18/06/06

Mass  Spectrometry  

An  Overview  
• Mass  spectrometry  quan6ta6vely  analyzes  the  
mass-­‐to-­‐charge  ra6o  (m/z)  of  molecules.  
C2H6O3  
Mw  =  78.0317  

Ni+ Fe2+ NH4+ ✔

C6H6  
Mw  =  78.0470

m  =  28   m  =  56   m  =  18  

z  =  1   z  =  2   z  =  1  
​𝑚⁄𝑧 =  28 ​𝑚⁄𝑧 =  28 ​𝑚⁄𝑧 =  18
Cannot  
Dis6nguish!

1
 18/06/06

An  Overview  
• Mass  spectrometry  quan6ta6vely  analyzes  the  
mass-­‐to-­‐charge  ra6o  (m/z)  of  molecules.  
C2H6O3  
• Can  achieve  extremely  high  resolu6on   Mw  =  78.0317  
✔
between  compounds  of  similar  mass.   C6H6  
Mw  =  78.0470

• The  ioniza6on  of  sample  is  required  for  

measurement.  

Ioniza6on  Methods  for  Small  Molecules

• Electron  ioniza6on  (EI)  

Redrawn  from:    Department  of  Chemistry,  University  of  Pi]sburgh  

2
 18/06/06

Ioniza6on  Methods  for  Small  Molecules

• Electron  ioniza6on  (EI)  

• Chemical  ioniza6on  (CI)  

Redrawn  from:    Department  of  Chemistry,  University  of  Pi]sburgh  

Ioniza6on  Methods  for  Small  Molecules

• Electron  ioniza6on  (EI)  

• Chemical  ioniza6on  (CI)  Primary  i-­‐on  forma+on:  

CH4  +  e  ➝ CH4+•  +  2e-­‐  
   

Secondary  ion  forma+on:  

CH4  +  CH4+•  ➝ CH5+  +  CH3•  
CH4+•  ➝ CH3+  +  H•    
CH4  +  CH3+  ➝ C2H5+  +  H2  
   

Product  ion  forma+on:  

A  +  CH5+  ➝ CH4  +  AH+  (protona6on)  
A  +  C2H5+  ➝ A-­‐C2H5+  (adduct  forma6on)  
Fragmenta6on  also  occurs  
Redrawn  from:    Department  of  Chemistry,  University  of  Pi]sburgh  

3
 18/06/06

Ioniza6on  Methods  for  Small  Molecules

• Electron  ioniza6on  (EI)  

• Chemical  ioniza6on  (CI)  

• More  suitable  for  the  

analysis  of  gases  or  
vapors  

Rohrbaugh  &  Sarver,  J.  Chromatogr.  A,  1998  

Ioniza6on  Methods  for  Macromolecules  

• Electrospray  ioniza6on  (ESI)  

Analyte  can  be  

mul6ply  charged  

Image  credit:    h]p://what-­‐when-­‐how.com/proteomics/mass-­‐

spectrometry-­‐proteomics/  
Image  credit:    Life  Science  Mass  Spectrometry  Facility,  University  of  Bristol  

4
 18/06/06

Ioniza6on  Methods  for  Macromolecules  

• Electrospray  ioniza6on  (ESI)  
 
• Matrix-­‐Assisted  Laser  Desorp6on/Ioniza6on  
(MALDI)  

Image  credit:  Centre  of  Excellence  for  Mass  Spectrometry,  

King’s  College  London  

Sector  Mass  Spectrometer  

Apply  force  that  deflect  the  
advancing  ions  according  to  m/z.    

• Mass  spectrum  
obtained  by  scanning  
the  magne6c  field  

Courtesy  of  Shimadzu  Corpora6on  

5
 18/06/06

Sector  Mass  Spectrometer  

• Resolu6on  can  be  
improved  by  double  
focusing  configura6on  

• Slow  scanning  rate  of  

the  magne6c  analyzer  
remains  a  problem  

Wiedenbeck  et  al.  GGR.  2012,  36(4),  337-­‐398.  

Time-­‐of-­‐Flight  (TOF)  Mass  Spectrometer  

E  

Accelera6on  region   Drij  tube  

• Theore6cally,  the  mass  spectrum  over  the  

whole  m/z  range  can  be  recorded  over  6me.  
h]p://what-­‐when-­‐how.com/proteomics/6me-­‐of-­‐
flight-­‐mass-­‐spectrometry-­‐proteomics/  

6
 18/06/06

Quadrupole  Mass  Spectrometer  

• An  “m/z  filter”  that  only  lets  ions  with  a  
designated  m/z  pass  through  the  quadrupole  

Image  credit:    Life  Science  Mass  Spectrometry  Facility,  University  of  Bristol  

Ion  Trap  Mass  Spectrometers

• Quadrupole  ion  tap   • Orbitrap  

Courtesy  of  Shimadzu  Corpora6on  

Junot  et  al.,  Analyst,  2010  

7
 18/06/06

Tandem  Mass  Spectrometry  

• The  combina6on  of  mul6ple  m/z  separa6on  
methods  with  analyte  fragmenta6on  in  between  

Take-­‐home  Message  

Mass  spectroscopy  analyzes  the  m/z  

of  analytes  at  an  extremely  high  
resolu6on  and  sensi6vity