Strana 604 VOJNOSANITETSKI PREGLED Volumen 63, Broj 6

AKTUELNA TEMA UDC: 575.113(091)

Genomika
Genomics

Goran Brajušković

Vojnomedicinska akademija, Centar za patologiju i sudsku medicinu, Institut za patologiju,

Beograd

Ključne reči: Key words:

genomika; genom; DNK; genska šifra; nobelova nagrada. genomics; genome; DNA; genetic code; nobel prize.

Uvod autori genomiku dele na genomiku u užem smislu (sekvento-

Projekat dešifrovanja humanog genoma, odnosno utvr-
đivanja redosleda nukleotida u humanoj DNK, verovatno je
jedan od najvećih naučnih projekata u istoriji civilizacije.
Rad na ovom projektu doveo je do osnivanja nove naučne
grane − genomike.
Cilj ovog rada je da predstavi genomiku kao novu nau-
čnu granu i istakne njenu dinamičnost i značaj.
Genomika – pojam i definicija
vanje DNK molekula tj. dešifrovanje genoma), funkcionalnu
genomiku (analiza gena) i strukturnu genomiku (analiza pro-
teina). Analiza proteina polako prerasta u posebnu naučnu dis-
ciplinu koja se analogno genomici naziva proteomika 1−3. Na
osnovu rezultata genomike razvija se još jedna posebna nauč-
na disciplina koja se naziva komparativna genomika koja za
temu istraživanja ima upoređivanje očitanih genoma različitih
individua i vrsta. Otkrićem generalnih principa koji se odnose
na grupu genoma, komparativna genomika ima ulogu u utvr-
đivanju porekla različitosti živog sveta 1, 2.

Genomika je naučna oblast koja je nastala kao rezultat Sekventovanje DNK molekula
dostignuća molekularne biologije i razvoja tehnika kojima je
moguće odrediti redosled nukleotida u molekulima nuklein- Genomika se razvila na osnovu inicijalne težnje nauč-
skih kiselina. Naziv genomika nastao je dodavanjem sufiksa – nika da dešifruju humani genom, odnosno izvrši sekventova-
omika na reč gen. Sufiks – omika je grčkog porekla i znači nje humane DNK kao nosioca genetskih informacija. Sek-
sve, svako, potpuno, kompletno. Predmet istraživanja genomi- ventovanje DNK
ke su pre svega genomi odnosno dezoksiribonukleinske kiseli- podrazumeva utvr-
ne (DNK) pojedinih vrsta. Istraživanja su po svojoj prirodi đivanje redosleda
multidisciplinarna i obuhvataju strukturu i sastav gena, ispiti- nukleotida u DNK
vanje profila genske ekspresije i određivanja funkcije proteina. molekulu.
Poslednji segment genomike je istraživanje evolucije genoma. Prvo uspešno
Idealan molekularno biološki eksperiment u okviru genomike sekventovanje DNK
sastoji se iz tri dela: a) sekventovanje DNK molekula (geno- sekvence izvršio je
ma); b) analiza profila genske ekspresije korišćenjem DNK dvostruki dobitnik
microarray metode i c) analiza proteina korišćenjenjem meto- Nobelove nagrade
de mass spectrometry (MS). MS metoda analizira proteine Frederik Sanger
razdvojene dvodimenzionalnom gel elektroforezom (2D- (Frederick Sanger)
elektroforeza). Ovi eksperimenti su obimni, kako po broju (slika 1) 3. Godine
analiziranih „objekata“ (hiljade i desetine hiljada gena) i pri- 1975. Sanger je os-
menjenih metoda, tako i po broju dobijenih eksperimentnih re- mislio prvu metodu
zultata. Zbog toga genomika „ruši“ standardni koncept nauč- za sekventovanje
nog istraživanja koji podrazumeva strogo definisane hipoteze DNK molekula. Ova
koje se potvrđuju ili odbacuju rezultatima sprovedenih ekspe- metoda naziva se Sl. 1 − Frederik Sanger
rimentnih procedura. Poslednjih nekoliko godina, pojedini metoda terminacije (Frederick Sanger) (1918−)

Correspondence to: Goran Brajušković, Vojnomedicinska akademija, Centar za patologiju i sudsku medicinu, Institut za patologiju,
Crnotravska 17, 11 040 Beograd, Srbija i Crna Gora. Tel: +381 11 36 08 253; E-mail: brajuskovic@gmail.com
Volumen 63, Broj 6 VOJNOSANITETSKI PREGLED Strana 605

sinteze lanaca (Chain termination method), a poznata je i po

svojoj skraćenici dideoksi (dideoxy) metoda. Dideoksi meto-
da bazira se na činjenici da se jednolančani DNK molekuli
koji se razlikuju u dužini za samo jedan nukleotid mogu raz-
dvojiti elektroforezom u denaturišućem poliakrilamidnom
gelu. Korišćenjem svoje originalne metode, Sanger je 1977.
godine sekventovao DNK sekvencu bakteriofaga E. coli po-
znatog pod nazivom Ø X174 koji sadrži 5 375 nukleotida.
Nezavisno od Sangera, bazirano na istom principu, Valter
Gilbert (Walter Gilbert) i Alan Maksam (Alan Maxam) raz-
vili su svoju metodu sekventovanja DNK koja se naziva
metoda hemijske degradacije (Chemical degradation met-
hod). Metoda je poznata i kao Maksam-Gilbertova metoda
sekvenciranja. Za svoja otkrića Frederik Sanger i Valter Gil-
bert su sa Paulom Bergom (Paul Berg) podelili Nobelovu
Sl. 2 − Shematski prikaz automatskog sekventora sa gelom u
nagradu za hemiju 1980. godine. Sangeru je to bila druga obliku ploče 7
Nobelova nagrada. Za istraživanje proteina, naročito insuli-
na, Nobelovu nagradu iz hemije dobio je i 1958. godine 1−3.
Sangerova metoda sekventovanja podrazumeva termi-
naciju in vitro sinteze DNK molekula korišćenjem 2’,3’-
dideoksi-nukleotid trifosfata (ddNTP). Specifični oligonu-
kleotid komplementaran DNK matrici služi kao prajmer za in
vitro sintezu DNK. Tokom in vitro sinteze DNK lanca, en-
zim DNK polimeraza ne pravi razliku između deoksi-
nukleotid trifosata (dNTP) i ddNTP-ova. To je razlog što
ddNTP može biti ugrađen u rastući DNK lanac vezivanjem
svoje 5’ trifosfatne grupe za slobodnu 3’ hidroksilnu grupu
poslednjeg nukleotida u lancu. Odsustvo 3’ hidroksilne grupe
na ddNTP-u onemogućava formiranje fosfodiesterske veze
sa sledećim nukleotidom, tako da dolazi do terminacije sin- Sl. 3 − Unutrašnji izgled kapilarnog automatskog
teze DNK. Na osnovu ove osobine DNK polimeraze, koriš- sekventora 7
ćenjem odnosno ugradnjom ddNTP-a vrši se specifična ter-
minacija in vitro sinteze DNK lanca. Korišćenjem četiri raz- Kombinovanjem automatskog sekventora sa robot ma-
ličita ddNTP-a u četiri odvojene reakcije za in vitro sintezu šinom za pripremanje reakcije sekventovanja i za nalivanje
DNK sintetišu se četiri familije jednolančanih DNK fragme- na gel, proces sekventovanja DNK se kompletno automati-
nata na čijim se krajevima nalazi po jedan ddNTP. Upotre- zovao. Paralelno sa razvojem i modernizacijom aparata, raz-
bom poliakrilamidnog gela vrši se razdvajanje familija jed- vijali su se i softveri za prikupljanje i analizu rezultata sek-
nolančanih DNK fragmenata 2, 4. Otkriće termostabilnih ventovanja DNK molekula dobijenih korišćenjem automat-
DNK polimeraza i metode lančane reakcije polimeraze skih sekventora 7−9. Savremene laboratorije danas poseduju
(PCR) dovelo je i do modifikacije Sangerove metode sek- kapilarne automatske sekvenatore sa 384 kolona (slika 4).
ventovanja koja je označena kao metoda sekventovanja ter-
malnim ciklusima (Termal cycling sequencing) 5. Uvođenje
fluorescentnih obeleživača i njihov sistem detekcije omogu-
ćio je automatizaciju očitavanja sekvence DNK u aparatima
koji su nazvani automatski sekventori. Automatsko očitava-
nje sekvence značajno smanjuje greške u određivanju redos-
leda nukleotida. Uzorci za automatsko sekventovanje prip-
remaju se metodom sekventovanja termalnim ciklusima u
kojoj se koriste ddNTP obeleženi fluorescentnim bojama.
Aparati za automatsko sekventovanje sadrže laser koji može
da pobudi florescentnu boju i detektor fluorescencije. Na os-
novu talasne dužine emitovane fluorescencije, instrument je
u stanju da identifikuje boju, odnosno nukleotid koji se nala-
zi na kraju DNK fragmenta. Na osnovu formata poliakrila-
midnog gela razlikujemo dva tipa automatskih sekventora:
automatski sekventor koji koristi gel za sekventovanje u ob-
liku ploče (slika 2) i kapilarni automatski sekventor u kojima Sl. 4 – Laboratorija Celera Genomics sa kompjuterizovanim
je akrilamidni gel smešten u tankoj cevčici (slika3) 2, 6. automatskim sekventorom 10

Brajušković G. Vojnosanit Pregl 2006; 63(6): 604–610.

Strana 606 VOJNOSANITETSKI PREGLED
Preciznim izračunavanjem došlo se do podatka da se koriš-
ćenjem 100 ovakvih mašina kompletni humani genom može
„pročitati“ za manje od mesec dana 2. Međutim put do dešif-
rovanja humanog genoma bio je drugačiji.
Projekat humanog genoma
Projekat humanog genoma (Human Genomic Project)
podrazumeva utvrđivanje redosleda nukleotida u lancu hu-
mane DNK. Na osnovu utvrđenog redosleda nukleotida u
DNK molekulu, projekat obuhvata i identifikaciju gena, od-
ređivanje njihove strukture i funkcije. Ideju za dešifrovanje
humanog genoma prvi je javno izneo 1985. godine dr Čarls
DeLisi (Charles DeLisi) iz Ministarstva za energiju Sjedi-
njenih Američkih Država (U.S. Department of Energy –
DOE). Ova ideja naišla je na odobravanje naučne javnosti i
kao njen rezultat 1988. godine osniva se američki Nacionalni
centar za istraživanje humanog genoma (National Center for
Human Genome Research − NCHGP) 10. Krajem osamdese-
tih godina prošlog veka procenjivalo se da humani genom
sadrži do 100 000 gena. Na osnovu te pretpostavke bilo je
planirano da za period od 15 godina sa budžetom od tri mi-
lijarde dolara, naučnici NCHGP izvrše kompletno mapiranje
humanog genoma. Kao datum zvaničnog početka mapiranja
uzima se oktobar 1990. Na samom početku rada postalo je
jasno da to ne može biti nacionalni projekat. Uključivanjem
naučnih instituta iz Evropske Unije, Kine, Japana, Australije
i drugih zemalja (ukupno njih 18) projekat postaje internaci-
onalan. Za koordinisanje rada tako velikog broja institucija
formirana je i internacionalna Organizacija za humani genom
poznata po svojoj skraćenici HUGO (Human Genome Orga-
nization), a kasnije i konzorcijum nazvan HGP konzorcijum.
Međutim, najveći deo posla bio je izvršen u tri američka i
dva engleska instituta nazvanih G5: Baylor College of Medi-
cine (Hjuston, SAD), Washington University School of Me-
dicine St. Louis (Vašington, SAD), DOE’s Joint Genome In-
stitute, Walnut Creek (Kalifornija, SAD), Whitehead Insti-
tute/MIT Center for Genome Research, Cambridge, (Kem-
bridž, Engleska) i The Wellcome Trust Sanger Institute
(Kembridž, Engleska). Bilo je potrebno tri godine da se kon-
struiše prva generacija fizičke mape humanog genoma 2, 9.
Jedan od osnivača i rukovodioca NCHGP bio je dr
Venter (Craig Venter) (slika 5). Usled nesuglasica oko me-
todologije rada (sekventovanja), dr Venter napušta NCHGP i
1992. godine osniva privatni Institut za istraživanje genoma
(The Institute for Genomic Research − TIGR). Ovaj Institut,
finansiran privatnim kapitalom, uspeva da za manje od šest
meseci sekventuje prvi genom izolovan iz živog organizma.
Bio je to genom bakterije Haemophilus influenzae dugačak
1 830 137 kilo baznih parova (kbp) sa 1 749 gena. Tokom
dešifrovanja ovog genoma, dr Venter i sar. uspešno su pri-
menili novu metodu sekventovanja koja se bazirala na počet-
nom nasumičnom isecanju čitave DNK bakterije na frag-
mente od 1 kbp koje su se kasnije koristili za analizu sekven-
ce 4, 9, 11−14. Ova nova strategija mapiranja poznata je pod na-
zivom Shotgun Seqencing. Fragmenti DNK su klonirani i
analizirani pomoću automatskog sekventora korišćenjem
dideoxy metode. Za dešifrovanje ovog malog kompaktnog
Volumen 63, Broj 6
Sl. 5 − dr Venter osnivač Celere 12
prokariotskog genoma ukupno je sekvencirano 30 000 rekom-
binatnih klonova 2. Nakon ovog uspeha, interesovanje za dešif-
rovanje humanog genoma godinama je raslo. Sve veći broj
farmaceutskih i drugih kompanija bilo je spremno da uloži
značajna finansijska sredstva u ovaj projekat. Venter osniva
1998. godine privatnu kompaniju Celera Genomics (celera –
lat. brzina). Kompanija je raspolagala kapitalom od 300 milio-
na dolara i planom da za manje od tri godine završi dešifrova-
nje humanog genoma 1, 4. Svojim radom i karijerom koju kara-
kterišu kontroverzne i smele odluke, dr Venter postaje medij-
ski poznata ličnost i van naučnih krugova. Godine 2000. ugle-
dni američki časopis Time izabrao ga je za naučnika godine 12.
Milenijumska trka
Nakon objavljivanja sekvence prvog prokariotskog ge-
noma započinje jedna od najuzbudljivijih trka u istoriji nauke.
Cilj trke bilo je očitavanje kompletne sekvence humanog ge-
noma, a vodili su je Fransis Koling (Fransis Colling) i Venter.
Fransis Koling nakon povlačenja nobelovca Votsona
(Watson), postaje šef državnog projekta Human Genome Pro-
ject, a Venter u to vreme predvodi stručni tim privatne kompa-
nije Celera. Državni konzorcijum koristio je metodu sekvento-
vanja na osnovu formirane biblioteke komplementarnih DNK
− cDNK (klonirani u eukariotske vektore), dok je Celera kori-
stila metodu sekventovanja koja kao početni materijal koristi
nasumično isečene fragmente humanog genoma 9.
Na prvoj „deonici“ trke, „žutu majicu“ osvaja NCHGP.
Godinu dana nakon objavljivanja prvog bakterijskog geno-
ma, objavljuje rezultate sekventovanja prvog eukariotskog
genoma. Bio je to genom izolovan iz eukariotske ćelije kvas-
ca (Saccharomyces cerevisiae). Na dešifrovanju genoma
kvasca radilo je preko 600 naučnika iz blizu 100 laboratorija
širom Evrope i Amerike. DNK kvasca koja je duga preko 12
miliona baznih parova sadrži 6 183 protein kodirajućih gena.
Konstruisana mapa je pokazala da se po jedan gen kvasca
nalazi na svakih 2,5 kbp DNK molekula 15.
Brajušković G. Vojnosanit Pregl 2006; 63(6): 604–610.
Volumen 63, Broj 6 VOJNOSANITETSKI PREGLED
Iste godine, završeno je i sekventovanje prvog genoma
trećeg carstva živog sveta na zemlji – archaea. Archaea su
jednoćelijski, bakterijama slični organizmi, koji žive u eks-
tremnim fiziološkim uslovima kao što su izvori termalnih
voda. Otkrio ih je 1977. godine američki mikrobiolog Karl
Ričard Voisia (Carl Richard Woese) u poznatom američkom
Jelouston Parku (Yellowstone Park) 16. DNK polimeraze
izolovane iz ovih organizama su termostabilne i kao takve se
koriste u PCR reakcijama. Prvi sekventovani genom archaea
pripada Methanococcus jannaschii. Genom ovog termofila
dug je 1,66 Mbp, a kodira 1 738 proteina. Ćelija sadrži i dve
ekstra hromozomne DNK sekvence od 58 kbp i 16 kbp 17, 18.
Prvi animalni genom dešifrovan je 1998. godine. Bio je
to genom crva Caenorhabditis elegans dugačak približno sto
miliona baznih parova. Genom je očitan, najvećim delom u
dve institucije: Sanger Centru (Sanger Centre) (Kembridž,
Engleska) i Medicinskom fakultetu u Vašingtonu (Washington
University School of Medicine) (SAD). Tokom sekventovanja
genoma ove nematode oboren je rekord u dužini sekventova-
nog fragmenta DNK. Bila je to sekvenca III hromozoma duži-
ne od 2,2 miliona baznih parova. Rad velikog broja naučnika
koordinisan je u okviru Konzorcijuma za sekventovanje ge-
noma Caenorhabditis elegans, a svi podaci su objedinjeni u
bazu podataka koja je poznata pod skraćenicom ACEDB (A
Caenorhabditis elegans database). Tokom dešifrovanja ge-
noma identifikovano je 19 099 gena koji se raspoređuju na
svakih 5 kbp u okviru genoma C. elegans (slika 6) 19.
Sl. 6 − Caenorhabditis elegans 20
Ova hermafroditna nematoda je poznat i vrlo korišćen
model sistem u molekularnoj biologiji na kome se istražuju
procesi genske regulacije razvića organizma i programirane
ćelijske smrti po tipu apoptoze 2. Za istraživanja ovih procesa
na C. elegans, Nobelovu nagradu za fiziologiju ili medicinu,
2002. godine dobili su Sidni Brener (Sydney Brenner), Robert
Horvic (Robert Horvitz) i Džon Salston (John E. Sulston) 20, 21.
Foto-finiš na cilju milenijumske trke
Vreme na prelazu između dva veka obeleženo je zavr-
šetkom sekventovanja pojedinačnih hromozoma čoveka. Go-
dine 1999. HGP konzorcijum objavljuje kompletnu sekvencu
Brajušković G. Vojnosanit Pregl 2006; 63(6): 604–610.
Strana 607
prvog humanog hromozoma. Bio je to 22. hromozom. Počet-
kom 2000. godine publikovana je i sekvenca 21. humanog
hromozoma 1, 4.
Kako se posao bližio kraju, rivalitet je postajao sve ot-
voreniji. Dokazivanja o prednosti jedne ili druge strategije
dešifrovanja postaju tema brojnih naučnih, ali i društvenih
rasprava. Sukob dva tima, sa dve različite koncepcije rada i
međusobna osporavanja, pretili su da ugroze čitav projekat.
U takvim okolnostima intervenisao je američki predsednik
Bil Klinton. U Istočnoj sobi Bele kuće Klinton organizuje sa-
stanak Ventere i Kolinsa 26. juna 2000. Predsedničkim pos-
redovanjem, dva naučnika zakopavaju ratne sekire i pružaju
jedan drugom ruku pomirenja. Preovladala je želja da se
projekat dešifrovanja humanog genoma uspešno privede
kraju 1.
Trka doživljava svoj foto-finiš. Internacionalni HGP
konzorcijum za mapiranje humanog genoma rezultate svoga
rada (na osnovu dešifrovanog dela genoma koji je iznosio
90% humane DNK) objavljuje 15. februara 2001. u časopisu
Nature (slika 7) 22. Samo dan kasnije tim naučnika privatne
kompanije Celera objavljuje svoje rezultate dešifrovanja
humanog genoma u časopisu Science (slika 8) 23−25. Rad ob-
javljen u časopisu Science prati i jedan publicistički kuriozi-
tet. Venter je kao koautore potpisao 272 saradnika. Čelni lju-
di oba tima u godinama koje dolaze, za svoj rad, očekuju
Nobelovu nagradu za fiziologiju ili medicinu.
Sl. 7 − Naslovna strana broja časopisa Nature u kome su
objavljeni rezultati rada HGP konzorcijuma na
sekventovanju humane DNK 24
Bioinformatika
Paralelno sa razvojem genomike razvijala se i naučna
disciplina bioinformatika. U toku je dešifrovanje milijardi
baznih parova genoma na stotine vrsta. Tako obiman posao
zahteva i formiranje specifičnih baza podataka. Cilj ovih ba-
za je da rezultati rada naučnika na dešefirovanju genoma
brojnih organizama budu dostupni svim zainteresovanim is-
traživačima širom sveta posredstvom interneta. Najpoznatija
baza podataka nalazi se na sajtu Američkog nacionalnog
Strana 608 VOJNOSANITETSKI PREGLED
Sl. 8 − Naslovna strana broja časopisa Science u kome su
objavljeni rezultati rada kompanije Celera na
sekventovanju humane DNK 25
centra za biotehnološke informacije (US National Center for
Biotechnology Information – NCBI). Adresa ovog sajta je
http://www.ncbi.nlm.nih.gov. Evropski bioinformatički in-
stitut (European Bioinformatics Institute − EBI) objedinjuje
baze podataka DNK sekvenci iz 30 pojedinačnih baza poda-
taka. Svi podaci dostupni su na: http://www.ebu.ac.uk. Po-
red američke, jedna od najboljih nacionalnih DNK baza po-
dataka je japanska na adresi http://www.nig.oc.jp/home.html
9
. Poslednjih godina, svi podaci se objedinjuju u jednu bazu
podataka poznatu pod nazivom ZLATO tj. GOLD (od engle-
skog naziva Genomes OnLine Database) koja se nalazi na
adresi http://www.genomesonline.org 26.
Komparativna genomika
Do početka 2006. godine, publikovane su sekvence 339
genoma. U okviru kompletno dešifrovanih genoma, najbroj-
niji su prokariotski − njih 273. Slede eukariotski genomi sa
41 genomom, a okviru carstva Arachea dešifrovano je 25
genoma. Pored njih, u toku je dešifrovanje 914 prokariotska
genoma i 588 eukariotskih genoma 26.
Na osnovu podataka o sekvencama od preko 1 000 ge-
noma, veliki broj institucija bavi se upoređivanjem genoma
evolutivno udaljenih vrsta. Jedna od prvih značajnih infor-
macija komparativne genomike bila je ta da genomi vrsta
koje su evolutivno udaljene preko 400 milona godina imaju
približno isti broj nukleotida. Ovaj podatak odnosi se na ža-
bu, čoveka i miša 2.
Genom miša (Mus musculus) sekventovan je 2002. go-
dine. Precizna analiza je pokazala da je mišja DNK samo
14% manja od DNK čoveka, dok sekvence pokazuju 90%
neke vrste homologije. Čovek i miš imaju približno isti broj
gena sa preko 80% sličnosti u proteinskim sekvencama.
DNK molekul miša, dužine 2 267 775 209kbp, raspoređen je
na 20 hromozoma 27. Na početku istraživanja, malo ko je ve-
rovao da je sličnost Mini Maus i recimo Monike Beluči tako
velika. Zbog ove genetske sličnosti, miš se u nauci definiše
kao „čovek u malom“ (mini human) i postaje jedan od najče-
Volumen 63, Broj 6
šćih model sistema za savremena istraživanja glavnih mole-
kularno bioloških fenomena i procesa kod eukariota. Za me-
dicinu, naročito su interesantna ona istraživanja koja se od-
nose na molekularnu osnovu razvoja humanih bolesti kao što
su maligne bolesti, neurodegenerativne bolesti i SIDA 2.
Najveća baza podataka vezana za genom miša je Baza po-
dataka mišjeg genoma (Mouse Genome Datebase – MGD)
dostupna na: http://www.informatics.jax.org 9.
Bilo je potrebno godinu dana da se izvrši sekventovanje
genoma šimpanze na osnovu uzorka DNK dobijenih od šest
životinja koje nisu u srodstvu 28. Komparativna analiza ge-
noma šimpanze (Pan troglodytes) i čoveka pokazala je da je
razlika u DNK sekvencama 1,24%. Tako npr. više od 98%
DNK sekvence 22. hromozoma šimpanze identična je DNK
sekvenci 21. hromozoma čoveka. Prosto rečeno, sekvence
DNK čoveka i šimpanze duge 100 kbp pokazuju razliku u
dva nukleotida 29, 30. Kolika je to sličnost govori i podatak da
je kod nekih evolutivno nižih vrsta međupopulacijska razlika
u DNK sekvencama veća od 2%. Pretpostavlja se da su raz-
like između čoveka i šimpanze, kao što je moć govora, pos-
ledica razlika u tek nekoliko regulatornih DNK sekvenci 2.
Glavni zaključak dosadašnjih istraživanja komparativne
genomike je taj da veličine eukariotskih genoma nisu pro-
porcionalne broju gena i/ili anatomsko-morfološkim karakte-
ristikama organizma. Zbog pokazane sličnosti između geno-
ma evolutivno udaljenih vrsta, pažnja nauke usmerena je na
upoređivanju regulatornih sekvenci u genomima srodnih vr-
sta 31. Jedan od ciljeva ovih istraživanja je i potvrda hipoteze
o dupliciranju gena kao osnovnom mehanizmu razvoja ge-
nomskih i fenotipskih razlika vrsta. Sve veći broj naučnika
veruje da je obrazac genske ekspresije i način njegove regu-
lacije, a ne prosti broj gena, ključni faktor razvoja komplek-
snih fenotipskih razlika između vrsta 2, 32.
Poznat inventar humanog genoma
Aprila 2003. godine dobijena je kompletna sekvenca
humanog genoma, dok je tačan broj gena utvrđen oktobra
2004. 33, 34. Razlike u sekvencama DNK ljudi su 0,01%, dok
se genomi jednojajčanih blizanaca definišu kao identični 2.
Dužina humanog genoma iznosi oko tri milijarde baznih pa-
rova (zavisno od izvora od 2 851 330 913 do 3 164 700 000
baznih parova). Prema podacima iz oktobra 2004. godine, u
genomu čoveka identifikovano je ukupno 22 287 gena 33.
Kodirajući segment genoma obuhvata manje od 2% ukupne
dužine DNK. Preko 50% humanog genoma pripada klasi re-
petitivnih sekvenci. Humani genom sadrži i 1 878 gena za
sada nepoznate funkcije. Pored njih, genom poseduje 1 947
pseudogena i 1 015 RNK gena 34. Hromozom sa najvećim
brojem gena je hromozom 1 na kome je lokalizovano ukupno
2 580 gena 35. Najmanji broj gena, njih 255, poseduje muški
polni hromozom (y) 36. Prosečna dužina gena je 8 000 kbp.
Humani geni imaju najčešće pet do šest egzona čija je prose-
čna dužina ~200 kbp. Introni su po pravilu duži od egzona
(~2,000 kbp) 37. Najveći humani gen je gen koji kodira pro-
tein distrofin sa 79 egzona na sekvenci dugoj preko dva mili-
ona baznih parova (oko 0,1% humanog genoma) na X hro-
mozomu 38.
Brajušković G. Vojnosanit Pregl 2006; 63(6): 604–610.
Volumen 63, Broj 6 VOJNOSANITETSKI PREGLED
Nakon dobijenih informacija o strukturi humane DNK,
molekularna biologija je predmet svog istraživanja usmerila
ka funkcionalnoj genomici, odnosno ka otkriću funkcije
identifikovanih gena i njenih proteinskih produkata. Genom-
ska era donosi i novu definiciju gena. Danas se gen definiše
kao kompletni segment hromozoma koji ima sposobnost
stvaranja funkcionalnog produkta. Ova definicija objedinjuje
dva važna aspekta. Prvi je ekspresija genskog produkta i spo-
sobnost takvog produkta da bude funkcionalan. Drugi aspekt
odnosi se na samu DNK sekvencu i pecizno je definiše kao
sekvencu koja obuhvata i kodirajući i regulatorni segment
gena 39.
Budućnost genomike
Budućnost genomike je u primeni njenih dostignuća u
mnogim prirodnim naukama kao što je agronomija (agroge-
nomika), farmakologija (farmakogenomika), a naročito me-
dicina. Poznavanje sekvence humane DNK i otkriće novih
L I T E R A T U R A
1. Weaver RF. Molecular Biology. 2nd ed. Boston: McGraw Hill;
2002.
2. Watson JD, Baker TA, Bell SP, Gann A, Levine M, Losick R,
editors. Molecular Biology of the Gene. 5th ed. San Francisco:
Pearson Education Inc; 2004.
3. NOBEL e-MUSEUM. The Nobel Prize in Chemistry 1980:
Paul Berg, Walter Gilbert, Frederick Sanger. Available from:
http:// nobelprize.org/chemistry/laureates/1980/ index.html
4. Tamarin RH, editor. Principles of Genetics. 7th ed. Boston:
NcGraw Hill; 2002.
5. Bevan IS, Rapley R, Walker MR. Sequencing of PCR-amplified
DNA. PCR Methods Appl 1992; 1(4): 222–8.
6. Swerdlow H, Jones BJ, Wittwer CT. Fully automated DNA
reaction and analysis in a fluidic capillary instrument. Anal
Chem 1997; 69(5): 848–55.
7. John Morris Scientific. Two Dye, IR DNA Sequencer.
Available from:
http://www.johnmorris.com.au/html/Licor/two_dye_irnda_s
equencer.html
8. LABCENTRAAL. ABI 3100 Automated Capillary DNA
Sequencer. Available from: http://www.labcentraal.com/
webinventory/ABI_3100_Automated_Capillary_DNA_Seque
ncer.htm
9. Strachan T, Read A, editors. Human Molecular Genetics
Oxford: Bios Scientific Publishers; 1996.
10. CELERA. Image libraty. Available from:
http://www.celera.com/ celera/ image_library
11. Genome timeline. What a long, strange trip it's been... Nature
2001; 409(6822): 756–7.
12. TIME. Craig Venter, Scientist of the Year. Available from:
http://www.time.com/time/poy2000/venter.html
13. Gerstein M. A structural census of genomes: comparing
bacterial, eukaryotic, and archaeal genomes in terms of protein
structure. J Mol Biol 1997; 274(4): 562–76.
14. Fleischmann RD, Adams MD, White O, Clayton RA, Kirkness EF,
Kerlavage AR, et al. Whole-genome random sequencing and
assembly of Haemophilus influenzae Rd. Science 1995;
269(5223): 496–512.
15. Cerald K. Cell and Molecular Biology. Concepts and
Experiments. 2nd ed. New York: John Wiley & Sons Inc;
1999.
Brajušković G. Vojnosanit Pregl 2006; 63(6): 604–610.
Strana 609
molekularno bioloških tehnologija ima veliki značaj za raz-
voj savremene kliničke medicine 40. Otkriće novih bioloških
markera koji bi se koristili kako u dijagnostici, tako i u tera-
piji humanih bolesti predmet je istraživanja nove grane me-
dicine koja se naziva genomska medicina 41. Pored ovlada-
vanja metodama precizne molekularne dijagnostike i obez-
beđivanja uspešne primene genske terapije, posebno važni
aspekt genomske medicine su i genomska epidemiologija i
genomska preventivna medicina 42.
Genomska medicina kao i genomika, uopšte, otvara i
poseban aspekt etičkih, pravnih i socijalnih implikacija (ethi-
cal, legal, and social implications − ELSI) u primeni sadaš-
njih i budućih naučnih saznanja vezanih za humani genom.
To se pre svega odnosi na privatnost i poverljivost genetičkih
informacija, naročito onih koji se odnose na pojedince. Etič-
nost stručnjaka je preduslov za adekvatnu primenu dobijenih
informacija. Samo odgovoran i visoko profesionalan odnos
naučnika može rezultate genomike promovisati u civilizacij-
ski napredak 21. veka.
16. Bult CJ, White O, Olsen GJ, Zhou L, Fleischmann RD, Sutton GG,
et al. Complete genome sequence of the methanogenic
archaeon, Methanococcus jannaschii. Science 1996; 273(5278):
1058–73.
17. Wikipedia, The Free Encyclopedia. Archaea. Available from:
http://en.wikipedia.org/wiki/Archaea
18. Introduction to The Archaea. Life's extremists... Available
from: http://www.ucmp.berkeley.edu/archaea/archaea.html
19. C. elegans Sequencing Consortium. Genome sequence of the
nematode C. elegans: a platform for investigating biology.
Science 1998; 282(5396): 2012–8.
20. National Human Genome Research Institute. International
Genome Team Deciphers Genetic Instructions for a Complete
Animal. Available from: http://www.genome.gov/10000570
21. NOBEL e-MUSEUM. The Nobel Prize in Physiology or
Medicine 2002. Available from:
http://nobelprize.org/medicine/laureates/2002/index.html
22. McPherson JD, Marra M, Hillier L, Waterston RH, Chinwalla A,
Wallis J, et al. A physical map of the human genome. Nature
2001; 409(6822): 934–41.
23. Venter JC, Adams MD, Myers EW, Li PW, Mural RJ, Sutton GG,
et al. The sequence of the human genome. Science 2001;
291(5507): 1304–51.
24. Infogenetics. Human Genome Project. Available from:
http://www.infogenetic.com/a/hgp.html
25. BBC News. Genome 'treasure trove'. Available from:
http://news.bbc.co.uk/1/hi/sci/tech/1164839.stm
26. Genomes OnLine Database v 2.0. Available from:
http://www. genomesonline.org
27. Waterston RH, Lindblad-Toh K, Birney E, Rogers J, Abril JF,
Agarwal P, et al. Initial sequencing and comparative analysis of
the mouse genome. Nature 2002; 420(6915): 520–62.
28. Genome News Network. Chimp Genome Goes Online.
Available from:
http://www.genomenewsnetwork.org/articles/12_03/chimp.s
html
29. Ebersberger I, Metzler D, Schwarz C, Paabo S. Genomewide
comparison of DNA sequences between humans and
chimpanzees. Am J Hum Genet 2002; 70(6): 1490–7.
30. Chimpanzee Sequencing and Analysis Consortium. Initial sequence of
the chimpanzee genome and comparison with the human
genome. Nature 2005; 437(7055): 69–87.
Strana 610 VOJNOSANITETSKI PREGLED
31. Zhang Z, Gerstein M. Of mice and men: phylogenetic
footprinting aids the discovery of regulatory elements. J Biol
2003; 2(2): 11–4. 37.
32. Collins FS, Green ED, Guttmacher AE, Guyer MS; US National
Human Genome Research Institute. A vision for the future of 38.
genomics research. Nature 2003; 422(6934): 835–47.
33. International Human Genome Sequencing Consortium. Finishing the
euchromatic sequence of the human genome. Nature 2004;
431(7011): 931–45. 39.
34. Ensebl E. Homo sapiens. Available from: http://www.
ensembl. org/ Homo_sapiens/index.html 40.
35. NCBI Map Viewer. Homo sapiens. Chromosome 1. Available
from:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/maps.cgi?TAXID=9 41.
606&MAPS=ideogr,cntg-r,ugHs,genes&CHR=1
36. NCBI Map Viewer. Homo sapiens. Chromosome Y. Available 42.
from:
Volumen 63, Broj 6
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/maps.cgi?TAXID=9
606&MAPS=ideogr,cntg-r,ugHs,genes&CHR=Y
Makalowski W. The human genome structure and organization.
Acta Biochim Pol 2001; 48(3): 587–98.
Pozzoli U, Elgar G, Cagliani R, Riva L, Comi GP, Bresolin N, et al.
Comparative analysis of vertebrate dystrophin loci indicate
intron gigantism as a common feature. Genome Res 2003;
13(5): 764–72.
Snyder M, Gerstein M. Genomics. Defining genes in the
genomics era. Science 2003; 300(5617): 258–60.
Willard HF, Angrist M, Ginsburg GS. Genomic medicine:
genetic variation and its impact on the future of health care.
Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 2005; 360(1460): 1543–50.
Seo D, Ginsburg GS. Genomic medicine: bringing biomarkers to
clinical medicine. Curr Opin Chem Biol 2005; 9(4): 381–6.
Lazaridis KN, Petersen GM. Genomics, genetic epidemiology, and
genomic medicine. Clin Gastroenterol Hepatol 2005; 3(4): 320–8.
Rad je primljen 8. III 2006.
Brajušković G. Vojnosanit Pregl 2006; 63(6): 604–610.