IL
 Conjugation
• Genetic information is transferred from one cell
to another

• Conjugation differs from those other

mechanisms in two ways:
1. It requires contact between donor and recipient
cells
2. It transfers much larger quantities of DNA

• Occasionally whole chromosomes can be

transferred
 TEM of F pili of Escherichia colt

Figure 8-7 M.(robiology, 6 e

1005 John Wliey & Sons
 The Transfer of F Plasmids

• F plasmids are circular, double-stranded DNA

molecules

• F+ cells contain F (fertility) plasmids and makes

and F pilus

• F - cells lack F plasmids

• F pilus (sex pilus): A conjugation pilus bridge

which it attaches to the F - cell
 DONOR CELL RECIPIENT CELL
F plasmid
F• F-
-
An F♦ x F mating
1. The cell transfers one Bacterial ..)

chromosome
strand of DNA from its F
plasmid to the F - cell via
the conjugation bridge
2. The complementary
strands of F plasmid DNA
are synthesized
3. The recipient cell gets a
complete copy of the F
plasmid, and the donor cell
retains a complete copy

Figure 8 8 Microbiology, 6 e
2005 John Wiley & Sons
 DONOR CELL RECIPIENT CELL
F plasmid
Pf F- -

Bacterial
chromosome Conjugation
bridge

F fi gure 8 8 part 1 Microbiology, 6 1 e

2005 John Wiley & Sons
Figure 8 8 part 2 MK robiology.6/0
2005 John Wiley & Sons
 High-frequency recombinations (Hfr)
• Can induce more than 1000X the number of genetic
recombinations seen in F+ and F -

• Hfr strains arise from F+ strains when the F plasmid is

incorporated into the bacterial chromosome at one of
several possible sites

• When an Hfr cell serves as a donor in conjugation, the

F plasmid initiates transfer of chromosomal DNA

• Initiating segment: part of the F plasmid is

transferred along with adjacent chromosomal genes
High-frequency Recombinations
Origin of
transfer
lasnud Hfr
(r4P-
A G A OG
8 s
'ziztvt
- 6 E Bacterial o , / Integration
chromosome of F plasmed
into bacterial
chromosome
la' Conversion of F.cell to Hfr condition

(1)1 Conjugation

Conjugation
interrupted

recoadtioant

Figure 5-9 Mk robaology.

c 1005 Ham Wiley & Sons
 Origin of
transfer
plasmid Hfr
G
=====>
B
B
Bacterial
eitot
D Integration
chromosome of F plasmid
into bacterial
chromosome
(a) Conversion of F+cell to Hfr condition Hfrr

(b) Conjugation

Figure 8-9 part 1 Microbiology. 64

c 200S John Wiley & Sons
 Conjugation

Conjugation
interrupted

Recombination

F'recombinant

Figure 8 9 part 2 Microbiology, 6 e

2005 John Wiley & Sons
 The Transfer of F' Plasmids
• DNA incorporated into a chromosome can separate
from it and again become an F plasmid

• In some cases this separation occurs imprecisely,

and a fragment of the chromosome is carried with
the F plasmid

• Cells containing such plasmids are called F' strains

The formation and transfer of F' plasmids
Hfr cell

Chromosome with
8. F integrated plasmic!
b E

F" cell
F' plasmid with
A
ir—. gone% A and B from
C G chromosome
C> r Chromosome lacking
F genes A and B

F' cell 4
F - cell

F' plasmid is
transferred to
another Cell.

Conjugation is
complete.

A *$ F'Cell with

.A 6 q extra copies
of genes
F A and B
b'E
?gore IS 10 Mk robiology. tS , ' e
2005 /ohn Woloy & Sons
 Hfr cell

A ostr G .Chromosome with

B.- -F integrated plasmid

F' cell
F' plasmid with
,
A genes A and B from
C G chromosome
Chromosome lacking
F genes A and B

F cell F — cell

F' plasmid is
A G transferred to
another cell.

Figure 8 10 part 1 Microbiology.64

2005 John Wiley & Sons
F' cell F — cell

F' plasmid is
transferred to
another cell.

Conjugation is
complete.

F' cell with

extra copies
of genes
A and B

Figur* 11-1 0 part 2 lAkrobeology,6/*

c 2005 John WIloy 6 Sots
 Plasmids

1. F plasmids direct the synthesis of proteins that self-

assemble into conjugation pili
2. Resistance plasmids carry genes that provide
resistance to various antibiotics
3. Other plasmids direct the synthesis of bacteriocidal
proteins called bacteriocins
4. Virulence plasmids carry genes that cause disease
5. Tumor-inducing plasmids cause tumor formation in
plants
6. Some plasmids contain genes for catabolic enzymes
Resistance plasmids
These circular pieces of DNA are much smaller than a
bacterial chromosome

Bacterial
chromosome

Resistance
plasmid
Figure& I lb Microbiology. 6.'e
100s lotto Wiley &Soot
A typical resistance plasmid can carry genes for resistance
to various antibiotics and to inorganic toxic substances

—Replication functions
Antibiotic
resistance: Resistance to
erythromycin, mercury,
penicillin, lead
chloramphenicol
 Transposons
• Transposition: the ability of a genetic sequence to
move from one location to another

• Transposable element: a mobile genetic sequence

• Insertion sequence: the simplest type of transposable

element

• Transposon: a transposable element that contains

genes for transposition
 Transposons: A typical transposon is bounded by
inverted repeat terminals — DNA segments with base
sequences that are identical when read in opposite
directions on different strands
Inverted repeat terminal
Inverted repeat terminal Binding site
(insertion sequence)
for repressor protein
z \
I....ft
%.•
...
■■,
*3/4
....
.1r.
...

4%.
....
Transposase

...
..
Repressor

..
..
...
. ••■••
Ampicillin
resistance •
'"" .
...

ao
I*
alo I.
..•
.0

ro
%ft ao
*ft
%ft •
•■■•
%ft
••■ •■■• ••
IP
ft.

Figure $12 IiIkrobiology, 64

c 2005 John Wiley & Sons
 Genetic Engineering

• Refers to the purposeful manipulation of genetic material

to alter the characteristics of an organism in a desired
way

• Genetic fusion: allows transposition of genes from one

location on a chromosome to another

• Protoplast fusion: is accomplished by enzymatically

removing the cell walls of organisms of two strains and
mixing the resulting protoplasts
 Genetic Fusion: A possible example in which the
deletion of a part of a chromosome causes two
different adjacent operons to be joined together

Gal operon Bio operon

Regu- Reg
tou•
Pro- Oper- Pro- Oper-
lator 5 4 3 2 1 la r Z Y
gene moter ator gene moter ator

Structural genes Structural genes

Regu•
lator Pro- Oper-
_ gene moter ator

Deleted segment

Regu-
Pro- Oper-
lator 5 4 3 2 1 Z Y
gene moter ator
hgure 6-13 MI(robiology, (ye
2005 John WsIey & Sons
 Protoplast Fusion

Figure 6-14 Microbiology. 6.'e

C 200S /dm Wiley & Sons
 Recombinant DNA Technology

• Making recombinant DNA involves three

processes:

1. Manipulation of DNA m vitro

2. Recombination of another organism's DNA
with bacterial DNA in a phage or a plasmid
3. The cloning, or production of many
genetically identical progeny, of phages or
plasmids that carry foreign DNA
 •

Producing Recombinant DNA

C lot. my*tart

air ut rt. bow 4.4~ Mena

-•••••••1

I
oadlonotlosso
■A.,
r-r-7 91.4

OMPOOD
issiminti 1111.1,104. Ole 1 111.01cilon Iftp

I
1
""Eall

Arnelli, OM Ilpos• j.
I
Nadu Ma amble
Imo& lbainals sew
soi0 gessOseml

Goo*
ef
Ott tottd ■010, 1114

ottloyomo
DNA yore.. od

1
Ityuttiont
tote rotoyo.
Messiail batleftmin

Owe* Wooer,
MIA ItmoOtattoto
et ~-
ma
rot tomm ot.

r
/t t -
Cltromoutato

I ea owleloot soy
pId
I Sot moriol
celona,

tylorboo tnolltat mod to MAY. sod to

fladiellat tailommors Mil••ttO► soolItloott mytamoo
contairon, gone SON cow.. goo* el optenmi
of titortMA

Figure II-1 S Mk robiology, 61•

C 11:10S /oho W I.y & Sees
 Gene of interest
Cleavage sites 2.
AATT
Foreign
111111111111111111111111111 DNA
Harvest TTAA
Restriction
DNA endonuclease Cleavage sites
1. Host treatment
Cleavage by
chromosome
restriction
endonuclease
AATT AATT
MT
=EMI IM=1111 ITTT
=
TTAA/ TTAA N
Restriction site Restriction site

ITTT=Lia
Figure 8.15 part 1 Microbiology. 64
2005 John Wiley & Sons
 AATT AATT
1 111 J 11111
i
A
A
TTrr I I 11111111
M A/ TTAA 1
I
Cleavage by site Restriction site
restriction
endonuclease
TTTT
MIELL111.

Cloning
Antibiotic vector
resistance (plasmid)
(R) gene Foreign DNA
insertion

Annealing (DNA ligase

added to form covalent
bonds between sugar
and phosphate)

R gene

Plasmid with
foreign (donor)
DNA
Figure 8 15 part 2 Microbiology,64
2005 John Wiley & Sons
 Gene of
Chromosome Plasmid interest

R gene r Recombinant
3. DNA introduced
Recipient
T into recipient
bacterium
Plasmid with bacterium
foreign (donor)
DNA Replication
of plasmid
and bacterium

Chromosome
Bacteria plated
on nutrient agar Bacterial
colonies

Selective medium used to isolate and to

Resistant colonies 4• identify antibiotic-resistant colonies
containing gene that contain gene of interest
of interest

Figure 8 15 part 3 Priorrobiology. 6 e

2005 John Wiley & Sons
Crystals of a
substance toxic to
many insects
Genes for production
of this toxin are
being taken from
Bacillus
thuringiensis

Figure 8 16 Microbiology, 6 e
C 2005 John Wiley & Sons
 Hybridoma

• The fusion of a myeloma (bone marrow cancer

cell) with an antibody-producing white blood cell

• Produces monoclonal antibodies (pure specific

antibodies)
 A hybridoma cell

Figure 6 17 Mk robiology.
7005 John Wlitry & San
Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.com

Jacquelyn G. Black

Mikrobiologi: Prinsip dan

Eksplorasi
Edisi keenam

Bab 8:
Transfer Gen dan Genetika
Rekayasa

Hak Cipta Q,-:) 2005 oleh John Wiley & Sons, Inc.
 Jenis dan Signifikansi Transfer Gen

• Transfer gen: mengacu pada pergerakan

informasi genetik antar organisme

• Rekombinasi: Penggabungan gen (DNA) dari

dua sel yang berbeda

• Transfer gen vertikal: Ketika gen diturunkan dari orang

tua ke keturunannya

• Transfer gen horizontal (lateral): Mewariskan gen ke

mikroba lain dari generasi yang sama
Mekanisme Transfer Gen Lateral pada Bakteri

• Transformasi

• Transduksi

• Konjugasi
 Transformasi
• Perubahan karakteristik organisme karena
transfer informasi genetik

• DNA Telanjang: DNA yang telah dilepaskan dari suatu

organisme setelah sel dilisiskan dan DNA tidak lagi
dimasukkan ke dalam kromosom

• Faktor kompetensi dilepaskan ke dalam medium dan

tampaknya memfasilitasi masuknya DNA ke dalam sel

• Protein transpor DNA dan DNA eksonuklease (enzim

yang memotong DNA) juga diperlukan
Penemuan Transformasi: Eksperimen Griffith
dengan infeksi pneumokokus pada tikus
Panas•membunuh halus Hidup, ganas, halus Hidup, tidak ganas, kasar
pneumokokus, dengan pneumokokus kapsul, dengan pneumokokus kapsul, tanpa kapsul

'11;■ 4•0

meuse lives Tikus mati hidup tikus

Halus tahan panas Hidup, tidak ganas, kasar

pneumokokus, dengan pneumokokus kapsul, tanpa kapsul
kamu
Q

-
R 101.•-■

Tikus mati

+ 4ao
Pneumokokus halus hidup (dengan kapsul) ditambah pneumokokus kasar hidup
(tanpa kapsul) diisolasi dari tikus mati
Gambar 6 1 Mikrobiologi. 64
100S .1oAn Wiley S. Sons
 Halus tahan panas Hidup, ganas, halus Hidup, tidak ganas, kasar
pneumokokus, dengan pneumokokus kapsul, dengan pneumokokus kapsul, tanpa kapsul

II II II

hidup tikus Tikus mati hidup tikus

Gambar 8 1 bagian 1 Mikrobiologi, 6 e
2005 John Miry & Sons
 Halus tahan panas Hidup, tidak ganas, kasar
pneumokokus, dengan pneumokokus kapsul, tanpa kapsul

Tikus mati

+
Pneumokokus halus hidup (dengan kapsul) ditambah pneumokokus kasar hidup
(tanpa kapsul) diisolasi dari tikus mati
Gambar 8 1 bagian 2 Mikrobiologi, 6.e
• John Wiley 200S & anak laki-laki
 Mekanisme Transformasi Bakteri
1 . Fragmen DNA telanjang dari sel yang hancur di area sel
penerima potensial. Sel ini harus dari genus yang
benar dan berada dalam kondisi kompetensi, kondisi
fisiologis yang tepat, untuk memungkinkan masuknya
fragmen DNA.
H
1
:
CC;•:,1

C= •)C
2.
9r HA B -----'
masuknya ) H
H
Sebuah g

G DNA telanjang
CDC R F
B FE D menjadi kompeten FE
ic sel B
"C
jika
iloC
P
D •

n
, tzFce,

3. rekombinasi

Beberapa fragmen DNA menggantikan DNA yang memiliki

/
(menggabungkan kembali dengan) DNA sel tidak digabungkan kembali

inang asli. Sel rekombinan yang dihasilkan B rusak

dikatakan telah diubah secara genetik dan oleh enzim.
sekarang akan mengekspresikan gen asing E • t„i

yang telah diterimanya dan meneruskannya

ke semua selnya.
lquve 8 2 Mikrobiologi. 6 r
2005 John Wiley & Sons
 Transduksi
• Metode pemindahan materi genetik menggunakan
bakteriofag

• Bakteriofag (fag): virus yang dapat menginfeksi bakteri

• Fag: terdiri dari inti asam nukleat yang dilapisi oleh selubung
protein

• Fag yang mampu menginfeksi bakteri menempel pada

situs reseptor di dinding sel
• Fag virulen: mampu menyebabkan infeksi dan
penghancuran serta kematian sel bakteri

• Fag sedang: biasanya tidak menyebabkan infeksi

yang mengganggu

• Profage: DNA yang dimasukkan ke dalam DNA

bakteri inang

• Lisogeni: persistensi profag tanpa replikasi

fag dan penghancuran sel bakteri
 Siklus Hidup Bakteriofag

Kerah, selubung, dan pelat dasar

Kepala dikemas
telah melekat pada kepala.
dengan DNA.
Serat ekor ditambahkan terakhir.

• 41. kecapi sel bakteri,

rilis selesai
Kepala fag kosong
LYTK L:144P, fag infektif.
disintesis.
SIKLUS

DNA fag mengarahkan Fag menempel pada

metabolisme sel situs reseptor pada

menghasilkan virus
komponen protein
HAI sel bakteri lain
dinding, menembusnya,
dan memasukkan DNA-nya.
dan salinan fag
DNA. DNA fag menyisipkan dirinya sendiri

\ (sebagai profag) menjadi

\ kromosom bakteri.
Pembelahan biner adalah

lengkap; setiap Phage direplikasi bersama

dengan DNA bakteri sebelum

Saya
sel memiliki
DNA fag LISOGENIe pembelahan biner.
tergabung. SIKLUS

Gambar LI Mikrobiologi. 6 e
1005 John W.ky & anak laki-laki
 Transduksi Khusus

• Beberapa fag lisogenik diketahui

melakukan transduksi khusus

• Fag Lambda di kumparan Escherichia telah dipelajari

• Fag biasanya menyisipkan di lokasi tertentu ketika

mereka berintegrasi dengan kromosom

• Fag Lambda menyisipkan ke dalam E. kumparan'

kromosom antara pi/gen (galaktosa) dan blo gen
(biotin)
Transduksi khusus oleh fag lambda di Escherkhia kerucut
Profage Penggabungan DNA fag
beberapa gen bakteri.

10
Induksi
04
)
Profage salah
dari dipotong dari
Bakteri litik siklus. kromosom bakteri. fag '
kromosom ulangan.1 , "'..-----

CD,
4
—

Sel bakteri adalah

dilisiskan; fag
-,---,4 1
dilepaskan.
9)13
Sel tuan rumah

kromosom [Fage menginfeksi yang baru

memperoleh kedua fag fag tergabung tuan rumah sel.

DNA dan gen ke dalam kromosom.

dari tuan rumah sebelumnya.

Gambar & 4 Mikrobiologi, Kami L

1005 John Whey • Tanah
 'fransduksi' umum Bakteri
kromosom

1. Infeksi bakteriofag dari Fag menyuntikkan DNA

bakteri inang memulai

ke dalam sel bakteri.

siklus litik DNA bakteri adalah

terfragmentasi sebagai

2. Kromosom dipecah menjadi fag bereplikasi.

fragmen-fragmen yang dapat Fragmen bakteri

DNA dimasukkan
diambil dan dikemas ke dalam kepala fag.
Sel bakteri dilisiskan,
dengan DNA fag dan fag baru dilepaskan.

3. Partikel dilepaskan dan

menginfeksi sel bakteri lain

4. Inang memperoleh gen yang Fag mengandung

DNA bakteri menginfeksi

dibawa (ditransduksi) dari sel sel baru.

sebelumnya Gen dari inang bakteri

pertama dimasukkan ke
dalam kromosom inang baru.
"11111■Minello"
Gambar LS Mikrobiologi. 6/e C
2005 John Wiley & Sons
 Bakteri
kromosom

Fag menyuntikkan DNA

ke dalam sel bakteri.

1
DNA bakteri adalah
terfragmentasi sebagai

fag bereplikasi.

Fragmen bakteri
DNA dimasukkan
ke dalam kepala fag.
Sel bakteri dilisiskan,
dan fag baru
dilepaskan.

Gambar 8 5 bagian 1 Mikrobiologi, 6.4

2005 John Weley & anak laki-laki
 Fragmen bakteri
DNA dimasukkan
ke dalam kepala fag.
Sel bakteri dilisiskan,
dan fag baru
dilepaskan.

Fag mengandung
DNA bakteri menginfeksi
sel baru.

Gen dari inang bakteri

pertama dimasukkan ke
dalam kromosom inang baru.
Gambar 8 S bagian 2 Mikrobiologi 6 e
200S John Wiley & anak laki-laki
Penemuan Konjugasi: Eksperimen Lederberg
A - B -C- ErSti+ A + B +CD- E- F -

E. coli E. coli
kekurangan kekurangan

kemampuan untuk kemampuan untuk

mempersatukan mempersatukan

nutrisi nutrisi
A, B, dan C D, E, dan F

Sel-sel yang dicuci berlapis

agar-agar kurang diperlukan
nutrisi

campuran dari
dua strain

A + 13 +C+ D+E + F +

Tidak tumbuh Pertumbuhan Tidak tumbuh

Angka 841 Mstrobiologi,
lAIML lwk w 1110111 .... saya
 Konjugasi
• Informasi genetik ditransfer dari satu sel ke sel
lainnya

• Konjugasi berbeda dari mekanisme

lainnya dalam dua cara:
1. Membutuhkan kontak antara sel donor dan
penerima
2. Ini mentransfer jumlah DNA yang jauh lebih besar

• Kadang-kadang seluruh kromosom dapat

ditransfer
 TEM dari F pili dari Escherichia colt

Gambar 8-7 M.(robiologi, 6 e

1005 John Wliey & Sons
 Perpindahan Plasmid F

• Plasmid F adalah molekul DNA untai ganda

melingkar

• Sel F+ mengandung plasmid F (fertilitas) dan membuat

dan F pilus

• F- sel kekurangan plasmid F

• F pilus (sex pilus): Jembatan pilus konjugasi

yang menempel pada F - sel
 SEL PENERIMA SEL DONOR
plasmid F
F• F-
Sebuah F♦ x F- perkawinan

1. Sel mentransfer satu Bakteri . )

kromosom
untai DNA dari plasmid
F-nya ke F - sel melalui
jembatan konjugasi

2. Komplementer
untai DNA plasmid F
disintesis
3. Sel penerima mendapatkan
salinan lengkap plasmid F,
dan sel donor menyimpan
salinan lengkap

Gambar 8 8 Mikrobiologi, 6 e
2005 John Wiley & Sons
 SEL PENERIMA SEL DONOR
plasmid F
Pf - F-

Bakteri
kromosom Konjugasi
menjembatani

Gambar 8 8 bagian 1 Mikrobiologi, 6 1e

2005 John Wiley & Sons
Gambar 8 8 bagian 2 MK robiology.6/0
2005 John Wiley & Sons
 Rekombinasi frekuensi tinggi (Hfr)

• Dapat menginduksi lebih dari 1000X jumlah rekombinasi

genetik yang terlihat pada F+ dan F -

• Strain Hfr muncul dari strain F+ ketika plasmid F digabungkan ke

dalam kromosom bakteri di salah satu dari beberapa
kemungkinan tempat

• Ketika sel Hfr berfungsi sebagai donor dalam konjugasi,

plasmid F memulai transfer DNA kromosom

• Segmen inisiasi: bagian dari plasmid F ditransfer bersama

dengan gen kromosom yang berdekatan
Rekombinasi frekuensi tinggi
asal
transfer
lasnud Hfr
(R4P-
A G A OG
8 S
'ziztvt
-6 E Bakteri Hai , / Integrasi
kromosom dari F plasmed
menjadi bakteri
kromosom
la' Konversi kondisi F.cell ke Hfr

(1)1 Konjugasi

Konjugasi
terganggu

pengkondisian ulang

Gambar 5-9 Mk Robaologi. c

1005 Ham Wiley & Sons
 asal
transfer
plasmid Hfr
G
=====>
B
B
Bakteri
eitot
D Integrasi
kromosom dari plasmid F
menjadi bakteri
kromosom
(a) Konversi sel F+ ke kondisi Hfr Hfrr

(b) Konjugasi

Gambar 8-9 bagian 1 Mikrobiologi. 64 c

200S John Wiley & Sons
 Konjugasi

Konjugasi
terganggu

rekombinasi

F'rekombinan

Gambar 8 9 bagian 2 Mikrobiologi, 6 e

2005 John Wiley & Sons
 Perpindahan F' Plasmid

• DNA yang tergabung ke dalam kromosom dapat terpisah

darinya dan kembali menjadi plasmid F

• Dalam beberapa kasus pemisahan ini terjadi secara tidak

tepat, dan sebuah fragmen kromosom dibawa dengan
plasmid F

• Sel yang mengandung plasmid seperti itu disebut strain F'

Pembentukan dan transfer plasmid F'
sel Hfr

Kromosom dengan
8. F plasma terintegrasi!
B E

sel F"
Plasmid F' dengan
A ir—. pergi% A dan B dari
Kromosom CG
C> r Kromosom kurang
F gen A dan B

sel F' 4 F - sel

plasmid F' adalah

ditransfer ke
lain Sel.

Konjugasi adalah
menyelesaikan.

A * $F'Sel dengan

Q
tambahan salinan

.A 6 dari gen
FA dan B
menjadi

?menanduk IS 10 Mk robiologi. tS, ' e

2005 /ohn Woly & Sons
 sel Hfr

A HaiNSR G .Kromosom dengan

B.- -F plasmid terintegrasi

sel F'
Plasmid F' dengan
A, gen A dan B dari
CG kromosom
kekurangan kromosom
F gen A dan B

sel F F— sel

plasmid F' adalah

AG ditransfer ke
sel lain.

Gambar 8 10 bagian 1 Mikrobiologi.64

2005 John Wiley & anak laki-laki
sel F' F— sel

plasmid F' adalah

ditransfer ke
sel lain.

Konjugasi adalah
menyelesaikan.

sel F' dengan

salinan tambahan

dari gen
A dan B

Gambar* 11-1 0 bagian 2 lAkrobeologi,6/*

c 2005 John WIloy 6 Sots
 Plasmid

1. Plasmid F mengarahkan sintesis protein yang merakit

diri menjadi pil konjugasi
2. Plasmid resistensi membawa gen yang memberikan
resistensi terhadap berbagai antibiotik

3. Plasmid lain mengarahkan sintesis protein

bakteriosidal yang disebut bakteriosin
4. Plasmid virulensi membawa gen yang menyebabkan penyakit

5. Plasmid pemicu tumor menyebabkan pembentukan tumor pada

tanaman

6. Beberapa plasmid mengandung gen untuk enzim katabolik

Plasmid resistensi
Potongan DNA melingkar ini jauh lebih kecil daripada a
kromosom bakteri

Bakteri
kromosom

Perlawanan
plasmid
Gambar & I lb Mikrobiologi. 6.'e
100-an lotre Wiley &Soot
Plasmid resistensi yang khas dapat membawa gen untuk resistensi
terhadap berbagai antibiotik dan zat beracun anorganik

— Fungsi replikasi
Antibiotika
resistensi: Ketahanan terhadap
eritromisin, merkuri,
penisilin, timbal
kloramfenikol
 Transposon

• Transposisi: kemampuan urutan genetik untuk

berpindah dari satu lokasi ke lokasi lain

• Elemen transposable: urutan genetik bergerak

• Urutan penyisipan: jenis elemen transposable yang paling

sederhana

• Transposon: elemen transposable yang mengandung

gen untuk transposisi
 Transposon: Transposon tipikal dibatasi oleh terminal
berulang terbalik — segmen DNA dengan urutan basa
yang identik ketika dibaca dalam arah yang berlawanan
pada untaian yang berbeda

Terminal ulangi terbalik

Situs pengikatan
Terminal ulangi terbalik (urutan penyisipan)

z \
untuk protein penekan

Transposase penekan Ampisilin

SAYA. perlawanan
•
. . . kaki
%.•
... ...
.0
■, ■ ... ..•
* 3/4
.... . • ■• •'"" .
SAYA*
.... ... ... saya juga.
. 1r. .. .. ao
4%. .. ro
ao
%ft
* kaki
%ft
%ft ••■ •• •
••
••
AKU P

kaki

Gambar $12 IiIkrobiology, 64

c 2005 John Wiley & Sons
 Rekayasa genetika

• Mengacu pada manipulasi materi genetik yang disengaja untuk

mengubah karakteristik suatu organisme dengan cara yang diinginkan

• Fusi genetik: memungkinkan transposisi gen dari satu

lokasi pada kromosom ke lokasi lain

• Fusi protoplas: dilakukan dengan menghilangkan dinding sel

organisme dari dua galur secara enzimatis dan
mencampurkan protoplas yang dihasilkan
 Fusi Genetik: Contoh yang mungkin di mana
penghapusan bagian dari kromosom menyebabkan dua
operon berbeda yang berdekatan bergabung bersama

Gal operon Bio operon

Reg- Retgou•
Pro- Pro- operasi -
pembuat
operasi-
5 4 3 2 1 la r Z kamu
gen ibu aktor gen ibu aktor

Gen struktural Gen struktural

Reg •
pembuat
Pro- operasi-

_ gen ibu aktor

Segmen yang dihapus

Reg-
Pro-
pembuat
operasi-
5 4 3 2 1 Z kamu
gen ibu aktor

hgure 6-13 MI(robiologi, (kamu)

2005 John WsIey & Sons
 Fusi Protoplas

Gambar 6-14 Mikrobiologi. 6.'e C

200S /dm Wiley & Sons
 Teknologi DNA rekombinan

• Pembuatan DNA rekombinan melibatkan tiga

proses:

1. Manipulasi DNA m vitro

2. Rekombinasi DNA organisme lain dengan
DNA bakteri dalam fag atau plasmid
3. Kloning, atau produksi banyak keturunan yang
identik secara genetik, dari fag atau plasmid
yang membawa DNA asing
 •

Memproduksi DNA Rekombinan

C banyak.Ku*kue tar

udara ut rt. busur 4.4~ Mena

-•••••••1

Saya
oadlonotlosso

rr-7 ■A.,

91.4

ti
MHAISayanD 1111.1.104. Ole1 111.01cilon iftp

Saya
ssM PSayaHAI
HAISaya

1""

Arnelli, OM Ilpos• J.
Saya
Nadu Ma amble
Imo & lbainal menjahit
soi0 gessOseml

ef
Zat yang lengket dan kental*

Ott tottd ■
010, 1114

ottloyomo
DNA dahulu kala .. od
Ityuttiont
tote rotoyo.

1
batleftmin
Mesiail
Berutang * Wooer,
MIA ItmoOtattoto
dan ~-
ibu
membusuk tom atau.

R -
/T T Klotromutato

Saya
burung hantu kedelai
pId
Saya selona, Pemabuk moriol

tylorboo tnolltat mod hingga MEI. begitu

fladiellat tailommors Mil••ttO► soolItloott mytamoo
kontainer, hilang ANAK sapi.. zat yang lengket dan kental* el optenmi
dari titortMA

Gambar II-1 S Mk robiologi, 61•

C 11:10S /oho W Iy & melihat
 Gen yang menarik
Situs belahan dada 2.
AATT
Luar negeri
111111111111111111111111111111
TTAA DNA
Memanen Larangan
DNA endonuklease Situs belahan dada
1. Tuan rumah
perlakuan
Pembelahan oleh
kromosom
larangan
endonuklease
AATT AATT
=EMI MT IM=1111 ITTT=
TTAA/ TTAAN
Situs pembatasan Situs pembatasan

ITTT=Lia
Gambar 8.15 bagian 1 Mikrobiologi. 64
2005 John Wiley & Sons
 AATT AATT
AA 1 111 TT rr Saya
11
J 11111
M A/
saya 111
Saya
TT1A A1 1
1 Saya

Pembelahan oleh lokasi Situs pembatasan

larangan
endonuklease TTTTMIELL111.

Kloning
Antibiotika vektor
perlawanan (plasmid)
(R) gen DNA asing
insersi

Annealing (DNA ligase

ditambahkan membentuk kovalen

ikatan antar gula

dan fosfat)

gen R

Plasmid dengan
asing (donor)
DNA
Gambar 8 15 bagian 2 Mikrobiologi,64
2005 John Wiley & Sons
 R
Gen dari
Kromosom Bunga plasmid

gen R
Rekombinan
3. DNA diperkenalkan
Penerima
T ke penerima
bakteri
Plasmid dengan bakteri
asing (donor)
DNA Replikasi
dari plasmid
dan bakteri

Kromosom
Bakteri berlapis
pada agar nutrisi Bakteri
koloni

Medium selektif yang digunakan untuk mengisolasi dan

Koloni yang resisten 4• mengidentifikasi koloni resisten antibiotik

mengandung gen yang mengandung gen yang diminati

bunga

Gambar 8 15 bagian 3 Priorrobiologi. 6 e

2005 John Wiley & Sons
Kristal dari
zat beracun untuk
banyak serangga

Gen untuk produksi

racun ini
diambil dari
Basil
thuringiensis

Gambar 8 16 Mikrobiologi, 6 e C 2005

John Wiley & Sons
 Hibridoma

• Fusi myeloma (sel kanker sumsum tulang) dengan

sel darah putih yang memproduksi antibodi

• Menghasilkan antibodi monoklonal (antibodi

spesifik murni)
 Sel hibridoma

Gambar 6 17 Mk robiologi.
7005 John Wlitry & San
 Jacquelyn G. Black

Microbiology: Principles and

Explorations
Sixth Edition

Chapter 9:
An Introduction to Taxonomy:
The Bacteria

Copyright © 2005 by John Wiley & Sons, Inc.

 Carolus
Linnaeus
(1707-1778)
 Taxonomy
• The science of classification

• Provides an orderly basis for the naming of

organisms

• Places organisms into a category or taxon

(plural: taxa)

• Carolus Linnaeus: 18th century Swedish

botanist; the Father of Taxonomy
 Binomial Nomenclature
• The system used to name all living things

• The first name designates the genus (plural:

genera) and its first letter is capitalized

• The second name is the specific epithet, and it

is not capitalized

• Together the genus and specific epithet identify

the species
 The Meaning of the Names of Some
Microorganisms
• Escherichia coli: Named after Theodore
Escherich in 1888; found in the colon

• Entamoeba histolytica: Ent, intestinal;

amoebae, shape/movement; histo, tissue; lytic,
lysing or digesting tissue

• Strain: A subgroup of a species with one or

more characteristics that distinguish it from
other members of the same species
Classification of Human Dog Wolf and a
Bacterium
 Using a Taxonomic Key

• Dichotomous Key: A commonly used

key to identify organisms.

• Has paired statements describing

characteristics of organisms.

• Figure 9.4
Dichotomous Key for Classifying U.S.
Coins
Dichotomous
Key for
Classifying
Major
Bacterial
Groups
The Five Kingdom Classification
Some Typical Monerans
 Archaeobacteria—
Extremophiles able to
exploit the unusual
habitat of a “black
smoker” vent
Some Typical Protists
Some Typical Fungi
Kingdom Animalia
Proposed Major Evolutionary Lines of
Descent
Theory About Three Domains
 The Three Domains

• A new category even higher than

kingdom

• Archaea

• Bacteria

• Eukarya
The Three Domain System of
Classification
The Shrub of Life
Lateral Gene Transfer
 Bacteria vs. Archaea
• Both have cell walls, however, archaea
lack peptidoglycan

• Bacteria have fatty acids present in their

membranes; archaea have isoprenes

• Bacteria lack histones ; archaea have

histone-like proteins associated with the
chromosome
 Criteria for Classifying Bacteria
• Criteria for Classifying Bacteria
• Table 9.4

• Biochemical Tests for ID of Bacteria:

• Table 9.5

• Sugar fermentation
• Starch hydrolysis
• IMViC
Categories of Viruses
Stromatolite Mats
Fossil Stromatolite Cross Section
Filamentous Cyanobacteria--
Paleolyngbya
Probable Evolutionary Tree Arrived at
by Numerical Taxonomy
DNA Sequencer
DNA Hybridization
Separation of
Proteins
Phage Typing
David H. Bergey
(1860-1937)
 The Life Cycle of a Chlamydia
• Small, dark elementary bodies (EB) attach to a
host cell and enter by phagocytosis

• The EB, enclosed within a membrane-enclosed

vacuole, lose their thick walls and enlarge to
form reticulate bodies (RB)

• RB replicate and fill the cell

• RB condense to form infectious EB and are

released by lysis of the host cell
Chlamydia Life Cycle
Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.com

Jacquelyn G. Black

Mikrobiologi: Prinsip dan

Eksplorasi
Edisi keenam

Bab 9:
Pengantar Taksonomi:
Bakteri

Hak Cipta © 2005 oleh John Wiley & Sons, Inc.

 Carolus
Linnaeus
(1707-1778)
 Taksonomi

• Ilmu klasifikasi

• Memberikan dasar yang teratur untuk penamaan

organisme

• Menempatkan organisme ke dalam kategori atau takson

(jamak: taksa)

• Carolus Linnaeus: 18th ahli botani

Swedia abad; bapak taksonomi
 Nomenklatur Binomial
• Sistem yang digunakan untuk menamai semua makhluk hidup

• Nama depan menunjukkan genus (jamak:genus) dan

huruf pertamanya ditulis dengan huruf kapital

• Nama kedua adalah julukan khusus, dan tidak

menggunakan huruf besar

• Bersama-sama genus dan julukan spesifik mengidentifikasi

spesies
 Arti Nama Beberapa
Mikroorganisme
• Escherichia coli: Dinamakan setelah Theodore
Escherich pada tahun 1888; ditemukan di usus besar

• Entamoeba histolytica: THT, usus; amuba, bentuk/

gerakan; histo, tisu; litik, melisiskan atau
mencerna jaringan

• Strain: Subkelompok spesies dengan satu atau

lebih karakteristik yang membedakannya dari
anggota lain dari spesies yang sama
Klasifikasi Serigala Anjing Manusia dan
Bakteri
 Menggunakan Kunci Taksonomi

• Kunci Dikotomis: Kunci yang umum digunakan

untuk mengidentifikasi organisme.

• Memiliki pernyataan berpasangan yang

menggambarkan karakteristik organisme.

• Gambar 9.4
Kunci Dikotomi untuk Mengklasifikasikan AS
Koin
dikotomis
Kunci untuk

Mengklasifikasikan

Besar
Bakteri
Grup
Klasifikasi Lima Kerajaan
Beberapa Monera Khas
 Archaeobacteria—
Ekstrofil mampu
mengeksploitasi yang tidak biasa

habitat "hitam"
perokok” ventilasi
Beberapa Protista Khas
Beberapa Jamur Khas
Kerajaan Animalia
Usulan Garis Evolusi Utama dari
Turun
Teori Tentang Tiga Domain
 Tiga Domain

• Kategori baru bahkan lebih tinggi dari

kerajaan

• Archaea

• Bakteri

• Eukarya
Sistem Tiga Domain dari
Klasifikasi
Semak Kehidupan
Transfer Gen Lateral
 Bakteri vs. Archaea

• Keduanya memiliki dinding sel, namun archaea tidak

memiliki peptidoglikan

• Bakteri memiliki asam lemak yang ada di

membrannya; archaea memiliki isoprena

• Bakteri kekurangan histon; archaea memiliki

protein seperti histon yang terkait dengan
kromosom
 Kriteria Klasifikasi Bakteri
• Kriteria Klasifikasi Bakteri
• Tabel 9.4

• Tes Biokimia untuk ID Bakteri:

• Tabel 9.5

• Fermentasi gula
• Hidrolisis pati
• IMViC
Kategori Virus
Tikar Stromatolit
Penampang Stromatolit Fosil
Cyanobacteria berfilamen--
paleolyngbya
Kemungkinan Pohon Evolusi Tiba di
oleh Taksonomi Numerik
Pengurut DNA
Hibridisasi DNA
Pemisahan
Protein
Pengetikan Fag
David H. Bergey

(1860-1937)
 Siklus Hidup Chlamydia
• Badan elementer (EB) kecil dan gelap menempel pada
sel inang dan masuk melalui fagositosis

• EB, tertutup dalam vakuola yang tertutup membran,

kehilangan dinding tebalnya dan membesar untuk
membentuk badan retikulat (RB)

• RB mereplikasi dan mengisi sel

• RB memadat untuk membentuk EB menular dan

dilepaskan oleh lisis sel inang
Siklus Hidup Klamidia