Η Μικροβιολογία σήμερα

Μικροοργανισμοί ως πρότυπα συστήματα βασικής έρευνας

Μικροοργανισμοί και βιοποικιλότητα (μικροβιακή γονιδιωματική)
Γιατί;
Τα βασικά που ξέρουμε το μάθαμε από έρευνα σε
μικροοργανισμούς και σε λίγα πρότυπα απλά συστήματα

Barbara McClintock genetic recombination, gene maps, transposable elements in maize

Randy Schekman, vesicular traffic in yeast

Jack W. Szostak, telomeres and the enzyme telomerase in yeast
Howard Horvitz & Sydney Brenner genetic regulation of
development and programmed cell death-yeasts and nematode
Paul Nurse, Tim Hunt & Leland Hartwell discoveries of key regulators of the cell cycle -yeasts and sea urchins
Αντιβιοτικά: Η μεγαλύτερη συμβολή της βιολογίας στην
ποιότητα της ανθρώπινης ζωής
Τεράστια ποικιλότητα μορφών & μεγεθών
 Ασυνήθιστοι οργανισμοί είναι συχνά στενοί «συγγενείς» γνωστών
οργανισμών. Άλλοτε η ομοιότητα είναι φαινομενική
Ένα παράδειγμα

Epulopiscium fishelsoni, το μεγαλύτερο G+ βακτήριο …δεν είναι πρωτόζωο!

>200-700 μm, 80 μΜ
διάμετρος
στο έντερο του surgeonfish

Αναπαράγεται με εσωτερικά θυγατρικά κύτταρα, συγγενές του Clostridium

Thiomargarita namibiensis, G-, 750 μΜ

Χρησιμοποιώντας φυλότυπους ως οδηγούς νέων προσπαθειών καλλιέργειας

 Η μοριακή οικολογία των ευκαρυωτικών μικροοργανισμών
αποκαλύπτει ένα κρυμμένο κόσμο:
Τα «πικοεύκαρυα»

Ευκαρυωτικά προκαρυωτικού μεγέθους, φωτοτροφικοί οργανισμοί του πλανκτόν , >1952

Ταξινομικός χαρακτήρας άγνωστος μέχρι το 1996. Πρώτες συστηματικές μοριακές μελέτες 1998
(ssu rRNA). Κυρίως Πρώτιστα (Πολλά νέα γένη, π.χ. Πελαγοφύκη, Βολιδοφύκη).
Το μικρότερο, Ostreococcus tauri, 0.8-1.1 μm x 0.6 μm, Πρασινοφύκος, περιέχει πυρήνα (9.5 Μb),
ένα μιτοχόνδριο & ένα χλωροπλάστη στενά συνδεδεμένα. Ετερότροφα φύκη με χυμοτόπιο σε μεγάλα
θαλάσσια βάθη (3000 μ). Mελέτες σε επιφανειακά ύδατα αλλά και μεγάλα βάθη στην ανταρκτική
αποκαλύπτει μια εξαιρετική βιοποικιλότητα ευκαρυωτικών, κυρίως πικοευκαρυωτικών
οργανισμών.
Πολλά συγγενή με γνωστά γένη –ομάδες (μύκητες, φύκη, διάτομα, ciliates, acantharea,
thraustochytrtids, diplonemids, dinoflagellates ) αλλά και νέες φυλογενετικές ομάδες. Μερικά μπορούν
να καλλιεργηθούν. Μικροσκοπικά κάποια έχουν ευκαρυωτικά χαρακτηριστικά άλλα μοιάζουν με
βακτήρια.
Η βιολογία τους άγνωστη. Η ποικιλότητα τους πρέπει να είναι υποεκτιμημένη εάν θεωρήσουμε
πιθανά παρασιτικά και ενδοσυμβιωτικά.
Πιθανότατα ανάλογη βιοποικιλότητα πικοευκαρυωτικών υπάρχει σε μέρη που δεν έχουν
ερευνηθεί εκτενώς (τροπικά δάση, έρημοι, γεωλογικά στρώματα, κλπ)
 Μικροσκοπία ηλεκτρονικής σάρωσης πικοευκαρυωτικών
οργανισμών της Μεσογείου

Βάθος 200 m

Τυπικό πρώτιστο
Euglena terricola

1 μm
Τυπικό προκαρυωτικό
Τεράστια ποικιλότητα γονιδιωμάτων

Μέγεθος και γονιδιώματα

αντανακλούν την εξελικτική
ιστορία
και διαδικασίες προσαρμογής-
μοριακά μαστορέματα από
«Τυφλό ωρολογοποιό»
 Η θέση των μικροοργανισμών

ΑΡΧΑΙΑ ΒΑΚΤΗΡΙΑ

ΚΟΙΝΟΣ
ΠΡΟΓΟΝΟΣ
LUCA

ΦΥΚΗ ΖΩΑ

ΠΡΩΤΟΖΩΑ ΦΥΤΑ

ΜΙ
Κ ΡΟ ΜΥΚΗΤΕΣ
ΟΡ
ΓΑ
ΝΙ
Σ Μ
ΟΙ

ΕΥΚΑΡΥΩΤΙΚΑ
 Ευκαρυωτικά
Φυλογενετική ανασκόπηση

Πρώιμα» Ευκάρυα-π.χ. Giardia, Microsporidia (Encephalitozoon), Trichomonads-

αμιτοχόνδρια, μερικά έχουν «υδρογονόσωμα». Δεν είχαν ποτέ μιτοχόνδρια; Τα
μικροσπορίδια δεν έχουν καθόλου οργανίδια και έχουν μικρό γονιδίωμα (2.9 Μβ).
Πρώιμο ευκάρυο; Ανάλυση SSU rRNA έδειξε ότι είναι συγγενή των μυκήτων και όχι
τόσο «πρώιμα». Υπάρχουν σύγχρονοι συγγενείς ευκάρυων που δεν «γνώρισαν»
ενδοσυμβίωση;

Πρωτόζωα- Amoeba, Paramecium, Trypanosoma, Leishmania, Plasmodium,

Toxoplasma. Μονοκύτταροι, χωρίς τοίχωμα, φαγοκυτταρικά και κινούμενα. Ετερογενή,
εμφανίζονται σε διαφορετικά κλαδιά στο δέντρο των ευκαρυωτικών. Συχνά
παρασιτικά.

Μυξομύκητες (slime molds)- Δεν είναι μύκητες. Ομοιότητες με

πρωτόζωα & μύκητες. Σπόρια, κίνηση, κυτταρικά (Physarum)
-ακυτταρικά (Dictyostelium). Ο απίθανος κύκλος ζωής του
Dictyostelium discoideum..

Φύκη-Chlamydomonas, Euglena, Διάτομα. Μεγάλη ετερογενής ομάδα. Φωτοσύνθεση

σε χλωροπλάστες. Μικροσκοπικά και μεγαλύτερα. Μονοκύτταρα ή αποικιακά ή
νηματοειδή. Πανέμορφα! Αρκετά συγγενή με φυτά (πράσινα και κόκκινα) άλλα
(Διάτομα) φαίνονται να είναι παλαιότεροι οργανισμοί.
 Η φυλογενετική προσέγγιση οδηγεί σε μια νέα θεώρηση της ζωής

3 «χώροι» ζωής που συγκλίνουν σε ένα κοινό πρόγονο - Αρχαία, Βακτήρια, Ευκάρυα.
Ζώα, φυτά, μύκητες ομοιογενείς φυλογενετικές ομάδες στην κορυφή του ευκαρυωτικού χώρου.
Καθώς αυτό στηρίζεται σε < 1% των ειδών
Εκπλήξεις δεν αποκλείονται για νέους χώρους Ζωής
Το φυλογενετικό δέντρο της ζωής Η έννοια του LUCA
Ενδοσυμβίωση και η εξέλιξη του ευκαρυωτικού κυττάρου
Ρόλος του μιτοχονδρίου;
Τύχη & Αναγκαιότητα (Chance & Necessity) - Jacques Monod

Το εγωιστικό γονίδιο (The selfish gene) - Richard Dawkins

The diversity of Life - Edward Wilson

The language of genes - Steve Jones

Wonderful life - Stephen Jay Gould

My life in Science – Sydney Brenner

Time, Love, Memory - Seymour Benzer

 Μύκητες
Οι μύκητες είναι μια από τις κορυφαίες ομάδες (βασίλεια;) ευκαρυωτικών μαζί με τα ζώα & τα
φυτά.

Μανιτάρια, τρούφες, μούχλες, ζύμες…>1.500.000 είδη, κυρίως μικροσκοπικά 72-100.000

γνωστά. Που είναι τα υπόλοιπα;
Απλοειδή ή διπλοειδή γονιδιώματα, εγγενής (φυλετικός), αγενής (αφυλετικός), παραφυλετικός
κύκλος ζωής. Διμορφισμός.
Υφές (μυκήλιο), σπόρια, εξειδικευμένα κύτταρα-ιστοί
Κυτταρικά τοιχώματα χιτίνης-παρόμοια αρχιτεκτονική με φυτικά τοιχώματα κυτταρίνης
Χαρακτηριστικά σπόρια (κονιδιοσπόρια, ζυγοσπόρια, σποραγγειοσπόρια, κλειστοθήκια,
περιθήκια, κλπ)
Ετερότροφοι, σαπροφυτικοί, παρασιτικοί, παθογόνοι, συμβιωτικοί, ενδοσυμβιωτικοί…
εξαιρετική λειτουργική ποικιλότητα μεταβολισμού.
Βιοτεχνολογική εκμετάλλευση: ζυμώσεις, αντιβιοτικά, βιταμίνες, μανιτάρια, καταστολείς
ανοσοποιητικού, τοξίνες, αρωματικά τροφών, ένζυμα….
Η κυτταρική διαφοροποίηση ως χαρακτηριστικό των
ευκαρυωτικών

Κυτταρική διαφοροποίηση στον Aspergillus nidulans

 Το ευκαρυωτικό κύτταρο
Το άλμα της διαμερισματοποίησης

Η εξέλιξη του ευκαρυωτικού κυττάρου αποτέλεσε την απαρχή της διαμερισματοποίησης

των βιοχημικών και γενετικών διαδικασιών.

Τα ευκαρυωτικά διακρίνονται από τα προκαρυωτικά (βακτήρια – αρχαία) από την παρουσία
διαφόρων «εσωτερικών» δομών ή οργανιδίων όπως ο πυρήνας, ο κυτταροσκελετός, και τα
οργανίδια που περικλείονται από λιπιδικές μεμβράνες

 Ευκαρυωτικά κύτταρα συνθέτουν όλους τους πολυκυτταρικούς οργανισμούς (μύκητες, φύκη,

πρωτόζωα, φυτά, ζώα), αλλά υπάρχουν και σαν αυτόνομοι μονοκύτταροι οργανισμοί (ζύμες)

Βακτήρια ή Αρχαία και Ευκάρυα εξελίχθηκαν από ένα κοινό προγονικό κύτταρο (προγενώτης).
Τα Αρχαία αν και έχουν κυτταρική οργάνωση προκαρυωτική φαίνεται ότι είναι πιο «συγγενικά»
στα ευκαρυωτικά κύτταρα καθώς μοιράζονται με αυτά πολλές ομοιότητες σε μοριακό επίπεδο

 «Τυπικό» ευκαρυωτικό (ή προκαρυωτικό) κύτταρο δεν υπάρχει. Τα κύτταρα περιέχουν

ορισμένα βασικά χαρακτηριστικά αλλά εξειδικεύονται ώστε να εξυπηρετούν συγκεκριμένες
βιολογικές διαδικασίες προσαρμοσμένες στο περιβάλλον τους, είτε αυτό είναι οικολογικό
(μικρόβια), είτε άλλα κύτταρα.
Ο παιδαγωγικός μύθος του τυπικού ευκαρυωτικού κυττάρου
 Κυτταρικά διαμερίσματα – οργανίδια
Οι εσωτερικές μεμβράνες χωρίζουν τον κυτταροπλασμικό χώρο σε διαμερίσματα –
οργανίδια. Μερικά οργανίδια περικλείονται από απλή ή διπλή διλιπιδική μεμβράνη
(πυρήνας, μιτοχόνδριο, χλωροπλάστης).

Ενδοπλασματικό Δίκτυο (Ε.Δ.)

Το κυριότερο δίκτυο μεμβρανών σχηματίζει το ενδοπλασμικό δίκτυο, ένα εκτενές
στρώμα μεμβρανών (30-60% κυτταρικών μεμβρανών) που εκτείνεται συνεχόμενο από
την εξωτερική πυρηνική μεμβράνη. Οπτικά διακρίνεται σε μαλακό και σκληρό (με
κόκκους που αντιστοιχούν σε ριβοσώματα)

Λειτουργία – Ρόλος του Ε.Δ.

Πρωτεϊνοσύνθεση
Μετα-μεταφραστικές τροποποιήσεις πρωτεϊνών
Σύνθεση φωσφωλιπιδίων
Ομοιόσταση ασβεστίου
Πρώτο βήμα για την στόχευση λιπιδίων και μεμβρανικών πρωτεϊνών
¨Έλεγχος διαμόρφωσης πρωτεϊνικών δομών-
Chaperones -Unfolded protein response-Endoplasmic Reticulum Associated
Degradation)-Αυτοφαγία
Αποφυγή διάχυσης πρωτεϊνών-λιπιδίων στο κυτταρόπλασμα
 Οι εκκριτικές και διαμεμβρανικές πρωτεΐνες μεταφέρονται μέσω κυστιδίων από
το Ε.Δ. στο Σύμπλεγμα Golgi, σε άλλα διαμερίσματα ή σε περίπτωση
ελαττωματικού διπλώματος η σε καταστάσεις στρες σε εξειδικευμένα σύμπλοκα
αποδόμησης (π.χ. πρωτεάσωμα, αυτοφαγόσωμα)

 
 ΣΥΜΠΛΕΓΜΑ GOLGI
Το Golgi αποτελείται από μία σειρά επιπέδων – μη συνεχόμενων – μεμβρανών
(cisternae) σε μορφή δίσκων

Λειτουργία του Golgi

• Διαχωρισμός και «πακετάρισμα» ομάδων πρωτεϊνών που πρόκειται να εκκριθούν ή είναι
συστατικά διαφόρων κυτταρικών μεμβρανών ή συστατικά ειδικών οργανιδίων. Η μεταφορά
πρωτεϊνών από το ΕΔ  cis-Golgi  trans-Golgi  Διάφορα μέρη του κυττάρου γίνεται
μέσω κυστιδίων – το αποτέλεσμα «εκβλάστησης» της μεμβράνης. Με άλλα λόγια στο Golgi
πραγματοποιείται το δεύτερο βήμα για την «στόχευση» πρωτεϊνών (και λιπιδίων)

•Μετατροπή πρωτεϊνών σε γλυκοπρωτεΐνες με την προσθήκη υδατανθράκων. Αυτή η

τροποποίηση είναι συχνά αναγκαία για την στόχευση τους στο σωστό προορισμό.
•Νέα δεδομένα; Ποιοτικός έλεγχος αναδίπλωσης πρωτεϊνών
 Μεμβράνες, μεμβράνες, μεμβράνες…
Το εκκριτικό μονοπάτι και ο έλεγχος της διαμεμβρανικής μεταφοράς

Μεταφορά πρωτεϊνών-λιπιδίων
Ρυθμιζόμενες & ελεγχόμενες διαδικασίες
Σημαντικός ρόλος των κυστιδίων και της διαδικασίας «πακεταρίσματος» σε αυτά-
συμπλεγματα COPI & II
Σημεία ελέγχου:
1.Έξοδος από το ER (ποιότητα διπλώματος)
2.Απόκτηση ταυτότητας διαλογής στο Golgi-στόχευση-Rab GTPases, σημασία των λιπιδίων
 Ενδοκύττωση

Εσωτερίκευση των συστατικών της

μεμβράνης σε απόκριση φυσιολογικών
μοριακών σημάτων, καταστάσεων στρες η της
ανάγκης αλλαγής των διαμεμβρανικών
πρωτεϊνών

Η ενδοκύτωση δεν είναι διαδικασίας

πρόσληψης μεταβολιτών και θρεπτικών-
δεν είναι ισοδύναμη με πινοκύτωση &
φαγοκύτωση

Απαραίτητη για τη λειτουργία όλων των

κυττάρων

Δημιουργία ενδοσωμάτων (πρώιμα-όψιμα-

ανακύκλωσης-αποδόμησης)

Ιδιαίτερη σημασία στην νευροδιαβίβαση και

στην εισαγωγή ιών
Ενδοκυτταρικά «ταξίδια»
«ταξίδια
 Κυτταρική στόχευση πρωτεϊνών
(Βιογένεση, τοπογένεση, τοπολογία)
  
Μιτοχόνδρια
 
Οργανίδια παραγωγής ενέργειας σε μορφή ΑΤΡ με τη διαδικασία αερόβιας αναπνοής. Άλλες
λειτουργίες; Αύξηση, σηματοδότηση, γήρανση, κυτταρική διαίρεση…

Η εσωτερική μεμβράνη σχηματίζει εγκολπώσεις - ελάσματα – που αυξάνουν την επιφάνεια στην
οποία πραγματοποιούνται οι βιοχημικές αντιδράσεις από διαμεμβρανικά ένζυμα (κυτοχρώματα)

 Τα μιτοχόνδρια μοιάζουν με πρωτεο- βακτήρια καθώς έχουν προέλθει από αυτά. Περιέχουν
γενετικό υλικό (DNA βακτηριακού τύπου, 37 γονίδια) και ριβοσώματα (επίσης βακτηριακού
τύπου 70S). Περιέχουν 0.5% γονιδίων ενός τυπικού βακτηρίου – κυρίως γονίδια μιτοχονδριακών
πρωτεϊνών [Θεωρία της ενδοσυμβίωσης]
 
 
 Χλωροπλάστες

Οργανίδια φωτοσύνθεσης (παραγωγή ενέργειας ΑTP,

NADPH από το φως). Η ενέργεια + CO2 

σάκχαρα και Η2Ο  Ο2.

Παρόμοια προέλευση με τα μιτοχόνδρια – έχουν προέλθει από

κυανοβακτήρια – και παρόμοια οργάνωση.

Εσωτερική μεμβράνη σχηματίζει εγκολπώσεις (στρώματα)

και έχουν βακτηριακού τύπου DNA ή ριβοσώματα. Τα
στρώματα ή θυλακοειδή περιέχουν την χλωροφύλλη και
καροτενοειδή για την δέσμευση ηλιακής ενέργειας
 Λυσοσώματα
Οργανίδια που περιέχουν ένζυμα υδρόλυσης και πέψης (πρωτεάσες, λιπάσες,
φωσφατάσες). Με την «απομόνωση» των ενζύμων αυτών στα λυσοσώματα
αποφεύγεται ο αυτοκανιβαλισμός του κυττάρου. Σημαντικό ρόλο στην αυτοφαγία.
 
  Χυμοτόπιο

Οργανίδιο «αποθήκευσης» και πέψης ουσιών. Βασικός ρόλος στην ρύθμιση του
κυτταρικού pH. Στα ζώα μικρό, σε μύκητες-φυτά μεγάλο. Η μεμβράνη του
ονομάζεται τονοπλάστης. Στους μύκητες δρα σαν τα λυσοσώματα, στα πρωτόζωα
σαν ρυθμιστής νερού, στα φυτά σαν αποθηκευτικός χώρος και στο μέγεθος.
 
   
  Υπεροξυσώματα
Εξειδικευμένα διαμερίσματα συγκεκριμένων πρωτεϊνών – ενζύμων (οξειδάσες
ουρικάση, δισμουτάση, καταλάση, παραγωγή H2O2).
Καταβολισμός λιπαρών οξέων, D-αμινοξέων, πολυαμινών, κτλ.
Η επανασταση της πράσινης φθορίζουσας πρωτεΐνης (gfp)
Η νέα in vivo κυτταρική βιολογία

ArtA ArtA
GFP ή GFP

GFP

PM ER

C C

P
M P
M V
V
Απεικόνιση πραγματικού χρόνου
κινήσεων πρωτεϊνών (video)

Ταυτόχρονη χρήση χρωστικών για

οργανίδια-ταυτοποιηση
Πυρήνα, χυμοτοπίου, ενδοσωμάτων,
μιτοχονδρίων, κτλ
Συνεντοπισμός με GFP/RFP
Cis-Golgi/ER

Νέα μικροσκόπια-νεες τεχνολογίες

Super resolution microscopy

 Co-localization/Z-stacks/deconvolution
FRET
FRAP
TIRF
PALM
2 Photon
STED
SplitYFP/BiFC
 Το ιδιαίτερο κυτταρικό τοίχωμα των μυκήτων

ΧΙΤΙΝΗ

ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ

 
ΓΛΥΚΟΠΡΩΤΕΪΝΕΣ

ΓΛΥΚΑΝΕΣ

 
 

Διαγραμματική απόδοση της δομής του κυτταρικού τοιχώματος του μύκητα

Neurospora crassa. (α) Αμορφες γλυκάνες, (β) γλυκοπρωτεΐνες, (γ) πρωτεϊνική
στιβάδα, (δ) πρωτεϊνική στιβάδα που περιέχει μικροϊνίδια χιτίνης
(από Burnett, 1976).
 Κυτταροσκελετός
 
Ένας δυναμικός και ευμετάβλητος σκελετός αποτελούμενος από ένα δίκτυο
πρωτεϊνικών:
 
•Μικροσωληνίσκων
•Ενδιάμεσων ινιδίων
•Ινιδίων ακτίνης ή μικροϊνιδίων
• «βοηθητικών πρωτεϊνών» που ενώνουν τις παραπάνω
πρωτεΐνες μεταξύ τους, με τη μεμβράνη &
άλλες «εσωτερικές» δομές του ευκαρυωτικού κυττάρου.

•Σχήμα κυττάρου
•Κυτταρική Διαίρεση – Μίτωση
•Κίνηση κυττάρου – κίνηση οργανιδίων
•Διακίνηση κυστιδίων, μεμβρανικών
πρωτεινών
•Εγκαθίδρυση και διατήρηση
πολικότητας Microtubules
(νηματοειδείς μύκητες, νευρώνες) (stained with
GFP-α-tubulin, Tub1)
Oλοι οι ρόλοι απαιτούν την «άσκηση δύναμης», η οποία επιτυγχάνεται με την βοήθεια
πρωτεϊνών όπως η μυοσίνη, δυνεΐνη, κλπ, γνωστές ως κινητήριες ή δυναμικές πρωτεΐνες.
 Διαμερισματοποίηση χωρίς μεμβράνες
Υπάρχουν ενδείξεις ότι ένζυμα ή σύμπλοκα ενζύμων ή πρωτεϊνών είναι
δεσμευμένα στον κυτταροσκελετό (και δεν βρίσκονται «ελεύθερα» στο
κυτταρόπλασμα όπως υποθέταμε). Αυτό δημιουργεί ένα είδος βιοχημικής
διαμερισματοποίησης χωρίς την ανάγκη εσωτερικών μεμβρανών με σκοπό την
αποφυγή «ανταγωνιστικών» διαδικασιών στο κύτταρο (π.χ. καταβολισμός/
αναβολισμός)
Τα στοιχεία αυτά επίσης υποθέτουν ότι δεν αρκεί ένα ένζυμο/πρωτεΐνη
να βρίσκεται στο κυτταρόπλασμα, αλλά πρέπει ίσως να βρίσκεται και στη
φυσιολογική θέση του/της
Νέα ευρήματα: διαχωρισμός φάσεων στο κυτταρόπλασμα
Biological Phase Seperation-Biomolecular condensates are a class of non-
membrane bound organelles and organelle subdomains. As with other
organelles, biomolecular condensates are specialized subunits of the cell.
How do cells regulate phase separation? How do cells generate compartments with different identities?
To what extent are phase transitions able to explain the complexity of cells, and how are phase
transitions coupled to active processes? How do cells use phase separation to adapt to different
environments, and how do different environments shape the evolution of phase-separating proteins?
Can the concept of phase separation help us understand and treat age-related diseases such as
neurodegeneration and cancer?
 Το περιβάλλον του πυρήνα και η οργάνωσή του
 
Το κυριότερο συστατικό του πυρήνα είναι το γενετικό υλικό (DNA, RNA). Εμφανίζεται σαν
κοκκιώδης περιοχή που ονομάζεται χρωματίνη. Κατά την διάρκεια της διαίρεσης του κυττάρου
η χρωματίνη συμπυκνώνεται σε διακριτά χρωμοσώματα. Μπορούμε επίσης να διακρίνουμε
περιοχές ευχρωματίνης ή ετεροχρωματίνης (διαφορετική αντίδραση σε χρωστικές νουκλεϊκών
οξέων). Οι περιοχές αυτές αντιστοιχούν σε DNA που εμπεριέχει «ενεργά» (μεταγραφή,
αντιγραφή, ανσυνδυασμός, μετάθεση, κλπ) γονίδια και μη-ενεργά γονίδια

 
Αλλα διακριτά στοιχεία
Πυρηνίσκος. Αντιστοιχεί σε γονίδια πολλών
χρωμοσωμάτων που «μαζεύονται» για την σύνθεση
και «επεξεργασία» του rRNA και την οργάνωση των
ριβοσωμάτων
Κοκκία, micropuffs
Πυρηνικοί πόροι
Πυρηνικό έλασμα – ένα δίκτυο ενδιαμέσων ινιδίων,
ενωμένα με πρωτεΐνες ενσωματωμένες στην
εσωτερική πυρηνική μεμβράνη. Ρόλος του, η δομική
οργάνωση του πυρήνα.
Πυρηνοσκελετός; (ινίδια ενζύμων ή άλλων
πρωτεϊνών).
 Πυρήνας
Οι περισσότερες «δομές» που παρατηρούνται στο πυρηνόπλασμα δεν είναι σταθερές , δεν
περιβάλλονται από μεμβράνες, και δεν έχουν κάποιο καθορισμένο ρόλο. Είναι το αποτέλεσμα ή η
συνέπεια της διαφορετική έκφρασης των γονιδίων και των αλλαγών της δομής του γενετικού
υλικού / πρωτεϊνών του πυρήνα. Μέγεθος 1-10 μm.
 
 Πυρηνικό έλασμα
Δίκτυο ενδιαμέσων ινιδίων, ενωμένα με πρωτεΐνες ενσωματωμένες
στην εσωτερική πυρηνική μεμβράνη. Ρόλος του, η δομική οργάνωση του
πυρήνα, η γονιδιακή ρύθμιση;
 Πυρηνικοί πόροι ελέγχουν την μεταφορά
Πρωτεϊνών, RNA, μεταβολιτών

 
 •Αλληλουχίες πυρηνικής στόχευσης (NLS) και πυρηνικής εκροής (NES) –
στοιχεία cis
& εξειδικευμένοι υποδοχείς- παράγοντες trans οδηγούν τα «ταξίδια» των πρωτεϊνών,
ριβοσωμάτων, mRNA, tRNA προς και από το πυρήνα στο κυτταρόπλασμα

 
Μεταγραφή-μετάφραση σε προκαρυωτικά & ευκαρυωτικά

Συνδεδεμένες ή διαχωρισμένες διαδικασίες …

 Το γενετικό υλικό των ευκαρυωτικών
Οργάνωση – Λειτουργία
Γενετικό Υλικό = DNA

Το DNA μπορεί να αντιστοιχεί σε γονίδια, διαγονιδιακές περιοχές, δομικό DNA (κεντρομερές,

τελομερή) και σε «άχρηστο»(;) DNA. Γονίδιο θεωρούμε την περιοχή του DNA που μεταγράφεται
σε mRNA, rRNA ή tRNA (το mRNA θα μεταφραστεί σε πρωτεΐνες), καθώς και την περιοχή 5΄ ή
3΄ που χρειάζεται για την γονιδιακή έκφραση

Η ποσότητα του DNA δεν αντιστοιχεί πάντα με τον αριθμό των γονιδίων. Οι ανώτεροι οργανισμοί
έχουν μέχρι και 95-96% «άχρηστο» DNA.

Η οργάνωση γονιδίων είναι αυτόνομη (απουσία οπερονίων) και μωσαϊκή (εξώνια – εσώνια). Τα
εξώνια «αφαιρούνται» από το αντίστοιχο mRNA με την διαδικασία του ματίσματος. Εναλλακτικό
μάτισμα του ίδιου mRNA οδηγεί σε διαφορετικές μορφές της ίδια πρωτεΐνης.

Στους μύκητες, τα εσώνια (ιντρόνια) είναι λίγα ανά γονίδιο και μικρά (60-300 βάσεις) στα
θηλαστικά μπορεί να φτάσουν και τις 100.000 βάσεις! Τα γονίδια των ευκαρυωτικών είναι
συνήθως (χωρίς τα εσώνια) 0,5-10 kb.

Η Μωσαϊκή οργάνωση των ευκαρυωτικών γονιδίων και το εναλλακτικό μάτισμα αποτελούν

σημαντικά στοιχεία στην συνεχή εξέλιξη των γονιδίων και κατά συνέπεια των οργανισμών.
 Μωσαϊκή οργάνωση, μάτισμα, υποκινητές, οπερόνια

A B C

Πλεονεκτήματα- μειονεκτήματα
οργάνωσης σε οπερόνια
Γιατί «χαθήκαν» στα ευκαρυωτικό;
ευκαρυωτικό

Τι μηχανιστικό ή εξελικτικό πλεονέκτημα

Προσφέρει η μωσαϊκή οργάνωση εξωνίων-ιντρονίων;
 Ευκαρυωτικά γονίδια
•Τα ευκαρυωτικά γονίδια (DNA) αντιγράφονται (κυτταρική διαίρεση),
μεταγράφονται (γονιδιακή έκφραση), μετατίθενται (γενετική μετάθεση),
ανασυνδυάζονται, μεταλλάσσονται & επιδιορθώνονται

•Για όλες τις παραπάνω διαδικασίες υπεύθυνα είναι ένζυμα (DNA ή RNA
πολυμεράσες, λιγάσες, ανασυνδυάσες, τρανσποζάση, γυράση, ελικάση, πρωτεΐνες rec)

•Για να έχουν πρόσβαση τα ένζυμα, το DNA πρέπει να «απογυμνωθεί» ή να χαλαρώσει

την σχέση του από ειδικές πρωτεΐνες που λέγονται ιστόνες. Οι ιστόνες έχουν
σημαντικότατο ρόλο στην δομική οργάνωση του DNA σε νουκλεοσώματα τα οποία
καθορίζουν εάν ένα γονίδιο είναι προσβάσιμο ή όχι στα διάφορα ένζυμα. Η θέση-
μετατόπιση-τροποποίηση νουκλεοσωμάτων είναι καθοριστική στον έλεγχο γονιδιακής
έκφρασης. (Τα προκαρυωτικά δεν έχουν ιστόνες αν και πρωτεΐνες που δεσμεύονται στο
DNA έχουν πρόσφατα βρεθεί)
Νουκλεοσώματα
 The human genome
Only 90% of the human genome has been sequenced and
the remaining 10% falls into 357 gaps scattered throughout the genome.

Τhe largest gaps cover highly repetitive parts of the genome—mostly around the
centromeres and other heterochromatic regions. There were also gaps at the locations
of several gene clusters (e.g. ribosomal RNA genes) where it's impossible to
determine the exact number of copies. In the case of ribosomal RNA gene clusters,
these gaps have now been closed.
Η έννοιες του junk DNA και εγωιστικού DNA και το πρόγραμμα ENCODE

Junk (άχρηστο ‘η αχρείαστο;)

1.5% γονίδια Ανθρώπινου γονιδιώματος
>50% γονιδιώματος : ‘ερείπια ή απολιθώματα’ ιών & τρανσποζόνιων
>10% Ιντρόνια
Ένα ψάρι (Fugu) χωρίς ιδιαιτερο junk , 7.5< ανθρώπου
Σαλαμάνδρες >10 DNA σε σχέση με τον άνθρωπο
689 ανθρωπινά γονίδια λείπουν στον Χιμπαντζή (86 γονίδια ‘δικά’ του)-4%

Εncode
90% πολυμορφισμών σχετιζόμενων με ασθένειες εκτός γονίδιων
70% γονιδιώματος βιοχημικά ενεργό. Τι σημαίνει αυτό?
Η ανακάλυψη των non coding RNAs (long & short)

Most of what you read was wrong: how press releases rewrote scientific history
[http://arstechnica.com/staff/2012/09/most-of-what-you-read-was-wrong-how-press-releases-rewrote-scientific-history/]