Hướng dẫn sử dụng phần mềm thiết kế mồi Primer – Blast

1. Truy cập cơ sở dữ liệu của NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)

2. Chọn "Nucleotide database"

3. Nhập tên (tiếng Anh) vi sinh vật cần phát hiện trình tự gene đặc hiệu: Ví dụ virus viêm
gan B (Hepatitis B virus genome), chọn Search để tìm các gene đã được giải trình tự vủa
vi sinh vật đó.
4. Chọn genome của 1 chủng vi sinh vật, chọn Graphics

5. Chọn gene cần phát hiện (đưa chỏ chuột vào tên gene ví dụ YP_0091738571), đợi
loading):
6. Chọn FASTA record, NC sẽ hiện ra chuỗi của gene này dưới dạng file FASTA:

7. Xuất hiện trình tự gene cần tìm:

8. Truy cập trang chủ của phần mềm Primer-BLAST tại địa chỉ
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

9. Copy và nhập trình tự gene (xuất hiện ở bước 7) vào ô PCR Template:
10. Đánh dấu bỏ dòng “Enable search for primer pairs specific to the intended PCR
template” để bỏ qua việc tìm kiếm cặp mồi có sẵn trong cơ sở dữ liệu của NCBI. Sau đó
chúng ta thu về thiết kế primer bằng cách ấn vào ô “Get Primers”.

11. Đợi vài phút, các trình tự và thông tin về các cặp mồi sẽ xuất hiện: