VMD được thiết kế để mô hình hóa, trực quan hóa và phân tích các hệ

thống sinh học như protein, axit nucleic, tổ hợp lớp kép lipid, v.v. Nó có
thể được sử dụng để xem các phân tử tổng quát hơn, vì VMD có thể
đọc và hiển thị các tệp Ngân hàng Dữ liệu Protein (PDB) tiêu chuẩn cấu
trúc chứa đựng. VMD cung cấp nhiều phương pháp khác nhau để hiển
thị và tô màu một phân tử: các điểm và đường đơn giản, hình cầu và
hình trụ CPK, liên kết cam thảo, ống xương sống và ruy băng, hình vẽ
hoạt hình, v.v. VMD có thể được sử dụng để tạo hoạt ảnh và phân tích
quỹ đạo của mô phỏng động lực học phân tử (MD). Đặc biệt, VMD có
thể hoạt động như một giao diện người dùng đồ họa cho chương trình
MD bên ngoài bằng cách hiển thị và tạo hiệu ứng động cho một phân tử
đang trải qua quá trình mô phỏng trên một máy tính từ xa.
Các tính năng chính của VMD bao gồm:

• Hỗ trợ cho tất cả các nền tảng máy tính lớn

• Hỗ trợ cho bộ xử lý đa lõi
• Hỗ trợ tính toán tăng tốc GPU
• Nhiều hướng dẫn VMD tuyệt vời được phát triển tại địa phương
và bởi cộng đồng nghiên cứu nói chung
• Không có giới hạn về số lượng phân tử, nguyên tử, dư lượng
hoặc số khung quỹ đạo, ngoại trừ bộ nhớ khả dụng
• Nhiều phương pháp dựng hình và tô màu phân tử
• Khả năng hiển thị âm thanh nổi
• Cú pháp lựa chọn nguyên tử mở rộng để chọn tập hợp con của
các nguyên tử để hiển thị (bao gồm toán tử boolean, biểu thức
chính quy, v.v.)
• Hỗ trợ hơn 60 định dạng tệp phân tử và loại dữ liệu thông qua
một thư viện mở rộng gồm các trình biên dịch và plugin trình
đọc/ghi tệp tích hợp sẵn
• VMD bao gồm một plugin căn chỉnh nhiều trình tự , một môi
trường phân tích tin sinh học thống nhất cho phép một người tổ
chức, hiển thị và phân tích cả dữ liệu trình tự và cấu trúc cho
protein và axit nucleic.
• Khả năng xuất đồ họa được hiển thị sang các tệp có thể được xử
lý bởi một số gói kết xuất hình ảnh và dò tia phổ biến, bao gồm
POV-Ray, Rayshade, Raster3D và Tachyon.
• Giao diện người dùng dựa trên văn bản và đồ họa có thể mở
rộng cho người dùng , ngôn ngữ kịch bản
lệnh Tcl/Tk và Python tiêu chuẩn tích hợp sẵn
• Các phần mở rộng cho ngôn ngữ Tcl cho phép các nhà nghiên
cứu viết các quy trình của riêng họ để phân tích phân tử
• Mã nguồn dạng mô-đun, có thể mở rộng sử dụng thiết kế hướng
đối tượng trong C++, với hướng dẫn dành cho lập trình viên mô
tả kiến trúc chương trình và mã nguồn
• Tích hợp với chương trình NAMD, một chương trình động lực học
phân tử nhanh, song song và có thể mở rộng được phát triển cùng
với VMD trong Nhóm Lý sinh Lý thuyết và Tính toán tại Đại học
Illinois. Xem trang chủ WWW của NAMD để biết thêm thông tin:
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
• VMD hoạt động tốt với các hệ thống hiển thị dự kiến như Thiết bị
chiếu 3-D được duy trì bởi Nhóm Lý sinh lý thuyết và Tính toán.
• VMD có thể được sử dụng để đồng thời hiển thị và tương tác
với mô phỏng NAMD đang chạy .
• Sử dụng VMD làm Ứng dụng trợ giúp Web/MIME
• Thư viện tập lệnh VMD
• GUI di động và trực quan
• Giao tiếp với các chương trình MD (tức là SIGMA, NAMD)
• Hỗ trợ thiết bị MD và VR tương tác
• Làm phim với VMD