Cơ sở di truyền chọn giống thực vật

Seminar 5:
Cơ sở di truyền của cây Lúa
Nhóm 5
Phạm Hoàng Phương Anh 18150002
Vũ Bảo Trâm 18150041
Nguyễn Huy Đức 18150089
Phan Ngọc Hoàng Thiện 18150305

4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 1

 1.1. Tổng quan về cây
Lúa

2.2. Đặc điểm sinh sản

Tổng quan
3.3. Di truyền Lúa

4. Chọn giống Lúa

4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 2

Tổng quan 1. Tổng quan về cây Lúa
1. Tổng quan về cây
Lúa Lúa nước: Oryza sativa đã được thuần hoá, chia
2. Đặc điểm sinh sản làm hai nhóm lớn: japonica (hạt ngắn) và indica
3. Di truyền Lúa (hạt dài).
4. Chọn giống Lúa
Nguồn gốc thuần hóa Lúa nước vẫn còn nhiều
Kết luận
tranh cãi.

https://commons.wikimedia.org/wiki/File:LPCC-661-Grans_d%27Oryza_sativa_indica_i_japonica.jpg
4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 3
 Vòng đời cây Lúa

Vòng đời khoảng 120-150

ngày, với 3 giai đoạn
chính: Sinh dưỡng, sinh
sản và giai đoạn chín.

4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 4

 Vòng đời cây Lúa

Bắt đầu giai đoạn sinh sản Hoa tiếp tục phát triển và nở bung
nhụy đực ra ngoài → Thụ phấn
Genetic studies in rice (Oryza sativa L.); https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Rice_Flower.jpg
4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 5
Tổng quan 2. Đặc điểm sinh sản
1. Tổng quan về cây
Lúa ● Lúa là cây thường niên
2. Đặc điểm sinh sản
thân thảo thuộc cây
3. Di truyền Lúa
một lá mầm.
4. Chọn giống Lúa
● Cây lúa có bông chét
Kết luận
với một trục bông
chính và các gié thứ
cấp.
● Cấu tạo của hoa lúa
gồm 2 bao trấu, 6 túi
nhị, 2 vòi nhụy, một bầu
nhụy.
● Hạt lúa gồm vỏ, nội
nhũ, phôi
Nguồn wikipedia tiếng Việt
4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 6
 Quá trình sinh sản
Lúa trong điều kiện thuận lợi có bông nở vào buổi sáng từ 9h - 10h.
Khi nở bông thì nở từ trên xuống và giữa ra.

Khi bông lúa nở thì vỏ trấu tách ra, 6 bao phấn vươn ra ngoài tung
phấn lên nhụy. Quá trình từ khi vỏ trấu tách ra cho đến khi khép lại
gọi là phơi màu, phơi màu thường kéo dài từ 50’ - 60’. Sau phơi màu
là quá trình thụ tinh kép kéo dài khoảng 8h thì thụ tinh hoàn toàn,
hoa lúa phát triển thành hạt.

Sau khi thụ tinh, hạt lúa phát triển nhanh chóng phôi và nội nhũ. Hạt
lúa phát triển theo chiều dài trước, sau khoảng 4 ngày thì hạt non
hình thành và bắt đầu quá trình tích lũy tinh bột cho đến khi chín kéo
dài từ 30-35 ngày tùy giống.

4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 7

 Tạo dòng thuần

Lúa là cây tự thu phấn nên dễ tạo dòng thuần, khi tạo dòng
thuần lúa thường kéo dài từ 6-7 vụ, áp dụng các biện pháp
cách li có thể hạn chế hiện tương giao phấn chéo bằng cách
tăng khoảng cách trồng giữa các cây, làm ngắn thời gian tạo
dòng thuần.

4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 8

 Phương pháp lai lúa
Phương pháp lai truyền thống là phương pháp phổ biến ở
nước ta. Gồm các bước sau:
- Chọn 2 giống lúa có các tính trạng cần, trồng cây bố mẹ sao
cho có cùng thời gian bông nở. Trước khi lúa phơi màu một
ngày thì tiến hành khử đực ở cây mẹ.
- Loại bỏ các chồi không có bông để lúa tập trung nuôi bông
bị tổn thương sau lai
- Vào buổi sáng trong thời gian phơi màu thì lấy phấn của cây
bố thụ tinh cho cây mẹ, bao bọc bông đã thụ tinh để bảo vệ.
Khi thu được lúa F1 gieo trồng cho tự thụ để lúa phân li, chọn
các cây có tính trạng cần tách ra để tiếp tục làm thuần.

4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 9

Tổng quan
1. Tổng quan về cây
3. Di truyền Lúa
Lúa
2. Đặc điểm sinh sản - Là cây tự thụ và có tỷ lệ thụ phấn
3. Di truyền Lúa
4. Chọn giống Lúa chéo lên đến 3%.
Kết luận

- Khác biệt về mức độ thụ phấn chéo

phụ thuộc: vị trí, điều kiện thời tiết và
sự khác biệt về giống lúa.

- 2n=24, 12 cặp nhiễm sắc thể.

4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 10

 Mô hình 12 nhiễm sắc thể của Lúa
Shubha Vij, Vikrant Gupta, Dibyendu Kumar, Ravi Vydianathan, Saurabh Raghuvanshi, Paramjit Khurana,
Jitendra P. Khurana, and Akhilesh K. Tyagi, 2006, Decoding the rice genome, Genes and genomes.

4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 11

 Di truyền số lượng
Các tính trạng nông học là tính trạng số lượng
-> Chịu ảnh hưởng của nhiều gene khác nhau
và ảnh hưởng lớn bởi môi trường

Xác định vị trí các locus của tính trạng số

lượng dựa trên sự liên kết với marker phân tử
(QTL mapping).

4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 12

 Chỉ thị di truyền
Chỉ thị phân tử SSR (SSR marker)
SSR (Simple Sequence Repeats): Các chuỗi lặp lại đơn
giản (~6 nucleotide)

Mô hình đoạn lặp dinucleotides AT

"Simple Sequence Repeats (SSR) in Plant Breeding." ukessays.com. 11 2018. UKEssays. 04 2021

4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 13

 Chỉ thị phân tử SSR (SSR marker)

- Cơ sở: Dựa trên sự đa hình của SSR do đột biến tác

động lên số đơn vị lặp lại.
Thay đổi, đa hình của SSR do sự khác nhau về độ dài
các đoạn lặp lại trong bộ gene do trao đổi chéo không
cân hoặc giảm nucleotide trong sao chép.

- Mục tiêu: nghiên cứu đa dạng di truyền, chọn cặp lai ,

xác định con lai và lập bản đồ liên kết phân tử

4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 14

 Chỉ thị phân tử SSR (SSR marker)

Nguyên lý: Dựa trên phản ứng PCR với mồi

SSR xuôi và ngược.
Sản phẩm PCR được phân tách trên gel
(polyacrylamide) kết hợp nhuộm bạc (AgNO3)
hoặc bằng máy giải trình tự tự động.

4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 15

 Chỉ thị phân tử SSR (SSR marker)

Kết quả điện di gel kết quả SSR-PCR của 20 giống lúa mì khác nhau
"Simple Sequence Repeats (SSR) in Plant Breeding." ukessays.com. 11 2018. UKEssays. 04 2021
4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 16
 Chỉ thị phân tử SSR (SSR marker)

Ưu điểm
- Cho nhiều allele trong một locus
- Phân bố đều trong genome
- SSR cho thông tin cụ thể hơn so với di truyền ty thể theo đường mẹ và
di truyền theo cả bố và mẹ
- Là chỉ thị đồng trội
- Tính đa hình và đặc thù cao
- Rẻ và dễ tiến hành, có thể phân tích bán tự động, có thể sử dụng các
DNA cổ (ancient DNA-aDNA), phân biệt các cá thể có mối quan hệ gần.
- Có thể dùng chung cho một số loài cây

Hạn chế
- Cần phải đọc trình tự bộ gene để dựa vào đó có thể thiết kế các
cặp mồi đặc thù và tối ưu hóa điều kiện các mồi cho từng loài
trước khi sử dụng.
4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 17
 CHỌN TẠO
Tổng quan
1. Tổng quan về cây 4. Chọn giống Lúa NGUỒN
TẠO NGUỒN NGUYÊN
BIẾN DỊ LIỆU
Lúa
2. Đặc điểm sinh sản
3. Di truyền Lúa
4. Chọn giống Lúa LAI TẠO
LAI TẠO
Kết luận

Quy trình chọn

giống lúa cơ bản TỰ THỤ / HỒI GIAO
=> CHỌN LỌC TẠO
DÒNG THUẦN

ĐÁNH GIÁ
DÒNG THUẦN

4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 18

 Tạo nguồn biến dị cho chọn lọc
CHỌN TẠO
NGUỒN
BIẾN DỊ

Cây lúa là một hệ thống mô hình tuyệt vời cho các nghiên cứu hệ
gene chức năng do kích thước bộ gene nhỏ, nguồn gene sẵn có, hiệu
suất biến nạp cao

4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 19

TỰ THỤ/HỒI GIAO
=> CHỌN LỌC TẠO
Phương pháp Phả hệ và
DÒNG THUẦN
Số lượng lớn

Phương pháp Phả hệ và Số lượng lớn

4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 20
 TỰ THỤ/HỒI GIAO
=> CHỌN LỌC TẠO
DÒNG THUẦN

Double haploid

4/26/2021 21
 MARKER ASSISTED SELECTION
TỰ THỤ/HỒI GIAO
=> CHỌN LỌC TẠO
DÒNG THUẦN

CLIP

4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 22

TỰ THỤ/HỒI GIAO
=> CHỌN LỌC TẠO
DÒNG THUẦN
MARKER ASSISTED SELECTION

Các marker có thể được sử dụng như

4/26/2021 RFLP,SSR,RAPD,AFLP,SCAR,SNP 23
 MARKER ASSISTED SELECTION
TỰ THỤ/HỒI GIAO
=> CHỌN LỌC TẠO
DÒNG THUẦN

A variety of approach:
MAS: Marker-assisted selection
MABC: Marker-assisted backcrossing
GS: Genomic selection

MABC
4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 24
TỰ THỤ/HỒI GIAO
=> CHỌN LỌC TẠO
DÒNG THUẦN MARKER ASSISTED SELECTION

4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 25

 TỰ THỤ/HỒI GIAO
=> CHỌN LỌC TẠO
DÒNG THUẦN
MAS ( Ví dụ )

Xác định đa hình giữa 2 giống lúa

Sử dụng 372 chỉ thị SSR trên 12 NST để kiểm

tra tính đa hình của các đoạn lặp lại ở 2
giống lúa bố mẹ.
=> 53 chỉ thị cho băng đa hình (bảng 7)

Ứng dụng chỉ thị phân tử liên kết gần trong chọn giống lúa chịu ngập chìm
Vũ Thị Thu Hằng – năm bảo vệ 2011

4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa

 TỰ THỤ/HỒI GIAO
=> CHỌN LỌC TẠO
DÒNG THUẦN
MAS ( Ví dụ )

Lựa chọn marker chỉ thị

Xác định được 2 chỉ thị liên kết chặt với gen
Sub1 là ART5 (6.3Mb) và SC3 (6.6Mb) trên NST 9
cho băng đa hình
=> Dùng làm chỉ thị để lựa chọn gen đích Sub1

Ứng dụng chỉ thị phân tử liên kết gần trong chọn giống
lúa chịu ngập chìm
Vũ Thị Thu Hằng – năm bảo vệ 2011
4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 27
 TỰ THỤ/HỒI GIAO
=> CHỌN LỌC TẠO
DÒNG THUẦN
MAS ( Ví dụ )
Hình 11: phân tích các cá thể BC1F1 với chỉ
thị SC3 những cá thể dị hợp tử mang 2
băng của cả giống nhận (49) và cho (50) là
các giếng số 2, 4, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 13, 14, 16, 18,
23, 25, 27, 29, 36, 37, 38, 39, 40, 42, 44, 48.

HÌnh 12 : phân tích các cá thể BC1F1 với chỉ

thị ART5 những cá thể dị hợp tử mang 2
băng của cả giống nhận gen (2) và cho
gen (3) là các giếng số 5, 6, 7, 9, 12, 13, 14, 15,
16, 17, 18, 22, 23, 24,26, 27, 33, 34, 39, 45, 47,
48.
=> Những cá thể dị hợp tử mang cả hai
băng của giống nhận gen và giống cho gen
với cả hai chỉ thị ART5 và SC3 được lựa chọn Phân tích con lai
để thực hiện các bước tiếp theo
4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 28
 Một số thành
tựu trên thế giới

Golden rice
4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 29
 Một số thành tựu trên thế giới

4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 30

VIỆN NGHIÊN CỨU
LÚA QUỐC TẾ (IRRI)
-Thành lập 1960, trụ sở Philippine
-Có hơn 132.000 giống (12/2019)
bao gồm các loài lúa trồng, lúa
hoang và các chi liên quan.
-https://www.irri.org/

31
 Một số thành tựu chọn giống lúa Việt Nam
• Ứng dụng các phương pháp MAS và
MABC chọn tạo, cải tiến một số tính
trạng của giống phổ biến trong sản
xuất như BC15 kháng đạo ôn, Bắc
thơm 7 kháng bạc lá, Bắc thơm 7
chịu mặn, Bắc thơm 7 chịu ngập,
OM429 chịu mặn
• Ứng dụng công nghệ chỉnh sửa gen Bắc Thơm 7 kháng cao với bệnh Bạc lá
đã tạo được 66 dòng lúa TBR225 thế
hệ T0; 19 dòng lúa Bắc thơm 7 thế hệ
T1 đã được chỉnh sửa gen mẫn cảm
với bệnh bạc lá ở dạng đồng hợp và
không mang cấu trúc DNA ngoại lai
trong hệ gen
Cập nhật 2020
TBR225-Ngắn ngày, năng suất
4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa cao, gạo dẻo thơm 32
 Một số thành tựu chọn giống lúa Việt Nam
Sản xuất:
Khoảng 160 giống lúa tẻ thuần, 50 giống lúa ưu thế lai được chọn, tạo. Một số giống lúa
thuần chiếm tỷ trọng rất lớn như: Giống OM5451 trên 670 ngàn ha, OM6976 trên 540
ngàn ha, OM4900 trên 497 ngàn ha, Khang dân 18 trên 404 ngàn ha, BC15 trên 268 ngàn
ha, Jasmin 85 trên 251 ngàn ha…; lúa lai như Nhị ưu 838, Thái xuyên 111, HYT 116… Các giống
lúa mới chọn tạo này có năng suất cao hơn khoảng 5-10% so với giống lúa cũ, từ đó tăng
hiệu quả kinh tế cho người sản xuất.

Cập nhật 2020

http://vukehoach.mard.gov.
vn/News.aspx?id=2596

OM5451
4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 33
Tổng quan Kết luận
1. Tổng quan về cây
Lúa
2. Đặc điểm sinh sản - Lúa nước chia làm hai nhóm japonica và indica
3. Di truyền Lúa - Là cây tự thụ và có khả năng thụ phấn chéo lên đến 3%;
4. Chọn giống Lúa 2n=24
Kết luận - Các tính trạng ở lúa là tính trạng số lượng
→ QTL mapping
- Có nhiều phương pháp chọn tạo giống lúa dựa trên các
kỹ thuật di truyền khác nhau
- Quy trình chọn giống lúa gồm: Chọn tạo nguồn biến dị,
lai tạo, chọn lọc tạo dòng thuần và đánh giá dòng thuần.
- Thế giới cũng như Việt Nam đã chọn tạo được nhiều
giống lúa có giá trị -> góp phần đảm bảo an ninh lương
thực toàn cầu.

4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 34

 Từ khoá: Rice | life cycle | SSR marker | MAS | chọc lọc phả hệ |
DH | MABC
Tài liệu tham khảo:
● Nguyễn V. Cường, Tìm hiểu và phân tích tính trạng số lượng ở thực vật, Khoa Di truyền
chọn giống cây trồng, Đại học Cornell, Bang New York, Hoa Kỳ
● Nguyễn Đức Thành, Các kỹ thuật chỉ thị DNA trong nghiên cứu và chọn lọc thực vật,
Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm KH & CN Việt Nam
● Shubha Vij, Vikrant Gupta, Dibyendu Kumar, Ravi Vydianathan, Saurabh Raghuvanshi,
Paramjit Khurana, Jitendra P. Khurana, and Akhilesh K. Tyagi, 2006, Decoding the rice
genome, Genes and genomes.
● International Rice Genome Sequencing Project. 2005. The map-based sequence of the
rice genome. Nature 436: 793-800
● Callaway, E. Domestication: The birth of rice. Nature 514, S58–S59 (2014).
● "Simple Sequence Repeats (SSR) in Plant Breeding." ukessays.com. 11 2018. UKEssays.
04 2021
● Evenson, Robert E.; Gollin, Douglas (1997). Genetic Resources, International
Organizations, and Improvement in Rice Varieties. Economic Development and
Cultural Change, 45(3), 471–500.
4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 35
 Tài liệu tham khảo:
• https://www.researchgate.net/publication/320591213_Accelerated_Generation_of_Selfed_Pure_
Line_Plants_for_Gene_Identification_and_Crop_Breeding
• https://www.slideshare.net/pawannagar8/bulk-method-pedigree-method-ampline-breeding
• https://www.researchgate.net/figure/Schematic-presentation-of-pedigree-and-bulk-breeding-
methods_fig3_268812380
• https://www.slideshare.net/FAOoftheUN/marker-assisted-selection-55689355
• https://repository.vnu.edu.vn/bitstream/VNU_123/7838/1/01050000164.pdf
• https://bsapubs.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.3732/ajb.1100385
• https://www.irri.org/
• http://vukehoach.mard.gov.vn/News.aspx?id=2596

4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 36

 Cảm ơn Thầy và
các bạn đã lắng
nghe!

4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 37

 Nội dung

1. Tổng quan về cây Lúa

2. Đặc điểm sinh sản
3. Di truyền Lúa
4. Chọn giống Lúa

Nhận xét và đặt câu hỏi

4/26/2021 Cơ sở di truyền của cây Lúa 38