GENOM DUPLİKASYONLARI

Prof.Dr. Nermin Gözükırmızı

İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü
Annual Review of Genetics
2004) Vol. 38: 615-643
DUPLICATION AND DIVERGENCE: The Evolution of New Genes and Old
Ideas
John S. Taylor1 and ­Jeroen Raes2­

Over 35 years ago, Susumu Ohno stated that gene duplication was the
single most important factor in evolution (97). He reiterated this point a few
years later in proposing that without duplicated genes the creation of
metazoans, vertebrates, and mammals from unicellular organisms would
have been impossible. Such big leaps in evolution, he argued, required the
creation of new gene loci with previously nonexistent functions (98). Bold
statements such as these, combined with his proposal that at least one whole-
genome duplication event facilitated the evolution of vertebrates, have made
Ohno an icon in the literature on genome evolution. However, discussion on the
occurrence and consequences of gene and genome duplication events has a
much longer, and often neglected, history. Here we review literature dealing
with the occurence and consequences of gene duplication, begining in 1911.
We document conceptual and technological advances in gene duplication
research from this early research in comparative cytology up to recent
research on whole genomes, "transcriptomes," and "interactomes."
 Susumu Ohno and the 2R hypothesis

“It is our contention that the ancestors of reptiles,

birds, and mammals have experienced at least one
tetraploid evolution either at the stage of fish or at
the stage of amphibians” (1970)

“A mammalian ancestor might have gone through

at least one round of tetraploid evolution at the
stage of fish” (1973)
 Duplikasyonlar tüm genomik düzeyde oluşabilir.
Kısa
parçalar
Oluşma sıklığı

Domain
(ekson)

Gen
Gen demeti
Segment
Kromozom Genom
Duplikasyonla eski gende yeni kopya etkisi ile yeni bir işlev
oluşur.
 .Genom duplikasyonları genom evolüsyonu için önem taşır

DNA dizisi

Tek nukleotid değişimi, Kısa insersiyon delesyonlar,

inversiyonlar, rekombinasyonlar, domain duplikasyonları, gen
duplikasyonları, gen demeti duplikasyonları, segment
duplikasyonları, kromozom duplikasyonları, genom
duplikasyonları,

)Seleksiyon Mutasyon

Random drift veya nötral mutasyonlar

DNA dizi değişimi

 Fragil X
CpG Transkripsiyon
adası Translasyon
(CGG) n
5’ 3’

 40 repeats normal Erkek Dişi

41-60 repeats orta 1/25 1/16

61-200 repeats premutasyon 1/1000 1/350

> 200 repeats, methylated mutasyon 1/4000 1/8000

1
2 3
İnsan Genomu
http://www.sanger.ac.uk/HGP/ & R.Harding & HMG (2004) p 245

6 X
4 7 11 16 19 20 mitochondria
5 8 9 10 12 13 14 15 17 18 22
21 Y

.016
72 66 45 48
104 51
88 86 3.2*109 bp
148 118 107 100 163
143 142
221 176 163 148 140
279 197 198 Myoglobin
251  globin *5.000

(chromosome 11)
globin
6*104 bp

Exon 1 Exon 2 Exon 3 *20

3*103 bp
5’ flanking 3’ flanking
*103
DNA: ATTGCCATGTCGATAATTGGACTATTTGGA 30 bp

Protein: aa aa aa aa aa aa aa aa aa aa
 İnsan Genomu
http://www.sanger.ac.uk/HGP/

Gen aileleri
Demetler
-globin (7), büyüme hormonu (5), Class I HLA ağır zincir (20),….
Dağınık yapılılar
Pyruvate dehydrogenase (2), Aldolase (5), PAX (>12),..
Demetler ve dağınık yapılılar
HOX (38 – 4), Histonlar (61 – 2), Olfactory receptörler (>900 – 25),…

Transposonlar

Strachan and Read (2004) Chapter 9 + Lander et al.(2001)

 İnsan genomundaki segmental duplikasyonlar

Bailey et al. Science. 2002 297: 1003-7. Am J Hum Genet. 2003 73: 823-34
Gen Duplikasyonu (örn.
Hemoglobin genleri)
Primatlarda Hemoglobin genleri:
S.cerevisiae’de 55 duplikasyonlu bölge

~ % 50 genom
duplikasyonlu

Wolfe K.H. and Shields D.C. Nature (1997) 387 708-713

 Duplike bölgeler genelde yeniden duplike olmazlar.

Duplikasyon

Duplikasyonun
.duplikasyonu yok

Maya’da 55 duplikasyonlu bölgede triplike olmuş bölgeler yok.

Arabidopsis genom duplikasyonları (Genomun %60ı
.duplikasyonla oluşmuştur

.Arabidopsis Genome Initiative. Nature 408, 796–815 (2000)

 Gen Duplikasyonlarının Kaderi:

• Negatif etkilere karşı işlevi koruma

• Pseudogen (yalancı gen) oluşturarak gen
sessizleşmesi
• Yeni işlevler ve evolüsyon
• İş bölümü ( farklı dokularda ve farklı
zamanlarda gen anlatımı için farklı kontrol
elemanları gerekir, normal işlev için tüm
duplikasyonlar gereklidir)
• Kayıp (delesyon)
Duplikasyonlar nasıl oluşur?

• Homolog olmayan krossing-over

• Homolog olmayan kardeş kromatid

değişimi

• Replikasyon kaymaları
 Gen Amplifikasyonu:
• Kromozomun belli bir bölgesinin kopya
sayısının artışı, kanserle yakın ilişkili,
kopya sayısı artan bölge kromozoma bağlı
kalabildiği gibi ayrılıp “DOUBLE
MINUTES” oluşturabilir.
Anöploid
-Bir veya birden fazla kromozomun sayısının değişmesi
- 2n-1 (monosomik), 2n+1 (trisomik), 2n-2 (nullisomik), 2n+2 (disomik)

Trisomi
Datura(2n+1)
47,XX, 21 + Down sendromu
Poliploidi: Bir genomun artışı (Avtopoliploid) veya iki
veya daha fazla genomun kombinasyonu
(Allopoliploid).
Haploid sayı (n=x) – Gametlerdeki kromozom
sayısı, Diploid sayı (2n)
- Monoploid (x)
Kromozom sayısı temel set
-Öploid
Kromozom sayısının tam katlar halinde artışı
-Anöploid
Bir veya birkaçkromozomun sayı değişimi
-Poliploid
Triploid (3x), tetraploid (4x), pentaploid
(5x)
 Poliploidi

n= A B C:

2n= AA BB CC:
 Poliploidi

n= A B C:

3n = AAA BBB CCC

Poliploidi kavramı; (Winkler, 1916).
• Haploid org.monoploid (=n) (sayı 6 ise)
• diploid, 2n = 12
• tetraploid, 2n = 24
• heksaploid, 2n = 36
• oktoploid, 2n = 48
• dekaploid, 2n = 60

Tüm bitki türlerinin % 30-70 kadarı

poliploiddir.
Kolşisin (Blakesslee ve Avery, 1937).
Monoploid (x) eldesi:

ANTER VEYA MİKROSPOR KÜLTÜRÜ

 Poliploidlerin sınıflandırılması:

• Avtopoliploid: (polisomik poliploid): AAAA veya AAA'A'

– Gerçek avtopoliploid:AAAA
– Irklararası avtopoliploid: AAA'A'
• Allopoliploid (Amfidiploid): (disomik poliploid): AABB
• Avtoallopoliploid: AABBBB
• Segmental allopoliploid: A1A1A2A2
A ve B: homolog olmayan genomlar; A ve A':
homolog genomlar, fakat of aynı türün farklı ırkları;
A1 ve A2 homoeolog (kısmi homolog) genomlar
• Neopoliploid: Yeni oluşmuş poliploid
• Paleopoliploid: Diploidize türler evolüsyoner açıdan en
az bir poliploidleşme geçirmiş.
 Monoploidden diploid oluşumu:

Kolşisin – (1937, Blakessle ve Avery) Bir alkaloid,

Crocus’tan elde edilir, iğ oluşumunu engeller,( Oryzalin,
trifluarin, amiprophos-methyl, N2O’de bu amaçla kullanılabilir).
Avtopoliploid
- Kendiliğinden oluşabilir veya
- Kolşisin ile oluşturulabilir.

Hücre, meyve , çiçek vb büyük

 Allopoliploid
- Farklı türlere ait kromozomların biraraya gelişi

Amfidiploid
“doubled diploid”
Genom düzeyinde
gen aktarımı
(genus Brassica)
Ekmeklik
buğday
Allopoliploidler kromozom ikileşmesi (katlanması), 2n
gametlerin birleşmesi veya poliploidlerin direkt
hibridizasyonu ile oluşabilirler.
-Somatik poliploidler protoplast füsyonu ile oluşurlar.
Somatic
allopoliploid
 Poliploidi ziraatte önemlidir.

Hybrid vigor (heterosis): Hibridler her iki ebeveynden daha

iyi özelliklere sahiptir. Poliploidlerde heterozigotluk yüksek
düzeydedir.
Poliploidlerin genel özellikleri:

• Büyük yapıdadırlar.
• Melezleme sınırları aşılabilmiştir.
• Tohumsuz bitkiler geliştirilebilir.
• Türler arası melezlerle fertilite sorunu aşılabilir.
• Hastalık direnci artmıştır.
• Stres toleransı artabilir.
Bazen; Büyüme azalabilir, stres toleransı
etkilenebilir ve verim azalabilir.
 Poliploidlerin biyoteknolojideki önemi:

• Yeni türler geliştirme (Raphanobrassica,

Triticale vb.)

• Steril bitkiler geliştirme:

– Belli alanlarda dağılım riskini azaltır.
– GDO’larda gen akımını önler.

• Sekonder metabolit üretimi için de

önemlidirler.
 Poliploid bitkilerin kendi diploid atasal türlere
göre farklılıkları:
• Büyük hücreler, yüzey/hacim oranında azalma
• Kalın, kısa ve geniş yapraklar; büyük tohumlar
• Metabolizma ve büyüme gerilemesi
• Hücre bölünme sayılarında azalma
• Avtopoliploidlerde tohum fertilitesinde azalma
• Düşük CO2 değişim oranı ve düşük transpirasyon oranı
• Fotosentez, solunum ve elektron transport zincirinde
enzim aktivitelerinde azalma
• Herbisid, patogen, böcek ve abiotik stres koşullarına
daha fazla dayanıklılık
• Radyasyon ve mutageneze direnç
 Poliploidlerde kromozom eşleşmesi ve sterilite:
• Allopoliploidler: Genelde bivalent oluşumu – Disomik
kalıtım – Mayozda diploidler gibi davranırlar.

• Avtopoliploidler: Multivalent oluşumu – Polisomik kalıtım –

indirgenmeler – hatalar – sterilite azalması.

• Segmental allopoliploidler ve avtoallopoliploidler: Karışık

disomik-polisomik kalıtım.

• Tek sayılı-ploidler genelde steril ve tohum

oluşturmazlar.

• Triploid muz steril ve tohumsuz fakat triploid elma

bazen tohum oluşturabilir.
 Polifiletik köken;
Poliploidlerin çok kökenli
oluşumu

• Birçok poliploid tür multipl kökenlidir, yani polifiletiktir.

• Yeni türler üç Tragopogon sp. (T. dubius, T. porrifolis,
T. pratensis Kuzey America erken 1900ler; iki (T. mirus,
T. miscellus) 1949 (Allotetraploidler).
• En az 12 ve 21 kez oluştukları düşünülüyor.
 Homolog/Ortolog/Paralog
• HOMOLOG: Filogenetik olarak ilişkili
diziler.

• ORTOLOG: Farklı türlerdeki ortak atadan

türevlenmiş homolog diziler.

• PARALOG:Bir türün içerisinde gen

duplikasyonları ile oluşmuş homolog diziler.
 Ortholog ve Paralog

t
0 1 2 3
Alpha Kurbağa
zinciri alpha
Ortholog
İlkel globin İnsan
geni alpha

İnsan Paralog
Beta

Beta Kurbağa
zinciri beta
İlk İkinci
duplikasyon duplikasyon
(türleşme)

PARANOM: Bir genomdaki duplikasyonlu genlerin

tümüne verilen tanımdır.
 Endopoliplidi:Bir organizmadaki farklı ploidi
düzeyleri (Bazı bitki ve hayvanlarda gelişim
değişimlerine yanıttır).
• Endoreduplikasyon veya endomitoz ile oluşur.
• Bazı familyalarda daha sık rastlanır.
• Organ(kotiledon vb. veya doku özgüllüğü (trikom vb.)
gösterebilir.
• Dış ortam koşulları ve bitki hormonları endoploidiye yol açabilir.
• DNA miktarı ile nukleus ve hücrenin hacmi arasında bir ilişki
bulunur.
• Bitki gelişimi ile ilişkilidir
• 4C-54C’den 24.576C’ye kadar bir yükselme görülebilir (1C
haploid DNA içeriğidir.).
                                                    
Endopoliplidinin
sık rastlandığı
familyalar(bold)
Arpa doku kültürü kalluslarında endoploidi

2n=14, 4n ve yüksek ploidi

 Flow sitofotometri
(sitometri)
• Ploidi/ anöploidi
yerine
• DNA ploidi/DNA
anöploidi
Dev kromozomlar(bir çeşit duplikasyon)
Politen Lamba fırçası
Polipoidi genetik materyeli etkiler:
• Dizi eliminasyonu
• Kromozomlar arası değişimler
• Sitozin metilasyonu
• Gen baskılanması
• Yeni gen aktivasyonları
• Genetik dominantlık
• Alt fonksiyonların oluşması
• Transpozon aktivasyonu
• Transkripsiyon divergensi; transkripsiyon
düzenlenmesi, kromatin modifikasyonu, RNA
aracılığı ile düzenlenmeler vb. olaylarla
• Evolüsyonu etkiler.
Sentetik insan yapımı
poliploidler yeni
araştırma alanları
sağladı.
• Poliploidi bitkiler aleminde (özellikle çiçekli bitkilerde)
çok yaygındır.
• Allopoliploidler klasik tür kavramına yeni katkılar
sağlar.
• Poliploidi bitki genom evolüsyonundaki en önemli
olaylardan biridir.
• Poliploidiyi anlama evolüsyon, ekoloji ve sitogenetiği
anlamada büyük katkılar sağlar.
• Birçok ekonomik önemi olan bitki poliploiddir.
Poliploidler üstün özellikler sağladığı gibi bazen
sınırlayıcı özellikler de taşır.
• Avtopoliploidler ve sentetik türler arası melezleme ile
allopoliploidler oluşturma biyoteknolojik uygulamalar
için de büyük önem taşır.
• Poliploidlerde gen anlatımında genetik ve epigenetik
mekanizmalar ile bir düzenlenme sağlanır.
 Epigenetik

Epigenetik –
DNA dizi değişimlerinin(mutasyon) dışındaki
faktörlerle oluşan, gen anlatımındaki tüm
değişikliklere verilen genel bir tanımlamadır
Epigenetik değişiklikler kalıtsaldır fakat
potasiyel olarak geri dönüşebilir.
Epigenetik:
•DNA modifikasyonları (sitozin metillenmeleri
vb.)
•Histon kromatin modifikasyonları
•Kromatin yapısına bağlanan çoklu protein
kompleksleri
•Genomik “imprinting”
•Paramutasyon
•RNA interferens ve mikro RNA’lar
•RNA aracılığı ile DNA metilasyonu
•Transgen sessizleşmesi
•Viruslerle gen sessizleşmesi
Ökaryotlarda gen anlatım düzenlenmesi poliploidlerde daha da
karmaşıklaşır, bu nedenle poliploid bitkilerle biyoteknolojik araştırmalar
yapan grupların çok daha detaylı incelemeler yapması gerekir;

(Önemli bir post- genomik araştırma alanıdır).

-mRNA transkripsiyon

-kromatin yeniden modellenmesi (epigenetik)

-aktivatörler, repressörler, transkripsiyon faktörleri,

vb..

-mRNA işlenmesi

-mRNA transport

-mRNA yıkım

-RNA interferans (sessizleşme)

-translasyonal kontrol proteins sentezi

-posttranslasyonal kontrol: protein yıkımı, vb.

 Hayvansal sistemde poliploidi evolüsyon
sırasında az rastlanır
• Bazı böcekler, balık, amfibi ve reptillerde
rastlanır.
• Poliploidi hayvansal sistemde eşem tayininde
güçlükler, gelişme engellenmesi gibi sonuçlar
doğurur.
• Hayvansal sistemde malign bölünme ve kanser
oluşumu ile poliploidinin ilişkisi vardır.
From: http://www.macdevcenter.com/pub/a/mac/2004/06/29/bioinformatics.html
Nature 437, 48-49 (1 September 2005)
 Human Genome Segmental Duplication Database
http://projects.tcag.ca/humandup
/
The website you are viewing, "Yeast Gene Duplications" (YGD) was developed in
1997 to support our first analysis of genome duplication in S. cerevisiae (K.H. Wolfe &
D.C. Shields, Nature 387:708, 1997). The information it presents has not been updated
since 1999.