LAPORAN BULAN : Januari-Mei

Judul Riset : Riset Pengembangan Metode Uji Vibrio parahaemolyticus Secara

Molekuler untuk Rancangan Standar Nasional dan Metode Alternatif
Output : Rekomendasi
Deskripsi Output : Rekomendasi tentang Metode Uji Vibrio parahaemolyticus secara
Molekuler Untuk Rancangan Standar Nasional dan Metode Alternatif
Status Riset : Baru

I. IKHTISAR EKSEKUTIF
Ikan termasuk bahan pangan yang sangat mudah mengalami pembusukan (high perishable
product) dan kerusakan lainnya yang disebabkan oleh kontaminasi mikroba, salah satunya Vibrio
parahaemolyticus patogenik. Cemaran Vibrio parahaemolyticus pada produk ekspor perikanan
mengakibatkan ditolaknya produk ini di negara tujuan. Keberadaan V. parahaemolyticus patogenik
pada produk perikanan dapat menyebabkan penyakit bawaan pangan (foodborne disease) pada
manusia. Kemampuan V. parahaemolyticus sebagai penyebab penyakit pada manusia umumnya
terkait dengan produksi hemolisin yaitu Thermostable Direct Hemolysin (TDH) dan Thermostable
Direct Hemolysin- related Hemolysin (TRH). Identifikasi/deteksi V. parahaemolyticus patogenik
dapat dilakukan berdasarkan reaksi biokimiawi yang dikenal dengan Kanagawa (KP+) akan tetapi
metode ini memiliki kelemahan, antara lain: waktu preparasi dan analisis yang panjang, interpretasi
hasil analisis yang kurang akurat, dan sensivitas yang rendah. Metode multiplex PCR merupakan
metode amplifikasi yang menggunakan target gen penyandi lebih dari 1 primer yang diamplifikasi
secara simultan dalam satu reaksi PCR. Deteksi dengan metode ini memberikan hasil analisis yang
lebih cepat dengan tingkat akurasi, sensitivitas dan spesifisitas yang tinggi.
Tujuan dari penelitian ini adalah memperbaharui metode uji V. parahaemolyticus secara
konvensional dengan metode molekuler (metode simplex PCR) untuk Rancangan Standar Nasional
serta menghasilkan rekomendasi metode uji V. parahaemolyticus secara molekuler pada produk
perikanan dengan multiplex PCR.
Sampel produk perikanan (ikan dan udang) diperoleh dari hasil tangkapan nelayan dan ritel.
pengambilan sampel ikan hasil tangkapan nelayan dan ritel berasal dari wilayah DKI Jakarta,
Cirebon, Semarang, dan Surabaya. Metode riset meliputi Isolasi & identifikasi V. parahaemolyticus
secara biokimia menurut SNI (2006) dan Pengembangan metode uji V. parahaemolyticus secara
molekuler. Pengembangan metode uji V. parahaemolyticus secara molekuler terdiri dari: Optimasi
protokol amplifikasi multiplex PCR, uji sensitivitas, spesifisitas & limit deteksi, serta aplikasi
metode Multiplex PCR untuk mendeteksi V. parahaemolyticus patogenik pada produk perikanan
yang dilanjutkan dengan penyusunan draft RSNI.

II. PERKEMBANGAN CAPAIAN KINERJA KEGIATAN

A. Capaian kinerja kegiatan sampai dengan bulan Mei 2020
Beberapa kegiatan yang telah dilakukan hingga awal bulan Mei 2020, antara lain: pada bulan
Februari dilakukan pelatihan mengenai operasional penggunaan biospektrofotometer untuk
pengukuran konsentrasi DNA dan tingkat kemurnian DNA hasil ekstraksi, pengambilan sampel
produk perikanan asal TPI dan ritel di Cirebon untuk identifikasi V. parahaemolyticus (Vp) patogen
berdasarkan metode PCR yang dikembangkan, dilanjutkan dengan preparasi dan isolasi V.
parahaemolyticus (Vp) pada sampel.
Selain itu sejak awal bulan Februari hingga Mei telah dilakukan persiapan media dan
peralatan analisis untuk optimasi protokol PCR. Pada tahap ini dilakukan koordinasi dengan 7
penyedia bahan kimia/media untuk penyediaan bahan kimia, permintaan penawaran, konfirmasi
ketersediaan barang indent atau ready stock, penyusunan surat pemesanan bahan
kimia/media/glassware dan HPS (Harga Perkiraan Sendiri). Penyusunan valuasi ekonomi kegiatan
TA 2020-2024 juga dilakukan pada bulan Maret.
Kegiatan persiapan untuk validasi metode PCR seperti preparasi kultur bakteri Vp dan non
Vp, dan ekstraksi bakteri dilakukan pada bulan Maret minggu pertama hingga kedua. Selanjutnya
juga telah dilakukan koordinasi dengan BKIPM Kelas II Surabaya selaku pemegang otoritas wilayah
Jawa Timur berkaitan dengan rencana survey dan pengambilan sampel produk perikanan di wilayah
tersebut. Semula akan dilaksanakan pada tanggal 16-19 April 2020, namun tidak bisa direalisasikan
disebabkan grafik penyebaran covid-19 baik di Jakarta maupun Jawa Timur yang semakin
meningkat.
Di bulan April (WFH 28 Februari, 9 dan 15 April 2020) telah dilakukan pembahasan RSNI
pengembangan metode uji Vibrio parahaemolyticus dengan PCR antara konseptor dengan komisi
teknis RSNI KKP. Kegiatan ini menghasilkan masukan dan koreksi secara format serta substansi
draft RSNI dari komisi teknis RSNI. Di akhir bulan April (WFH 30 April 2020), dilakukan r apat
internal kegiatan dan pertemuan kelompok peneliti keamanan pangan mengenai pemotongan
anggaran serta tindak lanjut rencana aksi penyerapan anggaran dan pelaksanaan kegiatan fisik setelah
pemotongan anggaran. Hasil pertemuan tersebut antara lain: teknis pengambilan sampel produk di
lokasi terdampak covid-19 dilakukan melalui bantuan tenaga penyuluh setempat, segera dilakukan
pemesanan bahan kimia yang dibutuhkan serta pemantapan metode analisis,