i

SKRIPSI

IDENTIFIKASI DNA Cyanobacteria ASAL KOLAM

BUDIDAYA IKAN DAN PERAIRAN RAWA INDRALAYA

IDENTIFICATION DNA OF Cyanobacteria FROM

CULTIVATION FISH AND SWAMP OF INDRALAYA

Novi Wulandari Mustika

05051281419061

PROGRAM STUDI BUDIDAYA PERAIRAN

JURUSAN PERIKANAN
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SRIWIJAYA
2019

1
 ii

SUMMARY

NOVI WULANDARI MUSTIKA. Identification DNA of Cyanobacteria

Cultivasi Fish and Swamp of Indralaya (Supervised by MARINI WIJAYANTI
and DADE JUBAEDAH).

Waters of swamps and ponds are water that is pooled (bending) the
formation process exists naturally (swamp) while artificially formed (pond).
Swamp waters and ponds contain a variety of microorganisms, one of which is
Cyanobacteria. Cyanobacteria are also called solitary and colonized blue-green
algae. namely the concentration of cell biomass, water quality and DNA
sequences. Based on this study aims to determine the type of Cyanobacteria with
identification of Cyanobacteria from swamp aquaculture ponds in Indralaya. This
research was conducted in January 2018 - August 2018 in Indralaya. Analysis of
morphological research alleged isolates of ponds resembling Synechoccocus sp.
and swamp isolates resembling Microcystis sp. Amplification of Cyanobacteria
DNA using the PCR method with universal 16S rRNA 63F (Forward) and 1387 R
(Reverse) resulted in 1302-1307 bp. Analysis through the BLAST (Basic Local
Assessment Search Nucleotide) pool isolates (Uncultured Synechoccocus sp.
91%) originated from Australia while swamp isolates (Microcystis sp. 86%) came
from China.

Keywords: Cyanobacteria, DNA, PCR and 16S rRNA

ii
 iii

RINGKASAN

NOVI WULANDARI MUSTIKA. Identifikasi DNA Cyanobacteria Asal Kolam

Budiaya Ikan dan Perairan Rawa Indralaya (Dibimbing oleh MARINI
WIJAYANTI dan DADE JUBAEDAH).

Perairan rawa dan kolam merupakan perairan yang menggenang (lentik)

proses terbentuknya ada secara alamiah (rawa) sedangkan terbentuk secara buatan
(kolam). Perairan rawa dan kolam mengandung keanekaragaman mikroorganisme
salah satunya Cyanobacteria. Cyanobacteria disebut juga alga hijau biru yang
hidup soliter dan berkoloni. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui jenis dari
Cyanobacteria dengan identifikasi Cyanobacteria berasal kolam budidaya ikan
perairan rawa di Indralaya. Penelitian ini telah dilakukan pada bulan Januari 2018
–Agustus 2018 di Indralaya. Analisis penelitian yaitu konsentrasi biomasa sel,
kualitas air dan sekuen DNA. Berdasarkan morfologi diduga isolat kolam
menyerupai Synechoccocus sp. dan isolat rawa menyerupai Microcystis sp.
Amplikasi DNA Cyanobacteria menggunakan metode PCR dengan universal 16S
rRNA 63F (Forward) dan 1387 R (Reverse) menghasilkan 1302-1307 bp.
Analisis melalui BLAST (Basic local Aligment Search Tool- nucleotide) isolat
kolam (Uncultured Synechoccocus sp. 91%) berasal dari Austalia sedangkan
isolat rawa (Microcystis sp. 86%) berasal dari China.

Kata kunci : Cyanobacteria, DNA, PCR dan 16S rRNA

iii
 iv

SKRIPSI

IDENTIFIKASI DNA Cyanobacteria ASAL KOLAM

BUDIDAYA IKAN DAN PERAIRAN RAWA INDRALAYA

Diajukan Sebagai Syarat untuk Mendapatkan Gelar Sarjana Perikanan

pada Fakultas Pertanian Universitas Sriwijaya

Novi Wulandari Mustika

05051281419061

PROGRAM STUDI BUDIDAYA PERAIRAN

JURUSAN PERIKANAN
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SRIWIJAYA
2019

iv
 v

LEMBAR PENGESAHAN

KEPADATAN BAKTERI, EFISIENSI PAKAN, DAN

PERTUMBUHAN IKAN GABUS (Channa striata) YANG
DIBERI PAKAN DENGAN PENAMBAHAN BAKTERI
KANDIDAT PROBIOTIK ASAL RAWA

SKRIPSI

Sebagai Salah Satu Syarat untuk Mendapatkan Gelar Sarjana Perikanan

pada Fakultas Pertanian Universitas Sriwijaya

Oleh:

Rizky Marli Antika

05051281520036

Indralaya, Mei 2019

Pembimbing I Pembimbing II

Dr. Marini Wijayanti, S.Pi., M.Si. Ade Dwi Sasanti, S.Pi., M.Si.
NIP. 197609102001122003 NIP. 197612302000122001

Mengetahui,
Dekan Fakultas Pertanian

Prof. Dr. Ir. Andy Mulyana, M.Sc.

NIP. 196012021986031003
Skripsi dengan judul “Kepadatan Bakteri, Efisiensi Pakan, dan Pertumbuhan Ikan
Gabus (Channa striata) yang diberi Pakan dengan Penambahan Bakteri Kandidat

v
 vi

Probiotik Asal Rawa” oleh Rizky Marli Antika telah dipertahankan di hadapan
Komisi Penguji Skripsi Fakultas Pertanian Universitas Sriwijaya pada tanggal 8
Mei 2019 dan telah diperbaiki sesuai saran dan masukan tim penguji.

Komisi Penguji

1. Dr. Marini Wijayanti, S.Pi., M.Si. Ketua (..................................)

NIP. 197609102001122003

2. Ade Dwi Sasanti, S.Pi., M.Si. Sekertaris (..................................)

NIP. 197612302000122001

3. Dr. Dade Jubaedah, S.Pi., M.Si. Anggota (..................................)

NIP. 197707212001122001

4. Sefti Heza Dwinanti, S.Pi., M.Si. Anggota (..................................)

NIP. 198409012012122003

Indralaya, Mei 2019

Mengetahui,
Ketua Jurusan Koordinator Program Studi
Perikanan Budidaya Perairan

Herpandi, S.Pi., M.Si., Ph.D. Dr. Dade Jubaedah, S.Pi., M.Si.

NIP. 197404212001121002 NIP. 197707212001122001

vi
 vii

vii
 viii

RIWAYAT HIDUP

Penulis lahir di Langkap pada tanggal 18 November 1996, Kecamatan

Muara Kelingi Kabupaten Musi Rawas, Provinsi Sumatera Selatan. Anak pertama
dari empat bersaudara. Orang tua bernama Suwarjo dan Widiya Wati.
Penulis memulai pendidikan dasar di SD Negeri 2 Muara Kelingi pada
tahun 2002 dan menerima ijazah kelulusan pada tahun 2008. Selanjutnya penulis
meneruskan pendidikan di SMP Negeri 1 Muara Kelingi dan selesai pada tahun
2011. Penulis melanjutkan pendidikan menengah atas di SMA YadikaLubuk
Linggau dan selesai pada tahun 2014. Penulis melanjutkan pendidikan di Program
Studi Budidaya Perairan, Jurusan Perikanan, Fakultas Pertanian, Universitas
Sriwijaya melalui jalur SBMPTN pada tahun 2014. Saat ini penulis sedang
menyelesaikan tugas akhir untuk memperoleh gelar Sarjana Perikanan pada
perguruan tinggi tersebut.
Penulis pernah menjadi asisten praktikum mata kuliah Ikhtiologi pada
tahun 2016-2018, Ekologi Perairan 2016-2017, Teknologi Pembenihan Ikan 2016-
2107 dan pengembangan Industri Akuakultur 2017-2018. Selain itu, penulis juga
mengikuti kegiatan Himpunan Akuakultur tahun 2014 sebagai Bendahara staf
kesenian, Badan Eksekutif Mahasiswa tahun 2015-2016 sebagai staf Dapartemen
DAGRI, Komunitas Bidikmisi Universitas Sriwijaya sebagai kepala Dapertemen
Kewirausahaan. Pernah mengikuti Bina Desa Nasional IBEMPI 2016 di
Universitas Brawijaya Malang Jawa Timur mewakili BEM Fakultas Pertanian.
Telah memenangkan juara 1 lomba akustik islami tingkat Fakultas Pertanian,
juara 1 kartini tahun 2016 tingkat Fakultas Pertanian. Penulis juga melaksanakan
kegiatan magang di Kementerian Kelautan dan Perikanan Direktorat Jendral
Perikanan Budidaya Balai Besar Perikanan Budidaya Air Payau Jepara di bagian
pakan alami pada tahun 2017.

viii
 ix

KATA PENGANTAR

Puji syukur penulis panjatkan atas kehadirat Allah SWT, atas segala
rahmat dan karunia yang diberikan kepada penulis sehingga penulis dapat
menyelesaikan skripsi dengan judul “Identifikasi Cyanobacteria asal kolam
budidaya ikan dan perairan rawa Indralaya”. Penelitian ini merupakan bagian dari
penelitian Hibah Kompetitif tahun 2017 dengan judul “Probiotik Bioflok Asal
Rawa Untuk Produktivitas Akuakultur Khas Rawa” dengan Nomor:
988/UN9.3.1/PP/2017.
Shalawat beriring salam tidak lupa disanjungkan kepada Nabi Muhammad
SAW. beserta keluarga dan para sahabatnya. Pada kesempatan ini penulis
mengucapkan banyak terima kasih kepada:
1. Kedua orang tua tercinta, Suwarjo (bapak) dan Widiya Wati (ibu) dan saudara
kandung (Indah serly kharisma, Aryanto Hadi wijaya dan Cynara adwa) serta
keluarga yang telah memberikan doa, semangat, motivasi, harapan dan
dukungan selama ini.
2. Bapak Herpandi S.Pi. M.Si. Ph.D. selaku Ketua Jurusan dan Ibu Ade Dwi
Sasanti, S.Pi., M.Si selaku sekretaris Jurusan Perikanan Fakultas Pertanian
Universitas Sriwijaya yang telah membantu penulis dalam menyelesaikan
pendidikan S1.
3. Ibu Dr. Dade Jubaedah S.Pi. M.Si. selaku Koordinator Program Studi
Budidaya Perairan Jurusan Perikanan Fakultas Pertanian Universitas Sriwijaya
yang telah membantu penulis dalam menyelesaikan pendidikan S1.
4. Bapak Tanbiyaskur, S.Pi., M.Si. selaku dosen pembimbing akademik dan Ibu
Dr. Marini Wijayanti, S.Pi. M.Si. (selaku dosen pembimbing I) dan Ibu Dr.
Dade Jubaedah, S.Pi., M.Si (selaku dosen pembimbing II) yang didalam
kesibukannya selalu sabar dalam memberikan bimbingan, saran dan motivasi
yang berharga dalam penyusunan skripsi.
5. Bapak Bapak Yulisman, S.Pi., selaku dosen penguji I dan Bapak Tanbiyaskur,
S.Pi., M.Si. selaku penguji II telah memberikan bimbingan, saran dan motivasi
dalam penyusunan skripsi.

ix
 x

6. Bapak Ir. H. Marsi, M.Sc, Ph.D, Bapak Yulisman, S.Pi., M.Si, Bapak Dr.
Mohamad Amin, S.Pi., M.Si, Bapak Muslim S.Pi., M.Si, Bapak M. Syaifudin,
S.Pi., M.Si, Ph.D, Bapak Danang Yonarta, S.St.Pi., M.P, Bapak Ferdinand
Hukama T, S.Pi., M.Si, Ibu Madyasta Anggana R, S.Pi., M.P, Ibu Sefti Heza
Dwinanti,S.Pi., M.Si, Ibu Retno Cahya M, S.Pi., M.Si, dan Ibu Mirna Fitrani,
S.Pi., M.Si. selaku staff dosen dan Ibu Resa S.Kom selaku admin program
studi Budidaya Perairan Jurusan Perikanan Fakultas Pertanian Universitas
Sriwijaya yang telah membantu penulis dalam menyelesaikan pendidikan S1.
7. Aquatic PicoBacteriologist Team sebagai kakak dan teman seperjuangan
penelitian dan Fifi Jayanti, Noer Octrianie, Zen Hastuti, Sofiatul Rahmani,
Rose Mei, liza Yunita, Irwan Fadhli, Prily, Ichsan, Dita, Januar Ahlan, Felix,
Warisan dan seluruh pihak yang tidak dapat disebut satu persatu yang telah
membantu penulis selama ini.
8. Kepada kakak tingkat dan adik tingkat seluruh angkatan yang telah
memberikan motivasi dan dukungan kepada penulis selama ini.
9. Kepada sahabat aplikasi Hello yo keluarga Febry, Sahabat Mustika, Family
Badut, Musmeong Production, Eugolini, Bunda Adinda, Ayah Febry, Ayunan,
Chiko Castelo, Bang Calum, Bang Fendy, Bang Jendral, Selebes, Atta, dan
Rey yang telah memberikan motivasi semangat dengan penuh kesabaran baik
secara finansial dan moral kepada penulis selama ini.
Kritik dan saran yang bersifat membangun sangat penulis harapkan
sebagai bahan pertimbangan dan perbaikan di kemudian hari. Semoga skripsi ini
dapat digunakan sebagaimana mestinya dan dapat bermanfaat baik bagi pembaca
pada umumnya maupun penulis pada khususnya.

Indralaya, Juli 2019

Penulis

x
 xi

DAFTAR ISI
Halaman

KATA PENGANTAR ....................................................................................... ix

DAFTAR ISI ...................................................................................................... x
DAFTAR GAMBAR ......................................................................................... xi
DAFTAR TABEL .............................................................................................. xii
DAFTAR LAMPIRAN ...................................................................................... xiii
BAB 1. PENDAHULUAN ................................................................................ 1
1.1. Latar Belakang ............................................................................................ 1
1.2. Rumusan Masalah ........................................................................................ 2
1.3. Tujuan Penelitian ......................................................................................... 2
1.4. Kegunaan Penelitian..................................................................................... 2
BAB 2. TINJAUAN PUSTAKA ....................................................................... 3
2.1. Cyanobacteria ............................................................................................. 3
2.2. jenis-jenis Cyanobacteria ............................................................................ 3
2.3. Pertumbuhan Cyanobacteria ........................................................................ 6
2.4. Identifikasi DNA Melalui Molekuler 16 rRNA .......................................... 7
2.5. Isolasi DNA ................................................................................................. 8
2.6. PCR (Polymerase Chain Reaction) .............................................................. 9
2.7. Faktor-faktor Keberhasilan PCR ................................................................. 11
2.8. Elektroforesis dan Sekuensing .................................................................... 11
BAB 3. PELAKSANAAN PENELITIAN ......................................................... 13
3.1. Tempat dan Waktu ...................................................................................... 13
3.2. Bahan dan Metoda ....................................................................................... 13
3.3. Analisis Data ............................................................................................... 17
BAB 4. HASIL DAN PEMBAHASAN.............................................................. 19
4.1. Kultivasi dan Perbanyakan Isolat Cyanobacteria ....................................... 19
4.2. Visualisasi Hasil Amplifikasi DNA ............................................................ 20
4.3. Kekerabatan Spesies .................................................................................... 22
4.4. Pohon Filogenetik ....................................................................................... 24
BAB 5. KESIMPULAN DAN SARAN ............................................................ 27
5.1. Kesimpulan ................................................................................................. 27

xi
 xii

5.2. Saran ............................................................................................................ 27

DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................ 28
LAMPIRAN

xii
 xiii

DAFTAR GAMBAR

Halaman

Gambar 4.1. Visualisasi Hasil Amplifikasi ......................................................... 21

Gambar 4.2. Pohon filogenetik yang berasal dari isolat kolam .......................... 25
Gambar 4.3. Pohon filogenetik yang berasal dari isolat rawa............................. 25

xiii
 xiv

DAFTAR TABEL
Halaman

Tabel 2.1 Kelompok dan genus Cyanobacteria .................................................. 4

Tabel 2.2 Spesies Cyanobacteria bersifat cyanotoxins ...................................... 5
Tabel 3.1. Bahan-bahan yang digunakan dalam penelitian ................................ 13
Tabel 3.2. Alat-alat yang digunakan dalam penelitian ........................................ 14
Tabel 3.3. Komposisi larutan PCR (1 x Reaksi) ................................................ 16
Tabel 3.4. Tahapan Reaksi PCR (Lee et al.,2002) .............................................. 16
Tabel 4.1. Kultivasi dan Perbanyakan Isolat Cyanobacteria .............................. 19
Tabel 4.2. Hasil analisis BLASTn sampel Cyanobacteria berasal dari kolam
dengan data di Genbank ..................................................................................... 22
Tabel 4.3. Hasil Jarak genetik dari kolam menggunakan MEGA 6.0................. 23
Tabel 4.4. Hasil Jarak genetik dari rawa menggunakan MEGA 6.0 ................... 23

xiv
 xv

DAFTAR LAMPIRAN

Halaman

Lampiran 1. Pengacakan Perlakuan dan Wadah Kultivasi ................................. 33

Lampiran 2. Nilai Absorbansi selama kultivasi ................................................. 34
Lampiran 7. Urutan Pasangan Asam Basa Kolam 869bp .................................. 34
Lampiran 8. Urutan Pasangan Asam Basa Asam 689bp .................................... 35

xv
 1

BAB 1
PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang

Perairan rawa dan kolam merupakan perairan yang menggenang (lentik)
proses terbentuknya ada secara alamiah (rawa) sedangkan terbentuk secara buatan
(kolam). Lahan rawa adalah adalah salah satu ekosistem lahan basah (wetland)
yang terletak antara wilayah sistem daratan (terrestrial) dan sistem perairan dalam
(aquatic) (Haryono et al., 2013). Hasil penelitian Genti (2017), perairan rawa
mengandung DO (Dissolved Oxygen), TDS (Total Dissolved Solid) dan EC
(Electrical Conductivity) yang tinggi dibandingan kolam, sedangkan kolam
mengandung BOD (Biological Oxygen Dissolved) dan amoniak yang tinggi.
Mikroorganisme yang ditemukan di perairan rawa dan kolam yaitu
Cyanobacteria. Cyanobacteria merupakan bakteri phototrophic, dengan ukuran
dinding selnya 0,5 µm -100 µm (Madigan et al., 2015). Cyanobacteria disebut
juga alga hijau biru yang hidup soliter dan berkoloni (Aat, 2014). Cyanobacteria
terbagi menjadi 5 kelompok yang dibedakan berdasarkan morfologinya.
Kelompok Chroococcales bersifat unicellular dan membelah diri dengan cara
pembelahan biner diantaranya genus Gloeobacter, Synechococcus, Gloeocapsa,
Synechocystis, Chamaesiphon, dan Merismopedi (Madigan et al., 2015).
DNA Barcoding adalah metode taksonomi dalam sebuah marker genetik
pendek untuk mengidentifikasi DNA organisme atau bagian dari spesies
(Sarvananda, 2018). PCR (Polymerase Chain Reaction) adalah teknologi canggih yang
dapat mendeteksi DNA dengan cara amplifikasi DNA (Yusuf, 2010). Analisis gen
penyandi untuk DNA kromosom prokariotik adalah 16S rRNA (Marchesi et al., 1998;
Lee et al., 2003; Nurwati dan Nawfa, 2015). Struktur primer 16S rRNA paling
konservatif untuk spesies biasanya mempunyai 70% atau lebih semilaritas DNAnya
(Stackebrandt dan Goebel, 1994). Pendekatan kekerabatan filogenetik sekuen DNA
diharapkan dapat mengetahui spesies Cyanobacteria dari kolam budidaya maupun
perairan rawa Indralaya.

Universitas Sriwijaya
1
 2

1.2. Rumusan Masalah

Cyanobacteria memiliki peran penting dalam kehidupan, baik dalam
bidang kesehatan, lingkungan, perikanan dan sebagainya. Hal ini menyebabkan
penelitian mengenai Cyanobacteria terus berkembang. Cyanobacteria yang
ditemukan dalam penelitian sebelumnya yaitu Cyanobacteria dari kolam budidaya
ikan dan perairan rawa di Indralaya. Isolasi dilakukan sampai mendapatkan
kandidat yang terpilih. Cyanobacteria yang terpilih mampu menjadi
bioremediator, karena mampu merombak ataupun mengurai bahan organik,
sehingga sangat diperlukan untuk memperbaiki kualitas air khususnya di perairan
rawa. Namun permasalahannya, jenis Cyanobacteria belum diketahui maka dalam
penelitian ini dilakukan identifikasi Cyanobacteria melalui DNA barkoding
dengan metode PCR. Metode ini memiliki keakuratan yang tinggi dan sangat
efisien untuk mengidentifikasi jenis Cyanobacteria.

1.3. Tujuan dan Kegunaan Penelitian

Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui jenis dari
Cyanobacteria dengan identifikasi Cyanobacteria melalui DNA. Kegunaannya
adalah untuk memberikan informasi jenis Cyanobacteria yang berasal dari kolam
budidaya ikan dan rawa Indralaya untuk dimanfaatkan dalam akuakultur khas
rawa.

2
Universitas Sriwijaya
 3

DAFTAR PUSTAKA

Aat, U.M., 2014. Mengambil manfaat dari hewan dan tumbuhan laut. Bandung:
Mitra Edukasi Indonesia.

Arlyza, I.S., 2005. Phycocyanin dari mikroalga bernilai ekonomis tinggi sebagai
produk industri. Oseana, 30 (3), 27-36.

Arad, S. dan Yaron, A., 1992. Natural pigments from red microalgae for use in
foods and cosmetic. Trends Food Sci and Technol, 3, 92-97.

Angriary R.D. 2012. Perbandingan Kerapatan Sel dan Kandungan Klorofil

Synechococcus sp. RDB001 yang ditumbuhkan pada Suhu 30±5 0C dan
50±5 0C. Skripsi. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,
Departemen Biologi, Depok.

Astri, D., 2012. Identifikasi Genoderma spp. menggunakan teknik DNA

barcoding. Skripsi. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam.
Institut Pertanian Bogor. Bogor.

Bellinger, E.G. and Sigee, D.C.,2010. Freshwater Algae. USA: Wiley-Blackwell

Chorus, I. and Bartram, J., 1999. Toxic Cyanobacteria in Water: A guide to their
public health consequences, monitoring and management. London:
WHO.

Dharmayanti, I.N.L.P., 2011. Filogenetik Molekuler Metode Taksonomi

Organisme Berdasarkan Sejarah Evolusi. WARTAZOA, 21(1).

Dubey, S.K., Dubey, J., Mehra, S., Tiwari, P. dan Bishwas, A.J., 2011. Potential
use of Cyanobacterial species in bioremediation of industrial effluents.
African Journal of Biotechnology, 10 (7), 1125-1132.

Environmental Protection Agency., 2014. Cyanobacteria and Cyanotoxins:

Information for Drinking Water Systems. United States: Office of Water.

Fitriya, R.T., Ibrahim, M. dan Lisdiana, L., 2015. Keefektifan metode isolasi
DNA kit dan CTAB/NaCl yang dimodifikasi pada Staphylococcus
aureus dan Shigella dysentriae. Lentera bio, 4 (1), 87–92.

Genti, S.K., 2017. Isolasi Cyanobacteria Rawa Untuk Pengelolaan Media

Budidaya Ikan. Skripsi. Universitas Sriwijaya. Indralaya.

Guirry, M.D dan Guiry, G.M. 2012. Algae Base. World-wide electronic
publication, National University of Ireland, Galway.
http://www.algaebase.org, Diakses tanggal 28 April 2019

3
 4

Handoyo, D. dan Rudiretna, A., 2000. Prinsip umum dan pelaksanaan

polymerase chain reaction (PCR) [general principles and implementation
of polymerase chain reaction]. Unitas, 9 (1), 17- 29.

Hadiyanto dan Azim M. 2012. Mikroalga Sumber Pangan dan Energi Masa
Depan. UPT UNDIP Press, Semarang.

Haryono.,Noor, M.,Syahbuddin H. dan Sarwani, M.,2013. Lahan Rawa. Jakarta:

Badan Penelitian dan Pengembang Pertanian.

Langga, I.F., Restu, M. dan Kuswinanti, T., 2012. Optimalisasi suhu dan lama
inkubasi dalam ekstraksi DNA tanaman bitti (Vitex cofassus reinw) serta
analisis keragaman genetik dengan teknik RAPD-PCR. Jurnal Sains dan
Teknologi, 12 (3), 265 – 276.

Lee, Y.K., Kim, H.W., Liu, C.L. dan Lee, H.K., 2003. A simple method for DNA
extraction from marine bacteria thatproduce extracellular materials.
Journal of Microbiological Methods, 52, 245– 250.

Madigan, M.T., Martinko, J.M., Parker, J., 2015 Biology of Microorganisme.

United States of America: Prentice Hall International Inc.

Marchesi, J.R., T. Sato, A.J. Weightman, T.A. Martin, J.C. Fry, S.J. Hiom &
W.G. Wade. 1998. Design and evaluation of useful bacterium-specific
PCR primers that amplify genes coding for bacterial 16S rRNA. Appl.
Environm. Microbiol, 64,795-799.

Maulidiyanti., 2016. Pengaruh pemberian Daphnia sp yang diperkaya dengan

tepung Spirulina terhadap kelangsungan hidup larva ikan komet
(Carassius auratus). Skripsi. Universitas Lampung.

Mulyani, Y., Purwanto, A., Nurruhwati I, 2011. Perbandingan beberapa metode

isolasi DNA untuk deteksi dini Koi Herpes Virus (KHV) pada ikan mas
(Cyprinus carpio L.). Jurnal Akuatika, 8(11), 1-16.

Nurwati, L. dan Nawfa, R., 2015. Identifikasi spesies isolat bakteri galur D
dengan metode analisa sekuen fragmen gen 16S rDNA. Jurnal Sains dan
Seni ITS, 4 (2), 2337-3520.

Nuroniyah, T. dan Putra, S.R., 2012. Identifikasi spesies isolat bakteri S1 dengan
metode analisa sekuen fragmen gen 16S rDNA. Jurnal Teknik Pomits,
1(1), 1-6.

Pakpahan, S.E., 2015. Pengujian Konsentrasi Gel Agarosa 1% dan 1,2%pada

Elektroforesis DNA Mycobacterium tuberculosis. Jurnal Kesehatan
Rajawali, 5(9).

Pandin, D.S., 2000. Kemiripan Genetik Populasi Kelapa Dalam Mapanget Tenga,

4
 5

Bali, Palu dan Sawarna Berdasarkan Penanda RAPD. Tesis.

ProgramPasca Sarjana IPB.

Pangastuti. A., 2006. Definisi spesies prokaryota berdasarkan urutan basa gen
penyandi 16s rRNA dan gen penyandi protein. BIODIVERSITAS, 7(3),
292-296.

Prihantini, N.B., Wardhana, W., Hendrayanti, D., Widyawan, dan Rianto, R.,
2008. Cyanobacteria dari beberapa situ dan sungai di Kawasan Jakarta
dan Depok, Indonesia. Makalah Seminar Nasional Limnologi, Jakarta.

Prihantini, N.B., Wardhana, W., Hendrayanti, D., Widyawan, A., Ariyani, Y.,
dan Rianto, R., 2008. Biodiversitas Cyanobacteria dari Beberapa
situ/danau di kawasan Jakarta-Depok-Bogor Indonesia. MAKARA
SAINS,12 (1), 44-54.

Rasmussen, R., 1992. Optimizing Rapid Cycle DNA Amplification Reactions.

The Rapid Cylist Newsletter,1(1), 77-83.

Retnaningdyah, C., Marwati, U., Soegianto, A. dan Irawan, B., 2011. Media
Pertumbuhan, Intensitas Cahaya dan Lama Penyinaran yang Efektif
untuk Kultur Microcystis Hasil Isolasi Waduk Sutami di Laboraturium.
Jurnal Biologi Brawijaya, 13(2)

Restu, M., Mukrimin, dan Gusmiaty., 2012. Optimalisasi teknik ekstraksi dan
isolasi DNA tanaman suren (Toona Sureni Merr.) untuk analisis
keragaman genetik berdasarkan Random Amplified Polymorphic DNA
(RAPD). Jurnal Natur Indonesia, 14(2), 138-142.

Riyantini, I., Mulyani, Y dan Agung, M,U,K., 2014. Hubungan filogenetik

molekuler beberapa jenis mangrove di pulau Penjarangan, Ujung Kulon,
Provinsi Banten.

Sarvananda, L. 2018. Short Introduction of DNA Barcoding. International

Journal of Research, 05(06).

Setia, A.D., Soedradjad, R. dan Syamsunihar, A., 2013. Peran asosiasi

Synechococcus sp. terhadap protein dan produksi biji tanaman kedelai
pada berbagai dosis bokashi. Berkala Ilmiah Pertanian, 1( 1), 4-6.
Soedradjad, R. dan Avivi, S., 2005. Efek aplikasi Synechococcus sp. pada daun
dan pupuk NPK terhadap parameter agronomis kedelai. Bul Agron,( 33)
(3) 17 – 23.

Sunarno., Muna, F., Fitri, N., Malik, A., Karuniawati, A. dan Soebandrio, A.,
2014. Metode Cepat Ekstraksi. Jurnal Peneliti Kesehatan, 42(2), 85-92

5
 6

Suhada, J.A., 2018. Barcoding DNA isolat bakteri berpotensi sebagai probiotik
asal sedimen rawa. Skripsi. Fakultas pertanian. Universitas Sriwijaya.
Inralaya.
Stackebrandt, E and Goebel, B.M. 1994. A Place for DNA-DNA Reassociation
and 16s rRNA Sequence Analysis in The Present Species Definition in
Bacteriology. Journal of Ststematic Bacteriology, 44(4).

Toha, A.H.A., 2006. Deoxyribo Nucleac Acid. Bandung: ALFABETA.

Yusuf, Z.K., 2010. Polymerase Chain Reaction (PCR). Saintek, 5, (6).

Yuwono, T., 2006. Teori dan aplikasi polymerase chain reaction. Yogyakarta:
ANDI Yogyakarta.