SUNTEM CEEA CE MANCAM!

PROTEINE ?

Care sunt caramizile de baza ale

proteinelor?
STRUCTURA
PROTEINELOR
Secventa de aminoacizi
MIL1 sequence:
>gi|7662506|ref|NP_056182.1| MIL1
protein [Homo sapiens]
MEDCLAHLGEKVSQELKEPLHKALQMLLSQPVTYQA
FRECTLETTVHASGWNKILVPLVLLRQMLLELTRLG
QEPLSALLQFGVTYLEDYSAEYIIQQGGWGTVFSLE
SEEEEYPGITAEDSNDIYILPSDNSGQVSPPESPTV
TTSWQSESLPVSLSASQSWHTESLPVSLGPESWQQI
AMDPEEVKSLDSNGAGEKSENNSSNSDIVHVEKEEV
PEGMEEAAVASVVLPARELQEALPEAPAPLLPHITA
TSLLGTREPDTEVITVEKSSPATSLFVELDEEEVKA
ATTEPTEVEEVVPALEPTETLLSEKEINAREESLVE
ELSPASEKKPVPPSEGKSRLSPAGEMKPMPLSEGKS
ILLFGGAAAVAILAVAIGVALALRKK
http://en.wikipedia.org/wiki/Protein_structur
e length: 386amino acids
 Clasificarea proteinelor
- actina
- miozina
GREU SOLUBILE - fibrinogen
-fibronectină

FIBRILARE
- colagen
- elastine
- keratine
HOLOPROTEINE INSOLUBILE
- fibroina

- protamine
- histone
- albumine
GLOBULARE - globuline brinogen
- calmodulina - fibronectine
- gluteine
PROTEINE - prolamine

- cromoproteine
- fosfoproteine
- lipoproteine
- metaloproteine
HETEROPROTEINE - nucleoproteine
- glicoproteine
- proteoglicani
 Proteine Globulare
• Majoritatea proteinelor (ex albumina,
caseina din lapte)
• Protein cu situsuri de legatura:
enzimes, hemoglobina, imunoglobuline,
receptori membranari

© 2007 Paul Billiet ODWS

 Proteine fibrilare
• In structura: tendoanelor, ligamentelor,
cheagului sanguin (ex colagen si keratin)
• Proteine Contractile implicate in miscare :
muschi, microtubuli (cytoskelton, mitotic
spindle, cili, flageli)

© 2007 Paul Billiet ODWS

 Clasificarea proteinelor pe
functii
• CATALITIC: enzime
• STOCARE: cazein (in lapte),
• TRANSPORT: hemoglobin, mioglobina, albumina
• COMUNICARE: hormoni (ex insulina) si
neurotransmitatori
• CONTRACTILE: actina, miozina,
• PROTECTIE: Imunoglobuline, fibrinogen, factori ai
coagularii
• TOXINS: venin de sarpe
• STRUCTURAL: proteine membranare, keratin (par),
colagen

© 2007 Paul Billiet ODWS

 Proprietatile proteinelor
• În stare pură, proteinele sunt substanţe solide,
incolore care se pot obţine în stare cristalină sau
sub formă de precipitate amorfe.
• Prezintă stabilitate la temperatura mediului
ambiant, iar la temperaturi mari, suferă procesul
de denaturare.
• Solubilitatea unei proteine este condiţionată în
primul rând de un factor intern reprezentat de
proporţia grupărilor polare hidrofile (-COOH,-
NH2, -OH, -CO-,-NH-) localizate la suprafaţa
moleculei şi grupările apolare hidrofobe ale
aminoacizilor constituenţi.
• factori externi, pH-ul mediului, de forţa sa ionică
• Efectul pH-ului – variaţiile de pH ale mediului exterior, prin efectul
de ionizare, au o influenţă semnificativă asupra solubilizării
proteinelor. La pH-ul izoelectric, proteinele precipită, deoarece la
acest pH solubilitatea este minimă, datorită atracţiilor electrostatice
ce se exercită între moleculele ionizate a căror sarcină electrică netă
este nulă.

• Valoarea pH-ului la care moleculele de proteine au o sarcină

electrică nulă, sau prezintă în proporţii egale sarcini electropozitive
şi electronegative se numeşte pH izoelectric.

• Valoarea pH-ului izoelectric depinde de raportul dintre grupările

funcţionale (acide şi bazice) ale aminoacizilor constituenţi.
 Caracterul coloidal
• În soluţii diluate, macromoleculele proteice se
află dispersate sub forma unor particule
coloidale cu diametre cuprinse între 1 – 100 mμ.
• Caracterul coloidal conferă proteinelor anumite
particularităţi specifice coloizilor: presiune
osmotică redusă, nu dializează prin membrane
semipermeabile,migrare într-un câmp electric,
putere de difuzie redusă, sunt tensioactive etc.
 NIVELE DE ORGANIZARE
• 4 NIVELE
• STRUCTURA primara: nr AA variaza:
insulina ?aa; hemoglobina 574;
gamaglobulinele 1250
• Structura primara determina structura
secundara
Polar AA (neutri, acizi, sau bazici) - exterior
Nepolari interior

2007 Paul Billiet ODWS

 Care este structura ?
• Acid aspartic (Asp)
• Alanina (ALA)
• Lizina (Lys)
• Glutamina (Glu)
• Treonina (Tre)
 Structura proteinelor

Acid aspartic Alanina Lys Glutamina

Incarcatura Nepolar Incarcatura Treonina
NEGATIVA Hidrofob POZITIVA
Nepolar
Hidrofob

Polar AA (neutri, acizi, sau bazici)

Nepolari
Care este legatura ce contribuie
la formarea proteinelor?
• Ce fel de reactie este?

©Alberts et al.
(1998)
 Stiati ca?
• Proteinele pot contine in medie 300 de
aminoacizi ce pot forma 10390 combinatii
posibile?
 Structura secundara
• Structura secundară - legăturilor de hidrogen care se stabilesc
intracatenar şi intercatenar între grupările –NH şi –CO ale legăturii
peptidice.
• Un lant polipeptidic adopta, in masura in care ii permite structura sa
primara mai multe configuratii:
• modelul α-helix,
• modelul în foaie pliată,
Modelul alfa-helix
 Modelul alfa helix
• Este este prezent in diferite procente atat
la proteinele fibrilare cat si la cele
globulare
• Are forma unei scări în spirală, unde
fiecărei trepte a scării imaginare îi
corespunde un rest de aminoacid;
• Această orientare este favorizată din punct
de vedere energetic si este stabilizata prin
legaturi de hidrogen puternice.
 Modelul alfa helix
• Radicalii resturilor de aminoacizi (R) sunt dispuşi
alternativ – similar structurii primare – deasupra
şi sub planurile legăturilor peptidice, fiind
proiectaţi radial în jurul elicei
 Modelul alfa helix
• In functie de structura lor aminoacizii ce intra in
compozitia unei proteine pot fi:
- Aminoacizi care stabilizeaza alfa helix-ul
- Aminoacizi care labilizeaza alfa helix-ul
- Aminoacizi care rup structura secundara de alfa helix
• Prolina este un aminoacid care destabilizeaza alfa
helixul, deoarece atomul de azot este continut in nucleul
benzenic si nu poate forma legaturi de hidrogen cu
atomii invecinati
• Din acest motiv ea nu se gaseste in regiunile alfa
helicoidale ale proteinelor
 Caracteristicile alfa helix-ului
• Este stabilizat prin legaturi de hidrogen inter-
reziduu,
• Fiecare legatura peptidica participa la legatura
de hidrogen aceasta conferind maxim de
stabilitate,
• Un alfa helix se formeaza spontan, caci este
conformatia cea mai stabila si cu cea mai joasa
energie a unui lant polipeptidic
• O proteina cu o proportie de alfa helix de
aproape 100% este keratina (par, unghii si piele)
• Hemoglobina si mioglobina au 70% structura
secundara alfa.
 Conformatia beta in planuri pliate
• Este cel de al 2lea tip de structura secundara stabilizata
prin legaturi de hidrogen ce mentin unghiurile de torsiune

• În acest caz, legăturile de hidrogen se stabilesc

intercatenar, realizându-se cea mai stabilă interacţiune
• Catenele laterale sunt asezate deasupra sau sub
planurile in zig zag ale planurilor pliate
• Conformaţia β pliată, prezintă două variante în care:
• catenele polipeptidice sunt dispuse paralel – având
radicalii –R ai aminoacizilor orientaţi în acelaşi sens
• catenele polipeptidice sunt dispuse antiparalel – având
radicalii –R din aminoacizi orientaţi în sensuri opuse:
 Structura tertiara a proteinelor
• (conformatie 3D) Arata cum sunt pliate sau
inclinate lanturile polipeptidice in spatiul
tridimensional, pentru a forma o structura
compacta

© Anne-Marie Ternes

MIL1
 Organizarea pe domenii a
proteinelor
• „domeniu” care desemnează o regiune bine definită din
punct de vedere structural şi funcţional (100-400 aa) si
sunt codificate de parti distincte ale genelor (exoni).
• Exemplu:
• domenii structurale care în cazul proteinelor globulare,
formează porţiuni distincte lineare sau globulare (au o
organizare proprie);
• domenii funcţionale care în cazul proteinenzimelor
sunt porţiunile de fixare a substratului sau de legare a
coenzimei.
• Domeniile sunt despartite intre ele prin portiuni de lant
mai putin organizat, felxibil, ce asigura deplasarea
domeniilor unul fata de celalalt (dinamica domeniilor)
 2-19

Foldarea enzimelor
in vivo

folding
hydrophobic collapse
- upon dilution of unfolded
protein in buffer, the
protein will ‘collapse’
onto itself, trying to bury
as many hydrophobic
surfaces as possible
- in doing so, the protein
may fold properly, or:
- misfold and
aggregate
- go through a
‘trapped
LDH
 Structura cuaternara a proteinelor

• Prefixul: homo- sau hetero-, este utilizat pentru a

descrie subunitati identice sau diferite
• Asamblarea protomerilor într-un agregat
cuaternar, se realizează numai prin forţe slabe
necovalente: legături electrostatice, legături de
hidrogen, forţe van der Waals
• Prin însumarea acestor forţe şi prin
complementaritatea suprafeţelor de contact se
asigură un grad înalt de precizie şi specificitate a
structurilor cuaternare
 Structura cuaternara
• Proteinele oligomere nu sunt molecule rigide, ci sunt
caracterizate printr-o anumită flexibilitate, capabile să
suporte tranziţii discrete şi reversibile de la o stare
conformaţională la alta.
• Putem defini ca efecte allosterice acele modificări
conformaţionale discrete şi reversibile în geometria
spaţială a structurii unei proteine, iar tranziţiile
conformaţionale respective, care conferă proteinei
proprietăţi noi, sunt denumite tranziţii allosterice.
• Tranziţiile conformaţionale, sunt induse „in vivo” prin
interacţiunea proteinei cu anumiţi compuşi
micromoleculari din celulă numiţi efectori (liganzi),
 Structura cuaternara
• Hemoglobina, prima proteină definită ca
allosterică, este un tetramer

α1 β1
α1 β1

β2 α2
β2 α2
 Structura hemoglobinei
• http://www.bio.davidson.
edu/courses/molbio/mols human immunodeficiency virus-1 HIV-1
tudents/spring2003/stone
street/hemoglbn.gif
 Structura Proteinelor : sumar
Element structural Descriere
structura primara secventa de aminoacizi
structura secundara alpha helix, beta sheets, turns/loops
structura super-secondara asociere de structuri secundare
domain unitate structurala functionala
structura tertiara plierea structurala a proteinei
• incluzand puntile disulfurice
structura cuaternara ansamblu complex(oligomer)
• homo-oligomeric (1 tip de
proteina)
• hetero-oligomeric (>1 tip)
Structura secundara
 Motive structurale secundare
• Linus Pauling – 1901-1994 Biochimist
American
„Premiu Nobel in Chimie -1954
Premiul nobel pentru Pace
1951 a descris alfa helixul si beta plan pliat

There is no such thing as quasicrystals, only

quasi-scientists."
video
Missfolding
 Patobiochimie
• Bolile cauzate de schimbarile in structura
proteinelor pot afecta abilitatea proteinelor
de a lega alte molecule si in consecinta de
a isi exercita functia;
• Ele realizeaza totodata si schimbari in
structura proteinelor care afecteaza
solubilitatea si degradabilitatea acestora
 Alterari ale codului genetic

Duc la mutatii in structura primara a

proteinelor ce afecteaza functia acestora
Alterari ale structurii Hemoglobinei
• Siclemia – este o afectiune data de
mutatii in structura hemoglobinei ce
modifica structura cuaternara, si in
consecinta solubilitatea si capacitatea de a
lega oxigenul.
• Substitutia este data de inlocuirea
acidului glutamic din pozitia 6 a lantului
de globina beta cu valina fapt care
determina formarea de agregate (polimeri)
Siclemia
 STRUCTURA PROTEINEI
a) b)
Ce diferenta va asteptati sa gasiti
in legatura chimica formata intre
acid glutamic si valina?
• Acidul glutamic are radical incarcat negativ si poate
forma legaturi ionice sau de hidrogen cu apa sau alte
catene laterale
• Valina este un aminoacid hidrofob ce interactioneaza cu
alte catene hidrofobe
• Substitutia este conservativa?
Manifestari clinice: crizele vasoocluzive datorate
polimerizarii HbS in fibre lungi ce deformeaza hematiile
(hematii ”in secera”)
; PO2 ↓
 Alterari ale conformatiei 3D a
proteinelor
• Ce duc la acumularea extracelulara a unor proteine
fibroase rezistente la degradare ce se acumuleaza rapid
- Amiloidoza
- Boli neurodegenerative
Exemplu: Boala Alzheimer (polineuropatia amiloida
familiala) este o boala neurodegenerativa caracterizata
prin depunerea de amiloid.
Boala Parkinson – sinucleine?
 Biochimia vs Boala
Altzheimer‘s.
Proteinele tau si APP
Descoperite in 1970, se gasesc in structura neuronilor avand un rol critic
pentru functia normala a SNC.

Proteinele tau interactioneaza cu o alta proteina numita tubulina si fixeaza

neurotubulii la nivelul axonilor.

Prin intermediul neurotubulilor impulsul nervos traverseaza axonii, iar

substantele nutritive ajung la neuron. Alterarea structurii proteinelor tau –
instabilitatea microtubulilor cu dificultate in transmiterea impulsurilor
nervoase – degenerescenta neurofibrilara

In functie de aria din creier afectata: halucinatii vizuale, idei delirante de

persecutie sau abandon, agresivitate fizica sau verbala.
 Proteina tau

http://ro.wikipedia.org/wiki/Boala_Alzheimer
 Proteina precursoare a
amiloidului (APP)
Beta-Amiloidul este un peptid ce rezulta din clivarea APP ce se gaseste ancorata
la nivelul membranei celulare.

Beta-amiloidul sub forma de oligomer afecteaza homeostazia calciului si favorizeaza

moartea celulara programata (apoptoza), prin acumulare formeaza placile senile
 Stiati ca?
Activitatea intelectuala continua ar putea scade riscul de aparitie a
bolii Altzheimer?

In romania în anul 2009 arătau că 150.000 de persoane suferă de această

Boala (SRA-societatea romana de altzheimer)
Boala Parkinson vs sinuclein
alfa
 Patobiochimie
• Discutii clinice

Biopsia renala utilizata in diagnosticul unui pacient cu amiloidoza a

evidentiat prezenta unor depozite amorfe la nivelul glomerulilor,
alcatuite din structuri fibrilare de amiloid. Acestea sunt alcatuite din
planuri beta pliate, repetitive orientate perpendicular pe axul fibrelor.

Exista un numar de boli ce sunt caracterizate prin depunere de fibre

de amiloid. In fiecare dintre aceste boli fibrele de amiloid deriva din
proteine diferite care au suferit modificari in conformatie (structura
3D) si care repeta structura beta in planuri pliate.

Odata ce a inceput depunerea de amiloid aceasta pare sa

progreseze rapid, fibrele formate favorizand depunerea altor fibre.

Diferentele in manifestarile clinice sunt date de functia proteinei

native si de locul de depunere al placilor de amiloid.
• branching agregate
fibrilare non lineare
cu diametru de 8-
10nm si
conformatie β
planuri pliate
(difractie cu raze
X). NEJM Volume 349:583-596
August 7, 2003
Number 6
 Amiloidoza
• Amiloidul este format din componente ale
sangelui, precum lanturile usoare ale IG
prin substitutii la nivelul regiunilor variabile
ce destabilizeaza structura acestora si
cresc capacitatea de fibrilogeneza.
• Acestea se depun la nivelul organelor
Molecular Mechanisms of Amyloidosis:Giampaolo Merlini, M.D., and Vittorio Bellotti, M.D., Ph.D.
NEJM:Volume 349:583-596.Aug 7,2003.No 6
 Prioni si prionoze
• Prionii sunt proteine ce au aceeasi compozitie cu proteinele normale
dar conformatie diferita si actioneaza ca matrita pentru plierea altor
proteine prionice in forme care nu pot fi degradate proteolitic

• Prionii sunt agenţi infecţioşi nonconvenţionali de natură proteică,

lipsiţi de orice tip de acid nucleic, care produc un grup de boli
neurodegenerative transmisibile ale animalelor şi omului, numite
boli prionice (encefalopatii spongiforme transmisibile).

• Dintre acestea, cea mai cunoscută este encefalopatia spongiformă

bovină (boala vacii nebune), dar există forme de encefalopatie
spongiformă şi la alte specii de animale: scrapia (la ovine şi
caprine), encefalopatia spongiformă a cervidelor etc. Din categoria
bolilor prionice ale omului fac parte: boala Creutzfeldt-Jacob,
insomnia fatală familială, boala Kuru, sindromul Alpers (la copil) etc.

• Boala infectioasa apare la ingestia de dimeri (PrPSc – forma

patologica) ce determina replierea proteinelor native.

• Familia bolilor prionice este cauzata de mutatii punctiforme in gena

ce codifica proteinele Pr
• Stanley Prusiner , M.D. from UCSF

Nobel Prize in Medicine 1997

(1982-1997, 15 years for Nobel Prize Award)

PRION

“Proteinaceous Infectious Particles”

Sufix - ON = particula elementara
Secventa proteinelor prionice
 Cum functioneaza prionii?

PrPc

PrPSc
 Patobiochimie
• Pacientul are cistinurie, o substitutie inascuta a
aminoacizilor din structura proteinelor de
transport responsabile de reabsorbtia cistinei,
argininei si lizinei.
transportul aminoacizilor prin tubul
renal proximal
cistinurie
• In structura proteinelor cisteina formeaza
legaturi disulfidice intre doua molecule
apropiate, caracteristica importanta in
structura si functia unor compusi.
Exemplu?
 Relatia structura- functie
• Structura proteinelor determina functia
acestora in organism
• Proteine cu diferite functii: hemoglobina
(transporta oxigenul), anticorpii
(reactioneaza cu antigene pentru a
combate infectiile), colagenul (confera
rezistenta multor structuri ale
organismului)
 Relatia structura-functie pentru
hemoglobina
• Hemoglobina si mioglobina sunt doua proteine care
leaga oxigenul, cu structura primara asemanatoare

• Mioglobina este o proteina globulra alcatuita dintr-un

singur lant si are un singur situs de legare al O2

• Hemoglobina este un tetramer alcatuit din 2 tipuri diferite

de subunitati (2alfa, 2beta), fiecare dintre subunitati
avand holologie structurara cu mioglobina

• Comparatia intre mioglobina si hemoglobina pune in

evidenta avantajele structurii cuaternare ce cuprinde mai
multe subunitati
Relatia structura-functie pentru
hemoglobina
Protoporfirina IX

Legarea oxigenului la hemoglobina

(dupa Mark´s 2008)
 Tipuri de hemoglobina
• Hemoglobinele embrionare: Gower 1 (2ζ si 2ε), Portland (2ζ si 2γ),
Gower 2 (2α si 2ε).
• Hemoglobina fetala (Hb F), inlocuieste hemoglobinele embrionare
incepand cu luna 3 de gestatie. La nastere reprezinta 80% din
totalul hemoglobinei.
• La nastere sinteza sa scade rapid ajungand la 2% in primul an de
viata.
• Dupa nastere hemoglobina F este inlocuita rapid de hemoglobina A
(A1 si A2) adulta.
•
• La un adult normal, hemoglobina A1 reprezinta 98%, Hb A2 3%, Hb
F sub 1%.
 Relatia structura-functie pentru
hemoglobina
• Structura tetramerica a hemoglobinei
faciliteaza saturarea cu oxigen la nivelul
plamanilor si eliberarea oxigenului la
trecerea prin patul capilar.
• Saturatia cu oxigen a mioglobinei este
mult mai mica
Dependenta afinitatii hemoglobinei de pH este cunoscuta
sub numele de effect Bohr si este caracteristica
hemoglobinei.
Un pH alcalin, deci cu o concentratie mai mica de H+,
determina o afinitate mai mare a hemoglobinei fata de
oxigen, si invers, un pH scazut scade afinitatea
hemoglobinei fata de oxigen (Efectul Bohr).
 Relatia structura-functie pentru
Imunoglobuline
• Imunoglobulinele (anticorpii) sunt proteine cu rol
de aparare impotriva microorganismelor
(bacterii, virusuri, paraziti) care invadeaza
organismul.
• Functia principala a unei imunoglobuline este
aceea de a recunoaste si a se combina cu
antigenul (ligand) formand complexul Atg-Atc
• Imunoglobulinele au o structura similara
alcatuita din 2 lanturi mici de polipeptide identice
(L, light) si 2 lanturi polipeptidice mari (H sau
heavy). Tetrameri H2L2
• Aceste lanturi sunt legate intre ele prin punti S-S
Relatia structura-functie pentru
Imunoglobuline
• In organismul uman se cunosc 5 clase majore
de imunoglobuline: IgA, IgG, IgD,IgM, IgE
• Cele mai abundente sunt gama-globulinele ce
apartin clasei IgG
• Molecula are forma literei Y,
• Lanturile L si H se asociaza incepand cu
capetele lor N-terminale si formeaza bratele
literei Y,
• Cele 2 jumatati C-terminale ale lanturilor H
alcatuiesc coada moleculei
• Intre lanturi exista numeroase punti disulfurice
• Lanturile L contin 2 domenii: un domeniu variabil
(VL) si o regiune cu o secventa constanta de
aminoacizi (CL)
• Lanturile H contin 4 domenii: 1 domeniu variabil
(VH) si 3 regiuni constante (CH)
• Conformatia specifica domeniilor constante este
conformatia beta in planuri pliate
• Domeniile variabile sunt situsurile de legare ale
antigenului
• Domeniile constante ce formeaza partea Fc a
imunoglobulinei sunt responsabile de legarea
complexului atg-atc la macrofage.
 Colagenul
• Conformatia tip super helix este atribuita colagenului, o proteină
fibrilară cu o largă răspândire în majoritatea ţesuturilor animale:
oase, dinţi, cartilagii, tendoane, piele, cornee şi membrana bazală,
reprezentând cca 30% din totalul proteinelor din organism.

• Unitatea structurală a fibrelor de colagen este tropocolagenul,

proteină oligomeră (trimer) alcătuită din trei lanţuri polipeptidice care
conţin fiecare aproximativ 1000 resturi de aminoacizi.

• După natura şi poziţia aminoacizilor din tropocolagen există mai

multe tipuri de colagen diferite. Colagenul este sintetizat în celule
specializate: fibroblaste (ţesut conjunctiv), osteoblaste (oase),
odontoblaste (dinţi) etc.

• Structura colagenului prezintă următoarele particularităţi:

• ♦ proporţie mare de glicocol (cca 30%) fiecare al treilea aminoacid
din lanţ fiind glicocolul, astfel că secvenţa de aminoacizi este: -[Gly –
X -Y]n- ;
• ♦ prezenţa într-o concentraţie mare a prolinei;
• ♦ conţine aminoacizi atipici: hidroxiprolina şi hidroxilizina care
se generează în timpul sintezei colagenului;
• Datorită particularităţilor în structura primară a colagenului, acesta
poate forma structuri elicoidale cu altă geometrie, un „triplu helix”
(superhelix) care constă din trei lanţuri polipeptidice spiralate,
torsionate senestrogir (spre stânga) – tropocolagenul în jurul unui
ax comun
• Rolul colagenului este acela de a conferi rezistenta si de a pastra
integritatea structurala a tesuturilor in constitutia carora intra.
• Datorita organizarii sale este unicul constituent al organismelor
superioare care prezinta rezistenta la tractiune

Oxiprolina
Prolina
Glicocol