https://life.gist.ac.

kr/

2022
Vo l. 8 G I S T i s a g l o b a l f r o n t i e r o f c e l l r e s e a r c h

Mechanistic decoupling of exonuclease III

Inside multifunctionality into AP endonuclease and
AI-based prediction of new binding site
and virtual screening for the discovery of
2 exonuclease activities at the single-residue level
novel P2X3 receptor antagonists

Nucleic Acids Research Feb. 2022

Yong-Chul Kim / Hojung Nam
Inhibiting 5-lipoxygenase prevents skeletal
muscle atrophy by targeting organogenesis
3
signalling and insulin-like growth factor-1 Vol. 50(4): 2211-2222. doi: 10.1093/nar/gkac043
Darren R. Williams
The lysosomal transporter TAPL has 4
a dual role as peptide translocator
and phosphatidylserine floppase
Bacterial exonuclease III (ExoIII) is a multifunctional enzyme
Mi Sun Jin that uses a single active site to perform two conspicuous
Characterization of rhodanine derivatives
as potential disease-modifying drugs for
5 activities: (i) apurinic/apyrimidinic (AP)-endonuclease and (ii)
experimental mouse osteoarthritis
Jang-soo Chun 3′→5′ exonuclease activities. The AP endonuclease activity
BMPR1A promotes ID2-ZEB1 interaction
to suppress excessive endothelial to
6 results in AP site incision, while the exonuclease activity
mesenchymal transition
Suk-Won Jin / Hyung Joon Chun results in the continuous excision of 3′ terminal nucleobases
Discovery of indirubin-3 ‘-aminooxy-acet-
amide derivatives as potent and selective
7 to generate a partial duplex for recruiting the downstream
DNA polymerase during the base excision repair process
FLT3/D835Y mutant kinase inhibitors for
acute myeloid leukemia
Yong-Chul Kim / Hyunwoo Park / Han, Sun-Young
(BER). The key determinants of functional selection between
DCLK1 promotes colorectal cancer 8
stemness and aggressiveness via the the two activities are poorly understood. Here, we use a series
XRCC5/COX2 axis Gwangrog Lee
Jeong-Seok Nam of mutational analyses and single-molecule imaging to unravel
Dysadherin awakens mechanical forces and
promotes colorectal cancer progression
9 the pivotal rules governing these endo- and exonuclease activities at the single amino acid
level. An aromatic residue, either W212 or F213, recognizes AP sites to allow for the AP
Jeong-Seok Nam
CRESSP: a comprehensive pipeline for 10
prediction of immunopathogenic
SARS-CoV-2 epitopes using structural endonuclease activity, and the F213 residue also participates in the stabilization of the melted
properties of proteins
Jihwan Park state of the 3′ terminal nucleobases, leading to the catalytically competent state that activates
Kidney Decellularized Extracellular Matrix
Enhanced the Vascularization and
11 the 3′→5′exonuclease activity. During exonucleolytic cleavage, the DNA substrate must be
Maturation of Human Kidney Organoids
Jihwan Park / Yong Kyun Kim / Dong-Woo Cho
maintained as a B-form helix through a series of phosphate-stabilizing residues (R90, Y109,
Mitoribosomal defects aggravate liver 12 K121 and N153). Our work decouples the AP endonuclease and exonuclease activities of
cancer via aberrant glycolytic flux and T
cell exhaustion ExoIII and provides insights into how this multifunctional enzyme controls each function at
Sunjae Lee / Hyon-Seung Yi / Il-Young Kim
The insect somatostatin pathway gates 13 the amino acid level.
vitellogenesis progression during reproductive
maturation and the post-mating response
Young-Joon Kim
Mechanistic decoupling of exonuclease III
multifunctionality into AP endonuclease
14
and exonuclease activities at
the single-residue level
Gwangrog Lee
Lipid raft‐disrupting miltefosine
preferentially induces the death of
15
colorectal cancer stem‐like cells
Jeong-Seok Nam
Press release 16
Laboratory of Inflammation
and Tissue Regeneration
26
Jinwook Choi
Laboratory 27
 AI-based prediction of new binding site and
virtual screening for the discovery of novel
P2X3 receptor antagonists
Yong-Chul Kim
Professor
Drug Discovery Laboratory
E-mail. yongchul@gist.ac.kr
Tel. 062)715-2502
https://ldd.gist.ac.kr/
Hojung Nam
Associate Professor
School of Electrical Engineering
and Computer Science, GIST
E-mail. hjnam@gist.ac.kr
P2X3 수용체
길항제 개발을 위한
인공지능 기반 신규
결합부위 탐색 및 가상
스크리닝
본 연구에서는, 우리 연구진이 개발
한 인공지능 딥러닝 모델인 High-
light on Target Sequence (HoTS)
를 활용, P2X3 수용체 길항제의 결
합 부위를 예측하여 기존에 보고되지
않은 신규 결합 부위를 제시하였다.
- 제시된 결합 부위를 대상으로 인공
지능 모델 및Pharmacophore 모델
링/Ligand docking 기법을 활용한
가상 스크리닝을 시행하였고, 세포
기반 활성 평가를 통해 P2X3 수용체
에 길항 활성을 보이는 화합물 16종
을 도출하였다 (적중률 = 1.6%). 이
는 기존 랜덤 스크리닝 대비 10배 이
상 개선된 적중률로, 인공지능 모델
및 종래의 컴퓨터 모델링 기법이 상
호보완적으로 작용하여 도출된 결과
로 생각된다.
2 2022 NEWSLETTER
EUROPEAN JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY Oct. 2022
Vol. 240: doi: 10.1016/j.ejmech.2022.114556
Artificial intelligence (AI) has been recognized as a
powerful technique that can accelerate drug discovery
during the hit compound identification step. However,
most simple deep learning models have been used for
naive pre-filtering as the prediction result cannot be
interpreted. Recently, our group developed a new deep
learning model (Highlight on Target Sequence; HoTS)
that can predict binding regions in a target protein
sequence based on patterns learned from interactions
between a target protein sequence and a ligand. In this
study, we searched for new binding regions of the P2X3
Yong-Chul Kim receptor (P2X3R) using HoTS, and suggested a novel
putative binding site of P2X3R by a cavity search on the
predicted binding regions. The novel putative binding site was employed to generate
pharmacophore features, and combinations of pharmacophore features were validated as
queries. Two separate virtual screenings using the optimized pharmacophore query Q12
with docking-based scoring and HoTS-based prediction of ligand interactions enabled
the initial selection of the compound library for in vitro screening. The screening of
each set of 500 compounds from the two approaches (HoTS interaction prediction
and Pharmacophore-LibDock cascade) resulted in the identification of 10 (HoTS-
1 – 10) and 6 compounds (PD-1 – 6) with low micromolar IC50 values. Remarkably,
the hit rate was 10-fold higher than that from the previous random screening of 8364
compound library, and the chemical structures of all identified hit compounds were
distinct from those of known
P2X3R antagonists, indicating
that novel chemical entities
could be developed for P2X3R
antagonists by targeting the
binding site. Overall, this study
suggests the discovery of a novel
putative binding site for P2X3R
using the AI deep learning
protocol along with in silico MD
simulation and experimental
screening of targeted library
compounds to successfully
identify 16 unique and novel hit
compounds. These results may
accelerate the discovery of novel
chemical-class drugs for P2X3R
antagonists.
 Inhibiting 5-lipoxygenase prevents skeletal
muscle atrophy by targeting organogenesis
signalling and insulin-like growth factor-1
JOURNAL OF CACHEXIA, SARCOPENIA AND MUSCLE Oct. 2022 Darren R. Williams
DOI:10.1002/jcsm.13092 Professor

Background: Skeletal muscle atrophy can occur in response New Drug Targets
to numerous factors, such as ageing and certain medications, Laboratory
and produces a major socio-economic burden. At present,
there are no approved drugs for treating skeletal muscle E-mail. darren@gist.ac.kr
atrophy. Arachidonate 5-lipoxygenase (Alox5) is a drug target
Tel. 062)715-2509
for a number of diseases. However, pharmacological targeting
of Alox5, and its role in skeletal muscle atrophy, is unclear. https://ndtl.gist.ac.kr/
Methods: The potential effects of gene knockdown and
pharmacological targeting of Alox5 on skeletal muscle
atrophy were investigated using cell-based models, animal
models and human skeletal muscle primary cells. Malotilate, a
clinically safe drug developed for enhancing liver regeneration
and Alox5 inhibitor, was investigated as a repurposing
candidate. Mechanism(s) of action in skeletal muscle atrophy
Darren R. Williams was assessed by measuring the expression level or activation
status of key regulatory pathways and validated using gene
knockdown and RNA sequencing. 약물 재창출 전략으로
Results: Myotubes treated with the atrophy-inducing glucocorticoid, dexamethasone,
were protected from catabolic responses by treatment with malotilate (+41.29%, P < 0.01). 신규 근감소증
Similar anti-atrophy effects were achieved by gene knockdown of Alox5 (+30.4%, P < 0.05). 치료제 개발
Malotilate produced anti-atrophy effects without affecting the myogenic differentiation
programme. In an in vivo model of skeletal muscle atrophy, malotilate treatment preserved
muscle force/strength (grip strength: +35.72%, latency to fall: +553.1%, P < 0.05), increased 현재까지 통용되는 근감소증 치료요법
mass and fibre cross-sectional area (quadriceps: +23.72%, soleus: +33.3%, P < 0.01) and 은 식이조절, 저항운동, 호르몬 조절제
down-regulated atrogene expression (Atrogin-1: -61.58%, Murf-1: -66.06%, P < 0.01). Similar, 투여 등이 있다. 하지만, 움직임이 불편
beneficial effects of malotilate treatment were observed in an ageing muscle model, which also 하거나 식이조절이 어려운 환자, 기존
showed the preservation of fast-twitch fibres (Type 2a: +56.48%, Type 2b: +37.32%, P < 0.01). 치료요법으로 효과를 얻지 못하는 환
Leukotriene B4, a product of Alox5 activity with inflammatory and catabolic functions, was 자에게는 근감소증 치료 약물이 시급
found to be elevated in skeletal muscle undergoing atrophy (quadriceps: +224.4%, P < 0.001). 한 실정임. 말로틸레이트는 기존 간경
Cellular transcriptome analysis showed that targeting Alox5 up-regulated biological processes 화 및 간손상 치료제로 사용되었던 약
regulating organogenesis and increased the expression of insulin-like growth factor-1, a key 물로, 연구팀은 이 약물이 골격근 위축
anti-atrophy hormone (+226.5%, P < 0.05). Interestingly, these effects were restricted to the
atrophy condition and not observed in normal skeletal muscle cultures with Alox5 inhibition. 과정 중 증가하는 ‘5-리폭시게네이즈’
Human myotubes were also protected from atrophy by pharmacological targeting of Alox5 라는 체내 효소의 활성을 저하시키고,
(+23.68%, P < 0.05).. 이를 통해 근육세포 내 염증 매개 인
Conclusions: These results shed new light on novel drug targets and mechanisms 자인 LTB4(류코트리엔 B4)의 농도를
underpinning skeletal muscle atrophy. Alox5 is a regulator and drug target for muscle atrophy, 낮춰 근육 손실에 핵심적인 조절 작용
and malotilate is an attractive compound for repurposing studies to treat this disease. 을 하는 물질(전사인자, transcription
Keywords: Alox5; Drug repurposing; Glucocorticoids; Malotilate; Sarcopenia; Skeletal factor)인 FoxO3의 작용을 저해한다는
muscle atrophy. 사실을 규명함. 근감소증이 유도된 실
험용 쥐와 노화된 실험용 쥐를 이용한
실험을 진행했으며, 말로틸레이트를 투
여했을 때 근육량 증가와 감소를 판별
하는 가장 중요한 척도인 근섬유의 직
경(지름)이 대조군 대비 평균 46.9% 증
가한 것으로 관찰됐으며, 근육 단백질
합성속도도 증가하는 것으로 확인됨.
또한 근육 단백질 동화과정에 관여하는
체내 호르몬인 IGF-1(인슐린 유사 성
장 인자)의 발현양도 증가함. 이번 연구
를 통해 근감소증 치료를 위한 새로운
약물과 타깃을 제시하였으며, 약물 재
창출 전략을 통해 먹을 수 있는 안전한
근감소증 치료제 개발의 시기를 앞당길
수 있을 것으로 기대됨.

School of Life Sciences, GIST(Gwangju Institute of Science and Technology) 3

 The lysosomal transporter TAPL has a
dual role as peptide translocator and
phosphatidylserine floppase
Mi Sun Jin NATURE COMMUNICATIONS Oct. 2022
Associate Professor Vol. 13(1): 5851. doi: 10.1038/s41467-022-33593-2

Membrane protein TAPL is a lysosomal ATP-binding cassette transporter

Structural and functional
biology Laboratory that translocates a broad spectrum of polypeptides
from the cytoplasm into the lysosomal lumen. Here
E-mail. misunjin@gist.ac.kr
we report that, in addition to its well-known role as a
Tel. 062)715-3562
peptide translocator, TAPL exhibits an ATP-dependent
https://mpsf.gist.ac.kr/
phosphatidylserine floppase activity that is the possible
cause of its high basal ATPase activity and of the
lack of coupling between ATP hydrolysis and peptide
efflux. We also present the cryo-EM structures of
Mi Sun Jin mouse TAPL complexed with (i) phospholipid, (ii)
cholesteryl hemisuccinate (CHS) and 9-mer peptide,
and (iii) ADP·BeF3. The inward-facing structure reveals that F449 protrudes into the
cylindrical transport pathway and divides it into a large hydrophilic central cavity
and a sizable hydrophobic upper cavity. In the structure, the peptide binds to TAPL
in horizontally-stretched fashion within the central cavity, while lipid molecules plug
vertically into the upper cavity. Together, our results suggest that TAPL uses different
mechanisms to function as a peptide translocase and a phosphatidylserine floppase

펩타이드 수송 단백질
TAPL의 cryo-EM
구조 및 인지질
수송 능력 규명
TAPL은 체내에서 세포막 내외로 다
양한 물질(예: 당, 비타민, 호르몬, 대
사산물, 항생제, 항암제 등)을 수송
하는 단백질인 ‘ABC 트랜스포터’(총
48개)의 일종으로, 그동안은 펩타이
드를 리소좀으로 운반하는 수송체로
서 알려져 왔다. 하지만 이번 cryo-
EM 구조 및 기능 연구를 통해 본 연
구팀은 (1) TAPL이 2개의 서로 다른
작동 메커니즘을 통해 펩타이드 뿐
만 아니라 인지질 수송에도 관여한다
는 사실을 증명하였고, (2) 수송 싸이
클 동안 기질 및 ATP 결합으로 인한
TAPL의 구조 전이 과정을 분자 수준
에서 밝혀냈으며, (3) 향후 TAPL이 [TAPL의 전자밀도 맵 (왼쪽) 및 고해상도 분자 구조 (오른쪽)]
암, 대사질환, 퇴행성 뇌질환 치료를
위한 표적 단백질로 고려될 수 있는
가능성을 제시할 수 있었다.

4 2022 NEWSLETTER
 Characterization of rhodanine derivatives
as potential disease-modifying drugs for
experimental mouse osteoarthritis
Osteoarthritis and Cartilage Sep. 2022 Jang-soo Chun
Vol. 30(9): 1210-1221. doi: 10.1016/j.joca.2022.04.005 Professor

Objective: This study was performed to characterize Osteoarthritis Research

Laboratory
selected rhodanine derivatives as potential preclinical
disease-modifying drugs for experimental osteoarthritis E-mail. jschun@gist.ac.kr
(OA) in mice. Tel. 062)715-2497
Methods: Three rhodanine derivatives, designated
https://cdl.gist.ac.kr/
rhodanine (R)-501, R-502, and R-503, were selected as
candidate OA disease-modifying drugs. Their effects
were evaluated by intra-articular (IA) injection in OA
mouse models induced by DMM (destabilization of the
medial meniscus) or adenoviral overexpression in joint
Jang-soo Chun tissues of hypoxia-inducible factor (HIF)-2α or zinc
importer ZIP8. The regulatory mechanisms impacted by
the rhodanine derivatives were examined in primary-culture chondrocytes and fibro-
blast-like synoviocytes (FLS).
Results: All three rhodanine derivatives inhibited OA development caused by DMM
or overexpression of HIF-2α or ZIP8. Compared to vehicle-treated control group, for
example, IA injection of R-501 in DMM-operated mice reduced median OARSI grade
from 3.78 (IQR 3.00-5.00) to 1.89 (IQR 0.94-2.00, p = 0.0001). R-502 and R-503
also reduced from 3.67 (IQR 2.11-4.56) to
2.00 (IQR 1.00-2.00, p = 0.0030) and 2.00 골관절염 제어
(IQR 1.83-2.67, p = 0.0378), respectively.
후보물질로서의
Mechanistically, the rhodanine deriva-
rhodanine 유도체
tives inhibited the nuclear localization
and transcriptional activity of HIF-2α 골관절염은 연골의 손상, 윤활막의 염
in chondrocytes and FLS. They did not 증, 뼈돌기의 생성 등을 특징으로 하며
bind to Zn2+ or modulate Zn2+ homeosta- 통증을 수반하는 전체 관절의 질환이

sis in chondrocytes or FLS; instead, they

다. 골관절염의 환자 수는 꾸준히 늘어
나는 추세이나, 아직까지도 근본적인
inhibited the nuclear localization and 치료제가 없어 진통제와 같은 대증요
transcriptional activity of the Zn 2+-de- 법만이 주로 사용되고 있다. 본 연구는
pendent transcription factor, MTF1. rhodanine 유도체의 기질분해효소에

HIF-2α, ZIP8, and interleukin-1β could

대한 억제 효과와 연골 세포에서의 퇴
행저해효과를 기반으로, 다양한 실험적
upregulate matrix-degrading enzymes in 골관절염 생쥐 모델에서 rhodanine 유
chondrocytes and FLS, and the rhodanine 도체 (R-501, R-502, R-503)의 치료
derivatives inhibited these effects. 제로서의 가능성을 확인하였다. HIF-2
α 또는 ZIP8의 과발현, 그리고 DMM
Conclusion: IA administration of 수술로 유도한 세가지 종류의 골관절
rhodanine derivatives significantly re- 염 모델에서 rhodanine 유도체들에 의
duced OA pathogenesis in various mouse 해 연골퇴행이 완화됨을 확인하였다.

models, demonstrating that these deriva-

Rhodanine 유도체는 연골세포에서
HIF-2α와 MTF1의 전사활성을 억제함
tives have disease-modifying therapeutic 으로써 MMP3, MMP13 등의 기질 분해
potential against OA pathogenesis. 효소의 발현을 저해하여 골관절염에서
연골 퇴행 완화에 기여함을 규명하였다.

School of Life Sciences, GIST(Gwangju Institute of Science and Technology) 5

 BMPR1A promotes ID2-ZEB1 interaction
to suppress excessive endothelial to
mesenchymal transition
Suk-Won Jin CARDIOVASCULAR RESEARCH Sep. 2022
Professor Vol.: cvac159. doi: 10.1093/cvr/cvac159
Developmental Genetics Laboratory
E-mail. sukwonjin@gist.ac.kr Aims: Components of BMP signaling have been implicat-
Tel. 062)715-3561 ed in both pathogenesis of pulmonary arterial hypertension
https://dgl.gist.ac.kr/
(PAH) and endothelial-mesenchymal transition (EndoMT).
In particular, the importance of BMP Type 2 Receptor
Hyung Joon Chun (BMPR2) in these processes have been extensively ana-
Assistant Professor lyzed. However, the contribution of BMP Type1 Receptors
School of Medicine (BMPR1s) to the onset of PAH and EndoMT remains poor-
Yale University ly understood. BMPR1A, one of BMPR1s, was recently
E-mail. hyung.chun@yale.edu implicated in the pathogenesis of PAH, and was found to
be downregulated in the lungs of PAH patients, neither the
downstream mechanism nor its contribution to EndoMT
has been described. Therefore, we aim to delineate the role
혈관내피세포의 Suk-Won Jin of endothelial BMPR1A in modulating EndoMT and patho-
genesis of PAH.
혈관내피간엽이행 과정 Methods and results: We find that BMPR1A knockdown in endothelial cells (ECs)
억제 과정에서 induces hallmarks of EndoMT, and deletion of endothelial Bmpr1a in adult mice (Bm-
BMPR1A에 의한 pr1aiECKO) leads to development of PAH-like symptoms due to excessive EndoMT. By
ID2-ZEB1의 상호작용 lineage tracing, we show that endothelial-derived smooth muscle cells are increased in
억제 기전 연구 endothelial Bmpr1a deleted mice. Mechanistically, we identify ZEB1 as a primary target
for BMPR1A in this setting; Upon BMPR1A activation, ID2 physically interacts and se-
폐동맥고혈압은 Bone Morphogenetic questers ZEB1 to attenuate transcription of Tgfbr2, which in turn lowers the responses of
Protein (BMP) 신호전달의 이상으로 야기되 ECs toward TGF-β stimulation and prevents excessive EndoMT. In Bmpr1aiECKO mice,
는 대표적인 질환으로 BMPR2, ALK1 등 관
administering endothelial targeting lipid nanoparticles containing siRNA against Tgfbr2
effectively ameliorate PAH, reiterating the importance of BMPR1A-ID2/ZEB1-TGFBR2
련 유전자의 돌연변이가 폐동맥고혈압을 유
발할 수 있는 유전적 요인으로 작용한다고
알려져 있음. 폐동맥고혈압은 대증요법을 제 axis in modulating progression of EndoMT and pathogenesis of PAH.
외한 치료법이 없어 환자들의 기대수명이 매
Conclusions: We demonstrate that BMPR1A is key to maintain endothelial identity and
to prevent excessive EndoMT. We identify BMPR1A-induced interaction between ID2 and
우 낮고 조기 진단 또한 어려워 예후가 매우
나쁜 질환으로 추가적인 연구가 필요함. 본
연구는 BMP 신호전달 과정 중 중요한 수용 ZEB1 is the key regulatory step for onset of EndoMT and pathogenesis of PAH. Our find-
체인 BMPR1A가 혈관내피세포에서 소실될
ings indicate that BMPR1A-ID2/ZEB1-TGFBR2 signaling axis could serve as a potential
novel therapeutic target for PAH and other EndoMT-related vascular disorders.
경우, 혈관내피세포가 고유의 정체성을 상
실하고 혈관내피간엽이행 (endothelial to
mesenchymal transition; EndMT) 과정을
거쳐 혈관평활근세포로 전환되며, 그 결과
폐동맥고혈압의 가장 큰 특징인 폐동맥 혈압
의 상승과 우심실의 비대화가 나타나는 것도
확인하였음. 이러한 현상의 분자적 기전을
규명하기 위하여, BMPR1A 소실이 혈관내
피세포의 활성에 미치는 영향을 탐색하였고,
BMPR1A의 소실이 Tgfbr2의 발현을 유도하
여 EndMT 과정을 촉진하는 Transforming
Growth Factor β (TGFβ) 신호전달의 과도
한 활성화를 야기하는 것을 확인하였음. 이
러한 과정은 BMPR1A의 하위 신호전달인자
인 ID2에 의하여 매개되며, ID2는 Tgfbr2의
전사를 촉진하는 ZEB1과 물리적 결합으로
ZEB1이 Tgfbr2의 전사를 촉진하지 못하도
록 억제하는 것을 확인하였음. 또한, Tgfbr2
의 발현을 억제할 수 있는 siRNA를 도포한
나노입자를 기도에 주입할 경우, 혈관내피
세포에서 BMPR1A가 소실되더라도 폐동맥
고혈압으로 발전하지 않는 것을 확인하여,
폐동맥고혈압의 질환과정에서 BMPR1A-
ID2-ZEB1-TGFBR2 조절축의 중요성을 제
시하였음.

6 2022 NEWSLETTER
 Discovery of indirubin-3 '-aminooxy-acetamide
derivatives as potent and selective FLT3/D835Y
mutant kinase inhibitors for acute myeloid leukemia
EUROPEAN JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY Jul. 2022 Yong-Chul Kim
Vol. 237: 114356. doi: 10.1016/j.ejmech.2022.114356 Professor
Drug Discovery Laboratory
Mutations in Fms-like tyrosine kinase 3 (FLT3) have been E-mail. yongchul@gist.ac.kr
Tel. 062)715-2502
implicated in the pathogenesis of acute myeloid leukemia https://ldd.gist.ac.kr/
(AML) by affecting the proliferation and differentiation of
hematopoietic stem and progenitor cells. Although several Hyunwoo Park
FLT3 inhibitors have been developed, the occurrence of Associate Professor
Graduate School of Data Science
secondary TKD mutations of FLT3 such FLT3/D835Y and Seoul National University
FLT3/F691L lead to drug resistance and has become a key E-mail. hyunwoopark@snu.ac.kr
area of unmet medical needs. To overcome the obstacle of
secondary TKD mutations, a new series of indirubin-3′
Han, Sun-Young
Professor
Yong-Chul Kim -aminooxy-acetamide derivatives was discovered as po- Pharmacology Laboratory
tent and selective FLT3 and FLT3/D835Y inhibitors that Gyeongsang National University
E-mail. syhan@gnu.ac.kr
were predicted to bind at the DFG-in active conformation of FLT3 in molecular docking
studies. Through structure-activity relationship studies, the most optimized compound
13a was developed as a potent inhibitor at FLT3 and FLT3/D835Y with IC50 values of
0.26 nM and 0.18 nM, respectively, which also displayed remarkably strong in vitro anti-
cancer activities, with single-digit nanomolar GI50 values for several AML (MV4-11 and 약물저항성 FLT3/
MOLM14) and Ba/F3 cell lines expressed with secondary TKD mutated FLT3 kinases as D835Y 돌연변이
well as FLT3-ITD. The selectivity profiles of compound 13a in the oncology kinase panel Kinase 발현
and various human cancer cell lines were prominent, demonstrating that its inhibitory ac- 급성골수성 백혈병
tivities were mainly focused on a few members of the receptor tyrosine kinase family and 신규 치료약물 개발
AML versus solid tumor cell lines. Furthermore, significant in vivo anticancer efficacy of 본 연구는 기존 FLT3 kinase 저해제에 저
compound 13a was confirmed in a xenograft animal model implanted with FLT3-ITD/ 항성이 발현되는 FLT3/D835Y 및 FLT3/
F691L 돌연변이 kinase에 대하여 강력
D835Y-expressing MOLM-14 cells related to secondary TKD mutation. 한 저해약물을 개발한 결과이다.

최적화 화합물인 13a FLT3 및 FLT3/

D835Y mutant kinase에 대하여 IC50
value 각각 0.26 및 0.18 nM의 강력한 저
해효능을 보유하며 이는 기존 2세대 약물
인 Gilteritinib 보다 4-6배 강력한 효능임
을 입증하였다. (1.63 및 0.69 nM)

MV4-11, MOlM14, and Ba/F3-FLT3-

ITD를 포함하는 FLT3-ITD-expressed
AML cell lines, MOLM14-ITD/D835Y,
MOLM-ITD/F691L, Ba/F3-FLT3-ITD/
D835Y, and Ba/F3-FLT3-ITD/F691L
cells 등 각종 급성골수성백혈병 세포주에
대하여도 강력한 antiproliferative 효능을
나타내었다.

또한 FLT3-ITD/D835Y expressing
MOLM-14 cells을 이식한 in vivo an-
ticancer xenograft animal model에서
도 강력한 효능을 입증하여 FLT3-ITD/
D835Y positive AML 환자에 대한 새로
운 치료제 개발 가능성을 제시하였다.

School of Life Sciences, GIST(Gwangju Institute of Science and Technology) 7

 DCLK1 promotes colorectal cancer stemness
and aggressiveness via the XRCC5/COX2 axis

Jeong-Seok Nam Theranostics Jul. 2022

Professor Vol. 12(12): 5258-5271. doi: 10.7150/thno.72037

Laboratory of Cancer Rationale: Doublecortin-like kinase 1 (DCLK1) is a

Biology
serine/threonine kinase that selectively marks cancer stem-
E-mail. namje@gist.ac.kr like cells (CSCs) and promotes malignant progression in
Tel. 062)715-2893 colorectal cancer (CRC). However, the exact molecular
https://lcb.gist.ac.kr/ mechanism by which DCLK1 drives the aggressive
phenotype of cancer cells is incompletely determined.
Methods: Here, we performed comprehensive genomics
and proteomics analyses to identify binding proteins of
DCLK1 and discovered X-ray repair cross-complementing
5 (XRCC5). Thus, we explored the biological role and
Jeong-Seok Nam
downstream events of the DCLK1/XRCC5 axis in human
CRC cells and CRC mouse models.
Results: The results of comprehensive bioinformatics analyses suggested that DCLK1-
driven CRC aggressiveness is linked to inflammation. Mechanistically, DCLK1 bound
and phosphorylated XRCC5, which in turn transcriptionally activated cyclooxygenase-2
expression and enhanced prostaglandin E2 production; these events collectively generated
종양세포 악성화의 the inflammatory tumor microenvironment and enhanced the aggressive behavior of CRC
새로운 메커니즘 규명, cells. Consistent with the discovered mechanism, inhibition of DCLK1 kinase activity
항암 위한 약학적 strongly impaired the tumor seeding and growth capabilities in CRC mouse models.
조성물 특허 출원 Conclusion: Our study illuminates a novel mechanism that mediates the pro-
종양세포의 악성화 과정은 발생·증 inflammatory function of CSCs in driving the aggressive phenotype of CRC, broadening
식·전이·재발을 포함하는 개념으 the biological function of DCLK1 in CRC.
로, 종양세포의 악성화 과정에 대한
구체적인 메커니즘을 규명하고, 이
를 제어할 수 있는 치료 전략을 수립
하는 것은 난치성 질병의 치료 개발
에 필수적입니다. 본 연구팀은 악성
종양 세포에 특이적으로 발현하는
DCLK1에 의한 종양 악성화 기전을
규명하였습니다. DCLK1과 결합하는
단백질로 악성종양과 염증을 매개하
는 신호전달 단백질인 XRCC5를 발
굴하였으며, DCLK1이 XRCC5를 인
산화시키면 핵 내로 이동하여 전사조
절 능력이 활성화되어 염증성 효소
인자 COX2의 발현을 증가시켜 염증
물질(PGE2)의 합성을 촉진하고 종
양미세환경 내의 친종양형성 신호 경
로를 활성시켜 종양세포의 악성화를
가속시킨다는 것을 규명하였습니다.
또한 DCLK1의 키나아제 활성을 억
제하는 저분자 유효화합물을 발굴하
여 종양세포 악성화를 효과적으로 제
어하는 것을 증명하였습니다.

8 2022 NEWSLETTER
 Dysadherin awakens mechanical forces and
promotes colorectal cancer progression

Theranostics May. 2022 Jeong-Seok Nam

Vol.12(9): 4399-4414. doi:10.7150/thno.72354 Professor

Rationale: Dysadherin is a tumor-associated, membrane- Laboratory of Cancer

embedded antigen found in multiple types of cancer cells, Biology
and associated with malignant behavior of cancer cells; E-mail. namje@gist.ac.kr
however, the fundamental molecular mechanism by which Tel. 062)715-2893
dysadherin drives aggressive phenotypes of cancer is not yet
fully determined. https://lcb.gist.ac.kr/
Methods: To get a mechanistic insight, we explored
the physiological relevance of dysadherin on intestinal
tumorigenesis using dysadherin knockout mice and
investigated its impact on clinicopathological features in
patients with advanced colorectal cancer (CRC). Next, to
Jeong-Seok Nam discover the downstream signaling pathways of dysadherin,
we applied bioinformatic analysis using gene expression data
of CRC patient tumors and dysadherin knockout cancer cells. Additionally, comprehensive
proteomic and molecular analyses were performed to identify dysadherin-interacting proteins
and their functions.
Results: Dysadherin deficiency suppressed intestinal tumorigenesis in both genetic
and chemical mouse models. Moreover, increased dysadherin expression in cancer cells
accounted for shorter survival in CRC patients. Comprehensive bioinformatics analyses
suggested that the effect of dysadherin deletion is linked to a reduction in the extracellular 암전이 단백질의
matrix receptor signaling pathway. Mechanistically, the extracellular domain of dysadherin
bound fibronectin and enhanced cancer cell adhesion to fibronectin, facilitating the activation 새로운 메커니즘
of integrin-mediated mechanotransduction and leading to yes-associated protein 1 activation. 규명과 관련 펩타이드
Dysadherin-fibronectin interaction promoted cancer cell growth, survival, migration, and 항암제 개발
invasion, effects collectively mediated the protumor activity of dysadherin.
Conclusion: Our results highlight a novel function of dysadherin as a driver of 암은 재발과 전이로 인해 치료가 어려
mechanotransduction that stimulates CRC progression, providing a potential therapy strategy 운 질병으로, 이를 극복하기 위해서는
for CRC. 암 전이에 대한 구체적인 메커니즘을
규명하고 이를 제어할 수 있는 치료 전
략을 수립하는 것이 필요합니다. 본 연
구팀은 암전이 단백질인 디스에드헤린
이 암의 악성화 및 전이를 촉진하는 구
체적인 기전을 밝혔습니다. 디스에드헤
린은 세포외기질의 구조적 구성성분인
피브로넥틴(Fibronectin)과 결합해 암
세포에 가해지는 물리적 힘을 증가시키
고, 이로 인해 세포신호변환 메커니즘
과 관련된 단백질들이 활성화됨으로써
암의 악성화 및 전이를 유도한다는 사
실을 확인했습니다. 이러한 새로운 메
커니즘에 대한 이해를 바탕으로 디스
에드헤린-피브로넥틴의 결합을 방해
하는 펩타이드를 발굴하였고, 암세포의
생존을 방해한다는 것을 증명했습니다.
본 연구는 암 악성화 및 전이에 대한 새
로운 치료 전략의 가능성을 열었다는
점에서 의미가 큽니다.

School of Life Sciences, GIST(Gwangju Institute of Science and Technology) 9

 CRESSP: a comprehensive pipeline for
prediction of immunopathogenic SARS-CoV-2
epitopes using structural properties of proteins
Jihwan Park
Associate Professor
Functional Genomics
Laboratory
E-mail. jihwan.park@gist.ac.kr
Tel. 062)715-2503
https://genomics.gist.ac.kr/
코로나19 바이러스와
구조적으로 유사한
인체 내 단백질이 자가
면역반응을 유발할 수
있다는 가능성 제시
코로나19는 완치 후에도 수개월동안
호흡기계 증상뿐만 아니라 기억력 저
하, 가슴통증, 신장질환, 다기관염증
증후군 등 다양한 후유증을 일으키는
것으로 보고되고 있다. 본 연구에서는
코로나 바이러스 단백질과 구조적으
로 유사한 인체 내 단백질을 예측할
수 있는 기술을 개발하여 자가항체가
폐, 신장 등의 조직에서 자가면역반응
을 일으켜 후유증을 야기할 수 있다
고 밝혀냈다. 오미크론 변이를 포함한
모든 코로나19 바이러스 변이의 단백
질과 수 만개의 인간 단백질을 머신
러닝 을 통해 3차원 구조상에서 비교
하였으며, 그 결과 자가면역반응을 일
으킬 수 있는 후보 단백질들을 발굴
하였다. 단일세포 시퀀싱 분석을 통해
이러한 단백질들이 코로나19 환자의
폐조직에서 크게 증가한 것을 관찰하
였다. 이번 연구로 실제 자가면역반응
을 일으킬 수 있는 후보 단백질을 발
굴하고 후유증과의 인과관계를 제시
했다는 데 의의가 있다.
10
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS Mar. 2022
Vol. 23(2): bbac056. doi: 10.1093/bib/bbac056
The development of autoimmune diseases following
SARS-CoV-2 infection, including multisystem in-
flammatory syndrome, has been reported, and several
mechanisms have been suggested, including molecular
mimicry. We developed a scalable, comparative im-
munoinformatics pipeline called Cross-Reactive-Epi-
tope-Search-using-Structural-Properties-of-proteins
(CRESSP) to identify cross-reactive epitopes between
a collection of SARS-CoV-2 proteomes and the human
proteome using the structural properties of the proteins.
Jihwan Park
Overall, by searching 4,911,245 proteins from 196,352
SARS-CoV-2 genomes, we identified 133 and 648 human proteins harboring potential
cross-reactive B-cell and CD8+ T-cell epitopes, respectively. To demonstrate the ro-
bustness of our pipeline, we predicted the cross-reactive epitopes of coronavirus spike
proteins, which were recognized by known cross-neutralizing antibodies. Using sin-
gle-cell expression data, we identified PARP14 as a potential target of intermolecular
epitope spreading between the virus and human proteins. Finally, we developed a web
application (https://ahs2202.github.io/3M/) to interactively visualize our results. We
also, and made our pipe-
line available as an open-
source CRESSP package
(https://pypi.org/project/
cressp/), which can analyze
any two proteomes of in-
terest to identify potential-
ly cross-reactive epitopes
between the proteomes.
Overall, our immunoinfor-
matic resources provide a
foundation for the investi-
gation of molecular mim-
icry in the pathogenesis of
autoimmune and chronic
inflammatory diseases fol-
lowing COVID-19.
2022 NEWSLETTER
 Kidney Decellularized Extracellular Matrix
Enhanced the Vascularization and Maturation
of Human Kidney Organoids
Advanced Science Mar. 2022 Jihwan Park
Vol. 9(15): doi: 10.1002/advs.202103526 Associate Professor
Functional Genomics Laboratory
Kidney organoids derived from human pluripotent stem E-mail. jihwan.park@gist.ac.kr
Tel. 062)715-2503
cells (hPSCs) have extensive potential for disease mod- https://genomics.gist.ac.kr/
elling and regenerative medicine. However, the limited
vascularization and immaturity of kidney organoids have Yong Kyun Kim
been still remained to overcome. Extracellular matrix Associate Professor
(ECM) can provide mechanical support and a biochemi- Department of Internal Medicine,
The Catholic University of Korea
cal microenvironment for cell growth and differentiation. E-mail. drkimyk@catholic.ac.kr
Here in vitro methods using a kidney decellularized ex-
tracellular matrix (dECM) hydrogel to culture hPSC-de- Dong-Woo Cho
rived kidney organoids, which have extensive vascular Professor
Jihwan Park
network and their own endothelial cells, are reported. Department of Mechanical
Engineering, Pohang University
Single-cell transcriptomics reveal that the vascularized kidney organoids cultured using
of Science and Technology
the kidney dECM have more mature patterns of glomerular development and higher E-mail. dwcho@postech.ac.kr
similarity to human kidney than those cultured without the kidney dECM. Differentia-
tion of α-galactosidase A (GLA)-knock-out hPSCs generated using CRISPR/Cas9 into
kidney organoids by the culture method using kidney dECM efficiently recapitulate 실제 신장과 매우 흡사
Fabry nephropathy with vasculopathy. Transplantation of kidney organoids with kidney ‘한국형 고도분화 신장
dECM into kidney of mouse accelerates the recruitment of endothelial cells from the 오가노이드’ 개발
host mouse kidney and maintains vascular integrity with the more organized slit dia-
‘미니 신장’이라고도 불리는 신장 오가
phragm-like structures 노이드는 줄기세포에서 분화돼 실제 인
than those without 간의 신장을 구성하는 세포들로 구성되
고 기능을 하는 3차원 세포 구조체로,
kidney dECM. The 차세대 신약 개발 및 재생 치료의 핵심
kidney dECM method- 요소 중 하나다. 기존의 신장 오가노이
드는 해외에서 개발된 프로토콜로 제작
ology for inducing ex- 된 것으로, 세포의 성숙도가 인간의 신
tensive vascularization 장과 비교해 미성숙한 상태이며 신장
외 세포 (off targets)들이 섞여있어 실
and maturation of kid- 제 임상 치료에 사용하기에는 한계점이
ney organoids can be 있었다. 이에 본 연구에서는 실제 인간
의 신장 발생 과정에 대한 깊은 이해를
applied to studies for 바탕으로 고도분화 신장 오가노이드 분
kidney development, 화 프로토콜 개발하였다. 신장의 세포
외 기질의 미세 환경이 신장 발생에 중
disease modeling, and 요한 역할을 한다는 사실에 착안해 포
regenerative medicine. 유동물의 신장을 탈세포화 한 후 세포
외 기질을 추출해 세포 배양접시에 코
팅하고, 인간 신장 사구체 및 혈관 발생
에 중요한 역할을 하는 성장인자를 정
교하게 혼합 구성해 ‘신장 오가노이드
고도분화 프로토콜’을 개발했다. 또한,
단일세포 시퀀싱 분석을 통해 오가노이
드의 분화정도를 평가하고 off target을
최소할 수 있는 인자를 발굴하였다. 개
발한 고도분화 신장 오가노이드가 향후
추가 연구를 거쳐 실제 임상 치료 및 의
료 현장에 사용되길 기대한다.

School of Life Sciences, GIST(Gwangju Institute of Science and Technology) 11

 Mitoribosomal defects aggravate liver cancer via
aberrant glycolytic flux and T cell exhaustion
Sunjae Lee
Assistant Professor
Life Mining Laboratory
E-mail. leesunjae@gist.ac.kr
Tel. 062)715-2505
https://sites.google.com/
view/gist-life-mining-lab/home
Hyon-Seung Yi
School of Medicine,
Chungnam National University
E-mail. jmpbooks@cnu.ac.kr
Il-Young Kim
College of Medicine,
Gachon University
E-mail. iykim@gachon.ac.kr
미토콘드리아
리보좀 결함으로 인한
대사 재회로 및 간암
악화 기전 연구
본 연구는 미토콘드리아 기능에 핵심
적인 역할을 하는 “미토콘드리아 리
보좀”의 간암 내 역할을 규명한 연구
로써, bulk RNA-seq과 single-cell
RNA-seq 기법을 활용하여 간암 세
포 내의 미토콘드리아 리보좀의 결
함을 확인하였고 이로 인해 나타나
는 대사 재회로화, 즉 glycolytic 대
사 활성화 및 lactate 부산물 생성 증
가를 확인하였다. 특히 lacate생성
은 tumor microenvironment에서
T-cell exhaustion을 유도함으로 인
해서, cancer progression에 커다
란 역할을 하는 것으로 예상되며, 실
제로 in vivo 마우스 검증 실험을 통
해서 미토콘드리아 리보좀 결함으로
인해서 DEN-induced간암 마우스의
생존률이 급격히 떨어짐을 확인하였
고, isotope tracing분석을 통해서도
glucose에 유래한 lactate flux가 증
가함을 확인하였다. 본 멀티오믹스 대
사 분석을 통해서 간암 신규 타겟에
대한 기전연구의 지평을 열게 되었다.
12
JOURNAL FOR IMMUNOTHERAPY OF CANCER May 2022
Vol. 10(5): e004337. doi: 10.1136/jitc-2021-004337
Background: Mitochondria are involved in cancer ener-
gy metabolism, although the mechanisms underlying the
involvement of mitoribosomal dysfunction in hepatocellu-
lar carcinoma (HCC) remain poorly understood. Here, we
investigated the effects of mitoribosomal impairment-me-
diated alterations on the immunometabolic characteristics
of liver cancer.
Methods: We used a mouse model of HCC, liver tissues
from patients with HCC, and datasets from The Cancer
Genome Atlas (TCGA) to elucidate the relationship be-
tween mitoribosomal proteins (MRPs) and HCC. In a
Sunjae Lee mouse model, we selectively disrupted expression of the
mitochondrial ribosomal protein CR6-interacting factor
1 (CRIF1) in hepatocytes to determine the impact of hepatocyte-specific impairment of
mitoribosomal function on liver cancer progression. The metabolism and immunopheno-
type of liver cancer was assessed by glucose flux assays and flow cytometry, respectively.
Results: Single-cell RNA-seq analysis of tumor tissue and TCGA HCC transcriptome
analysis identified mitochondrial defects associated with high-MRP expression and poor
survival outcomes. In the mouse model, hepatocyte-specific disruption of the mitochon-
drial ribosomal protein CRIF1 revealed the impact of mitoribosomal dysfunction on liver
cancer progression. Crif1 deficiency promoted programmed cell death protein 1 expres-
sion by immune cells in the hepatic tumor microenvironment. A [U-13C6]-glucose tracer
demonstrated enhanced glucose entry into the tricarboxylic acid cycle and lactate pro-
duction in mice with mitoribosomal defects during cancer progression. Mice with hepatic
mitoribosomal defects also exhibited enhanced progression of liver cancer accompanied
by highly exhausted tumor-infiltrating T cells. Crif1 deficiency induced an environment
unfavorable to T cells, leading to exhaustion of T cells via elevation of reactive oxygen
species and lactate production.
Conclusions: Hepatic mitoribosomal defects promote glucose partitioning toward gly-
colytic flux and lactate synthesis, leading to T cell exhaustion and cancer progression.
Overall, the results suggest a distinct role for mitoribosomes in regulating the immu-
nometabolic microenvironment during HCC progression.
2022 NEWSLETTER
 The insect somatostatin pathway gates
vitellogenesis progression during reproductive
maturation and the post-mating response
Nature Communications Feb. 2022 Young-Joon Kim
Vol. 13(1): 969. doi: 10.1038/s41467-022-28592-2 Professor

Vitellogenesis (yolk accumulation) begins upon eclo- Laboratory of Molecular

Neuroethology
sion and continues through the process of sexual mat-
E-mail. kimyj@gist.ac.kr
uration. Upon reaching sexual maturity, vitellogenesis
is placed on hold until it is induced again by mating. Tel. 062)715-2492
However, the mechanisms that gate vitellogenesis in https://gistflylab.wixsite.
com/gistlmn
response to developmental and reproductive signals re-
main unclear. Here, we have identified the neuropeptide
allatostatin-C (AstC)-producing neurons that gate both 난황형성
the initiation of vitellogenesis that occurs post-eclosion 관문 신경펩타이드
Young-Joon Kim and its re-initiation post-mating. During sexual matu- 소마토스타틴
ration, the AstC neurons receive excitatory inputs from AstC-mTh 뉴런의 발굴
Sex Peptide Abdominal Ganglion (SAG) neurons. In mature virgin females, high sus- 및 작동 메커니즘 연구
tained activity of SAG neurons shuts off vitellogenesis via continuous activation of 난황형성(vitellogenesis)은 발달하는 난
the AstC neurons. Upon mating, however, Sex Peptide inhibits SAG neurons, leading 모세포에 난황이 축적되는 과정으로, 이
과정의 개시는 알형성(oogenesis) 제어
to deactivation of the AstC neurons. As a result, this permits both JH biosynthesis and 에 매우 중요하지만, 이를 조절하는 신경
회로는 알려지지 않았다. 이 연구에서 우
the progression of vitellogenesis in mated females. Our work has uncovered a central 리 연구팀은 주요 모델 동물인 노랑초파리
(Drosophila melanogaster)를 이용하여
neural circuit that gates the progression of oogenesis. 난황형성의 관문 기능을 가진 AstC-mTh
뉴런을 최초로 발굴하고, 이 뉴런이 분비
하는 소마토스타틴(somatostatin) 신경펩
타이드의 작용 메커니즘을 규명하였다. 노
랑초파리에서 난황형성은 성충으로 우화
한 직후 시작되어 성숙난이 충분히 만들
어지는 2-3일 후에 멈춘다. 짝짓기 또한
알형성 및 난황형성을 유도 하는데, 이 과
정에서 수컷 초파리의 정액 단백질인 성
펩타이드(Sex peptide, SP)가 알라타체
(corpora allata)를 자극하고 유약호르몬
(Juvenile hormone, JH) 생합성 및 분비를
유도하며, 혈림프(hemolymph)내 JH 농도
증가시키고, JH는 난황형성을 직접 자극한
다. 발달 및 교미 신호를 받아서 난황형성
을 제어하는 신경회로를 연구한 결과, 우
리 연구팀은 우화 후 일어나는 난황형성의
개시와 짝짓기 후의 재 개시 모두에서 관
문 역할을 하는 AstC-mTh 뉴런을 최초로
발굴하였다. 성적 성숙 동안 AstC-mTh
뉴런은 SAG 뉴런으로부터 흥분성 입력을
받는데, 성숙한 처녀 암컷에서 SAG 뉴런
의 높은 활성은 AstC-mTh 뉴런의 지속적
인 활성화를 유도하여 AstC 분비를 증가
시키고, 혈림프내 AstC의 증가는 알라타
체의 JH 합성을 억제하여 난황형성을 차
단한다. 한편, 짝짓기 과정에서 암컷 자궁
으로 수컷 SP가 들어오면 자궁 내막의 SP
수용체 뉴런의 수상돌기에 작용하여, SP
수용체 뉴런과 SAG 뉴런, 그리고 AstC-
mTh 뉴런의 활성을 순차적으로 억제한다.
이를 통한 혈림프내 Ast-C 농도의 감소
는 억제되어 있던 JH 생합성 및 분비를 증
가시켜 난황형성을 재 활성화를 유도한다.
이번 연구는 난황형성을 조절하는 신경회
로의 작동원리를 단일 뉴런의 수준에서 규
명함과 동시에 진화적으로 보존된 신경전
달물질인 소마토스타틴/Ast-C의 기능을
밝힌 연구로 중요성을 가진다.

School of Life Sciences, GIST(Gwangju Institute of Science and Technology) 13

 Mechanistic decoupling of exonuclease III
multifunctionality into AP endonuclease and
exonuclease activities at the single-residue level
Gwangrog Lee Nucleic Acids Research Feb. 2022
Professor Vol. 50(4): 2211-2222. doi: 10.1093/nar/gkac043

Single Molecule Biology Bacterial exonuclease III (ExoIII) is a multifunctional

and Celluar Dynamics
Laboratory enzyme that uses a single active site to perform two
conspicuous activities: (i) apurinic/apyrimidinic (AP)-
E-mail. glee@gist.ac.kr
endonuclease and (ii) 3′→5′ exonuclease activities. The
Tel. 062)715-3558
AP endonuclease activity results in AP site incision, while
https://smbio.gist.ac.kr/
the exonuclease activity results in the continuous excision
of 3′ terminal nucleobases to generate a partial duplex for
recruiting the downstream DNA polymerase during the
base excision repair process (BER). The key determinants
Gwangrog Lee of functional selection between the two activities are
poorly understood. Here, we use a series of mutational
단일 잔기 수준에서 analyses and single-molecule imaging to unravel the pivotal rules governing these
AP endonuclease endo- and exonuclease activities at the single amino acid level. An aromatic residue,
및 exonuclease 활성 either W212 or F213, recognizes AP sites to allow for the AP endonuclease activity,
으로 exonuclease III and the F213 residue also participates in the stabilization of the melted state of the 3′
다기능성의 기계적 분리 terminal nucleobases, leading to the catalytically competent state that activates the 3′
Exonuclease III는 단일 활성 부위 →5′exonuclease activity. During exonucleolytic cleavage, the DNA substrate must be
를 사용하여 AP endonuclease 및 maintained as a B-form helix through a series of phosphate-stabilizing residues (R90,
Y109, K121 and N153). Our work decouples the AP endonuclease and exonuclease
3'→5' exonuclease 주로 두 가지
활성을 수행하는 다기능 효소이다.
DNA 손상복구 과정에서 이 효소는 activities of ExoIII and provides insights into how this multifunctional enzyme controls
each function at the amino acid level.
AP endonuclease 활성으로 손상된
AP site를 절개하고 exonuclease
활성으로 부분적인 단일가닥 DNA
을 만들어 DNA polymerase를 불러
온다. 하지만 이러한 활성들은 DNA
복구 과정에서 핵심임에도 불구하
고 두 활동 사이의 주요 결정 요인은
잘 이해되지 않았다. 본 연구에서는
돌연변이 분석방법과 단일 분자 이
미징 기술을 이용하여 아미노산 수
준에서 이러한 AP endonuclease
및 exonuclease 활성을 조절하는
원리를 밝혔다. 방향족 잔기(W212
또는 F213)는 AP site를 인식하
여 AP endonuclease 활성을 나
타내고, F213 잔기는 DNA 3' 말단
nucleotide의 열린 상태를 안정화하
여 3 '→5' exonuclease 활성을 나타
낸다. 또한 phosphate 안정화 잔기
들(R90, Y109, K121 및 N153)을 통
해 DNA B형 나선형으로 유지되어야
만 exonuclease 활성을 나타낼 수
있음을 밝혔다.

14 2022 NEWSLETTER
 Lipid raft-disrupting miltefosine
preferentially induces the death of
colorectal cancer stem-like cells
Clinical and Translational Medicine Nov. 2021 Jeong-Seok Nam
Vol. 11(11): e552. doi: 10.1002/ctm2.552 Professor

Background: Lipid rafts (LRs), cholesterol-enriched Laboratory of Cancer

microdomains on cell membranes, are increasingly viewed Biology
as signalling platforms governing critical facets of cancer E-mail. namje@gist.ac.kr
progression. The phenotype of cancer stem-like cells (CSCs) Tel. 062)715-2893
presents significant hurdles for successful cancer treatment,
and the expression of several CSC markers is associated with https://lcb.gist.ac.kr/
LR integrity. However, LR implications in CSCs remain
unclear.
Methods: This study evaluated the biological and
molecular functions of LRs in colorectal cancer (CRC)
by using an LR-disrupting alkylphospholipid (APL) drug,
Jeong-Seok Nam miltefosine. The mechanistic role of miltefosine in CSC
inhibition was examined through normal or tumour intestinal
mouse organoid, human CRC cell, CRC xenograft and miltefosine treatment gene expression
profile analyses.
Results: Miltefosine suppresses CSC populations and their self-renewal activities in CRC
cells, a CSC-targeting effect leading to irreversible disruption of tumour-initiating potential 암 세포막의 미스터리
in vivo. Mechanistically, miltefosine reduced the expression of a set of genes, leading to stem 리피드 래프트:
cell death. Among them, miltefosine transcriptionally inhibited checkpoint kinase 1 (CHEK1), 암세포의 생존을
indicating that LR integrity is essential for CHEK1 expression regulation. In isolated
방해하는 치료
CD44high CSCs, we found that CSCs exhibited stronger therapy resistance than non-CSC
counterparts by preventing cell death through CHEK1-mediated cell cycle checkpoints. 전략 개발
However, inhibition of the LR/CHEK1 axis by miltefosine released cell cycle checkpoints,
forcing CSCs to enter inappropriate mitosis with accumulated DNA damage and resulting in
암 치료법의 발전에도 불구하고, 여전
히 암세포는 항암요법으로도 쉽게 죽
catastrophic cell death. 지 않고 살아남아 끊임없이 환자의 건
Conclusion: Our findings underscore the therapeutic potential of LR-targeting APLs for 강을 위협하고 있습니다. 본 연구팀은
CRC treatment that overcomes the therapy-resistant phenotype of CSCs, highlighting the 암세포가 외부 스트레스에도 끄떡없이
importance of the LR/CHEK1 axis as a novel mechanism of APLs. 증식할 수 있도록 돕는 암 세포막의 미
스터리를 밝혀냈습니다. 리피드 래프
트(Lipid raft)는 세포막에 존재하는 콜
레스테롤과 포화 지질로 인해 구분되
어 모여 정렬된 영역이며, 세포막에서
의 다양한 신호전달, 단백질 분류, 막
수송 등에 중요한 역할을 하는 핵심 공
간으로 알려져 있습니다. 본 연구팀은
리피드 래프트가 정상 세포보다 암세포
에 두드러지게 존재하며, 특히 암 세포
막에 리피드 래프트가 많아질수록 암의
재발과 전이 능력이 높아진다는 선행연
구 결과를 확보하였습니다. 또한 구충
제 '밀테포신'이 암 세포막의 리피드 래
프트를 파괴함으로써 암세포의 생존 신
호를 방해하고 암 재발 능력을 낮출 수
있다는 점을 증명하였습니다. 본 연구
를 통해 리피드 래프트 표적 치료가 난
치성 암의 새로운 치료 패러다임이 될
수 있다는 가능성을 제시하였습니다.

School of Life Sciences, GIST(Gwangju Institute of Science and Technology) 15

 School of YTN
Life Sciences, GIST 간 치료제의 재발견!...가늘어진 허벅지, 다시 굵게!
관련 링크: https://ytn.co.kr/_ln/0105_202211292317423569

언론보도 2022.11.29.

다런 윌리엄스 교수 연구팀,
'근감소증' 쥐의 허벅지 두껍게 만든 FDA 약물은?
- '말로틸레이트' 투여하자 근육 두께·무게 증가...주사제 아닌 '먹는 약' 가능성 확인
- Darren Williams 교수팀, 노인의학 저널에 논문..." 근감소증 치료제 개발 단축 기대"

연구팀은 근감소증이 유도된 실험용 쥐와 노화된 실험용 쥐를 이용한 실험

을 진행 했으며, 말로틸레이트를 투여했을 때 근육량 증가와 감소를 판별하
는 가장 중요한 척도인 근섬유의 직경(지름)이 대조군 대비 평균 46.9% 증가
한 것으로 관찰됐으며, 근육 단백질 합성속도도 증가하는 것으로 확인됐다.
또한 근육 단백질 동화과정에 관여하는 체내 호르몬인 IGF-1(인슐린 유사
성장 인자)의 발현양도 증가했다.

또한 말로틸레이트 투여하지 않은 대조군과 비교해 말로틸레이트를 투여한

그룹의 허벅지 앞쪽 근육(대퇴사두근) 무게가 21.58% 더 증가한 것으로 나
타났으며, 실험용 쥐가 얼마나 세게 측정기구의 손잡이를 잡아당길 수 있는
지(악력, grip strength)를 측정해 정량적으로 평가한 근육수행능력에서도
▲ (왼쪽부터) 다런 윌리엄스 교수, 정다운 연구교수, 김현준 학생 대조군 대비 39.31% 증가한 것으로 나타났다.

지스트(광주과학기술원, 총장 김기선) 연구진이 노화에 따른 대표적인 근골
격계 질환인 '근감소증' 치료에 효과가 있는 미국 식품의약국(FDA) 승인 약
물을 발굴했다. 현재 상용화된 치료제가 없는 상황에서 이번 성과는 안전하
고 효능이 우수한 근감소증 치료제를 '약물 재창출' 방법을 통해 짧은 기간과
적은 비용으로 개발하는 데 기여할 것으로 기대된다.
* 근감소증: 노화가 진행되면서 근육이 비정상적으로 줄거나 약해져 신체활동이 원활하지
않은 증상을 보이는 질병. 2016년 세계보건기구(WHO)와 미국질병통제예방센터에서 질병
코드(M62.84)를 부여했으며, 국내에서는 2021년 한국표준질병사인 분류 8차 개정안으로
근감소증에 대한 질병코드가 부여됐다.
* 약물 재창출: 이미 시판돼 안정성이 입증된 약물 또는 임상시험에서 안전성이 검증됐지만
효능의 문제로 임상시험을 통과하지 못한 약물을 대상으로 새로운 질병의 치료제가 사용 가
능하도록 하는 신약 개발의 한 방법이다.
특히 연구팀은 노화마우스 모델 실험에서 말로틸레이트 경구투여를 통한 근
감소증 완화효과를 확인하였으며, 이는 약물을 주사뿐만 아니라 먹는 약으로
복용할 수 있어 환자가 더 쉽게 치료제를 받아들일 수 있는 장점이 될 수 있다.
다런 윌리엄스 교수는 "이번 연구를 통해 근감소증 치료를 위한 새로운 약물
과 타깃 을 제시하였으며, 약물 재창출 전략을 통해 먹을 수 있는 안전한 근
감소증 치료제 개발의 시기를 앞당길 수 있을 것으로 기대된다”고 말했다.
이번 연구는 한국연구재단의 중견연구자지원사업과 바이오의료기술개발사
업, 정보통신기 획평가원, 지스트 GRI 사업의 지원을 받아 수행되었으며, 노
인의학 분야 저널 상위 3% 논문인 Journal of Cachexia Sarcopenia and
Muscle'에 2022년 10월 17일 온라 인 게재되었다.

2019년에 보고된 근감소증 유병률을 살펴보면, 미국 65세 이상 성인 중 남

자는 15.7%, 여자는 15.2%가 근감소증을 앓고 있는 것으로 나타났으며, 노
령사회 가속화에 따라 환자 수가 빠른 증가 추세를 보이고 있다. 또한 전 세
계적으로 근감소증 환자는 2배 이상, 국내 연구 결과에서는 최대 9.5배까지
사망률이 높아진다고 보고되었다. 현재까지 통용되는 근감소증 치료요법은
식이조절, 저항운동, 호르몬 조절제 투여 등이 있다. 하지만, 움직임이 불편
하거나 식이조절이 어려운 환자, 기존 치료요법으 로 효과를 얻지 못하는 환
자에게는 근감소증 치료 약물이 시급한 실정이다.

지스트 생명과학부 다런 윌리엄스(Darren Williams) 교수 연구팀은 FDA 승

인을 받은 약물들을 스크리닝하여 근섬유 위축을 감소시키는 효능을 가진
약물로서 '말로틸레 이트'를 선별하는 데 성공했다. 말로틸레이트는 기존 간
경화 및 간손상 치료제로 사용되었던 약물로, 연구팀은 이 약물이 골격근 위
축 과정 중 증가하는 '5-리폭시게네이즈'라는 체내 효소의 활성을 저하 시키
고, 이를 통해 근육세포 내 염증 매개 인자인 LTB4(류코트리엔 B4)의 농도를
낮춰 근육 손실에 핵심적인 조절 작용을 하는 물질(전사인자, transcription
factor)인 FoxO3의 작용을 저해한다는 사실을 밝혔다.

16 2022 NEWSLETTER
 School of 연합뉴스
Life Sciences, GIST 광주과학기술원, 퇴행성 뇌질환 발병 단백질 구조 규명
관련 링크: https://www.yna.co.kr/view/AKR20221107066300054

언론보도 2022.11.07.

진미선 교수 연구팀,
펩타이드 수송 단백질의 새로운 메커니즘 규명
- 초저온 전자현미경을 통한 펩타이드 수송 단백질 TAPL의 3가지 구조 규명
- 진미선 교수팀, TAPL의 인지질 수송 능력 세계 최초 확인... Nature Comm. 게재

세포막은 외막과 내막의 이중막으로 되어있는데, 외막의 지질을 내막으로 혹은 내

막의 지질을 외막으로 수송하는 것을 ‘인지질 수송’이라고 한다. 이 수송 기능에 이
상이 생기면 알츠하이머와 같은 퇴행성 뇌질환 혹은 비만, 지방간 등의 대사질환
이 발생할 수 있다.

*초저온 전자현미경(cryo-EM): 생체시료(단백질, 미생물, 세포 등)를 급격하게 냉동시켜 최

대한 자연 상태 그대로 유지하며, 투과 전자현미경(TEM)을 통해 관찰한 후 3차원 입체구조를
분석하는 기술. 2017년 노벨화학상을 수상한 Cryo-EM 기술은 최근 코로나-19 관련하여 바
이러스 구조, 세포 수용체 등 중요한 생체분자의 구조정보를 제공하는 등 세계적으로 빠르게
보급되고 있는 혁신적인 단백질 구조분석 기술임.

연구팀은 TAPL의 펩타이드 길이에 따른 수송 능력의 차이뿐만 아니라 인지질에

▲ (왼쪽부터) 연구책임자 진미선 교수, 제1저자 박준규 학생
지스트 진미선 연구팀(광주과학기술원, 총장 김기선)이 퇴행성 뇌질환이나 대사
질환 등의 발병에 관여하며 세포 내 불필요한 펩타이드를 운반하는 단백질 TAPL
이 세포 내 지질 수송 기능을 가지고 있음을 세계 최초로 규명했다. 이번 성과는
TAPL을 표적으로 하는 신약후보물질을 발굴하는 데 필요한 핵심 정보를 제공할
것으로 기대된다.
TAPL은 체내에서 세포막 내외로 다양한 물질(예: 당, 비타민, 호르몬, 대사산물,
항생제, 항암제 등)을 수송하는 단백질인 ‘ABC 트랜스포터’(총 48개)의 일종으로,
ABC 트랜스포터의 돌연변이나 기능 이상은 다양한 난치성 질환(암, 대사질환, 퇴
행성 뇌질환, 저혈당증 등)의 주요 원인으로 보고되고 있다. TAPL은 펩타이드를
리소좀*으로 운반하는 수송체인데, 운반된 펩타이드는 여러 효소에 의해 아미노
산으로 분해되어 에너지 생성 및 단백질 합성에 재사용된다[그림1]. 이런 TAPL의
기능 이상은 세포 내 펩타이드의 과도한 축적을 유발해 다양한 암이나 대사질환,
퇴행성 뇌 질환의 발병에 영향을 줄 수 있다.
* 리소좀: 리소좀 내부는 산성화(pH4.5-5.0) 되어 있으며 여러 가지 분해 효소를 가지고 있기
때문에 세포 내 불필요한 단백질, 세포 외부에서 유입된 물질, 손상된 세포 소기관 등을 제거
해주는 기능을 한다.
의한 ATP 분해 활성 증가를 확인했다. TAPL의 구조 분석 결과, 기질결합부위에는
소수성 잔기가 주로 분포되어 있는 부분(위쪽)과 친수성 잔기가 주로 분포(아래쪽)
된 두 부분으로 나뉘며, 각각 인지질과 펩타이드가 결합하고 있는 것을 확인했다.
또한 ATP가 결합하게 되면 TAPL의 기질결합부위가 세포질에서(inward-facing)
에서 리소좀 안쪽(outward-facing)으로 향하는 구조 변화가 일어나게 되어 기질
이 수송됨을 확인하였다.
이번 TAPL 구조 및 기능 연구를 통해 연구팀은 (1) TAPL이 2개의 서로 다른 작동
메커니즘을 통해 펩타이드뿐만 아니라 인지질 수송에도 관여한다는 가설을 증명
하였고, (2) 수송 사이클 동안 기질 및 ATP 결합으로 인한 TAPL의 구조 전이 과정
을 분자 수준에서 밝혀냈으며, (3) 향후 TAPL이 암, 대사질환, 퇴행성 뇌질환 치료
를 위한 표적 단백질로 고려될 수 있는 가능성을 제시했다.
진미선 교수는 “이번 연구를 통해 TAPL의 기능적 다양성에 대한 새로운 통찰력을
제공할 수 있었을 뿐만 아니라 향후 TAPL을 표적으로 하는 신약후보물질을 발굴
하는 데 필요한 핵심 정보를 제공할 수 있을 것으로 기대된다”고 말했다. 이번 연
구는 과학기술정보통신부 바이오의료기술개발사업의 지원을 받아 수행되었으며,
국제학술지인 ‘네이쳐 커뮤니케이션(Nature communications)’에 2022년 10월 4
일(화) 온라인 게재됐다.

이러한 중요성 때문에 TAPL의 존재가 처음 알려진 후 수많은 연구가 이루

어져 왔으나, TAPL의 단백질 구조를 파악하기 위해 필수적인 단백질 결정화
(crystallization)*의 과정이 매우 까다로워 세포 내 펩타이드 수송 메커니즘 연구
에 큰 걸림돌이 되어 왔다.

* 결정화(crystallization): 단백질을 특정 용액에 넣고 일정 시간이 지나게 되면 단백질 입자

들이 규칙적으로 배열이 되는데 이것을 ‘단백질 결정화’라고 한다. 이렇게 형성된 결정은 방사
선 가속기를 이용한 X-선 결정학 기법을 이용하며, 이와 같은 기법은 오랜 시간 동안 단백질
의 분자 구조를 규명하는 주된 방법이었다. 이 방법을 통해 1957년부터 약 60여 년간 수많은
중요한 발견과 발전을 이루어 왔으나 단백질의 결정화 과정이 반드시 필요하다는 단점도 존
재하였다. 또한, 결정 상태에서 구한 단백질의 구조는 세포 내에 있는 단백질의 구조와 다를
수 있다는 가능성도 항상 제기되어 왔다.

지스트 생명과학부 진미선 교수 연구팀은 결정화 과정 없이도 단백질 구조 규명이

가능한 초저온 전자현미경*을 이용해 수송 사이클 동안 TAPL이 갖는 여러 구조
규명에 성공했으며, 이를 통해 TAPL이 펩타이드뿐만 아니라 인지질 수송에도 관
여함을 세계 최초로 규명했다. [그림1] TAPL의 펩타이드 수송 모식도

School of Life Sciences, GIST(Gwangju Institute of Science and Technology) 17

 School of
Life Sciences, GIST
언론보도
남정석 교수 연구팀,종양세포 악성화의 새로운
메커니즘 규명 항암 위한 약학적 조성물 특허 출원
- 악성종양 특이 단백질 DCLK1, 염증성 효소인자 통해 종양 악성화 촉진 규명
- 남정석 교수팀, Theranostics 논문 게재…“종양 악성화 제어해 난치성 질병 극복 기여"
▲ (아래 왼쪽부터 시계 반대방향으로) 전소엘·윤현지·장태영 석박통합과정생,
남정석 교수, 김지흔 박사과정생, 이충재·한진욱 석박통합과정생
국내 연구진이 종양세포가 악성*으로 변화하는 새로운 메커니즘을 제시하고, 이
를 억제하기 위한 키나아제** 억제 저분자 항암제를 발굴하는 데 성공했다.
연구팀은 560,000개의 약물 라이브러리를 활용한 3D 가상 스크리닝을 통해 악성
종양 세포에서 특이적으로 발현하는 키나아제를 억제하는 저분자 항암제를 도출
했으며, 이를 이용한 항암치료 전략에 대한 특허를 출원하였다. 이번 성과는 종양
세포의 악성화 과정을 제어해 난치성 질병을 근본적으로 치료할 수 있는 약물을
개발하는 데 기여할 것으로 기대된다.
* 종양세포의 악성화: 비정상적인 분화 및 과잉 성장하는 세포 덩어리인 종양이 빠른 성장과
침윤성 및 전이성을 획득하는 악성화 과정을 통해 악성종양, 즉 암으로 진행된다.
** 키나아제: 종양세포의 성장·분화·생존을 조절하는 신호 전달 경로에서 스위치 역할을 하
는 세포 내 단백질
종양세포의 악성화 과정은 발생·증식·전이·재발을 포함하는 개념으로, 종양세
포와 종양미세환경* 사이의 상호작용에 의해 매개되는 것으로 알려져 있다.
따라서 종양세포의 악성화 과정에 대한 구체적인 메커니즘을 규명하고, 이를 제어
할 수 있는 치료 전략을 수립하는 것은 난치성 질병의 치료 개발에 필수적이다.
* 종양미세환경(Tumor microenvironment): 암세포의 형성 및 성장에 직·간접적으로 영향
을 미치는 주변의 혈관세포, 기질세포, 면역세포 등 조직세포 집단 및 세포외 기질과 신호전달
물질들로 구성된 복잡한 총체임.
지스트(광주과학기술원, 총장 김기선) 생명과학부 남정석 교수 연구팀은 악성종양
세포에 특이적으로 발현하는 단백질인 DCLK1*이 염증성 효소인자를 통해 종양
미세환경 내의 친(親)종양형성(pro-tumor) 신호 경로를 활성화시켜 종양세포의
악성화를 촉진한다는 것을 규명했다.
* DCLK1(Doublecortin-like kinase): 세린/트레오닌 키나아제(serine/threonine kinase)
로서 정상 세포보다는 악성 종양세포에서 특이적으로 발현하는 단백질로, 세포 내 인산화를
통한 신호전달 역할을 하는 인산화효소 영역(kinase domain)을 포함하고 있음.
18
연합뉴스
지스트, 종양세포 악성 메커니즘 규명·항암제 발굴
관련 링크: https://www.yna.co.kr/view/AKR20220725035200054?input=1195m
2022.07.25.
지스트 연구팀은 한국화학연구원과의 협업을 통해 가상현실(VR) 기반의 분자 모
델링 연구를 수행하여 DCLK1의 활성을 억제하는 저분자 유효화합물을 발굴했다.
연구팀은 마우스(생쥐) 실험을 통해 DCLK1 키나아제 활성 억제 저분자 유효화합
물이 종양세포 악성화를 효과적으로 제어하는 것을 확인했으며,
이를 바탕으로 종양세포-종양미세환경 상호작용에 의한 악성화 치료기술 확립에
실험적 근거를 제시하였다. 또한 임상데이터 분석을 통해 DCLK1이 염증 반응으
로 암을 유발할 뿐만 아니라 악성화도 일으킨다는 것을 새롭게 확인했다.
특히 단백질체 분석을 통해 악성종양과 염증을 매개하는 신호전달 단백질
(XRCC5)을 처음으로 규명하고, 이를 기반으로 대장암 마우스 모델에서 XRCC5에
대한 유전자 치료를 통해 두 단백질(DCLK1 및 XRCC5)에 대한 매개 신호 억제가
종양세포의 악성화를 억제하는 것을 확인했다.
연구팀은 DCLK1이 XRCC5와 결합해 염증성 효소인자 COX2의 발현을 증가시켜
염증 물질(PGE2)의 합성을 촉진하고 종양미세환경 내의 친종양형성 신호 경로*
를 활성시켜 종양세포의 악성화를 가속시키는 것을 확인했다.
* 예시: 염증 촉진, 대식세포의 분극화, 사이토카인 분비, 면역관용(특정 항원에 대해 면역계가
반응을 하지 않는 것) 등
남정석 교수는 “이번 연구는 악성종양에 특이적으로 발현하는 DCLK1에 의한 종
양미세환경 내의 염증성 친종양형성 메커니즘을 규명하고 이를 억제하는 저분자
화합물을 발굴했다는 데 의의가 크다”며 “향후 난치성 질환에 대한 근본적 치료
전략 마련에 기여할 것으로 기대한다”고 설명했다.
남정석 교수가 주도하고 김지흔 박사과정생과 박소연 박사가 참여한 이번 연구는
한국연구재단의 중견연구자지원사업, 신진연구자지원사업, 박사과정생연구장려
금 지원사업, SRC 선도연구센터 지원사업, 지스트 GRI 사업의 지원을 받아 수행
되었으며, 의학 분야 상위 4.62% 전문 권위지인 ‘테라노스틱스(Theranostics)’에
2022년 7월 4일 온라인 게재되었다. 또한, DCLK1 억제제를 포함하는 암 전이 또
는 재발 억제용 약학적 조성물에 대한 특허를 출원했다.
▲ DCLK1에 의한 암의 악성화 기전 규명
2022 NEWSLETTER
 School of 한국경제
Life Sciences, GIST 혁신신약 플랫폼 기업 '펠레메드', 중기부 아기유니콘 기업 선정
관련 링크: https://www.hankyung.com/economy/article/2022061515595

언론보도 2022.06.15.

김용철 교수 창업기업 '펠레메드',

중기부 '아기유니콘 200 육성사업' 최종 선정
- 혁신신약 개발 스타트업…B형간염 치료제 후보물질 등 파이프라인 ‘혁신성’ 높이 평가
- 시장개척자금 최대 3억 원 지원받아…“난치성 질환 등 혁신신약 임상 탄력”

▲ 글로벌 혁신신약 개발 회사 '펠레메드'를 창업한 지스트 생명과학부 김용철 교수

지스트(광주과학기술원, 총장 김기선) 생명과학부 김용철 교수가 창업한
글로벌 혁신신약 개발 전문회사 ‘펠레메드(대표이사 김용철, 장수연)’가 중
소벤처기업부가 주관하는 ‘아기유니콘 200 육성사업’에 최종 선정됐다.
2019년 5월에 창업한 펠레메드는 정밀 신약 설계 플랫폼인 펠레셀렉
트(PeLeSeLectTM)*와 인공지능 플랫폼 AHEDD(AI-Applied High
Efficiency Drug Discovery)를 기반으로 내성폐암, 급성골수성 백혈병,
면역항암신약, B형간염 완치신약 등 총 8개의 항암 및 항바이러스 분야
의 혁신 신약 파이프라인을 개발하고 있다.
* 펠레셀렉트(PeLeSeLect): 펠레메드의 난치성 내성 암 치료제 개발 기술의 핵
심인 자체 신약 플랫폼으로 펠레셀렉트는 돌연변이에 의해 활성화된 키나아제의
구조를 예측해 돌연변이 위험이 낮은 약물을 설계하는 정밀 약물설계 플랫폼이다.
B형 간염 치료제 후보물질인 PLM-401은 B형 간염 바이러스의 캡시드
단백질 조립을 차단하는 새로운 메커니즘을 통해 B형 간염을 치료한다.
특히, 기존 B형 간염바이러스 치료제 시장에는 현재까지 완치 치료제가
없어 PLM-401의 혁신성이 주목받고 있다. PLM-401은 2022년 3월 식
약처 임상시험계획서(IND) 승인을 받고 현재 환자군을 모집 중이며, 올해
하반기 서울대학교병원에서 임상 1상을 진행할 계획이다.
3세대 급성골수성백혈병(AML) 표적항암제 후보물질인 PLM-102는 기
존 저해제에 대한 저항성 돌연변이까지 표적하는 점이 기존 치료제와는
확실히 차별화된 강점이다. 급성골수성백혈병은 혈액 또는 골수 속에서
종양세포가 나타나는 혈액암의 일종으로 FLT3 돌연변이는 급성골수성
백혈병 환자의 약 30%에서 관찰되는데, PLM-102는 차별화된 메커니즘
을 통해 차세대 저해제에서 우월한 위치를 차지할 것으로 기대되고 있다.

‘아기유니콘200 육성사업’은 혁신적인 사업모델을 보유하고 성장성이 검 펠레메드는 올해 6월 초 열린 미국 임상종양학회(American Society

증된 유망 창업기업을 발굴하여 예비 유니콘 기업(기업가치 1천억원이상)
으로 육성하기 위해 중소벤처기업부에서 지원하는 프로그램이다. 아기유
니콘 200 육성사업은 투자금 20억 원 이상을 유치한 업력 7년 이내의 유
망 스타트업 60개 업체를 발굴해 시장개척자금 최대 3억 원을 지원한다.
올해는 총 284개의 중소기업이 지원해 4.7:1의 경쟁률을 기록했으며, 지
난달 25일 총 50명의 전문심사단과 70명의 국민심사단이 참여한 가운
데 발표평가를 통해 최종 지원 대상 기업을 선정했다.
펠레메드는 “이번 아기유니콘 200 육성사업에 선정된 데에는 임상과 비
임상에 진입한 주요 파이프라인의 혁신성이 높은 평가를 받은 것이 주효
했다”고 밝혔다.
현재 펠레메드의 R&D를 선도하는 파이프라인은 B형 간염 완치 후보물
질과 3세대 급성 골수성백혈병 표적항암제 후보물질이다.
of Clinical Oncology, ASCO)에서 PLM-102에 대한 초록을 공개했
고, PLM-102 비임상 결과의 일부를 올해 말 미국 혈액학회(American
Society of Hematology, ASH 2022)에서 발표할 예정이다.
또한, 내년에는 식약처와 미국 식품의약국(FDA)에 PLM-102에 대한 임
상시험계획서(IND) 제출을 목표로 R&D를 진행하고 있다. 2세대 약물 대
비 돌연변이 발현을 포함한 압도적 활성과 고령의 급성골수성백혈병 환
자 대상 저독성의 경쟁력을 확보하여 3세대 치료제로서 자리매김할 것으
로 기대하고 있다.
펠레메드 김용철 대표는 “펠레메드는 돌연변이 내성을 최소화한 항암 약물
설계 플랫폼인 펠레셀렉트를 기반으로 기존 항암제에 대한 돌연변이 및 획
득내성으로 경쟁 치료제가 없는 난치암 및 난치성 질환을 치료하는 혁신신
약을 개발 중”이라며 “아기유니콘 기업 선정을 통해 펠레메드가 구축 중인
다양한 파이프라인의 임상에 더욱 탄력이 붙을 것으로 기대한다”고 밝혔다.

School of Life Sciences, GIST(Gwangju Institute of Science and Technology) 19

 School of KBS NEWS
Life Sciences, GIST “암 전이를 막아라” 펩타이드 항암제 발굴 특허 출원
관련 링크: https://news.kbs.co.kr/news/view.do?ncd=5489144

언론보도 2022.06.17.

남정석 교수 연구팀, 암전이 단백질의

새로운 메커니즘 규명! 관련 펩타이드 항암제 특허 출원
- 대장암 마우스 실험으로 세포신호변환 메커니즘 규명…암세포 방해하는 펩타이드 발굴
- 남정석 교수팀, 의학 분야 국제학술지 Theranostics 논문 게재

* 녹아웃(Knockout) 마우스: 특정 유전자가 제 기능을 하지 못하도록 만든 생쥐

연구팀은 디스에드헤린이 세포외기질(ECM, Extra Cellular Matrix)의 구조

적 구성성분인 피브로넥틴(Fibronectin)과 결합해 암세포에 가해지는 물리
적 힘을 증가시키고, 이로 인해 세포신호변환 메커니즘과 관련한 단백질*
이 활성화됨으로써 암의 악성화 및 전이를 유도한다는 사실을 확인했다.

* 예시: 인테그린(Integrin), 포칼 어드히젼 키나아제(FAK), 얍(YAP) 등

연구팀은 이러한 암 전이 촉진과 관련한 새로운 이해를 바탕으로, 디스에

드헤린이 피브로넥틴과 결합하는 부분의 아미노산 서열을 밝히고, 디스
▲ (왼쪽 아래부터 시계 반대방향으로) 전소엘 학생, 김지흔 학생, 남정석 교수,
에드헤린-피브로넥틴의 결합을 방해하는 펩타이드를 발굴하였다.
이충재 학생, 한진욱 학생, 장태영 학생, 윤현지 학생

연구팀은 발굴한 펩타이드가 디스에드헤린-피브로넥틴의 결합을 방해

국내 연구진이 암에 의한 사망 원인의 90% 이상을 차지하는 ‘암(癌) 전
이’를 촉진시키는 새로운 메커니즘을 제시하고, 이를 억제하기 위한 펩타
이드 항암제를 발굴하는 데 성공했다. 이번 연구 성과는 향후 부작용이
적은 새로운 항암 치료 전략을 마련하는 데 기여할 것으로 기대된다.
암은 재발과 전이로 인해 치료가 어려운 질병으로, 암으로 인한 사인의
대부분은 ‘원발성’(어떤 장기에서 처음으로 발생)이 아닌 전이에 의한 필
수 장기의 기능 장해에 기인하는 것으로 알려져 있다.
암 전이를 극복하기 위해서는 암 전이에 대한 구체적인 메커니즘을 규명
하고 이를 제어할 수 있는 치료 전략을 수립하는 것이 필요하다.
지스트(광주과학기술원, 총장 김기선) 생명과학부 남정석 교수 연구팀은
암전이 단백질*인 ‘디스에드헤린’이 세포신호변환** 메커니즘을 통해 암
의 악성화 및 전이를 촉진한다는 것을 규명했다.
함으로써 암세포의 생존을 방해한다는 것을 증명했으며, 암 전이에 대한
새로운 예방 및 치료기술 확립에 실험적 근거를 제시하였다.
남정석 교수는 “이번 연구는 암세포에 특이적으로 발현하는 디스에드헤
린에 의한 암의 악성화 및 전이를 촉진하는 메커니즘을 규명하고 이를 억
제하는 펩타이드를 발굴했다는 데 의의가 크다”면서 “향후 부작용이 적
은 새로운 치료전략의 가능성이 될 것으로 기대한다”라고 설명했다.
지스트 남정석 교수가 주도하고 박소연 박사와 이충재 석·박사통합 과
정생이 참여한 이번 연구는 한국연구재단의 중견연구자지원사업과 SRC
선도연구센터지원사업, 지스트 GRI 사업의 지원을 받아 수행되었으며,
의학 분야 상위 6.07% 전문 권위지인 ‘테라노스틱스(Theranostics)’에
2022년 5월 21일 온라인 게재되었다. 또한 신규 펩타이드 및 이를 포함
하는 항암용 조성물에 대한 특허를 출원하였다.

* 암전이 단백질: 디스에드헤린(Dysadherin)은 암 특이적으로 발현하는 단백질

로 특히 침윤성/전이성이 강한 암일수록 발현 정도가 높은 것으로 검증되어 미국
국립 인간유전체연구소의 질병유전체 데이터베이스에서 암전이 단백질로 분류되
고 있음

** 세포신호변환(Mechanotransduction): 세포 외부로부터 전해지는 물리적 혹

은 기계적 신호를 화학적 신호로 변환하는 것

연구팀은 대장암 환자를 대상으로 한 조직 분석을 통해 같은 환자의 정상

조직보다 암 조직에서만 디스에드헤린의 발현이 특이적으로 높다는 것
을 검증하였다. 이를 기반으로 대장암 마우스 실험을 통해 디스에드헤린
녹아웃 마우스*에서 종양 형성 및 침윤 억제를 확인했다.
▲ 디스에드헤린에 의한 세포신호변환 기전 규명

20 2022 NEWSLETTER
 School of
Life Sciences, GIST
언론보도
박지환 교수 연구팀,
머신러닝으로 코로나19 후유증 원인 찾아
- 코로나19 바이러스와 구조적으로 유사한 인체 내 단백질이
자가면역반응을 유발할 수 있다는 가능성 제시
▲ 왼쪽부터 안현수 학생(제1저자), 박지환 교수
코로나19는 완치 후에도 수개월동안 호흡곤란, 기침과 같은 호흡기계
증상뿐만 아니라 기억력 저하, 혈전, 가슴통증, 신장질환, 다기관염증
증후군 등 다양한 후유증을 일으키는 것으로 보고되고 있다. 국내 연구
진이 코로나19 후유증의 원인을 머신러닝 기술을 통해 밝혀냈다.
지스트(광주과학기술원, 총장 김기선) 생명과학부 박지환 교수 연구팀
은 머신러닝 기술 및 최신 단일세포 분석 기술*을 이용하여 코로나19
완치자의 상당수에서 보고되고 있는 다양한 후유증의 원인으로 자가
면역반응을 제시했다.
* 단일세포 분석 기술: 한 번의 실험으로 수만 개의 개별 세포내에서 발현하고
있는 모든 유전자의 발현을 분석할 수 있는 기술로 최근 생물학 및 의학 분야에
서 가장 중요한 차세대 기술중의 하나로 평가받고 있다.
연구팀은 바이러스 단백질과 구조적으로 유사한 인체 내 단백질을 예
측할 수 있는 기술 개발을 통해 자가항체*가 폐, 신장 등의 조직에서
자가면역반응을 일으켜 후유증을 야기할 수 있다고 밝혔다.
* 자가항체: 항체란 주로 외부 세균, 바이러스, 독성 물질 등에 대항하여 이들을
제거하기 위해 체내에서 만들어지는 물질로, 때로는 면역 체계의 이상으로 자
신의 특정 조직 또는 신체 기관을 손상시키는 자가항체가 생성될 수 있다.
최근 미국 워싱턴대학에서 코로나19 후유증은 혈액 내 자가항체의 양
과 밀접한 관련이 있다고 보고하였으며, 국내 연구진은 이러한 자가항
School of Life Sciences, GIST(Gwangju Institute of Science and Technology)
동아사이언스
“코로나 완치 후 숨가쁨 원인은 자가면역반응” 국내 연구진 AI연구로 밝혀
관련 링크: https://www.dongascience.com/news.php?idx=52975
2022.03.16.
체의 종류와 생성 기작을 밝혀 치료제 개발 가능성을 제시한 것이다.
이번 연구에서는 오미크론 변이를 포함한 모든 코로나19 바이러스 변
이의 단백질과 수 만개의 인간 단백질을 머신러닝 기술을 통해 3차원
구조상에서 비교하였다.
그 결과, 자가면역반응을 일으킬 수 있는 후보 단백질들을 발굴하였고
실제로 이러한 단백질들이 코로나19 환자의 폐조직에서 크게 증가한
것을 관찰하였다.
박지환 교수는 “그동안 임상적인 관찰로만 코로나19의 후유증의 원인
으로 자가면역반응이 제시되었지만, 이번 연구로 실제 자가면역반응을
일으킬 수 있는 후보 단백질을 발굴하고 후유증과의 인과관계를 제시
했다는 데 의의가 있다”면서 “코로나19 후유증 치료제의 개발뿐만 아
니라 향후 다른 바이러스의 백신 개발에도 활용될 수 있다”고 밝혔다.
제1저자인 안현수 학생은 “이러한 분석 기법을 통해 전신 홍반 낭창
(루푸스)과 같은 다른 자가면역 질환의 원인도 밝혀내고 싶다”며 포부
를 밝혔다.
지스트 안현수 학생과 박지환 교수가 수행한 이번 연구는 한국연구재
단과 지스트 항바이러스센터, 세포기계생물학 연구센터의 지원을 받
아 수행되었으며, 국제 저명학술지인 ‘Briefings in Bioinformatics’에
2022년 2월 28일 게재되었다.
▲ 연구를 통해 예측한 코로나19 후유증 유발 단백질의 구조 및
폐조직에서의 발현 패턴
21
 School of
Life Sciences, GIST
언론보도
유전자의 역할
인간 유전체 프로젝트는 인류가 시도한 대
규모 과학 사업 중 하나로, 약 29억달러 예
산을 들여 미국을 중심으로 1990~2003
년에 진행된 사업이다. 당시 이 프로젝트
와 관련해 프랜시스 콜린스 박사가 주도했
던 미국 국립 인간 유전체 연구소와 크레이
그 벤터 박사가 이끌고 있던 '셀레라 지노
믹스'(Celera Genomics)라는 민간 연구소
간 경쟁이 치열했다. 콜린스 박사는 최근까
지 오랜 기간 미국 국립보건원장으로 재직
해 온 저명한 연구자 및 행정가로, 코로나19
에 대응하며 방송에서도 자주 볼 수 있었던
인물이다. 벤터 박사는 현재 '크레이그 벤터
▲ 조정희 광주과학기술원 대학장 연구소'를 운영하며 합성생물학이라는 분야
를 개척하고 있다. 당시 이 두 연구 그룹 간
경쟁에 얽힌 부정적인 소문에도 2000년 백악관에서 열린 인간 유전체 프로젝트
민·관 공동발표회에서 클린턴 대통령의 연설은 이 사업의 성공을 알리는 계기가
됐다. “오늘 우리는 신이 창조한 생명의 언어를 봅니다. 이 언어의 복잡성, 아름다
움, 경이로움을 보면서 경외심을 갖게 됩니다.”
인간 유전체에는 A, C, G, T라고 불리는 4종류의 염기 서열이 무려 30억개로 이뤄
진 DNA 집단이다. 이 가운데 약 5%는 단백질을 만들어 내는 기능성 유전자이고,
유전자 개수는 약 2만개다. 인간 유전체 염기 서열 모두를 작은 글씨로 인쇄해 책
으로 만들어서 책꽂이에 꽂으면 웬만한 사무실의 벽 한 면을 다 차지한다. 인간 유
전체 프로젝트를 계기로 전문가들은 생명과학과 의학의 발전이 가속화하고 신약
개발과 질환 치료의 혁신이 이뤄질 것으로 크게 전망했다.
지난 20여 년간 유전체 정보가 해당 분야의 학문과 연구 발전에 크게 공헌한 것은
사실이나 그것만으로 모든 생명 현상을 설명할 수는 없다. 유전체에서 유전자를 이
루지 않는 95%의 DNA는 쓸모없는 부분(junk DNA)으로 간주했으나 후속 연구를
통해 이들 대부분이(약 80%) 낮은 수준이지만 RNA의 형태로 ‘전사’(transcription)
되고 이들이 이전에 알고 있던 사실과는 달리 특정 역할을 할 수 있다는 결과들이
속출하고 있다. 특히 단백질을 만들어 내는 유전자 2만개의 경우 이들의 기능과 역
할을 알기 위해서는 단순히 DNA 수준에서 분석하는 것만으로는 역부족이다.
유전자 기능 및 역할을 알아내는 연구 방법 가운데 가장 주목받는 것은 유전자 하
나하나를 제거하는 생쥐 모델 연구다. 사람과 생쥐는 유전체 크기가 비슷하고 유전
자 유사도는 약 85% 일 정도로 매우 높아서 인간 유전자 연구를 위해 생쥐를 이용
하는 것은 생의과학 분야에서 필수적이다. 이러한 연구에서는 특정 유전자가 제거
된 생쥐에서 보이는 생명 현상의 변화를 통해 유전자의 역할을 알게 된다. 예를 들
어 정자에 존재하는 단백질을 만들어 내는 특정 유전자를 제거한 생쥐는 정자가 수
정할 수 있는 기능을 잃게 되어 난임이 유발된다. 이러한 결과를 토대로 해당 유전
자는 정자의 수정 기능에 필수적임을 발견하게 된다. 정자 외 다른 유형의 세포에
서 발현되는 유전자들도 유전자 제거 생쥐 모델 연구를 예외 없이 수행한다.
그런데 이러한 연구들에서 알게 되는 놀라운 사실은 유전자가 제거된 생쥐에서 생
명 현상의 주요 변화를 보이는 기능성 유전자들보다 그러한 변화를 나타내지 않는
유전자가 더 많이 발견된다는 것이다. 유전자 제거 생쥐가 아예 출생하지 못하는 연
구 결과를 통해 개체의 생사 및 초기 발생에 필수적인 역할을 하는 유전자로 판명되
는 유전자는 전체 유전자의 약 25%뿐이다. 또한 유전자 제거 생쥐 연구를 수행하기
22
전자신문
ET시론-유전자의 역할(조정희 지스트 대학장)
관련 링크: https://www.etnews.com/20220310000137
2022.03.10.
전에 다양한 체외 분석을 통해 성체 생쥐에서 특정 역할이 있을 것으로 충분히 예측
한 이후 이러한 유전자를 대상으로 유전자 제거 생쥐를 제작해서 분석했을 때 예상
과 달리 기대했던 생체 변화를 보이지 않는 연구 사례가 더 많다. 예측과 맞아떨어지
는 경우는 약 20%에 불과하다. 그렇다면 특정 역할을 하는 유전자들이 있고 있으나
마나 한 유전자들이 따로 있다는 것인데 이러한 유전자가 존재하는 이유를 알 수 없
게 되면 연구자 입장에서는 연구 결과를 논문으로 발표할 가치가 없다고 판단해 그
간의 노력이 물거품이 되고 만다. 필자도 오랜 연구 기간 이러한 발견을 흔치 않게
경험하면서 풀리지 않는 이 미스터리에 다소 새로운 해석을 하게 됐다.
첫째 '역할 없는 유전자'는 본래 역할이 없는 것이 아니고 이러한 유전자가 제거됐을
때 유사한 기능을 수행하는 다른 유전자들이 그 사라진 기능을 대신해 줄 수 있다. 이
런 경우에는 제거된 유전자와 매우 유사한 유전자가 짝으로 존재하고 있는 것을 종종
발견하게 된다. 둘째 '역할 없는 유전자'는 비상 상황에서 역할을 할 수 있다. 예를 들
어 정자 단백질을 만들어 내는 특정 유전자는 생체 내에서는 역할하지 않으나 체외수
정의 비정상적인 환경에서는 중요한 역할을 담당할 수 있다. 앞에서 언급한 바와 같
이 유전자 제거 생쥐 연구를 수행하기 전에 주로 시도해 보는 체외 세포 배양 연구에
서는 특정 역할을 하는 것으로 밝혀졌으나 실제 유전자 제거 생쥐에서 이와 다른 연
구 결과가 나온다면 세포 배양 실험이 세포에는 일종의 비정상 또는 비상 상황의 여
건일 수 있다고 볼 수 있다. 셋째 '역할 없는 유전자'가 미미하지만 특정 역할을 하고
있음을 우리가 미처 발견하지 못했을 가능성이다. 유전자 제거 생쥐의 컨소시엄 연구
를 통해 이전에 알아내지 못한, 미약하지만 매우 세분된 변화들이 발견되곤 한다. 마
지막으로 '역할 없는 유전자'는 생명체의 생사 및 주요 기능에 관여하지는 않지만 각
개체의 특징에 관여한다. 인간 유전체 프로젝트의 후속 연구를 통해 밝혀진 것으로,
개인마다 약 1%의 유전자는 염기 서열에 치명적인 변이가 있어서 그 기능이 아예 없
다는 것이다. 이러한 1%의 유전자가 사람마다 종류가 다르다면 각자는 서로 다른 장
단점을 가지고 다양성을 지닌 개체로 삶을 살아가는 것으로 이해할 수 있다.
유전자들이 모여서 그 역할에 평형을 이루어 한 생명체를 유지하듯 우리 사회의
구성원들도 그 중요성과 비중은 서로 다를 수 있다. 하지만 각자의 주어진 역할을
수행하기 때문에 이 사회가 영위하고 있는 것이 아닐까 싶다. 생명과학자들이 미
세하지만 각 유전자의 기능과 역할을 알아내기 위해 탐구하듯 우리 사회의 지도자
들도 각 구성원의 역할을 더욱 찾아보고 인정해 주는 시대가 됐으면 좋겠다고 생
각해 본다. 이러한 점에서 유전자 제거 생쥐를 만드는 원리로 2007년 노벨 생리
학·의학상을 받은 미국 유타 주립대의 마리오 카페키 교수가 했던 말이 더욱 와닿
는다. “여러분이 연구하는 유전자가 제거된 생쥐를 분석하는 실험에서 어떤 변화
도 발견하지 못했다면 그 유전자가 존재하고 발현하는 곳을 더 분석하지 않았기
때문입니다. 모든 유전자에는 역할이 있습니다.”
2022 NEWSLETTER
 School of
Life Sciences, GIST
언론보도
이광록 교수 연구팀,
DNA 손상복구를 위한 핵심효소 활성 기전 규명
- DNA 손상복구과정에 꼭 필요한 AP 핵산분해효소의 작동기전 밝혀...
향후 암 치료, 노화억제 및 유전병 신약개발에 공헌할 것으로 기대
▲ 왼쪽부터 이동훈 석박통합과정생, 이광록 교수
우리 몸에 있는 DNA는 여러 가지 요인에 의해 손상 받고 있다. DNA
손상은 노화와 암, 유전병을 유발하는 주된 원인이다. 이를 해결하기
위해 우리 몸은 DNA 복구 시스템(DNA damage repair)을 이용하여
항상성을 유지한다. 하지만 DNA 복구의 핵심 효소인 AP 핵산분해효
소의 활성 기전에 대해 잘 알려지지 않았다.
지스트(광주과학기술원, 총장 김기선) 생명과학부 이광록 교수 연구팀
은 DNA 복구과정에서 핵심기능을 하는 AP 핵산분해효소의 두 가지
의 활성(내부절단 핵산분해활성, 외부절단 핵산분해활성)을 결정하는
작동원리를 단일 아미노산 잔기* 수준에서 규명했다고 밝혔다.
* 아미노산 잔기(amino acid residue): 아미노산이 결합한 폴리펩타이드의
구성 단위.
AP 핵산분해효소는 암 치료에 있어서 가장 주목받고 있는 효소 중 하
나이다. 많은 암 환자에서 이 효소의 돌연변이가 발견되었고, 또한 암
초기에 이 효소가 과발현된다는 보고가 있어 조기암 발견의 바이오 마
커로 사용되고 있다.
연구팀은 AP 핵산 분해효소를 가지고 부위 특이적 변이유도 방법
(site-directed mutagenesis)*과 단일분자 형광 FRET 관찰기술
(single-molecule FRET)**을 이용하여 AP 내부핵산분해활성과 외부
핵산분해활성의 근본적인 작동기전을 분자수준에서 밝혔다.
* 부위 특이적 변이유도 방법: 단백질 활성을 비교하기 위하여 유전자의 특정
School of Life Sciences, GIST(Gwangju Institute of Science and Technology)
메디컬투데이
GIST 이광록 교수팀, DNA 손상복구 위한 핵심효소 활성 기전 규명
관련 링크: https://mdtoday.co.kr/news/view/1065574972678053
2022.02.10.
부위를 바꾸어 돌연변이를 유도하는 방법.
** 단일분자 형광 FRET 관찰기술: FRET(Fluorescence Resonance Energy
Transfer) 이라는 물리현상을 이용한 방법으로 단일분자의 움직임을 실시간으
로 관찰할 수 있는 형광기법. AP 핵산분해효소와 DNA가 어떻게 상호작용하는
지 알 수 있게 해주는 핵심기술이다.
연구팀은 AP 핵산분해효소의 213번째 트립토판과 213번째 페닐알라
닌이 AP 자리와 π-상호 작용을 통해 AP 내부핵산분해 활성을 갖는
것을 알아냈다. 또한 213번째 페닐알라닌은 AP 내부핵산분해 활성에
참여할 뿐만 아니라 해리된 DNA 3’말단을 안정화시켜 외부핵산분해
활성 촉매가 일어날 수 있는 구조(catalytically competent state: 절
단가능 상태)를 유지하는 것을 확인했다.
외부핵산분해 활성을 나타내기 위해서는 효소의 90번째 아르기닌,
109번째 티로신, 121번째 리신과 153번째 아스파라긴 잔기들이
DNA의 인산기와 상호작용을 하여 DNA 나선구조를 안정화시켜야 한
다는 것을 확인했다.
이광록 교수는 “이번 연구는 DNA 손상복구과정에 꼭 필요한 두 가지
핵심 자르기 기능인 외부 및 내부 DNA 절단 원리의 근본적인 기전을
밝혔다”면서 “향후 암 치료, 노화억제 및 유전병 신약개발에 공헌할 것
으로 기대된다”고 말했다.
지스트 이광록 교수팀이 수행한 이번 연구는 한국연구재단 중견연구
자 지원사업 및 기초연구실과 지스트의 연구원(GRI) 지원을 받아 수행
되었으며, 관련 논문은 생화학&분자생물학분야 상위 2.6% 논문인 세
계적 학술지 ‘핵산 연구(Nucleic Acids Research)’에 2022년 2월 7일
온라인 게재되었다.
▲ AP 핵산분해요소의 두 가지 활성기전 모식도
23
 School of
Life Sciences, GIST
관련 링크: http://www.ikbc.co.kr/%EC%82%AC%ED%9A%8C/article/view/kbc202205190024
언론보도
졸업생 창업기업 '1호 코스닥 상장'
㈜바이오에프디엔씨, 발전기금 1억 기부
- 생명과학부卒 정대현·모상현 공동대표, “후배들 꿈 이루는 데 써달라”
- 졸업 후 2005년 바이오 벤처기업 창업…올해 2월 코스닥 상장 성공
▲ (왼쪽부터) 모상현·정대현 바이오에프디엔씨 공동대표
“자신의 연구 분야에서 창업에 뜻이 있는 학생이라면 연구하는 기술의
개발 절차나 과정에 집중할 필요가 있습니다. 그런 고민을 하며 수업을
듣는 것과 아닌 것의 차이는 생각보다 큽니다”(정대현 대표)
대학원 시절 품은 창업의 꿈을 코스닥(KOSDAQ) 시장 상장으로 꽃피
운 뒤 후배들을 위해 거액의 발전기금을 모교에 기부한 창업가가 있다.
2004년 지스트(GIST·광주과학기술원) 생명과학부에서 박사학위를
받고 이듬해 벤처기업을 창업한 정대현(51) 동문과, 2003년 석사학위
를 받은 모상현(48) 동문. 이들이 후배들을 위해 5월 19일(목) 지스트
발전기금으로 1억 원을 기부했다.
두 사람이 창업한 식물세포 플랫폼 기반 바이오 벤처기업 ㈜바이오에
프디엔씨(BIO-FD&C)는 그동안의 성과를 기반으로 올해 2월 코스닥
에 상장됐다. 지스트 졸업생이 창업한 기업이 코스닥에 상장된 것은 ㈜
바이오에프디엔씨가 최초이다.
창업 17년 만에 ㈜바이오에프디엔씨를 코스닥에 상장시킨 두 사람은
대학원 시절부터 창업에 뜻을 두고 학업에 임했다. 이들은 “대학원 과
정에서의 탄탄한 연구 경험이 창업 후 바이오 신소재 및 플랫폼 기술을
실용적 관점에서 연구·개발하는 데 큰 도움이 되었다”고 입을 모았다.
정대현 대표는 “자신이 연구한 기술과 그로 인한 성과가 온전히 자신
에게 돌아올 뿐만 아니라, 내가 일군 기업을 믿고 열정을 쏟고 있는 구
성원들의 행복과 복지로 이어진다는 점이 창업의 가장 큰 보람이자 매
력”이라고 말했다.
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KBC 광주방송
GIST 졸업생 창업기업, 첫 코스닥 상장..1억 기부
2022.05.19.
㈜바이오에프디엔씨는 식물세포주 설계 및 식물세포 배양·생산 기술
을 상용화한 바이오 벤처기업으로, 창업 이후 바이오 소재와 식물세포
플랫폼 기술을 개발했다.
올해 2월 21일 코스닥 시장 상장에 성공한 이후 식물세포 플랫폼 기술
을 활용한 사업화 계획 및 CDMO(위탁개발생산) 사업 진출을 선언하
는 등 식물세포 분야 선도기업으로 자리매김하고 있다.
현재 본사는 인천 송도에 위치하고 있으며, 식물세포 연구소와 광주전
남지점이 위치한 전남 화순군에 제1·2공장과 함께 의약나노소재연구
소를 운영 중이다. 창업 이래 꾸준한 연구·개발을 통해 100여 건의 국
내외 특허 및 60여 건의 국제논문을 보유하고 있다.
또한 두 대표 외에도 지스트를 졸업한 여러 동문들이 연구원 등 임직
원으로 근무하고 있으며, 지스트 생명과학부와도 공동 연구를 진행하
는 등 모교와 지속적인 유대·협력 관계를 맺고 있다.
정대현 대표는 “우수한 과학기술 인재 양성과 산업계와의 협동 연구에
힘써온 모교에 연구·개발 지원과 기술창업 확대로의 선순환을 위해
발전기금을 기부하기로 했다”며 "열심히 연구하는 후배들의 꿈을 이루
는 데 작은 보탬이 될 수 있어 기쁘게 생각한다”고 말했다.
모상현 대표도 “창업을 꿈꾸는 후배들을 위한 뜻깊은 자리가 마련돼
기쁘다”며 “㈜바이오에프디엔씨는 이번 기부를 비롯해 기업의 사회적
책임을 성실히 이행해나가며 ESG 경영을 공고히 하겠다”고 밝혔다.
* ESG: 환경(Environment), 사회(Social), 지배구조(Governance)의 머리글자
를 딴 단어. 기업 활동에 친환경, 사회적 책임 경영, 지배구조 개선 등을 고려해
야 지속 가능한 사업을 영위할 수 있다는 철학이 담겨 있음
발전기금 기탁식은 19일(목) 오후 4시 지스트 오룡관에서 김기선 총
장, 정대현·모상현 공동대표 등 지스트와 ㈜바이오에프디엔씨 관계자
100여 명이 참석한 가운데 진행됐다.
김기선 총장은 “졸업생 창업의 성공신화를 이어갈 두 동문에게 감사의
뜻을 표한다”며 “두 창업가의 열정과 도전정신을 본받아 지스트 학생
들이 보다 도전적이고 창의적인 학생창업에 뛰어들 수 있도록 지원을
아끼지 않겠다”고 밝혔다.
2022 NEWSLETTER
 School of 아시아경제
Life Sciences, GIST 지스트 교직원 9명, 과학기술진흥 공로 수상
관련 링크: https://www.asiae.co.kr/article/2022042509254571951

언론보도 2022.04.25.

지스트 교직원 9명, 과학기술진흥 공로 수상

(전창덕 연구원장)
- ’22년 과학·정보통신의 날 기념...분야별 성과 창출, 과학교육 혁신 등 유공
- 과학기술 훈장(이선규 명예교수), 과학기술 포장(정영주 교수) 등 수상

▲ 상단 왼쪽부터 (훈장) 기계 이선규 명예교수, (포장) 전컴 정영주 교수, (대통령 표창) 물리 고도경 교수, 소재 정건영 교수하단 왼쪽부터
(국무총리 표창) 물리 김근영 교수, 전컴 이흥노 교수, (장관 표창) 생명 전창덕 교수, 물리 유운종 교수, 김용렬 책임행정원

제55회 과학의 날(4.21.)과 제67회 정보통신의 날(4.22.)을 맞아 지스
트(광주과학기술원, 총장 김기선) 이선규 명예교수를 비롯한 교직원 9
명이 우수 연구성과 창출과 과학기술 진흥에 기여한 공로로 과학기술
진흥 정부포상과 장관표창 수상자로 선정됐다.
기계공학부 이선규 명예교수는 2013년 1월부터 한국정밀학회의 부
회장, 회장 및 편집장 역임, 아시아정밀공학회 확립과 함께 한국정밀
공학회의 국제적 위상제고에 기여해 왔으며, 초정밀제조기계분야에
서 세계적인 인재들을 양성 및 배출한 공로를 인정받아 과학기술 훈
장 웅비장을 수상했다.
과학기술 포장은 광섬유 격자 및 센서 분야 연구와 울프람 언어 기반
기호계산 소프트웨어의 개발 및 상용화로 과학기술 발전에 기여한 전
기전자컴퓨터공학부 정영주 교수가 수상했다. 아울러 △광학 분야 교
육과 연구에 헌신하여 고출력 레이저 및 첨단 광기술분야 기술 확립
에 기여한 물리.광과학과 고도경 교수와△왕성한 연구 활동과 국내
최초 나노관련 국제 학술지인 Nano convergence의 SCI(과학기술논
문 인용색인) 진입 및 높은 인용지수(8.526) 달성에 지대한 공헌을 한
신소재공학부 정건영 교수는 대통령 표창을 수상했다.
국무총리 표창은 △이론 물리학 발전 및 저변 확대, 인문융합 과학교
육, 교육 혁신에 기여한 물리·광과학과 김근영 교수와 △센서지능화
및 머신러닝 등 신(新)분야 개척에 선도적인 역할을 하는데 기여한 전
기전자컴퓨터공학부 이흥노 교수가 선정되었다.
과학기술진흥 장관 표창에는 △면역학 T 임파구 분야의 대표학자로
현재 면역세포치료 분야 국가지정 리더(창의)연구단을 이끌고 있으며,
대한면역학회 학회장으로서 국제학술행사 유치 등 한국 면역학의 세
계적 성장에 크게 기여한 생명과학부 전창덕 교수와 △대학 과학교육
의 혁신과 과학의 대중화 및 저변 확대, 복잡계 및 학제간 융합 연구
에 기여한 물리.광과학과 유운종 교수△탁월한 직무수행능력으로 과
학 한국을 이끌 잠재력과 영재성을 갖춘 인재 선발, 사회적 배려 계층
을 고려한 입시제도 개선 등 미래 과학기술인재 선발에 기여한 공로
로 김용렬 책임행정원이 선정됐다.

School of Life Sciences, GIST(Gwangju Institute of Science and Technology) 25

 Laboratory
in School of Life Sciences, GIST

Laboratory of Inflammation
and Tissue Regeneration
염증과 조직재생 연구실

Jinwook Choi Effective tissue regeneration coupling with wound repair is critical for the restoration of
tissue integrity and function, which rely on regenerative capacity of stem cells following
Assistant Professor tissue injury. My Research interests have been focused on addressing how stem cells
sense the surroundings and integrate the environmental stimuli to subsequently determine
E-mail. jinchoi@gist.ac.kr their fate/plasticity and function in response to injury. Understanding how stem cells
respond to varying physiological and pathological situation requires a close inspection of
Tel. 062)715-2504 their local microenvironments (Niche). Tissue injury instigates an inflammatory response
by modulating immune system in the wound sites. Beyond the ability to clear pathogens,
https://sites.google.com/ inflammation subsequently involves tissue repair. My research aims to understand how
view/choi-lab/pi inflammation and immune system coordinate the lung regeneration by regulating stem cell
plasticity and remodelling their niches during injury repair. Further, our lab will elucidate
how altered regeneration programme is associated with the initiation and progression of
chronic lung diseases such as lung cancer and pulmonary fibrosis.
To answer these questions, our lab will make a use of a combination of in vivo mouse
models with lineage-tracing techniques, ex vivo 3D organoid culture system of human
and mouse lungs with genetic manipulation techniques, and bioinformatic approaches of
multi-omic analysis at the single cell level (single cell RNA/ATAC-sequencing analysis).

폐 (Lung)는 외부와 접하고 있는 부분이기 때문에 공기나 혈관을 통한 pathogen, chemical에 의

해서 계속적인 손상을 받고 있습니다. 특히 최근의 코로나 사태 (Covid-19 Pandemic)와 가습기
살균제로 인한 급성 폐 섬유화 이슈에서 알 수 있듯이 폐는 바이러스에 의한 1차적 공격의 대상 임
은 물론 우리의 일상 과도 밀접하게 연관되어 있는 기관입니다. 저희 연구실은 손상 받은 폐가 어떻
게 복구되는지Tissue regeneration에 관한 연구를 하고 있습니다. 특히, 세포 손상 이후 면역 시
스템 (Immune system)의 변화로 인한 염증반응 (Inflammation)에 의해서 어떻게 폐 에 존재하고
있는 상피 줄기세포 (Tissue resident epithelial stem cells)의 활성이 조절 받고 분화 능력 (cell
fate decision/cellular plasticity) 이 변화하는지를 연구하고자 합니다. 또한, 줄기세포의 미세환
경 (microenvironment)를 구성하고 있는 neighbouring niches (e.g. stromal cells, endothelial
cells etc)들이 어떻게 변화하고 tissue regeneration 에 관여하는지를 살펴 보고자 합니다. 그리
고, 면역 시스템과 잘못된 조직 재생 과정이 어떻게 만성 폐질환 (Chronic lung diseases) 특히 폐
암 (lung cancer)과 폐섬유화 (Pulmonary fibrosis)와 연관이 있는지를 연구하고자 합니다. 이러한
연구를 위하여 저희 실험실에선 in vivo Genetically Engineered Mouse Models (GEMMs)과
ex vivo human/mouse 3D organoids model system, 그리고, 단일세포 분석 기술 (single cell
RNA sequencing analysis)을 이용하고자 합니다.

Research Interests Research Methods

26 2022 NEWSLETTER
 Laboratory
Professor Laboratory
송우근 Woo Keun Song Cell Dynamics and Imaging Lab. cell.gist.ac.kr/ 2560

박철승 Chul-Seung Park Lab. of Molecular Neurobiology mnl.gist.ac.kr/ 2566

박우진 Woo Jin Park Bio-remodeling and Gene Therapy Lab. brgt.gist.ac.kr/ 2564

엄수현 Soo Hyun Eom Protein Structure & Function Lab. xray.gist.ac.kr/ 2519

김재일 Jae Il Kim Biomembrane Molecular Functional Modulator Discovery Lab. nmr.gist.ac.kr/ 2569

전장수 Jang-Soo Chun Osteoarthritis Research Lab. cdl.gist.ac.kr/ 2545

조정희 Chunghee Cho Reproductive Biomedicine and Gene Discovery Lab. rbgd.gist.ac.kr/ 2565

김용철 Yong-Chul Kim Drug Discovery Lab. ldd.gist.ac.kr/ 2558

박지용 Zee Yong Park Functional and Medicinal Proteomics Lab. mass.gist.ac.kr/ 2526

전창덕 Chang-Duk Jun Immune Synapse & Cell Therapy Lab. isct.gist.ac.kr/ 2895

심해홍 Haihong Shen RNA Genomics and Epigenetics Lab. gistrna.gist.ac.kr/ 2513

송미령 Mi-Ryoung Song Neural Network and Transcriptomics Lab. ndl.gist.ac.kr/ 2517

김영준 Young-Joon Kim Lab. of Molecular Neuroethology gistflylab.wixsite.com/gistlmn 2897

다런
Darren R.Williams New Drug Targets Lab. ndtl.gist.ac.kr/ 2537
윌리엄스

전영수 Youngsoo Jun Cellular Logistics and Aging Research Lab. clar.gist.ac.kr/ 2478

이광록 Gwangrog Lee Single Molecular Biology and Cellular Dynamics Lab. smbio.gist.ac.kr/ 2557

박대호 Daeho Park Cell Clearance Lab. cellclearance.gist.ac.kr/ 2891

진석원 Suk-won Jin Developmental Genetics Lab. dgl.gist.ac.kr/ 3566

진미선 Mi Sun Jin Membrane Protein Structural and Functional biology Lab. mpsf.gist.ac.kr/ 3563

남정석 Jeong-Seok Nam Lab. of Cancer Biology lcb.gist.ac.kr/ 2894

조경래 Steve K. Cho Tumor Metabolism & Therapeutic Oncology Research Lab. tmtor.gist.ac.kr/ 3674

박지환 Jihwan Park Functional Genomics Lab. genomics.gist.ac.kr/ 2522

sites.google.com/view/gist-
이선재 Sunjae Lee Life Mining Lab. 2528
life-mining-lab/home

sites.google.com/view/
최진욱 Jinwook Choi Laboratory of Inflammation and Tissue Regeneration 3569
choi-lab/

School of Life Sciences, GIST(Gwangju Institute of Science and Technology) 27

 School of Life Sciences, GIST
Life Sciences' Goal

Research & Education in Selected Areas

Advances in Bio-medical Science and Techonology

Uncovering Fundamental
Cell &
Molecular
Biochemistry Knowledge in Life System
& Biophysics
Biology

Establishing Solutions for Diseases

based on Molecular Mechanisms

Neuroscience &
Developmental Immunology Application of Basic Research
Biology toward Diagnosis & Therapeutics

Academic Vision

28 2022 NEWSLETTER
 School of Life Sciences, GIST
Buildings

생명과학동 금호연구관

실험동물자원센터

Facilities

1 15 7 1
Lab Labs Labs Lab

GIST 대학 생명과학동 금호연구관 실험동물자원센터

School of Life Sciences, GIST(Gwangju Institute of Science and Technology) 29

 School of Life Sciences

GIST 생명과학부 하계 및 동계 인턴쉽

모 집 매년 5월, 11월 GIST 생명과학부 홈페이지 모집 공고

(https://life.gist.ac.kr ▶ '공지사항' 게시판)
모 집 인 원 하계 및 동계 방학기간 중 각 20명 내.외의 인턴학생 선발
기간 및 내용 4주간 각 연구실에 소속되어 연구 수행
대 상 학부 3~4학년 및 졸업생
지 원 사 항 기숙사 제공 및 인턴 연수비(40만원/4주) 지급

✽코로나19 상황에 따라 행사일정 변경 또는 취소될 수 있음

30 2022 NEWSLETTER
 GIST at a Glance

2023년 QS 세계대학평가
QS(Quacquarelli Symonds) 세계대학평가
교수1인당 논문 피인용수 세계6위 15년 연속 국내1위

Rank Name of institute Country

1 Indian Institute of Science India

2 Havard University USA

3 Princeton University USA

4 Caltech USA

5 MIT USA

6 Gwangju Institute of Science and Technology Republic of Korea

THE(Times Higher Education) 세계대학평가

설립 50년 미만 대학평가 세계 30위·국내 3위

School of Life Sciences, GIST(Gwangju Institute of Science and Technology) 31

GIST 모집과정
•석사과정, 박사과정, 석·박사통합과정

생명과학부 장학제도 및 특전
신입생모집 •입학금외 납입금 전액 국비 지원 및 추가 장학금 지급 (年 석사과정 약 1,450만원, 박사과정 약 2,380만원)
단, 입학등록 시 입학금 680,000원 납부
•박사 및 통합과정 병역특례 혜택 (배정인원 범위 내)
•재학생 전원 기숙사 제공 (1인실, 2인실, 3인실, 4인실) / 기혼자를 위한 기혼자 아파트
•차별화된 교육환경 (전과목 영어강의, 재학생 장·단기 해외 연수기회 제공, 이상적인 학생대 교수 비율 (10:1))

입학설명회 및 오픈랩
•입시전형 : 년 3회 실시 (봄학기 1차/2차전형 및 가을학기 전형)
•입학설명회 : 매입시 전형시 수시로 진행, 세부일정 및 내용은 입학안내 홈페이지 참조
•오픈랩 : 년 3회 실시, 세부 일정 및 내용은 입학안내 홈페이지 참조

입학문의
•https://life.gist.ac.kr I 062)715-2482~2483 I life@gist.ac.kr