Introduction

in silico
Interaction of Atoms & Molecules
Broto Santoso

Pengenalan dan Pelatihan Singkat Docking Molekuler dalam Perkembangan Kefarmasian

Kuliah Umum Farmasi Universitas Pekalongan
Atomic configuration
Konfigurasi dan jumlah elektron
terluar dari suatu atom menentukan
ikatan kimia dan valensi atom dalam
molekul, bisa berupa:

1. Ikatan ionik (garam)

2. Ikatan kovalen

Terjadi secara alami, spontan dan

terukur sangat detail dan tepat

Foreground image from www2.chemistry.msu.edu | Background Image from khanacademy.org

Pengenalan dan Pelatihan Singkat Docking Molekuler dalam Perkembangan Kefarmasian 2

Kuliah Umum Farmasi Universitas Pekalongan
Pengenalan dan Pelatihan Singkat Docking Molekuler dalam Perkembangan Kefarmasian 3
Kuliah Umum Farmasi Universitas Pekalongan
Bonds involved in Protein Structure
Hydrophobic Interaction Disulfide Bond
Some R groups in the amino acids are 05 a covalent bond formed from two thiol
non-polar that tend to fold into such a
groups of two cysteine residues in a
shape and try to exclude the water due to
protein known as the sulfide bridge
its hydrophobicity

01 04
Peptide Bond
Hydrogen Bond a covalent bond formed between the
carboxylic group of one amino acid and the
an electrostatic attraction between a amino group of another amino acid
hydrogen atom, which is covalently bound
to a high electronegative atom to another
electronegative atom of same or different
molecules of their close vicinity
02 03 Ionic Bond
a chemical bond formed between two ions
of opposite charges between the ionized
acidic or basic groups of amino acids

Pengenalan dan Pelatihan Singkat Docking Molekuler dalam Perkembangan Kefarmasian 4

Kuliah Umum Farmasi Universitas Pekalongan
Hydrophobic Hydrophilic or polar Charged No side
Pengenalan dan Pelatihan Singkat Docking Molekuler dalam Perkembangan Kefarmasian chain 5
Kuliah Umum Farmasi Universitas Pekalongan
Pengenalan dan Pelatihan Singkat Docking Molekuler dalam Perkembangan Kefarmasian 6
Kuliah Umum Farmasi Universitas Pekalongan
 Result of Protein-Ligand Interaction Profiler (3RF4)
Pengenalan dan Pelatihan Singkat Docking Molekuler dalam Perkembangan Kefarmasian 7
Kuliah Umum Farmasi Universitas Pekalongan
 Result of LigPlot+ (3RF4)
Pengenalan dan Pelatihan Singkat Docking Molekuler dalam Perkembangan Kefarmasian 8
Kuliah Umum Farmasi Universitas Pekalongan
 Result of
Biovia Discovery Studio
(3RF4)
Pengenalan dan Pelatihan Singkat Docking Molekuler dalam Perkembangan Kefarmasian 9
Kuliah Umum Farmasi Universitas Pekalongan
 Result of PoseView (3RF4)
Pengenalan dan Pelatihan Singkat Docking Molekuler dalam Perkembangan Kefarmasian 10
Kuliah Umum Farmasi Universitas Pekalongan
Interaction Result of MOE (A) and Maestro (B) for 3RF4
Pengenalan dan Pelatihan Singkat Docking Molekuler dalam Perkembangan Kefarmasian 11
Kuliah Umum Farmasi Universitas Pekalongan
 Natural (repurposing)

Ligand Sources
Molecular Modelling (Computation)

Molecular Docking Bio-Synthetic (novel)

Protein-Protein Future

Complex Interaction

Solubility Study

Molecular Dynamic Flexibility Conformation

Stability Reaction

Computational Approach
ADME / Toxicity

Pengenalan dan Pelatihan Singkat Docking Molekuler dalam Perkembangan Kefarmasian 12

Kuliah Umum Farmasi Universitas Pekalongan
 Happy Docking

Pengenalan dan Pelatihan Singkat Docking Molekuler dalam Perkembangan Kefarmasian 13

Kuliah Umum Farmasi Universitas Pekalongan