Nagsimula ang ekpedisyon ni Magellan kasama ang mga
tauhan niya na sumakay ng barkong Trinidad, Conception, Victoria, San Antonio at Santiago.
Si Ferdinand Magellan at ang kanyang mga kasama ay
dumaan sa Samar at dumating sa Homonhon noong Marso 16 ,1521. Pagkatapos ng dalawang linggo, dumating sila sa isla ng Limasawa noong Marso 28. Noong ikatatlumput’isa ng Marso ay nagsimula ang unang misa ng Pilipinas na ginanap sa Limasawa.
Noong Abril 3, si Magellan at ang kanyang kasama ay
umalis sa Limasawa at pumunta sa pulo ng Cebu noong Abril 7. Dito nakilala niya si Rajah Humabon at ang kanyang pamilya. Nagturo siya ng Kristiyanismo at bininyagan ang pamilya ni Rajah Humabon at ang mga lokal na katutubo doon.
Nalaman ni Magellan na may mga katutubo na ayaw
maging Kristiyano kaya sinunog nila ang mga bahay ng mga tao. Hindi pa rin sila maging Kristiyano kaya nagalit ang mga Kastila at nagkaroon sila ng hidwaan. Si Lapu- Lapu ang namuno sa mga katutubo at sa kasamaang palad, napatay ni Lapu-Lapu si Magellan.
Pagkatapos ng labanan, pinili nila kung sino ang susunod
na pinuno. Napili nila sina Duarte Barbosa at Juan Serrano. Si Enrique ay isang alipin na ayaw palayain ng mga namumuno. Dahil dito ay nagtaksil si Enrique sa mga Kastila at sumanid kina Humabon.
Noong Mayo 1, inimbitahan nila ang mga Espanyol sa
isang kapistahan at sinugod nila ang mga Espanyol, marami ang napatay sa kanila kaya umalis sila ng bansa.