Doména Ríša Kmeň Trieda Rad Čeľaď Rod Druh Poddruh Sérotyp Biotyp Iný variant Poznámka

Actinomycetales Actinomycetaceae Actinomyces Actinomyces israelii

Bifidobacteriales Bifidobacteriaceae Bifidobacterium -
Corynebacteriaceae Corynebacterium Corynebacterium diphteriae
Mycobacterium avium
Mycobacterium kansasii
Actinomycetota Actinomycetes Mycobacterium leprae
Mycobacteriales
Mycobacteriaceae Mycobacterium

Mycobacterium tuberculosis od 2018 ako biovar M. tuberculosis

bovis
BCG
Calmette-Guérinov bacil, živá vakcinačná kultúra
Kitasatosporales Streptomycetaceae Streptomyces Streptomyces griseus
Bacillaceae Bacillus Bacillus anthracis
Enterococcaceae Enterococcus - kedysi ako druh rodu Streptococcus
Listeriaceae Listeria Listeria monocytogenes
Staphylococcus aureus
Staphylococcus capitis
Bacillales Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus haemolyticus
Staphylococcaceae Staphylococcus
Staphylococcus hominis
Staphylococcus saprophyticus
Bacilli Staphylococcus warneri
Staphylococcus xylosus
Streptococcus agalactiae
Streptococcus anginosus neoficiálne, takže aj nesprávne, S. milleri
Streptococcus mutans
Streptococcaceae Streptococcus
Streptococcus pneumoniae
Bacillota Lactobacillales
Streptococcus pyogenes
Streptococcus salivarius
Leuconostoc -
Lactobacillaceae
Lacticaseibacillus Lacticaseibacillus casei nesprávne Lactobacillus casei (2020)
Clostridium botulinum
Clostridium difficile
Clostridium novyi
Clostridium Clostridium perfringens
Clostridiaceae Clostridium septicum
Clostridia Eubacteriales
Clostridium sporogenes
Clostridium tetani
Hathewaya Hathewaya histolytica nesprávne Clostridium histolyticum
Paeniclostridium Paeniclostridium sordellii nesprávne Clostridium sordellii
Eubacteriaceae Eubacterium -
Negativicutes Veillonellales Veillonellaceae Veillonella -
Bacteroidaceae Bacteroides Bacteroides fragilis
Bacteroidota Bacteroidia Bacteroidales Porphyromonadaceae Porphyromonas Porphyromonas gingivalis nesprávne Bacteroides gingivalis
Prevotellaceae Prevotella Prevotella melaninogenicus nesprávne Bacteroides melaninogenicus
Campylobacter coli
Campylobacteraceae Campylobacter Campylobacter fetus
Campylobacterota Epsilonproteobacteria Campylobacterales
Campylobacter jejuni
Helicobacteraceae Helicobacter Helicobacter pylori
Chlamydia pecorum
Chlamydia pneumoniae
Chlamydiota Chlamydiia Chlamydiales Chlamydiaceae Chlamydia
Chlamydia psittaci
Chlamydia trachomatis lymphogranuloma venereum (LGV)
Fusobacterium necrophorum
Fusobacterium
Fusobacteriota Fusobacteriia Fusobacteriales Fusobacteriaceae Fusobacterium nucleatum
Leptotrichia -
Metamycoplasma buccale
Metamycoplasma faucium
Metamycoplasma
Metamycoplasmataceae Metamycoplasma hominis
Metamycoplasma orale kedysi ako jeden rod Mycoplasma
Mycoplasmatota Mollicutes Mycoplasmoidales
 Metamycoplasmataceae
kedysi ako jeden rod Mycoplasma
Mycoplasmatota Mollicutes Mycoplasmoidales
Mycoplasmopsis Mycoplasmopsis fermentans
Mycoplasmoides genitalium
Mycoplasmoides
Mycoplasmoidaceae Mycoplasmoides pneumoniae
Ureaplasma Ureaplasma urealyticum
Bartonellaceae Bartonella Bartonella quintana kedysi ako samostatné dva rody – Rochalimaea
a Bartonella
Brucella abortus
Hyphomicrobiales
Brucella canis môžu patriť pod jeden druh, a to B. melitensis
Brucellaceae Brucella
Brucella melitensis (na uvážení autora)
Brucella suis
Orientia Orientia tsutsugamushi nesprávne Rickettsia orientalis
Alphaproteobacteria
Rickettsia akari
Rickettsia australis
Rickettsia conorii
Rickettsiales Rickettsiaceae
Rickettsia Rickettsia prowazeki
Rickettsia rickettsii
Bacteria - Rickettsia sibirica
Rickettsia typhi známy aj ako R. mooseri
Bordetella bronchiseptica
Alcaligenaceae Bordetella Bordetella parapertussis
Bordetella pertussis
Burkholderiales
Burkholderia cepacia
Burkholderiaceae Burkholderia Burkholderia mallei
Burkholderia pseudomallei
Betaproteobacteria
Neisseria gonorrhoeae
Neisseria meningitidis
Neisseriales Neisseriaceae Neisseria Neisseria mucosa
Neisseria sicca
Neisseria subflava
Nitrosomonadales Spirillaceae Spirillum -
Citrobacter amalonaticus
Citrobacter Citrobacter freundii
Citrobacter koseri nesprávne C. diversus
Cronobacter Cronobacter sakazakii nesprávne Enterobacter sakazakii
Enterobacter Enterobacter cloacae
O11
sérotypy podľa O-antigénu; neviem, ku ktorej
Escherichia Escherichia coli O26 skupine patria
O55
Klebsiella aerogenes nesprávne Enterobacter aerogenes
Enterobacteriaceae
Klebsiella oxytoca
Klebsiella plauticola taktiež Raoultella plauticola
Klebsiella
K. p. rhinoscleromatis
Klebsiella pneumoniae
K. p. ozaenae
Pseudomonadota Klebsiella terrigena taktiež Raoultella terrigena
Shigella boydii
Shigella dysenteriae
Shigella
Shigella flexneri
Enterobacterales Shigella sonnei
Morganella Morganella morganii
Proteus mirabilis
Proteus kedysi ako rody čeľade Enterobacteriaceae
Proteus vulgaris (zmena navrhnutá 2016)
Providencia rettgeri
Providencia
Providencia stuartii
S. e. arizonae
Morganellaceae Agona
Derby
Gammaproteobacteria Choleraesuis
Salmonella Salmonella enterica
S. e. enterica Paratyphi A
Paratyphi B
 Morganellaceae

Gammaproteobacteria
Salmonella Salmonella enterica
S. e. enterica

Paratyphi C
Typhi
Serratia Serratia marcescens
Yersinia enterocolitica kedysi ako rody čeľade Enterobacteriaceae
Yersiniaceae
Yersinia Yersinia pestis (zmena navrhnutá 2016)
Yersinia pseudotuberculosis
Coxiella Coxiella burnetii kedysi ako rod čeľade Rickettsiaceae
Legionella bozemanae menej správne L. bozemanii
Legionellales Legionellaceae
Legionella Legionella micdadei
Legionella pneumophila
Moraxellales Moraxellaceae Moraxella -
Actinobacillus -
Aggregatibacter Aggregatibacter aphrophilus nesprávne Haemophilus paraphrophilus
Haemophilus aegyptius
Haemophilus ducreyi debaty o presune do iného rodu
Pasteurellales Pasteurellaceae
Haemophilus Haemophilus haemolyticus
Haemophilus influenzae typ b sérotypy podľa kapsuly
Haemophilus parainfluenzae
Pasteurella Pasteurella multocida
Pseudomonadales Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas aeruginosa nikdy nebol rod čeľade Enterobacteriaceae
Thiotrichales Francisellaceae Francisella Francisella tularensis
sérotypy podľa O-antigénu
Vibrionales Vibrionaceae Vibrio Vibrio cholerae O1
El Tor
Xanthomonadales Xanthomonadaceae Stenotrophomonas Stenotrophomonas maltophilia
Borrelia Borrelia recurrentis do rodu Borreliela patria baktérie spôsobujúce
Borreliaceae lymskú boreliózu; do rodu Borrelia patria
Borreliela Borreliela burgdorferi baktérie spôsobujúce rekurentnú horúčku
(navrhnuté 2014)
Spirochaetota Spirochaetia Spirochaetales
Leptospiraceae Leptospira -
Spirochaetaceae Spirochaeta -

Treponemataceae Treponema Treponema pallidum

Nicholsov kmeň
Aspergillus -
Eurotiomycetes Eurotiales Aspergillaceae
Penicillium Penicillium chrysogenum nesprávne P. notatum
Fungi Ascomycota
Debaryomycetaceae Candida Candida albicans
Eukaryota Saccharomycetes Saccharomycetales
Saccharomycetaceae Saccharomyces -
Metazoa Nematoda Chromadorea Rhabditida Oxyuridae Enterobius Enterobius vermicularis
- Parabasalia - Trichomonadida Trichomonadidae Trichomonas Trichomonas vaginalis otázny kmeň
candida utilis
pôvodca malárie
pôvodca eryzipelu
brucella melitensis
vírus kiahní
vírus besnoty
tabaková mozaika
vírus slintačky
vírus krívačky
azotobaktery
rickettsia prowazeki
vírus chrípky
adenovírusy
vírus poliomyelitídy
rinovírusy
osýpky
vírus ružienky
HBSAG
HIV
plazmódiá
pôvodca čierneho kašľa
škvrnitý týfus
lamblia intestinalis
sarcina
mikrokoky
clostridium gigas
leuconostoc mesenteroides
toxoplasma gondii
entaméby
giardie
vírus hepatitídy a, b, c
metamycoplasma hominis
e coli o110, 125, 124, 143,144
herpetické vírusy
rotavírus
dermatofyty
mykózy
c. novyi a