You are on page 1of 586

Bevezetés a molekuláris biológiába

Molekuláris Biológia

A molekuláris biológia a biológia tudományok azon ága, amely


a biológiai jelenségek molekuláris alapjainak megértésére
törekszik elsősorban makromolekulák és makromolekuláris
komplexek szerkezetésnek, tulajdonságainak és funkciójának
vizsgálatával.
Molekuláris Biológia

Főbb társtudományai:
o biokémia
o genetika
o sejtbiológia

Eredményi és eszközei széles körben


felhasználtak, így pl.
o molekuláris diagnosztika
o antropológia
o evolúcióbiológia
o stb.
Molekuláris Biológia

A molekuláris biológia fejlődésének néhány fontosabb lépése:


o 1943: az örökítőanyag a DNS (Avery, MacLeod, McCarty)
o 1953: DNS kettős hélix szerkezet (Watson, Crick, Franklin, Wilkins)
o 1958: szeminonzervatív DNS replikáció (Meselson, Stahl)
o 1961-66: a genetikai kód megfejtése (Nierenberg, Matthaei, Leder)
o 1961: a lac operon szabályozásának feltárása (Jacob és Monod)
o Molekuláris biológiai módszerek fejlődése: DNS ligáz (1967), restrikciós
endonukleáz (Smith, 1970), rekombináns DNS (Berg, 1972), szekvencia
meghatározás (1976-78, Gilbert, Sanger), hibridizációs módszerek (1975,
Southern), PCR (1985, Mullis), stb
o 1990-2003, 2022: teljes emberi genom szekvencia meghatározása
o 2005 NGS módszerek, genomika és posztgenomika
Emlékeztető : a DNS szerkezete

• A DNS dezoxiribonukleotidok polimere


• A polinukleotid láncnak irányultsága van: 5’ – 3’
• A DNS molekulákban található bázisok az
adenin (A), guanin (G), citozion (C), és timin (T)
• A DNS kétszálú, a két szál antiparalel lefutású.
• A két szálban egymással szemben található
bázisok hidrogén hidakkal kapcsolódnak
egymáshoz, A mindig T-vel (A=T), G mindig C-
vel (G≡C) kapcsolódik (báziskomplementaritás)
• A DNS változatosságát a benne található
bázisok sorrendje (szekvencia) adja
Emlékeztető : az RNS szerkezete

• Az RNS ribonukleotidok polimere


• A polinukleotid láncnak irányultsága van: 5’ – 3’
• Az RNS molekulákban található bázisok az
adenin (A), guanin (G), citozion (C), és uracil (U)
• Az RNS egyszálú, de bázispárosodásra képes
komplementer szekvenciájú nukleinsavakkal. A
molekulán belüli bázispárosodás segítségével
meghatározott 3D szerkezetet vehet fel (pl.
tRNS).
Emlékeztető : a fehérjék szerkezete
aminosav 1 aminosav 2 aminosav 3

peptid
kötés elsődleges szerkezet:
az aminosavak sorrendje

amino–terminális vég karboxi–terminális vég


N-terminus C-terminus
peptid
kötés
másodlagos szerkezet:
a polipeptid gerinc csoportjai
• A fehérjék aminosavak polimerjei. között létrejövő hidrogén hidak
által stabilizált ismétlődő
szerkezeti elemek
• A polipeptid láncnak irányultsága van: N – C
• A genetikai kód 20 féle aminosavat kódol, de a fehérjékben
harmadlagos szerkezet:
a polipeptidlánc háromdimenziós
ennél többféle módosított változat is előfordulhat. feltekeredése, hajtogatódása,
melyet oldalláncok közötti
• A fehérjék jellemzőit a felépítő aminosavak sorrendje kölcsönhatások stabilizálnak

(különböző aminosavak eltérő kémiai jellemzőkkel bírnak!) és


a fehérje kialakuló 3D szerkezete határozza meg.
negyedleges szerkezet:
• A fehérje szerkezetnek 4 szintjét különböztetik meg (). több polipeptidláncból felépülő
fehérjék három dimenziós
szerkezete
• Összetett fehérjék nem aminosav természetű összetevőket is
tartalmazhatnak.
Betekintés a molekuláris biológia
eszköztárába
Rekombináns DNS technika

A molekuláris biológia módszereivel egy adott fehérjéről rendelkezésre álló információ


alapján a megfelelő a nukleinsavakról, vagy fordítva,
egy nukleinsav molekuláról meglevő információ alapján, a megfelelő fehérje szerkezetéről
és működésről adatokat szerezhetünk.

részleges
aminosav DNS génkönyvtár
szekvencia azonosítása szűrése
meghatározása

transzformálás klónozás GÉN vagy


FEHÉRJE gazda expressziós
sejtbe vektorba cDNS

Rekombináns DNS: két vagy több DNS molekula kombinációjával in vitro


előállított DNS változatot értünk.
Nukleinsavak izolálása
sejt lízis lúgos közegben detergens
jelenlétében

Nukleinsav izolálás (egy lehetséges módja)


lizátum tisztítása
• Sejtfal bontása enzimmel

• Sejt lízise detergenssel


DNS kötés szilika mátrixhoz

• RNS lebontása RNázzal vagy DNS bontása


DNázzal
mosás

• Fehérjék eltávolítása fenol/kloroform


extrakcióval
DNS eluálása az oszlopról

• Nukleinsav kicsapása etanollal

• Csapadék összegyűjtése centrifugában

• Feloldás gyakran alkalmazott eljárás a nukleinsav


kötő tisztító oszlopok használata
Nukleinsav koncentráció meghatározása fotometriásan

λ = 260 nm-nél (UV tartomány)


fényelnyelési maximum

Beer törvény:
A = -log(I1/I0) = ε l c

1 OD260 = 50 μg/ml dsDNS


1 OD260 = 40 μg/ml RNS

1 OD260 = 35 μg/ml ssDNS


DNS elválasztása gélelektroforézissel
DNS fragmentumok

A gélelektroforézis során
elektromos erőtérben futtatókád minta
vándorló töltéssel
rendelkező Minta felvitele agaróz vagy poliakrilamid gélre.
makromolekulákat Futtatás elektromos térben.

választanak el gél közegben. mintafelvivő zseb

gél mátrix
A nukleinsavak negatív tápegység
töltéssel rendelkeznek, ezért
a pozitív pólus (anód) felé pórusok
agaróz gél

migrálnak a gélben.

A gélelektroforézis méret
a molekulák méretükkel fordítottan arányosan
szerinti elválasztást tesz haladnak át a gélen
lehetővé, mivel a hosszabb
fragmentumok lassabban
migrálnak a gélben. • a gél agaróz vagy poliakrilamid
• az elrendezés lehet horizontális vagy
vertikális
DNS elválasztása gélelektroforézissel

zsebek (wells)

A gélben lévő DNS sávokat etidium bromid


(vagy más hasonló) interkalálódó festékkel molekulasúly egy futtatási DNS sáv
jelölik, ami UV fényben fluoreszkál. marker sáv (lane) (band)
DNS elválasztása gélelektroforézissel

Molekulasúly markerhez (DNS létra)


viszonyítva a fragmentumok mérete 20 kbp 2 kbp 0.2 kbp
és DNS tartalma meghatározható. A fragmentumok elmozdulása a gélben a molekulaméret
logaritmusával mutat lineáris összefüggést.
Enzimek és vektorok
A rekombináns DNS technológiában használt főbb enzim típusok

Polimerázok:
- DNS polimerázok: DNS szintézis DNS templátról
- RNS polimerázok: RNS szintézise DNS templátról
- Reverz transzkriptáz: DNS szintézis RNS templátról

Nukleázok:
- endonukleázok
- restrikciós endonukleázok: meghatározott felismerőhelynél hasító endonukleázok
- exonukleázok

Ligázok: foszfodiészter kötés létrehozása poli- és oligonukleotidok 5'-P és 3'-OH vége között

Végmódosító enzimek:
- Polinukleotid kináz: ATP g-foszfátját defoszforilált 5' véghez köti
- Alkalikus foszfatáz: 5' foszfát csoport lehasítása
Nukleinsav polimeráz enzimek

P P P OH

Általánosan jellemző rájuk, hogy egy már


meglévő nukleinsavat másolnak le.

OH P P P P P P P P P
Templátjuk (a másolandó minta nukleinsav)
egy egyesszálú nukleinsav szekvencia,
amelyet úgy másolnak le, hogy egy második
Polimeráz szálba minden nukleotidhoz egy vele
+ nukleotid báziskomplementer nukleotidot építenek
be.
P P P P P P P P P OH
A nukleinsav szál 3’-végi OH csoportjához
kapcsolják a beépítendő nukleotidot.
Ezért a szintézis mindig 5’ – 3’ irányba
halad.

OH P P P P P P P P P
DNS polimeráz

P P P OH

DNS függő DNS polimerázok.

Templátjuk: DNS

OH P P P P P P P P P A beépített nukleotidok: dNTP

Nem képesek lánckezdésre, csak egy


DNS polimeráz meglévő lánc folytatására.
+ dNTP A lánckezdő szekvenciát nevezik primernek.

P P P P P P P P P OH

OH P P P P P P P P P
Reverz transzkriptáz

P P P OH

RNS függő DNS polimerázok.

Templátjuk: RNS

OH P P P P P P P P P A beépített nukleotidok: dNTP

Nem képesek lánckezdésre, csak egy


reverz transzkriptáz meglévő lánc folytatására.
+ dNTP A lánckezdő szekvenciát nevezik primernek.

P P P P P P P P P OH
Az így szintetizált DNS szálat nevezik cDNS-
nek (complementary/komplenter DNS).

OH P P P P P P P P P
RNS polimeráz

DNS függő RNS polimerázok.

Templátjuk: DNS

OH P P P P P P P P P A beépített nukleotidok: NTP

Képesek lánckezdésre.
RNS polimeráz
+ NTP Az új RNS szál szintézise az ú.n. promóter
régiótól indul.
P
P P P P P P
P OH

OH P P P P P P P P P
Nukleázok

A nukleázok nukleinsavakat
bontanak úgy, hogy a nukleotidok
közötti foszfoészter kötést bontják
fel.

A hasítás érinthet egy szálat, vagy


dupla szálú nukleinsav esetén
mindkét szálat.
Nukleázok

Az endonukleázok a polinukleotid
láncon belül képesek hasítani, míg az DNS
exonukleázok csak a polinukleotid lánc
végeiről képesek eltávolítani
nukleotidokat. Endonukleáz Exonukleáz

pl.

DNaseI: ssDNS és dsDNS hasítására


képes endonukleáz

RNase A: endoribonukleáz

Nuclease P1: ssDNS és ssRNS specifikus láncon belüli hasítások nukleotidok eltávolítása
endonukleáz a láncvégekről

Exonukleáz VII: ssDNS specifikus 5’ és


3’ exonukleáz
Restrikciós endonukleázok

A restrikciós endonukleázok másnéven restrikciós enzimek


a rekombináns DNS technika során a DNS molekulák
elvágására használható olló szerepét töltik be.

A restrikciós enzimek jelentőségét a klónozásban az adja,


hogy a DNS-t szekvencia specifikusan hasítják. hasítás
Felismerőhelyük általában szimmetrikus palindrom
szekvencia. ragadós végek

A palindrom szekvenciák 5’-3’ irányban olvasva a DNS


mindkét szálán azonos bázissorrendűek.

5’-TTTAAA-3’ ez palindrom
3’-AAATTT-5’ A restrikciós felismerőhelyen az enzim
szimmetrikusan hasítja a DNS két szálát, ezzel
ragadós véget (sticky end, túlnyúló ssDNS szakasz)
5’-TTAATT-3’ ez nem palindrom vagy tompa DNS véget (blunt end, duplaszálú vég)
3’-AATTAA-5’ hozva létre.
Restrikciós endonukleázok

A hasítás eredményeképpen a nukleotidok


közötti észter kötés felhasad, de a foszfát
csoport az 5’ végen marad, ezért az így
létrehozott fragmentumok később
összekapcsolhatóak.

A túlnyúló egyes szálú végek egymást felismerik


(bázispárosodnak) ezért könnyebben
összekapcsolhatóak, mint a tompa végek.
Restrikciós endonukleázok

A létrejövő vég típusa attól függ, hogy az


Enzim Forrás Felismerőhely Létrejövő végek enzim a szimmetriaközépponthoz képest hol
5’ túlnyúló
hasítja a szekvenciát.

o középpontban: tompa vég


5’ túlnyúló
o középponttól 5’ irányba: 5’ túlnyúló
ragadós vég
5’ túlnyúló o középponttól 3’ irányba: 3’ túlnyúló
ragadós vég
3’ túlnyúló

3’ túlnyúló Minél hosszabb a felismerőhely (ált. 4, 6, 8


bp), várhatóan annál ritkábban hasít az
3’ túlnyúló enzim, annál hosszabb lesz a várt átlagos
fragmentum méret.
5’ túlnyúló
Randomom DNS szekvencia esetében a várt
átlagos fragmentum méret:
tompa
4felismerőhely hossza
5’ túlnyúló
DNS ligázok

Genomi DNS fragmentumok

Vektor DNS
A DNS fragmentumok összekapcsolását, a 3'-OH és
5'-P csoportok közötti kovalens kötések létrehozását
DNS ligáz (pl. T4 DNS ligáz) enzimekkel lehet
elvégezni.

a komplementer végek
bázispárosodnak

A DNS ligázok működésükhöz energia szolgáltató


kofaktort (pl. ATP) igényelnek, és csak tompa
végeket vagy egymással kompatibilis ragadós DNS
végeket képesek összekapcsolni.
T4 DNS ligáz
Rekombináns DNS - klónozás

új DNA inszert a vektror molekulához kapcsolva

vektor
DNS
molekula
DNS
fragmentum
ligálása
bejuttatás baktérium
sejtekbe (transzformáció)

felszaporítás

Baktérium kolóniák

a rekombináns DNS a
sejtekből nagy
mennyiségben
visszaizolálható
Klónozó vektorok

A klónozó vektorok biztosítják a rekombináns DNS szakasz gazdasejtben


történő fenntartását és szaporítását.

o plazmidok (extrakromoszómális elemek, önálló replikációra képes


cirkuláris DNS molekulák)

o vírus vektorok (pl. λ fág, M13 fág, adenovirus vektorok)

o kozmidok és fagmidok (cosmid, phagemid, kombinált plazmid / fág)

o mesterséges kromoszóma vektorok (BAC: bakteriális mesterséges


kromoszóma, YAC: élesztő mesterséges kromoszóma)
Plazmid vektorok

A plazmidok az egyik leggyakrabban használt


klónozó vektorok.
replikációs origó
Prokariótákra jellemző, a extrakromoszómális,
cirkuláris, duplaszálú DNS elemek.

A klónozó plazmidoknak a következő funkcionális plazmid


elemekkel kell rendelkezniük:

o replikációs origóval (DNS szintézis


kiindulópontja), így fennmarad a gazdasejtben
polylinker szelekciós marker
o számos restrikciós helyet tartalmazó polylinker (MCS) (antibiotikum rezisztencia)
(multiklónozó hely, MCS), hogy
összekapcsolható legyen az inszerttel

o szelekciós marker (általában antibiotikum


A plazmidok általában néhány ezer bázispár (max.
rezisztencia gén), ezáltal szelektálható
~15 kbp) DNS inszert hordozására alkalmasak.
(felismerhető) a vektort tartalmazó sejt
Fragmentum ligálása vektorba
Klónozás plazmid vektorral

rekombináns DNS
létrehozása

vektor DNS fragment


transzformálás
gazdasejtbe (E. coli)

a plazmid
felszaporodik a gazdasejtben

A szelekciós markert tartalmazó plazmidot


hordozó sejtek túlélnek és osztódnak.

A nem transzformált sejtek a


A plazmidot hordozó sejtek utódaiból szelektív táptalajon
kolóniák jönnek létre. elpusztulnak.

szelektív (antibiotikumot tartalmazó)


táptalaj kolóniákkal
Klónozás plazmid vektorral

E. coli kolóniák szelektív


(antibiotikum tartalmú) táptalajon.

A táptalaj üres felszínén


elpusztultak a sejtek, mert nem
hordozták a rezisztenciát biztosító
plazmidot.

Minden egyes kolónia 1-1 sikeresen


transzformált (antibiotikum elleni
rezisztenciát biztosító plazmidot
felvett) E. coli sejt utódainak
tömege.

gyakran használt antibiotikumok:


ampicillin, kloramfenikol, kanamicin
λ-fág vektorok

A λ-fágok E. colit fertőző, mintegy 49 kbp dsDNS-t tartalmazó bakteriofágok.

Lítikus és lizogén életútra is képesek.


λ-fág vektorok

A λ-fág alapú vektorokban a fág lizogén


életútjának szabályozásáért felelős DNS
szakaszt távolítják el, helyére idegen DNS-t
lehet klónozni.

Az így létrehozott, megfelelő méretű


rekombináns DNS fág fejbe pakolható.

E. coli sejteket fertőzve a rekombináns DNS


a megfertőzött sejtekben szaporodik fel, a
fertőzés helyén ú.n. tarfoltok (plakk)
jönnek létre.
Klónkönyvtárak
Génkönyvtárak

A génkönyvtár egy adott genomot reprezentáló klón gyűjtemény.

humán kromoszómális DNS Kellően nagy számú rekombináns plazmidot előállítva, a kiindulási
hasítás restrikciós DNS minden darabja megvan rekombináns molekulában.
endonukleázzal

Ha egy sejtbe bejut egy rekombináns molekula, az abban öröklődik


és a klónt alkotó minden utódsejtben meglesz.

genomi DNS fragmentumok A klónok összessége a kiindulási DNS-t reprezentáló génkönyvtárat


DNS fragmentumok alkotja.
ligálása vektorba

rekombináns DNS

baktériumok A génkönyvtárból a vizsgálni kívánt DNS szakaszt tartalmazó klónok


transzformálása
kolónia hibridizációval azonosíthatóak.

genomi DNS könyvtár


cDNS könyvtárak

RNS
kiindulási szövet pucolás A cDNS könyvtár egy adott transzkriptómot reprezentáló
minta klón gyűjtemény.
tisztítás oligo-dT oszlopon
mRNS

hibridizálás oligo-dT Reverz transzkriptáz (RNS függő DNS polimeráz)


primerrel
segítségével RNS templátról DNS másolat (cDNS)
készíthető, ez klónozó vektorban fenntartható.
első DNS szál szintézis
reverz transzkriptázzal
Tisztított mRNS mintából készített cDNS-ek a gének
transzkriptumait kódolják, intronok nélkül
RNS degradálása → cDNS klónról baktériumban is termeltethető eukarióta
RNase H-val fehérje

A sejt mRNS-einek összességét reprezentáló cDNS klónok


második DNS szál szintézise
összességét nevezzük cDNS könyvtárnak
DNS polimerázzal

duplaszálú cDNS másolat az eredeti mRNS-ről


Genom könyvtárak és cDNS könyvtárak összehasonlítása
kromoszómális DNS
gén A gén B gén A gén B

exon intron nem átíródó transzkripció


DNS

RESTRIKCIÓS EMÉSZTÉS RNS


transzkriptumok

DNS fragmentumok RNS


splicing

mRNS mRNS
DNS KLÓNOZÁS
REVERZ TRANSZKRIPCIÓ ÉS
cDNS KLÓNOZÁS

genomi DNS klónok a genomi DNS cDNS klónok a cDNS könyvtárban


könyvtárban
Polimeráz láncreakció (PCR)
Polimeráz Láncreakció (PCR)

gének

PCR

A Polimeráz Láncreakció (PCR) egy adott DNS szakasz klónozás nélküli, in vitro
felszaporítására alkalmas eljárás.
Polimeráz Láncreakció (PCR)

Két ismert szekvencia közötti DNS in vitro


felszaporítására alkalmas eljárás.

A polimeráz láncreakció során az


oligonukleotid (ssDNS) primerek által
közrefogott DNS szakaszt
kiindulási hőstabil DNS polimeráz segítségével
templát DNS exponenciálisan szaporítjuk fel.

Láncreakció, mert a létrejövő termék a PCR


következő ciklusában már maga is
templátként szolgál.

ciklusszám: 1 2 3 …n A PCR során a DNS mennyisége


ciklusonként megduplázódik.
termék mennyiség: 21=2 22=4 23=8 2n

A polimeráz láncreakcióval in vitro szaporítható fel egy meghatározott DNS szakasz!


Polimeráz Láncreakció (PCR)

Szükséges reagensek:
A PCR ciklusokba szervezett, egy ciklus 3 lépésből áll:
o templát DNS
5’-ATTGCGTGAACAGTGCTGACGGTTGCACCTG-3’ o hőstabil DNS polimeráz
3’-TAACGCACTTGTCACGACTGCCAACGTGGAC-5’

95 ˚C
o szintézis indító oligonukleotidok
(primerek)
5’-ATTGCGTGAACAGTGCTGACGGTTGCACCTG-3’
denaturáció
o dNTP
a templát szálai elválnak
egymástól
3’-TAACGCACTTGTCACGACTGCCAACGTGGAC-5’

50-60 ˚C A primerek a felszaporítani kívánt DNS


PCR ciklus
5’-ATTGCGTGAACAGTGCTGACGGTTGCACCTG-3’
ismétlése molekula 3' irányba eső szakaszaival
annealing 25x – 40x
3-ACGTGGAC-5’ komplementer egyes szálú
a primerek hibridizálnak a
ssDNS templáthoz 5’-ATTGCGTGAA-3 oligonukleotidok.
3’-TAACGCACTTGTCACGACTGCCAACGTGGAC-5’

72 ˚C
A hőstabil DNS (pl. Taq) polimeráz a
5’-ATTGCGTGAACAGTGCTGACGGTTGCACCTG-3’
elongáció 3’-TAACGCACTTGTCACGACTGCCAACGTGGAC-5’ primerektől indulva építi be a dNTP-ket egy
a primerektől kiindulva 5’-ATTGCGTGAACAGTGCAGACGGTTGCACCTG-3’
három lépésből álló, ciklikus reakcióban.
megtörténik a szintézis 3’-TAACGCACTTGTCACGACTGCCAACGTGGAC-5’
Hibridizációs technikák
Nukleinsav hibridizáció
minta 1 minta 2

Egyesszálú nukleinsavak megfelelő körülmények között a


bázispárosodás szabályainak megfelelően, specifikusan
összekapcsolódnak velük komplementer szekvenciájú hőkezelés hatására felbomlanak a
hidrogén hidak
egyesszálú nukleinsavakkal.

Ezt a jelenséget hibridizációnak nevezzük.

Ez a kapcsolódás annál erősebb (ΔG alacsonyabb, Tm összekeverést és visszahűtést


követően komplementer
magasabb), minél kisebb a két komplementer nukleinsav szakaszok hibrideket képeznek

szakaz közti szekvencia eltérés.

A hibridizáció felhasználható megadott szekvenciájú minél hasonlóbb a két


szekvencia, annál
nukleinsavak specifikus kimutatására. Ehhez jelölt kevesebb a báziseltérés
és stabilabb a létrejövő
hibrid
próbákat használnak.
Southern blot

A Southern blot során az emésztett DNS fragmentumokat agaróz gélen méret


szerint elválasztják, majd a gélből a DNS fragmentumokat membránra blottolják
DNS (viszik át), a DNS molekulákat denaturálás után jelölt hibridizációs próbával
mutatják ki.
hasítás restrikciós enzimmel
gél nitrocellulóz membrán autoradiogramm

filter nitrocellulóz hibridizálás jelölt


Elektroforézis

papír gél DNS vagy RNS


próbával

DNS átvitele a gélről


a membránra kapilláris hatással

Northern blot
Hasonló módon működő módszer RNS szakaszok azonosítására
• RNS molekulák méretének meghatározása (pl. splicing variánsok)
• RNS molekulák mennyiségének meghatározása
Southern blot
Kolónia hibridizáció

A kolónia hibridizáció alkalmas arra,


hogy egy táptalaj felszínén található
bakteriális kolóniák között azonosítsuk
azokat, amelyek hordozzák a jelölt
próbával komplementer DNS szakaszt.

A jelnek megfelelő kolónia izolálható és


tovább szaporítható.
DNS microarray

minta A minta B
A DNS microarray egy nagy áteresztőképességű
módszer több ezer féle nukleinsav egyidejű
vizsgálatára hibridizációs módszerrel.

Üveg felületre négyzethálósan rögzített próbákhoz


zöld festék piros festék (chip) hibridizálnak fluoreszcens festékkel jelölt
reverz transzkripció nukleinsavakat.
fluoreszcensen jelölt
dNTP-vel
mix
Egyszerre több ezer nukleinsav jelenlétének és
a jelölt cDNS-ek
hibridizálnak a
hibridizálás DNS chip-hez mennyiségének tesztelésére alkalmas.
génhez
mosás
A rögzített próba lehet oligó, cDNS; felhasználástól
zöld és piros fluoreszcencia mérése függ.

Felhasználható
o Transzkriptomikai vizsgálatokhoz
egyedi géneket reprezentáló szekvenciák
o Variáns analízishez
felülethez rögzítve o Funkcionális genomikai vizsgálatokhoz
DNS bázissorrendjének meghatározása

DNS szekvenálás
DNS szekvenálás technológia generációi

Sanger / kapilláris szekvenálás NGS szekvenálás Long-read szekvenálás


kevés leolvasás legtöbb leolvasás Közepes mennyiségű leolvasás
400 – 1000 bp hosszúságú rövid leolvasások (50-500 bp) leghosszabb leolvasások (akár 100 kbp)
leolvasás egyedi DNS molekulák szekvenálása
DNS szekvenálás : Sanger módszer
A DNS szekvenálás első módszereit az 1970-es évek végén dolgozták ki.

A Maxam-Gilbert szekvenálás DNS szálak specifikus hasításán majd ezt követő gélelektroforézisen;
az elterjedtebbé vált Sanger szekvenálás DNS szintézisen majd ezt követő gélelektroforézisen alapult.

A kapilláris szekvenálás a
Sanger-szekvenálás
jelenleg is alkalmazott Kapilláris gélelektroforézissel
A primertől indulva a DNS A szintézis a lánctermináló
formája. meghatározzák, hogy a szál
polimeráz DNS szálat nukleotidoknál elakad, a szál
szintetizál fluoreszcensen jelölt lesz melyik pozíciójában milyen
A reakcióban összemérik a nuklainsav bázis található
• DNS-t,
• DNS polimerázt,
• primert,
• nukleotidokat (dNTP),
• és kis koncentrációban
fluoreszcensen jelölt
lánctermináló
nukleotidokat.
Kapilláris szekvenálás

Kapilláris szekvenátorok
Újgenerációs szekvenálási eljárások (NGS)

A 90’-es évek közepétől kifejlesztett (2000-es évek közepétől piacra


került) szekvenálási eljárások

egyedi szekvenálási reakciók termékeinek


elektroforetikus elválasztása helyett (mint a Sanger)

párhuzamosan történik 106 - 109 féle DNS molekula


szekvenálása
- klonálisan amplifikált (vagy egyedi) DNS molekulák
szekvenálása történik
- térben elkülönülnek egymástól a szilárd hordozóhoz
rögzítette DNS klónok
- 1 futás alatt több száz Mbp – több száz GBp
szekvencia információ
Illumina NGS szekvenálás
Szilárd felülethez kötött több millió klaszterek létrehozása után azokat előkészítik a szekvenáláshoz, majd
szekvenáló primert hibridizálnak a 3’ oldali adapterhez (a DNS fragmentumok végéhez kapcsolt ismert szekvenciájú
DNS szakasz), és megkezdődik a szekvenálás.

Szekvencia meghatározás DNS szintézis során történik fluoreszcensen jelölt reverzibilis lánc terminátor
nukleotidokkal.

A-T A-T A-T A-T Mind a 4-féle jelölt nukleotidot egyszerre


T-A T-A T-A T-A adják a reakcióba (jelöletlen nukleotidot
G-C G-C G-C G-C nem).
T-A A T T-A A T-A T-A
C G T
C-G C-G C-G C-G Minden ciklusban detektálják az abban a
C-G C-G G C-G C-G ciklusban beépült egyetlen nukleotidot.
G G C G C G-C
A A A A A DNS szekvenciát a ciklusok sorozatában
T T T T megjelenő fluoreszcens fény színsorozata
T T T T adja meg.
G G G G
A A A mosás; A
reagensek nukleotid beépítése szignál detekció; új ciklus
hozzáadása fluorofór és blokkoló
csoport eltávolítása
Long-read szekvenálás

A DNS szálait egy motor fehérje szétválasztja, Minden nukleinsav bázis jellemző
Nanopórus és egy póruson keresztül átjuttatja egy biológiai csökkenést idéz elő az ionáramban, ami
szekvenálás membrán pozitív oldalára alapján a szekvencia kikövetkeztethető

jellemző
ionáram ionáram
változás

DNS bázis
Immunkémiai technikák
Polyklonális és monoklonális ellenanyagok

Fehérjék specifikus kimutatására leggyakrabban ellenanyagokat használnak fel.


Minden érett B lymphocita egyféle ellenanyagot termel.
Az immunválasz során többféle B sejt is klonálisan felszaporodik melyek az antigén eltérő
epitópjait ismerhetik fel.

Polyklonális ellananyagok Monoklonális ellananyagok

Az antigént felismerő több B sejt Egy B sejt klónjai által termelt


klónjai által termelt ellenanyag ellenanyag.
keverék.
Egyféle epitópot ismernek fel -
Ig 1
Az antigén többféle epitópját homogén jellemzők.
E1
ismerhetik fel - eltérő specifitású
ellenanyagok keveréke. Ig 4 E4 Ig 2 Előállítás:
antigén E2
hibridómában (1975 Köhler &
Előállítás: E3 Milstein)
immunizált állatból szérum, vagy Ig 3
tisztított ellenanyag
Fehérjék elválasztása méret szerint: SDS-PAGE

Nativ körülmények között a fehérjék futási


sebessége elektroforézis során töltésüktől és
méretüktől is függ.
fehérjék denaturálása,
redukálás b-merkaptoetanollal

A fehérjék méret szerinti elválasztásához a


fehérjéket SDS-es (Na-dodecilszulfát) pufferben
denaturálják, így azonos (negatív) felületi töltést
vesznek fel.
az SDS sztöchiometrikusan
SDS kötődik a fehérjékhez

Az így kezelt mintákat poliakrilamid gélben


futtatják meg.
az azonos felületi töltés miatt a fehérjék futási sebessége
a gélben csak méretüktől függ: a kisebb fehérjék
gyorsabban, a nagyok lassabban futnak
Fehérjék kimutatása immunoblottal (Western blot)

Az SDS-PAGE-dzsel elválaszott fehérje mintákat membránra viszik át, majd a fehérje jelenlétét megfelelő (az adott
fehérjére specifikus) ellenanyag segítségével mutatják ki.

Elektroforézis / transzfer Színreakció


Detekció antitesttel

SDS - poliakrilamid gél membrán inkubálás enzim reakciója


elsődleges inkubálás kromogén
ellenanyaggal enzimkötött szubsztráttal
másodlagos
ellenanyaggal
Direkt detekció: az antigén elleni (elsődleges) ellenanyag van megjelölve, a detekció közvetlen

Indirekt detekció: az elsődleges ellenanyagot felismerő másodlagos ellenanyag jelölt (izotóppal, fluoreszcensen
vagy kapcsolt enzimmel).
A másodlagos ellenanyag az elsődleges ellenanyagot termelő állatfaj immunoglobulinjára specifikus.
Előnyei: érzékenyebb; nem kell minden ellenanyagot jelölni; nincs veszélye az elsődleges ea. specifitásváltozásának
Fehérje kimutatása immunoprecipitációval

Az ellenanyag felhasználható arra, hogy az antigénjét oldatból (pl


sejt lizátum) kicsapjuk.

Ha az imunoprecipitátum oldhatatlan, az oldatból centrifugálással


összegyűjthető.

gyöngy
Amennyiben vízben oldhatatlan csapadék nem jön létre, az
ellenanyag-antigén komplex szilárd hordozóhoz kötött ellenanyag
kötő fehérjékkel (protein A, protein G) tisztítható.

Az immunoprecipitált fehérje SDS-PAGE-en vizsgálható.


Fehérje kimutatása immunoprecipitációval

Fúziós fehérje pull-down Co-immunoprecipitációval

A vizsgálni kívánt fehérjét klónozzák, fúziós fehérjeként Az ellenanyag - antigén komplexszel együtt az antigénnel
expresszálják egy protein tag-gel. kölcsönható fehérjék is kikötődnek.

A protein tag-et kötő mátrixhoz a fúziós fehérje, és az Mosás és eluálás után SDS-PAGE, partnerek azonosítása
azzal kölcsönható fehérje partnerek is kikötődnek. rájuk specifikus ellenanyaggal.

Mosás és eluálás után SDS-PAGE, partnerek azonosítása


rájuk specifikus ellenanyaggal.

pl. GST tag - glutathion mátrix


His tag - Ni mátrix

kölcsönható
partnerek

gyöngy
gyöngy
Elolvasandó

Nyitray László és Pál Gábor: A biokémia és molekuláris biológia alapjai


(ingyenes on-line, írják be google-be)

19 - 19.2.4.3. (497-509 oldal)


19.2.5 – 19.5.3 (512-523 oldal)
Vége

Köszönöm a figyelmet!
A citoszkeleton (sejtváz) szerveződése
A citoszkeletális rendszerhez köthető funkciók

2023.
A citoszkeleton szerepe

Fehérje polimerekből felépülő citoplazmatikus hálózatok összessége

Szerep/feladat:
- a sejt szilárdítása („váz”, a membránhoz és az extracelluláris mátrixhoz kapcsolódva)
- a sejten belüli mozgások (aktívan és passzívan) és anyagtranszport lehetővé tétele
- a sejtmozgás megvalósítása és a sejtalak meghatározása

A sejtmozgások (izom összehúzódás, leukociták migrációja, sejtfeszíni képletek mozgása, alakváltozás, osztódás,
kromoszómák elmozdulása, vezikuláris transzport, stb) létrejöttében a citoszkeleton aktívan két mechanizmussal vesz részt:

- a mozgás a mikrotubulusok vagy mikrofilamentumok átrendeződésének (polimerizációjának és depolimerizációjának)


eredményeként jön létre, vagy

- a mozgás/elmozdulás mikrotubulusokkal és mikrofilamentumokkal kapcsolódó motorfehérjék (mechanoenzimek)


aktivitásának eredménye
A citoszkeleton szerveződése

A citoszkeleton alkotói (három fő filamentum típus):


mikrofilamentumok/aktin filamentumok (5-8 nm)
intermedier filamentumok (10 nm)
mikrotubulusok (24 nm)
+ a filamentumokat egymáshoz, a plazmamembránhoz vagy más organellumhoz kapcsoló járulékos fehérjék.

A különböző filamentumok közös vonásai:

1, pár nm-es alegységekből épülnek fel az akár az egész sejtet átérő, hosszú filamentumok
2, dinamikus struktúrák: folyamatos fel- és leépülés jellemzi őket, gyorsan válaszolnak a környezeti ingerekre (kiv. intermedier filam.)
3, az alegységek nem kovalens kötésekkel kapcsolódnak egymáshoz (kiv. egyes intermedier filamentumok!)
4, az alegységekből képződő „egysoros” protofilamentumok laterálisan kapcsolódnak egymáshoz, így ellenállóbbak a polimerek
Mikrofilamentumok (aktin citoszkeleton)

• aktin monomerekből felépülő aktin polimer szálak két láncának helikális felcsavarodásával jön létre
• minden eukarióta sejtben megtalálható
• behálózza az egész sejtet, plazmamembrán alatt a legkoncentráltabb

Szerepe:
• sejtalak meghatározás és sejtmozgás
• Sejtek egymáshoz és az ECM-hez kapcsolása
• kölcsönhatása a miozinnal kontrakciót eredményez
(stress fibers – kontraktilis kötegek, contractile ring – sejtosztódáskor a két leánysejt elkülönülése)
• átrendeződése a sejt alakjának megváltozását eredményezi

stressz
fibrillumok

mikrovillusok
(apikális membrán)

harántcsíkolt
izomszövet
szarkomer
Mikrofilamentumok (aktin citoszkeleton)
• a legnagyobb mennyiségben előforduló fehérje eukarióta sejtekben (izomsejtekben az összfehérje 10%, más sejtekben 1-5%)
• evolúciósan az egyik legkonzerváltabb fehérje; 43 kDa, 375 AS.
• emlősökben több aktin gén:
-aktin (izomsejtekben; mindegyik jellemző egy-egy izom típusra)
- és -aktin (nem-izom sejtekben is megtalálhatóak)

Az aktin a sejtben két formában fordul elő:


• G-aktin (globuláris aktin) – a filamentum monomere
o két globuláris lebeny közöttük egy ATPáz zseb (igény: Mg 2+)
o ATP vagy ADP kötött állapot

• F-aktin (filament aktin, polimer)


o A G-aktin monomerek fej-farok illeszkedéssel kapcsolódnak,
így a képződő protofilamentumnak polaritása van
o Két protofilamentum egymás körüli szoros feltekeredésével
jön lére akettős helikális szerkezetű aktin filamentum (F-aktin)
o Minden alegység négy további alegységgel hat kölcsön
Aktin filamentum polimerizáció és depolimerizáció

Az aktin filamentum feladatainak betöltéséhez szükséges:


• a folyamatos átrendeződés
• a filamentumok növekedése és rövidülése, kötegek és hálózatok újrarendeződése

A filamentumok növekedése és rövidülése


Függ:
Monomer koncentrációja – kritikus koncentráció (Cc)
• magasabb monomer konc. –> növekedés
• alacsonyabb monomer konc. –> rövidülés

Az ATP csökkenti a + vég növekedéséhez szükséges kritikus monomer koncentrációt.


A polimerizációt követően az ATP lassan ADP-re hidrolizál.

A filamentum polaritással rendelkezik: ATP-aktin ADP-aktin

+ vég: gyorsabb a növekedés


- vég: rövidülés
Az aktin filamentumok dinamikája

a). Az ATP-G-aktin alegységek hozzáadása gyorsabb a (+) végen, mint a (–) végen, viszont a G-aktin
disszociációjának mértéke hasonló. Ez a különbség alacsonyabb kritikus koncentrációt okoz a (+) végen.
b). Az egyensúlyi állapotban, az ATP-G-aktin alegységek jobban preferálják a (+) véget, míg az ADP-G-aktin
alegységek a (–) végről szerelődnek le.

A ledisszociált ADP-G-aktin monomerek ADP -> ATP cserét követően újra felhasználódhatnak polimerizációra
(De! nagyon lassú az ADP-ATP csere, így nem jellemző a dinamikus instabilitás).

Taposómalom mechanizmus: A filamentum mérete alapvetően nem változik meg, de a dinamikus átrendeződés
eredményeként az újonnan beépülő alegységek folyamatosan tolódnak a (-) vég felé, míg végül leválnak onnan.
Az aktin filamentumok elrendeződése a sejtekben

• kötegekben (szorosan pakolt, párhuzamosan futó filamentumok) és


• hálózatban (egymást keresztező, lazán pakolt filamentumok)
- a plazmamembránnal párhuzamosan: cortex
- háromdimenziós: behálózza a teljes citoplazmát

Mi teszi lehetővé, hogy sok eltérő elrendeződésű és változó stabilitású filamentum jöjjön létre?
Aktint-keresztkötô-fehérjék (a kötegekben és hálózatokban az aktin fil.-okat kapcsolják össze)
• két aktint-kötô rész, amit különböző hosszúságú fehérjerészlet kapcsol össze (pl. -actinin)

Membrán-mikrofilament-kötô fehérjék
• a membránhoz kapcsolják a kötegeket és a hálózatot
• integráns vagy azokhoz kapcsolódó periferikus membrán fehérjék
(pl. izomsejtekben: a distrophin, vvt-kben: spectrin)
Aktin-kötő fehérjék a sejtben
Az aktin filamentum motorfehérjéje, a miozin
A mozgások nagyobb részében azonban az aktin nem önmagában a polimerizáció-depolimerizációval vesz részt, hanem az ATP
hidrolízis során felszabaduló energiát mozgási energiává alakító mechano-enzimekkel, a miozin motor fehérjékkel kölcsönhatva.

mechanokémiai enzim:
• ATP hidrolízist konformáció változásokhoz kapcsolva történik az elmozdulás
• minden eukarióta sejtben jellemzőek (fehérje szupercsalád)
• a miozin II az izom kontrakció és citokinezis motorja
• ugyanakkor az I és V miozinok a vezikulumok transzportjában játszanak szerepet
• a legtöbb miozin + vég-motor (az aktin filamentum + vége felé halad)

Miozinok szerkezete:
• nehéz és több könnyû lánc, három domén
• fej rész: aktin és ATP-kötô hely, felelős az erő generálásáért
• nyak rész: a fejrész aktivitását szabályozza
• farok rész kapcsolódás membránhoz vagy másik miozin molekulához (miozin dimer vagy miozin filamentum)
A mikrotubulus rendszer

A legtöbb eukarióta sejt citoplazmáját behálózó, akár többszáz mikrométer hosszú csőszerű képződmény.

csillók (keresztmetszet)
Funkciói:
• intracelluláris transzport irányítása (vezikulák mozgása)
• membránnal borított sejtalkotók pozícionálása
• csillók, flagellumok mozgatása
• kromoszóma párok sejtosztódáskor való szétválasztása

lumen
(üreg)

50 nm

A mikrotubulusok főbb jellemzői:


• 24 nm átmérő, hosszú, viszonylag merev, üreges, csőszerű képződmények
• merevebbek, mint az aktin filamentum
• a centroszómából kiindulva sugarasan hálózzák be a sejtet
• a mikrotubulusok is rendelkeznek polaritással
• motorfehérjéi révén sejtmozgásban, anyagtranszportban fontos szerep
A mikrotubulusok felépítése

Építőkő: globuláris - és -tubulin monomerekből felépülő tubulin heterodimerek


Egy-egy tubulin heterodimer 8 nm hosszú, két GTP-t köt.

-tubulin: az alfa-beta tubulin dimerek polimerizációját nukleálja


MTOC (microtubule organizing center) felépítésében vesznek részt

Heterodimerek: nem kovalens kölcsönhatás, fej-farok kapcsolódás


• -tubulin – GTP kötés (irreverzibilis, nem hidrolizálja a GTP-t)
• -tubulin – a megkötött GTP-t GDP-re és foszfátra (Pi) hidrolizálja (GTPáz)

A tubulin heterodimerek protofilamentumokat alkotnak


• az - tubulin heterodimerek fej-farok elrendeződésben, nem kovalens módon kapcsolódnak

A laterálisan összekapcsolódó protofilamentumok hozzák létre a csőszerű mikrotubulust.


Mikrotubulusok: 13, laterálisan összekapcsolódó protofilamentum

Mivel dimerek összekapcsolódása mindig azonos irányultságú, ez filamentum polaritást eredményez.


+ végen: -tubulin
– végen: -tubulin
A mikrotubulusok dinamikus instabilitása
A mikrotubulusok elhelyezkedése a sejtben nem véletlenszerű:
• a (–) végükkel a mikrotubulus organizáló központból (MTOC,
centroszóma) „nőnek ki”, sugárszerűen behálózzák a sejtet, és
a (+) végeik a plazmamembrán felé néznek

• ez az elrendeződés és a mikrotubulusok polaritása esszenciális MTOC


a normál sejtműködéshez (pl. irányított anyagtranszport)

A mikrotubulusokra jellemző a dinamikus instabilitás:


gyors oszcilláció a polimerizáció és a depolimerizáció között

• a GTP-kötött tubulin dimerek összekapcsolódnak, majd a polimerhez adódott


dimerben a GTP GDP-vé hidrolizál

• a GTP-kötött forma a rapid polimerizációnak, míg a GDP-kötött alegységek a


gyors depolimerizációnak kedveznek

• mind a polimerizáció, mind a lebomlás a (+) végen történik gyorsabban


A mikrotubulusok dinamikus instabilitása

A dinamikus instabilitás fázisai


Mikrotubulus növekedés (polimerizáció): a tubulin dimerek gyorsabban adódnak a mikrotubulushoz, mint ahogy a GTP hidrolízis
végbemegy  a (+) végen létrejön egy „GTP-sapka” (stabil szerkezet)

Ha a GTP hidrolízis gyorsabb, mint az új alegység bekapcsolódása, akkor elindul a mikrotubulus depolimerizáció
 katasztrófa („kirojtolódik” a mikrotubulus, megszűnnek a laterális kölcsönhatások, majd disszociálnak a GDP-tubulin alegységek)

Megmenekülés (rescue): a GTP-tubulin dimerek


kapcsolódása rekonstruálja a GTP-sapkát a (+)
végen
Mikrotubulusokhoz kötődő fehérjék

A mikrotubulusok esetén is ismertek olyan fehérjék, melyek:


- befolyásolják a filamentum stabilitását
- keresztkötik/kötegelik a mikrotubulusokat
- „eltörik” a filamentumot
- a tubulin dimerek megkötésével gátolják a polimerizációt

mikrotubulus

MAPs: microtubule-associated proteins


Mikrotubulusok a sejtosztódás során: húzófonalak formálása

Mitózis során a kromoszómapárok szegregációját a mikrotubulus húzófonalak biztosítják.


Anafázis: az egyenlítői síkba rendeződött kromoszómapárok kapcsolódnak a húzófonalakhoz, a
testvérkromatidákat összekötő fehérjék elhasadnak, és a kromoszómák eltávolodnak egymástól.

metafázis anafázis

asztrális, kinetochor és poláris mikrotubulusok


A mikrotubulusok motorfehérjéi I.: kinezinek

Kinezinek: nehéz és könnyû láncok dimerjeiből felépülő tetramerek.

Három domén: egy pár nagy globuláris fej rész


egy coiled-coil alfa-helix nyél rész
egy pár kisebb globuláris farok

A fej rész mikrotubulust és ATP-t köt: erőt-generáló motor aktivitás


A farok rész kötődik a transzportált vezikulum membránhoz, a nyél rész a fejet tartja
kellő távolságra a vezikulum membrántól.

A kinezin a - végtôl a + vég irányába mozog a mikrotubulus mentén


(plazmamembrán felé)
anterográd axonális transzport: a sejttestbôl az axonvégekbe történő szállítás

Kinezin fehérje család (12 féle)


• citoszolikus kinezinek: a vezikula transzport
• kinezin-szerű fehérjék (KRP) a mitotikus orsó, kromoszóma mozgatása
A mikrotubulusok motorfehérjéi II.: dyneinek

Dyneinek: a - vég irányába elmozduló motor fehérjék (membrán felől MTOC felé)

Retrográd axonális transzportban (szinapszistól a sejttest felé) és endocitotikus vezikulumok transzportjában vesznek részt.
Rendkívül nagy (MW  1 000 000), multimer fehérjékből álló szupercsalád.
Felépítésük: fej, nyél és farok domének

Két nagy csoportjuk: Citoszolikus és axonémális (flagellár)


A csillók szerkezete, mozgása

5-10 m-es, csapkodó mozgásra képes sejtnyúlvány

A csillók szerveződése

• 9 db széli mikrotubulus pár (A és B mikrotubulus) +


középen 2 db mikrotubulus (9x2 + 2 elv)
• A csilló mikrotubulusok stabilak (módosított tubulin)
• Mozgatás: dynein motorfehérjékkel

• „A” mikrotubulus: szabályos mikrotubulus (13 protofilamentumból)


• „B” mikrotubulus: 10-11 protofilamentum
+ ráfekszik az „A” mikrotubulusra („félhold”)

Csillók mozgása:
a széli mikrotubulus párokat rugalmas nexin fonalak kapcsolják össze.
A dynein fejek elmozdulása elcsúsztatja a szomszédos mikrotubulus párt,
azonban az elcsúszást korlátozzák az összeköttetések, így a csilló meghajlik.
Intermedier filamentumok (IFs)

• elnevezés az átmérő alapján: 10 nm Neuronális IF-ok Epiteliális IF-ok


• a soksejtű élőlényekben általánosan jellemzőek
• az egyes IF típusok egy bizonyos sejttípusra jellemzőek
• behálózzák a citoplazmát – hálózatot, kötegeket alkotnak
• sok IF: epidermális sejtekben és axonokban
• nincs polaritás, nincs motorfehérjéje

Funkciójuk: szerkezeti - sejt szilárdítása


• mechanikai ellenállóképesség biztosítása
• rendkívül stabilak, sejtkapcsoló struktúrát, sejt mátrix kapcsolatot
építenek fel
• nem kötnek nukleotidokat, kevésbé dinamikusan változó struktúrák,
mint a másik két filamentum, elhajlítani könnyebb őket, mint elszakítani
A nukleáris laminát
felépítő IF-ok

Keratin epitéliális sejtben


Az intermedier filamentumok szerkezete

α-helikális fonálszerű alegységekből kötélszerű szerkezetek jönnek létre


Monomer: lineáris fehérje, centrális -helikális régió, N és C terminális globuláris domén

Szerveződés:
• dimerek: az -helikális részek kölcsönhatásával (coiled-coil)
• tetramerek: dimerek laterálisan kölcsönhatnak (ez a tulajdonképpeni IF építőkő!)
• protofilamentum: tetramerek vég a véghez kapcsolódnak (2 nm)
• protofibrillum: protofilamentumok laterálisan kölcsönhatnak
• intermedier filamentum: négy protofibrillum kapcsolódik (10 nm)

antiparallel tetramer

protofilamentum

intermedier filamentum
protofibrillum
Intermedier filamentumok típusai

IF típus IF név Elhelyezkedés


Nukleáris Lamin Sejtmaghártya belső felén
Savas és bázikus
keratin Epithelsejtekben és származékaikban
Epitheliális
(haj, köröm, stb.)

Vimentin
Számos mesenchymalis sejtben

Vimentinszerű Dezmin Izomban


GFAP Gliasejtekben
Periferin Egyes neuronokban
Neurofila-
Axonális mentumok Neuronok
Intermedier filamentumok: laminok, keratinok

Laminok

• Sejtmagi lokalizáció
• A sejtmaghártyát belülről borító nukleáris lamina-t
alkotják
• „Rácsos szerkezet”, kromoszómák, magmembrán
pórusok kihorgonyzódnak hozzá

Savas és bázikus keratinok:

• heterodimerek, egy-egy arányban savas és bázikus polipeptidekből


• epitheliális sejtekben, sejt-sejt és sejt-mátrix kapcsolódások helyeinél
• „kemény” epitheliális szövetekben (köröm, haj, gyapjú)
• diszulfid hidak is erősítik a filamentumban az alegységek kapcsolódását
• cytokeratinok: a test belsô üregeit határoló epithéliumok jellemzői
A citoszkeletális rendszerre ható mérgek, toxinok

név Hol található? Mire hat?

phalloidin Gyilkos galóca Aktin depolimerizáció


gátlás
cytochalasin Helminthosporium sp. Sapka az aktin fil. + végen

latrunculin Latrunculia sp. (szivacsok) Aktin monomert köt, nincs


polimerizáció
taxol tiszafa Mikrotubulus
depolimerizáció gátlás
kolchicin Őszi kikerics Tubulin monomert köt,
nincs mikrotubulis
Vinblastin, vincristine Meténgfélék (kis télizöld) polimerizáció
Az eukarióta sejt membránjai

Tankönyvi fejezetek az anyagrész megértéséhez:

A sejtbiológia alapjai (ELTE); tankönyvtár – elektronikusan


elérhető

- A sejtváz
- A mikrotubulus váz
- Az aktin váz
- Motorfehérjék
- Az intermedier filamentumok
A pro- és eukarióta sejtek szerveződése
A fontosabb eukarióta sejtorganellumok

A biológiai membránok szerkezete


Membrántranszport folyamatok

2023.
A pro- és eukarióta sejt szerveződése

Prokarióta Eukarióta
Haploid genom (n) Örökítőanyag Leggyakrabban diploid genom (2n)
Ált. egy cirkuláris DNS molekula Ált. több, lineáris DNS molekula kromoszómába
„csomagolva”
1-10 Mb genomnagyság Genomméret, jellemzők 10 Mb-10 Gb (igen változó)
Működési egységekbe szerveződött gének „szabdalt gének” (exon-intron), nagy arányú nem
kódoló DNS
Transzkripció és transzláció térben és időben nem Génműködés Transzkripció és transzláció térben és időben
elkülönülő elkülönül
Nincs elkülönült, membránnal határolt sejtmag Sejtmag szerveződése A DNS kettős membránnal körülvett sejtmagban
(nukleoid) található
Nincsenek specifikus sejtorganellumok Organellumok, Bonyolult endomembrán, rendszerint specifikus
endomembrán rendszer funkciókat ellátó organellumok
Nincs bonyolult és organizált, az eukariótákra jellemző Citoszkeletális struktúrák Mikrofilamentumokból, mikrotubulusokból és
citoszkeletális rendszer intermedier filamentumokból felépülő hálózat
Van peptidoglükán sejtfal, változó számú sejtnyúlvány Sejtfal, sejtnyúlványok Nem mindenhol található sejtfal (növények,
(ostor, csilló, pilus) gombák van), citoszkeletális struktúrák által
felépített sejtnyúlványok (ostor, csilló, mikrovillus, …)
Főbb eukarióta sejtorganellumok és makromolekula komplexek
Az eukarióta sejt membránjai

Organellum/ összes
sejtmembrán membrán %
Plazmamembrán 2-5 %
Sejtmag 0,2-1 %
Golgi apparátus 7-10 %
Endoplazmatikus 50-60 %
retikulum
Lizoszóma 0,5 %
Peroxiszóma 0,5 %
Mitokondrium kettős 20-40 %
membrán
A(z) (endo)membránok szerepe

ELHATÁROLNAK
biztosítják:
• kompartmentek kialakulását
- eltérő összetétel a membrán két oldalán
- eltérő koncentráció viszonyok
- ellentétes irányú reakciók térbeli elkülönítését

ÖSSZEKÖTNEK
biztosítják:
• kapcsolat a környezettel
- anyagáramlást – irányított anyagtranszport
- információ áramlást
- szerkezeti kapcsolat a sejt és környezete között

FELÜLETET ALKOTNAK
biztosítják:
• reakciók számára a felszínt
- időben és térben rendezik a folyamatot
A biológiai membránok szerkezete

7-8 nm vastag, önszerveződő struktúrák

• Lipid kettős réteg (5-6 nm)


- Amfipatikus lipidek:
• foszfolipidek (foszfogliceridek)
• szfingolipidek
• koleszterin

• Fehérjék
- integráns membránfehérjék
- perifériás membránfehérjék

• Szénhidrátok
- kovalensen kapcsolódnak a lipidekhez, fehérjékhez
Foszfolipidek / foszfogliceridek

A legegyszerűbb foszfolipid a foszfatidsav

Zsírsav

Glicerin

A foszfatidsav származékának tekinthetők a további


foszfatidil-etanolamin foszfatidil-szerin foszfatidil-kolin
főbb membránalkotó foszfolipidek:
foszfatidil-kolin, foszfatidil-etanolamin, foszfatidil-szerin,
foszfatidil-inozitol, …
Szfingolipidek

amid kötés
Ceramid

Szfingozin
szfingozin (aminoalkohol; C18) zsírsav
Zsírsav

szfingomielin

glükocerebrozid
Koleszterin

• Plazmamembránban nagy mennyiségben:


akár 1 koleszterin molekula juthat 1 foszfolipidre poláris
fejcsoport
Amfipatikus szterán
- OH csoport – poláris fejcsoport váz
- szterán váz + CH lánc – apoláris rész
apoláris
alifás lánc
koleszterin

https://www.asbmb.org/asbmb-today/science/100117/the-many-layers-of-cholesterol-regulation

Kettős hatás:
• lokálisan csökkenti a membrán fluiditást
• ugyanakkor gátolja a gélszerű állapot kialakulását
Membrán aszimmetria

A legtöbb membránban, mint a plazmamembránban is, nem ugyanazok a membránlipidek,


illetve nem ugyanolyan arányban találhatók meg a membrán két rétegében

Aszimmetria a membrán 2 rétege (leaflet, layer) között:

Külső rétegben:
- kolin tartalmú lipidek (foszfatidil-kolin , szfingomielin )

- glikolipidek csak az extracelluláris felszínen

Belső rétegben:
- primer amino-csoportot tartalmazó lipidek, nettó töltéssel rendelkező lipidek
(foszfatidil-szerin , foszfatidil-etanolamin )
• Töltésbelikülönbség
• Citoszolikus fehérjék membránhoz
- negatív töltések a belső felszínen kötődésében fontosak (PS, PI)

A membrán aszimmetria jelzi, hogy a sejt él.


Apoptózis során a foszfatidil-szerin megjelenik a membrán extracelluláris rétegében.
Ez jelzés a makrofágok számára, hogy a kebelezzék be a haldokló sejtet.
A lipid kettősréteg jellemzői

A lipid kettősréteg dinamikus, félfolyékony struktúra

Az alkotók nagyfokú mozgási szabadsággal bírnak

A lipid kettősréteg molekulái MOZOGNAK:


• laterális diffúzió
• rotáció
• hajlás
• fel-le mozgás
• flip-flop
(igen ritkán, flippáz katalizálja)

• a közeg mozgásokkal szembeni ellenállását a viszkozitás jellemzi


• a viszkozitás reciprokát nevezzük fluiditásnak
• minél nagyobb a membrán fluiditása, annál könnyebben mozdulnak el a membránalkotó molekulák
• a membránfunkciók fennmaradásához a membrán fluiditását bizonyos határok közt kell tartani
Membrán fluiditás

Membránok fluiditása függ a


hőmérséklettől és a membrán
összetételétől

Az emlős sejtek plazmamembránja


telítetlen zsírsavakat
fiziológiás hőmérsékleten (~36,5 C) fluid, tartalmazó lipidek
telített zsírsavakat
tartalmazó lipidek
intenzív az alkotó molekulák mozgása. (cisz kettős kötés)

Fázis tranzíció: folyadékkristályos (fluid) állapotból – gélkristályos (gél) állapotba történő átalakulás a fázistranzíciós
hőmérsékleten (Tm)

• folyadékkristályos állapot: lipidek mozgékonysága nagy, dinamikus membrán


• gélkristályos állapot: a lipidek mozgékonysága rendkívül korlátozott, merev membrán

Fázistranzíciós hőmérséklet függ:


Membrán lipidösszetételétől, a membránlipidekben megtalálható zsírsav oldalláncok hosszától és telítetlenségétől, a
membrán koleszterintartalmától

Fiziológiás állapot: folyadékkristályos!


Membránfehérjék

Különböző módon (eltérő erősséggel) és mélységben kapcsolódnak a lipid kettősréteghez.

Csoportosítás: a kölcsönhatás erőssége alapján

Integráns membrán fehérjék


• csak a membrán szerkezetének megbontásával,
detergensekkel vonhatók ki a membránból

Periferikus membrán fehérjék


• detergens nélkül is eltávolíthatók pl. magas sókoncentráció, pH változtatással
• fehérjékhez, lipidekhez, cukrokhoz nem kovalens kötéssel kapcsolódnak (hidrofób/ elektrosztatikus kölcsönhatás)
Integráns membránfehérjék kapcsolódása a membránhoz

Integráns membránfehérjék:
transzmembrán fehérjék Glikozil-foszfatidil-inozitol (GPI)
a-helikális TM szegmens (1 vagy több) horgonnyal kapcsolódó fehérjék
b-hordó
csak a membrán egyik rétegéhez kapcsolódnak Amid kötés a horgony és a fehérje
a-helikális szegmenssel C-terminális COOH csoportja között
lipid horgonnyal (acil-, prenil-, GPI horgony)

Prenilált fehérjék
Izoprén polimerek kapcsolódnak tioészter
kötéssel a C-terminálishoz közeli Cys aminosavhoz

Acilált fehérjék
Mirisztinsav (C14) – amid kötés a fehérje
N-terminális glicinjével

Palmitinsav (C16) – tioészter kötés a


fehérje egy cisztein oldalláncával
Sejtfelszíni szénhidrát réteg (glikokalix)

A sejtek felszínét szénhidrát réteg borítja - glikokalix

• Glikolipidek
• Glikoproteinek
• Integráns proteoglikán molekulák
• szolubilis glikoproteinek,
proteoglikánok asszociációja

Szerepe:

• Mechanikai védelem
• Kémiai védelem (alacsony pH, degradáló enzimek)
• Sejt-sejt felismerési folyamatokban
(sejt-sejt adhézió, szövetek, szervek szerveződésében)
Membrántutajok (lipid raft-ok)

Biológiai membránokat igen sokféle lipid alkotja, amelyeknek különböző a Tm-je.


A membránok koleszterint is tartalmaznak, így adott a lehetősége a különböző
fázisállapotú membránrégiók kialakulásának.

RAFT – membrántutaj
• a környezetétől eltérő, jellegzetes lipid és fehérje összetételű membránrégió
a membránban (mint a tengerben úszó tutajok)
• akár több 100 nm-es átmérőjűek is lehetnek
• főként immunrendszer sejtjein, idegi szinapszisokban gyakoriak
• funkcionális szerep:
- jelátvitelben részt vevő molekulák
„összetartása”, toborzása
- transzportfolyamatok (pl. sejten belüli
fehérje szortírozás) biztosítása
A foszfolipid réteg permeabilitása
Szabadon átjárható:
gázok (CO2, N2, O2) Határoló funkció
Apoláros molekulák eltérő összetételű terek alakulhatnak ki a membrán két oldalán
koncentráció gradiensek alakulhatnak ki a membrán két oldalán
Többé-kevésbé átjárható:
kis töltetlen, poláros molekulák (etanol, víz)
Intracelluláris Vérben
Nem átjárható: konc. (mM) mérhető
konc. (mM)
nagy töltetlen, poláros molekulák (glükóz),
ionok (Na+, K+, Mg2+, Ca2+, Cl-, HCO3-, HPO42-), K+ 140 4
töltött poláros molekulák (aminosavak, ATP, Na+ 12 145
glükóz-6-P) Cl- 4 116

fehérjéken keresztüli (irányított) transzport HCO3- 12 29

X- (fehérjék) 138 9

Mg2+ 0,8 1,5

Ca2+ <0,0002 1,8

Nyugalmi membránpotenciál:
-70 mV (neuronok)
Transzportfolyamatok csoportosítása energetika alapján

Passzív transzport (energia befektetést nem igényel)


• Passzív átjutás diffúzióval
• Facilitált diffúzióval – fehérjék közreműködésével

Aktív transzport – energia befektetést igényel, fehérjék közreműködésével


elektrokémiai grádienssel szemben történő transzport

A töltött molekulák, ionok transzportjakor nem csak a koncentráció különbség befolyásolja a


transzportot, hanem a membrán két oldala közti elektromos potenciálkülönbség is.
Aktív transzport

Az aktív transzport típusai:


• elsődleges: ATP-, (fény) energiáját használja fel közvetlenül
• másodlagos: fennálló koncentráció grádienst használ fel, mely energia befektetéssel
jött létre, egyszerre 2 vagy több ion/molekula transzportja történik

Másodlagos aktív transzport Elsődleges aktív transzport


Transzportfolyamatok csoportosítása részt vevő fehérjék alapján

Csatornák: pórusokat képeznek a membránban


- gap junction
- porinok (b-hordó)
- ioncsatornák

Karrierek (vagy más néven permeázok vagy transzporterek): megkötik a


transzportálandó molekulát és konformáció változás révén átviszik a membránon

Pumpák: enzimaktivitással rendelkező transzmembrán fehérjék,


koncentráció gradienssel szemben transzportálnak
(általában ATP hidrolízis terhére)
Ioncsatornák főbb típusai

Leggyakoribb típusai:
• nem szabályozott (nyugvó) csatornák
• ligandummal szabályozott (ligand gated): neurotranszmitter, nukleotid
• feszültség szabályozott (voltage gated)
• másodlagos hírvivő által szabályozott (second messenger gated)
• mechanoszenzitív csatornák (mechanically gated)

A csatorna fehérjék esetében a


transzportálandó molekula nem kötődik
a membránfehérjéhez, ugyanis hidrofil
pórusuk van, ami átér a membránon.
Ioncsatornák jellemzői, a nikotinerg acetilkolin receptor

Szűk hidrofil pórusok, szelektív – szelektivitási filter


Csak passzív transzport valósulhat meg
Gyorsabb a transzport, mint a karriereknél (100 millió ion/sec vs. max. 1000 ion/sec)
Nyitott és zárt állapot

Nikotinos acetilkolin receptor –


ligand szabályozott kation csatorna

• vázizom sejteken
(neuromuscularis junctio)

• 5 polipeptid alegység
(2a, 1β, 1γ, 1δ)

• 2 acetilkolin kötőhely

• a ligand kötődése konformáció változást eredményez


a csatorna megnyílik (kapu elmozdulás)

• kis szelektivitású kation csatorna (de elsősorban Na+ transzportja történik)


Ioncsatornák működése a neuromuscularis junctio területén

rianodin receptor dihidropiridin receptor


(SR Ca++ csatorna) (T-tubulus feszültségfüggő
Ca++ csatorna)
A karrierek jellemzői, működése
• működésük az enzimekhez hasonló: • transzport energetikája alapján megvalósíthatnak:
✓ szubsztrátkötő hely
✓ specifitás passzív transzportot másodlagos aktív transzportot
✓ inhibitorokkal blokkolható

• a működés kinetikája alapján:


▪ telíthető
▪ hőmérsékletre érzékeny
▪ vmax, Km meghatározható

• transzportált anyag száma és a transzport iránya alapján megvalósíthatnak:

Uniporter:
Pl. eritrocita glükóz
transzporter (GLUT1)

A karrier-mediált transzport az enzimek által katalizált reakciókra hasonlít (karrier kvázi mint egy membránhoz kötött enzim). Ha minden
kötőhely telített, a transzport sebessége maximális (Vmax). KM az a szubsztrát koncentráció, ahol a transzportsebesség a Vmax fele.
Szimporterek

Kotranszportot végző karrierek:


a, szimporterek

Állati/humán plazmamembrán:
Na+-kapcsolt anyagfelvétel
- cukrok, aminosavak felvétele
- pl. Na+ / glükóz szimporter (kotranszporter)
(vékonybélhám, vese)

Másodlagosan aktív transzport


Antiporterek

Kotranszportot végző karrierek:


b, antiporterek

Intracelluláris Ca++ koncentráció szabályzása


• Na+/Ca++ antiporter
- a szívizomsejtben kiemelten fontos
- a kontrakciót követően, a repolarizáció során az intracelluláris Ca++ koncentrációt csökkenti

Másodlagosan aktív transzport


Membránpumpák típusai

P típusú ABC típusú F és V típusú


• Két polipeptid: • Két transzmembrán és két ATPáz • több polipeptid lánc
Α katalitikus, Β szabályozó aktivitású citoszolikus domén • nincs autofoszforiláció
• autofoszforiláció a transzport során • csak protont transzportálnak
- H+, Na+, K+, Ca2+ ion transzport • sav termelés és ATP szintézis
- magasabb euk.-ban: Na + /K + pumpa • pl.: lizoszómák, szinaptikus vezikulumok,
-emlős gyomor plazmamembránban: H+/K+-pumpa növényi vakoulák, ATP-szintáz
-izom sejtek szarkoplazmás retikulum: Ca2+ -pumpa
(Serca)
Membránpumpák, a Na+ / K+ ATPáz

Elsődleges aktív transzportot megvalósító, ATP-t hidrolizáló fehérjék


Na+ / K+ ATPáz
• Plazmamembránban lokalizálódik
• 3 Na+ transzportálódik ki az extracelluláris térbe, míg 2 K+ jut be a sejtbe
• ATP hidrolízis történik a transzport során

• ozmotikus egyensúlyt tart fenn és stabilizálja a sejt térfogatát


• elektrokémiai potenciál a sejtekben (belül negatívabb)
• Na+/K+-pumpa gátló pl. az ouabain ( megduzzad és kipukkad a sejt)
Membránpumpák, a Na+ / K+ ATPáz működése

• ATP hidrolízis, autofoszforiláció (Asp) történik a transzport során P-típusú pumpa


• tetramer 2 a (95 kD) két b (40 kD) alegység

Na+ és K+ elektrogén pumpa:


grádiensek 3 db + ion kipumpálása az
extracelluláris térbe (Na+), de
csak 2 db + ion bejuttatása az
intracelluláris térbe (K+)

Ez a pumpa használja el a
sejtek ATP készletének jelentős
részét (neuronok: az ATP
készlet több, mint fele
használódik el a Na+/K+ ATPáz
működtetésére)

E1 és E2: a Na+/K+ ATPáz eltérő konformációs állapotait jelzik


A szarkoplazmatikus reticulum Ca++ ATPáz (SERCA) működése

• A szarkoplazmatikus retikulum membránjában lokalizálódik, igen nagy számban

• P-típusú pumpa (autofoszforiláció az iontranszport során)


Izomkontrakciót követően a SERCA
felelős (részben) az intracelluláris
Ca++ koncentráció csökkentéséért

Ca++ bekötődés

Konformációváltozás

ATP hidrolízis és autofoszforiláció

ADP-ATP csere

Konformáció változás

a Ca++-ok a szarkoplazmatikus
retikulum lumenébe kerülnek

regeneráció
ABC transzporterek (pumpák)

ABC transzporterek családja


(ABC: ATP Binding Cassette)

• Baktériumok plazmamembránja:
* E. coli – 5 % gének, 78 gén kódolja ezt a szupercsaládot
* import, export funkció

• Eukarióta: export funkció


* MDR1: multidrug rezisztencia fehérje
* CFTR: mutációjának eredménye a cisztás fibrózis betegség, Cl- csatorna
* flippáz
* foszfatidil-kolin transzporter

A humán rákos sejtekben gyakran overexpresszálódnak, ezáltal


a tumorsejtek rezisztensek a különböző kemoterápiás szerekre.
Köszönöm a figyelmet!

Tankönyvi fejezetek az anyagrész megértéséhez:

A sejtbiológia alapjai (ELTE); tankönyvtár – elektronikusan


elérhető

- Az eukarióta sejtek felépítése


- A sejtmembrán szerkezete és működése
- Membránszerkezet
- Membránok fluiditása és szerveződése
- Transzport folyamatok
Az extracelluláris mátrix szerveződése

2023.
Az extracelluláris mátrix

• Az extracelluláris mátrix fehérjék és szénhidrát makromolekulák hálózata.


• Az ECM tölti ki a sejtek közötti teret.
• Az ECM alkotóit főként fibroblasztok szintetizálják és szekretálják.

Az ECM összetétele nem egységes a


különféle szöveteket tekintve.

- ínszövet: nagy húzóerőnek van


kitéve, így sok kollagént tartalmaz a
szakítószilárdság biztosításához

- Porcszövet: nagy nyomóerőt kell


tolerálnia, így jelentős mennyiségű
proteoglikánt tartalmaz
Az extracelluláris mátrix szerveződése

Extracelluláris mátrix

Rostok Amorf alapállomány

Adhéziós
Kollagén Proteoglikánok
glikoproteinek

+ szignálmolekulák!
Elasztin

Fibrillin

Az ECM szerepe:
1. szövetformálás, fizikai támasz biztosítása a sejteknek
2. a sejt-sejt és sejt-mátrix kölcsönhatások lehetővé tétele
3. a sejtmozgásokhoz kellő környezet létrehozása
4. a sejtek osztódásának, növekedésének szabályozása
Glülózaminoglikánok (GAG)

• Diszacharid monomerekből állnak (aminocukor + uronsav)


• Elágazás nélküli poliszacharidok
• A hialuronsav kivételével bizonyos OH-csoportokon szulfatáltak
• Szulfát és karboxil-csoportok révén polianionok nagy vízmegkötő képességgel rendelkeznek
• Hidratált géleket alkotnak, így az ECM ellenáll az összenyomásnak
• A felépítő cukorkomponensek alapján megkülönböztethetjük az alábbi GAG makromolekulákat:
hialuronsav, kondroitin-szulfát/dermatán-szulfát, keratán-szulfát, heparán-szulfát/heparin

Hialuronsav Előfordulás
- a legegyszerűbb GAG Üvegtest, ízületek
- ált. nem kapcsolódik fehérjéhez embrionális kötőszövet fő alkotója
- alkotói: N-acetil-glükózamin és glükuronsav (segíti a sejtproliferációt)

Glükózaminoglikánok degradációja: Hialuronsav

- lizoszómális enzimek révén bomlanak le


- ezen enzimek defektusai okozzák a különböző mukopoliszacharidózisokat
• GAG molekulák felhalmozódása
• idegrendszeri, arcfejlődési problémák, ízületi deformitások
Proteoglikánok

- tengelyfehérje (core protein) + a hozzá kapcsolódó szénhidrát komponensek


- a szénhidrát komponensek legalább egyike egy glükózaminoglikán
- fehérje - szénhidrát arány: 5% – 95%
- molekulatömegük igen nagy
- szintézisük: a tengelyfehérje az ER felszínéhez rögzült riboszómán transzlálódik
szénhidrát komponensek és szulfát-csoport addíciója: a Golgi apparátusban
- a sokféle tengelyfehérje és a változatos GAG makromolekulák révén csaknem
végtelen számú különféle proteoglikán jöhet létre
Linker fehérje
hialuronsav
Core protein
(tengelyfehérje)

Glükózaminoglikán

Az ECM felépítésén kívül más funkciót is betöltenek:


pl. véralvadás (heparin), növekedési faktorok kötése,
ko-receptorként részvétel a jelátviteli folyamatokban
Kollagének

Testünk legnagyobb tömegben előforduló fehérjéi


Szerepe: szilárdítás – inak, ízületi tokok, lamina basalis,
bőr, érfal, stb.
A kollagén fehérjék féléletideje akár több év is lehet.

A kollagének egymáshoz rendeződése révén a kollagén


rostok harántcsíkoltságot mutatnak .

Speciális szerkezet (kovalens keresztkötések) és szokatlan poszttranszlációs módosítások (lizin, prolin hidroxiláció) jellemzik.
A fehérje rendkívül gazdag prolinban és glicinben (minden 3. aminosav Gly).

Több, mint 20 kollagén gént azonosítottak eddig, a különféle szövetek eltérő mennyiségben expresszálják
a különböző kollagén típusokat.
A szervezetünkben a leggyakoribb az I. típusú kollagén (bőr, csont legfontosabb kollagénje).

A kollagének csoportosíthatók szerkezet/funkció szerint:


- fibrilláris (rostképző) kollagének
- fibrillum-asszociált kollagének
- hálózatalkotó kollagének
- transzmembrán kollagének
Kollagén bioszintézis és szekréció

Egyedi kollagén láncok szintézise az ER felszínéhez rögzült


riboszómákon  a kollagénlánc az ER lumenbe kerül

AZ ER-ben egyes prolin és lizin aminosavak hidroxilálódnak (C-vitamin-


függő folyamat), majd bizonyos aminosavak O-glikozilálódnak.

Még intracellulárisan kialakulnak a 3 kollagénláncból álló, bal menetes


tripla hélix szerkezetű prokollagének.

Szekréciót követően az N- és C-terminálisról lehasadnak a propeptidek,


így létrejönnek az összerendeződni képes tropokollagének

A tropokollagének összerendeződnek, kollagén fibrillumokat alkotnak.


A szakítószilárdság növeléséhez egyes lizin oldalláncok között kovalens
keresztkötések jönnek létre.
A kollagén fibrillumok kollagén rostba tömörülnek.
Kollagén defektusok

Primer defektusok
2, Ehlers-Danlos szindróma
1, osteogenesis imperfecta - col5A1, col5A2 vagy col1A1 mutációk
- „üvegcsont betegség” - laza ízületek, törékeny bőr, gyenge érfal
- ismétlődő csonttörések - a sérült bőr papirusszerű hegekkel gyógyul
- csontdeformációk - koraszülött csecsemők
- hallásvesztés

Általában col1A1 gén mutáció


- Korai stop kodon
- Inkorrekt splicing Domináns
- frameshift mutáció negatív hatás! Szekunder defektus
- Gly szubsztitúció
Legsúlyosabb formái intrauterin letálisak C-vitamin hiány – skorbut
egyoldalú étkezés esetén
(nyers zöldség/gyümölcs hiány)
- csökkent Pro és Lys hidroxiláció
- sebek, csonttörések lassan gyógyulnak
- ínyvérzés télen fogmosáskor, törékeny véredények
- fogak meglazulása a fogmederben
- bőrön lila foltok (véraláfutások)
Elasztikus (rugalmas) rostok
keresztkötések
kialakulása • nyújthatóságot, rugalmasságot adnak a szöveteknek
• előfordulás: aorta, artériák fala, tüdő (kevésbé jellemző: bőr)
• az elasztikus rostokat keresztkötések stabilizálják

Az elasztikus rostok alkotói:

Fibrillin
- mikrofibrillumok egyik képviselője
Elasztin - az elasztinokhoz kapcsolódó glikoprotein
- az elasztikus rost kialakulásakor a mikrofibrillumok alakítják
Az elasztin erősen hidrofób fehérje ki azt a hálózatot, melyre rárakódnak az elasztin fehérjék
- sok lizin keresztkötés az elasztin molekulák között - a fibrillin génjében bekövetkező mutációk okozzák a
- dohányzás  tüdő elasztikus rostjai degradálódnak Marfan-szindrómát: hosszú végtagok, gerincferdülés,
 tüdőtágulat (emphysema) szemlencse problémák, aorta aneurysma
Multiadhéziós fehérjék (fibronektin, laminin)

- glikoproteinek, melyek egyszerre több kötőhellyel is rendelkeznek: Fibronektin:


képesek kötődni a mátrix molekuláihoz és a sejtfelszíni fehérjékhez is. Az extracelluláris fibronektin molekulák
transzmembrán fehérjéken át (integrinek)
kapcsolatban állnak az aktin citoszkeletonnal.
Ez a kapcsolat fontos az aktin
közreműködésével megvalósuló
sejtmozgásban.

Laminin: Kereszt alakú molekula.


Három polipeptid láncból (αβγ) épül fel,
melyeket diszulfid hidak kapcsolnak össze.
Aggregátumokká képes összerendeződni,
amihez különböző glikoproteinek
kapcsolódhatnak. A IV típusú kollagénnel
együtt a bazális membrán fő alkotója.
Bazális lamina (lamina basalis), sejt-mátrix kapcsolatok

hemidezmoszóma fokális adhézió


* Intermedier filamentum * aktin filamentum
- Vékony ECM fonadék az epithel réteg alatt
- többféle funkció: szigetelés/molekuláris szűrés * integrin * integrin
(pl. vese glomerulus)
- Felépítői:
* IV kollagén (hálózatképzés) Integrinek: a sejtek mátrix receptorai, heterodimerek,
* Perlecan (proteoglikán) nagy sűrűségben vannak a membránban, a ligandot
* laminin, nidogén (glikoproteinek) (ECM fehérje) kis affinitással kötik („tépőzár”)
ECM degradáció, átalakulás (remodeling)

1, Gyulladás a kötőszövet/ECM állomány átépül


de! nem csak passzív szereppel bír, ugyanis:
* sejtmigráció, adhézió befolyásolása
* kemotaktikus hatás, gyulladás lefolyásának szabályozása
* krónikus gyulladás esetén hegszövet kialakulása

2, sebgyógyulás
* ECM és epithel sérülés utáni helyreállítása
* Myofibroblast migráció a sérülés helyére
myofibroblast sejtek
3, Tumorok növekedése, metastasis képzés mikroszkópos felvétele
(tubulin immunfestés)
* A kötőszöveti sejtek proteázokat szekretálnak
(kollagenáz, mátrix metalloproteináz)
A prokarióta és eukarióta genomok szerveződésének
jellegzetességei
Prokarióta és eukarióta genomok

• Az élőlények örökítőanyagának összességét genomnak


nevezzük.
• Minden sejtes szerveződésű élőlény örökítőanyaga DNS
• A genom komplexitását az örökítőanyag sokfélesége, a
genomban található DNS összessége adja.
• Prokarióta sejtekben egyszerűbb, általában cirkuláris genomot
találunk, amely a sejt citoplazmájában membrán által nem
elkülönítetten található (nukleoid). A genomból több kópia is
jelen lehet.
• Eukarióta sejtekben az örökítőanyag döntő része a
citoplazmától elkülönítetten, a sejtmagban található több
lineáris kromoszóma formájában. Emellett kisebb mennyiségű
örökítőanyag található a magon kívül is (organellum genomok).
Kísérletek a nukleinsavak örökítő szerepének bizonyítására

I. A Griffith kísérlet (Frederick Griffith, 1928)

- Angol bakteriológus; a tüdőgyulladás egyik kórokozója, a


Streptococcus pneumoniae volt vizsgálati alanya.

- Élő S törzzsel való fertőzés az egerek elpusztulását okozta,


míg az élő R törzs nem mutatkozott patogénnek.

R (= rough) törzs: nem virulens S. pneumoniae


- nincs poliszacharid burok,
az immunrendszer képes eliminálni a baktériumot

S (=smooth) törzs: patogén, tüdőgyulladást


okozó S. pneumoniae
- a baktériumot poliszacharid burok veszi körül, mely
blokkolja a gazdaszervezet immunválaszát
Kísérletek a nukleinsavak örökítő szerepének bizonyítására

I. A Griffith kísérlet (Frederick Griffith, 1928)

Kísérleti elrendezés:
egerekbe S. pneumoniae oltottak: hővel elölt S törzs
o élő R törzs S törzs R törzs hővel elölt + élő R törzs
o élő S törzs S törzs
o hővel elölt S törzs
o hővel elölt S törzs élő R Ezekből az
törzzsel kombinálva egerekből élő S
baktériumokat
lehet kimutatni!!

elpusztult túlélő túlélő elpusztult


Megállapítás: A hővel elölt S törzsből átjut valami „anyag”, ami örökletes információt hordoz, és
ezzel a nem patogén R törzset S törzzsé transzformálja.
Griffith feltételezte, hogy a transzformáló anyag nem lehet fehérje (hődenaturáció!).
Kísérletek a nukleinsavak örökítő szerepének bizonyítására

II. Az Avery – MacLeod – McCarty kísérlet (1944)

Ezidőben az elképzelés az volt, hogy a genetikai információ hordózói, tárolói a


fehérjék, hiszen az már tudott volt, hogy kémiailag milyen sokszínűek ezek a
makromolekulák, és milyen sokrétű feladatot töltenek be az élőlényekben.

A kísérletek célkitűzése: annak


vizsgálata, hogy a baktérium
makromolekulái közül melyik az
információhordozó.

Kísérleti alany: Streptococcus


pneumoniae S és R törzs

Osvald Avery, Colin MacLeod, Maclyn McCarty


Kísérletek a nukleinsavak örökítő szerepének bizonyítására

II. Az Avery – MacLeod – McCarty kísérlet (1944)


Kísérleti elrendezés:

1, A hővel elölt S baktériumsejt


alkotói közül eltávolították a
lipideket és a szénhidrátokat

2, A maradék sejtalkotókat (fehérjék,


RNS, DNS) tartalmazó oldatot 3
csőbe osztották, az első csőbe
tripszint, a 2.-ba RNázt, a 3.-ba
DNázt tettek.

3, Az emésztett mintákat élő R


törzshöz keverték, és vizsgálták,
történik-e transzformációs
esemény
(=élő S baktérium megjelent-e).
Transzformáció:  Transzformáció: 

Csak a DNázzal kezelt mintában nem volt transzformációs esemény, tehát az


örökítő tulajdonságért minden bizonnyal a DNS felelős.
Kísérletek a nukleinsavak örökítő szerepének bizonyítására

III. A Hersey-Chase kísérlet (1952)

Cél: annak igazolása (megerősítése), hogy valóban a DNS a


genetikai információ tárolója

Kísérleti alany: E. coli-t fertőző T2 bakteriofág

A bakteriofág kémiailag igen egyszerű, hiszen csak fehérjéből


és nukleinsavból (DNS) áll
Alfred Hershey és Martha Chase

Fágfertőzés során a fág örökítő anyaga bejut a baktériumba,


„átprogramozza” a baktériumsejteket „vírusgyárrá”, hogy
nagyszámú utódfág jöhessen létre.

De mi tartalmazza a genetikai információt?


Mi jut be a baktériumsejtbe a fágból?
Kísérletek a nukleinsavak örökítő szerepének bizonyítására

III. A Hersey-Chase kísérlet (1952)


1, Kétféle fágpopulációt
Kísérleti elrendezés állítottak elő: az egyiknél a
fehérjék voltak radioaktívan
jelölve (35S), míg a másiknál a
DNS (32P).

2, A kétféle jelölt
fágizolátummal baktériumokat
fertőztek, a fertőzést követően
a baktériumon kívül maradt
fágrészeket eltávolították.

3, A baktériumsejteket
vizsgálták, melyik jelölt fággal
történt fertőzést követően
Csak a 32P jelölt fágfertőzés után volt detektálható a sejtekben detektálható a sejtekben
radioaktivitás, tehát radioaktív jel.
nem a fehérje az örökítő anyag, hanem a DNS!!!
Virális genomok

lineáris dsDNS Herpesviridae (herpesz)


Vírusok között RNS Poxviridae (himlő)
illetve DNS genommal
rendelkezők is cirkuláris dsDNS Papillomaviridae (szemölcsök)
előfordulnak.
lineáris ssDNS Parvoviridae (parvo kór)

cirkuláris ssDNS Circoviridae (sertés circovirus)

dsRNS Reoviridae (rotavirus)

(+) ssRNS Coronaviridae (COVID-19)


Flaviviridae (kullancs encephalitis)
Retroviridae (AIDS)

(-) ssRNS Orthomyxoviridae (influenza)


Rhabdoviridae (veszettség)
Prokarióta genomok

Prokarióta sejtekben cirkuláris bakteriális


kromoszómát és cirkuláris plazmidokat (a
kromoszómába nem integrálódó DNS elem)
is találunk.

A legtöbb prokarióta genom:


o 1 – 10 Mbp
o 1000 – 6000 gént tartalmaz
E. coli genom:
o ~4.6 Mbp bakteriális kromoszóma,
cirkuláris dsDNS
o ~4100 fehérje kódoló gén
o plazmidok: 10 kbp – 100 kbp cirkuláris
dsDNS molekulák

A nukleoidban a DNS hiszton-szerű


fehérjékkel (HLP), kis méretű bázikus
fehérjékkel asszociálódik.
DNS topológia

o A relaxált B-DNS-ben ~10,4 bp jut egy helikális fordulatra.


o A sejtekben található DNS-ben ettől eltérő bp is eshet egy fordulatra, ez
vezet az ú.n. szuperhelikális szerkezetekhet.

Relaxált és szuperhelikális
cirkuláris DNS-ek.

DNS esetében balmenetes szuperhélixet pozitív, a


jobbmeneteset negatív szuperhélixnek nevezik.
DNS topológia
Fogalmak:

Linking number (Lk): a DNS két szála hányszor kerüli meg


egymást.
A Lk kovalensen cirkularizált DNS molekula 260 bp
esetén állandó.

Twist (T, csavarodás): a DNS helikális csavarulatainak száma

Writhe (W, tekeredés): a szuperhelikális csavarulatok száma (a


helix tengelye hányszor tekeredik maga köré)

Lk = T + W

Az eltérő Lk értékű de egyébként


azonos DNS molekulák egymás
topológiai izomerjei (topoizomerek).
Topoizomerázok

Topoizomeráz I. Topoizomeráz II.

Topoizomeráz enzimek képesek megváltoztatni a DNS


molekulák Lk értékét.

Topoizomeráz I: kovalensen kapcsolódva a foszfát


csoporthoz felbontja a foszfodiészter kötést az egyik szálon.
A DNS szabadon körbefordulhat, majd a foszfodiészter kötés
visszazáródik.

Topoizomeráz II: Kovalensen kötődik a DNS mindkét


szálához, így duplaszálú törést hoz létre, ahol átbújtat egy
másik, kereszteződő DNS-t, majd zárja a DNS láncot. Ez ATP
igényes folyamat.
A gén fogalma

A gén a teljes nukleinsav szekvencia, amely szükséges a funkcióképes


géntermék (polipeptid vagy RNS) szintéziséhez.

Részei:
o Kódoló szekvencia / régió
o Szabályozó szekvenciák (promóterek, enhanszerek, splice helyek, stb)

A végleges géntermék szerint a gének lehetnek:

o Fehérjét kódoló gének (ebben az esetben az elsődleges géntermék mRNS)


o RNS molekulát kódoló gének (ezek az ú.n. nem-kódoló gének, a végtermék tRNS, rRNS, miRNS, stb)
Nem-kódoló gének

A nem(fehérje)-kódoló gének funkcionális RNS molekulákat kódolnak.

Az eukarióta sejtek főbb RNS típusai


mRNS Hírvivő / messenger RNS, fehérjék szintéziséhez szükséges információt hordoz
rRNS Riboszómális RNS, riboszómák szerkezeti komponensei és fehérje szintézis katalizátora
tRNS Transzfer RNS, fehérje szintézis során aminosavakat szállít, dekódolja az mRNS-t
snRNS Kis magi RNS, több sejtmagi folyamatban szerepelnek, pl. pre-mRNS-ek splicingjában
Nem kódoló RNS-ek

snoRNS Kis magvacska RNS, rRNS-ek processzálásában és kémiai módosításaiban játszanak


szerepet
miRNS microRNS, a génkifejeződés szabályozzák transzláció blokkolásával
siRNS Kis interferáló RNS, mRNS-ek degradációjában és kompakt kromatin szerkezet
kialakításában vesznek részt
piRNS Piwi-kölcsönható RNS, piwi fehérjékhez kapcsolódva a csíravonalat védik transzpozonok
aktivációjától
lncRNS Hosszú nem-kódoló RNS, 200 bp-nál hosszabb nem-kódoló RNS-ek, változatos
folyamatokban szerepelnek, gyakran vázalkotó elemként, pl. X inaktiváció

Mindezen RNS féleségek képződésének első lépése a transzkripció.


A prokarióta gének szerveződése

A prokarióták génjeire jellemző az operonokba való szerveződés.

Az operon a gének egymás mellett elhelyezkedő, közös szabályozás


alatt álló csoportja, melyekről egyetlen mRNS képződik.

Az operonban található gének átírása (transzkripciója) egyetlen


kiindulási pontról (promóterről) indul, egyetlen ú.n. policisztronos
(több polipeptidláncot kódoló) mRNS képződik.

A policisztronos mRNS transzlációjával több, az operonban található


géneknek megfelelő fehérjetermék jön létre.

Egy operonban általában egy maghatározott anyagcsereúthoz


szükséges fehérjéket kódoló gének találhatóak. pl. E.coli:
~2700 gén ~880 multigénes operonban
~1440 monocisztornos gén

Azaz a gének ~65%-a található operonban.


Az eukarióta gének szerveződése

o Az eukarióta gének jellemzően monocisztronosak: minden mRNS


egyetlen polipeptidláncot kódol.

o Az eukarióta génekre jellemző, hogy szabdalt szerkezetűek


lehetnek: bennük az exonokban található kódoló szekvencát nem-
kódoló szakaszok, intronok szakítják meg.

o Az exonok és intronok felváltva találhatóak a génben, a génről átírt


elsődleges transzkriptum az exonokat és intronokat is tartalmazza.

o Az elsődleges transzkriptum érése során az intronok eltávolításra


kerülnek, az érett mRNS már csak az exonokat tartalmazza. A
transzlációs start és stop helyek előtt át nem íródó régiók (5’-UTR
és 3’UTR), közöttük a kódoló szekvencia található.
Az eukarióta gének szerveződése

Egyszerű transzkripciós egység: Komplex transzkripciós egység (humán gének ~90%-a):


egyetlen féle RNS molekula képződik róla többféle RNS molekula képződik róla, ami többféle fehérje
izoformát eredményezhet
o Alternatív splicing (intron kivágódás)
o Alternatív transzkripció termináció / poliadenilációs hely
o Alternatív promóter használat
A humán genom

Az emberi sejtekben az örökítőanyag megtalálható:


o Nukleáris genom a sejtmagban, lineáris
kromoszómák
A sejtmagban a DNS nem csupaszon, hanem
o Mitokondriális genom, cirkuláris DNS a
fehérjékkel asszociált kondenzált formában
mitokondriumokban
van jelen, ez a kromatin.
Egy eukarióta sejt lehet:
o Diploid
o Haploid
A humán kromoszóma szerelvény

o Az emberi sejtekben 23 pár kromoszóma található,


22 pár autoszóma és 1 pár nemi kromoszóma (XX
vagy XY).
o Egy adott kromoszóma apai és anyai eredetű kópiáját
homológ kromoszómapárnak nevezik.
o Minden kromoszóma egyetlen lineáris DNS
molekulát, valamint a kromatin szerkezet
felépítéséhez hozzájáruló fehérje és RNS molekulákat
tartalmaz.
o Az emberi kromoszómák DNS tartalma 45 – 244 Mbp
mérettartományba esik.
o Egy kromoszómán átlagosan ~ 1000 fehérje kódoló
gént találhatunk.
A kromoszómák méretük szerint sorszámozzák. A mitotikus
kromoszómák Giemsa festéssel jellegzetes sávmintázatot mutatnak.
Gének a kromoszómán

A magi genomban a gének a kromoszómákon


találhatóak, azoknak hosszabb-rövidebb
szakaszai.

Egy fehérje-kódoló génhez tartozó DNS-nek


általában csak kisebb része kódoló szekvencia,
nem kódolnak:
o intronok
o génhez tartozó szabályozó elemek

A kromoszóma szinten a DNS molekulának nincs


kitüntetett értelmes illetve templát szála,
génenkét változó lehet, hogy egy gén átírásakor
a DNS melyik szála szolgál templátul.
Genom méret és komplexitás

C-érték: A genom DNS tömege pg-ban mérve. (Manapság a DNS


mennyiségét Mbp-ban, Gbp-ban szokták megadni.)

Megfigyelhető trend, hogy a komplexebb élőlényekre jellemző a nagyobb


genomméret.

De:
C-érték ellentmondás (C-value paradox): A DNS mennyisége nem
szigorúan arányos az organizmus komplexitásával (evolúciós helyzetével).

A DNS mennyisége gyakran sokkal több mint, a gének becsült száma


alapján várható.

Ennek oka lehet:


o repetitív DNS elemek jelenléte
o poliploidia
Genom méret és komplexitás

Élesztő Muslica Ember

Átlagos gén sűrűség 479 76 8


(gén / Mb)

Intronok átlagos száma 0,04 3 9


(intron / gén)

Ismétlődő szekvenciák aránya 3,4% 12% 53%


(genom teljes méretének
százalékában)
A humán genom összetétele

• 54% ismétlődő
szekvencia (45%
transzpozon)

• 1,5% kódoló szekvencia

• 19962 protein kódoló


gén

• 17958 lncRNA

• 7569 sncRNA

• 14761 pszeudogén

[2022 adatok]

Nature Reviews Genetics (2005) 6:699-708


A humán genom jellemző adatai

A humán genom (haploid) főbb jellemzői


DNS hossz 3,1 milliárd bp
Fehérjét kódoló gének száma ~ 19.962
Leghosszabb fehérje kódoló gén 2,4 millió bp
Fehérje kódoló gének átlagos hossza 27 kbp
Génenkénti exonok átlagos száma 10,4
Legtöbb exon / gén 178
Legkevesebb exon / gén 1
Exonok átlagos hossza 145 bp
Leghosszabb exon hossza 17106 bp
Nemkódoló RNS gének száma ~ 25.527
Pszeudogének száma ~ 14.761
Fehérje kódoló szekvenciák aránya 1,5%
Nagy kópiaszámú ismétlődő genetikai elemek ~ 53%
aránya
Duplikált gének, Géncsaládok, Pszeudogének

Az eukarióta gének
o Egyedi (magányos) gének
o Duplikált gének: egymáshoz közel (~ 5-50 pl.
kb) elhelyezkedő hasonló, de nem azonos β-globin géncsalád : 5 β-globin gén, ezek eltérő időben
szekvenciájú gének fejeződnek ki
o Felnőttkori (HBB,HBD)
o Fötális/magzati (HBG1, HBG2)
Duplikált gének csoportját, amelyek hasonló o Embrionális (HBE1)
de nem azonos fehérjéket kódolnak
géncsaládnak nevezzük. A géncsaládban található duplikált gének között az evolúció
során random mutációk által szekvencia eltérések alakulnak ki,
A kódolt homológ fehérjéket fehérje családnak amelyek befolyásolhatják a képződő fehérjék tulajdonságait. A
nevezzük. hasznos mutációk megőrződnek.
A géncsalád tagjai egy kiindulási (ősi) gén Pszeudogének: funkcionális génekhez hasonló szekvencia és
duplikációival jönnek létre, leggyakrabban a exon-intron szerkezet, de mutációk miatt nem funkcióképesek.
meiózis során bekövetkező egyenlőtlen Ugyancsak génduplikációval jönnek létre.
crossing-over által. pl. 2 pszeudogént találunk a humán β-globin gén klaszterben
Géncsaládok

Szegmens duplikációnak nevezik a kromoszómák egy részletének


megkettőződését.

Gén duplikációs események sorozatával jöttek létre a globin géncsalád


tagjai az evolúció során.

Géncsaládok tagjai egymástól távol, eltérő kromoszómákon is


elhelyezkedhetnek, amennyiben kromoszóma átrendeződések
eltávolítják őket egymástól.
Többkópiás gének

Olyan géntermékek génjei, amelyekre nagy mennyiségben van szükség a sejtben több kópiában is
előfordulhatnak.

o Általában tandem ismétlődésekben találhatóak a genomban.


o Egymással az ismétlődő gének azonosak, vagy csaknem teljesen azonosak (szemben a géncsaládok
tagjaival, melyek nem azonosak csak hasonlóak).
o Bár a többkópiás gének átírt régiói (szinte) azonosak, a köztük lévő át nem íródó szakaszok változó
hosszúak és szekvenciájúak lehetnek.

Például:
o rRNS gének több mint 100 kópiában vannak jelen minden eukarióta genomban, hogy a sejtekben
fennálló nagymértékű rRNS igényt ki tudják elégíteni
o tRNS gének
o Hiszton fehérje gén klaszterek
Ismétlődő DNS elemek

o Egyszerű-szekvencia ismétlődések (szatellita DNS): 1 – 500 bp tandem ismétlődések, a genom


~3%-át adják. Egyszerű-szekvencia ismétlődések 20-100 kb szakaszokban gyakran előfordulnak a
centromer és telomer régiókban is.
o Mikroszatellita / STR (Short Tandem Repeats): 1-13 bp ismétlődések
o Miniszatelliták / VNTR (Variable Number Tandem Repeats): 14 – 100 bp ismétlődések

o Közbeékelt ismétlődések / mobilis DNS elemek


o DNS transzpozonok (~2.9%)
o Retrotranszpozonok (~41,8%)
o LTR retrotranszpozonok (~8,3%)
o Nem-LTR retrotranszpozonok (~33,5%)
o LINE (~20,4%)
o SINE (13,1%)
Egyszerű-szekvencia ismétlődések

A mikroszatellita (STR, 1 – 13 bp) ismétlődések gyakran


csak 1 – 4 bp-ból állnak, ugyan azon szekvencia tandem
ismétlődései.
Feltételezhetően a replikáció során bekövetkező
„visszacsúszással” változhat az ismétlődések száma.

Mikroszatellita ismétlődéseknek lehet patológiás


következménye is, például:
o Huntington kór: a HTT génben poliglutamint kódoló
CAG ismétlődések felsokszorozódása idézi elő
domináns módon
o I-es típusú miotóniás disztrófia: nem kódoló CTG
ismétlődés felsokszorozódása a DMPK gén 3’-UTR
régiójában
Miniszatellita ismétlődések

Miniszatelliták (VNTR):
o 14 – 100 bp
o 20 – 50 tandem ismétlődés
o 1 – 5 kb szakaszok

A tandem ismétlődések száma


változatos lehet a populációban,
innen ered a VNTR elnevezés.

Genetikai ujjlenyomat:
STR vagy VNTR lókuszok
ismétlésszám eltérésein alapuló
személy azonosítás:
o Apasági vizsgálatoknál öröklődő
Combined DNA Index System mintázat vizsgálat.
(CODIS), USA o Teljes VNTR mintázat azonosság
13 STR lókusz
személy azonosításkor
AMEL: nem meghatározás
kriminalisztikában
Közbeékelt ismétlődések - Mobilis genetikai elemek: transzpozonok, retrotranszpozonok

A közbeékelt ismétlődések alkotják a humán genom


~45%-át (emlősökben ~25-50%).

Ezek általában relatíve kevés szekvencia család nagy


számú, a genomban szétszórt ismétlődései.

Mivel a közbeékelt ismétlődő szekvenciák mozogni


képesek a genomban, mobilis DNS elemeknek ill.
transzpozonoknak is nevezik őket.

A transzpozonok mozgási mechanizmusát


transzpozíciónak nevezik.

A mobilis DNS elemek eukariótákban gyakoriak, de


prokariótákban is előfordulnak.
Közbeékelt ismétlődések - Mobilis genetikai elemek: transzpozonok, retrotranszpozonok

A mobilis DNS elemek molekuláris szimbiontának /


parazitának tekinthetőek, amelyek mivel a
transzpozíció során másolódni képesek, idővel
felszaporodtak a genomban.

A meiotikus rekombináció mellett egy másik


lehetőséget biztosítanak a genetikai anyag
átrendezésére. Amennyiben a transzpozíció nem túl
gyakori, evolúciósan hasznosnak bizonyulhat.

A transzpozíció emberekben igen ritka: 1 csíravonalat


érintő transzpozíció 8 emberenként.
Szomatikus sejtben is bekövethet transzpozíció, ez
A mobilis genetikai elemek felfedezése Barbara McClintock szomatikus mutációkhoz vezethet.
1940-es években kukoricán végzett kísérleteihez köthető.
Felfedezéseiért 1983-ban kapott Nobel díjat.
Közbeékelt ismétlődések - Mobilis genetikai elemek: transzpozonok, retrotranszpozonok

A mobilis DNS elemek két fő csoportba sorolhatóak:

o DNS transzpozonok (vagy egyszerűen


transzpozonok). Transzpozíciójuk DNS
intermedieren keresztül történik. A transzpozon
kivágódik a genomban elfoglalt helyéről, és
beinszertálódik egy másik helyre. „kivágás –
beillesztés mechanizmus”

o Retrotranszpozonok. Transzpozíciójuk RNS


intermedieren keresztül történik. A
retrotranszpozonról RNS polimeráz RNS-t ír át,
amelyből reverz transzkriptáz DNS másolatot
készít, amely beinszertálódik egy új helyre.
Eközben az eredeti retrotranszpozon a helyén
marad. „másolás – beillesztés mechanizmus”

A baktériumokban főként DNS transzpozonokat


találunk, eukariótákban a retrotranszpozonok
gyakoribbak.
Közbeékelt ismétlődések - Mobilis genetikai elemek: transzpozonok, retrotranszpozonok
Prokarióta DNS transzpozonok

A transzpozáz tompa végű vágást


végez a domor DNS-en, túlnyúló véget
eredményező vágást a target helyen.
A DNS transzpozonok transzpozíciójának molekuláris részleteinek
megértése E. coli IS elemeihez (insertion sequences) köthető.
Az IS elemek ~1-2 kb hosszúak, jelenleg mintegy 1000 típusukat
ismerik. A transzpozíció ritka: 1/105-107 generáció

Az IS elemek végein 10-40 bp invertált ismétlődések találhatóak,


köztük transzpozáz fehérjét kódoló gén. A transzpozáz ligálja az IS elemet a
target DNS egyesszálú 5’ végeihez.

invertált ismétlődés (pl.):

DNS polimeráz a 3’ végekről indulva


Beépülésük helyén 5-11 bp target hely duplikációt idéznek elő, feltölti a hiányzó részeket, majd DNS
ezek direkt ismétlődések. ligáz zárja a láncokat.

Transzpozonok: transzpozázon kívül más gént is hordoznak, pl. Tn9


transzpozon antibiotikum rezisztencia gént is hordoz!
Eukarióta DNS transzpozonok

Barbara McClintock kísérleteiben a kukorica szemek színét


meghatározó antociánok termelődését befolyásoló gének
mutációit vizsgálta. Kétféle mutációt kiváltó elemet azonosított:

o Ac (activator element): nagy frekvenciával revertálható


mutációt okoz
o Ds (dissociation element): önmagában nem revertálható, csak
Ac elem jelenlétében

Mint később kiderült, az Ac elemek a baktériumok IS elemeihez


hasonlóak, terminális invertált ismétlődések között transzpozázt
hordoznak.
A Ds elemekben a transzpozáz defektív, önmagukban nem Hogyan teszi lehetővé a „kivágás –
képesek mozogni, de Ac transzpozáz jelenlétében igen. beillesztés” mechanizmus a transzpozon
szaporodását?

További példák DNS transzpozonokra: Ha a sejtciklus S fázisa során a donor


o Drosophila P elem elem már replikálódott részről származik,
o ~300.000 teljes vagy defektív transzpozon a humán genomban, és még nem replikált régióba
a genom DNS tartalmának ~3%-át adják. inszertálódik, a transzpozon kópiaszáma
növekedni fog.
LTR retrotranszpozonok

Az LTR retrotranszpozonok hosszú terminális


ismétlődéseket (LTR, long terminal repeat) tartalmazó
retrotranszpozonok.

Szerkezetük:
o Rövid transzpozon végi direkt ismétlődések.
o 250-600 bp, az adott transzpozonra jellemző LTR direkt ismétlődések. Ezek retrovírusokban
is megtalálhatóak.
o Közbülső fehérje kódoló szakasz. Retrovírusokra is jellemző fehérjéket kódol, de nem kódol
vírusburok fehérjéket.

példák:
o Élesztő Ty elem
o Drosophila copia elem
o A humán genom 8%-át teszik ki LTR-retrotranszpozonok. Leggyakoribbak (~443 ezer kópia)
az ERV (endogenous retroviruses) elemek, ezek döntő része csak LTR szekvencia, az ERV
elemek közötti rekombinációval jönnek létre. Ez a különböző pozíciókban lévő elemek
közötti rekombináció genomi átrendeződésekhez vezethet.
Nem-LTR retrotranszpozonok

A Nem-LTR retrotranszpozonok (vagy nem-virális retrotranszpozonok) hosszú


terminális ismétlődéseket (LTR) nem tartalmazó retrotranszpozonok.

A leggyakoribb közbeékelt szekvenciák emlős genomokban.

Két típusuk:

o LINE (long interspersed nuclear elements,


hosszú közbeékelt sejtmagi elemek)

o SINE (short interspersed nuclear


elements, rövid közbeékelt sejtmagi
elemek)
Nem-LTR retrotranszpozonok: LINE elemek

A LINE elemek emlősökben kifejezetten


gyakoriak, de megtalálhatóak protozoákban,
rovarokban, növényekben is.

A LINE elemek szélein rövid direkt ismétlődéseket találunk, ezek között két fehérje kódoló ORF-et
o ORF1: 1kb RNS kötő fehérjét kódol.
o ORF2: 4kb reverz transzkriptáz homológot kódol, DNS endonukleáz aktivitása is van.

A humán genomban a teljes hosszúságú LINE elemek 6 kb hosszúak, de az átlagméretük 900 bp mert a legtöbb
elem trunkált. 900.000 pozícióban találhatóak, a genom 21%-át adják.

A humán LINE elemek 3 szekvenciájában eltérő családot alkotnak: L1, L2, L3.
Csak az L1 elemek képesek transzpozícióra, az L2 és L3 elemek defektívek.
A LINE elemeknek csak ~0,01%-a teljes és funkcionális.

Transzpozíciójuk az LTR-retrotranszpozonokétól eltérő.


Nem-LTR retrotranszpozonok: SINE elemek

A SINE elemek emlősökben gyakoriak.

o 100 – 400 bp hosszúak.

o SINE-k a humán genom DNS 13%-át adják.

o ~ 1,6 millió pozícióban találhatóak, abből 1,1 millió Alu elem. Az Alu
elemek a 7SL RNS-hez (szignál felismerő részecske komponens) mutatnak
hasonlóságot, ebből evolválódhattak.

Szerkezetüket tekintve a LINE elemekéhez hasonló 3’ AT gazdag szekvenciát


tartalmaznak.

RNS polimeráz III írja át őket RNS-sé, a reverz transzkripciójukat és


integrációjukat valószínűleg teljes LINE elemek ORF1 és ORF2 fehérjéi végzik.
Mobilis elemek hozzájárulása a genomok evolúciójához

Exon keverés elemek közti rekombináció által.


Mobilis elemek hozzájárulása a genomok evolúciójához

Exon keverés DNS transzpozonok transzpozíciója által.


Mobilis elemek hozzájárulása a genomok evolúciójához

Exon keverés LINE elem transzpozíciója által.


A prokarióták és az eukarióták extrakromoszómális elemei,
plazmidok, organellum genomok, transzpozonok
Extrakromoszómális DNS

Extrakromoszomális DNS típusai

Permanensen a kromoszómán kívül:


• Plazmidok
• Organellum genomok (mitokondrium, kloroplaszt)

Időszakosan a kromoszómán kívül vagy abba integrálódva:


• Egyes bakteriofágok
• Episzómák
• Retrovírusok

Mobil genetikai elemek


• Inszerciós elemek
• Transzpozonok
• Retrotranszpozonok
Plazmidok és episzómák

Plazmidok:
Extrakromoszómális cirkuláris dsDNS elemek.
Baktériumokban gyakoriak, de előfordulnak archeákban,
eukariótákban is. Virulencia, antibiotikum rezisztencia, stb.
géneket hordozhatnak.
Stringens vagy relaxált replikáció – alacsony vagy magas kópia
szám.
Klónozó vektorokként is használtak.
pl. élesztő 2 μm plazmid

Episzómák:
Olyan plazmidok, amelyek önállóan is replikálódhatnak a
citoplazmában, de képesek integrálódni a bakteriális
kromoszómába is.

pl. E.coli F-faktor (Fertilitási faktor)


Organellum genomok

Organellum genomok
Mitokondrium és kloroplaszt genetikai állománya.
Cirkuláris, prokarióta kromoszómára emlékeztető
dsDNS genomok.
Eredetük: endoszimbiózissal, gén transzfer a
nukleáris genomba, saját fehérje szintetizáló
rendszer bakteriális jellemzőkkel.

Humán mitokondrium genom


A petesejt citoplazmájával, csak anyai ágon
öröklődik!

Mérete 16 569 bp, több genom lehet


mitokonriumonként, több mitokondrium sejtenként. 13 fehérje kódoló gént (+ humanin peptid), 2 rRNS gént
és 22 tRNS gént tartalmaz: ezek az elektrontranszport
lánc egyes fehérjéit, valamint a mitokondriális
fehérjeszintézis komponenseit kódolják.
Temperált fágok életciklusa

Az E. coli-t fertőző λ-fág egy ú.n.


temperált bakteriofág:

Lítikus (a fágok a citoplazmában


szaporodnak, majd lizálják a sejtet) és

lizogén (profágként a genomba


integrálódik) életciklusra is képes.
Vége

Köszönöm a figyelmet!
Az eukarióta kromatin szerkezete
A kromatin szerkezete

A DNS a sejtmagban nem csupaszon, hanem fehérje és RNS


molekulákkal komplexet képezve ú.n. kromatin formájában
fordul elő.

A kromatin interfázisban kitölti a sejtmagot, a sejtosztódás


folyamán metafázisos kromoszómákká kondenzálódik.

Egy kromoszóma egyetlen DNS láncot, de többmilló fehérje


molekulát tartalmaz. A kromatin DNS tartalma ~50%.

A kromatinnak biztosítania kell:


o A DNS kompakt, összegabalyodás mentes csomagolását. (A
kromoszómáknak egyedileg kondenzálódniuk, majd
szétválniuk kell a sejtosztódás folyamán!)
o Hozzáférhetőséget és szabályozhatóságot a DNS-en zajló
folyamatok számára (pl. transzkripció, replikáció, DNS
hibajavítás).
A kromatin szerkezete

A kromatin alapegysége a korongszerű


nukleoszóma.

A nukleoszómák hiszton fehérjék


heterooktameréből álló fehérje
magból (nukleoszóma core
partikulum) és az annak felületére
tekeredő 147 bázispárnyi DNS-ből
állnak.

A nukleoszómában 4 féle hiszton


fehérjét:
H2A, H2B, H3, H4
találunk, mindegyikből 2 darabot.

A nukleoszóma core partikulumra


tekeredő DNS ~1,65 fordulatot tesz
A kromatin szerkezete

A core hiszton fehérjék kis (11-15 kDa, 102-135


aminosav), bázikus fehérjék magas (20-25%) lizin és
arginin aminosav tartalommal.

Hiszton fold doménjükkel hatnak kölcsön, ez a részük


található a nukleoszóma magjában.

A pozitívan töltött aminosavak ionos kölcsönhatásokat


tudnak kialakítani a negatívan töltött DNS molekulával.
A kromatin szerkezete

A hiszton fehérjék központi része, mely az ú.n. hiszton fold


domént tartalmazza, a nukleoszóma magjában helyezkedik el.

A hiszton fehérjék rendelkezhetnek N-terminális illetve C-


terminális ú.n. hiszton farok régiókkal, amelyek kilógnak a
nukleoszóma magjából.

N-terminális farok:
mind a 4 core hiszton (H2A, H2B, H3, H4) rendelkezik vele, 19-39
aminosav hosszúságú.

C-terminális farok:
H2A és H2B rendelkezik vele.

A hiszton farkakon található aminosavak gyakran esnek át poszt-


transzlációs módosításokon (PTM), fontos szerepük van a
kromatin szerveződésében.
A kromatin szerkezete

A nukleoszóma
összeszerelődése során
két H3-H4 dimer egy H3-H4
tetramert képez,
majd ehhez kapcsolódik két
H2A-H2B dimer.

A hiszton oktamer felszínére


147 bp-nyi DNS tekeredik.

A nukleoszóma
összeszerelődése a replikációt
követően hamar bekövetkezik,
hiszton chaperon fehérjék
segítik.
A kromatin szerkezete

(a) (b)
o A sejtmagból kivont kromatin alacsony só koncentráció o Fiziológiás sókoncentrációnál a kromatin szál
mellett gyöngyfüzér szerű szerkezetet képez. kondenzáltabb, ~30 nm átmérőjű szerkezetet vesz fel, ez
a 30 nm-es rost.
o A gyöngyfüzér ~10 nm átmérőjű, ezért 10 nm-es rostnak
is nevezik, benne a gyöngyszemek a nukleoszómák. o A nem aktívan replikálódó vagy átírás alatt álló kromatin
szakaszok 30 nm-es rost formájában fordulnak elő.
o A nukleoszómákat linker DNS szakaszok kötik össze.
o A nukleoszómán található DNS és a hozzá tartozó linker
szakasz együtt ~200 bp DNS-t tartalmaz. A linker hossza
~10 – 90 bp között változhat.
o Az aktívan replikálódó vagy átírás alatt álló kromatin
szakaszok 10 nm-es rost formájában fordulnak elő.
A kromatin szerkezete
A fiziológiás körülmények között kialakuló 30 nm-es rost a 10 nm-
es rost további felcsavarodásával jön létre.

Pontos szerkezete, szerveződésének módja jelenleg sem teljesen


tisztázott.

Két 30 nm-es rost szerkezeti modell:

(a)
szolenoid szerkezet: a 10 nm-es rost helikálisan tekeredik fel, egy
csavarulatban 6 nukleoszóma található

(b)
two-start helix (cikk-cakk szerkezet): minden második egymást
követő nukleoszóma egymásra rendeződéséből két nukleoszóma
fonal jön létre, amelyek egymásra tekerednek bal kezes dupla
hélixet alkotva.

A 30 nm-es rost tartalmazza a H1 hiszton fehérjét, amely a DNS


belépési és kilépési pontján kapcsolódik a nukleoszómákhoz.
Eukromatin és heterokromatin

A kromatin kondenzáltságának foka


elektronmikroszkópiával és DNS kötő festések alkalmazása
mellett fénymikroszkópiával is vizualizálható.

A sötétebben festődő, zártabb, tömörebben csomagolt


régiókat heterokromatinnak; a kevésbé festődő, lazábban
csomagol régiókat eukromatinnak nevezik.

A heterokromatin nem dekondenzálódik teljesen a


mitózist követően,
interfázisban is szorosan csomagolt,
magmembránnal, nukleolusszal asszociált.
Heterokromatikusak a centromerek, telomerek,
transzkripcionálisan inaktív genomi szakaszok.

Az eukromatin interfázisban dekondenzálódik,


eukromatikusak a transzkripcionálisan aktív gének.
Kromatin átrendezés

A nukleoszómában található DNS kevéssé hozzáférhető


DNS kötő faktorok számára, ezért szükség van olyan
mechanizmusokra, amelyek a DNS-t hozzáférhetővé teszik.

A kromatin fonalban található nukleoszómák


elhelyezkedését kromatin átrendező komplexek képesek
megváltoztatni (chromatin remodeling).

A kromatin átrendező komplexek több alegységből álló,


ATPáz aktivitással rendelkező fehérje komplexek, amelyek
képesek lehetnek:

o Kitekerni a DNS egy részét


o Elcsúsztatni a nukleoszómát a DNS-en
o Eltávolítani a nukleoszómát
o Kicserélni egyes hisztonokat a nukleoszómában

A nukleoszóma eltávolításban és a hiszton cserében az


átrendező komplexeket hiszton chaperon fehérjék segítik.
Hiszton módosítások

A hisztonok farok régiói különféle kovalens poszt-


transzlációs módosításokon (PTM) mehetnek keresztül,
ezek során bizonyos aminosavakhoz meghatározott kémiai
csoportok, vagy egész fehérjék kapcsolódhatnak.

Ilyen módosítások például:


o acetiláció
o metiláció
o foszforiláció
o ubikvitináció

A módosítások
o megváltoztathatják a hisztonok kémiai tulajdonságait és
ezáltal a DNS-hez való kötődésük erősségét
o megváltoztathatják (létrehozhatják vagy eltüntethetik)
egyes kromatin (hiszton) kötő fehérjék kötőhelyét Egy nukleoszóma hiszton fehérjéin megfigyelhető
poszttranszlációs módosításokok összessége összefüggésben
áll a kromatin funkcionális állapotával: ez a hiszton kód.
A kromatin kód olvasása

A hisztonok poszt-transzlációs módosításait ú.n. hiszton


kód olvasó fehérjék ismerik fel.

Az ilyen fehérjék gyakran egy adott PTM azonosításáért


felelős fehérje domént tartalmaznak.

például:
o bromodomén acetilált lizint ismer fel
o chromodomén metilált lizint ismer fel

A kromatin kódot olvasó fehérjék további kromatinon


ható faktorokat képesek az adott kromatin jelzéshez
toborozni.
Epigenetikai memória

Epigenetikai memória:

A replikáció során a hiszton fehérjék lokálisan megoszlanak a két


leány DNS molekula között.

Így a hiszton PTM-ok is jelen lesznek mindkét DNS-en, amelyek


alapján újra tud képződni a kód.

Ez az epigenetikai memória a DNS szekvenciától független,


funkcionális állapotot határoz meg.
A kromatin magasabbrendű szerkezete

A kromoszóma szerkezet integritásához a DNS, hiszton fehérjék és egyéb


járulékos kromatin-asszociált fehérjék együttese szükséges.

Interfázisos sejtekben a kromatin nagy méretű kromatin hurkokba


szerveződik.

A kromatin hurkok alapját SMC (Structural Maintenance of Chromosomes)


fehérjék stabilizálják.

o Az SMC monomerek egy csukló régión


visszahajolva coiled-coil domént
képeznek, N- és C-terminálisuk
összekapcsolódva fej régiót hoz létre.
o Két monomer a csukló régióknál
összekapcsolódva U alakú dimert képez.
o Az ATPáz aktivitású fej régiók kleisin
fehérjék segítségével összekapcsolódnak,
Kromatin hurkok kétéltű oocita így egy gyűrű szerkezet jön létre, ami
„lámpakefe” kromoszómán képes közrefogni a 30 nm rostot.
Kromszóma territóriumok

Az interfázisos sejtmagban az egyes kromoszómák nem


véletlenszerűen töltik ki a teret, hanem ú.n. kromoszóma
A kromoszómák elhelyezkedése a territóriumokban helyezkednek el.
sejtmagban kromoszómára
specifikus fluoreszcens hibridizációs Az egyes kromoszómák által elfoglalt territóriumok közötti
próbákkal határozható meg. átfedés kicsi.

A kromoszóma territóriumok elhelyezkedése azonban nem


meghatározott, sejtről – sejtre eltérő lehet.
A kromatin magasabbrendű szerkezete

A metafázisos kromoszóma kialakulása a


kromatin további kondenzációjával jár.

SMC alegységeből felépülő kondenzin


komplex ATP felhasználásával a 30-nm-es
rostot 100-130 nm-es kromonéma szállá
kondenzálja.

A kromonéma szálak a profázisban 200-500


nm átmérőjű profázisos kromatidákká
kondenzálódnak.

A profázisos kromatidák 500-700 nm-es,


metafázisos kromatidákká kondenzálódnak.
A kromatin szerkezete

DNS dupla helix


A kromatin szerveződése

10 nm-es rost
o a sejtosztódás során

o interfázisos sejtmagban
30 nm-es rost

kromatin
hurkok,
kromonéma

kromatida

Kromoszóma Topológiai 30 nm-es rost 10 nm-es rost


territóriumok domének

mitotikus
kromoszóma
Vége

Köszönöm a figyelmet!
A DNS megkettőződése: a replikáció
A molekuláris biológia centrális dogmája

transzkripció transzláció

replikáció
Replikáció

o A sejt DNS állományának megkettőződését


replikációnak nevezzük.
o Enzim által (DNS polimeráz) katalizált, templát függő
folyamat.
o A replikáció során a DNS két szála szétválik
egymástól, és mindegyik eredeti DNS szál mellé egy
vele komplementer új szál szintetizálódik
(szemikonzervatív replikáció).

Replikáció A replikáció igen pontos folyamat, nagyfokú hűsége


prokariótákban szükséges a generációk közötti megfelelő genetikai
folyamatosan zajlik, információ átadáshoz.
eukariótákban csak a
o Baktériumokban ~ 3 nukleotid csere / 1010 nukleotidonként
sejtciklus S fázisában. osztódásonként

o Emberben ~ 1 nukleotid csere / 1010 nukleotidonként


sejtosztódásonként
Meselson-Stahl kísérlet

Hogyan zajlik a DNS replikációja?

Szemikonzervatív
mechanizmus:
Konzervatív mechanizmus:
a lemásolt templát szál
a két új DNS szál egymással
és a róla másolt új DNS
alkot duplaszálú DNS-t
szál képez egymással
duplaszálú DNS-t
Meselson-Stahl kísérlet

A DNS szemikonzervatív replikációját a


Meselson-Stahl kísérlettel bizonyították.

E. coli sejteket nehéz nitrogén izotópon


(15N) növeltek, majd könnyű nitrogén
(14N) izotópot tartalmazó tápoldatba
helyezték őket.
Ezt követően rendszeres időközönként
mintákat vettek a sejtekből, és sűrűség-
grádiens centrifugálással vizsgálták a
DNS-ük sűrűségét (izotóptartalmát).

Az eredmények a szemikonzervatív
replikációt támogatták.
A DNS szintézise

o A DNS szintézise (DNS) templát függő módon


történik úgy, hogy az újonnan képződő szál egy már
meglévő DNS szál komplementere lesz.
o Szubsztrátként dezoxinukleozid-trifoszfátok (dNTP)
szükségesek a szintézishez, melyek a
báziskomplementaritás szabályai szerint épülnek be
a szintetizált szálba.
o DNS polimeráz enzimek által katalizáltan történik,
mely észter kötést hoz létre a szálvégi 3’-OH csoport
és a beépülő nukleotid 5’ α-foszfát csoportja között
o A szintézis kizárólag 5’ – 3’ irányban történik (az új
nukleotidok a 3’ véghez adódnak hozzá)
o A reakció energiaigényét a pirofoszfát lehasadása
biztosítja.
DNS szintézis hűségét fokozó folyamatok

A DNS szintézis hűsége jóval magasabb, mint amit a bázisok


párosodása önmagában magyarázna.

A másolás hűségét fokozzák:


o A foszfodiészter kötés létrehozását megelőzően a DNS
polimeráz stabilabb kapcsolatot tud kialakítani a
korrekten bázispárosodó nukleotiddal, mint egy másik
nukleotiddal.
o Proofreading vagy hibajavító aktivitás: A DNS polimeráz
csak tökéletesen bázispárosodott 3’ végi nukleotidhoz
tud újabb nukleotidot kapcsolni. Amennyiben a 3’ vég
nem illeszkedik tökéletesen 3’ – 5’ irányú exonukleáz
(ú.n. proofreading) aktivitásával eltávolítja a hibásan
illeszkedő bázis(oka)t, majd folytatja a szintézist.
o Szál-irányította mismatch repair („bázisok hibás
illeszkedésének javítása”, lásd később)
Replikációs villa

A DNS szintézis helyén a dsDNS két szála helikáz


enzimek hatására szétválik, a két egyesszálú szakaszon
egyszerre zajlik az új DNS szálak szintézise.

Ezt a szerkezetet nevezik replikációs villának.


A replikációs villa a kiindulási ponttól (replikációs
origó) indulva, onnan távolodva halad előre.

DE: a DNS két szála antiparalel lefutású, a szintézis


pedig csak egy irányba (5’ – 3’) folyik
o Vezető szál: a DNS szintézis iránya megegyezik a
replikációs villa mozgásának irányával, ezért
folyamatos a szintézis
o Késlekedő (lemaradó) szál: a DNS szintézis iránya
ellentétes a replikációs villa mozgásának irányával,
a DNS szintézis itt szakaszosan történik, ú.n.
Okazaki fragmentumok jönnek létre
A DNS szálak szétnyitása energiaigényes

A DNS szálak szétnyitása a replikációs villa előtt energiaigényes folyamat.

Ezt a feladatot hexamer helikáz enzimek végzik ATP felhasználásával.


A helikázok egyesszálú DNS-hez képesek kötődni, és azon haladva felbontani a
kettősszálú szakaszokat. Sebességük ~1000 bp/mp.
Haladásuk iránya lehet 5’ – 3’ vagy 3’ – 5’ irány, prokariótákban az 5’ – 3’ irány
gyakoribb.

A helikáz által felnyitott


egyesszálú DNS szakaszokat
SSB (single-strand binding,
egyesszál kötő) fehérjék kötik
és stabilizálják.
Replikációs villa

Késlekedő (lemaradó) szál: a DNS szintézis iránya replikációs villa


ellentétes a replikációs villa mozgásának irányával, a
DNS szintézis itt szakaszosan történik, ú.n. Okazaki
fragmentumok jönnek létre

Vezető szál: a DNS szintézis iránya megegyezik a


replikációs villa mozgásának irányával, ezért
folyamatos a szintézis
A DNS szintézis elindításához primer szükséges

A DNS polimeráz enzimek nem képesek új DNS lánc szintézisének


megkezdésére, csak egy meglévő lánc folytatására.

Ezért szükség van egy a templáttal komplementer rövid DNS vagy RNS
láncindító oligonukleotidra, ú.n. primerre, amelynek 3’-OH
csoportjáról indulva a DNS polimeráz bele tud kezdeni az új szál
szintézisébe.

A replikáció során primáz enzim szintetizálja a rövid (~12 nukleotid),


DNS templáttal komplementer RNS primereket.

Eukariótákban a primáz által létrehozott RNS primert a DNS


polimeráz α meghosszabbítja ~25 nukleotidnyi DNS-sel, majd a DNS
polimeráz δ folytatja az Okazaki fragmentum szintézisét.
A késlekedő szál szintézise

DNS primáz új RNS primert szintetizál (baktériumokban


1000-2000, eukariótákban 100-200 nukleotidonként).

A DNS polimeráz a primerről indulva a templáttal


komplementer DNS-t szintetizál, ú.n. Okazaki
fragmentumokat hoz létre. Az Okazaki fragmentumok nem
kapcsolódnak egymáshoz.

Az RNS primerek eltávolításra kerülnek (prokariótákban DNS


pol I, eukariótákban RNáz H által), helyüket DNS polimeráz
DNS-sel tölti fel.

Az Okazaki fragmentumokat DNS ligáz kapcsolja össze.


Topoizomerázok

A replikációval járó DNS topológiai probléma, hogy a két szál szétnyitása miatt a replikációs
villa előtt pozitív supercoil csavarulatok jönnek létre.

Ennek feloldását topoizomeráz enzimek végzik.

Topoizomeráz I: kovalensen kapcsolódva a foszfát csoporthoz felbontja a foszfodiészter kötést


az egyik szálon. A DNS szabadon körbefordulhat, majd a foszfodiészter kötés visszazáródik.

Topoizomeráz II: Kovalensen kötődik a DNS mindkét szálához, így duplaszálú törést hoz létre,
ahol átbújtat egy másik, kereszteződő DNS-t, majd zárja a DNS láncot. Ez ATP igényes folyamat.
Negatív supercoilt hoz létre a még nem szétnyílt szülői DNS-ben.
Prokarióta replikációs villa

A villa elején a helikáz halad, az


egyesszálú szakaszokat SSB fehérjék
kötik.

A villában 2 replikatív polimerázt


találunk, a vezető és késlekedő szál
szintézisét is DNS polimeráz III végzi.

A késlekedő szálon primáz hoz létre RNS


primereket néhány 100 bp-onként.

A polimerázok processzivitását (hány


nukleotidot képes beépíteni
egyhuzamban) ú.n. csúszó kapocs
alegységek fokozzák. A csúszó kapocs
körbeveszi a DNS-t, ú.n. kapocs töltő
alegység kapcsolja a DNS-re, erre a
késlekedő szálon ismétlődően szükség
van.
Eukarióta replikációs villa – SV40 vírus replikációja

1. Large T-antigén: replikatív helikáz, hexamer fehérje amely


szétnyitja a DNS két szálát. Ez az egyetlen virális fehérje az
ábrázolt villában.
2. A késlekedő szál helikázhoz közeli, egyesszálú szakaszát
heterotrimer RPA (Replication Protein A) fehérjék
stabilizálják.
3. DNS polimeráz ε szintetizálja a vezető szálat, mely komplexet
képez a homotrimer PCNA-vel (Proliferating Cell Nuclear
Antigen). A PCNA központi járata körbefogja a megszintetizált
dsDNS-t, ezért csúszó kapocsnak (sliding clamp) is nevezik. A
PCNA gátolja, hogy a polimeráz leváljon a DNS-ről, így fokozza
processzivitását.
4. Primáz: ~12 nukleotidos RNS primert szintetizál, ezt DNS
polimeráz α további ~25 dezoxinukleotiddal egészíti ki
5. DNS polimeráz δ szintetizálja a késlekedő szálat a primerekről
indulva, komplexet képez PCNA-vel, amely eltávolítja a primáz
– Pol α komplexet. A pentamer RFC (Replication Factor C)
nyitja szét a PCNA-t, hogy a DNS-hez tudjon kapcsolódni,
ezért kapocs töltőnek (clamp loader) is nevezik.
Kétirányú DNS szintézis

A DNS replikációja az ú.n. replikációs


origónál kezdődik.

A replikációs origónál megkezdett DNS


szintézis kétirányú, két ellenkező irányba
haladó replikációs villa jön létre.

Mind a két villában zajlik egy vezető és


egy késlekedő szál szintézis.
Kétirányú DNS szintézis

Mivel a DNS két szála antiparalel, ugyan az a DNS


szál az egyik villában vezető szál, míg a másik
villában késlekedő szál templátja lesz!
Prokarióta replikáció iniciációja

A replikáció a kromoszóma egyetlen pontján a replikációs origóban


(E. coliban OriC) kezdődik.

Az origó AT gazdag (kevesebb H-híd!) szekvenciát tartalmaz.

Az AT gazdag szekvenciához iniciátor fehérjék (dnaA) kapcsolódnak,


amelyek megfeszítik a DNS láncot, hogy az lokálisan felnyíljon.

A felnyílt szakaszhoz DNS helikáz (dnaB) kapcsolódik, a helikáz „töltő”


fehérje (dnaC) leválásakor aktiválódik és elkezdi a szálak
szétválasztását, az egyesszálú részeket SSB fehérjék stabilizálják.

Primáz (dnaG) fehérjék kötődnek be és megszintetizálják a kezdő


primereket; majd DNS polimerázok asszociálódnak a villához, ezzel
megindulhat a DNS szintézis a két létrejött replikációs villában.

A két villa ellentétes irányban mozog a kromoszómán.


Eukarióta replikáció iniciációja

élesztő krom. III.

Az eukarióta kromoszómákon több replikációs origó található, általában több


10.000 – 100.000 bp távolságra egymástól.

o A replikációs origóhoz a hat alegységes ORC (Origin Recognition Complex)


fehérje, valamint további fehérjék kapcsolódnak, melyek lehetővé teszik
két ellentétes orientációjú, MCM helikáz kötődését.
o Az MCM helikázok szétválasztják a DNS két szálát, az egyesszálú
szakaszokat RPA (Replication Protein A) fehérjék stabilizálják.
o A replikáció iniciációja szigorúan szabályozott folyamat. A replikációs villa
iniciációjához az MCM helikáz foszforilációja szükséges, amely S-fázisos
ciklin-dependens kináz függő folyamat.
o Az MCM aktivációja után töltődhetnek a villába a replikációhoz szükséges
további fehérjék.
Végreplikációs probléma

Végreplikációs probléma: a lineáris


kromoszómák végei nem tudnak tökéletesen
replikálódni, mert a lemaradó szál legvégének
szintéziséhez nem lehet primert elhelyezni.
Végreplikációs probléma és telomeráz

A telomer rövidülésére a megoldás a telomer terminális transzferáz


vagy telomeráz ribonukleoprotein komplex.

A telomeráz egy speciális reverz transzkriptáz, amely a komplexben


található RNS molekulát templátul használva egy rövid szekvencia
ismétlődő hozzáadásával meghosszabbítja a telomert.
Replikáció

„a ribonukleinsav és deoxyribonukleinsav
biológia szintézisének mechanizmusának
felfedezéséért"
Telomeráz

„a kromoszómák
telomerek és
telomeráz enzim általi
védelmének
felfedezéséért”
Vége

Köszönöm a figyelmet!
DNS hibák típusai, kialakulásuk forrásai, DNS
hibajavító mechanizmusok
DNS hibajavítás

A DNS-ben tárolt információ megőrzéséhez


nem elég a replikációnak nagy hűségűnek
lennie, a környezeti károsító hatások miatt
beálló DNS hibákat is javítani kell.

Ha a hiba nem kerül kijavításra, egy


következő replikáció során mutációként
fixálódhat.

Egy sejt genomját naponta mintegy 104 –


106 károsodás éri.

A DNS hibajavító (DNS repair) rendszerek


végzik nagy hatékonysággal a DNS
károsodások javítását, a hibáknak csak
mintegy 0,02%-a fixálódik mutációként.
DNS-ben beálló károsodások forrásai

DNS károsodások előállhatnak


o replikáció hibái és spontán folyamatok
o belső forrásból származó károsító vegyületek
o külső forrásból származó károsító vegyületek
o elektromágneses sugárzás hatására

Leggyakoribb károsodás típusok


o bázis mismatch
o spontán depurináció/depirimidináció
o spontán deamináció
o oxidatív károsodások (pl. hidroxil vagy szuperoxid
gyökök által)
o alkiláció (pl. metiláció SAM forrásról)
o policiklusos aromás szénhidrogének kapcsolódása
o UV sugárzás indukálta pirimidin dimerek
o DNS törés (pl. ionizáló sugárzások)
Bázis tautomeria

gyakori ritka gyakori ritka

Spontán pontmutációk létrejöttének egyik oka a


nukleinsav bázisok tautomeriája.

A nukleinsav bázisok különböző tautomer formákkal,


egymásba spontán átalakulni képes izomerekkel
rendelkeznek, amelyek termodinamikai egyensúlyban
állnak egymással. Ha a replikációs során a ritka tautomerek eltérő
bázispárosodása mismatch-hez, hibás
szálszintézishez vezethet.
DNS károsodások típusai

Depurináció: purin bázis és a deoxiribóz közti N-glikozidos kötés hidrolízise. G vagy


A is lehasadhat így.

Depirimidináció: hasonló módon pirimidin bázis elvesztése.

Ezekben az esetekben a cukor-foszfát gerinc nem sérül, de a bázis hiányozni fog,


abázikus, másnéven AP hely (apurin/apirimidin hely) jön létre.

Ha nem javítódik, pontmutációt (SNP, vagy 1 bp kiesése) eredményez.


DNS károsodások típusai

Deamináció:

o Amino funkciós csoportok lehasadása hidrolízis


által (C, A, G esetében).

o Reguláris DNS bázisok deaminációjával a DNS-re


nem jellemző bázisok jönnek létre, ezek
felismerhetőek a javítórendszer számára.

o pl. citozin uracillá (nem DNS bázis!)


deaminálódik.
DNS károsodások típusai

DE: 5-metilcitozin (egy gyakori bázismódosítás


emlős genomokban) deaminációjával timin
jön létre.

Ha a hiba nem javítódik a DNS replikációja


előtt, az mutációként rögzülni fog az
utódsejtben.
DNS károsodások típusai

Bázis oxidatív károsodása

leggyakrabban reaktív oxigéngyökök (ROS) váltják


ki
o származhatnak külső forrásból
o a sejt metabolizmusa során is képződnek

Az oxidált bázis bázispárosodása eltérő lehet a


„normális” bázisétól, ami mismatchet
eredményez.

pl. guanin oxidatív károsodása


8-oxoguanint eredményezhet, ami
adeninnel bázispárosodik.
DNS károsodások típusai

Bázis alkilálása

Alkil csoport kapcsolása a nukleinsav bázishoz,


megváltoztathatja az alkilált bázis bázispárosodási
tulajdonságait, ami mismatchet eredményez.

Az alkiláló ágens származhat


o endogén forrásból (pl. SAM)
o külső forrásból (pl. EMS (etil-metán-szulfonát))

Pl. guanin metilálása (endogén SAM


donorról) O6-metilguanint
eredményez, amely hibásan
bázispárosodik.
DNS károsodások típusai

UV sugárzás hatására jellemzően pirimidin dimerek


(ciklobután pirimidin dimer, 6-4 fototermék) jön létre.
DNS károsodások típusai

Melyik oldalon
vezethetnek Texasban? 

o UV-A (315-400 nm): 95%-a a felszínre érő UV-nak,


barnulás, öregítő hatás

o UV-B (280-315 nm): bőrpír, DNS károsító, rákkeltő,


öregítő hatású

o UV-C (100-280 nm): legkárosabb, de kiszűri az


atmoszféra
DNS hibajavítás

A DNS hibajavító rendszerek főbb típusai:

o Hibák közvetlen javítása

o Excíziós DNS hibajavító rendszerek. Működésüket a DNS duplaszálú szerkezete teszi lehetővé. Alapműködésük
hasonló: eltávolítják a hibás, nem megfelelően illeszkedő nukleotidokat, majd a hiányt a másik szál alapján DNS
polimeráz és ligáz felhasználásával pótolják.
o Bázis excíziós repair (BER)
o Mismatch repair (MMR)
o Nukleotid excíziós repair (NER)

o Duplaszáltörést javító rendszerek.


o Nem-homológ végek egyesítése (NHEJ)
o Homológ rekombinációs repair (HR)
DNS hibajavítás

Különböző DNS
károsítóhatások eltérő
hibákat okoznak a DNS
szerkezetében.

A különféle hibákat
nekik megfelelő,
különféle hibajavító
rendszerek javítják.

A károsodások
következményei
lehetnek:
o Sejtciklus leállás
o Apoptózis
o Transzkripció és
replikáció gátlása
o Mutációk
DNS hibák közvetlen javítása

Néhány speciális esetben a károsodás közvetlen módon,


nukleotidok cseréje nélkül helyreállítható.

Fotoliáz felbontja az UV sugárzás hatására kialakuló Alkiltranszferázok eltávolíthatnak hibás bázispárosodást


ciklobután primidin dimereket (CPD). okozó bizonyos alkil csoportokat nukleinsav bázisokról.
A fotoliáz látható fény jelenlétében, annak energiáját A folyamat során az alkil csoport az alkiltranszferázra
felhasználva működik, megtalálható baktériumokban és kerülve inaktiválhatja azt (telíthető rendszer).
egyszerű eukariótákban (emberben nem).
Mismatch excíziós repair

Bázis mismatch-eket valamint kis inszerciókat és deléciókat a mismatch repair rendszer (MMR)
javítja.
Ez a rendszer a replikációt követően működik, szálspecifikus
módon. Hogyan különböztetheti meg a régi és az új DNS szálat?
o Gram negatív baktériumokban a régi szál metilált, az új nem.
o Késlekedő szálon Okazaki fragmentumok közti nick-ek jelenléte.

1. MSH2 és MSH6 fehérjék dimerje (coli MutS homológjai)


felismeri és kötődik a hibás részhez, felismerve az eredeti
szálat.
2. MLH1 és PMS2 endonukleáz (coli MutL homológjai) kötődnek,
elvágják a szálat a hiba közelében.
3. DNS helikáz szétnyitja a DNS két szálát, exonukleáz lehasítja a
hibás szál nukleotidjait egy rövid szakaszon.
4. DNS polimeráz δ feltölti a hiányt, majd DNS ligáz zárja a szálat.
Bázis excíziós repair

A bázis excíziós repair (BER) replikációt megelőzően javítja a DNS károsodásokat.


o A sejtben többféle DNS glükoziláz ismeri fel a különféleképp károsodott (pl. oxidált vagy alkilált)
bázisokat, G:T bázispárokat.
o Ez a javítórendszer javítja az AP helyeket és nickeket is.

pl. 5-metilcitozin deaminációja timint eredményez,


így hibás G:T bázispár jön létre.

Melyik az eredeti, „jó” nukleotid, melyik a hibás?

Mivel a G:T párokban szinte mindig a T hibás,


javítórendszer a T-t cseréli le.

1. DNS glikoziláz hidrolizálja a timin bázis és a


dezoxiribóz közti glikozidos kötést.
2. AP endonukleáz (APE1) a létrejött abázikus
hely mellett elvágja a DNS láncot.
3. A dezoxiribóz-foszfátot AP liáz eltávolítja, majd
DNS polimeráz β a templát alapján kipótolja a
láncot, helyreállítja a G:C párt.
4. DNS ligáz zárja a foszfodiészter kötést.
Nukleotid excíziós repair

A DNS lokális szerkezetében torzulást okozó hibákat a


nukleotid excíziós repair (NER) rendszer javítja.
Ilyen hibák pl: UV indukálta timin dimerek, kémiai adduktok
(pl aflatoxin B1).

1. A DNS felszínén beálló torzulást fehérje komplex érzékeli


(XP-C és 23B fehérjék komplexe).
2. Ez a komplex ide vonzza a TFIIH általános transzkripciós
faktort, mely helikáz alegységével lokálisan szétnyitja a DNS-
timin t. A szerkezetet XP-G és RPA fehérjék stabilizálják, míg egy
dimer 25 nukleotidnyi buborék keletkezik.
3. Az XP-G és XP-F endonukleázok 24-32 nukleotid
távolságra egymástól vágásokat ejtenek a sérült száron.
4. A hiányzó részt DNS polimeráz feltölti, majd DNS ligáz
zárja.
Transzkripció kapcsolt repair: A hibajavítás gyorsabban zajlik aktívan átírt régiókban. TFIIH részvétele a
transzkripcióban és a hibajavításban is magyarázhatja a két folyamat kapcsoltságát. Transzkripció során DNS
hibán történő elakadáskor az RNS polimerázhoz CSA és CSB fehérjék és TFIIH kapcsolódik, majd NER zajlik a fenti
2. ponttól kezdve.
Transzléziós DNS polimerázok

Kiterjedt DNS károsodás esetén a károsodás mértéke


meghaladhatja a javító apparátus kapacitását.

Ez a replikáció leállását idézi elő a károsodott DNS szakaszon.

Ilyen esetben a replikatív DNS polimeráz leválik a csúszó


kapocsról, helyét ú.n. transzléziós (TLS) polimeráz veszi át.

A transzléziós polimerázok kevésbé szigorúak a templát szálban


található bázisokkal szemben, és nem rendelkeznek
proofreading aktivitással.

Működésük eredményeképpen a sejt replikációja át tud hidalni


károsodott részeket, oda DNS-t tud szintetizálni, de
megemelkedett mutációs kockázat árán.
Duplaszálú DNS törések javítása

Ionizáló sugárzások (Röntgen-sugárzás, gamma-sugárzás) valamint


egyes kémiai ágensek duplaszálú törést idézhetnek elő a DNS-ben.

A duplaszálú DNS törés (DSB, Double Strand Break) különösen veszélyes


DNS károsodás, mivel az így létrejött DNS fragmentumok centromer
hiányában elveszhetnek, vagy rosszul összeillesztve
kromoszómaátrendeződéseket hozhatnak létre.

Két javítási útvonal ennek a problémának a kezelésére:

o Nem-homológ végek egyesítése (NHEJ, Non-


Homologous End Joining)

o Homológ rekombinációs hibajavítás (HR)


NHEJ

A DSB törések javításának domináns módja többsejtűekben


a nem-homológ végek egyesítése. Csak ez működik, amikor
sister kromatida nem áll rendelkezésre (sejtciklus S és G2
fázisán kívül).

Működése során Ku70/Ku80 fehérjék és egy protein kináz


komplexe kapcsolódik a DNS végekhez, azokat összetartja. A
DNS végeket nukleázok visszaemésztik, majd ligáz összezárja.

A NHEJ egy nem-hibamentes (hibageneráló) javítási mód:


o A folyamat eredményeként a javított törés helyén
mikrodeléció (néhány bp hiánya) keletkezik. 70 éves korra
a szomatikus sejtekben sejtenként ~2000 ilyen hiba
halmozódhat fel.

o Nem megfelelő szabad végek összekapcsolása


kromoszóma aberrációkat (transzlokációk, inverziók)
eredményez. Centromer nélküli vagy több centromert
tartalmazó fragmentumok nem megfelelően
szegregálódnak, elvesznek.
Homológ rekombinációs repair

A DSB törések újonnan replikált DNS-en, mikor sister


kromatida rendelkezésre áll (sejtciklus S és G2 fázisa)
homológ rekombinációs repair-rel javítódnak.

A javítás során a nem sérült sister kromatida szolgál a javítás


templátjául, a javítás hibamentes.

1. 5’ exonukleázok visszaemésztik a törött végeket, 3’-túlnyúló


végeket hagyva.
2. Az egyik 3’ túlnyúló vég kiszorítja a sister kromatida egyik szálát,
és bázispárosodik a másikkal. Ezt a szál inváziót RecA (E. coli)
illetve Rad51 (eukarióta) fehérjék katalizálják.
3. Az inváziós 3’-végről megindul a DNS szintézis, a kiszoruló DNS
szál templátul szolgál a másik törött 3’-végről induló
szintézishez.
4. DNS szintézis zajlik a 3’-végekről.
5. DNS ligáz összekapcsolja a DNS szálakat (a visszaemésztett 5’-
végeket az újonnan szintetizált 3’-végekkel). Így két Holliday
szerkezet jön létre, amelyek vándorolhatnak (nincs ábrázolva).
6. A Holliday kereszteket endonukleáz és ligáz feloldja; a vágások
pozíciójától függően szülői vagy rekombináns kromoszómákat
kapunk.
Homológ rekombinációs repair

A Holliday szerkezet feloldása szülői (1) vagy rekombináns (2) kromoszómákat


eredményezhet.
Defektív DNS hibajavításhoz köthető szindrómák
Nobel 2015

„a DNS hibajavítás mechanizmusának vizsgálatáért”


Vége

Köszönöm a figyelmet!
A gének átírásának (a transzkripció)
mechanizmusa
A genetikai információ áramlás R

A sejtek genetikai információja a DNS-ben van tárolva. Ez a genetikai anyag


RNS és fehérje molekulák felépítéséhez szükséges információkat tartalmaz.

Amikor a sejtnek egy adott fehérjére van szüksége, először a DNS


megfelelő szegmenséről RNS másolat készül a transzkripciónak vagy
génátírásnak nevezett folyamat során.

Fehérjét kódoló gének esetén ezeknek a hírvivő (messenger) mRNS


molekuláknak a bázissorrendje (szekvenciája) határozza meg a képződő
fehérje aminosav sorrendjét a fehérje szintézis (transzláció) folyamata
során.

Így a genetikai információ áramlásának iránya:

DNS ➔ RNS ➔ fehérje

Ezt nevezik a molekuláris biológia centrális dogmájának.


Gének a genomban R

A kromoszómák interfázisban egy darab


DNS molekulát tartalmaznak.

A humán kromoszómák mérete


~ 50 – 250 millió bázispár!

A DNS azon szakaszait, amely


tartalmazzák egy RNS molekula
szintéziséhez szükséges információkat,
géneknek nevezzük.

Egy kromoszómán nagyszámú gén


található, számuk általában százas –
ezres nagyságrendben van.

A gének hossza általában ezer-tízezer


bázispáros nagyságrendben van.

A fehérjék az egyes génekről készült RNS


másolatok alapján szintetizálódnak.
A transzkripció során RNS másolat készül a génről

A transzkripció során az információtároló funkciójú, általában fix


mennyiségű (pl. két kópia diploid élőlényekben) DNS molekuláról nagy
mennyiségű információhordozó RNS molekula képződhet.

Ez a másolat „sokszorozás” hozzájárul ahhoz, hogy a kis mennyiségű DNS


templát alapján szükség szerinti, akár nagy mennyiségű fehérje molekula
képződhessen.
A transzkripció mértéke szabályozható

Különböző génekről eltérő gyakorisággal


íródhatnak át transzkriptumok, a génekről
eltérő mennyiségű RNS másolat készülhet.

Ez lehetővé teszi a génexpresszió szövet és


stádium specifikus szabályozását:
o különböző sejtek
o különböző fejlődési állapotok
o reagálás környezeti hatásokra

A génexpresszió szabályozásának egyik


legfontosabb lépése a transzkripció
iniciációjának szabályozása.
Az eukarióta sejtekben képződő RNS főbb típusai
Az eukarióta sejtekben képződő RNS főbb típusai R

Az eukarióta sejtek főbb RNS típusai


mRNS Hírvivő / messenger RNS, fehérjék szintéziséhez szükséges információt hordoz
rRNS Riboszómális RNS, riboszómák szerkezeti komponensei és fehérje szintézis katalizátora
tRNS Transzfer RNS, fehérje szintézis során aminosavakat szállít, dekódolja az mRNS-t
snRNS Kis magi RNS, több sejtmagi folyamatban szerepelnek, pl. pre-mRNS-ek splicingjában
Nem kódoló RNS-ek

snoRNS Kis magvacska RNS, rRNS-ek processzálásában és kémiai módosításaiban játszanak


szerepet
miRNS microRNS, a génkifejeződés szabályozzák transzláció blokkolásával
siRNS Kis interferáló RNS, mRNS-ek degradációjában és kompakt kromatin szerkezet
kialakításában vesznek részt
piRNS Piwi-kölcsönható RNS, piwi fehérjékhez kapcsolódva a csíravonalat védik transzpozonok
aktivációjától
lncRNS Hosszú nem-kódoló RNS, 200 bp-nál hosszabb nem-kódoló RNS-ek, változatos
folyamatokban szerepelnek, gyakran vázalkotó elemként, pl. X inaktiváció

Mindezen RNS féleségek képződésének első lépése a transzkripció.


Az RNS molekulák főbb jellegzetességei R

Az RNS molekulák a DNS-hez


hasonlóan nukleotidok lineáris
polimerjei.

Fő különbségek a DNS-hez képest:


o Dezoxiribóz helyett ribóz cukor
komponenst tartalmaz
o Az egyik nukleinsav bázis eltérő:
timin helyett uracilt tartalmaz
o A szervezetben általában
egyesszálú formában található
Az RNS bázispárosodásra képes R
Bár az RNS alapvetően egyesszálú,
bázispárosodásra képes komplementer
szekvenciájú DNS és RNS molekulákkal is.

Az így képzett hibridekben


o a két szál antiparalel lefutású
o a bázis párosodás során a citozin
guaninnal (CG), az uracil a timinhez
hasonlóan adeninnel párosodik (A=U).

Az RNS bázispárosodásának számos


folyamatban van kritikus szerepe, mint
például:
o Transzkripció
o Splicing
o Transzláció
A transzkripció során a DNS egyik száláról készül másolat

A transzkripció során az RNS polimeráz enzim a DNS egyik


száláról vele antiparalel lefutású, komplementer
szekvenciájú RNS másolatot készít.

o Templát szál (template vagy antisense strand): a DNS


molekula azon szála, amelyet mintául felhasználva az RNS
másolat készül. Szekvenciája a képződő RNS molekulával
komplementer.

o Értelmes szál (nontemplate vagy sense strand): a templát


5’-C G T T A G C T G A A T C-3’ szállal komplementer DNS szál, szekvenciája az RNS
3’-G C A A T C G A C T T A G-5’ molekuláéval megegyezik. (Leszámítva, hogy U helyett T
található benne.

5’-C G U U A G C U G A A U C-3’
Génenként eltérő DNS szál szolgálhat templátul

Fontos:
A templát szál / értelmes szál megkülönböztetés csak egy génen belül érvényes.
A DNS mindkét szála szolgálhat templátul különböző géneknek (egyes géneknek az
egyik, másik géneknek a másik).
A transzkripció biokémiai mechanizmusa

Az RNS szál szintézise:

o (NMP)n + NTP → (NMP)n+1 + PPi

o DNS templát alapján, báziskomplementaritás szabályait betartva


történik. (G≡C, C≡G, A=U, T=A)

o A szintézis iránya mindig 5’ → 3’, a templát DNS szállal ellentétes


irányú (antiparalel).

o A nukleotidok (ribonukleozid-trifoszfát, rNTP, NTP) egyesével


adódnak a növekvő RNS lánc 3’ végéhez. A képződött RNS és a
DNS templát csak egy rövid szakaszon (~8 bp) alkot hibridet.

o Észter kötés alakul ki a 3’-végi oxigén és a bázispárosodott NTP 5’


α-foszfátja között.

o RNS polimeráz enzim katalizálja, hibarátája ~104.


A replikáció és a transzkripció összehasonlítása

Főbb hasonlóságok: Főbb különbségek:

o DNS templát alapján, o DNS ill. RNS szál képződik.


báziskomplementaritáson alapuló másolás. o dNTP ill. rNTP monomerek.
o A templát DNS szál és a képződő o Replikáció során a DNS mindkét szála
polinukleotid lánc ellentétes lefutású. templát, transzkripció során csak az egyik.
o Azonos a szintézis iránya 5’ → 3’. o DNS szintézis elindításához szükség van
o Nukleozid-trifoszfát monomerek adódnak primerre, RNS szintézishez nincs.
egyenként a készülő lánc 3’ végéhez. o RNS szintézis elindításához szükség van
o Azonos kémiai mechanizmus: észter kötés promóterre.
kialakítása 3’-OH csoport, és az d/rNTP 5’ o A replikációval létrejövő két dsDNS-sel
α-foszfátja között. A szükséges energia a szemben a transzkripcióval létrejött RNS és
makroerg kötés felszakadásából származik. a templát DNS csak egy rövid szakaszon
o Enzim katalizálja. marad duplaszálú.
o Iniciáció, elongáció és termináció lépések. o A DNS polimerázzal szemben az RNS
polimeráz abszolút processzivitású enzim.
A transzkripció mechanizmusa prokariótákban
A promóterek a transzkripció kiindulási helyei

5’

Promóter: az RNS polimeráz kötődési helye a génen, aszimmetrikus szekvencia így irányultságot ad a transzkripciónak
Transzkripciós start hely (TSS): a transzkripció során átírt első nukleotid pozíciója, +1 számozású
Kódoló szekvencia (CDS): aminosavakat kódoló nukleotidokat tartalmazó szakasz
Downstream: a transzkripció során az RNS polimeráz haladási irányába eső
Upstream: downstream-mel ellentétes irány
Elsődleges transzkript(um) / naszcens RNS: a transzkripció során képződő, még nem processzált RNS
Az transzkripciót folyamatát RNS polimeráz katalizálja
RNS szál DNS templát alapján történő szintézisét katalizálja.

Szerkezetileg nem hasonlítanak a DNS polimerázokra, azokkal nem


konzerváltak.

Több alegységből álló enzim, baktériumoknál:

RNS polimeráz core enzim:


β és β’ nagy alegységek
2  alegység
 alegység
RNS polimeráz holoenzim:
core enzim +  faktor (iniciációs faktor)

Katalízis sebessége prokariótáknál ~ 50 nukleotid/mp.

Hibarátájuk a DNS polimerázokénál nagyobb: ~ 1/104 , hibajavításra


képesek.

Abszolút processzivitással rendelkeznek.


A bakteriális RNS polimeráz egy több alegységből álló multiprotein komplex

A  faktor része az RNS polimeráz holoenzimnek, fő funkciója a


promóter felsimerése.
A promóter felismerés nukleotid szekvencia alapján történik.
A promóterek a transzkripció kiindulási helyei
A transzkripciós egységekben az átírás kezdetének és
végének pozícióját szignál szekvenciák jelölik.
bázisok gyakorisága a bakteriális
promóter egyes pozícióiban
Bakteriális promóter: A transzkripció iniciációjához
szükséges, a TSS-től upstream helyezkedik el.

Promóter konszenzus szekvenciák (nagyszámú


promóter alapján):
o -10 szekvencia (TATAAT, Pribnow box) : -faktor
ismeri fel
o -35 szekvencia (TTGAC) : -faktor ismeri fel
o UP elem -40 ~ -60 A/T gazdag : α alegység C-
terminális része (αCTD) ismeri fel
szekvencia logo

A promóter szekvenciája meghatározza „erősségét” –


azt, hogy milyen gyakorisággal képes transzkripciót
inicializálni.
70 iniciációs faktort tartalmazó RNS polimerázok felismerőhelye

A -35 és -10 régiókhoz a σ-faktor,

az UP elemhez az α alegységek
kötődhetnek.
A prokarióták génszerveződésének jellegzetességei R

A DNS promótertől transzkripciós


terminátorig terjedő egyben átírt részét
transzkripciós egységnek nevezzük.

Prokariótákra jellemző, hogy összefüggő


funkciójú, például egy metabolikus útba
eső fehérjéket kódoló gének egy
transzkripciós egységbe esnek.

Ezekről egyetlen, több polipeptidet kódoló


úgynevezett policisztronos mRNS képződik.
Az ilyen transzkripciós egységeket, amelyekben
A policisztronos mRNS-ben minden gén egyetlen promóterről kiindulva egyetlen
által kódolt fehérjének saját transzlációs policisztronos mRNS képződik, operonoknak
START és STOP helye van. nevezzük.
A transzkripció iniciációja

Az RNS polimerác core enzim a -faktorral kiegészülve


alkotja a holoenzimet, ez lazán asszociálódik a DNS-sel,
és képes rajta elmozdulni („csúszni”).

Mikor promóterre talál, a holoenzim DNS-hez való


kapcsolódása szorosabbá válik. Létrejön az ú.n. zárt
komplex.

A holoenzim a promóternél egy rövid szakaszon (12-14


bp) felbontja a kettősszálú szerkezetet: transzkripciós
buborék, ezt a -faktor stabilizálja. Létrejön az ú.n.
nyitott komplex.
A transzkripció iniciációja

Az első két nukleotid összakapcsolásával megindul a


szintézis.

Kezdetben gyakran csak 8 nukleotidnyi RNS szakaszok


íródnak át: abortív iniciáció.

Mikor sikerül elszabadulni a promóterről, akkor a


holoenzimről disszociál a -faktor, és a transzkripció az
elongációval folytatódik.
A transzkripció elongációja

Az elongáció során a -faktor nélküli RNS polimeráz core enzim kapcsolódva


marad a DNS-hez.

Az RNS polimeráz a DNS szálon haladva 5’ → 3’ irányban szintetizálja az RNS


szálat, a szintézis sebessége ~50 nukleotid/másodperc.

Eközben a transzkripciós buborék (14-20 bp felnyílt régió) a polimerázzal


együtt halad, a DNS a polimeráz előtt felnyílik, mögötte összezárul. A
szintetizálódó RNS szál 3’ végének utolsó ~8 nukleotidja képez hibridet a
templát DNS-sel.
Az elongáló RNS polimeráz core enzim

Az RNS polimeráz meghajlítja a DNS molekulát.

A ββ’ által kialakított Mg2+ iont tartalmazó aktív


helyen történik a nukleotid addíció.

Az aktív helyen egyesszálú formában van a DNS,


utána ~8 nukleotidnyi DNS-RNS hibrid.

Az RNS polimeráz – DNS – RNS komplex nagyon


stabil, ez biztosítja az RNS polimeráz
nagymértékű processzivitását, ami szükséges,
mivel ugyanaz az RNS polimeráz kell hogy
befejezze a szintézist, ami elkezdte.
A transzkripció terminációja
A transzkripció terminációja akkor következik be, mikor az RNS
polimeráz elongáció során átírja a terminátor szekvenciát.

A terminátor tartalmaz egy szimmetrikus (palindrom) DNS


szekvenciát, mely átírás után hairpin (hajtű) szerkezetet tud felvenni.
A terminátor szekvencia átírása után a szintézis leáll, az RNS polimeráz
elereszti mind a DNS mind az RNS molekulát.

A bakteriális transzkripció terminációjának két típusa:


o Rho (ρ) függő termináció: Az RNS helikáz aktivitású Rho fehérje
faktor a terminátor szekvenciától upstream elhelyezkedő rut (rho
utilisation site) szekvenciához kötődik, ahonnan az RNS szálon
haladva a beéri a várakozó polimerázt és szétválasztja a DNS-RNS
hibridet.
o Rho független termináció: fehérje faktort nem igényel, viszont a
hajtű szerkezet után legalább 3-4 U-t kódoló szakasznak (AAAA)
kell következnie.
Szimultán transzkripciós folyamatok

Két gén transzkripciója az elektronikroszkópos képen.

Egy génen a transzkripció iniciációja rövid időközönként bekövetkezhet, nem kell


előtte befejezni a korábban megkezdett transzkriptumot.

→ A génről több RNS transzkriptum íródhat át egyidőben (szimultán).

Mivel nincs a transzkripció és a transzláció folyamatát elválasztó sejtmagmembrán,


a transzláció már az mRNS-ek transzkripciója közben megkezdődhet.
A transzkripció szuperhelikális feszültséget generál

A DNS duplahélixen haladó RNS


polimerázok szuperhelikális feszültséget
hoznak létre.

Eukariótákban ezt a feszültséget DNS


topoizomeráz enzimek oldják fel.

Baktériumokban a DNS giráz (egy


topoizomeráz II enzim) ATP hidrolízisét
felhasználva negatív szupercoilokat
generál a DNS-be, ami megkönnyíti a
DNS szálak szétválasztását.
A transzkripciós ciklus
A transzkripció mechanizmusa eukariótákban
Prokarióta és eukarióta gének összehasonlítása R

Prokarióták Eukarióták

Míg prokariótákra jellemzőek


az operonba szerveződött
gének és a policisztronos
mRNS-ek,

eukariótákban egy
transzkripciós egységről
jellemzően egyetlen
polipeptidlánciot kódoló RNS
íródik át.

Operonokba szerveződő gének. Egymástól elkülönült gének.


Az eukarióta gének transzkripciója

Az eukarióta sejtekben zajló transzkripció


kémiai mechanizmusa megegyezik a
prokariótákban megfigyelhetővel.

Hasonlóan iniciáció – elongáció – termináció


szakaszokra osztható, ezekhez az RNS
polimeráz mellett nagyszámú további faktorra
van szükség.

Eredményeként ú.n. elsődleges transzkriptum


(naszcens RNS) jön létre, mely további
módosításokon megy keresztül, mielőtt felveszi
végleges, funkcionális formáját.
Eukarióta RNS polimerázok

Eukariótákban három RNS polimerázt találunk (növényekben még


kettőt: RNS pol IV, RNS pol V), ezek egymáshoz szerkezetileg
hasonlóak és tartalmazhatnak is közös alegységeket.

Két nagy alegység + 10-12 kisebb.

➢ Prokarióta RNS pol. alegységgel homológ alegységek:


o Két nagy alegység (β β’ –höz hasonló)
o 2  alegységhez hasonló
o 1  alegységhez hasonló

➢ Közös alegységek (mind a három polimerázban megtalálhatók): 4


db

➢ Egyedi, polimeráz specifikus alegységek: 3 – 7 db


Eukarióta RNS polimerázok

Az RNS polimeráz II RPB1 alegysége rendelkezik az ú.n. C-terminális doménnel


(CTD), amely tartalmaz egy tandem ismétlődő Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser
heptapeptid szekvenciát (emberben 52x, élesztőben 26x).

A CTD foszforilációja szükséges az iniciáció – elongáció átmenethez.

Az RNS polimeráz II RPB1 alegysége tartalmaz egy kapocs (clamp) domént,


amely két eltérő állapotban figyelhető meg:

o Szabad RNS polimerázban a kapocs domén nyitott, ekkor a polimerázba


illeszthető a dsDNS.

o Elongáló polimerázban az RPB1 és RPB2 alegységek között képződő RNS-DNS


hibrid elősegíti a kapocs domén záródását, rázárva a polimerázt a DNS
molekulára. Ezt a zárt állapotot tartja fent a DSIF elongációs faktor is. A
záródó kapocs doménnek köszönhetően az RNS igen processzív, nem
disszociál a DNS templátról átírás közben.

A disztrofint kódoló DMD gén a leghosszabb humán gén, a transzkript ~2 Mbp.


Átírása 1-2 kbp/perc sebességgel egy napot is igénybe vehet!
Eukarióta RNS polimerázok által átírt gének

Az eukariótákban található RNS polimerázok eltérő géneket transzkripciójában játszanak szerepet.

Polimeráz Átírt RNS RNS funkció


RNS polimeráz I Pre-rRNS (28S, 18S, 5.8S) Riboszóma összetevők, fehérje szintézis
RNS polimeráz II mRNS Fehérje kódolás
snoRNS RNS módosítások
snRNS RNS splicing
siRNS Kromatin represszió, transzlációs kontroll
miRNS Transzlációs kontroll
lncRNS
RNS polimeráz III tRNS Fehérje szintézis
5S RNS Riboszóma összetevő, fehérje szintézis
snRNS U6 RNS splicing
7S RNS Transzláció során ER szignál felismeréséhez szükséges
Különböző RNS polimerázok eltérő szerkezetű promótereket kötnek

RNS pol I.
core promóter és upstream kontroll elem

RNS pol II.


upstream BRE, TATA box, Inr
downstream DPE
CpG szigetek

RNS pol III.


downsream Box A, Box B, Box C szabályozó
elemek
Az eukarióta RNS pol II promóterek jellemző szerkezete

Az eukarióta promóterek is tartalmaznak jellemző


konzervált szekvencia elemeket, amelyek elősegítik
az RNS polimeráz II pozícionálását.

Bár a legtöbb promóter elem a TSS-től upstream


található, előfordulnak attól downstream
elhelyezkedő promóter elemek is (pl. DPE)

Nem mindegyik promóter tartalmazza mindegyik


szekvencia elemet, a legtöbb esetben 2 – 3
szekvencia elem van jelen.

A promóterekben gyakran előfordulhatnak ú.n. CpG


szigetek is, ilyeneket általában TATA box nélküli,
alacsony szinten átíródó háztartási géneknél
találunk.
A genomban elszórt CpG dinukleotidok metiláltak
(5-metil-citozin). A CpG szigetekben találhatóak
aktív géneken nem metiláltak, metilációjuk
repressziót okoz.
Az RNS polimeráz II

Bár az RNS polimeráz II szerkezetileg nagyon


hasonló a bakteriális RNS polimerázhoz,
működésükben több különbség is van.

A legfontosabbak:

o Míg a bakteriális RNS polimerázok egyetlen 


faktort igényelnek, az eukarióta RNS polimeráz II
számos iniciációs faktort igényel, ezeket általános
transzkripciós faktoroknak nevezzük.

o Az eukarióta transzkripció nukleoszómákkal


csomagolt, kromatin szerkezetben található DNS-
en megy végbe.
Bakteriális RNS polimeráz és eukarióta RNS pol II
konzervált, átfedő régiói zölddel ábrázolva.
Kék: Zn2+, piros Mg2+
Az általános transzkripciós faktorok

Eukariótákban a transzkripció inicializációjához az RNS polimerázok mellett szükség van még úgynevezett
általános transzkripciós faktorokra (General Transcription Factor, GTF) is. Ezek:

o Egymással asszociálódó fehérjék (TFIIA, TFIIB, … )


o Általánosan szükség van rájuk a transzkripció inicializációjához
o Belőlük és az RNS polimerázból épül fel a PreIniciációs Komplex (PIC)
o Funkciójuk a  faktorénak megfelelő ( és TFIIF szerkezetileg is hasonló)

Funkcióik:
o Segítik az RNS polimeráz promóterhez pozícionálását
o Elősegítik a DNS két szálának szétválasztását
o Elősegítik az RNS polimeráz promótertől való elszabadulását, az elongáció megkezdését
Az általános transzkripciós faktorok

Faktor Alegységek száma Szerepe az iniciációban


TFIID
TBP 1 TATA box felismerése
TAF ~14 Egyéb TSS közeli DNS szekvenciák felismerése, TBP DNS
kötésének szabályozása
TFIIA 2 TBP kötése, stabilizálása
TFIIB 1 Promóter BRE elem felismerése, RNS polimeráz TSS-hez
pozícionálása
TFIIF 3 RNS pol – TBP kölcsönhatás stabilizálása, TFIIE és TFIIH
kötése
TFIIE 2 TFIIH kötése és szabályozása
TFIIH 9 DNS szálainak szétválasztása a TSS-nél, RNS polimeráz CTD
foszforilálása, RNS elválasztása a promóterről
TBP: TATA kötő fehérje
TAF: TBP asszociált faktor
CTD: C-terminális domén
A TFIID általános transzkripciós faktor

A TBP (TATA Binding Protein, TATA kötő


fehérje) a TFIID általános transzkripciós
faktor része, amely felelős a promóter
felismeréséért.

A TBP kapcsolódik a TSS előtt ~25 bp-al


14 TBP asszociált faktor (TAFIIs)
elhelyezkedő TATA boxhoz, és ott
Funkcióik: DNS kötés (INR, DPE)
meghajlítja a DNS-t
más faktorok kötése
enzim aktivitás (HAT)
Az RNS polimeráz II transzkripció iniciációja,
a preiniciációs komplex (PIC) összeszerelődése

o A TFIID, melynek része a TBP (TATA kötő fehérje) kötődik a


TATA boxhoz a promóteren, ott a DNS-t meghajlítja.

o A TFIIA a TATA boxtól upstream asszociálódik TBP-vel.

o Ezt követően a komplexhez köt a TFIIB. Ez felismeri a


promóter BRE elemét, a polimerázt a TSS-hez pozícionálja.

o Ezt követően a TFIID-A-B komplexhez kötődik az RNS


polimeráz II és a TFIIF együttese, ezzel kialakul a PIC magja.

o Ezt követően kötődik a TFIIE, amely kötőhelyet alakít ki a


TFIIH számára.

o Végül a komplexhez kötődik a TFIIH, amivel létrejön a zárt


preiniciációs komplex.
Az RNS polimeráz II transzkripció iniciációja,
a preiniciációs komplex (PIC) összeszerelődése

o A TFIIH helikáz alegységével szétnyitja a DNS két szálát.


Ehhez ATP hidrolízise biztosítja az energiát. Ezzel
létrejön a nyitott preiniciációs komplex.

o Ekkor az RNS polimeráz II hozzáfér az egyesszálú


templáthoz, és megkezdi a szintézist.

o A TFIIH kináz alegysége foszforilálja az RNS polimeráz II


C-terminális doménjét (CTD) a Ser5 pozícióban. A
humán CTD 52 tandem heptapeptid ismétlődést
tartalmaz, amely Ser2, Ser5, Ser7 pozíciókban
foszforilálható.

o Ezt és konformációs átrendeződéseket követően a


polimeráz elválik a promótertől és az általános
transzkripciós faktoroktól, és megkezdi az elongációt.
További faktorok a transzkripció iniciációjában

A promóterhez kapcsolódó PIC csak


aktivátor fehérje
alap szintű transzkripciós aktivitást
biztosít. Magasabb szintű aktivitáshoz
további faktorok szükségesek:
enhanszer
az aktivátor fehérje általános transzkripciós faktorok, RNS polimeráz, Transzkripciós aktivátor fehérjék,
kötőhelye mediátor, kromatin átrendező és hiszton módosító amelyek DNS-t kötnek és fokozzák a
enzimek kötődése transzkripciós aktivitást.

kromatin Enhanszerek: DNS elemek, az


átrendező komplex aktivátor fehérjék kötőhelyei, amelyek
Mediátor a promótertől távolabb is
elhelyezkedhetnek.

Mediátor: 31 fehérjéből álló komplex,


amely kapcsolatot biztosít a PIC és az
hiszton módosító enzim aktivátor fehérjék között.

Transzkripció RNS polimeráz és általános A DNS hozzáférhetővé tételéhez


transzkripciós faktorok kromatin átrendező és hiszton
módosító komplexek is szükségesek.
A transzkripció elongációja

Prokariótákban és eukariótákban is úgynevezett elongációs


faktorokra van szükség a hatékony transzkripciós elongációhoz.

Eukariótákban a kromatin szerkezetet is hozzáférhetővé kell tenni


az RNS polimeráz számára, ebben kromatin átrendező faktorok
és hiszton chaperonok játszanak szerepet.

Többsejtű állatokban a legtöbb promóternél az RNS pol II leáll


~100 nukleotid átírása után (promoter-proximal pausing).

Ezt a NELF (negative elongation factor) nevű öt alegységből álló


fehérjekomplex váltja ki. A NELF a DSIF elongációs faktorral
együtt köt az RNS pol II-höz.

A gátlást a P-TEFb (ciklin T–CDK9) kináz oldja fel azáltal, hogy


foszforilálja a NELF és DSIF faktorokat, és a RNS pol II CTD-t a
Ser2 pozícióban.
Transzkripció

Kulcsfontosságú ismeretek:

A DNS átírását (transzkripció) az RNS polimeráz enzim végzi, amely egyesével kapcsol ribonukleotidokat a növekvő
RNS lánc 3’ végéhez.

A templátként szolgáló DNS szál bázissorrendje (szekvenciája) meghatározza képződő RNS molekula bázissorrendjét.

A transzkripció iniciációja során az RNS polimeráz a promóterhez kötődik a DNS molekulán és lokálisan megolvasztja
a duplaszálú DNS-t, ezáltal hozzáférhetővé téve az egyesszálú templát szálat, majd polimerizálja a templáttal
komplementer első két nukleotidot. A 12-14 bázispárnyi egyesszálúvá vált (felolvadt) régiót transzkripciós
buboréknak nevezik.

Az RNS szál meghosszabbítása (elongációja) során az RNS polimeráz a DNS mentén halad felolvasztva a DNS-t a
polimeráz előtt, így a templát szál bejuthat az enzim aktív helyére. A DNS szétvált komplementer szálai a polimeráz
mögött ismét összeilleszkednek. A transzkripciós buborék együtt halad az RNS polimerázzal, ahogy az enzim a
templáttal komplementer ribonukleotidokat ad a növekvő RNS szál 3’ végéhez.

Amint az RNS polimeráz a terminációs szekvenciához ér a DNS-en, az enzim abbahagyja a transzkripciót, ami a kész
RNS molekula felszabadulását és a polimeráznak a DNS-ről való disszociációját eredményezi.
Transzkripció

„az eukarióta transzkripció


molekuláris alapjait érintő
kutatásaiért"
Köszönöm a figyelmet!
A génkifejeződés szabályozása
Eltérő sejtek felépítéséhez és működéséhez eltérő géntermékek szükségesek

Ugyan azon élőlény sejtjei között is


jelentős morfológiai és funkcionális
eltéréseket lehet megfigyelni.

Felvetődhet, hogy:
1) Nem azonos genetikai információt
hordoznak.
2) Azonos genetikai információkat eltérő
módon fejeznek ki.

Mint látjuk majd, az utóbbi állítás felel


meg (döntő mértékben) a valóságnak.
A többsejtűek sejtjei azonos genomot tartalmaznak

John Gurdon 1958-ban sikeresen állított elő ebihalakat


szomatikus sejtek sejtmagjainak enukleált petesejtekbe
ültetésével.
Az így előállított ebihalak a sejtmagot szolgáltató egyed
genetikai klónjai.
A módszer: klónozás szomatikus sejtmag transzferrel
(SCNT).

A kísérletek jelentősége, hogy ezzel igazolta: a


differenciálódott sejtek is rendelkeznek a teljes élőlény minden
sejtjének létrehozásához szükséges genetikai információval; a
sejtek genetikailag azonosak.
➔ Nem a genom változása felelős a sejtek
differenciálódásáért.
Különböző sejttípusok eltérő RNS és fehérje molekulákat fejeznek ki

o A minden sejtre jellemző folyamatokhoz


szükséges géntermékek (pl. hisztonok, aktin,
riboszóma komponensek, RNS polimeráz,
metabolikus enzimek) minden sejtben
kifejeződnek. Ezeket a géneket nevezik
háztartási géneknek.
o Bizonyos géntermékek csak meghatározott
sejttípusokban fejeződnek ki, másokban
nem. (pl. globin gének)
o A gének egy része sejtenként, szövetenként
differenciáltan, eltérő mértékben
expresszált. Tipikus emberi sejtek a
génállomány 30-60%-át fejezik ki.
o Különböző sejtek eltérő génexpressziós
változást mutathatnak külső stimulus
hatására
Két gén mRNS szintje különféle szövetekben.
A génkifejeződés szabályozásának főbb lépései

A gének kifejeződése számos ponton


szabályozható:
o Transzkripció (iniciáció, elongáció)
transzport sejtmag szabályozása.
citoszol o RNS érés szabályozása.
o Az RNS exportjának és lokalizációjának
szabályozása.
o A transzláció szabályozása
o RNS degradáció szabályozása
o A fehérje aktivitásának szabályozása (pl.
poszttranszlációs módosításokkal).
A transzkripció szabályozása meghatározó fontosságú

A génkifejeződés szabályozásában a gén


transzkripciójának szabályozása az egyik
legfontosabb meghatározó tényező. Elsősorban
az iniciáció és az elongáció szabályozott.

A transzkripció kontrolljával lehet minimalizálni


a feleslegesen előállított intermedierekből
származó veszteséget.

Egyes folyamatok hozzájárulása a fehérje szint


meghatározáshoz egér fibroblaszt sejtekben.
A transzkripció szabályozása

A transzkripció szabályozásában szerepet játszó elemek két csoportra oszthatóak aszerint,


hogy a szabályozó elem vagy az azt kódoló gén a szabályozott génnel azonos DNS
szakaszon helyezkedik-e el:

o Cisz-hatású szabályozó elemek: A szabályozott génnel azonos DNS szakaszon lévő DNS
szekvenciák, promóterek, operátorok, szabályozó szakaszok. Ezek fehérje faktorok kötő
helyei.

o Transz-hatású szabályozó elemek: Fehérje faktorok és kofaktoraik, amelyek a cisz-


hatású elemekhez kötődnek. Transzkripciós aktivátorok és represszorok, ko-aktivátorok,
ko-represszorok, stb.

Hogyan lehet ezeknek a szabályozó elemeknek a kölcsönhatásait vizsgálni?


DNS-fehérje kölcsönhatás vizsgálata: DNáz footprinting

A DNáz footprinting egy in vitro módszer, amely


segítségével megállapítható, hogy DNS kötő
fehérjék hova kötődnek egy DNS molekulán.

A módszer azon alapul, hogy azokon a helyeken


ahova a fehérje kötődik, megvédi a DNS-t a DNáz I
endonukleáz hasítástól.

1. A DNS molekulákat végjelölik majd együtt inkubálják a


vizsgálandó fehérjével, amely így kötődhet a kötőhelyeihez a
DNS-en.

2. Ez után DNáz I-et adnak a mintához, amely random


pozíciókban vágja a DNS-t. A DNáz I nem vágja a DNS azon
pozícióit, amelyeket a kötődő fehérje lefed (ez a footprint).

3. A mintát denaturáló PAGE-en futtatják. A kötő helyet úgy


lehet azonosítani, hogy megkeressük azt a szekvencia régiót,
amelynek megfelelő bandek nincsenek a minta sávban (ahol
a footprint van).
DNS-fehérje kölcsönhatás vizsgálata: Kromatin immunprecipitáció

A kromatin immunprecipitáció (ChIP) DNS-kötött fehérje


faktorok (transzkripciós faktorok, hisztonok, enzimek)
kötési helyének meghatározására alkalmas kvantitatív
módszer.

1. A sejtmagban található kromatint keresztkötik (pl.


formaldehiddel).
2. A keresztkötött kromatint 200-500 bp hosszú fragmentekké
törik szonikálással. A szonikált mintához hozzáadják a
vizsgált fehérjére (a példában RNS pol II) jellemző
ellenanyagot.
3. A kromatin-ellenanyag komplexet a mintából precipitálják
(az ellenanyagot kötő gyöngyökkel).
4. A keresztkötéseket felbontják, majd a vizsgált fehérjével
együtt immunoprecipitált DNS-t kitisztítják, szekvenálással
vagy más módszerrel azonosítják, kvantitálják.
Szekvencia specifikus transzkripciós regulátorok kötődnek DNS szabályozó elemekhez
A gének szabályozásában részt vevő DNS
elemeket cisz-szabályozó (cisz-regulátor)
szekvenciáknak nevezik.

Ezekhez transz hatású szabályozó faktorok,


transzkripciós regulátor fehérjék
(transzkripciós faktorok) kötődnek, melyek
rövid (5-10 bp), specifikus szekvenciákat
ismernek fel a DNS-ben.
kisárok
A cisz-szabályozó elemek a szabályozott gén
közelében, gyakran a promóter előtt
nagyárok
helyezkednek el a kromoszómán, hozzájuk
meghatározott transzkripciós regulátorok
kötődnek.

A transzkripciós regulátor fehérjék a DNS


nagyárkában megfigyelhető H-híd donor – H-
híd akceptor – hidrofób csoport mintázatot
érzékelve azonosítják az egyes bázispárokat.
A transzkripciós regulátorok szekvencia felismerése

A transzkripciós regulátorok DNS


szekvencia felismerése azon alapul, hogy a
regulátor felszíne illeszkedik a DNS
szekvenciához, az ott található
aminosavak azzal H-hidakat, ionos
kötéseket, hidrofób kölcsönhatásokat
alakítanak ki.

Bár a különféle szekvenciákat felismerő


fehérje felszínek egyediek,
alapszerkezetüket általában
meghatározott, döntően α-hélixekből és
β-lemezekből álló DNS-kötő motívumok
alkotják.

A DNS-kötő motívumokból kinyúló eltérő


aminosav oldalláncok biztosítják az egyedi
DNS szekvencia felismerő képességet
(szekvencia specifitást).
DNS-kötő motívum: helix-turn-helix

Prokariótákban a leggyakoribb DNS kötő motívum.


Két α-hélixből és az azokat összekötő szakaszból (turn) állnak.
A két α-hélix meghatározott szöget zár be egymással.
A C-terminális hélix kapcsolódik a DNS nagyárkához, ez a felismerő hélix.
Dimerként kötődnek a DNS-hez.
DNS-kötő motívum: leucin cipzár

Két α-hélix hidrofób kölcsönhatásokkal (hét


aminosavankét előforduló leucin oldalláncok
közti) cipzárként kapcsolódik egymáshoz coiled-
coil szerkezetet alkotva.

A dimerizációs felület mögött a két hélix Y


alakban elválik egymástól, a hélixek a DNS nagy
árkához kötődnek.
DNS-kötő motívum: homeodomén

Eukariótákban megtalálható DNS kötő domén.


~ 60 aminosav alkotja, három α-hélixből áll,
melyet hidrofób kölcsönhatások kapcsolnak
össze.
A 2-es és 3-as α-hélixek helix-turn-helix
motívumra emlékeztetnek. A 3-as a felismerő
hélix, amely a DNS nagy árkához kötődik.
DNS-kötő motívum: Cink-ujj (Zn-finger)

Eukariótákban megtalálható motívum, a leggyakoribb


humán DNS kötő motívum (de nem minden Zn-finger
domént tartalmazó fehérje DNS kötő).

Többféle szerkezetű motívum tartozik ide, közös jellemzőjük


a szerkezet stabilizálásában szerepet játszó cink ion.

A Zn2+ ion általában His és Cys aminosavakat komplexálva


egy α-hélix és egy β-redő kapcsolatát rögzíti.

A DNS nagy árkába az α-hélix kapcsolódik, minden hélix 3


bázispárt ismer fel.

A cink-ujj fehérjék DNS kötő doménjében rendszerint több


ilyen cink-ujj motívum található egymás után (legalább 3),
ezzel hosszabb szekvenciához felismerését lehetővé téve.
DNS-kötő motívum: β-lemez és helix-loop-helix

helix-loop-helix:
β-lemez DNS felismerő fehérjék:
Leucin cipzárhoz hasonló szerkezet.
Kétszálú β-lemez fekszik a DNS nagyárkába. Egy rövidebb és egy hosszabb α-hélixből, valamint
ezeket összekötő hurokból áll, amely flexibilitást
biztosít.
Két ilyen szerkezet dimert képez egymással, a
dimerből kinyúló hélixek a DNS nagyárkába
fekszenek.
A transzkripciós regulátorok dimerizációja
o A transzkripciós regulátorok gyakran dimerként kötődnek
az általuk felismert DNS-hez.

o Dimerizációjuk fokozza a DNS szekvencia iránti


affinitásukat és specifitásukat.

o A transzkripciós regulátorok általában rövid, 6-8


nukleotidos szakaszokat ismernek fel, mely genomi
léptékben nem biztosít kellő specifitást. (pl. 46 = 4096,
genom méretek nagyságrendje 106 – 109 bp)

o A regulátor fehérjék dimerizációja (homo- vagy


heterodimerek képzése) eredményeképpen
megduplázódik a felismert szekvencia hossza
(előfordulási gyakorisága pedig exponenciálisan
csökken), így a kapcsolódás specifitása növekszik.
pl. véletlenszerű szekvencián
o Heterodimerek képzésével a rendelkezésre álló • 6-os felismerőhelyű monomer kötőhelye 46 =
monomerekből nagy számú regulátor dimer kombináció 4096 bázisonként fordul elő
állhat elő, melyek hasonlóan nagy számú különféle DNS • 2x6-os felismerőhelyű dimer kötőhelye 412=
16,8 millió bázisonként fordul elő
szekvenciát ismerhetnek fel a cisz-szabályozó régiókban.
A transzkripciós regulátorok kooperatív módon kötődnek a DNS-hez

o Amennyiben a dimert alkotó monomerek


közötti kötés erős, akkor oldatban is dimert
képeznek, így a kötés egysége a dimer lesz. Ez
egy logisztikus kötési telítési görbét (A)
eredményez.

o Leggyakrabban a dimereket alkotó


monomerek közötti kölcsönhatások gyengék,
az oldatban döntően monomereket találunk,
a dimerek elsősorban a DNS-hez kötődve
alakulnak ki.

o Ez utóbbit nevezik kooperatív kötésnek,


amely egy szigmoidális kötési telítési görbét
(B) eredményez.
o → a regulátor koncentráció függvényében
minden vagy semmi kötődés dominál.
A transzkripció szabályozása
prokariótákban
A transzkripció szabályozása prokariótákban

A szabályozás célja, hogy csak azok a gének


működjenek, amelyeknek a termékére szükség van.
például: egy lebontó útvonal enzimjeire csak akkor
van szükség, ha a lebontandó tápanyag jelen van.

Gyakran koordinált génszabályozás figyelhető meg:


az azonos metabolikus útvonalban szereplő enzimek
génjei egyszerre aktívak vagy inaktívak.

Ezt a gének operonba rendeződése teszi lehetővé.


pl. triptofán operon
• egyetlen közös promóter o az operon egymás mellett tartalmazza a
• egyetlen közös operátor régió szabályozó elemeket (promóter, operátor), és a
• 5 struktúrgén klaszterbe rendeződött struktúrgéneket
terméke: o az operonba eső gének szabályozása közös
• 1 policisztronos mRNS
• mRNS transzlációjával 5 fehérje o az operonról egyetlen policisztronikus mRNS
képződik
A prokarióta sejtek többféle  faktort használnak

Az E. coli sejtekben többféle  faktor


van, ezek:

o eltérő szerkezetű fehérjék


o eltérő promóterekhez mutatnak
affinitást
o eltérő funkciójú géncsoportokat
szabályoznak
o versengenek az RNS polimeráz core
enzim kötéséért

Science 349, 882-885


A prokarióta sejtek többféle  faktort használnak

A baktériumokban
különböző 
Háztartási gének, a legtöbb gén exponenciálisan faktorok segítik
replikálódó sejtekben eltérő funkciójú
Stacionárius-fázis gének és általános stressz válasz géncsoportok
gének
transzkripcióját.
A citoplazmában lévő rossz térszerkezetű fehérjék
által indukált gének: dajka fehérje (chaperon,
fehérje szerkezet kialakulását segítő) és proteáz Ez önmagában
(fehérje bontó) rendszer elemeit kódoló gének
azonban nem
A periplazmatikus térben és a sejtmembránban lévő rossz magyarázza,
térszerkezetű fehérjék által indukált gének; a sejtburok hogyan
integritásának helyreállításában szerepet játszó gének
szabályozódik az
Flagellum összeszerelődéséért felelős gének egyes génekről
Vas felvételéért felelős gének átírt
transzkriptumok
Nitrogén metabolizmusban szerepet játszó gének mennyisége.
Pozitív és negatív szabályozás

A szabályozó régióhoz kapcsolódó Negatív szabályozás esetén:


transzkripciós regulátor fehérje hatása
1. A represszor önmagában gátolja a
szerint a szabályozás lehet:
transzkripciót. Inducer molekulának a
represszorhoz kötődése szükséges a
derepresszióhoz.
o Negatív szabályozás: a DNS-hez kötődő
fehérje faktor (represszor) gátolja a 2. A represszor önmagában (aporepresszor) nem
transzkripciót gátolja a transzkripciót, ahhoz korepresszor
molekula kötődése szükséges.

o Pozitív szabályozás: a DNS-hez kötődő


fehérje faktor (aktivátor) serkenti a Pozitív szabályozás esetében:
transzkripciót.
1. Az aktivátor önmagában képes fokozni a
transzkripciót. Az aktivátorhoz kapcsolódó
ligand megszüntetheti az aktivátor hatását.
A negatív és pozitív szabályozó faktorok
kombinációjával a génkifejeződés a 2. Az aktivátor önmagában nem fokozza a
változó környezeti feltételekre logikai transzkripciót, ahhoz koaktivátor is szükséges.
választ tud adni.
A transzkripciós aktivátorok hatása

A transzkripciós aktivátorokra elsősorban olyan


promótereknél van szükség, amelyekhez kis
affinitással kötődik az RNS polimeráz.
Az aktivátor promóter közeli cisz-szabályozó
szakaszokhoz kötődve másodlagos kötéseket
alakíthat ki a polimerázzal, így stabilizálva annak a
promóterhez kapcsolódását és fokozva a
transzkripció iniciáció gyakoriságát.

Aktiváló működésük alapja lehet:


Az aktivátornak:
o segítenek a polimerázt a promóterhez toborozni
o Kötődnie kell a DNS-hez a promóter
közelében. o erősítik a polimeráz – promóter kölcsönhatást

o Energetikailag kedvező kapcsolatot kell o zárt komplex izomerizációjának gyorsítása


kialakítania az RNS polimerázzal. o nyitott komplex – elongáló komplex átmenet
gyorsítása
A transzkripciós represszorok hatása

A transzkripciót gátló szabályozó faktorok


(represszorok) és az RNS polimeráz kötőhelye
az operon szabályozó régiójában gyakran
átfed egymással.

A represszor (vagy aporepresszor és


korepresszor komplexe) kötődik az operátor
régióhoz.

Az operátorhoz kötődött represszor így gátolja


az RNS polimeráz bekötődését és a
transzkripció iniciációját.
A promótertől disztálisan kötődő aktivátorok a DNS kihurkolódását idézhetik elő

Cisz-szabályozó elemek nem feltétlenül csak


a promóter közvetlen közelében, hanem attól
nagyobb távolságra is előfordulhatnak.

Ilyen esetben a cisz-szabályozó elem és a


promóter közötti DNS szakasz kihurkolódik a
transzkripciós regulátor és az RNS polimeráz
kapcsolódásakor.

A transzkripciós regulátor DNS szabályozó


elemhez kötése fokozza a regulátor lokális
koncentrációját a promóter közelében ahhoz
képest, mintha oldatban lenne.

pl. A glnA promóteren NtrC (Nitrogen regulatory protein


C) regulátor kapcsolódása a σ54-faktor tartalmú
polimeráz holoenzimhez szükséges a nyitott komplex
kialakulásához.
Triptofán operon szabályozása: negatív szabályozás

A bioszintetikus útvonalakban
szereplő géneket a végtermék
általában negatívan szabályozza.

A triptofán operonban 5
struktúrgén található, melyek a a
triptofán bioszintéziséhez
szükségesek.

A triptofán operon szabályozásáért


Ha kevés a Trp a tápoldatban: Ha sok a Trp a tápoldatban: egy represszor fehérje (triptofán
A represszor korepresszor A Trp korepresszor kötődik az represszor), és a triptofán mint
hiányában nem kötődik az aporepresszorhoz, az aktív korepresszor felelős.
operátor régióhoz. represszor kötődik az operátor
➔A transzkripció aktív. régióhoz és gátolja az RNS
polimeráz kötődését.
➔A transzkripció gátolt.
A lac operon szabályozása: negatív és pozitív szabályozás
A lebontó útvonalakban szereplő géneket a lebontandó molekula
általában pozitívan szabályozza.

o A lac operon a laktóz lebontásáért és szállításáért felelős géneket


kódol.
o 3 struktúrgén: lacZ, lacY, lacA
o A lacZ gén kódolja a β–galaktozidázt, amely a laktózt galaktózra és
glükózra bontja.

A szabályozás célja:
Az E. coli sejtek számára a glükóz könnyebben hasznosítható
energiaforrás, mint a laktóz, ha glükóz rendelkezésre áll, akkor a sejtek
annak a felhasználását preferálják. Így a szabályozás célja, hogy:
• ne termelődjenek a laktóz bontásához szükséges enzimek (ne legyen
aktív a lac operon), ha nincs a tápoldatban laktóz
• ha van a tápoldatban laktóz, akkor is csak akkor legyen aktív a lac
operon, ha glükóz nincs jelen
• azaz: csak akkor legyen aktív a lac operon, ha laktóz van, glükóz
viszont nincs
A lac operon szabályozása: negatív és pozitív szabályozás
A szabályozás célja: csak akkor legyen aktív a lac operon, ha laktóz van,
glükóz viszont nincs a tápoldatban.

Ez a cél negatív és pozitív szabályozás kombinálásával valósul meg.

Negatív szabályozás:
• A lac oprontól független lacI génről lac represszor fehérje termelődik.
• A lac represszor önmagában (tetramerként) kötődik a lac operátorhoz,
és gátolja a transzkripciót.
• Ha laktóz jelen van, az inducerként kötődve a lac represszorhoz gátolja
annak operátorhoz kötődését, így derepresszálja az operont.

Pozitív szabályozás:
• A CAP transzkripciós aktivátornak is van kötőhelye a lac operon
promótere közelében.
• A CAP koaktivátora a cAMP, ezzel kapcsolódva köt csak az operonhoz.
• Glükóz hiányában a sejtben megemelkedik a cAMP szint.
• Magas cAMP szint mellett a CAP a cAMP koaktivátorral kötődve
kapcsolódik a lac promóterhez, és fokozza onnan a transzkripciót.
A lac operon szabályozása: negatív és pozitív szabályozás

Laktóz: van Laktóz: van


Glükóz: van Glükóz: nincs

Lac represszor nem kötődik, Lac represszor nem kötődik,


CAP nem kötődik CAP kötődik
➔ alacsony szintű ➔ magas szintű
transzkripció. transzkripció.

Laktóz: nincs Laktóz: nincs


Glükóz: van Glükóz: nincs

Lac represszor kötődik, Lac represszor kötődik,


CAP nem kötődik CAP kötődik
➔ transzkripció nincs. ➔ transzkripció nincs.
Attenuáció

Az attenuáció a génkifejeződés
szabályozásának egy olyan formája, amely
nem a transzkripció iniciációjának DNS kötő
faktorok segítségével történő szabályozásán
alapul, hanem a kapcsolt transzláció
működésétől függ.

példa: Az E. coli Trp operon szabályozása


attenuációval.

o Az mRNS kezdeti, leader peptidet kódoló


leader (1) szakaszában két Trp kodon
fordul elő.
A leader (3) szakasza transzkripció szempontjából megengedő (2-3) vagy o Hogy a transzkripció terminálódik-e ezen
termináló (3-4) kapcsolatot tud kialakítani
Amennyiben Trp nagy koncentrációban van jelen, a transzláció áthalad (1)
a leader mRNS részen, az attól függ,
szakaszon, a (2) régiót lefedő riboszóma elősegíti a (3-4) szakaszok általi milyen gyorsan tudja transzlálni a
transzkripciós terminátor hurok képzését, ami leállítja a transzkripciót. riboszóma ezt a szakaszt, ez pedig a
Amennyiben Trp kis koncentrációban van jelen, a transzláció várakozik az (1) rendelkezésre álló Trp koncentrációjától
szakaszon, így (2-3) szakaszok között jöhet létre kapcsolat, a transzkripció
folytatódhat.
függ.
A transzkripció szabályozásának
alapmechanizmusai eukariótákban
Szabályozó hatású elemek az eukarióta transzkripció szabályozásában

Az eukarióta transzkripció szabályozásában résztvevő faktorok:

o DNS elemek: promóterek, promóter közeli (promóter


proximális) elemek, enhanszerek

o RNS polimerázok és általános transzkripciós faktorok

o Regulátor fehérje faktorok: Transzkripciós faktorok,


koaktivátorok, korepresszorok, mediátor komplex

o Kromatin elemek, kromatin módosító enzimek


Az eukarióta gének több szabályozó elemet tartalmaznak

Az eukarióták kódoló génjeit az RNS pol. II írja át.

Az RNS polimeráz II által átírt gének a


promóteren kívül, melyhez az RNS polimeráz és
az általános transzkripciós faktorok kötődnek,
nagyszámú további cisz-szabályozó szakaszt
tartalmazhatnak.

A cisz-hatású szabályozó elemek gyakran nagy A cisz-szabályozó régiók elhelyezkedhetnek a


távolságra (több 10 kbp) is elhelyezkedhetnek a promóterhez közel, attól távolabb upstream, de
promótertől, ezeket enhanszereknek nevezik. intronban, vagy a géntől downstream is.
A cisz-szabályozó elemekhez nagy számú A szabályozó régiók együttesét nevezik gén
transzkripciós regulátor fehérje kötődhet. szabályozó régiónak.
o Promóter(ek)
A DNS-t direkt módon kötő transzkripciós o Promóter közeli szabályozó elemek
regulátorokhoz (transzkripciós faktorokhoz) o Enhanszerek
további koaktivátorok kötődhetnek.
Az eukarióta gének több szabályozó elemet tartalmaznak
o Promóter(ek): ahova a polimeráz kötődik (lásd múlt előadás)

o Promóter-közeli (promoter-proximal) elemek: promótertől upstream és downstream is elhelyezkednek,


általában 6-10 bp hosszúak, közöttük adott hosszúságú ( de nem szigorúan meghatározott) térközök –
spacer.

o Enhanszerek: a szabályozott géntől nagy távolságban (több ezer-tízezer bp), upstream vagy downstream is
elhelyezkedhetnek, orientáció független módon. Általában ~50-200 bp hosszúak, több rövid (6-10 bp)
regulátor elemet tartalmaznak, ezek transzkripciós faktorok kötőhelyei.

a. TATA box tartalmazú promóter magasabb


szinten átíródó génekben található,
promóter-közeli elemek mellett enhanszerek
is szabályozzák.
b. CpG sziget tartalmú promótere van a humán
gének ~70%-ának, ezekre alacsonyabb
génaktivitás, enhanszerek hiánya jellemző.
c. Élesztőben az enhanszerek (UAS, Upstream
Activating Sequence) is a promóter ~200 bp
közelében találhatóak.
Az eukarióta transzkripciós regulátorok több funkcionális doménből állnak

Az eukarióta transzkripciós faktorokra jellemző, hogy több


funkcionális domént tartalmaznak, legalapvetőbben DNS-
kötő domént és transzkripciós aktivátor domént.

pl.
o Az élesztő GAL4 transzkripciós faktora galaktóz
metabolizmusában szereplő géneket aktivál.
o A GAL4 az általa szabályozott gének szabályozó
régiójában található 17 bp hosszú UASGAL4
szekvenciá(k)hoz kötődik.
o A GAL4 két funkcionálisan önálló doménre bontható:
• N-terminális DNS-kötő domén (~50 aminosav)
• C-terminális aktivációs domén (~20 aminosav) Az eukarióta transzkripciós regulátorokra
(aktivátorokra és represszorokra is) általában
jellemző az ilyen moduláris felépítés
Az eukarióta transzkripciós regulátorok csoportban működnek

o A cisz-szabályozó elemekhez általában kettő vagy több


transzkripciós regulátor köt kooperatívan. A köztük lévő
oldatban
kapcsolatok gyakran gyengék ahhoz, hogy oldott formában
asszociálódjanak, csak a DNS elemen áll össze a szabályozó
komplex.
o A transzkripciós regulátorokkal gyakran önálló DNS kötő
aktivitással nem rendelkező ko-aktivátorok és ko-
represszorok is asszociálódnak.
o Ugyan azok a szabályozó fehérje faktorok (transzkripciós DNS-hez kötődve
regulátorok, ko-aktivátorok, ko-represszorok) többféle, akár
eltérő funkciójú szabályozó komplex felépítésében is részt
vehetnek.

o Az enhanszerekhez általában több transzkripciós faktor


kötőhelyét tartalmazzák. Az enhanszereken felépülő,
multimer DNS – transzkripciós regulátor komplexeket nevezik
enhanszeoszómának.
A nukleoszóma szerkezet elősegíti a regulátorok kooperatív kötődését

o Az eukarióták DNS-e nukleoszómákra csavart formában


található, ez a szerkezet csökkenti a cisz-szabályozó
szakaszok hozzáférhetőségét a regulátor fehérjék számára.

o Kis affinitássú kapcsolódást biztosíthat a regulátoroknak a


DNS-hez a DNS átmeneti eltávolodása a nukleoszómáról.

o Egy regulátor bekötődése növeli további regulátorok


affinitását a DNS felé, ez a kooperatív kötődés végül el is
távolíthatja a nukleoszómát.

o Ezt a hatást fokozza transzkripciós regulátor fehérjéknek


nukleoszóma átrendező komplexekkel való kötődése.
Az aktivátorok elősegítik az transzkripció iniciációját
A cisz-szabályozó elemekhez kötődött transzkripciós
regulátorok és kofaktoraik a transzkripció
iniciációját segítik elő (gyakoriságát fokozzák:
• Elősegíthetik az RNS polimeráz ill. a preiniciációs
komplex promóterhez kötődését.
• Elősegíthetik az elongációs fázisba lépést.

A transzkripciós regulátorok kapcsolatot


alakíthatnak ki:
• közvetlenül az általános transzkripciós
faktorokkal
• DNS kihurkolódással a mediátor komplex-szel
lépnek kölcsönhatásba, amely hídként
összekapcsolja a transzkripciós regulátorokat, az
általános transzkripciós faktorokat és az RNS
polimerázt.
A mediátor komplex

A mediátor komplex egy nagy, 31 alegységes multiprotein ko-


aktivátor komplex, mely transzkripciós aktivátorokkal és az
RNS polimeráz II-vel lép kölcsönhatásba a transzkripció
iniciációja során.

Fej, közép és farok modulokból áll; a fej és a középső


modulok közvetlenül kölcsönhatnak az RNS pol. II-vel,
kötésekor a modulok egymáshoz képest elmozdulnak.

A CDK8 kináz modul (CKM) kapcsolódása gátolja az RNS pol II


kötődését.

Alegységei különböző
aktivátor doménekkel
rendelkező transzkripciós
faktorokkal hatnak kölcsön,
azok hatását mintegy
hídként szolgálva közvetítik.
A transzkripciós regulátorok elősegíthetik a transzkripciós starthely elhagyását

Az RNS polimeráz II iniciációját követően:


további regulátorok kötésének elősegítése
• abortív iniciáció során a polimeráz még
kötődik a TSS-hez
• az elongáció gyakran szünetel a promótertől
– 50- 100 bp downstream (promoter
proximal pausing)
RNS polimeráz promóterhez kötésének elősegítése

A transzkripciós regulátorok segíthetnek átjutni


ezeken a blokkokon:

promótertől való elválás elősegítése • kromatin átrendező faktorok toborzásával


• a polimerázt módosító faktorok toborzásával
• elongációs faktorok toborzásával

promóter közeli leállásból szabadulás elősegítése


A lokális kromatin átrendezése a promóteren
A preiniciációs komplex nem képes felépülni nukleoszómákkal borított
promóteren, ott a kromatint megelőzőleg fel kell lazítani.

Az eukarióta transzkripciós aktivátorok előidézhetik a lokális kromatin


átrendezését a promóter környékén, ezáltal hozzáférhetővé téve azt. nukleoszóma átrendezés
Ehhez a transzkripciós regulátorok ko-aktivátorokat
toboroznak, melyek elvégzik az ábrán jelölt folyamatokat.
Ezek:
• nukleoszóma átrendező komplexek
• hiszton chaperonok nukleoszóma eltávolítás
• hiszton módosító enzimek

A kromatin lokális módosításai lehetnek rövid életidejűek, de hatásuk akár


sejtciklusokon is átívelhet. hiszton csere
• A promóter régiókra jellemző módosítás a hisztonok acetilálása és a H3
hiszton K4 lizinjének trimetilálása.
• Az elongáció során a gén testén jellemző a polimeráz előtt a hisztonok
acetilációja és eltávolítása; a polimeráz mögött visszahelyezésük,
deacetilációjuk és represszív hatású metilációjuk. Ez utóbbi hiszton módosítások
módosítások célja az iniciáció gátlása a gén testéről.
A transzkripciós represszorok változatos mechanizmusokon keresztül hatnak

kromatin Az eukarióta
kompetitív átrendező
komplexek transzkripciós
DNS kötés
toborzása represszorok a
prokariótáknál
jellemző polimeráz
aktivációs
kötőhely
felület blokkoláson túl
blokkolása számos más
hiszton mechanizmussal
deacetilázok hathatnak.
toborzása

közvetlen Gyakran
kölcsönhatás korepresszorokat
általános toboroznak, melyek
transzkripciós hiszton metil-
transzferázok
kromatin módosító
faktorokkal
toborzása hatásúak is
lehetnek.
Jellemző kromatin jelek aktív és inaktív géneken
Inzulátor (szigetelő) szekvenciák

Mi akadályozza meg, hogy a cisz-szabályozó


szakaszok hatása kiterjedjen a szomszédos
génekre, genomi régióra?

Az ú.n. inzulátor (szigetelő) szekvenciák a hozzájuk


kötődő fehérjék segítségével DNS hurkokat hoznak
létre.

Ezek a DNS hurkok tartalmazzák az érintett gént és


cisz-szabályozó régióit, azokat egymás közelében
tartják.

Emellett megakadályozzák, hogy a cisz-szabályozó


régiók a hurkon kívül is hatást fejtsenek ki.
Nobel arcképcsarnok

„az enzim és vírus szintézis


genetikai kontrolljával
kapcsolatos felfedezéseikért”
Nobel arcképcsarnok

„annak felfedezéséért, hogy differenciált


sejteket újra lehet programozni, hogy
ismét pluripotens állapotúak legyenek”
Köszönöm a figyelmet!
Az RNS molekulák érése

Dr. Bodai László


A prokarióta és az eukarióta génkifejeződés összehasonlítása

Eukarióta Prokarióta

A génkifejeződés eukariótákban komplexebb, több lépésből áll,


mint prokarióták esetében.
o Prokariótáknál a transzkripció iniciáció és termináció helye
határozza meg az mRNS két végét, amely aztán közvetlen
módon transzlálódhat a riboszómákon.
o Eukariótákban a képződött naszcens RNS több lépésben – a
transzkripcióval kapcsolt folyamatok során processzálódik –
végei módosulnak és kivágódnak belőle a nem kódoló
szakaszok. Az érett mRNS a sejtmagból a citoplazmába
exportálódik, ahol a transzláció megtörténik. Mindezen
lépések együtt (valamint az RNS és fehérjék degradációjának
sebessége) határozzák meg a termelt fehérje szintjét.
A prokarióta és az eukarióta mRNS-ek összehasonlítása R

Eltérések:

o 5’ vég eltérő: eukariótáknál 7-


metilguanozinnal módosított
o 3’ vég eltérő: eukariótáknál poli-A farokkal
módosított
o Prokarióta mRNS-ek több polipeptidláncot
kódolhatnak (policisztronosak), az
eukarióta mRNS-ek csak egy
polipeptidláncot kódolnak
(monocisztronosak)
Az eukarióta mRNS processzálás/érés áttekintése

Eukariótákban az RNS polimeráz II által létrehozott


elsődleges RNS transzkript (pre-mRNS, hnRNS) mindkét vége
kovalens módosításokon esik át, és a transzkriptumból
eltávolítódnak a nem kódoló intron szekvenciák.

o 7-metilguanozin „sapka” hozzákapcsolása az RNS 5’


végéhez.
o A 3’ vég vágása, és poliadenilációja (poli-A farok
hozzáadása).
o Intronok kivágása a splicing folyamata során.

• intron: (intervening sequence) nem kódoló szakasz, a


splicing során eltávolítódik
• exon: (expressed sequence) kódoló szakasz, a splicing
során megörződik
• UTR: (untranslated region) az mRNS-ben a transzlációs
start előtt ill. stop után lévő nem kódoló szakaszok
RNP komplexek

A sejtben transzkripcióval keletkező RNS molekulák mindig


fehérjékkel komplexben, ribonukleoprotin komplexek
formájában fordulnak elő.

o Naszcens pre-mRNP komplex


A pre-mRNS-t és más magi RNS-eket összefoglalóan
heterogén magi RNS-nek (hnRNS) nevezik, ezek hnRNP
komplexben találhatóak.

o Érett magi mRNP komplex

o Citoplazmatikus mRNP komplex

Az mRNP komplexek fehérje komponensei az mRNS


specifikus részeihez kapcsolódhatnak, pl: 7-mG sapkához,
intron határokhoz, poli-A farokhoz.
Az eukarióta RNS polimeráz II elongációja és
az RNS érése szorosan kapcsolt

o Az RNS polimeráz II transzkripció iniciációjának egyik


kulcslépése a CTD foszforilációja.
o A CTD foszforiláció a promótertől való elválás
elősegítése mellett hozzájárul transzkripció
elongációs faktoroknak és RNS processzáló
faktoroknak a polimerázzal való asszociációjához.
o A polimerázzal együtt utazó RNS processzáló
faktorok így azonnal hozzáférnek az RNS-hez, ahogy
annak megfelelő részei átíródnak.
o Az RNS polimeráz és a vele asszociált faktorok
„gyártósorszerűen” működnek, ami növeli a
folyamat hatékonyságát.
Eukarióta RNS polimerázok által átírt gének

Az eukariótákban található RNS polimerázok eltérő géneket transzkripciójában játszanak szerepet.


Csak az RNS polimeráz II RPB1 alegységén található CTD, ezért az ezzel asszociálódó faktorok csak a pol II által átírt
RNS-eket módosítják.

Polimeráz Átírt RNS RNS funkció R


RNS polimeráz I Pre-rRNS (28S, 18S, 5.8S) Riboszóma összetevők, fehérje szintézis
RNS polimeráz II mRNS Fehérje kódolás
snoRNS RNS módosítások
snRNS RNS splicing
siRNS Kromatin represszió, transzlációs kontroll
miRNS Transzlációs kontroll
lncRNS
RNS polimeráz III tRNS Fehérje szintézis
5S RNS Riboszóma összetevő, fehérje szintézis
snRNS U6 RNS splicing
7S RNS Transzláció során ER szignál felismeréséhez szükséges
mRNS végi 7-metilguaninozin sapka

7-metilguanizin „sapka” hozzáadása (RNA capping) az


első RNS módosítási lépés.

A 7-metilguanizin sapka jellegezetességei:


o fordított állású (5’ – 5’) guanozin az RNS 5’ végén.
o három foszfát csoport kapcsolja a „sapkát” az RNS 5’-
végi, eredetileg első nukleotidjához.
o metiláció a guanin 7-es pozíciójú N atomján.
o egyes esetekben a naszcens RNS 5’ végi ribóz 2-OH
csoportja is metilálódik.
7-metilguanozin sapka létrehozásának
enzimatikus mechanizmusa

foszfatáz Amint az első ~25 nukleotid megszintetizálódott, egy


módosított guanozin adódik az RNS 5’ végéhez, még amíg
az RNS polimeráz a promóter közeli leállás fázisban van.
A módosítást végző enzimek az RNS pol. II Ser5-foszforilát
guanil transzferáz CTD régiójához kapcsolódnak.

Három enzimatikus aktivitás vesz részt a folyamat egymást


követő lépéseiben:
metil transzferáz
o foszfatáz a naszcens RNS 5’ végéről eltávolít egyetlen
foszfát csoportot.
o guanil transzferáz GMP-t ad az RNS 5’ végéhez fordított
metil transzferáz (5’-5’) kötéssel.
o metil transzferáz metilálja a guanozin 7-es pozíciójában
lévő N atomot.
A 7-metilguaninozin sapka funkciója

7-metilguanizin „sapka” hozzáadása még az RNS átírása során


bekövetkezik, amint az mRNS 5’ vége kilép a polimerázból.

Szerepe:
o Megkülönböztetés: megjelöli az mRNS transzkriptumokat –
csak az RNS polimeráz II által szintetizált RNS-eken lesz ez a
módosítás, mivel csak ennek a polimeráznak van CTD-je.
o Hozzá egy fehérje komplex, a CBC (cap-binding complex, cap-
kötő komplex) kapcsolódik, amely szerepet játszik az RNS
további érésében és exportjában.
o Szerepet játszik a splicing folyamatában.
o Szükséges az mRNS exportjához.
o Fokozza az mRNS stabilitását (védi az exonukleázoktól).
o Transzláció során segíti az mRNS 5’ végének felismerését.
Az eukarióták génjei szabdaltak

Az eukarióták fehérje kódoló génjei szabdalt


szerkezetűek:
o kódoló szakaszokból (exonok) és
o nem-kódoló közbeékelt szakaszokból
(intronok) állnak.

Hibridizációs eljárásal kimutatható, hogy az


érett mRNS nem tartalmazza egy szabdalt gén
teljes szekvenciáját:
A mRNS az exonikus szakaszokkal hibridizál, az
intronokkal viszont nem (így azok kihurkolódnak
a hibridből).
Az eukarióták génjei szabdaltak
Humán génekben az intronikus szekvenciák
hossza általában meghaladja az exonikus
szekvenciákét. Az intronok száma génenként
igen magas is lehet, átlagosan ~10 / gén.

A közbeékelt nem kódoló szakaszokat


(intronokat) a transzláció előtt el kell távolítani
az RNS-ből.
DE: intronok ncRNS génekben is lehetnek!
Fehérje kódoló gének / lncRNS gének jellemző exon száma
Mi lehet a haszna ennek a jelenségnek?
o evolúciós szinten: elősegíti új funkciójú
fehérjéket kódoló gének létrejöttét az
exonok kombinációjával (exon shuffling).
o szervezet szinten: az exonok többféle
összeillesztése (alternatív splicing) lehetővé
teszi, hogy adott számú gén nagyobb számú
fehérjét kódoljon.
RNS splicing

o Az RNS átírása során keletkező elsődleges (naszcens)


transzkriptumok mind az exonokat, mind az intronokat
tartalmazzák.
o Az elsődleges transzkriptum érése során a splicing
folyamatával eltávolítódnak az intronok, az exonok
pedig megőrződnek (egymás után lesznek illesztve).
o Az érett mRNS így a polipeptidlánc aminosavait kódoló
szakaszokat tartalmazza, valamint a kódoló szakaszt
megelőző ill. utána elhelyezkedő, nem-kódoló 5’-UTR
(általában néhány 100 nukleotid) és 3’-UTR (akár több
ezer nukleotid) szakaszokat.

o A sejtben a splicing folyamatok zöme a pre-mRNS-eket


(prekurzor-mRNS) érinti. Csak az érett (splicing-on
átesett, 5’ és 3’ módosításokat hordozó) RNS-t A splicing valószínűleg teljesen RNS alapú
nevezzük mRNS-nek. mechanizmusból fejlődött ki. Erre utal az önkivágó
intronok léte, mint például a Tetrahymena magi
rRNS génjei, melyek fehérjék és más RNS molekulák
nélkül spliceolódnak.
Splicing mechanizmusok

I. és II.: Önkivágó intronok. Ezek enzimatikus aktivitással bíró


RNS molekulák – ribozimok (Thomas Cech, 1982).

I. Tetrahymena önkivágó intron: egy guanozin nukleotid


kofaktor 3’-OH csoportja indít nukleofil támadást az
intron 5’ vége ellen; majd a felszabaduló 5’ exon 3’-OH
csoportja indít nukleofil támadást az intron-exon
kapcsoló foszfodiészter kötés ellen. Nem igényel
energiát.

II. Nincs szükség guanozin kofaktorra, a nukleofil támadást


egy az intron szekvenciában lévő adenozin 2-OH
csoportja indítja – ú.n. lasszó szerkezet jön létre. A
felszabaduló 5’ exon 3’-OH csoportja indít nukleofil
támadást az intron-exon kapcsoló foszfodiészter kötés
ellen. Nem igényel energiát.

III. Spliceoszóma által mediált splicing – II. csoporthoz


hasonlóan lasszó szerkezet jön létre. Ezek az intronok
nem ribozimok – a katalitikus funkciót a spliceoszóma
ribonukleoprotein komplex végzi. Energiaigényes.
A splicing mechanizmusa

o Minden egyedi splicing esemény egyetlen intront távolít el a pre-


mRNS-ből.
o A splicing során egy upstream (5’ irányban elhelyezkedő) exon 3’
vége, és downstream (egy tőle 3’ irányba eső) exon 5’ vége
kapcsolódik össze.
o A splicing során két foszforil-transzfer reakció –
transzészterifikáció – zajlik le, amelyek nem igényelnek energiát.
o A splicingot egy nagyméretű makromokeluláris komplex – a
spliceoszóma – végzi, melyben 5 nem-kódoló snRNS és nagyszámú
fehérje vesz részt. A makromolekuláris komplex átrendeződései
energia igényesek.
A splicing mechanizmusa

o Az első transzészterifikációs lépésben egy


az intronban található (branch point –
elágazási pont) adenozin ribóz 2’-OH
csoportja támadja az 5’ splicing helyet,
ahol elvágja cukor-foszfát gerincet és
foszfodiészter kötést alakít ki az intron 5’
végi foszfát csoporttal.
o Így az intron 5’ vége így kovalensen
kapcsolódik az elágazási pontban lévő
adenozinhoz és egy lasszó szerkezet jön
létre; az exon 3’ vége pedig felszabadul.

o A második transzészterifikációs lépésben a


megelőző exon felszabadult 3’ vége reagál
a következő exon 5’ végével, így egyesítve
a két exont, és felszabadítva az intront.
o Az intron debranching enzim és 3’-5’ exo
ribonukleáz aktivitású exoszóma által
lebomlik.
Splicing szignál szekvenciák

A splicing helyének pontos kijelölése


alapvető fontosságú a megfelelően
szerkesztett mRNS-ek létrehozásához.

Ehhez a spliceoszómának fel kell ismernie a


• 5’ splice helyet
• „A” elágazási pontot
• 3’ splice helyet

Mindezeknek a helyeknek van konszenzus


szekvenciája.
Ezek a konszenzus splicing szignál
szekvenciák azonban rövidek, az intronok
pedig változatos méretűek (10 – 10000 nt),
így további információkra is szükség lesz.
R: purin
Y: pirimidin

GU … AG intron szekvenciák nem variábilisak


Spliceoszóma

A splicing folyamatát a spliceoszóma katalizálja, amely mintegy


170 fehérjét és 5 nem-kódoló kis magi RNS (snRNS: small
nuclear) molekulákat tartalmaz.

5 snRNS található a spliceoszómában, ezek:


U1, U2, U4, U5, U6

Mindegyik snRNS legalább 7 fehérje faktorral képez komplexet,


így snRNP-ket (kis magi ribonukleoprotein) hozva létre.

A splicing során az snRNS-ek bázispárosodnak a pre-mRNS


megfelelő szakaszaival.

A splicing során a pre-mRNS megfelelő splicing konszenzus


szekvenciái és a snRNP komplexek közötti bázispárosodáson
alapul az 5’ splice hely, az elágazási pont és a 3’ splice hely
felismerése.
A splicing mechanizmusa
Az U1 snRNP felismeri az 5’ splice helyet,
az elágazási pontot és a splice hely előtti pirimidin
gazdag régiót fehérje faktorok [BBP/SF1 (Branch-
point Binding Protein/Splicing Factor-1) és az
U2AF (U2-Associated Factor)] ismerik fel.

Az U2 snRNP lecseréli a BBP-t és az U2AF-et,


bázispárosodik az elágazási pont konszenzus
szekvenciával.

Az az U4/U6/U5 snRNP triplet kapcsolódik az U1/U2/mRNS


komplexhez – ekkor alakul ki a spliceoszóma.

Az U4/U6 snRNS-ek részlegesen bázispárosodottak. Ez a


párosodott régió felnyílik, és az U6 lecseréli az U1-et az 5’ splice
konszenzushoz való kötődésben.
A splicing mechanizmusa

U1 és U4 távozik, ezzel létrejön az aktív hely az első transzészterifikációs reakcióhoz.


Megtörténik az első transzészterifikáció: 5’ splice hely vágás, lasszó-szerkezet képződik.

További RNS-RNS átrendeződésekkel létrejön az


aktív hely a második transzészterifikációs
reakcióhoz.

3’ splice hely vágása és Az átrendeződések energia (ATP) igényesek.


a két exon egyesítése. Szerepük:
o splice szignál szekvenciák ellenőrzése
többszörös megfeleltetéssel
kivágott, lasszó szerkezetű o az átrendeződések során jönnek létre a
intron (később lebomlik) katalitikus aktív helyek

össze-spliceolt exonok,
a splicing helyéhez exon junction
complex (EJC) kapcsolódik
snRNS átrendeződések a splicing során

Az U1 snRNS felismeri az 5’ splice helyet,


transzészterifikáció
az U2 snRNS az elágazási pontot, – az elágazási pont „A” bázis
átrendeződés
azonban nem bázispárosodik, kitűrődik a hibridből.

Az U6 snRNS lecseréli az U1 snRNS-t az 5’ splice hely kötésben.


Hibás splicing következményei

normál felnőtt beta-globin


RNS transzkript

A splicing mechanizmusa meglehetősen


plasztikus, splice helyek mutációja esetén
nem abortálódik a mechanizmus, hanem
normál mRNS három exonnal alternatív splice események következnek
be.
egy nukleotid változás tönkretesz
egy nukleotid változás tönkretesz egy
egy splice helyet  exon kihagyás Ennek ellenére a betegséget okozó
normál splice helyet, így aktiválva egy
hibás splice helyet
mutációk ~10% mögött gyanítanak
splicingot befolyásoló változást. pl:

mRNS exon 2 nélkül • beta thalasszemia


mRNS hosszabb exon 3-mal • cisztás fibrózis
• frontotemporális demencia
egy nukleotid változás létrehoz egy új • Parkinson kór
splice helyet, így létrehozva egy új exont • spinal muscular atrophy
• tumorok

mRNS egyel több exonnal


Alternatív splicing

A splicing plaszticitása lehetőséget ad arra


is, hogy a rendelkezésre álló exonokból
többféle mRNS álljon össze, ez az
alternatív splicing jelensége.

Jelentősége, hogy ugyan arról a génről


eltérő mRNS-ek, így eltérő polipeptid
láncok képződhetnek.

Alternatív splicing során egyes exonok


kimaradhatnak, eltérő splice helyek
lehetnek felhasználva,
DE az egyes exonok sorrendje mindig
megmarad, azaz az exonok nem
kombinálódhatnak bármilyen
sorrendben.
Alternatív splicing

Példa:
transzkripciós aktivátor ill. represszor
keletkezése ugyan arról a génről
Az RNS 3’-végének poliadenilációja

Az mRNS 3’ vége is érési folyamaton megy át:


poliadenilálódik, azaz egy vágást követően poli-A farok
adódik hozzá.

Csak az RNS polimeráz II által átírt RNS-ekre jellemző, a


hiszton fehérjéket kódolókon kívül minden mRNS
poliadenilált.

Funkciói:
o fokozza az mRNS stabilitását
A poly-A farok helye a genomban kódolt a 3’ vágás és o mRNS export a magból
poliadenilációt helyét megszabó konszenzus o hozzájárul a transzláció iniciációjához
szekvenciákkal.

AAUAAA 10-30 nukleotidra a vágási és


poliadenilációs hely előtt, ettől downstream GU
gazdag szekvencia.
Az RNS 3’-végének poliadenilációja

A poliadenilációhoz szükséges egyes faktorok (többalegységes


fehérjék) az RNS polimerázzal utaznak a foszforilált CTD-hez
kapcsolódva.
• CPSF (cleavage and polyadenlation specificity factor, vágás és
poliadenliáció specificáti faktor)
• CstF (cleavage stimulation factor, vágást serkentő faktor)

Amint az RNS polimeráz átírja a poliadenilációs szignált,


a CPSF és CstF faktorok felsimerve azt kötődnek az RNS-hez, további
fehérjék kapcsolódnak hozzájuk.

A poliadenilációs helyen lévő komplexhez kapcsolódik


a poli-A polimeráz (PAP) enzim,
majd a poliadenilációs szignáltól 10-30 nukleotidnyira
bekövetkezik az RNS szál vágása.
Ezzel létrejön a 3’ vég, amihez a poli-A farok adódni fog.
Az RNS 3’-végének poliadenilációja

A PAP templát független módon, nukleotidonként, ~100 - 250 A-t ad


az mRNS 3’ végéhez.
Ezzel létrejön a poli-A farok.

A poli-A farokhoz poli-A kötő fehérjék (PABP) kapcsolódnak.

A transzkripció néhány száz nukleotid után terminálódik.


A levágott rész 5’-cap hiányában degradálódik.
Alternatív RNS variánsok képződési mechanizmusai
Az mRNS exportja a sejtmagból

Az mRNS-t a magból a citoplazmába, a Az érett, megfelelő jeleket hordozó mRNS-eket a


transzláció helyszínére kell exportálni a magi pórus komplexeken keresztül (NPC), magi
sejtmagmembránon keresztül. export receptorok (mRNS exporter heterodimer)
juttatják ki a magból aktív transzporttal.
Az érett mRNS felismerését segítik:
• Cap kötő komplex (CBC) mRNP átrendezés (remodeling): az export során a
• Exon junction complex (EJC) fehérje komponensek lecserélődnek: RNS helikáz
• SR fehérjék hatására a magi fehérjék leválnak, a citoplazmában
• Poli-A kötő fehérjék (PABP) más fehérjék kapcsolódnak az mRNS-hez.
mRNS degradációja a citoplazmában

Míg prokariótákban percekben, eukariótákban órákban mérhető az Lebontásuk a citoplazmában három


mRNS-ek féléletideje. útvonalon történhet:

a) Deadeniláció-függő mRNS bontás: a


poliA farok lebontását követően az
RNS-t exoszóma degradálja a 3’ vég
felől, vagy az m7G sapka eltávolítása
után 5’-3’ exonukleáz bontja.

b) Deadeniláció-független mRNS bontás:


m7G sapka eltávolítása poliA farok
megléte esetén következik be, ezt
követően 5’-3’ exonukleáz bontja az
RNS-t.

c) Endonukleáz mediálta mRNS bontás:


az RNS-t endonukleáz internálisan
hasítja, majd exoszóma és
exonukleázok bontják.
Az rRNS-ek transzkripciója és érése

A riboszómális RNS-ek a sejtben található RNS


mintegy 80%-át adják.

Az rRNS géneket az RNS polimeráz I (45S) és III


(5S) írja át, amelyeknek nincs CTD-je
 az rRNS-ek se nem cappeltek, se nem
poliadeniláltak.

rRNS gének:
• humán 200 rRNS gén
• 5 kromoszómán klaszterekben
• ezek (és a hozzájuk asszociálódó faktorok)
alkotják a sejtmagvacskát
Tandem ismétlődő rRNS géneken folyó transzkripció
elektronmikroszkópos képe
Az rRNS-ek transzkripciója és érése

Az eukarióta riboszómában négy rRNS található:


28S, 18S, 5.8S, 5S

Ezek közül egyetlen 45S prekurzorként


szintetizálódik a 28S, 18S és 5.8S az RNS pol I által.

A 45S RNS hasításokon és kémiai módosításokon


megy keresztül:
• ribóz 2-OH metiláció
• uracil izomerizáció → pszeudouridin

A hasítások és módosítások helyét snoRNS-ek (kis


nukleoláris RNS-ek) jelölik ki.
Az snoRNS-ek gyakran más gének intronjaiban
találhatóak, RNS pol II írja át őket, az intronból
vágódnak ki.

Az 5S rRNS-t az RNS pol III szintetizálja, nem megy


át érési folyamaton.
Az rRNS-ek transzkripciója és érése

rRNS-re jellemző módosítások: Az snoRNS-ek bázispárosodás segítségével jelölik ki a


• pszeudouridin módosítások helyét a prekurzor RNS-eken.
• 2’-O-metilált nukleotid
Mindkétféle módosításból kb 100 / 45S RNS
A tRNS-ek transzkripciója és érése

A tRNS-eket az RNS polimeráz III írja át → pre-tRNS (hosszabb,


mint az érett tRNS).

Érésük:
o 5’ szekvencia lehasítása - RNase P (egy ribozim).
o 3’ UU cseréje CCA-ra.
o Intron eltávolítás fehérje enzimmel (nem spliceoszóma
felhasználásával).
o pre-tRNS bázisok mintegy 10% kémiai módosításon esik át,
például:
• guanin dimetilációja
• adenozin deaminációja inozinná
• uridin átalakítása dihidrouridinné
• uridin átalakítása pszeudouridinné
A microRNS-ek transzkripciója és érése
A miRNS-ek a genomban kódolt, kis (20-24 nt), nem kódoló,
szabályozó hatással bíró RNS molekulák.

A miRNS-ek fontos szerepet játszanak a poszttranszkripcionális


gén regulációban, a mRNS hasításán vagy a transzláció
represszióján keresztül.

o A miRNS prekurzort (pri-miRNS) az RNS polimeráz II


szintetizálja önálló génről, vagy más gén intronikus
régiójaként.
o A prekurzort a mikroprocesszor komplex hasítja és hajtű
szerkezetűvé formálja, létrtehozva a pre-miRNS.
o A pre-miRNS a citoplazmába szállítódik a magból.
o A Dicer endoribonukleáz tovább hasítja a pre-miRNS-t és
létrehozza a 21-25 nukleotidos érett miRNS-t.
o A miRNS egyik szála egy 80S fehérje-RNS komplexbe, a RISC-
be (RNA induced scilencing complex) épül. Ez az effektor
komplex, amelyben a miRNS vezető szálként szolgálva
azonosítja a target mRNS-eket.
Összefoglalás

RNS processzálás és a génexpresszió poszt-transzkripcionális kontrollja

1. alternatív splicing
2. alternatív poliadenilációs hely használat
3. hibásan processzált mRNS-ek magi exoszómális degradációja
4. transzláció iniciációja
5. mRNS degradációja P bodyban (decapping, deadeniláció,
citoplazmatikus exoszóma általi bontás)
6. poliA farok nélküli mRNS-ek citoplazmatikus poliadenilációja
7. miRNS általi transzlációs gátlás
8. a. tRNS-ek és b. rRNS-ek érése
9. RNS processzálási folyamatokból származó RNS maradványok magi
exoszómális degradációja
Köszönöm a figyelmet!
Transzláció: a fehérjék bioszintézise
Transzláció

A fehérjét kódoló gének kifejeződése (expressziója) során:

o a sejtmagban a DNS templát szála alapján mRNS másolat


készül – transzkripció

o a citoplazmában az mRNS molekula alapján fehérje


szintetizálódik – transzláció

A transzkripció során másolás történik átkódolás nem: a DNS


polinukleotid lánc alapján a báziskomplementaritás
szabályainak megfelelően egy vele komplementer,
szerkezetében hasonló RNS polinukleotid lánc képződik.

A transzláció során átkódolás történik: az RNS polinukleotid


lánc alapján, a bázis triplet kodonoknak megfelelően
aminosavak épülnek be egy polipeptid láncba.

A transzláció során az 5’ – 3’ irányultságú el nem ágazó mRNS


alapján N-terminális – C-terminális irányultságú el nem ágazó
polipeptid lánc szintetizálódik.
Transzláció

A transzláció folyamatában részt vevő RNS molekulák:

1. Messenger (hírvivő) RNS (mRNS): a genetikai információt


szállítja a DNS-ről lineáris formában. Az mRNS információtartalma
3 nukleotidos szekvenciánként, kodononkoént, kerül leolvasásra –
minden kodon egy aminosavat kódol.

2. Transzfer RNS (tRNA): a kulcsot jelentik a genetikai információ


dekódolásában. Minden aminosavnak vannak megfelelő tRNS-ei,
amelyekhez kovalensen kapcsolódnak. A tRNS szállítja a vele
kapcsolt aminosavat a fehérje szintézis helyszínére, a
riboszómákhoz. Egy adott tRNS akkor prezentálja az általa
hordozott aminosavat a polipeptid láncba való beépítésre, amikor
a 3 nukleotidos antikodonjának megfelelő, azzal komplementer
kodon következik az mRNS-ben.

3. Riboszómális RNS (rRNS): fehérjékkel együtt alkotják a nagy- és


kisalegységből álló riboszómákat, melyek az mRNS-en mozogva az
mRNS által kódolt polipeptid szintézisét végzik.
Transzláció
Transzláció – a genetikai kód

Az univerzális genetikai kód Az mRNS kodonjait tripletek, 3 nukleotidból álló


második pozíció
rövid szekvenciák adják.

64 (43) lehetséges kodon van a kódtáblában. Ebből:


o 61 kódol aminosavat
o 3 nem kódol aminosavat – STOP kodonok: UAA, UAG,
UGA

harmadik pozíció (3’ vég)


első pozíció (5’ vég)

A polipeptid lánc kezdő pontjának meghatározására szolgáló,


külön START kodon nincs; erre a célra leggyakrabban mind
prokariótákban mind eukariótákban a metionint kódoló AUG
kodon szolgál (baktériumokban GUG, eukariótákban CUG
fordul még elő START kodonként).

Ezért a készülő polipeptid lánc lánckezdő aminosava mindig


metionin. (Baktériumokban ennek formilált formája, formil-
metionin épül be lánckezdő aminosavként.)
Transzláció – a genetikai kód

A genetikai kód szinte teljesen univerzális, ezzel alátámasztva a földi élet közös (egyszeri) eredetét.

Néhány kivétel ismert a kód univerzalitása alól, ezekben az esetekben legtöbbször egy-egy STOP
kodon kerül felhasználásra aminosav kódolására.

Kivételes kodonok általában mitokondriumokban, baktériumkban, protozoákban fordulnak elő.


Transzláció – a genetikai kód feltörése

A genetikai kód feltöréséért 1968-ban orvosi Nobel díjat kapott


Marshall W. Nirenberg, Har Gobind Khorana és Robert W. Holley

Nirenberg - Matthaei kísérlet:

Szintetikus homopolimer RNS-eket transzláltak E. coliban 1-1


radioaktív aminosav, és 19 „hideg” aminosav jelenlétében;
majd megfigyelték melyik radioaktív aminosav épül be fehérjébe.
UUU → fenilalanin, AAA → lizin, CCC → prolin

Nirenberg - Leder kísérlet:

➢ Sejtmentes környezetben inkubáltak együtt 3 nukleotidos mini


RNS-eket, egyfajta radiokatív aminosavval töltött aminoacil-tRNS-
eket, valamint riboszómát
➢ ezeket átszűrték filteren, melyen a riboszóma fennakadt az
aminoacil-tRNS viszont önmagában átfolyt
➢ az aminoacil-tRNS a radioaktív jellel csak akkor maradt fenn a
filteren, ha a mini RNS az adott aminosavat kódoló kodon volt.
Transzláció – a genetikai kód feltörése
Transzláció – a genetikai kód

o A genetikai kódtábla 64 kodonja csak 20 aminosav szintézisét kódolja.

o Minden kodon egyetlen aminosavat kódol.

o Több kodon is kódolhatja ugyan azt az aminosavat: a genetikai kód degenerált

o A legtöbb aminosavat több (2-6) kodon kódolja, az azonos aminosavat meghatározó különböző kodonokat
szinonim kodonoknak nevezzük.

o Egy kódoló szakaszban


o A kodonok nem átfedőek
o Nincs köztük kihagyás, szünet.
Transzláció – leolvasási keret

G-C-U-U-G-U-U-U-A-C-G-A
Transzláció – leolvasási keret

leolvasási keret 1 Az mRNS dekódolása során a szünetmentesen


elhelyezkedő tripletek leolvasását 3-féleképpen lehet
elvégezni attól függően, melyik nukleotidnál kezdjük a
dekódolást.
leolvasási keret 2
Ezeket a tripletenkénti leolvasási módokat leolvasási
keret-nek (reading frame) nevezik.
leolvasási keret 3

Az AUG (START) kodonnal kezdődő hosszú (STOP mentes)


leolvasási kerteteket nyitott leolvasási keretnek (open
readin frame, ORF) nevezik.

Minden leolvasási keretben eltérő aminosav A 3-mal (kodon hossza) maradék nélkül nem osztható
szekvenciát kapunk a dekódolással, így a 3 hosszúságú deléciók és inverziók eltolják a leolvasási
leolvasási keret elviekben akár 3 fehérjét is keretet – ezek a frame shift vagy keret eltolási mutációk.
kódolhatna. A mutációt követő aminosav szekvencia az eredetitől
(Átfedő leolvasási keretek a valóságban is eltérő, mert másik leolvasási keret (frame) kódolja.
előfordulnak, de nagyon ritkák.)
Transzláció

A dekódolás kétlépéses folyamat:

1. A tRNS-t egy nagyenergiájú kötéssel hozzá kell 2. Az aminoacil-tRNS felismeri az antikodonjának


kapcsolni a neki megfelelő aminosavhoz – így megfelelő kodont a mRNS-en.
aminoacil-tRNS jön létre, ami aztán majd részt
vesz a második lépésben. Az aminoacil-tRNSek
létrejöttét aminoacil-tRNS szintetáz enzimek
katalizálják.
Transzláció – tRNS-ek

A tRNS-ek 70-90 nukleotid hosszúságú, stem-loop


régiókat tartalmazó, szigorúan meghatározott 3D
szerkezettel rendelkező RNS-ek.

Kiterítve lóhereszerű szerkezetükben


megfigyelhető:
➢ 3 stem-loop régió: D hurok, antikodon hurok
(mely tartalmazza az antikodon nukleotid
tripletet), TΨC hurok
➢ 3’ CCA akceptor kar, ide kapcsolódik az
aminosav
➢ a nukleotidok ~10% módosított
Transzláció – tRNS-ek

A tRNS háromdimenziós
szerkezete L alakot formáz,
melynek átellenes végein
találhatóak az aminosav
akceptor kar és az antikodon
kar.
Néhány tRNS-ekben előforduló módosított nukleotid
Transzláció – tRNS-ek

Baktériumokban 30-40 féle tRNS-t találunk,


Emberi sejtekbena tRNS-ek összesen 48
különböző antikodont reprezentálnak.

??? A 48-féle tRNS


több mint a kódolt aminosavak száma (20),
de kevesebb, mint a kodonok száma (61) !!!

Magyarázat:
Egy tRNS több kodont is felismerhet (lötyögés
jelensége), ami magyarázatul szolgál arra, hogyan
lehet kevesebb tRNS mint kodon.
Lötyögés (wobble)

Nem minden fajban van külön tRNS mind a 61


felismerendő kodonhoz, ezért egyes tRNS-eknek az
általuk hordozott aminosavat kódoló több szinonim
kodont is fel kell ismerniük (de nem feltétlenül az
összeset). Ha ezek a bázisok vannak az
antikodon első pozíciójában

Ezt a kiterjesztett kodon felismerést a kodon


harmadik (3’ végi) illetve az antikodon első (5’ végi), akkor a tRNS
felismerhet ilyen
ú.n. lötyögő (wobble) pozíciójában található harmadik bázissal
nukleotidok közötti nem-konvencionális rendelkező kodont.

bázispárosodások teszik lehetővé. Ha ezek a bázisok vannak a


kodon harmadik pozíciójában

Az antikodon lötyögő pozíciójában gyakran akkor a kodont


előfordul hypoxantin bázist (deaminált A) felismerheti egy
ilyen első bázist
tartalmazó inozin (I) nukleotid. tartalmazó
antikodonú tRNS.
Antikodon lötyögő/wobble pozíciójában lévő:
• G párosodhat: C , U
• U párosodhat: A, G
• I párosodhat: C, A, U
Transzláció

Visszatekintve a kódtáblára:

Láthatjuk, hogy az ugyan azon aminosavat kódoló szinonim kodonok nem


véletlenszerű szekvenciájúak,
általában megegyeznek az első két nukleotidban, és a harmadik, lötyögő
pozícióban lévő nukleotidban térnek el.
Transzláció – aminosav aktiválás

A genetikai kód dekódolásának első


lépése az aminosavnak a megfelelő
tRNS
aminosav tRNS-re kapcsolása, amelyet
aminoacil-tRNS szintetáz enzimek
végeznek.

Mind a 20 aminoacil-tRNS szintetáz


enzim egyetlen aminosav, és a neki
adenilált aminosav megfelelő összes tRNS kapcsolását
végzi.
aminoacil-
tRNS

Az aminosav kapcsolása a tRNS 3’ láncvégi 3’ hidroxil csoportjához történik


ATP igényes két lépeses folyamat során.
Az aminosav nagy energiájú kötéssel kapcsolódik a tRNS-hez – aktiválódik –
mely kötés felbomlása biztosítja majd az energiát a peptid kötés
létrehozásához.
Transzláció – aminosav aktiválás

Az aminoacil-tRNS szintetáz és a megfelelő tRNS-ek


kapcsolatát biztosítják:
o A szintetáz és a megfelelő tRNS-ek antikondon loopja
és az akceptor karja közötti kölcsönhatások (pozitív
kölcsönhatás).
o Nem megfelelő tRNS-ek bizonyos pozícióiban található
bázisok gátolják a kölcsönhatást a szintetázzal (negatív
kölcsönhatás).

Az aminoacil-tRNS szintetáz és a megfelelő aminosav


kapcsolatát biztosítják:
o A megfelelő aminosav affinitása a szintetikus katalitikus
helyhez.
o Egy második lépésben az aktivált aminosav
belepróbálása egy szerkesztő zsebbe – a tRNS-nek
megfelelő aminosav nem illeszkedik bele.
Transzláció – aminosav aktiválás

Az aminoacil-tRNS szintáz kis gyakorisággal


szerkesztő
nem megfelő aminosavat építhet be. inkorrekt
tRNS hely
aminosav
eltávolítása
Az ilyen hibákat az enzim hibajavító szintézis
(proofreading) aktivitása kezeli: hely

Amennyiben a nem megfelelő aminosav lett a


tRNS-hez kapcsolva, az aminosav az enzim inkorrekt
szerkesztő helyén (amely eltér a szintézis aminosav
tRNS
helytől) lehasításra kerül.
szintetáz

Az aminosav – tRNS kapcsolás hibarátája így szintézis szerkesztés


igen alacsony: ~ 1/ 40.000
Transzláció

a növekvő polipeptid lánc aminoacil-


C-terminálisához kapcsolt tRNS
peptidil-tRNS peptidil-kötésből
felszabadult tRNS

új peptidil-tRNS a növekvő
A polipeptid lánc szintézise N-terminális ➔ C-terminális irányú. polipeptid lánc C-
terminálisához kapcsolva
A fehérjeszintézis során a készülő polipeptid lánc C-terminális karboxil csoportja
és az újonnan a lánchoz adódó aktivált aminosav amino-csoportja között alakul
ki peptid kötés.

A polipeptid lánc C-terminálisa a beépülő aminosavakhoz kapcsolódó tRNS-ek


miatt a szintézis folyamat során végig aktivált marad.
A nagyenergiájú észter kötés révén így minden beépülő aminosav a következő
aminosav beépítéséhez szükséges energiát biztosítja.
Transzláció

A fehérjék szintézise mRNS alapján a


citoplazmában található riboszómákon
történik.

o A riboszómák rRNS-ekből és fehérjékből álló


ribonukleoprotein komplexek.
o A riboszómák kis és nagy alegységekből
állnak.
o Eukariótákban a két alegység a sejtmagban
szerelődik össze rRNS és fehérje
komponensekből, majd a citoplazmába jutás
után állnak össze riboszómákká.
o A riboszómák a citoszolban szabadon,
eukariótákban emellett még a DER felszínén
találhatóak.
riboszómák egy eukarióta sejt citoplazmájában
o A fehérjeszintézis hibarátája ~ 1 hiba /
10.000 aminosav.
A prokarióta és eukarióta riboszómák szerkezete és funkciója hasonló

S: svedberg egység
– ülepedési állandó, A prokarióta és eukarióta
mérettel
logaritmikusan
riboszómák mind
arányos szerkezetileg mind
funkcionálisan hasonlóak.

A riboszómákban a rRNS :
fehérje tömegaránya 2 : 1

A riboszóma szerkezetének
kialakításáért az rRNS-ek
felelősek.

A peptidil transzfert a nagy


alegységben található 23S
/ 28S rRNS katalizálja
➢ katalitikus aktivitással
bíró RNS: ribozim.
A riboszóma szerkezete

A riboszóma két alegysége egymástól külön található a citoplazmában mikor nem


vesznek részt peptidlánc szintézisben, csak a szintézis során, az mRNS-en
asszociálódnak egymással.

o A kis alegység biztosítja a kodon és a megfelelő tRNS illesztését.


o A nagy alegység katalizálja a peptid kötés létrejöttét.

A prokarióta riboszóma röntgendiffrakciós szerkezete.


Transzláció

A készülő polipeptidlánc egy a nagy alegységben elsődlegesen a


23S RNS által alkotott 10 nm × 1,5 nm vizes csatornán át hagyja
el a riboszómát.

A riboszóma 4 kötőhelyet tartalmaz RNS molekulák számára:

o mRNS kötő hely


o A hely: aminoacil-tRNS kötő hely
o P hely: peptidil-tRNS kötő hely
o E hely: Exit-hely (töltetlen tRNS)

Az A és P helyeken a mRNS és a tRNS-ek bázispárosodnak, itt


megkövetelt a kodon – antikodon kapcsolat.
Transzláció

o A riboszóma két alegysége a transzláció iniciációjakor a mRNS


5’ régióján asszociálódik egymással.

o A transzláció elongációja során a riboszóma 5’ – 3’ irányban,


kodononként végighalad az mRNS-en, közben aminoacil-tRNS-
ek felhasználásával N → C-terminális irányban haladva
aminosavanként felépíti a mRNS által kódolt polipeptidláncot.

o Sebessége: eukarióta: 2 aminosav /mp,


prokarióta: 20 aminsav /mp.

o A STOP kodon elérésekor a transzláció terminálódik, a


riboszóma két alegysége, a mRNS és a megszintetizált fehérje
disszociálnak.
Transzláció

A riboszómák pontos 3D szerkezetét 2000-ben


határozták meg. (Venkatraman Ramakrishnan,
Thomas A. Steitz és Ada E. Yonath 2009. kémiai
Nobel)

Az A, P és E kötőhelyeket is rRNS alakítja ki (nem a


riboszóma fehérje komponensei).
Transzláció
Transzláció – iniciáció

A transzláció iniciációja során biztosítani kell, hogy a legelső kodon azonosítása megfelelően
történjen, különben leolvasási keret eltolódás következik be.
Emellett az iniciáció a fehérje szintézis alapvető szabályozási pontja.

A transzláció iniciációja során asszociálódik a riboszóma, az mRNS és az iniciátor Met-tRNSi


(eukariótákban) ill. formil-Met-tRNSi (prokariótákban).

Az iniciátor tRNSi eltér a transzláció elongációja során metionint szállító tRNS-től, de ugyan az a
szintetáz enzim tölti fel.
Kizárólag az iniciátor Met-tRNSi képes a 60S-sel nem asszociált 40S kis alegység P helyéhez
kötődni. (A többi aminoacil-tRNS-ek a 80S riboszóma A-helyéhez kötnek.)

Az iniciációt (eukarióta) transzlációs iniciációs faktorok segítik.


Eukariótákban: eIF1, eIF1A, eIF2, eIF3, eIF4, eIF5 (több alegységesek lehetnek)
Prokariótákban: IF1, IF2, IF3
Transzláció – iniciáció eukariótákban

o Iniciátor Met-tRNSi eIF2:GTP-vel képez komplexet


o A 40S alegységet eIF1, eIF1A és eIF3 köti; megakadályozva 60S kötődését.
o Az iniciátor Met-tRNS az eIF2:GTP iniciációs faktorral kötődik a kis alegység
P helyéhez.
o 40S:eIF1:eIF1A:eIF3 valamint eIF5 és eIF2:Met-tRNSi asszociációjával
kialakul a 43S preiniciációs komplex.
Transzláció – iniciáció eukariótákban

o Az mRNS 5’ végét az 7mG-cap alapján az eIF4 iniciációs faktorok


ismerik fel és kötik, a polyA farkat PABPC fehérjék kötik –
kölcsönhatásukkal kör szerkezet alakul ki.
o Az eIF4:mRNS komplex eIF4G-eIF3 kölcsönhatással kötődik a 43S
preiniciációs komplexhez.
Transzláció – iniciáció eukariótákban

o A riboszóma alegység 3’ irányba elmozdulva keresi a START kodont, a mozgást


helikáz aktivitású eIF4 katalizálja ATP-t felhasználva.

o A Met-tRNSi általában (~90%) az első AUG-hoz kötődik, ekkor eIF2 hidrolizálja a


kötött GTP-t. Tovább folyhat a start keresése, ha az AUG nem Kozak-szekvencia
(konszenzus: 5ʹ-ACCAUGG-3ʹ) környezetben van.

o A 60S nagy alegység eIF5B:GTP segítségével bekötődik, a legtöbb iniciációs


faktor disszociál.

o Ha a kapcsolódás tökéletes volt, eIF5B hidrolizálja a GTP-t, eIF5B:GDP és eIF1A


leválik és létrejön a 80S iniciációs komplex.

Az iniciátor Met-tRNSi a P helyen marad. A láncban második aminosavat szállító


tRNS az A helyre kötődik.
Transzláció – iniciáció prokariótákban

A bakteriális mRNS-eken nincs 5’-7mG cap,


más szolgál az iniciátor kodon
megtalálásának alapjául.

A prokarióta riboszóma a Shine-Dalgarno


szekvencia (másnéven RBS: ribosome
binding site, konszenzus szekvenciája
5ʹ-AGGAGGU-3ʹ) alapján ismeri fel a mRNS
iniciátor régióját.

Az RBS, a 16S rRNS-sel bázispárosodva


pozícionálja az iniciátor AUG kodont a
riboszómán a P helyre.

Minden bakteriális mRNS tartalmaz legalább egy riboszóma kötőhelyet, ez a Shine–Dalgarno


szekvencia, amely néhány nukleotidra upstream helyezkedik el az AUG iniciátor kodontól.

A policisztronos mRNS-eken több pozícióban is szükség lehet transzláció iniciációjára:


bakteriális riboszóma az mRNS belsejében lévő iniciátor kodonon is összeállhat és megkezdi a
transzlációt, amennyiben van mellette RBS.
Transzláció – iniciáció prokariótákban

o Az iniciációs szakasz kezdetén a riboszóma két alegysége még nem alkot


komplexet.

o A riboszóma 30S alegységéhez IF1 és IF3 transzláció iniciációs faktorok


kötődnek.

• IF1 elősegíti az mRNS kötődését, meggátolja aminoacil-tRNS kötődését


az A helyre.

• IF3 megakadályozza az 50S alegység kötődését.

o A 30S alegységhez mRNS kötődik, a Shine-Dalgarno szekvencia az AUG start


kodont a P helyhez pozícionálja.

o IF2:GTP szállítja az iniciátor formil-metionil-tRNS-t a riboszóma P helyére.

o A 30S : mRNS : IF2-fMet.tRNS komplexhez kapcsolódik az 50S alegység.

o IF2 kötött GTP hidrolízisét követően az iniciációs faktorok leválnak az


inicializált riboszómáról.
Transzláció – elongáció

A transzláció elongáció során minden egyes


aminosav lánchoz adása 4 lépésben történik:

1. aminoacil-tRNS riboszómához kötődése: az A


helyre kerül az mRNS következő kodonjának
megfelelő antikodonnal rendelkező
aminoacil-tRNS
2. peptid kötés létrehozása: a növekvő
polipeptid lánc C-terminálisa felszabadul a
P-helyen lévő peptidil-tRNS-ről, majd az A
helyen lévő tRNS-hez kapcsolt aminosav
amino-csoportjával peptid kötést alakít ki a
riboszóma nagy alegység 23S rRNS peptidil
transzferáz aktivitása.
3. nagy riboszóma alegység transzlokációja: a
tRNS-ek áthelyeződnek: A → P, P → E
4. kis riboszóma alegység transzlokációja: az
üres tRNS kilőkődik az E helyről
Transzláció – elongáció
Transzláció – elongáció

A transzláció elongáció folyamatát transzlációs elongációs faktorok segítik, növelik sebességét


és pontosságát.

Az elongációs faktorok GTP kötő fehérjék – aminosav beépítési ciklusonként kötődnek a


riboszómához, majd GTP hidrolízist követően konformációs változásokon esnek át és leválnak a
riboszómáról.

Prokariótákban:
o EF-Tu: aminoacil-tRNS riboszómához szállítását végzi
o EF-Ts: EF-Tu guanozin cserélő faktora (GDP→GTP)
o EF-G: a riboszóma mRNS-en történő transzlokációját segíti

Eukariótákban:
o eEF-1A: aminoacil-tRNS riboszómához szállítását végzi
o eEF-1B: eEF-1A guanozin cserélő faktora (GDP→GTP)
o eEF2: a riboszóma mRNS-en történő transzlokációját segíti
Transzláció – elongáció

EF-Tu szállítja az amonoacil-tRNS-t és növeli a kodon-antikodon felismerés


pontosságát:
o EF-Tu GTP-t és aminoacil-tRNS-t köt, ebben a formában kapcsolódnak a
riboszóma A helyre.
o A megfelelő kodon – antikodon kapcsolat hatására a 16S RNS szorosabban zárul
a kodon – antikodon pár körül (induced fit), ez a riboszóma konformációs
változás idézi elő az EF-Tu kötött GTP hidrolízisét és ezzel az EF-Tu disszociációját
az aminoacil-tRNS-ről, amiután az készen ál a peptidil transzferre.

További proofreading lépések:


o Ha téves aminoacil-tRNS került az A helyre, a gyengébb
kodon – antikodon kapcsolat miatt onnan nagy
valószínűséggel disszociál, még mielőtt a peptidil
transzfer megtörténne: kinetikus proofreading.
o Ha téves aminosav épült a láncba, a P helyen a hibás
bázispárosodás miatt megnövekszik a további hibás
beépülés az A helyre, ami végül release faktor kötést és
terminációt eredményez.
Transzláció – elongáció

A GTP kötött EF-G (transzlokáz) a peptidil transzfert


követően asszociálódik a riboszómával,
majd a GTP hidrolizisét követő konformáció
változásai és riboszómáról való leválása segítik elő,
hogy a riboszóma pontosan 3 nukleotidnyit
mozogjon a mRNS-en.
Transzláció – termináció
A transzláció terminációja is fehérje faktorokat igényel
– release faktorok.

Eukarióákban:
o eRF1: tRNS-hez hasonló szerkezetű, az A helyre
kötődve a STOP kodont ismeri fel.
o eRF3: GTP kötő fehérje. eRF3:GTP ellenőrzi, hogy
eRF1 megfelelő kodonhoz kötődött-e, majd a GTP-t
hidrolizálva elősegíti a P helyen a peptidil-tRNS
kötés felszakítását, így felszabadítva az elkészült
fehérjét.

Prokariótákban:
o RF1 és RF2: eRF1-nek felel meg
o RF3: eRF3-nak felel meg

A riboszóma alegységeit, az mRNS-t és az


üres tRNS eukariótákban az ABCP1 fehérje
ATP felhasználásával disszociálja.

A 40S alegységgel eIF1, eIF1A és eIF3


faktorok asszociálódnak.
Transzláció - poliriboszómák

A transzláció összesített sebességét két


tényezző fokozza:

1. Egy mRNS molekulát egyszerre több


riboszóma is transzlálhat – poliriboszóma
vagy poliszóma. Ez a jelenség mind
eukariótákban, mind prokariótákban
megfigyelhető. Prokariótákban a
transzláció már a transzkripció elongációja
közben megkezdődhet.

2. Az eukarióta mRNS-ek 5’ és 3’ vége az


eIF4G és a PABPC kölcsönhatása révén
körszerűvé válik. Ez elősegíti a terminációt
követően felszabaduló riboszóma
alegységek újbóli felhasználását egy új
iniciáció során.
Transzláció energiamérlege

Az egyes részlépésekhez felbontandó makroerg kötések száma:

o Aminosav aktiválás: 2 / aminosav (ATP → AMP)

o Iniciáció:

• Prokarióta: legalább 1 / mRNS (IF2:GTP)

• Eukarióta: legalább 2 (eIF2:GTP, eIF5B:GTP) / mRNS + ATP az 5’ UTR hosszától függően

o Elongáció: 2 / aminosav (eEF-1A:GTP és eEF2:GTP → GDP)

o Termináció: 1 / mRNS (eRF3:GTP → GDP)

Durva közelítéssel 4 makroerg kötés felbontása / aminosavanként,


pl. egy 300 aminosavasból álló fehérje esetében ~ 1200 ATP szükséges.
Transzláció gátló szerek – antibiotikumok

Számos antibiotikum a fehérjeszintézis


gátlásával fejti ki hatását.

Hatásuk lehet:
o peptidil transzfer gátlása
o az alegységek elmozdulásának gátlása
o polipetid csatorna elzárása
o stb

pl. puromicin aminoacil-tRNS-t imitál, A helyre


kötődik
Transzláció gátló szerek – antibiotikumok

Inhibítor Hatás
Baktériumokon ható
Tetracycline Aminoacil-tRNS A helyre kötődését gátolja
Streptomycin Iniciáció – elongáció átmenetet gátolja
Chloramphenicol Peptidil transzferáz reakciót gátolja
Erythromycin A polipeptid kimeneti csatornát köti és blokkolja
Baktériumokon és eukariótákon is ható
Puromycin A polipeptidlánc végéhez kapcsolódva idő előtti terminációt okoz
Eukariótákon ható
Cycloheximide Gátolja a riboszóma transzlokációját
Anisomycin Peptidil transzferáz reakciót gátolja

A prokarióta és eukarióta riboszómák közötti különbségek lehetővé teszik a transzláció szelektív


blokkolását az egyik csoportban – ezért lehetnek alkalmasak antibiotikumnak egyes transzláció
gátló szerek.
A fehérjeszintézis - áttekintés
A fehérjék foldingja
naszcens fehérje

A fehérje a transzláció befejeztével még nem kerül funkcionálisan aktív


formájába.

folding és kofaktor Ehhez


kötés (nem kovalens)
o fel kell vennie a rá jellemző térszerkezetet (folding)
o kofaktorokat köthet

kovalens módosítások: o kovalens poszt-transzlációs módosításokon (mintegy 200 féle ismert!)


glikoziláció, foszforiláció, megy keresztül
acetiláció, stb
o további fehérje alegységekhez kötődhet

további fehérje
alegységek kötése
A fehérje térszerkezetének felvételét folding-nak nevezik.
A fehérje a folding során energetikailag kedvező állapotba
(legalacsonyabb szabad energia) kerül.

érett, funkcionális fehérje


A fehérjék foldingja

Megfelelő Hibás Javíthatatlan


folding folding folding hiba

Szintézisüket követően a fehérje


domének először egy „olvadt
gömbszerű” (molten globule)
térszerkezetet vesznek fel, majd egy
sokkal lassabb folyamattal, többféle
útvonalon, chaperone (ejtsd:
saperon) másnéven dajka fehérjék
közreműködésével kialakul a
funkciójukat biztosító helyes
térszerkezet.
A helytelen térszerkezetet kialakított
fehérjéket javító mechanizmusok
kitekerik és újra lejátszódhat a
folding, vagy a fehérje lebontásra
kerül.
A fehérjék foldingja

hajtogatódó C- a fehérje foldingja a riboszómáról


terminális rész való leválás után fejeződik be

Ko-transzlációs protein folding


hajtogatott N-
terminális rész
Számos fehérje esetében a polipeptidlánc
növekvő
polipeptid lánc szakaszai azonnal megkezdik a
térszerkezetük felvételét, ahogy kijutnak a
riboszómából:
az N-terminális rész már részben felveszi
térszerkezetét, tartalmazza a másodlagos
szerkezeteket (α hélixek és β redők) míg a
C-terminális rész még szintetizálódik.

Sok fehérje először egy a másodlagos


szerkezeti elemeket már tartalmazó,
flexibilis ú.n. molten globule szerkezetet
vesz fel, majd chaperone / dajka fehérjék
segítségével veszik fel a végleges
térszerkezetüket. molten globule végleges szerkezet
A fehérjék foldingja

A legtöbb fehérje nem tudja önállóan felvenni


a korrekt harmadlagos szerkezetét, abban
molekuláris chaperone /dajka fehérjék
közreműködnek.

A chaperonok felismerik a hibásan tekeredett,


hidrofób felszíneket mutató fehérjéket;
segítik a helyes foldingjukat, kisegítik őket
kinetikus zsákutcákból amennyiben lokális o A hsp70 (hősokk-protein 70) dajkafehérjék hidrofób aminosavakat
energia minimumba kerültek. ismernek fel a fehérje felszínén – már a transzláció folyamán.
o ATP-kötött hsp70 hsp40 segítségével kötődik a fehérjéhez (1 hsp70
Többféle dajka fehérje segíti a fehérjék
monomer 4-5 hidrofób aminosavhoz), az ATP hidrolízisét követően
foldingját.
hsp70 konformációs változásokon megy keresztül és a kötődés
szorosabbá válik.
o hsp40 disszociációját követően a hsp70 ADP-t ATP-re cseréli és
maga is elereszti a fehérjét.
o Az ilyen kötés – elengedés ciklusok segítik elő a fehérje foldingját.
A fehérjék foldingja

A hsp60 dajkafehérje (chaperonin) hordószerű szerkezetükbe zárják a teljes fehérjét.

o A fehérje a hsp60 hidrofób nyílásán keresztül kerül az izolációs kamraként működő


hordó szerű szerkezetbe, mely hidrofób aminosavvak burkolt.
o A hordó tetejét egy fehérje zárja.
o A hordóban a fehérje külső hatásoktól elzártan veheti fel térszerkezetét.
o ATP hidrolízisét követően a fedő fehérje leválik, a térszerkezetét felvett fehérje
kiszabadul.
Vége

Köszönöm a figyelmet!
Protein sorting
Protein sorting

A fehérjék szintézise a citoplazmában történik, de


funkciójukat különböző kompartmentekben fejtik ki.
A fehérjék megfelelő kompartmentbe juttatását
protein sortingnak nevezik.

Egy átlagos állati sejtben 10.000 – 20.000 féle


fehérje molekulából összesen ~1010 db található.

A kompartmentek elszeparálása állandó, vagy


időszakosan megszűnhet: pl. a mitokondrium
membrán mindig ép, de a sejtmagot és citoplazmát
elválasztó sejtmagmembrán sejtosztódáskor
megszűnik

Kiterjedt import és export folyamatok működnek a


fehérjék (és egyéb komponensek) transzportjára,
ami egyes fehérjék életében csak egy alkalommal,
más fehérjék esetében ismételten, többször is
megvalósul.
Protein sorting

A sejtben két kompartment topológiailag ekvivalens,


amennyiben köztük fehérjék úgy közlekedhetnek, hogy
közben nem kell membránt átlépniük.

Topológiailag ekvivalens kompartmentek:


1. Sejtmag és a citoszol: köztük anyagmozgás magi pórus
komplexen keresztül
2. Szekretoros és endocitikus útvonalak organellumai (ER,
Golgi, lizoszómák, endoszómák, vezikulumok): köztük
anyagmozgás transzport vezikulumokkal
3. Mitokondrium
4. Plasztiszok (növényekben)
Protein sorting – transzport mechanizmusok típusai

1. Kapuzó transzport (gated transport):


fehérjék és RNS molekulák a sejtmagmembrán magi pórus komplexein
(NPC) keresztül közlekednek a citoszol és a sejtmag között.
Az NPC szelektív kapuként szolgál, amely elősegíti megfelelő
makromolekulák és makromolekuláris komplexek aktív transzportját, illetve
kismolekulák passzív diffúzióját.

2. Fehérje transzlokáció: transzmembrán protein transzlokátorok


közvetlenül szállítják át a fehérjét a citoszolból egy membránon keresztül
egy topológiailag eltérő térrészbe (pl. ER, mitokondrium, ill. membránba
ágyazódó fehérjék).
A fehérjének legtöbbször (de nem minden esetben) le kell tekerednie a
transzlokátoron történő átjutáshoz.

3. Vezikuláris transzport: membránnal határolt


transzport vezikulumok szállítják a lumenükben a
fehérjéket két topológiailag azonos térrész között. (pl.
ER → Golgi)
A transzport vezikulum az egyik kompartment lumenéből
feltöltődik, majd arról lefűződik, és rakományát (cargo)
egy másik kompartmentbe üríti. A folyamat során a
cargo fehérjéknek nem kell membránon átlépniük.
Protein sorting

A fehérjék transzportját a fehérje aminosav szekvenciájában található szorting szignál szekvenciák,


és az azokat felismerő szorting receptorok irányítják.

A szignál szekvencia lehet:


o terminális: pl. N-terminális szignál transzmembrán transzporthoz, szignál peptidáz lehasítja
o belső láncközi szakasz: pl. magi lokalizációs szignál, nem vágódik ki a fehérjéből
o szignál patch: több peptid részlet által kialakított felületi jel (magi transzportban, vezikuláris transzportban)

A fehérje transzlokációt
biztosító címzések
meghatározásában a rövid
szorting szignál szekvenciát
alkotó aminosavak minősége,
sorrendje és a belőlük
kialakuló peptid rész
térszerkezete egyaránt
szerepet játszik.

Színes: bizonyítottan fontos a jelenléte. Piros: pozitívan töltött, zöld:negatívan töltött,


narancs: hidrofób, kék: hidroxilált, +H3N: amino terminális, COO- karboxi terminális vég
Transzport a sejtmag és a citoplazma között

A sejtmagot kétrétegű sejtmag membrán (nuclear


envelope) határolja.
Belső és külső membrán, perinukleáris tér a két
membrán között, nukleáris lamina burkolja belülről,
nukleáris pórusokon keresztül közlekedik a
citoplazmával.

Folyamatosan zajló transzport:

o Import: hisztonok, transzkripció, replikáció, stb


fehérjéi (a DNS szintézis időszakában ~106
hiszton molekula importja 3 percenként)

o Export: mRNS-ek, tRNS, stb

Imp/Exp: (riboszóma fehérjék importja a


citoplazmából magba, ott összeszerelődés, majd
alegység export vissza a citoplazmába)
Transzport a sejtmag és a citoplazma között

Magi Pórus Komplex (Nuclear Pore Complex, NPC):

o Tömege (MW): 125 Mda, 8 osztatú gyűrű szerkezetet mutat


o 3-4000 NPC komplex/sejtmag
o ~ 30-féle különböző nukleoporin fehérje alkotja, ezekből
több is lehet pórusonként
o fibriIlumok nyúlnak a citoplazma és a nukleoplazma felé
o FG-ismétlődések (fenilalanin-glicin): az NPC citoplazmatikus
és nukleáris fibrillumait alkotó valamint a csatornát bélelő
nukleoporinok rendezetlen struktúráiban fordulnak elő.
Ezekhez kötődve → disszociálva → újra kötve mozognak a
transzport receptorok a transzport során.
Kis molekulákra az áteresztő képessége olyan
mintha egy 9 nm átmérőjű vízzel töltött cső lenne.
Átjutás diffúzióval: kisebb mint 5 kDa esetén
szabadon, nagyobb mint 60 kDa estén nincs.
Transzport a sejtmag és a citoplazma között

Sejtmagi IMPORT: Sejtmagi EXPORT:


Sejtmagi lokalizációs szignál (NLS, nuclear localization
Nukleáris export szignálok (NES): a fehérje
signal): pozitívan töltött aminosavakban (lizin, arginin)
szerkezetében 4 db, nem egymás mellett elhelyezkedő
gazdag folyamatos, vagy több rövid szekvencia részlet,
hidrofób aminosav alkotja. Exportinok ismerik fel.
amely(ek) a fehérje felszínén helyezkedik el.
Nukleáris import receptorok (importinok): Nukleáris export receptorok (exportinok):
citoplazmatikus fehérjék, amelyek kötődnek a transzportra a sejtmagban kötődnek a NES-el rendelkező fehérjékhez,
kerülő fehérjéhez (cargo) és a nukleoporinokhoz. Az NLS és azokat a NPC-en keresztül a citoszolba szállítják.
típusától függően rokon szerkezetű receptorok
valamelyike, egyes esetekben adaptor fehérjén át
kapcsolódik a cargóhoz.

Az importban és exportban részt vevő


fehérjéket összefoglalóan karioferineknek is
nevezik.

Kétirányú transzport, hasonló molekulák


résztvételével, egy-egy póruson át mindkét
irányban zajlik.
Transzport a sejtmag és a citoplazma között

A transzporthoz energia befektetés szükséges,


mivel a transzportnak iránya van, eredményeként
a rendezettség nő, egyes fehérjék koncentrációja
nő a sejtmagban/citoplazmában. Ran: kis (25 kDa) GTP-hasító fehérje – (GTPáz)
Az energiát GTP bontása biztosítja a Ran fehérje Egy molekuláris kapcsoló, a más folyamatokban is gyakran
GTPáz ciklusa által. szerepet játszó G-fehérjék egyik típusa.
A Ran-GTP és Ran-GDP koncentrációja eltérő a két Két lehetséges állapota van :
térrészben, igyekszik kiegyenlítődni.
• Ran-GTP – magasabb koncentrációban a nukleoplazmában
• Ran-GDP – magasabb koncentrációban a citoszolban

A GTP hasító aktivitását a GAP (GTPáz aktiváló fehérjék)


fokozzák. Ezek a citoplazmában találhatóak, ahol:
Ran-GTP → Ran-GDP
A GDP kicserélését GTP-re a GEF: (guanin nukleotid kicserélő
faktorok) segíti. Ez a sejtmagban, a kromatinhoz kötődve
találhatóak .
Ran-GDP → Ran-GTP
Transzport a sejtmag és a citoplazma között

A citoplazmában NLS-t tartalmazó cargo a citoszolba szállítva


fehérje (cargo)
cargo kötődése az A magban Ran-GTP
Ran-GDP disszociál
import receptorhoz. a receptorról és cargo kötődése az
export receptorhoz.
Transzport a magba.
Transzport a
A magban: Ran-GTP citoplazmába.
köt a receptorhoz, a
cargo disszociál. A citoplazmában: GTP
hidrolizál, Ran-GDP és
A Ran-GTP kötött a cargo disszociál a
receptor visszajut a receptortól.
citoplazmába, ahol a cargo a magba
Ran-GTP köti a
magi export szignált
receptort
GTP hidrolizál, a szállítva tartalmazó fehérje (cargo) A receptor visszajut a
receptor és Ran-GDP magba.
disszociál. sejtmagi import sejtmagi export

A két állapotú Ran fehérje gradiense a mag és a citoplazma között biztosítja a


karyoferinek egyenlőtlen eloszlását a két térrészben, és a transzport
irányítottságát.
Transzport a mitokondriumba

Mitokondrium
o A mitokondriumok és a kloroplasztiszok a
citoplazmában található, dupla biológiai
membránnal határolt organellumok.

o A mitokondriumok és a kloroplasztiszok az külső membrán


mátrix
organellumok növekedésével, majd kriszta intermembrán tér
hasadásával szaporodnak a sejtben.
belső
membrán

o Saját DNS-t és riboszómákat tartalmaznak, de Kloroplasztisz


fehérjéik döntő része a sejtmagban kódolt.

o A citoszolban szintetizálódó fehérjéiknek az


organellum meghatározott
szubkompartmentjébe kell jutnia, ehhez az
importált fehérjének át kell jutniuk a külső membrán
tilakoid
membrán(ok)on – protein transzlokáció.
belső membrán tér
tilakoid
intermembrán tér membrán

sztróma
Transzport a mitokondriumba

o A mitokondriumokba importálandó mitokondriális


prekurzor fehérjék a citoplazmában szintetizálódnak,
majd a poszt-transzlációs transzlokációval, kitekeredett
(unfolded) állapotban jutnak be a mitokondriumba.

o A mitokondriális prekurzor fehérjék egy vagy több import


szignál szekvenciát hordoznak.

o A mátrixba kerülő fehérjékről az N-terminális szignál


szekvenciát szignál peptidáz az importot követően
lehasítja.

o A külső- és belső membránba, illetve az


mitokondriális szignál szekvencia (A, B) kötődése intermembrán térbe kerülő fehérjék belső,
az import receptorához (C) eltávolításra nem kerülő szignál szekvenciát is
piros: + töltésű aminosavak hordoznak.
zöld: apoláris aminosavak
Transzport a mitokondriumba

A mitokondriumot alkotó fehérjék kisebb része a


mitokondriumban, többsége a citoplazmában
szintetizálódik.
Elhelyezkedésük a mitokondriumban szerepüknek
megfelelően szigorúan meghatározott és lehet a
külső vagy belső membrán , a két membrán
közötti tér, illetve a mátrix.

A mitokondriumba irányuló protein transzportot


megvalósító fehérje komplexek:
• TOM (translocase of the outer membrane): minden
mitokondriumba irányuló protein transzportjához
kell. Transzport a külső membránon át és külső
membránba illesztés.
• TIM (translocase of inner membrane): transzport a
mátrixba és belső membránba illesztés
• OXA: fehérjék beillesztése a belső membránba a
mitokondrium mátrixából
• SAM: beillesztés a külső membránba A komplexek tartalmazzák a szignál szekvenciát megkötő
fehérjéket és a transzlokációs csatornát kialakító fehérjéket
Transzport a mitokondriumba

Transzport a citoplazmából a
mitokondrium mátrixba:

A TOM és TIM komplexek a két


mitokondrium membrán
érintkezési pontjainál tartósan
együtt fordulnak elő, a transzport a
mátrixba egy folyamatban zajlik.

A szignál szekvenciát TOM ismeri


fel, majd a mátrixban szignál
peptidáz lehasítja.
Transzport a mitokondriumba

A mitokondriumba kerülő fehérjék foldingja nem játszódik le szintézisüket követően, hanem Hsp70
chaperonokkal kapcsolódva kitekeredett (unfolded) állapotban maradnak.
A transzport előtt ATP hidrolízissel összekapcsolva a Hsp70 disszociál a fehérjéről, majd a mitokondrium
mátrixba jutott részhez a mitokondriális Hsp70 kapcsolódik ismét.
A transzporthoz szükséges energiát részben az ATP hidrolízis, részben a belső membrán két oldala
között fennálló elektrokémiai proton gradiens biztosítja.
Transzport a mitokondriumba

Porinok beépítése a mitokondrium külső Transzport a citoszolból a belső membránba:


membránjába:
o A fehérjét a TOM / TIM transzlokátorok szállítják, a transzportot
β-hordó porin fehérjéket TOM szállítja az a belső membránban egy stop-transzfer szignál megszakítja
intermembrán térbe, ahol dajka fehérjék
vagy
kötik. Ezt követően SAM komplex illeszti a
külső membránba a fehérjét. o A fehérjét a TOM / TIM komplexek beszállítják a mátrixba, ahol
a szignál szekvenciát szignál peptidáz lehasítja. Ezt követően az
OXA komplex egy második szignál szekvenciát felismerve a
belső membránba illeszti a fehérjét.
Transzport a peroxiszómákba

o A peroxiszómák az eukarióta sejtekre jellemző, egyszeres


biológiai membránnal határolt, oxidatív enzimeket
tartalmazó organellumok.

o A peroxiszómákban molekuláris oxigén és hidrogén peroxid


felhasználásával oxidálódnak szerves molekulák:
peroxiszómák patkány sejtben
RH2 + O2 → R + H2O2
Kataláz enzim által katalizált reakció: H2O2 + R′H2 → R′ + 2 H2O
A peroxiszómákban zajlik a zsírsavak β-oxidációja (emlősökben a mitokondriumokban is);
alkohol, formaldehid, stb detoxifikációja.

o A peroxiszómák fehérjéi a sejtmagban kódoltak.


o Fehérjéik zömét a citoszolból transzlokátorokkal megvalósuló szelektív
transzporttal, egy részét az ER-ből vezikuláris transzporttal veszik fel.
Transzport a peroxiszómákba

o A legtöbb peroxiszóma fehérjét a C-terminuson található 3 aminosavas


Ser–Lys–Leu (SKL) import szignál szekvencia azonosítja (peroxisomal
targeting sequence 1 - PTS1).
o A peroxiszómális fehérjék ATP függő importjában peroxin fehérjék
vesznek részt.
o A peroxiszómális fehérjéket először citoszolikus receptor fehérje ismeri
fel: a Pex5 peroxin ismeri fel a C-terminális import szignált.
o A peroxiszóma membránjában legalább 6 peroxin fehérje alkot egy
dinamikus méretű transzlokátort, amelyen a fehérjék feltekeredett
állapotban képesek áthaladni (még oligomerek is).
o A Pex5 receptor bekíséri a peroxiszómába az importált fehérjét, majd
miután a fehérje disszociált, a Pex5 ubiquitinálódódik és ATP
felhasználásával visszakerül a citoszolba, ahol deubikvitinálódik.

Zellweger szindróma: peroxin mutáció eredetű peroxiszóma import hiba –


agy, máj, vese defektusok, csecsemőkori elhalálozás.
Az endoplazmatikus retikulummal kapcsolatos transzportfolyamatok

Transzport az ER-ba:
transzmembrán transzport membránba épült
transzlokátorokkal, a transzport rendszerint a
fehérje transzlációja közben történik, a fehérje
rendszerint unfolded állapotban van.

Minden szekrécióra kerülő fehérje és az ER,


Golgi, lizoszómák, endoszómák és a
plazmamembrán fehérjéi az ER citoszolikus
oldalához kapcsolva szintetizálódik.
• Durva felszínű (rough) ER
• Sima felszínű (smooth) ER
A szintézist követően a fehérje az ER
lumenébe kerül, ahol Mikroszómák – a sejt feltárása után
o kialakulnak a diszulfid hidak vezikulomokká záródott ER fragmentumok -
o cukorrész addíció történik centrifugálással izolálhatók és lehetővé teszik az
ER-ban folyó folyamatok in vitro
o kialakul térszerkezet tanulmányozását
o ha több alegységes a fehérje, akkor
összekapcsolódnak az alegységek.
Az endoplazmatikus retikulummal kapcsolatos transzportfolyamatok

A citoszolban és a DER felszínén található


riboszóma alegységek szerkezetileg és
funkcionálisan is azonosak.

A citoszolban maradó (és onnan


transzportálódó) és az ER-ba kerülő
fehérjék szintézisében ugyan olyan
riboszómák vesznek részt – a riboszóma
kapcsolódását az ER-hoz a szintetizálódó
fehérje ER szignál szekvenciája határozza
meg.
Az endoplazmatikus retikulummal kapcsolatos transzportfolyamatok

A szintetizálódó fehérje egy része (gyakran, de nem


mindig az N-terminális részén lévő aminosavak) egy ER
szignál szekvenciát alkotnak, ez szintézisét követően, a
fehérjét (és vele együtt a szintetizáló riboszómát a
mRNS-el együtt) az ER membránban elhelyezkedő
transzlokátorhoz irányítja.
Az ER szignál szekvenciák közös jellemzője egy legalább
nyolc, nem poláros aminosavakból álló peptidlánc-
részlet.
A transzlokátor egy pórust képez, amelyen át a
szintetizálódó fehérje lánc egyenesen az ER lumenbe
transzportálódik.

A transzport egy időben zajlik a transzlációval

A transzport során a szignált a szignál peptidáz


lehasítja. Az elkészült fehérje az ER lumenbe kerül.
Az endoplazmatikus retikulummal kapcsolatos transzportfolyamatok

Az ER szignált a szignál felismerő részecske (signal-


recognition particle – SRP) ismeri fel, amely egy kis
RNS molekula és a hozzá kapcsoló hat fehérje
elnyúlt komplexe.

Az SRP egyik végével kötődni képes a szintetizálódó


fehérjén kialakuló ER szignál szekvenciához, a másik
vége a riboszómához kapcsolódik és ezzel
felfüggeszti a transzlációt.

Az ER szignál peptidhez és a riboszómához kapcsolódott SRP kötődik az ER membrán citoszolikus oldalán lévő
SRP-receptorhoz, ami a riboszómát a szintetizálódó polipeptid lánccal együtt a transzlokátorhoz továbbítja.
A riboszóma a transzlokátorhoz kapcsolódik, a kötődés az SRP-hez és SRP-receptorhoz megszűnik. A
fehérjeszintézis folytatódik, a szintetizálódó peptidlánc egyenesen az ER lumenbe transzlokálódik.

A transzlokátort (Sec61 komplex) három transzmembrán fehérje alegység alkotja. A teljes komplex egy fánk-alakú szerkezet,
ami egy vizes csatornát képez. A riboszóma úgy kapcsolódik a transzlokátorhoz, hogy a kilépő polipeptidláncot vezető
csatorna egyenesen a transzlokátor alkotta csatornában folytatódik.
Az endoplazmatikus retikulummal kapcsolatos transzportfolyamatok

A transzlokátor pórus nyitását az ER szignál szekvencia


biztosítja: start - transzfer szignál.
Az ER szignál tehát kettős jel: kapcsolódás az SRP-hez és
start-transzfer. Transzmembrán fehérje integrációt a polipeptid lánc
belső részén elhelyezkedő ER szignál szekvencia is
Stop- transzfer szignál: amennyiben van, a transzlokátor előidézhet: a szignál környezete határozza meg,
laterális nyitását idézi elő: a membránba integrálódott, hogy a fehérje N- vagy C-terminális része kerül-e az
transzmembrán fehérje válik szabaddá. ER lumenbe.
Az endoplazmatikus retikulummal kapcsolatos transzportfolyamatok

Egyszeres és többszörös transzmembrán domént tartalmazó fehérjék:

A membránt többszörösen átívelő fehérjék esetében többszörös start-transzfer és stop-


transzfer szignál található.

Az ER-ban maradó fehérjékben ER retention signal: négy aminosav a C-terminális végen.


Fehérje módosítások az endoplazmatikus retikulumban

Diszulfid kötések kialakítása: Cys-SH + Cys-SH → Cys-S-S-Cys


Protein diszulfid izomeráz (PDI) által katalizált folyamat.

Az endoplazmatikus retikulum lumenében és a szekréciós út


többi részén a környezet oxidáló, ezért az azon áthaladó
fehérjékben a cisztein SH csoportok között diszulfid hidak
alakulnak ki.
Diszulfid hidak csak a szekréciós fehérjékben és a membrán
fehérjék exoplazmatikus felszínén fordulnak elő.

A S-S kovalens kötések stabilizálják a szekrécióra kerülő


fehérjék szerkezetét.
Fehérje módosítások az endoplazmatikus retikulumban

GPI (glikozilfoszfatidil-inozitol) horgonnyal kapcsolt


integráns membrán fehérjék.

Sok plazmamembránhoz kapcsolt proteint GPI lipid


horgony kapcsol a membránhoz.

A GPI horgony kialakítása az ER-ban:


o a szintézise és transzportja után a C-terminális részével
az ER-membránba ágyazott fehérjéről a hidrofób C-
terminális részt egy enzim lehasítja és ugyanaz az enzim
az új C-terminális aminosav karboxilhoz egy GPI–t
kapcsol annak az amino csoportján át.

A szignált a hidrofób C-terminális közvetlen környezetének


néhány aminosavnyi része alkotja.
Fehérje módosítások az endoplazmatikus retikulumban

Oligoszacharid addíció – glikoziláció az ER-ben:

funkciója:
• helyes térszerkezet kialakulásának (folding)
elősegítése
• stabilitás biztosítása
• sejtek közötti kapcsolódás, antigenicitás

o Prekurzor oligoszacharid kapcsolása aszparagin NH2


(Asn-X-Ser vagy Asn-X-Thr) csoporthoz: N-kapcsolt
oligoszacharid (O-kapcsolt képződése a Golgi-ban !)

o Az enzim (oligoszacharil-transzferáz) és a cukor


prekurzor (dolicholhoz kapcsolva) egyaránt
Dolichol: egy lipid hidrofób rész, ami membrán-kötött.
háromszor átíveli a membránt. Az
oligoszacharid nagy energiájú pirofoszfát o A transzfer azonnal megtörténik amint a fehérje
kötésen át kapcsolódik, ez biztosítja az szintetizálódik és transzportálódik az ER-be.
energiát az átvitelhez az aszparagin
oldalláncra.
o A további lépésekben: trimming, egyes cukor részek
eltávolítása
Fehérjék foldingja az ER-ban

A fehérjék térszerkezetének kialakulása az ER-ban:

A foldingot elősegíti:
A fehérjék foldingját az ER-ben működésükhöz Ca2+-
o diszulfid hidak kialakulása
ot igénylő chaperonok, a calnexin és calreticulin
o glikoziláció: lectinek (szénhidrát-kötő fehérjék,
segítik elő.
chaperonok)
Az oligoszacharid részekhez kötődnek és kitekeredett
(un-folded) állapotban tartják a fehérjét,
megakadályozzák a helytelen térszerkezetű szakaszok
kialakulását és aggregációját, valamint elősegítik más
chaperonok kapcsolódását is.

A glükóz részt eltávolító és glükózt kapcsoló enzimek


(glükozidáz és glükozil-transzferáz) ciklikus működése
biztosítja az időt a helyes térszerkezet kialakulásához.
A glükozil-transzferáz csak a térszerkezetet még fel
nem vett fehérjéhez kötődik és azt glükozilálja, a
glükozidáz csak az utolsó glükóz részt távolítja el.
Fehérjék foldingja az ER-ban: a hibás térszerkezetű fehérjék sorsa

A hibásan feltekeredett fehérjék exportálódnak az


ER-ből, majd degradálódnak a citoplazmában.
Ha az ER-ben a fehérjék foldingja/összeszerelődése
nem teljes:

o re - transzlokáció (diszlokáció): export az ER-ból


vissza a citoszolba ugyanolyan transzlokátorokon
át mint amilyenekkel az import történt járulékos
fehérjék közreműködésével.

o A citoplazmában a teljes cukor részt eltávolítja az


N-glukanáz (az aszparagin-cukor amid kötés
hasítása)

o Ubiquitin addíció, majd degradáció az Ubiquitin-


Proteaszóma rendszer által.
Ubiquitin-proteaszóma rendszer (UPS)

A lebontásra ítélt fehérjéket az ubiquin-


proteaszóma rendszer (UPS) degradálja.

A folyamat során:
o A fehérjére egy többlépéses mechanizmussal
poliubiquitin lánc kapcsolódik.
o A többalegységes proteaszóma degradálja a
poliubiquitinált fehérjét.

A jelölő molekulaként szolgáló ubiquitin:


• 76 aminosav, 8,5 kDa
• globuláris szerkezetű
• minden eukarióta sejtben megtalálható Poliubiquitin lánc úgy képződik, a fehérje egy lizin aminosavához ubiquitin
kapcsolódik, majd ahhoz láncban további Ub-ek kötődnek, mindig az előző Ub egyik
• erősen konzervált (ember / élesztő : 96%) lizinjéhez.
• számos sejtfolyamatban részt vesz A degradációs jelhez legalább 4 Ub hosszú lánc szükséges.

Ezt a folyamatot több lépésben végzi egy enzim rendszer:


o E1: Ubiquitin aktiváló enzim: thioészter kötéssel köti az Ub-t
2004. Kémiai Nobel díj: az ubikvitin mediálta protein o E2: Ubiquitin konjugáló enzim: átveszi az Ub-t E1-ről, kapcsolódik E3-mal
degradáció felfedezéséért: Aaron Ciechanover, Avram o E3: ubiquitin ligáz enzimek: felismerik a szubsztrátot és lizinhez kapcsolják az Ub-t
Hershko, Irwin Rose
Ubiquitin-proteaszóma rendszer (UPS)

A proteaszóma: o Központi üreges henger rész (20S)


o Multikatalitikus fehérje degradáló • Ez a katalitikus alegység, befelé tekintő
részecske proteolitikus aktív helyekkel.
o ATP-függő proteáz • Fehérje heptamerek 4 gyűrűje alkotja.
o A sejt fehérjéinek 1% -át adja o A henger végein 19S szabályozó alegységek
• ATP felhasználásával kitekeri a fehérjét
és a 20S hengerbe juttatja.
Intracelluláris Vezikuláris Transzport

Vezikuláris transzport:
A transzport membránnal körülvett csomagokban, vezikulumokban
történik.
A vezikulum lefűződik az egyik kompartmentről és fúzionál egy
másikkal, tartalmát egyikből a másikba átvíve, pl. ER-ből a Golgi-ba
Intracelluláris Vezikuláris Transzport

szekréciós útvonal / anterográd transzport

endocitikus útvonal / retrográd transzport

→ szekretoros
→ endocitikus
→ visszairányítás
Intracelluláris Vezikuláris Transzport – burkos vezikulumok
A különböző útvonalak egyes lépéseiben eltérő típusú
vezikulumok vesznek részt

Burkos (coated) vezikulumok: a vezikulum membránt


specifikus fehérjék burkolják
Funkcióik, hogy:
o koncentrálnak specifikus membrán fehérjéket
egyes membrán részleteknél, ezzel elősegítve a
transzportálandó fehérje lokális feldúsulását
o összekapcsolódásukkal egy kosárszerű szerkezetet
hoznak létre, ami segíti a membrán vezikulum
lecsípődését.

Vezikulum típusok:
1. clathrin burkos: clathrin + egyéb fehérjék
2. COPI burkos: COP fehérje alegységek
Mielőtt a vezikulum a cél membránnal fuzionál a
3. COPII burkos: Sec23/Sec24, Sec13/Sec31, Sec16 burok fehérjék eltávolításra kerülnek.
Intracelluláris Vezikuláris Transzport – transzport útvonalak

Burkos vezikulumok részvétele különböző irányú transzport folyamatokban

Clathrin burkos vezikulum:


• plazmamembránból az endoszómába
• transz-Golgiból az endoszómába
• transz-Golgiból a lizoszómába

COPII burkos vezikulum:


• az ER-ból a cisz-Golgiba

COPI burkos vezikulum:


• retrográd transzport a transz-Golgiból
→ szekretoros cisz-Golgiban
→ endocitikus • cisz-Golgiból ER-be
→ visszairányítás
Intracelluláris Vezikuláris Transzport - szorting szignálok

Fehérjéket specifikus vezikulumokba irányító szorting szignálok


Intracelluláris Vezikuláris Transzport – Vezikulumok lefűződése

Chlatrin burkos vezikulumok:


Clathrin: 3 kis és 3 nagy Chlatrin burkos vezikulum lefűződése:
polipeptid egy háromlábú
szerkezetet, u.n. triskeliont A különböző cargo receptorokra specifikus, különböző adaptor fehérje komplexek (adaptinek)
biztosítják a szállítandó fehérjék megfelelő burokkal rendelkező vezikulumba csomagolását. Az
alkot.
adaptin komplex a clathrin burok fehérjéit a membránhoz kapcsolja és transzmembrán proteineket,
A triskelionok spontán közöttük a transzportálandó molekula receptorait (cargo receptorok) köti.
polihedrális kapszulákat A burok lefűződését citoplazmatikus GTPáz aktivitású fehérjék (dynamin, sárga) idézik elő, amelyek a
alkotnak képződő burkos vezikulum nyaki részéhez kapcsolódnak és lipid módosító enzimek toborzásával
biztosítják a vezikulum felszabadulását
A felszabadulás után rövid idővel a clathrin burok hsp70 chaperonok és auxillin közreműködésével,
ATP hidrolízis energiáját használva felbomlik.
Intracelluláris Vezikuláris Transzport – vezikulumok dokkolása

A vezikulumok target organellummal való fúzióját ú.n.


pányvázó és dokkoló fehérjék segítik elő.

A target membránba ágyazott Rab effektor pányvázó


fehérjék hatnak kölcsön a vezikulum mebránon lévő
aktivált Rab (Rab-GTP) fehérjékkel, kipányvázzák a
vezikulumot.

A két membránban lévő SNARE fehérjék dokkolják a


vezikulumot a target membránoz és katalizálják a két
membrán fúzióját.
o v-SNARE (vezikulumon)
o t-SNARE (target membránon)
~ 60 féle Rab fehérje A fúzió alatt a Rab-GTP hidrolizálja a kötött GTP-t, majd
~ 35 féle SNARE fehérje Rab-GDP disszociál a membránról és a citoplazmába kerül.
ismert állati sejtekben, specifikusak az adott
organellumra.
Intracelluláris Vezikuláris Transzport – transzport és fehérje módosítások a Golgi apparátusban

Golgi: lapos membránnal körül zárt ciszternák, 4-6 egymás mellet


elhelyezkedő ciszterna alkot egy-egy köteget, amit mikrotubulusok
kapcsolnak össze.
A Golgi-ban megkülönböztethető belépési oldal (cisz-Golgi hálózat),
közbülső ciszternák, és kilépési oldal (transz-Golgi hálózat).
Az ER-ből a transzport a cisz-Golgi-ba vezikuláris tubuláris kötegekben.

1. Anterográd transzport COPII vezikulumokban. COPII burok fehérje


komplexek (zöld), v-SNAREs (narancs) és cargo fehérjék (kék) épülnek a
burokba. A szolubilis cargo (magenta) cargo receptorokhoz kötődik.
2. A burok fehérjék disszociálnak.
3. Rab mediálta Golgi-hoz pányvázást követően v-SNARE és Golgi t-
SNARE előidézi a membrán fúziót.
4. Retrográd transzport COPI (lila) burkolt vezikulumokban: membrán, v-
SNARE és egyéb fehérjék reciklizálása.
5. COPI burok disszociációja.
6. v-SNARE - t-SNARE fehérjék mediálta vezikulum fúzió az ER-al.
Intracelluláris Vezikuláris Transzport – transzport és fehérje módosítások a Golgi apparátusban

A Golgi-ban komplex oligoszacharid módosítások jönnek


létre Három galaktóz addíciója
N-acetilneuraminsav addíciója
o ER-ben létrejött N-kapcsolt egyszerű minden galaktózhoz
oligoszacharidok módosításával és
o O-kapcsolt oligoszacharidok kialakítása történik Két mannóz eltávolítása
szerin és treonin oldalláncokon
Három N-acetilglükózamin
addíciója
Fukóz addíciója
Az N-kapcsolt oligoszacharidok processzálása a Golgi-
ban:
o Az egyes cukor módosítások kialakítása szigorúan Három mannóz eltávolítása után
meghatározott sorrendben, specifikus glikozil transzport a mediális-Golgi-ba.
transzferáz enzimekkel történik.
o A sorrendet biztosítja, hogy az enzimek egyes
kompartmentekbe (cisz, mediális, transz) lokalizáltak.
o A prekurzorok cukor-nukleotidok
Intracelluláris Vezikuláris Transzport – transzport az ER-ből a lizoszómába

Lizoszómák: hidrolitikus enzimekkel töltött


organellumok, amelyek makromolekulák
szabályozott degradációját végzik. Utak a lizoszómába:
~ 40 féle hidroláz (proteázok, nukleázok, o Endocitózis az extracelluláris folyadékból felvett makromolekulák bontása
glikozidázok, lipázok, foszfolipázok, (korai és érett endoszómákon át)
foszfatázok, szulfatázok) található a o Autofágia: a sejt saját lebontásra ítélt anyagainak bontása autofagoszómán
lizoszómákban. át (pl. egy mitokondrium élettartama kb 10 nap)
Savas hidrolázok: optimális müködésükhöz o Fagocitózis: a környezetből felvett nagyobb részecskék és
pH 5 körüli érték szükséges, neutrális pH-n mikroorganizmosok degradációja.
inaktívak.
Intracelluláris Vezikuláris Transzport – transzport az ER-ből a lizoszómába

Az lizoszómális hidroláz enzimek


lizoszómába juttatásához a címzést a
cisz-Golgi-ban, az N-kapcsolt
cukrokhoz adott mannóz-6-foszfát
(M6P) jelenti.

o A címzést a membrán kötött M6P receptor ismeri fel és az szervezi össze


a módosított fehérjéket tartalmazó clathrin burkos vezikulumot.
o Alacsony pH-án, a lizoszómában a receptor disszociál a fehérjétől és
visszaszállítódik a Golgi-ba.
o Az enzimek többsége a lizoszómában glikozilált, ami védelmet nyújt az
ott lévő proteázokkal szemben.
Intracelluláris Vezikuláris Transzport – transzport a Golgiból a sejtmembránba

Konstitutív szekréciós útvonal:


Minden sejtben működik, ilyen pl. a membrán
komponenseinek a transzportja a transz-Golgi-ból a
membránhoz.

Szabályozott szekréciós útvonal:


Specializálódott sejtekben működik. A transzport
előtt a szállított anyagok szekréciós vezikulumokba
koncentrálódnak, ott tárolódnak, majd jelre
felszabadulnak. (pl. hormonok, neurotranszmitterek)

A fehérjék transzportját biztosító szignál a fehérje aminosav szekvenciájában


meghatározott.
Gyakran a szekrécióra kerülő fehérjék és peptidek pre-pro-protein formájában
képződnek és a transzport során az ER-től kezdve a pre- és pro- részek lehasadnak.
Ez biztosítja, hogy céljukig inaktívak maradjanak, illetve így kis peptidek is kellő
címzést kaphatnak (pl. enkefalinok).
Vége

Köszönöm a figyelmet!
Sejtek közötti
kommunikáció https://www.moleculardevices.co
m/sites/default/files/applications/
banners/cellular-signaling-and-
responses.jpg
Sejtek közötti kommunikáció (Szignáltranszdukció)

LÉPÉSEI:

• a jelmolekula szintézise (1)


Jelkibocsátó sejt
• a jelmolekula felszabadítása (2)

• a jelmolekula transzport (3)

• a jelmolekula érzékelése (4)


• jelátviteli folyamatok (5; 6)
• válaszreakció, változás (7) Jelérzékelő sejt
• receptor deaktiváció (8)
• a jel molekula eltávolítása (9)
A jelmolekula transzportja (3) alapján a jelzés típusa
Jel kibocsátó sejt → jelérzékelő sejt
Jel: • Szolubilis extracelluláris molekula: Endokin; Parakrin; Autokrin

Endokrin
- a jelmolekula a jelet termelő sejttől távolra jut a véráramon
keresztül
- távoli hatás
- hormonok pl. inzulin

Parakrin
- a jelmolekula a jelet termelő sejt közelében marad
- hatás a közelben
- neurotranszmitterek, növekedési faktorok

Autokrin
- a sejt önmaga által termelt jelre válaszol
- növekedési faktorok, tumor sejtek
A jelmolekula transzportja (3) alapján a jelzés típusa

Jel: • Membrán-kötött/integráns membrán fehérje: Kontaktus-függő; Parakrin

gap junction - jelátvitel Kontaktus függő jelátvitel

Kontaktus-függő
- a jelmolekula a jelet termelő sejt felszínéhez kötött
- fizikai kapcsolat alakul ki a jelet termelő és a jelet
gap junctions membrán-kötött membrán-kötött felfogó sejt között
jelmolekula receptor

Átfedések:
• Adrenalin: neurotranszmitter (parakrin) és hormon
(endokrin) is
• EGF: kontakt-függő, vagy parakrin, autokrin
Az extracelluláris jelzés típusai (3)

Szinaptikus Endokrin

• gyors • lassabb
• magas koncentrációban • a jel hígul
• a jel célzottan diffundál • nem célzott
• alacsonyabb affinitású receptor • magas affinitású receptor
Jelmolekulák, ligandok (1)

1. Gáz halmazállapotú molekulák (NO, CO)


• közvetlenül enzimaktivitást befolyásol
NO – sima izom relaxáció

✓Rövid féléletidő
✓Intracelluláris receptor
✓Enzimaktivitás szabályozás

Endotél sejtben: NO szintáz: arginin→NO Guanilát-cikláz aktiváció Simaizom relaxáció


Jelmolekulák, ligandok (1)

2. Kis lipofil, membránon átdiffundáló molekulák


• Intracelluláris receptorokhoz kötődnek

Kortikoidok
Nemi hormonok
Tiroxin ✓sejtmembránon átdiffundálnak
Retinsav ✓transzkripció szabályzás
D vitamin ✓hatás lassan alakul ki, de tartós (órák, napok)
Jelmolekulák, ligandok (1)

3. Biogén aminok, aminosav származékok


• sejtfelszíni receptorokhoz kötődnek

Acetil-kolin

Adrenalin/Epinephrin
Dopamin
Szerotonin
Hisztamin
γ-amino-vajsav
✓Rövid féléletidő
Neurotranszmisszió,
✓Enzimaktivitás szabályozás,
metabolizmus szabályozás,
gyors hatásidő
izomműködés, stb
Jelmolekulák, ligandok (1)

4. Peptid/fehérje molekulák
• sejtfelszíni receptorhoz kötődnek

inzulin
Eritropoietin

Peptid hormonok
Növekedési faktorok, ✓Hatásuk néhány perc – órák
Interleukinok ( IL-x), ✓Hatásuk lehet enzimaktivitás szabályzása (gyors hatás),
Citokinek valamint transzkripció szabályzás (lassabb, tartós hatás)
Interferonok (INF-α, β, γ)
Jelmolekulák, ligandok (1)

5. Eikozanoidok (telítetlen zsírsav származékok)


• Lipofil molekulák, DE! főként sejtfelszíni receptorokhoz kapcsolódnak

Prosztaglandin E2

- lokális mediátorok Tromboxán A2


- rövid féléletidő (gyorsan elbomlanak)
- a fájdalom, láz és gyulladás „molekulái”
- véralvadás szabályozása (tromboxánok)
- változatos (szövetfüggő) hatások (pl. szülés indítás, hörgőtágasság szabályozás, …)
Jelmolekulák, ligandok (1)

❑ Peptid hormonok, katekolaminok ❑ Szteroid hormonok és tiroxin

• Gyors és tranziens választ • Lassan kialakuló, tartósabb választ


váltanak ki váltanak ki
• Termelő sejtben szekretoros • Szteroidok: koleszterinből szintetizálódnak
vezikulumokban tárolódik kevés prekurzor forma, jel hatására
elindul a szintézis
• Tiroxin: jel felszabadulása - órák, napok
• Jel hatására exocitózissal ürül
• Diffúzió a véráramba, vérben karrier
fehérje szállítja
• Életidő: órák, napok
• Életidő a véráramban – s, min.
• Célsejtben a válasz lassan alakul ki, de
• Célsejtben a válasz gyorsan
órákig, napokig fennmarad
kialakul, és lecseng
• Hatásmechanizmus: a receptor-
• Hatásmechanizmus: membrán
hormon komplex transzkripciót és
potenciál változás, másodlagos
mRNS stabilitást szabályoz
messzenger szintézis vagy protein
kináz aktivitás változás

https://bodell.mtchs.org/OnlineBio/BIOCD/text/chapter32/32images/32-12.gif
Jelmolekula érzékelése (4), receptorok
- Fehérjék
- Sejtmembránban, citoplazmában, sejtmagban
- Legalább két funkcionális domén:
- Ligand-kötő domén: felismeri és köti a ligandot
- Effektor domén: sejtfunkciós hatást kapcsol a ligand kötődéshez

Sejtfelszíni receptorok
3 domén: extracelluláris domén – ligand kötés
transzmembrán domén
intracelluláris domén – kölcsönhat más fehérjékkel

Intracelluláris receptorok (Nuclear Receptor)


3 domén: ligand-kötő domén
DNS-kötő domén
transzaktivációs domén Transzkripciós faktor
Jelmolekula érzékelése (4), Sejtfelszíni receptorok típusai

1. Ioncsatorna receptorok
- Pl. acetilkolin, GABA, glutamát kötése
- konformáció változás → csatorna nyitás vagy zárás

https://www.news-
medical.net/image.axd?pi
cture=2018%2F10%2Fshut
terstock_479593594.jpg

2. G-fehérjékkel kapcsolt receptorok (GPCRs)


- Pl. adrenalin, szerotonin, glükagon ligandok
- enzim aktiválás vagy gátlás
- ioncsatorna nyitás vagy zárás
- (génexpresszió változás)

https://www.nature.com/scitable/content/ne0000/ne0000/ne0000/ne0000/14673543/U4.cp2.1_nature01307-f1.2.jpg
Jelmolekula érzékelése (4), Sejtfelszíni receptorok típusai

3. Saját enzimaktivitással rendelkező receptorok


- kináz, foszfatáz, guanilát-cikláz aktivitás
- Jelmolekulák: pl. inzulin, növekedési faktorok
- receptor dimerizáció-oligomerizáció
- enzim aktiválás
- génkifejeződés változás

http://www.macmillanhighered.com/externalcontent/learningcurve.bfwpub.com
/question_pics/Life10eLC_Ch07.29_30.jpg

4. Intracelluláris protein kinázzal asszociált receptorok


- Pl. interferonok, növekedési faktorok, citokinek kötése
- dimerizáció → kináz aktiválás
- génexpresszió változás

https://img.brainkart.com/article/article-Cytokine-Receptors-OjU.jpg
Jelmolekula érzékelése (4), Jel-Receptor kapcsolat
A sejten/ben lévő receptorok határozzák meg, hogy a sejt milyen külső jel(ek)re reagál
Minden receptor csak egy (illetve egyféle típusú) jelmolekulát köt = receptor ligandkötő specifitása
A kiváltott sejtválasz alapján a ligand-receptor komplexre jellemző egy effektor specifitás

1, Ugyanarra a jelre eltérően reagálhatnak a 2, Különböző jelre ugyanazon receptorcsalád tagjai


különböző sejttípusok hasonló válasszal reagálnak

Ugyanaz a jel => különböző szövetekben különböző Eltérő jel => ugyanazon szövetben hasonló típusú receptorok =>
receptor típusok => eltérő jelátviteli útvonal => eltérő ugyanaz a sejtválasz
sejtválasz májsejtek: glükagon => cAMP útvonal => glikogén lebontás
adrenalin => ß-adrenerg út => glikogén lebontás
Jelmolekula érzékelése (4), Ligand-Receptor kötés
Ligand analógok:

Acetilkolin (Ach) Agonisták: mimikálják a hormon hatását (kötődnek a


receptorhoz és fiziológiás választ váltanak ki)

Muscarin: acetilkolin
agonista a muszkarinos
Ach receptorokon

Antagonisták: kötődnek a receptorhoz, de nem váltanak


ki hormon indukált hatásokat
(a természetes hormonok inhibitorai, mert elfoglalják a
kötési helyeket).

Atropin: acetilkolin
antagonista a muszkarinos
Ach receptorokon
Jelmolekula érzékelése (4), Jel-Receptor kapcsolat

Receptor-ligand kötés: A receptor-ligand komplex koff


- nem kovalens kötőerők jellemzőek létrejötte leírható az alábbi R+L RL
- reverzibilis folyamat egyenlettel: kon
- a kinetika telítési görbével írható le
(hasonlóan az enzimkinetikához)
Egyensúlyban a bomlás és a keletkezés sebessége egyenlő.
Tehát:
Ligandkötött receptor frakció

kon[R][L]=koff[RL]

Ebből meghatározható a disszociációs állandó/egyensúlyi


állandó (KD érték), mely jól jelzi a receptor ligand iránti
affinitását: RL koff
disszociációs konstans: KD = =
RL kon

Ligand koncentráció (nM)


KD – megadja azt a ligand koncentrációt, amelynél a
Minél kisebb KD, annál stabilabb a receptor-ligand receptorok fele ligand kötött állapotban van
komplex, avagy annál nagyobb a receptor
affinitása a ligand felé
Jelmolekula érzékelése (4), Jel-Receptor kapcsolat

Tesztkérdés:

Melyik ligand iránt nagyobb a ß-adrenerg


receptor affinitása?

A, adrenalin KD= 8,1*10-7 M

B, alprenolol KD= 3,4*10-9 M

A maximális sejtválasz létrejöttéhez általában nem


szükséges az összes receptornak ligandkötött állapotban
lennie!
A sejt lehetséges válaszai a jelre (6)

• Meglévő fehérjék (enzimek, ioncsatornák) • Transzkripciós faktorok módosítása


működésében bekövetkező változás - transzkripciós változás
- célfehérje mennyiségi változása
• Gyorsabb válasz • Lassabb válasz

Sejtfunkciós, metabolikus vagy fejlődésbeli változás

A sejtek gyakran a
jelmolekulák specifikus
kombinációira reagálnak.

- Bizonyos receptorok (G protein kapcsolt; RTK; Citokin


receptorok) eltérő intracelluláris szignalizáción keresztül
mindkét hatást kifejtik
- Szignalizációs hálózatok jellemzőek
Jelátviteli folyamatok (5;6)
SZIGNÁL TRANSZDUKCIÓ
Extracelluláris jel sejtválasszá alakításának a lépései

Extracelluláris jel

Receptor

Direkt transzdukció
Intracelluláris
jelátviő fehérjék
Indirekt transzdukció

Célfehérjék
Gyakori mechanizmusok a jelátvitelben (5;6)

• Jelközvetítő fehérjék:
• Foszforilációs változások
(Kinázok/Foszfatázok)
• G fehérjék közreműködése
Intracelluláris
jelátviő • Adaptor/Scaffold fehérjék részvétele
fehérjék
• Másodlagos jelátvivők (Amplifier
fehérjék szintetizálják)
Gyakori mechanizmusok a jelátvitelben (5;6)

Molekuláris kapcsolók: Protein Kinase O

O
Foszforiláció - Defoszforiláció Protein OH + ATP Protein O P
O
+ ADP

Kinázok Pi
Protein H2 O
Phosphatase
• lehetnek receptorok és intracelluláris protein kinázok
• Specifikus aminosavakat foszforilálnak (célfehérje kör)
• Aktivitás alapján két típusa: - Tirozin (Tyr) kinázok: - receptorok (RTK-növ. faktor receptor)
- szolubilis intracell. tirozin-kinázok (JAK)
- Szerin-treonin (Ser/Thr) kinázok: -receptorok (RSTK:TGFβ receptor)
- non-receptorok (PKA; PKC; MAPK; RAF)
• Aktivitásuk szabályzott
(foszforiláció, fehérje kötés, másodlagos messenger)

Foszfatázok
• Protein tirozin foszfatázok
• Protein szerin/treonin foszfatázok
Gyakori mechanizmusok a jelátvitelben (5;6)

Molekuláris kapcsolók: G fehérjék

protein-GTP (active)

GDP

GEF GAP

GTP Pi

protein-GDP (inactive)

• Guanin-nukleotidok kötésére és GTP hidrolízisére képes fehérjék

• GTP-kötött forma: aktív, GDP-kötött forma: inaktív


• Az aktív forma célfehérjéhez kapcsolódik és aktiválja azt
• GTPáz aktivitás fokozása (inaktiváció): GAP (GTPáz aktiváló faktor) fehérjék révén
• GDP-GTP csere (aktiváció): GEF (guanin nukleotid exchange faktor) fehérjék révén
• Heterotrimer G fehérjék, valamint monomer G fehérjék (RAS) egyaránt szerepet
játszanak különféle jelátviteli utakban
Gyakori mechanizmusok a jelátvitelben (5;6)

Adaptor és Scaffold fehérjék • Összekapcsolnak jelátviteli fehérjéket (passzív, csupán


összekötő szerep)
• Jelátviteli komplexek (hálózatok) kialakítása

Az adaptor fehérjéken gyakran megtalálható domének:


SH2 domén: Src homology domén, foszfo-tirozin kötés
SH3 domén: Prolin-gazdag szekvenciarészt kötő domén
PTB: foszfo-tirozin-kötő domén
PH domén: foszfatidil-inozitol foszfolipideket kötő domén
Gyakori mechanizmusok a jelátvitelben (5;6)
NH2
Másodlagos jelátvivők cAMP
N
Kis molekulatömegű jelátvivők: N

• 3’,5’-ciklikus AMP (adenilát-cikláz – cAMP foszfodiészteráz; N N


PKA aktiváció, ioncsatornák szabályozása)
H2 O
• 3’,5’-ciklikus GMP (guanilát-cikláz – cGMP foszfodiészteráz; 5' C 4'
H H 1'
O
PKG aktiváció, ioncsatornák szabályozása) H 3' 2' H
P O OH
• Ca2+ (ER-ból vagy azextracelluláris térből, PKC aktiváció pl.) O
O-
• 1,2-diacylglicerol (DAG) (Foszfolipáz, Ca2+ PKC aktiváció)
• Inozitol 1,4,5-trifoszfát (IP3) (Foszfolipáz, Ca2+ csatorna nyitás az ER membránban) O

O H2C O C R2
O R1 C O CH
O H2C O C R2 H2C OH
diacylglycerol
• diffúzibilisek – jel szétterjed a sejten belül
R1 C O CH O

H2C O P O
(vagy a membránban – DAG) cleavage by O H OPO32 H
6
• termelődésük jelamplifikációt okoz 1 6 1 2
Phospholipase C OH OPO 2
3 OH OPO3
H OH H OH
2 5 2 5
OH H OH H
H H H H
PIP2 3 4 3 4
2
phosphatidylinositol- H OPO32 H 3 OPO
IP 3
4,5-bisphosphate inositol-1,4,5-trisphosphate
Jelpályák áttekintése (5;6)

INTRACELLULÁRIS (sejtmagi)
RECEPTOROK

SEJTFELSZÍNI RECEPTOROK
Intracelluláris receptorok (5;6)

Sejtmagi receptorok
• Ligand: kis lipofil molekulák
szteroid hormonok (aldoszteron, kortizol, nemi hormonok)
tiroid hormonok (tiroxin)
D-vitamin, retinsav
vérben - órákig, napokig keringhetnek

• Ligandum hatására a válasz: génexpresszió változás


• a sejtválasz lassan alakul ki, de hosszabb ideig (órák, napok) fennmarad
Intracelluláris receptorok (5;6)

Sejtmagi receptorok szerkezete


• valamennyi sejtmagi receptor DNS-kötő domént tartalmaz (ált. Zn ujj motívum)
• C-terminális: ligandkötő domén
N-terminális: transzkripciót aktiváló domén

Variábilis régió DNS-kötő Ligandkötő


Transzaktivációs domén domén domén
Intracelluláris receptorok (5;6)

Sejtmagi receptorok jelátviteli mechanizmusa - 1

A sejtmagi receptorokhoz köthető jelátvitel modellje (glükokortikoidok, szexuálszteroidok):


• Hormon hiányában a receptor a citoplazmában van, chaperon fehérjéhez kötve
• Hormon jelenlétében a ligandkötő domén hormont köt, konformáció változás történik
=> a receptor transzlokálódik a sejtmagba => DNS-t köt és transzkripciót stimulál

AD: transzaktivátor domén; DBD: DNS-kötő domén; LBD: ligand-kötő domén


Intracelluláris receptorok (5;6)

Sejtmagi receptorok jelátviteli mechanizmusa - 2


• A receptorok alapesetben is a sejtmagban találhatók, a DNS-hez kötve
• Ligandkötés nélkül gátló hatást fejtenek ki az általuk szabályozott gének transzkripciójára

• tiroid hormon,
retinsav jelátvitel

Ligandkötés hiányában Ligandkötés hatására:


gátló komplex: o gátló komplex disszociál
o korepresszorok o Koaktivátor komplex
o Adapterek kötődés (HAT)
o HDAC fehérjék
Jelpályák áttekintése (5;6)

INTRACELLULÁRIS (sejtmagi)
RECEPTOROK

SEJTFELSZÍNI RECEPTOROK
Sejtfelszíni receptorok (5;6)

1. Ioncsatorna receptorok

2. G fehérjékkel kapcsolt receptorok

3. Saját enzimaktivitással rendelkező receptorok

4. Intracelluláris protein kinázzal asszociált receptorok


Sejtfelszíni receptorok (5;6)

1. Ioncsatorna receptorok 1. Ligandkötés

• integráns membránfehérjék
• nyitható-zárható, ligand-függő ionpermeábilis csatorna 2. Csatorna
nyitás
• gyors válasz (ms-os reakció)
• főként szinaptikus jelátvitelben szerepelnek
• szelektivitás: - ligandkötés (neurotranszmitter)
- ionáram (ioncsatorna)

Ligand Ionáram Hatás


3. Ionáram a
Acetilkolin* Kation (Na+, K+, Ca++) Serkentő
membránon át
Glutamát Ca++ Serkentő
Szerotonin Kation (Na+, K+) Serkentő
GABA Cl- Gátló
Glicin Cl- Gátló *: nikotinos Ach receptor
Sejtfelszíni receptorok (5;6)

Ioncsatorna receptorok - nikotinos (ionotróp) Ach receptor


- neuromuscularis junctio
- 5 alegység (pentamer szerkezet: α2βγδ): az alegységek egy kation csatornát formálnak
- 4 transzmembrán szakasz/alegység
- 2 acetilkolin kötőhely (α-γ és α-δ alegységek között)
- ligand és agonisták: a + töltésű kvaterner N-atom nélkülözhetetlen a receptorhoz való kötődésben
- nem szelektív kation csatorna: Na+-K+-Ca++ ionok áramolhatnak át
(a gyakorlatban Na+ csatornaként működik)
Sejtfelszíni receptorok (5;6)

G fehérjékkel kapcsolt Saját enzimaktivitással Intracelluláris protein kinázzal


rendelkező receptorok asszociált receptorok
receptorok (GPCRs)
G fehérjével kapcsolt receptorok (GPCRs)

Általános jellemzők:
a legnagyobb sejtfelszíni receptor család (több 1000 Hormonkötéskor – a receptor G fehérjét aktivál
emlősökben)

Ligandok: hormonok (adrenalin, glükagon, vasopresszin) G fehérje: - heterotrimer – αβγ alegység


neurotranszmitterek (szerotonin, acetilkolin) α alegység köti a GTP/GDP-t,
Receptor: egy polipeptid lánc - GTPáz aktivitás: GDP-t kötve inaktív, GTP-t
hét transzmembrán α-hélix szegmens (7 TM kötve aktív
receptorok) - továbbítja a jelet
N-terminális az exoplazmatikus felszínen, C-terminális a - target: enzimek, ioncsatornák
citoplazmatikus felszínen - molekuláris kapcsoló
az 5. és 6. hélix közötti részhez G-fehérje kapcsolódhat
G fehérjével kapcsolt receptorok jelátviteli útvonala

G fehérje aktivációja
Receptor-ligand kötés: konformáció
változás, a G-fehérje által kötött GDP
GTP-re cserélődik

G-fehérje aktiváció

α-alegység disszociál és kölcsönhatásba


lép az effektor fehérjékkel (pl. adenilát-
cikláz, foszfolipáz C) -> jeltovábbítás.
Bizonyos esetekben a βγ alegység is
kölcsönhatásba léphet effektor
fehérjékkel.

Az α-alegység GTPáz aktivitása révén a


kötött GTP hidrolizálódik, így a G-
fehérje inaktívvá válik
=> Kölcsönhatás effektor fehérjékkel
G fehérjével kapcsolt receptorok jelátviteli útvonalai

• G fehérje aktivációja kölcsönhatás effektor fehérjékkel

G fehérje αs alegységgel G fehérje αi alegységgel G fehérje αq alegységgel G fehérje βγ alegysége

Adenilát-cikláz aktiváció: Adenilát-cikláz inaktiváció: Foszfolipáz C aktiváció: K+ ioncsatorna


cAMP szintézis fokozódik cAMP szintézis gátlódik IP3 és DAG szintézis történik szabályozása

Pl. ß-adrenerg receptor Pl. α2-Adrenerg receptor Pl. α1-Adrenerg receptor Pl. szívizom M2-acetilkolin
receptor
G fehérjével kapcsolt receptorok jelátviteli útvonalai

A. Közvetlen ioncsatorna aktiváció

G fehérje közvetlenül ioncsatornát aktivál


Példa: Szívizom – acetil-kolin –> az összehúzódás ereje és gyakorisága (szívfrekvencia) csökken

Acetil-kolin - G fehérje kapcsolt receptor


→ G fehérje aktiváció
→ G fehérje βγ alegysége K+ csatornát nyit
→ hiperpolarizáció
=> negatív inotróp-kronotróp hatás
G fehérjével kapcsolt receptorok jelátviteli útvonalai

B. cAMP jelátviteli útvonal

G fehérje Adenilát-ciklázt enzimet szabályoz

cAMP
• másodlagos hírvivő
molekula
• Adenilát-cikláz szintetizálja
• cAMP foszfodiésztreáz
bontja

Adenilát cikláz
• ATP → cAMP képződés
• transzmembrán fehérje MÁSODLAGOS JELÁTVIVŐ szerepe jelátvitelben:
• Gαs protein (serkentő) α alegysége aktiválja jelamplifikáció, felerősödik a jel
• Gαi protein (gátló) α alegység gátolja diffúzibilis, a jelképzés helyétől szétterjed a jel
G fehérjével kapcsolt receptorok jelátviteli útvonalai

Jel amplifikáció másodlagos jelátvivő közbeiktatásával

Májban – 108 X jelamplifikáció


G fehérjével kapcsolt receptorok jelátviteli útvonalai

B. cAMP jelátviteli útvonal

• Gαs fehérje Adenilát-ciklázt enzimet aktivál => cAMP => protein kináz A-t aktiváció

• cAMP aktivált protein kináz = protein kináz A (PKA)


(PKA: Ser/Thr kináz)
• 2 katalitikus alagység + 2 szabályozó alegység
• szabályozó alegységekhez cAMP kötődés
=> disszociálnak
=> katalitikus alegység aktiv
=> célfehérjék foszforilációja

https://www.researchgate.net/publication/281393919/figure/fig2/AS:2806512668
38531@1443923884174/PKA-structure-showing-classical-and-oxidative-activation-
Classical-activation-of-PKA.png

▪ Enzimaktivitás módosítása ▪ Génexpresszió szabályozása


- Gyorsabb sejtválasz - Lassabb sejtválasz
G fehérjével kapcsolt receptorok jelátviteli útvonalai
Különböző, cAMP szint emelkedést indukáló hormonok eltérő szövetekben kiváltott sejtválaszai

• Ugyanarra a jelre eltérően reagálhatnak a különböző sejttípusok


(a különböző sejttípusokban a PKA eltérő célfehérjéket foszforilálhat)
• Ugyanazon intracelluláris jelátviteli útvonal aktivációja különböző sejttípusokban eltérő sejtválaszt generálhat
G fehérjével kapcsolt receptorok jelátviteli útvonalai
B. cAMP jelátviteli útvonal - enzimaktivitás módosítása
Példa: glükagon hatására a májban glikogén lebontás történik -> glükóz mobilizáció -> vércukorszint emelkedés

Glükagon → glükagon receptor (G-protein kapcsolt receptor) kötés → Gαs fehérje aktiváció
→ adenilát-cikláz aktiváció → cAMP szint növekedés
→ PKA aktiváció

+ -
Glikogén foszforiláz kináz Glikogén szintáz (GS)
(GPK)

• Gyors sejtválasz

Glikogén lebontás fokozódik


G fehérjével kapcsolt receptorok jelátviteli útvonalai
B. cAMP jelátviteli útvonal – génexpresszió szabályozása

Ugyanakkor a Gαs fehérje-kapcsolt receptorok


aktivációja génkifejeződés változást is eredményezhet!

Hatás pl.: a májsejtekben a glükóz de novo szintézis


(glükoneogenezis) indukálható enzimeinek génjéről
fokozódik a transzkripció.

CREB: CRE Binding Protein


(bZIP DNS-kötő domént tartalmazó transzkripciós faktor,
CRE elemhez kötődik)
CRE: cAMP-response element
(rövid DNS szekvencia rész gének szabályozó régiójában)
CBP/300: coactivator
(CREB-hez kötődő hiszton acetiltranszferáz)
• Lassabb sejtválasz
G fehérjével kapcsolt receptorok jelátviteli útvonalai

C. Inozitol-lipid (IP3/DAG) jelátviteli útvonal

G fehérje αq alegységgel Foszfolipáz C aktiváció

Foszfolipáz C-ß
• Plazmamembránhoz kapcsoló enzim
• Gqα G-fehérje alegység aktiválja
• A foszfoészter kötést bontja a foszfatidil-
inozitol-4,5-biszfoszfátban (PIP2)

Termékek: Inozitol-1,4,5-trifoszfát (IP3) másodlagos
Diacil glicerol (DAG) jelátvivők

• Ugyanazon intracelluláris jelátviteli útvonal aktivációja


különböző sejttípusokban eltérő sejtválaszt generál
G fehérjével kapcsolt receptorok jelátviteli útvonalai

C. Inozitol-lipid (IP3/DAG) jelátviteli útvonal

GPCR => G-protein => Foszfolipáz C-ß => IP3 + DAG

- A DAG a membránhoz rögzülve marad és a


protein-kináz C aktivációban játszik szerepet

- Az IP3, mint szolubilis másodlagos jelátvivő, az


ER membránban lévő receptorához diffundál

- Az IP3 receptor maga egy Ca++ csatorna


(intracelluláris ioncsatorna receptor)

- Az IP3 kötés hatására kinyílik az ioncsatorna és


Ca++ áramlik az ER-ből a citoplazmába
GPCR: G protein coupled receptor = G-fehérje kapcsolt receptor
G fehérjével kapcsolt receptorok jelátviteli útvonalai
C. Inozitol-lipid (IP3/DAG) jelátviteli útvonal
IP3 hatása

• IP3 receptor ER membránon -> Ca2+ csatorna nyitás


=> intracell. Ca2+ szint nő (másodlagos messenger)
• Calmodulinhoz kötődik
• intracelluláris Ca2+ receptor (4 Ca2+-t köt)
• A Ca2+ influx hatásának fő közvetítője
• nincs enzimaktivitása, viszont kapcsolódik
számos Ca2+/calmodulin függő fehérjéhez

Ca2+/calmodulin által aktivált fehérjék pl.:

- Ca2+/calmodulin-függő protein-kinázok
(pl. miozin könnyűlánc kináz)
- cAMP foszfodiészteráz
- NO szintáz
G fehérjével kapcsolt receptorok jelátviteli útvonalai

C. Inozitol-lipid (IP3/DAG) jelátviteli útvonal


DAG hatása

• membránkötött DAG + Ca2+


=> protein kináz C (PKC) aktiválás
Ser/Thr kináz, célfehérjék foszforilálját végzi
- konvencionális PKC izoformák: mind a DAG, mind a Ca++ szükséges
az aktiválódásukhoz, ugyanis a Ca++ konc. emelkedés szükséges a
PKC membránhoz történő transzlokációjához, ahol a DAG kötésre
megtörténik az aktiváció
(újabb típusú PKC enzimek: csak a DAG is elég az aktivációhoz )

aktív protein kináz C

Enzimaktivitás módosítása Génexpresszió módosítása


foszforiláció útján transzkripciós faktorok
foszforilációjával
Sejtfelszíni receptorok (5;6)

G fehérjékkel kapcsolt
receptorok (GPCRs)
Saját enzimaktivitással Intracelluláris protein kinázzal
asszociált receptorok
rendelkező receptorok

Receptor tirozin kinázok (RTK) Receptor szerin/treonin kinázok (RSTK)


Saját enzimaktivitással rendelkező receptorok
Receptor tirozin kinázok (RTK) jelpályája
Általános jellemzők:
• Útvonal szerepe: sejtosztódás és differenciáció szabályozása,
sejt „életben tartása”, sejt metabolizmus szabályozása
• a receptornak saját enzimaktivitása van –
tirozin-kináz aktivitás
• transzmembrán fehérje, három domén:
▪ hormonkötő extracelluláris domén
▪ transzmembrán domén – 1 TM szegmens
▪ intracelluláris tirozin kináz domén
• a ligand: peptid/fehérje hormon
lokális mediátorok, növekedési faktorok, inzulin
• válasz: génexpresszió változás (lassú válasz), citoszkeleton átrendeződése
vagy enzimaktivitás változás (gyors válasz)
• Főbb jelátviteli útvonalak: - Ras-MAP kináz útvonal
- PIP3-PKB útvonal
Saját enzimaktivitással rendelkező receptorok

Receptor tirozin kinázok (RTK) jelpályája Ligand kötés → Tyr kináz domén aktiválás

• a ligand kötődés hatására:


1. dimerizáció, konformáció változás

2. receptor tirozin kináz aktivitása aktiválódik

3. autofoszforiláció: A receptor alegységek


egymást foszforilálják Tyr oldalláncokon

• Számos Tyr foszforilálódik a citoplazmatikus doménben


▪ Tyr kináz aktivitás növelés
▪ dokkoló helyek más fehérjéknek: SH2 domén,
(PTB domén)
• a receptor citoplazmatikus részéhez számos fehérje
kapcsolódik – szignalizációs komplex szerelődik össze
Saját enzimaktivitással rendelkező receptorok

Receptor tirozin kinázok (RTK) jelpályája


A, Ras aktiváció

Receptor tirozin kinázoktól történő


jeltovábbítás egyik útvonala a Ras-MAPK
GEF jelút aktiválása.

Ras:
GAP Monomer GTP-áz, molekuláris kapcsoló
Ras aktiváció – proliferáció, differenciáció
Ras hiperaktivitása – rákos daganat (30 %)
A Ras fehérje aktivitását befolyásoló
faktorok:
GEF: guanil nukleotid kicserélő fehérje
GAP: GTPázt aktiváló fehérje

A Ras fehérje az autofoszforilálódott receptor tirozin kinázon öszeszerelődő, GEF tartalmú komplex révén aktiválódik.
Saját enzimaktivitással rendelkező receptorok
Receptor tirozin kinázok (RTK) jelpályája
A, Ras aktiváció
• indirekt úton a GEF aktiválásán keresztül
Ligandkötött receptor – dimerizáció
(oligomerizáció)

autofoszforiláció Tyr oldalláncokon

1, Adaptor protein (Grb2) kapcsolódik az SH2


doménjén keresztül a receptorhoz

2, GEF (Sos) kapcsolódik az adaptor SH3


doménjéhez

A GTP-kötött (és így aktiválódott) RAS számos fehérjével 3, A GEF aktiválja a Ras fehérjét (GDP-GTP csere)
képes interakcióba lépni és így továbbítani a jelet.

A jeltovábbítás alapja a fehérje-fehérje interakció


(a Ras fehérjének nincs kináz aktivitása!)
Saját enzimaktivitással rendelkező receptorok
RAF: Rapidly Accelerated Fibrosarcoma
Receptor tirozin kinázok jelpályája MEK: MAPK/ERK kinase
MAPK: mitogen activated kinase
A, Ras-MAP kináz útvonal ERK: Extracellular Signal Regulated Kinase

A Ras egyik kölcsönható partnere a Raf kináz (MAPKKK), így a Ras


képes aktiválni a MAP-kináz foszforilációs kaszkádot
A kaszkád magja 3 kináz, amelyet scaffold fehérje kapcsol össze

1, Az aktivált Ras kötődik a Raf kináz (MAPKKK) N-terminális


részéhez és aktiválja azt (fehérje interakció -> konformáció változás

2, Az aktivált Raf (szerin/treonin kináz) foszforilálja a MEK kinázt


(MAPKK)

3, Az aktivált MEK (szerin/treonin és tirozin kináz) foszforilálja a


MAP kinázt (MAPK)

4, Az aktivált MAPK (szerin/treonin kináz) transzkripciós faktorokat, a sejtciklus szabályozásban résztvevő fehérjéket és
egyéb effektor fehérjéket aktivál a foszfát-csoport transzfer révén.
Saját enzimaktivitással rendelkező receptorok
Receptor tirozin kinázok jelpályája
B, PIP3 – PKB útvonal
A ligandkötés során aktiválódó receptor tirozin-kinázok nem csak a RAS aktivációban játszanak szerepet!

A foszforilált receptor tirozin kinázhoz képes kötődni


a foszfatidil-inozitol-3-kináz (PI3-kináz) is

A PI3-kináz a foszfatidil-inozitol-4,5-biszfoszfát (PIP2)


foszforilálásával foszfatidil-inozitol-3,4,5-trifoszfát
(PIP3) molekulát hoz létre

A PIP3 dokkolási felszínt jelent pl. az Akt (protein-kináz B; PKB) fehérjének.


(Pleckstrin homology (PH) domén: PIP3 kötésre alkalmas fehérje motívum)
Saját enzimaktivitással rendelkező receptorok
Receptor tirozin kinázok jelpályája
B, PIP3 – PKB útvonal

Az aktivált Akt a PIP3-ról disszociálva foszforilálja a


szubsztrátjait, mint pl. a pro-apoptotikus Bad fehérjét,
ami így inaktiválódik, ezáltal blokkolódik az apoptózis,
és a sejt túlél (-> „túlélési jelpálya”)

Az Akt emellett képes aktiválni a fehérjeszintézist fokozó


mTOR komplexet (-> sejtnövekedés).
Saját enzimaktivitással rendelkező receptorok
Receptor szerin/treonin kinázok (RSTK) jelpályája
TGFβ útvonal

Útvonal szerepe: főként sejtosztódás gátlás, sejt differenciáció szab.


A jelmolekulák a TGFβ (Transforming Growth Factor β) szupercsalád
tagjai, pl.: - TGFβ-1 => sejtosztódás gátlása (pl.)
- BMPs (Bone Morphogenetic Proteins) => embrionális fejlődés szab.
- myostatin => izom differenciáció

Receptor: szerin/treonin protein kináz (RSTK)

A TGFβ útvonal elemeinek elromlása abnormális sejtosztódáshoz,


tumor képződéshez vezethet

1-2. TGFβ receptorhoz kötődik => receptor kináz aktivitása aktiválódik


3. Receptor foszforilálja Smad fehérjét (TF) => NLS felszínre kerül
4. Importin-β köti NLS-t => 5-6. Smad transzlokációja a sejtmagba
7. Smad célgének transzkripcióját aktiválja

Sejtosztódást gátló faktorok átírása


Sejtfelszíni receptorok (5;6)

G fehérjékkel kapcsolt Intracelluláris protein kinázzal Saját enzimaktivitással


receptorok (GPCRs) rendelkező receptorok
asszociált receptorok
Intracelluláris tirozin-kinázzal asszociált receptorok

Útvonal szerepe: sejtosztódás és differenciáció szabályozása Citokin receptorok jelpályája


Citokinek: kb. 50 féle (limfokinek, monokinek stb.)
• glikoproteinek, 100 - 200 aminosav
• specifikus sejttípusok növekedése, differenciációja
• interleukinok – B- és T-sejtek proliferációja, működése
• kolónia stimuláló faktorok – vérsejtek differenciációja
• interferonok (INF) – virális infekció válasz

A receptor család jellemzői:


• nincs saját enzimaktivitás
• a receptorhoz egy intracelluláris Tyr kináz kapcsolódik
(foszforilálja a target fehérjéket és a receptort is)
• oligomerizáció a ligandkötés hatására (homo- vagy hetero-)

Főbb jelátviteli útvonalak:


• JAK-STAT útvonal
• Ras-MAP kináz útvonal
• IP3/DAG útvonal
Intracelluláris tirozin-kinázzal asszociált receptorok
Citokin receptorok jelpályája
JAK/STAT útvonal

STAT proteinek = signal transducer


and activator of transcription
• nem aktivált sejtekben
monomerként a citoplazmában
• SH2 domain - foszforilált tirozint
tartalmazó fehérje részletekhez
képes kötődni
Intracelluláris Tyr kináz – JAK = Janus kináz
• citokin receptorhoz kapcsolódnak
• tirozin kináz aktivitás
• nincs SH2 és SH3 domén
• amikor ligand kötôdik a citokin receptorhoz, egy vagy több specifikus JAK aktiválódik
Intracelluláris tirozin-kinázzal asszociált receptorok

Citokin receptorok jellegzetes jelpályája


JAK/STAT útvonal
• Ligand-receptor kötődés hatására a receptor dimerizálódik
• Dimerizáció hatására aktiválódik a receptorhoz kötődő intracelluláris
protein tirozin-kináz (JAK)
• A JAK foszforilálja a receptort, így a STAT fehérjék dokkolódnak a foszfo-tirozin oldalláncokon
• A JAK foszforilálja a STAT fehérjéket is, melyek disszociálnak, dimereket képeznek
• A foszforilált STAT dimerek NLS-e felszínre kerül, így a STAT dimerek a sejtmagba jutnak, ahol
transzkripciót aktiválnak
A sejtciklus és szabályozása
Tumorbiológiai alapok
2023. 11. 30.
A mitotikus sejtciklus és fázisai

Mitotikus sejtciklus (duplikáció és osztódás)


- Összehangolt és szigorúan szabályozott folyamatok összessége
- a sejt genetika állománya, valamint az organellumok és a makromolekulák
megduplázódnak, majd szegregálódnak
- 2 genetikailag identikus sejt keletkezik
- szakaszai/fázisai#:
Interfázis (~23 óra)
- G1 (gap1)
- S – szintézis (10-12 h)
- G2 (gap2)
Mitózis (1 óra)

Nem megfelelő körülmények, nincs


Gap (G1 és G2) fázisok alatt: sejtosztódást promótáló jelzés:
1. növekszik a sejt a sejt G0 fázisba kerül
organellumok, makromolekulák szintézise
2. extra- és intracelluláris szignálok monitorozása
megfelelőek-e a körülmények szaporodáshoz G1 fázis végénél– restrikciós pont
előkészületek befejeződtek-e ha ezen túljut a sejt, elköteleződik
#Az időtartamok a humán sejtekre jellemző értékek és lezajlik az osztódási ciklus
A sejtciklus szabályozásának kívánalmai

A sejtciklus szigorúan szabályozott folyamat. A szabályozatlan sejtciklus interferál a szervezet


működésével és kórfolyamatok (pl. pikkelysömör, tumorképződés, stb.) létrejöttéhez vezethet!

Alapvető kívánalmak a szabályzással kapcsolatban:

1. Megfelelő idő biztosítása az egyes folyamatoknak, majd a következő bekapcsolása


2. A folyamatok helyes sorrendjének biztosítása
3. Minden folyamat csak egyszer induljon el egy ciklus során
4. Minden folyamat teljesen lejátszódjon és irreverzibilis legyen
5. Egyes komponensek hibája ellenére a rendszer még működőképes maradjon
6. A különböző sejttípusoknak és környezeti körülményeknek megfelelően adaptációra legyen képes a rendszer

Szabályozási pontok a humán sejtciklusban


A sejtciklus szabályozásának fő molekulái

✓Ciklinek
Cdk(s): Ciklin-függő-kináz(ok)
Szerin-treonin protein-kinázok
✓Ciklin-dependens kinázok (CDK)
Mennyiségük nem változik a ciklus során
DE:
✓Ciklin-dependens kináz inhibitorok (CKI) Az aktivitásuk ciklikusan változik a ciklus során.

✓Ubiquitin-ligáz komplexek (SCF, APC)

Ciklinek: fehérjék, melyek mennyisége ciklikusan változik


G1-ciklin-CDK: a sejtciklus elindulásához szükségesek
G1/S ciklin-CDK: a replikációra elkötelezetté teszik a sejtet
S-ciklin-CDK: a DNS replikáció elindulásához szükségesek
M-ciklin-CDK: a mitózis eseményeit segítik elő
A ciklinek jellemzői

➢ A sejtciklus különböző fázisaiban termelődő szabályozó fehérjék


➢ tartalmaznak „ciklin-box” szerkezeti elemet:
~100 aminosav hosszúságú homológ CDK-t kötő szakasz
➢ G1/S-ciklinek: gyors degradáció – C-terminális „PEST” szekvencia
➢ M-ciklinek: instabil fehérjék - N-terminálison „destrukciós-box”
anafázisban kezdődő gyors degradáció
A ciklinek jellemzői

- Mennyiségük a sejtciklus során jellegzetes változást (oszcillációt) mutat


(transzkripció vs. proteoszómális degradáció)

- Aktiválják a CDK-kat

- különböző ciklin-CDK komplexek: különböző szubsztrátkör (fehérjék) foszforilálása

- A ciklinek lebontása CDK inaktivációhoz vezet -> jól szabályozható rendszer


A ciklinek szabályozott lebontása

⚫ A ciklinek szabályzott degradációja az Ubiquitin – proteaszóma rendszer által valósul meg

⚫ 2 fő ubiquitin-ligáz komplex működik a sejtciklus során:

1. SCF – ubiquitin ligáz komplex 2. APC – anafázist elősegítő komplex


Szubsztrátjai: pl. G1/S ciklinek Szubsztrátjai: pl. M-ciklinek

- folyamatosan aktív a sejtciklus során - a ciklus során változik az aktivitása.


- de csak specifikus helyen foszforilált fehérjéket ubiquitinál - csak bizonyos alegységek jelenlétében aktív
A ciklin-CDK komplexek aktivitásának szabályozása

• A CDK aktivitás szabályozása nem csak a megfelelő ciklin bekötődésétől függ


(a ciklin kötése szükséges, de nem elégséges feltétel a CDK aktivitáshoz)

• A CDK aktivitás szabályozásában meghatározó:


1, a CDK-k foszforilációs állapota - aktiváló és gátló hatású foszforilációs helyek

Cdc25 foszfatáz:
Wee1: Protein kináz defoszforilálva a
foszforilálva inaktiválja Wee1 által
a komplexet foszforilált helyeket
aktiválja a Cdk-t

- Cdk-aktiváló kináz (CAK)


-> aktiváló hatású foszforiláció
(aktív konformációba kerül a CDK)
A ciklin-CDK komplexek aktivitásának szabályozása

2, CDK inhibitorok (CKI) kötődése a ciklin-CDK komplexhez

Cdk-t gátló fehérjék (CKIs):


Ciklin-CDK komplexhez kötődve módosítják a Cdk-k aktív
helyének térszerkezetét, így gátolják a komplex aktivitását.

- leginkább a G1-S fázisban negatív szabályozásában van jelentőségük


- emlősökben 2 CKI fehérjecsalád:
a, INK4 család tagjai (INK4: inhibitors of CDK4): ciklinD-CDK komplex (G1 fázis) aktivitását gátolják
b, CIP/KIP család: ciklinE/A/B tartalmú CDK komplexek aktivitásának negatív szabályozói
A sejtciklus legfontosabb lépései, szabályozási pontjai

Magasabbrendű eukarióták differenciált szöveteinek sejtjei nyugvó (G0)


állapotban vannak, nem osztódnak.
A nyugalmi állapot fenntartása létfontosságú a szervezet megfelelő
működése szempontjából, zavara ugyanis tumoros transzformációhoz
vezethet.

Ugyanakkor fontos, hogy reverzibilis (reaktiválható) legyen


a blokkolt sejtciklus az aktuális igényeknek megfelelően és
a sejtek a nyugalmi fázisból a sejtciklus kezdetét jelentő G1
fázisba kerüljenek.

A Go -> G1 átmenethez megfelelő jelzésekre van szükség a szervezet részéről:


mitogének/növekedési faktorok hatására (pl. EGF, PDGF, FGF, stb) megindul a
G1 fázis, valamint lehetővé válik a G1-S átmenet (tranzíció).
A sejtciklus legfontosabb lépései, szabályozási pontjai

• A Go -> G1 átmenet szabályozásában és a G1 fázis restrikciós pontján való


átjutásban (G1-S átmenet, tranzíció) kulcsfontosságú szerepet játszanak a
növekedési faktorok által elindított jelátviteli útvonalak, melyek
eredményeként megnő a sejtben a ciklin D koncentrációja.

A sejtciklus megindulásának kapuőre a Rb (retinoblastoma) protein.

- Szabályozó fehérje, mely az E2F-hez kapcsolódva a G1 fázisban


gátolja annak aktivitását.
E2F: transzkripciós faktor,
- A sejtosztódást stimuláló extracelluláris hatásokra a felhalmozódó specifikus DNS szekvencia
ciklinD-CDK foszforilálja a Rb-t, csökkentve annak affinitását E2F-hez. elemekhez kapcsolódva a
különböző, S fázishoz
szükséges gének promóter
- Az E2F-Rb komplex disszociál: az E2F transzkripciót aktivál, így ezzel régióiban fokozza ezek
elindítja a G1/S ciklinek szintézisét és ezzel az S fázisba történő (közöttük G1/S ciklinek és S
átlépést. ciklinek) transzkripcióját.
A sejtciklus fontosabb lépései, szabályozási pontjai

A retinoblastoma fehérje hiperfoszforilációja és az így felszabaduló E2F transzkripciós aktivitása döntő lépés a
G1 fázis restrikciós pontjának átlépése során.

A restrikciós pont átlépése után a sejtciklus már nem fordítható vissza és végbemegy a sejtosztódás folyamata.
Visszacsatolások, amelyek a G1/S tranzíciót szabályozzák:
- E2F fokozza saját transzkripcióját
- E2F fokozza G1/S és S-ciklinek transzkripcióját, ez fokozott G1/S-Cdk és S-Cdk aktivációt eredményez, ami fokozza
Rb foszforilációját és ennek következtében az E2F aktivációt
Az S (szintézis) fázis szabályozó rendszere

Kívánalom a DNS szintézist jelentő S fázis lezajlása során (S fázis kontoll):


- a DNS szintézis iniciációjának szigorú szabályozása (minden nukleotid duplikálódjon egyszer, de csak egyszer)

Különböző fázisban lévő sejtek fúziója

Az S fázisú sejt Az S fázisú sejt A G1 fázisú sejt nem


folytatja a folytatja a kezdi el a replikációt, Mi biztosítja, hogy a G2 fázisban
replikációt, replikációt, a G2 fázisú sejt nem
lévő sejt magjában lévő DNS nem
a G1 fázisú sejt a G2 fázisú sejt nem kezd replikációt kettőződik meg újra?
replikációt kezd kezd replikációt

Következtetés
a G1 fázisú sejtek replikáció kompetensek,
a G2 fázisban lévők nem képesek újra replikációt kezdeni, hiába biztosított az S-Cdk aktivitás
Az S (szintézis) fázis szabályozó rendszere

Origó felismerő komplex (ORC) – folyamatosan jelen van a sejtben


A replikációs origókhoz kötődik.

Korai G1
Cdc6 koncentrációja növekszik, kapcsolódik az ORC-hez.
Ez elősegíti az Mcm fehérjék kapcsolódását: létrejön a pre-replikációs komplex
(pre-RC).
S-fázis: S-Cdk aktiválódik -> ORC foszforiláció: elindulhat a replikáció

Reiniciáció gátlása:
Az S-Cdk foszforilálja a Cdc6-t, így az lebomlik (SCF komplex általi ubiquitináció,
proteoszómális lebontás)
Ezzel kizárt az pre-RC komplex újra összeszerelődése.

Ez biztosítja, hogy nem indul újabb replikáció.


A mitózis végén minden Cdk aktivitás alacsony: az újabb ciklusra újabb pre-RC
képződhet.
A sejtciklus legfontosabb történései: a mitózis kezdete

Felkészülés a G2 fázisban az M fázisra (mitózisra):


M-ciklin (ciklin-B) transzkripció aktiváció --> fokozatos M-Cdk felhalmozódás
DE: az M-Cdk komplex inaktív (a Wee1 kináz gátló helyen foszforilálva gátolja az M-Cdk aktivitását)

a G2 fázis végére nagy mennyiségű, de inaktívan tartott M-Cdk felhalmozódás

M-Cdk aktivációja:
A G2 végén aktiválódik a Cdc25 foszfatáz: eltávolítja az M-Cdk-t gátló foszfát csoportokat
Cdc25 aktiválója: Polo kináz és az M-Cdk pozitív feedback
(az M-Cdk által foszforilálva a Wee1 is gátlódik)

a feedback eredményeként a fokozatos M-ciklin


felhalmozódás végeredményben egy gyors M-Cdk
aktivációhoz vezet)
A sejtciklus legfontosabb történései: a mitózis

M-Cdk további funkciói a mitózis során:


- mitotikus orsó összeszerelődés elindítása (mikrotubulus assz. protein)
- kromoszóma kondenzáció elindítása (H1 hiszton, kondenzin komplex)
- a kromoszómák orsóhoz kapcsolódásának biztosítása
- magmembrán bomlás biztosítása (laminok)
- citoszkeleton átrendeződés biztosítása (intermedier filamentumok)
- Golgi és ER átrendeződés biztosítása.
A sejtciklus legfontosabb történései: a mitózis

Profázis
Prometafázis

• A centriolumok szétválnak-sejtpólusok • A maghártya szétesik

• Mikrotubulusok: centroszóma szétválik, osztódási • Osztódási orsó kialakul:


orsó kialakulás elindul ❖ Centriolumok a pólusokon
• Az eredeti sejtváz lebomlik ❖ Kinetochor mikrotubulusok (kMT)-
• A kromatin kondenzálódik kromoszómákhoz kapcsolódnak

• Transzkripció leáll-nucleolus lebomlik


A testvérkromatidák az ellentétes pólusok kMT-aihoz rögzülnek.
A sejtciklus legfontosabb történései: a mitózis

Anafázis

A testvérkromatidok szétválnak -
Metafázis kinetochor mikrotubulus rövidülése

Az osztódási orsó megnyúlik


• Metafázis „lemez” kialakulása
A kromoszómák az osztódási orsó Mikrotubulus drogokkal (pl. vincristine,
egyenlítői síkjában rendeződnek taxol) gátolható az anafázis lezajlása
A sejtciklus legfontosabb történései: a mitózis

A húzófonalak (mikrotubulusok) kromoszómákhoz


kapcsolódásának mechanizmusa és a testvérkromatidák
metafázis anafázis
szétválása

- prometafázisban (a sejtmagmembrán lebomlása után) a


testvérkromatidák kinetochorjai a húzófonalakhoz először
laterálisan kapcsolódnak, majd ezt követően alakul ki a
kinetochor és a mikrotubulus + vég közti kapcsolat, mely
lehetővé teszi a kromoszómák egyenlítői síkba
rendeződését és a testvérkromatidák szétválását.
A sejtciklus legfontosabb történései: a mitózis

Mitózis kulcslépése: a testvérkromatidák elválása


Központi szerep: Anafázis elősegítő komplex (anaphase-promoting complex (APC)
ubiquitin-ligáz komplex

testvérkromatidák összekapcsolása, együtt tartása: kohezin fehérjekomplex által

szeparáz: proteáz, ami bontja a kohezin komplexet


szekurin: gátló fehérje, ami a szeparázhoz kapcsolódva gátolja annak aktivitását

Az APC elindítja a szekurin lebontását (ubiquitináció- proteoszómális lebontás)


–> a szeparáz felszabadul a gátlás alól –> így képessé válik a kohezinek degradációjára
A sejtciklus legfontosabb történései: a mitózis

Az APC elindítja a szekurin lebontását (ubiquitináció - proteoszómális lebontás)

–> a szeparáz felszabadul a gátlás alól


–> így képessé válik a kohezinek degradációjára
–> megkezdődhet a testvérkromatidák szegregációja

Mi aktiválja az APC-t? A Cdc20 fehérje kapcsolódása

1, Az M fázis kezdetén megkezdődik a Cdc20 fehérje


felhalmozódása a sejtben

2, Az APC komplex foszforilálódik (pl. ciklinB-CDK által), így


megnő az affinitása a Cdc20 fehérje iránt.

Aktív APC komplex jön létre, ami a szekurin ubiquitinálása


mellett más fehérjék (pl. M-fázis ciklinek) szelektív lebontásáért
is felelős lesz.
A sejtciklus legfontosabb történései: a mitózis

Telofázis - citokinézis

• A testvérkromatidák a pólusokon - dekondenzálódás


• Az osztódási orsó lebomlik
• Maghártya kialakul
• Citokinezis befejeződik - leánysejtek szétválnak
(aktomiozin kontraktilis gyűrű)
A sejtciklus legfontosabb történései: a mitózis

APC-Cdc20 komplex az M-Cdk-t is inaktiválja, biztosítva a kilépést a mitózisból


- Az APC-Cdc20 ubiquitinálja az M-ciklineket, M ciklinek degradációja történik

Az M-ciklinek degradációjának zavara a sejtciklus blokkjához vezet, tehát az M-


ciklinek szelektív lebontása előfeltétele egy új ciklus indulásának.
A sejtciklus főbb ellenőrző pontjai
A sejtciklus főbb ellenőrző pontjai

Mi történik, ha a sejt DNS állományát károsodás éri? (pl. ionizáló sugárzás -> duplaszálú törés)

A sejtciklust addig (reverzibilisen!) le kell állítani, míg a DNS hibajavító


folyamatok révén lehetőség lesz a hiba javítására.

- A duplaszálú törést érzékelő rendszer aktiválódása (fehérje


foszforilációk révén) a p53 fehérje stabilizációjához vezet.

- a p53 transzkripciós faktorként serkenti (többek között) a p21 CDK


gátló génjének átíródását, így megnő a p21 fehérjeszint a sejtben.

- a p21 kötődik a ciklin-CDK komplexekhez és blokkolja azok


aktivitását, ami a sejtciklus átmeneti leállásához vezet.

p21 CDK
inhibitor
Tumorbiológiai alapok

Molekuláris biológia előadás

2023
A daganatos elváltozások főbb ismérvei

Normál sejtek osztódására csak akkor kerül sor, ha ez szükséges a szervezet működése szempontjából és
jelen vannak a sejtosztódást elindító növekedési faktorok.

A sejtek kontrollálatlan, folyamatos osztódása daganatok létrejöttéhez vezethet!

Tumor (daganat): korlátlanul osztódó sejtek alkotta daganat


(sejttömeg), ahol több sejtosztódás történik a szükségesnél a
sejthalál bekövetkezte nélkül.

Egy daganat lehet jó- (benignus) vagy rosszindulatú (malignus).

Rák (cancer): azon rosszindulatú betegségek megnevezése,


ami abnormális sejtek kontroll nélküli osztódásának és a
környező szövetekbe hatolásának eredménye. Bizonyos
esetekben a rosszindulatú sejtek nem alkotnak egybefüggő
sejttömeget (pl. leukémia).
A rosszindulatú daganatok kialakulásának oka minden esetben a
DNS-ben történő hibák (valamint epigenetikai eltérések)
felhalmozódása, mely a sejtek korlátlan osztódását és megváltozott
működését eredményezi
(= a rák genetikai betegségnek tekinthető)
Epidemiológiai adatok – daganatos megbetegedések előfordulása, daganatos halálozás

A rosszindulatú daganatok előfordulási gyakorisága és a


daganatos halálozás a férfiak és a nők körében világviszonylatban

Magyarországi adatok elérhetősége:


- nemzeti rákregiszter
- KSH

Forrás: Global Cancer Statistics 2020: GLOBOCAN Estimates of Incidence and Mortality
Worldwide for 36 Cancers in 185 Countries ( https://doi.org/10.3322/caac.21660)
A jó- és rosszindulatú daganatok főbb eltérései

Jóindulatú daganat Rosszindulatú daganat

Jóindulatú sejtekből álló sejttömeg Rosszindulatú (rákos) sejtek/daganat


Sejt morfológia Normál sejtekhez hasonló Rendezetlen alak. Megváltozott (emelkedett)
Megtartott mag/citoplazma arány mag/citoplazma arány
Sejtek közti kölcsönhatások Megtartottak, a sejttömeget gyakran rostos tok A sejt-sejt/sejt-mátrix kapcsolatok
veszi körül meggyengülnek/hiányoznak
A sejtek/sejttömeg helye A megfelelő szövetben található Idővel áttéteket képez(nek), másodlagos növekedési
helyeken is megtaláljuk a rákos sejteket
Sejtműködés A normál sejtműködéshez hasonló Normálistól eltérő, nagyszámú mitotikus sejt, eltérő
anyagcsere, stb
Hatása az életfunkciókra Kevésbé észrevehető, hacsak nem komprimálja Életfunkciókat zavarja
a környező szöveteket
Példák Adenoma, papilloma, polip Karcinóma, szarkóma, leukémia/limfóma
Tumorokból származó sejtvonalak

Sejtvonal neve eredet


A rosszindulatú daganatokból izolált sejtek:
HeLa cervical carcinoma

- immortálisak („halhatatlanok”) U2os osteosarcoma


- hosszú ideig fenntarthatók in vitro (sejttenyészetek) HT-1080 fibrosarcoma
- felhasználhatók a kutatásban K562 chronic myelogenous leukemia
CAPAN-1 pancreas adenocarcinoma
SK-MEL-5 malignant melanoma

Kutatásban gyakran használt sejtvonalak

melanoma sejtek méhnyakrák sejtek leukémia sejtek


A daganatos elváltozások főbb ismérvei

A rosszindulatú daganatok létrejötte és fejlődése egy mikroevolúciós folyamatnak tekinthető


- folyamatos változás
- szelekciós
- adaptáció

• A tumorok általában egy sejtből indulnak ki, amely


• folyamatosan osztódik
• és elkerüli a differenciálódást és a sejthalált.
• A kiindulási sejt utódai létrehoznak egy sejttömeget (jóindulatú daganat).

Újabb mutációk létrejöttét követően


• a sejtek invazívvá válnak, átlépik a bazális laminát,
• és a daganat megtámadja a környező szöveteket.
• A tumorban új vér- és nyirokerek alakulnak ki = angiogenesis
• és a tumorsejtek elterjednek a testben, áttéteket képeznek
• = metastasis Májban megjelenő colorectális daganat metasztázis
The nature of cancer…
„When I published the results of my experients on the
…azaz mi(k) tehető(k) felelőssé a
development of double-fertilized sea-urchin eggs in 1902, I
daganatok kialakulásáért? added to the suggestion that malignant tumors might be the
result of certain abnormal condition of the chromosomes,
1911: Peyton Rous felfedezi a róla
which may arise from multipolar mitosis…
elnevezett rous sarcoma vírust, mely a
csirkékben daganatos elváltozást indukál Theodor Boveri, pathologist, 1914

1900-as évek eleje:

1915: Yamagiwa kísérletekkel bizonyítja, hogy bizonyos


kémiai anyagokkal rákos elváltozást lehet indukálni
(kőszénkátrány – fenolok, policiklikus aromás szénhidrogének)

K. Yamagiwa
A tumorképződés lehetséges okai

Mi(k) tehető(k) felelőssé a daganatok kialakulásáért?

Genetikai tényezők (5-10 %)


• Öröklött tumorszupresszor
mutációk („hajlam”)

Környezeti /életmódbeli faktorok (90-95 %)

• Dohányzás, alkohol fogyasztás


• Helytelen táplálkozás, elhízás
• Fertőzések
• Sugárzások dohányzás – tüdőrák kapcsolata
• Mutagén anyagokkal való érintkezés
2-naftilamin kitettség –
A környezeti, életmódbeli rizikófaktorok húgyhólyagtumor kialakulásának
elkerülésével (a kitettség csökkentésével) összefüggése
a daganatok ~40%-a megelőzhető lenne!

A vírusfertőzések a daganatos
betegségek kb. 15%-áért felelősek
A tumorképződés lehetséges okai

Gastrointestinal
cancer
Humán rosszindulatú
daganatok kialakulásában
szerepet játszó fontosabb
vírusok (onkovírusok):
Merkel cell
carcinoma

• HBV (hepatitis B vírus)


• HCV (hepatitis C vírus)
• HPVs (humán papilloma
vírusok)
• EBV (Epstein-Barr vírus)
• HTLV-1 (humán T-sejt
leukémia vírus 1)
Mennyi genetikai változás szükséges egy rosszindulatú daganat kialakulásához?

• A rosszindulatú daganatos megbetegedések előfordulása és az életkor


között exponenciális összefüggés mutatható ki

• A daganatok létrejöttéhez több genetikai változás megléte szükséges


(átlagosan 4-6 driver mutáció*)

• Rákgenomok szekvenálási adatai:


- a különböző daganattípusokban igen eltérő a mutációk száma
- DE! nem minden mutáció jelent előnyt a daganatos sejtek számára

* driver mutáció: a rák fejlődéséhez hozzájáruló, szelekciós előnyt biztosító változás


Onkogének és tumorszupresszorok

Mely géneket érintő mutációk kedveznek a daganatképződésnek?

Proto-onkogén:
• A normális sejtben előforduló,
annak osztódását, túlélését elősegítő fehérjét kódoló gén.
• Funkciónyeréses mutáns változata (onkogén) a sejtekben hibásan
működik (megváltozott a szerkezete, vagy rossz helyen/rossz intenzitással
működik), így fokozva a sejtosztódást, növekedést, túlélést, stb.

Tumorszupresszor gén:
• A sejt osztódásának szabályozásában gátló hatású gén, vagy a
DNS hibajavításban szerepet játszó fehérjét kódoló gén, ami a
rákos sejtben inaktiválódik, vagy hiányzik (funkcióvesztés).
(Proto)onkogének

Protoonkogéneket a
szignalizációs útvonalak
több szintjén is találunk

⚫ Növekedési faktor
receptorok

⚫ Intracelluláris protein-
kinázok

⚫ G-fehérjék (pl. Ras)

⚫ Transzkripciós faktorok

Protoonkogén aktiváció

(receptor tirozin-kinázok) Onkogén


Figure 5.1 The Biology of Cancer (© Garland Science 2007)
Protoonkogének - Src

1911: P. Rous tumorkeltő vírust azonosít (RSV: Rous sarcoma virus)

1970-es évek: RSV további vizsgálata


-> H. Temin: reverz transzkriptáz felfedezése, rák és provírus kapcsolatának megfejtése
-> J. Bishop és H. Varmus: az RSV daganatképző tulajdonságát biztosító gén homológja
megtalálható a gerinces élőlények sejtjeiben

src: az első azonosított onkogén


- v-src = virális src: a RSV genomjában megtalálható
src változat, mely hiperaktív fehérjét kódol

A src fehérje egy citoplazmatikus tirozin-


kináz, mely számos jelátviteli útvonalban
szerepet játszik:
- sejtmorfológia befolyásolása
- letapadás érzékelése
- sejtosztódás szabályozása
- sejtnövekedés befolyásolása
szabályozatlan aktivitása
daganatképződéshez vezethet!
Protoonkogének - Ras

Humán genom: RAS


3 Ras gén - kis monomer G-fehérje
- számos jelátviteli útban szerepel, mint molekuláris kapcsoló

N-terminális: katalitikus domén


90-100%-os homológia
C-terminális: variábilis domén

A daganatok jelentős részében a Ras fehérje 12. és


61. aminosavát érintő pontmutáció detektálható a
Ras-t kódoló gént vizsgálva.

Mi lehet ennek az oka?


Protoonkogén aktiváció

Milyen mechanizmussal aktiválódhatnak a protoonkogének?

Protoonkogén

Pontmutáció / deléció a Génamplifikáció Kromoszómális átrendeződés


kódoló szekvenciában

Hiperaktív fehérje képződik A normálisnál nagyobb


(pl. folyamatosan aktív G- mennyiségben képződik a A gén nagy fokú A transzlokáció
fehérje) fehérje a sejtben (pl. transzkripciót biztosító eredményeként egy fúziós
nagyszámú növekedési promóter mögé kerülve (hibrid) fehérjét kódoló
faktor receptor a a normálisnál nagyobb gén jön létre, melyről
sejtfelszínen) mennyiségű fehérje megváltozott működésű
szintézisét okozza fehérje képződik
Protoonkogén aktiváció – reciprok kromoszóma transzlokáció

A kromoszóma aberrációk kimutatása a daganatokban


(1960)
- CML (krónikus mieloid leukémia): Philadelphia kromoszóma azonosítása
a 9-es és a 22-es kromoszóma törése, majd reciprok transzlokációja egy
Bcr-Abl kimérát (fúziós fehérjét) kódoló gént hoz létre

Bcr-Abl: konstitutívan aktív citoplazmatikus tirozin-kináz, mely elősegíti a


mieloid sejtek fokozott osztódását, apoptózis elkerülését
Tumorszupresszorok

Tumorszupresszorok jelenlétére utaló adatok: 2, Családi halmozódást mutató („öröklődő”)


daganatok vizsgálata
1, Sejtfúziós kísérletek (Sendai vírus / PEG) - pl. retinoblastoma (a szem ideghártyáját érintő
- tumorsejt és normál sejt fúziójából származó tetraploid rosszindulatú daganat)
sejtek elvesztik transzformált fenotípusukat

A sejtek tartalmaznak tehát olyan géneket, melyek


fehérjetermékei negatívan szabályozzák a sejtciklust.
(„fékpedál”)

Egészséges retina retinoblastoma


Tumorszupresszorok - Retinoblastoma

A retinoblastoma (RB) fehérje


- Leírása: 1986, 105 kDa méretű foszfoprotein
- Hipo-foszforilált G1 fázisban
- hiperfoszforilált a sejtciklus többi fázisában
- a génjét érintő deléciók gyakran azonosíthatók tumorokban

A retinoblastoma fehérje foszforiláltsági állapota befolyásolja,


hogy képes-e kötni (ezáltal inaktívan tartani) a DNS szintézis
elindításához szükséges E2F transzkripciós faktorokat.

A „high-risk” humán papillomavírus törzsek (HPV16, 18, 31) E7


vírusfehérjéje megköti a RB fehérjét és destabilizálja annak E2F kötését.
Tumorszupresszorok – p53

Daganatokban az egyik leggyakrabban


érintett tumorszupresszor, a p53:
egy fehérje, számos funkció

Normál állapotban alacsony a p53 fehérje mennyisége


a sejtben (folyamatos ubiquitináció –> lebontás)

Veszély esetén (pl. DNS törés, oxidatív stressz, stb.)


stabilizálódik és egyrészt fehérje interakciós
partnerként, másrészt mint transzkripciós faktor
működik.

Szerepet játszik (többek között):


- DNS károsodás érzékelés
- DNS hibajavítás aktiváció
- sejtciklus leállítás
- apoptózis indukálás

A p53 mutáció hatása a daganatos túlélésre


Tumorszupresszorok – DNS repair fehérjék

DNS repair folyamatokban részt vevő fehérjék génjeinek funkcióvesztéses mutációja gyakran játszik szerepet
„családilag öröklődő” daganatok létrejöttében

A DNS hibajavító fehérjéket kódoló gének fontos tumorszupresszorok

Családilag halmozódó Lynch szindróma (HNPCC;


emlőrák – öröklődő vastagbél tumorok) -
homológ rekombinációs Xeroderma pigmentosum MMR (mismatch repair) defektus
repair defektus - NER (nukleotid excíziós repair)
(BRCA1/2 funkcióvesztés) defektus
Tumorszupresszorok

Normál sejt Funkcionális tumorszupresszor expresszió

Rákos daganatokban tumorszupresszor gének funkcióvesztést okozó mutációja /


megváltozott működése azonosítható.
A tumorszupresszor aktivitás elvesztésének lehetőségei:

pontmutáció Funkcióképtelen tumorszupresszor expresszió

deléció Deléció - nincs tumorszupresszor expresszió

Promóter Epigenetikai hatás - nincs tumorszupresszor expresszió


hipermetiláció
A daganatok közös jellemvonásai

A rosszindulatú daganatok genetikai, patológiai, terápiás válaszadás szempontjából egyaránt heterogén betegségcsoport
- intertumor heterogenitás: az egyes páciensek daganatai egyediek a bennük azonosítható mutációk kombinációja révén
- intratumor heterogenitás: egy adott páciens daganatát alkotó sejtek sem egyformák genetikailag
(folyamatos adaptáció-szelekció érvényesül)

Intertumor heterogenitás

Intratumor heterogenitás
Robert A. Weinberg & Douglas Hanahan
- listázzák a daganatokra általánosan
Tumorsejt
jellemző képességeket, jellemvonásokat
szubklónok (Cell, 2000 és 2011; Hallmarks of cancer)

Liu et al. Exp Mol Med 2018

Hanahan & Weinberg Cell 2011 alapján

You might also like