PENDAHULAN

BIOKATALIS
 Biokatalisis
• Enzim
• Non Enzim (Antibody Enzyme, Abzyme)
• The concept that antibodies may catalyze
chemical reactions was first proposed by
Linus Pauling in the 40's. He suggested that an
enzyme lowers the energy barriers of a reaction
by stabilizing preferentially the transition state of
the substrate during the reaction rather than the
substrate in its ground state.

KSB I : Pendahuluan 2
 ABZIM
• Abzyme (catalytic antibody). Abzymes are antibodies
with variable regions possessing enzymatic activity.
• Naturally occurring abzymes have been observed in
normal individuals (Eg., anti-vasoactive intestinal peptide
autoantibodies) and individuals with autoimmune
problems (Eg. DNAse abzymes in systemic lupus
erythematosus).
• Also, a number of "artificial enzymes" or "designer
abzymes" are being developed with any desired enzyme
activity and specificity. There are two approaches used
to develop the artificial abzyme: (a) produce antibodies
against a stabilized transitional state or (b) use molecular
biology and sitedirected mutagenesis.
KSB I : Pendahuluan 3
Schematic representation of an Antibody

KSB I : Pendahuluan 4
The anti-idiotypic approach: from enzymes to abzymes
KSB I : Pendahuluan 5
 Industrial and medical applications

 The first abzyme to be commercialized is an

aldolase developed in the Lerner's group and
sold by Aldrich Chemical Group.
 Different laboratories have also proposed to use
catalytic antibodies for medical applications.
One application could concern the use of
hydrolytic properties of abzymes to activate
prodrugs. By targeting this activity in the vicinity
to tumor cells, prodrugs could be transformed
into cytotoxic compounds directly on tumor cells.
KSB I : Pendahuluan 6
 ENZIM
Enzim adalah katalis biologis berfungsi sebagai
pemercepat dan pengarah reaksi biokimia (metabolisme)
dalam sistem hidup.
Enzim bersifat spesifik baik terhadap substrat yang
dikatalisis maupun produk reaksinya.
Semua enzim berupa protein, yang kadang dilengkapi
dengan komponen non-protein yang disebut kofaktor.
Kofaktor berupa molekul organik (koenzim) atau ion
logam
Apoenzim adalah protein inaktif karena kehilangan
kofaktor.
Holoenzim adalah enzim yang tersusun dari apoenzim
dan kofaktor, Gambar 1.
Gugus Prostetik adalah kofaktor yang terikat dalam
enzim, susah dipisahkan tanpa merusak aktivitasnya.
 Molekul Organik
(Koenzim)
Protein inaktif + Kofaktor
(Apoenzim)
Ion Logam
Enzim Holoenzim

Protein Aktif

Gambar 1. Komposisi enzim

Sampai akhir abad 19 dinyatakan bahwa proses fermentasi
hanya terjadi karena kerja sel organisme hidup dan disebut
sebagai fermen.
Enzim berasal dari kata Enzume () yang berarti in
yeast diusulkan pertama kali oleh Kuhne (1878).
Usulan nama enzim diperkuat dengan penemuan Buhner
(1987) menunjukkan bahwa ekstrak ragi dapat digunakan
untuk memfermentasi karbohidrat.
Penemuan awal enzim :
 1833 ditemukan senyawa aktif pemutus gula disebut
sebagai diastase (amilase)
 Tidak lama kemudian ditemukan senyawa pencerna
protein dari cairan perut, disebut pepsin.
 1933, Samuel menemukan kristal urease dari ekstrak
nangka.
 Beberapa tahun kemudian banyak diisolasi kristal enzim
dilanjutkan dengan penentuan strukturnya.
 B. TATANAMA ENZIM
B.1. PENAMAAN TRIVIAL
Nama enzim diakhiri dengan “ASE” kecuali
beberapa enzim protelitik yang diakhiri dengan
“IN”, seperti papain, bromelin, pepsin.
Nama menerangkan SUBSTRAT yang dikatalisis.
Contoh Laktase dari laktosa, Fumasare dari
fumarat
Laktose
• C12H22O11 + H2O C6H12O6 + C6H12O6
Laktosa Glukosa Galaktosa
Fumarase
• HO2CH=CHCO2H + H2O HO2CHOHCH2CO2H
Fumarat Malat
 Nama yang mirip tidak selalu menunjukkan tipe
reaksi yang sama
 Laktosa → Laktase → hidrolisa
 Fumarat → Fumarase → hidratasi/adisi

Menerangkan SIFAT REAKSI, tanpa substrat

spesifik, contoh Transkarboksilase
mengkatalisis perpindahan karboksil dari satu
substrat ke lainnya.
TIDAK MENUNJUKKAN substrat maupun sifat
reaksi, contoh Katalase → dekomposisi H2O2
Sering mempunyai beberapa nama untuk enzim
tertentu
B.2. PENAMAAN SISTEMATIS
Penamaan berdasarkan Sistem Klasifikasi
menurut Enzyme Commission (EC) dari
International Union of Biochemistry (IUB)
Setiap enzim dilengkapi dengan EC number
sebanyak 4 dijit yang dipisahkan dengan titik
 Dijit ke-1 menunjukkan KELAS enzim
 Dijit ke-2 dan ke-3 merupakan SUBKELAS yang
menerangkan lebih rinci dari kelas enzim.
Bergantung kelas enzimnya.
 Dijit ke-4 menerangkan lebih spesifik dan
biasanya berupa nomor list yang diberikan oleh
Enzyme Commission.
Tidak ada aturan umum dari dijit 2-4 karena
pembagiannya atau artinya bergantung pada
kelas utamanya.
Enzim yang mengkatalisis dengan reaksi sangat
mirip akan mempunyai ketiga dijit (1-3) yang
sama, contoh reaksi hidrolisis berbagai ester.
ISOENZIM adalah enzim yang berbeda
mengkatalisis reaksi yang identik, diberi 4 nomor
klasifikasi yang sama. Contoh ada 5
Laktatdehidrogenase (LDH) dalam tubuh kita
dengan kompoisi kimia berbeda tetapi
mengkatalisis secara identik, maka diberi nomor
EC yang sama.
Penamaan untuk reaksi kesetimbangan,
diberikan ke reaksi yang penting secara
biokimia. Contoh reaksi redoks yang melibatkan
NADH dan NAD+, maka arahnya adalah dimana
NAD+ bertindak sebagai akseptor proton.
Enzim yang mempunyai aktivitas terhadap 2
reaksi, nama diberikan ke reaksi yang penting
secara biokimia, nama kedua ditunjukkan di
dalam kurung. Contoh : fungsi redoks dan
dekarboksilasi, maka Oksidoreduktase
(dekarboksilasi)
Penamaan sistematik sering terlalu panjang,
maka dalam komunikasi sering digunakan Nama
Trivial (EC number)
KELAS UTAMA
Dijit Kelas Tipe reaksi
Pertama Enzim yang dikatalisis
1 Oksidoreduktase Reaksi redoks (transfer elektron
atau proton)
2 Transferase Transfer atom atau gugus dari
satu substrat ke lainnya (di luar
reaksi kelas lainnya)
3 Hidrolase Reaksi hidrolisis
4 Liase Pemutusan Ikatan
Penambahan gugus fungsi pada
ikatan rangkap (adisi) atau
pembentukan ikatan rangkap
dengan pelepasan gugus fungsi
5 Isomerase Reaksi isomerisasi
6 Ligase Pembentukan ikatan C-C, C-S,
C-O, dan C-N diikuti dengan
pemtusan isofosfat dari ATP
1. OKSIDOREUKTASE
Contoh L-laktat : NAD+ oksidoreduktase (E.C.1.1.1.27),
nama trivial : laktat dehidrogenase,

2. TRANSFERASE
Reaksi umum : AX + B BX + A
Contoh Metilmalonil-CoA : piruvat karboksil
transferase (E.C.2.1.3.1), nama trivial metilmalonil-CoA
karboksiltransferase
3. HIDROLASE
Reaksi umum : A-X + H2O X-OH + HA
Contoh Ortofosforat monoester fosfohidrolase
(E.C.3.1.3.1), nama trivial alkalin fosfatase.

4. LIASE
Contoh L-Histidin karboksi-liase (E.C.4.1.1.22), nama
trivial Histidin dekarboksilase.
5. ISOMERASE
Contoh Alanin rasemase (E.C.5.1.1.1)
L-Alanin D-Alanin

6. LIGASE
Reaksi umum : X + Y + ATP X-Y + ADP + Pi
atau X + Y + ATP X-Y + AMP +
PPi
Contoh L-Glutamat : amonia ligase (E.C.6.3.1.2), nama
trivial glutamin sintase.