Professional Documents
Culture Documents
Mikroorganizmaların
Yapısı
ve İşlevi
1
PROKARYOTİK MİKROORGANİZMALARIN YAPISI
VE İŞLEVİ
• Çekirdek ve zarlı organelleri bulunmayan hücrelere
prokaryot hücre denir.
2
• Tipik prokaryotik bir hücre yapısında hücre duvarı,
hücre membranı, ribozomlar ve genetik materyal
bulunur
(şekil 4.1).
3
4
Hücre duvarı, hücreyi osmotik lizize karşı korur, hücreye şeklini
verir.
5
•Gram-negatif bakterilerin duvarlarında ise 25 A° kadar bir
peptidoglikan tabakası ile bunun dışında plâzma zarına benzer bir
zardan yapılmış daha ince daha kompleks bir yapı bulunur.
6
Lipopolisakkarit
Fosfolipit
Taykoik
Peptidoglikan
Protein
Fosfolipit
8
9
Gram pozitif bakteri duvarında peptidoglikan iskeleti oluşturan N-
Asetilglukozamin ve N-Asetil muramik asit ve bu iskelete bağlanan kısa peptit
zincirleri
Dış tabaka lipoprotein fosfolipid ve lipopolisakkaritten
oluşmuştur.
Arkea (Archaea) hücre duvarı ise protein, glikoprotein,
polisakkarit veya pseudopeptidoglikandan oluşmuş olup,
peptidoglikan içermez.
10
lipoprotein katmanı kalır. Bu durumda hücresel yapı, hücre
membranı ve kalan dış duvar yapılarına sferoplast adı verilir.
Fimbria-Pili:
12
-Bakterilerin hepsinde bulunmayan, bazı prokaryotik hücrelerin
yüzeyinde protein yapısında kısa, saç görüntüsünde yapılar
bulunmaktadır. Bunlar fimbria olarak isimlendirilir.
-Flagelladan daha kısa, daha ince ve düz olup, sayıları fazladır. -
Bakterilerin hücre yüzeylerine tutunmasında rol oynar. -
Patojenlerin dokulara yapışmasını sağlayarak fagositik
hücrelere direnç gösterir ve bakteriyel virulans artar.
Hücre Membranı:
• Hücre duvarı altında, ince ve sitoplazmayı saran bir zardır. Hücre
membranı sitoplazmayı çevreler ve korur.
13
• Hücre membranı seçici bir geçirgenliğe sahiptir. Madde
alışverişinde önemli bir rol oynarlar.
• Fosfolipid molekülleri paralel iki sıra halinde dizilmiştir.
Fosfolipidler, ester bağlarıyla birbirine bağlanan yüksek derecede
hidrofobik yağ asitlerini ve oldukça hidrofilik griserol gruplarını
içerir.
• Hücre membranındaki proteinler fosfolipid matriksine gömülmüş
durumdadırlar. Bu proteinler dış yüzeyde çok hidrofobiktir.
• Arkeal membranda lipidler bakteriyal membranda bulunanlardan
farklıdır. Yağ asitlerini içermezler.
Sitoplazma: Sitoplazmik membranın içinde uzanan jel benzeri
kısımdır.
Enzimler, proteinler, vitaminler, iyonlar, nükleik asit ve
amino asitleri ve karbohidratları içerir. Hücresel yapıları
içinde tutar.
14
Ribozomlar: Ökaryotik ribozomdan küçük, 30S ve 50S alt
birimlerinden oluşmuş 70S büyüklüğündedir. Protein
sentezinde rol alırlar.
Depo granülleri:
•Enerji rezervleri, hücresel yapının inşası için gerekli birimleri içeren
kümelerdir.
•Hücreler aşırı besin bulunan ortamlarda ürediğinde sıklıkla
gözlenir.
•Glikojen karbon ve enerji deposudur. Bir çok bakteri, çevrede besin
azaldığında polifosfat granülleri biriktirirler.
•Fotosentetik bakterilerde elektron kaynağı olarak sülfidleri
kullanırlar ve kükürt granülleri biriktirirler.
15
•Bazı fotosentetik bakteriler, mavi yeşil algler, mor bakteriler ve
bazı kemolitotrofik bakteriler karboksizom veya polihedral
cisimcik denilen yapılar taşırlar.
•Deniz ve göllerde yaşayan prokaryotik organizmalar da yüzme için
gaz vesikülleri üretirler.
Endosporlar: Bazı bakteriler, özellikle Bacillus ve
Clostridium cinslerine dahil türler hücrelerinin içerisinde
endospor olarak isimlendirilen özel yapılar oluşturabilirler.
16
Spor içinde metabolizma durmuştur veya en az seviyededir.
Bu yapılar çok uzun süre canlı kalabilir ve sonra uygun
ortamda çimlenirler.
Genetik materyal:
17
•Prokaryotlar ikiye bölünerek çoğalır. İlk önce hücrenin genetik
materyali çoğalır, daha sonra hücrenin orta yerinde sitoplazma
zarı içeriye doğru kıvrılarak hücre ortadan ikiye ayrılır ve iki oğul
hücre oluşur.
18
Bakteriler
Bacteria domaini prokaryotların büyük bir çeşitliliğini içerir.
21
ancak Arkea’nın tümü ekstremofil değildir. Çoğu; göller,
toprak ve okyanuslarda bulunabilir.
Üyelerinin çoğu anaerobiktir.
16S rRNA baz dizisine dayalı olarak gerçekleştirilen
filogenetik sınıflandırmaya göre Arkea domaini
Euryarchaeota ve Crenarchaeota olan iki
subdivisyondan meydana gelmektedir.
22
Bu grup içinde termofilik olmayan serin ve soğuk
çevrelerden izole edilen buz içinde yaşayanlar da
Crenarchaeota içinde yer almaktadır.
Prokaryotların İşlevleri
•Bakteriler doğada toprak, su, hava, bitki, insan, hayvan, gıda, yem
gibi her türlü ortamda bulunur ve gelişirler.
24
•Hızlı çoğalmaları nedeniyle bakteriler genetik ve moleküler
biyoloji çalışmalarında kullanılırlar.
25
•Ökaryotik hücreler prokaryotik hücrelere göre daha büyük ve
daha komplekstirler.
26
• Ökaryotlar da gerçek çekirdek vardır.
Funguslar
•Funguslar küf, şapkalı mantar ve mayaları içeren geniş bir grubu
içermektedir.
27
•Bunların yanında patojen olanları da vardır. Funguslar tipik
olarak filamentli (ipliksi) yapıda olan canlılardır. Hemen hemen
tümü hareketsizdir.
29
bölmesiz olabilirler. Bölmesiz hiflere sönositik hif adı da
verilir ve çok çekirdeklidirler.
•Her hücrede bir tane çekirdek olmasına karşın, çok genç ve çok çabuk
üreyen hiflerde bazen birden fazla çekirdeğe rastlanabilir.
30
•Aynı koloni içinde bulunan hiflerden bazıları beslenmeyi sağlamak
için, üzerinde yaşadığı substratların içine doğru uzanırlar.
Beslenmeyi sağlayan hiflere vejetatif hif adı da verilir
31
•Hifler hem vejetatif hem de çoğalma yeteneğinde olabilir.
32
Çoğalma yeteneğindeki hifler genellikle koloninin yüzeyinde
bulunan ve üreyen hücreleri ya da sporları taşıyan hiflerdir.
•Funguslarda üreme eşeyli (seksüel) ve eşeysiz (aseksüel) olmak
üzere iki şekilde olur.
•Bir fungusta ortam ve türe bağlı olarak her iki tip üreme şekli
de görülebilir.
Oosporlar ise oogonium adı verilen dişi hücre ile erkek gamet
antredium birleşmesi sonucu oluşur.
34
Hifler uç hücrelerin gelişmesi sonucu apikal büyüme ile
veya bölmeli hiflerde olduğu gibi apikal büyüme ve hifin
herhangi bir bölümündeki hücrelerin bölünmesiyle gelişir
ve uzarlar.
35
yıkımını sağlayan türler yanında hayvan, bitki ve
protistler için patojenik olan grupları da içermektedir.
36
Glomeromycetes: Oldukça küçük bir gruptur ancak ekolojik
olarak öneme sahiptir. Bilinen türleri otsu bitki kökleri ile
bazen de ağaçsı bitkiler ile ortak yaşam gösterirler. Bu grup
üyeleri bitkilerden bağımsız olarak gelişme yeteneğine sahip
değildir ve sadece eşeysiz olarak üreyebilirler.
37
Basidiomycetes: Büyük bir fungus grubudur. Bir çoğu ticari olarak
geliştirilen ve yenebilen Agaricus gibi şapkalı mantarlar ile Amanita gibi
zehirli mantarlardır.
Bu grup içerisinde maya, bitki ve insanlar için patojen türler
bulunmaktadır. Genellikle tallusa sahiptirler. Fakat bazıları tipik maya
formundadır. Şapkalı mantar eşeysiz olarak geliştiğinde basit bir haploid
misel yapısındadır. Eşeyli olarak geliştiğinde ise bilinen şapkalı mantarı
meydana getirmektedir (şekil 4 3.)
38
39
Ascomycetes: Ekmek ve bira yapımında kullanılan
Saccharomyces mayası gibi tek hücreli türlerden ekmek küfü
olan Neurospora crassa gibi filamentli olarak gelişen türlere
kadar çeşitlilik göstermektedir.
40
Ascomycetes grubunun üyelerinden olan mayalar, genellikle
yuvarlak, silindirik, oval ya da limon şeklinde hücre
morfolojisine sahip olan mayalar tek hücrelidir.
Bazı koşullarda, çok sayıda hücre yan yana gelerek uzun zincirler
pseudohif (yalancı misel)) oluşturabilirler.
41
42
Ascospore
Mayalarda üreme bölünerek, tomurcuklanarak (şekil 4.4) veya
eşeyli olarak meydana gelir.
43
•Bazı mayalar ikiye bölünerek çoğalırlar. Eşeyli üremede ise iki
maya hücresinin birleşmesi sonucu meydana gelen zigot
oluşur.
44
•Birkaç maya türü ise hayvanlar ile özellikle de böcekler ile
ortak bir yaşama sahipken,
Fungusların İşlevleri
Küf ve mayalar doğada çok geniş bir dağılış alanına sahiptirler.
45
Ayrıca pektin ve diğer kompleks karbonhidratları,
organik asitleri, proteinleri ve lipitleri de kullanabilmektedirler.
47
•Kimyasal maddelerin sentezinde ve sıvı yakıt olarak ta kullanılan
etanol S. cerevisiae tarafından üretilir.
48
Tüm bu yararlarının yanı sıra, fungusların çeşitli zararları da
olabilir.
49
•En iyi bilinen mikotoksin Aspergillus savus tarafından üretilen
aspergillus toksinleridir.
Protozoa
•Protozoa tek hücreli ökaryotik mikroorganizmadır.
50
• Büyüklükleri 5 ile 250 μm arasında değişmektedir. Hücre duvarları
yoktur.
•Bazı protozoonlarda ise pelikül adı verilen bir örtü hücreye sabit
şekli verir.
•Protozoonlarda bir veya daha çok çekirdek ile koful ve plastid adı
verilen yapılar bulunmaktadır.
51
•Kuru yerlerde protozoonların kistlerine rastlanılır. Kistler
kuş, böcek gibi hayvanlar ve rüzgarla etrafa yayılırlar.
52
Sitostomu çevreleyen siller besinleri ağız içine hareket ettiren
lokal akıntı sağlarlar.
İçeri alınan besin maddesi daha sonra bir besin kofulu içinde
sindirilir.
53
Kamçı ve siller ise sabit olup, şekilleri ve yerleri belirlidir.
Miyonemler ise sitoplazmada bulunan lifçikler olup,
hücrenin uzayıp kısalmak suretiyle hareket etmesini
sağlarlar.
54
55
56
Parazitik protozoonlar konukçularında ya hücre dışı yada hücre içi
parazit olarak bulunurlar.
Protozoa da üreme eşeyli ve eşeysiz olmak üzere iki
çeşittir. Ancak eşeysiz üreme daha yaygındır. Bazılarında
sadece bir çeşit üreme şekli görülürken, bazıları hayat
döngülerinde her iki yolu da kullanabilir.
57
Eşeyli üremede ise bazı silli bir hücrelilerde (Terliksi hayvan)
konjugasyon adı verilen özel bir eşeyli üreme şekli görülür.
58
Diğer durumda ise nukleusları yine haploid duruma gelmiş
(gamet) iki ayrı hücre birleşir diploid yeni bir hücre (zigot)
oluştururlar. Bu tip eşeyli üremeye de kopulasyon adı verilir.
60
Virüsler
Virüs, latince zehir anlamına gelmektedir. 1935’te ilk kez Tütün
mozaik virüsü izole edildikten sonra üzerinde bazı kimyasal
çalışmalar yapılmış, bunu takip eden yıllarda elektron mikroskobun
keşfedilmesiyle yapıları gözlenebilmiştir.
61
•Cansız olarak görünmesinin sebebi ise, bir konak hücre bulamadığı
zaman kristal yapıya dönüşebilmesidir.
•Bu şekilde iken virüs, bir partikül halinde doğada serbest olarak
bulunur.
•Ancak pek çok virüs tek bir konağın sadece özel hücrelerini
enfekte edebilir.
62
•Nadiren de olsa bazı virüsler konak hücre aralığı engelini aşar ve
bu konak hücrelerin çeşidini genişletir.
63
•Bir virüs konak hücrenin dışında iken virüs protein kılıf ile
çevrili nükleik asit içeren yapıdadır, elektron mikroskopta
gözlenebilir ve bu halde iken virion olarak adlandırılır. Virüs
virion şeklinde iken metabolizması yoktur.
Virüs partikülleri içerdikleri nükleik asit yönünden değişiklik
gösterirler.
64
•Bununla birlikte 3. bir grup virüste vardır ki bunlar çoğalmalarının
farklı dönemlerinde hem RNA hem de DNA içerirler.
65
Sadece birkaç virüste tek bir çeşit protein alt ünitesi vardır.
Nükleik asit ve proteinden ibaret virion yapısı kısaca nükleokapsid
olarak adlandırılır (şekil4.7a).
66
Pek çok bitki, hayvan virüsü ve bakteriyofaj ise kübik
simetrili yani “ikosahedral” olup üçgen yüzlere ve bunların
birleştiği noktalarda köşelere sahiptir.
67
68
69
Bazı virüsler nükleokapsidi çevreleyen ve lipid-protein
yapısından ibaret “zarf” adı verilen bir yapıya sahiptir ve bu
tip virüsler zarflı virüs olarak adlandırılır.
70
Virüslerin Çoğalması
•Virüslerde çoğalmanın ancak bir konak hücre içinde
gerçekleşebileceğini belirtmiştik.
•Bu amaçla, bir virüs bir konak hücreyi çok sayıda virüs partikülü
oluşturmak için gerekli yapıları sentezlemek üzere uyarır.
71
Virüs çoğalması için gerekli birkaç enzim virionda mevcut olabilir
ve enfeksiyon işlemi esnasında hücreye verebilir.
72
Bazı virüsler de hücre içine girmelerini kolaylaştıran yada
enfeksiyonun son basamağında virüsün konukçudan salınımını
sağlayan enzimler içerirler.
73
Bu enzim enfeksiyonun daha sonraki basamaklarında daha fazla
miktarlarda üretilir ve konak hücrenin ölümüne yol açar ve virüs
partiküllerinin ortama salınmasına neden olur.
74
4. Olgunlaşma: Sentezlenen virüs kısımlarının bir araya
getirilerek olgun partikül haline gelmesi,
5. Salınım: Virüsün hücreyi parçalayarak dışarı
dağılmasıdır.
Bu son basamakta konak hücreler çoğalan virüsleri taşıyamaz
hale gelir ve “lizis” adı verilen bir olayla parçalanırlar. Bu
döngüye litik döngü adı verilir (şekil 4.8).
75
Örneğin hayvan virüslerinde yapışmaya yarayan reseptör
bölgeler hücre zarında bulunur. Ayrıca virüs genellikle pasif
olarak fagositoz sonucu konak hücre içine girdiğinden, pek
çok bitki ve hayvan virüsü hiç bir özel adsorbsiyon bölgesi
içermez.
76
Hayvan virüslerinde enfeksiyon sonucunda konak hücre mutlaka
lizis ile parçanmaya bilir.
77
Lizogenik döngüde litik döngü basamakları baskılanır. Bu
şekilde bazı koşullarda enfeksiyon oluşturmayan virüsler
temperent olarak tanımlanırlar.
78
Ancak çevresel şartlar uyardığı zaman litik döngü başlatılabilir.
Lizogeninin çok önemli özellikleri vardır:
79
Bu işlemde, bir hücreye ait DNA parçası bir diğer hücreye
bir bakteriyofaj DNA’sı aracılığı ile transfer edilir. Bazen
de, virüsler konukçu hücreleri kanser hücreleri şekline
dönüştürerek sınırsız çoğalma nedeniyle tümör yada
kanser oluşumuna neden olabilirler.
80
81
Virüslerin İşlevi
• Zorunlu hücre içi paraziti oldukları için konak hücrelerin ölümüne
yol açarlar.
82
Moleküler biyoloji çalışmalarında model organizma olarak
kullanılmaktadır.
Viroidler ve İşlevi
Viroidler protein bir kılıf ile çevrili olmayan çıplak, kısa, RNA
parçalarıdır.
85
Prionlar ve İşlevi
Ne virüs ne de bakteri olmayan ve hücresel yapıya sahip
olmayan prionlar, kendi kendini eşleyebilen ve enfekte
proteinlerin yapımını sağlayan proteinlerdir.
86
Yapılan çalışmalar prionların sıcak, radyasyon ve kimyasal
muameleye rağmen yaşadıklarını göstermiştir.
87