Bioengineering 
 Clemson  University’s  Department  of  Bioengineering  has  been  widely  recognized  as  a 

pioneer in the field of biomaterials science and engineering and is renowned for its leadership 

in  biomaterials  research  and  education.  One  of  the  oldest  in  the  world,  Clemson’s 

bioengineering program began in 1963 with the inception of a Doctor of Philosophy. A Master 

of Science was added in 1966 and a Bachelor of Science in 2006.  

Clemson’s  bioengineering  research  emphases  are  biomaterials,  biomechanics, 

bioinstrumentation  and  cellular  biology,  particularly  for  orthopaedic  and  cardiovascular 

applications among others. Research projects lie in the following areas: in‐vivo performance of 

biomaterials;  biological  response  to  implanted  biomaterials;  biomechanics  of  tissue,  implants 

and the tissue/implant interface; wear and lubrication of joints; spinal mechanics; visualization 

techniques; CAD/CAM‐based custom prostheses design; and biomolecular modeling. 

Clemson  University  maintains  fully  staffed  professional  machine  and  electrical  shops, 

electron  microscopy  facilities,  maintenance  shops  and  a  computer  network  group.  The 

University libraries provide up‐to‐date reference support for research programs, including free 

online  electronic  journals  and  literature  search  support.  Enhanced  videoconferencing 

capabilities allow ease of communication between campuses. Students enrolled at Clemson and 

MUSC can take advantage of this joint research‐training program. Students can pursue a B.S. in 

bioengineering,  a  joint  M.D.  /Ph.D.  or  D.M.D.  Ph.D.  with  the  Ph.D.  in  bioengineering  from 

Clemson and the M.D. or D.M.D. from MUSC.   

The Department offers ample instructional and laboratory facilities, which are all functional and 

well equipped to meet the educational goals of our students.  

BIOENGINEERING RESEARCH CENTERS 
Center of Biomedical Research Excellence “South Carolina Bioengineering Center for Regeneration and 
Formation of Tissues (BioCRAFT)” An NIH COBRE funded in October of 2009, BioCRAFT promotes 

research of treatments for human diseases by fostering interdisciplinary collaborations among 

researchers and enhancing interdependent intellectual capital and resources in South Carolina. 

Objectives  are  to  find  treatments  for  human  diseases  by  fostering  interdisciplinary 

collaborations  among  researchers  and  enhancing  interdependent  intellectual  capital  and 

resources  within  the  state.  The  center  comprehensively  mentors  target  investigators  toward 
independence  as  NIH‐funded  researchers  in  regenerative  medicine  and  recruits  outstanding 

junior  and  senior  investigators  in  regenerative  medicine.  The  main  cores  of  the  center  are  in 

Materials Synthesis, Characterization, and Testing, Cell and Molecular Engineering, Histology 

and Imaging.  

Cores 

Materials and Synthesis Characterization  

Dr. Robert Latour, Director; Dr. Martine LaBerge, Co‐Director;  Dr. Gulya Korneva, Research 

Asst, Lab Manager;  

The  Materials  Synthesis,  Characterization  and  Testing  Core  support  the  characterization  and 

analysis of biomaterials and implants developed by SCBioMat researchers, from the nanoscale 

to  the  microscale.  The  core  consists  of  three  areas  of  primary  focus,  or  thrusts:  Design  and 

Synthesis of Materials; Chemical and Surface Characterization; Mechanical Testing. 

The laboratory has the following equipment.  

Spectropolarimeter  (Jasco  J‐810):  Measures  the  circular  dichroism  (CD)  and  optical  rotary 

dispersion (ORD) of the sample. 

Light Source: 150W Xe arc lamp (N2 cooled) 

Specifications: Wavelength range from 163 to 900 nm 

Accessories:  Peltier  type  temperature  controller  Jasco  PFD‐425S;  Automated  pH  titrator  Jasco 

ATS‐429S. 

Applications: 

 Allows verification of the chirality of molecules or compounds; 

 Estimates fractions of each different conformation in protein structure via available 

software; 

 For studying the conformational changes of molecules with temperature; 

 For Verifying that the protein is in its native conformation; 

 Protein folding studies; and purity testing of optically active substances. 

Refractive Index Analysis Instrument AR700 (Reichert) 

Temperature Controlled  Automatic Refractometer 
Specifications:  Reading  range  of  1.33000  to  1.60000  Refractive  Indices  and  the  full  Brix  scale. 

Precision: to 0.01 Brix or 0.00001 RI 

Applications: Measures refractive index of transparent, translucent, and opaque liquids. 

Optical Contact‐Angle Goniometer DSA‐20E (Krüss) 

A video camera based fully computer controlled contact angle meter. 

Applications:  

 Determination of static and dynamic contact angle measurements; 

 Determination of surface and interfacial tension of liquids; 

 Determination adsorption and wetting 

 Determination automatically measured surface free energy of solids. 
Variable‐angle Spectroscopic Ellipsometer GES 5 (Sopra Inc) 

Spectroscopic ellipsometry (SE) is a non‐contact, non‐destructive optical technique. 

Features:  Thickness  measured:  from  monoatomic  to  several  microns  thick.  The  beam  size:  1 

mm2 and 10 mm2. 

The variable angles: from 7º to 90º with variable +/‐ 0.01º; spectral range 200 nm to 800 nm 

Applications: 

 Measures material refractive indices; 

 Layer thicknesses of thin film layers on flat substrates; and 

 Up to 7 layers can be analyzed in terms of thickness and optical characteristics for each 

layer. 

Flame Atomic Absorption Spectrophotometer ‐ AAnalyst 200 Instruments (Perkin Elmer) 

Specifications: Wavelength range from 189 to 900 nm. 

Applications:  For  determining  very  precisely  the  concentration  of  a  particular  element  in  a 

liquid sample, can detect from 1 to 1000 μg/L. For each element, the specific lamp is required. 

Ca, Cu, and Fe lamps are available.  

The  list  of  lamps/elements  for  analysis  on  AAnalyst  200  can  be  found  on 

https://www.vwrcanlab.com/programs/equipment/pdf/Model%20AAnalyst%20200%20Spectro

meters.pdf. 
BiAcoreX Surface Plasmon Resonance Spectrometer Biacore X spectrometer  

Biacore is a methodology for measuring the interactions mostly between proteins, in real time 

using  the  phenomenon  of  surface  plasmon  resonance  (SPR),  and  permits  the  study  of 

interactions between nucleic acids, lipids, small molecules, and whole cells.    

Specifications: 

 Two Flow cell capability; 

 Temperature regulation from 4 to 40oC; 

 Flow rates 1‐100μL/min, steps of 1 μL; 

 Required sample volume: injection volume (minimum 5 μL +20 μl); 

 Molecular weight detection: >180 Da; 

 Refractive index range from 1.33 to 1.40; and 

 Sensitivity: 70000 RU*, where RU, resonance units, 1RU = 1 pg/mm2 of sensor surface. 

Applications: 

 Kinetics of binding; 

 Solution affinity; 

 Steady state affinity; 

 Yes/No binding; 

 Ligand fishing; 

 Affinity ranking; 

 Protein concentration assays; 

 Protein percent activity assays; and 

 Thermodynamics. 

Materials Testing System (MTS) Synergie 100 

Applications: Tensile, Flex, Peel/Tear, Strain, and Compression test methods. 

Specifications: 

 Loadings available are 10 N (2 lbf) and 100 N (22.5 lbf); 

 Speed range from 0.001 to 1000 mm/min (0.00004‐39 in/min); 

 Max specimen thickness for grips: 13 mm (0.5 in); and  
  50 mm (2.0 inch) diameter lightweight compression platens. Face set, 25x25 mm rubber, 

for 100/2000 advantage pneumatic and screw action grips. 

HPLC/GPC System (Waters) 

Applications: high resolution separation and purification. 

Features:  Binary  Gradient  Pumping  System Flow  Rate  Range:  0  to  10  ml/min;  max  operating 

pressure:  6000  psi.  ,  Autosampler  Loop  Volumes:  100  and  500  μl.,  Photodiode  Array  Detector 

(Wavelength Range from 190 to 800 nm with 1.2 nm resolution with wavelength accuracy: ± 1 

nm);  Refractive  Index  Detector  (Refractive  Index  Range:  1.00  to  1.75  RIU  with  temperature 

control  from  30  to  55oC);  Column  Heater  (Temperature  Range  from  20oC  to  60oC,  with 

temperature  accuracy  of  ±0.8oC;  Column  Capacity  of  up  to  four  7.8  mm  x  300  mm  columns); 

Fraction Collector (Methods of Operation: time, drop count, drop volume, signal).  

Expanded Plasma Surface Treatment Unit PDC‐001 (Harrick Plasma) 

Features: 

 Expanded Pyrex plasma chamber 6″diameter x 6.5″ length (15.24cm x16.51 cm); 

 PlasmaFlo gas mixer; and 

 Oxygen service pump.   

Electrophysiology Lab (204 Rhodes) 

The Electrophysiology Laboratory is equipped for patch clamp analysis, and is associated with 

the cell culture laboratory in 206 Rhodes which prepares living cells for physiology tests.  

Cell, Tissue, and Molecular Analysis Core 

Molecular BiologyDr. Rick Visconti, Dr. Dan Simionescu, Dr. Shibnath Ghatak 

Histology and Advanced Imaging: Dr. Terri Bruce, Co‐Director;  Linda Jenkins, Chad McMahan, 

Dr. Bruce Gao  

Stem Cell Biology: Dr. Carol Brenner, Co‐Director; Dr. Dan Simionescu 

Cell, tissue, and molecular biology techniques are the cornerstone of biomedical research and 

regenerative medicine endeavors. A major obstacle for junior faculty is lack of state‐of‐the‐art 

facilities and specialized expertise commonly found in states with major NIH funding. This 

often hinders the generation of preliminary data necessary to be competitive for NIH R01 
grants. In the State of South Carolina, there are several strong facilities and successful 

investigators who have received generous NIH funding and have gained significant tissue, cell, 

and molecular expertise. However, junior faculty in SC have not benefited optimally from these 

opportunities. To close this gap, we developed the Cell, Tissue and Molecular Analysis Core 

(CTMA core) to be affiliated with SC BioCRAFT.  

After conferring with the PI of the COBRE proposal and the five targeted PIs, we have 

identified three thrusts that will serve the needs of all our COBRE projects: 1) molecular 

biology, 2) histology and advanced imaging, and 3) stem cell biology. Outstanding facilities and 

labs directed by expert investigators in these three thrusts have been identified and brought 

together to serve the needs of COBRE PIs and those of other investigators in the State of South 

Carolina in CTMA core. Areas of expertise in this core include regenerative medicine, gene and 

protein expression and manipulation, adult and induced stem cells, and advanced histology, 

electron microscopy, and biophotonics. The Core will provide support to develop ideas, 

overcome technical challenges, and lead the targeted projects towards significant outcomes as 

outlined in the following specific aims: 

 Specific Aim 1 – To promote and facilitate advanced molecular biology 

research 

Two main research facilities, the Regenerative Medicine Laboratory in Clemson 

and the Signal Transduction Facility at MUSC, are fully functional and will 

provide unlimited expertise with gene and protein expression, silencing, 

transfection, traditional biochemistry assays, signal transduction, and targeting 

nanoparticles. Additional expertise and services in cell sorting, microarrays, 

molecular engineering, proteogenomics and bioinformatics are available from 

collaborating P30 MUSC COBRE cores. Together, these facilities, operated and 

supported by Clemson University and MUSC, are fully equipped, have 

impressive potential, and are ready to serve the SC COBRE investigators and 

others throughout the state. 
  Specific Aim 2 – To provide histology and advanced imaging expertise and 

support  

Many of the research questions posed by the COBRE investigators will require 

histology and advanced microscopy to answer. The ability to visualize the 

subcellular locations of biomolecules and organelles will be crucial to these 

researchers as they strive to engineer translatable solutions to challenging tissue 

engineering problems. The histology and microscopy facilities will provide the 

tools investigators need and will foster a collaborative environment that 

introduce the newest techniques in histology and advanced imaging. 

 Specific Aim 3 – To enhance adult and induced stem cell research capabilities  

Stem cell research facilities, such as the Laboratory for Regenerative Medicine 

and the Stem Cell Institute, will provide expertise with derivation, 

characterization and differentiation of induced pluripotent stem cells and adult 

stem cells, and in vivo tracking, in collaboration with the Bioengineering Core. 

Since stem cells are such an important tool for regenerative medicine, all 

targeted investigators will be encouraged to learn about them and consider 

ways to employ them in future grant applications. The laboratory personnel are 

highly qualified in the field, and the labs are fully equipped and functional and 

ready to help the targeted PIs. The Stem Cell Institute and Clemson University, 

respectively, operate, support and maintain the core facilities. The proposed 

core will greatly enhance research capabilities and most significantly advance 

the potential for regenerative medicine research within South Carolina. While 

COBRE trainees will be the primary beneficiaries and priority users of this 

facility at no cost, this core will also support the research programs of faculty 

members at collaborating institutions throughout the entire state. 

THE INSTITUTE FOR BIOLOGICAL INTERFACES OF ENGINEERING (IBIOE) 

Directed  by  Dr.  Karen  Burg,  IBIOE  is  a  South  Carolina‐based  interdisciplinary  research  and 

educational  institution  devoted  to  the  development  of  clinically  relevant  biomaterials 
technology and products for disease management and the transfer of this technology for patient 

care  through  leading  biomaterials‐related  education,  research  and  training  in  advanced 

biomaterials,  human  centered  electronic  collaboration,  tissue  fabrication,  and  tissue  test 

systems. IBIOE has five goals  

1. Disseminate cutting edge biomaterials technologies internationally; 

2. Develop  an  internationally  recognized  “go  to”  electronic  research  and  training 

collaboratory  to  facilitate  surgeon‐researcher  interactions  and  expedite  the  translation  of 

advanced technologies to the clinic; 

3. Immerse students/medical residents in a technically diverse environment to hone technical, 

entrepreneurial, communication, leadership and teamwork skills; 

4. Maximize  economic  development  for  SC  through  the  establishment  of  an  internationally 

recognized Medical Research Center with industrial partners; 

5. Establish  a  model  recruitment  and  professional  development  program  to  help 

economically disadvantaged South Carolina find higher education and inquiry/team‐based 

research opportunities. 

IBIOE  has  received  5  million  in  funding  from  the  Avon  Walk  for  Breast  Cancer  ($195,000);  a 

$2M National Science Foundation (NSF) award (one out of only 12 awarded nationally; and a 

$2.9M Department of Defense award (one out of only 9 awarded nationally). Ongoing Training 

Initiatives include SC Life Teacher Training, Boston Museum of Science Teacher Training, Call 

Me  Doctor,™  and  partnerships  with  minority  engineering/science  doctoral  fellows  with 

education students to bring cutting edge science/engineering concepts to the classroom. 

Lab Capabilities 

CU‐BBTF: BIOMEDICAL AND BIOENGINEERING TRANSLATIONAL RESEARCH FACILITY 

The CU‐BBTF focuses on translational research, or “research that brings discovery directly from 

the  bench  to  practical  applications  in  patients.”  The  National  Institutes  of  Health  (NIH) 

provides  a  clear  message  to  the  community  in  its  road  map  about  the  importance  of 

translational  research  for  the  benefit  of  health  care.  According  to  the  National  Institutes  of 

Health,  “Translational  research  has  proven  to  be  a  powerful  process  that  drives  the  clinical 

research engine.” Targeted research areas include surgical therapies, cardiovascular science and 
engineering,  orthopaedic  performance  and  biomechanics,  regenerative  medicine,  tissue 

engineering, advanced surgical technologies and drug development. The program is supported 

by  a  structured  clinical  trial  program  and  data  management  resources  at  GHS  to  create  and 

nurture  a  cadre  of  well  trained  investigators  and  leaders  who  can  develop,  implement  and 

market innovative scientific and technological knowledge. 

BIOENGINEERING LABORATORIES 

Biocompatibility and Tissue Regeneration Laboratory (Rhodes 507 and 514) 

The BTRL, coordinated by Dr. Dan Simionescu, is charged  with the mission to provide  viable 

solutions to treatment of degenerative diseases, specifically focusing on the cardiovascular and 

orthopedic  systems.  Founded  in  2006,  the  purpose  of  BTRL  is  to  understand  cellular  and 

molecular  mechanisms  of  pathological  scenarios,  in  which  for  most  degenerative  diseases 

surgical replacement is the only option.  Specifically, the lab seeks to  

• Understand  the  basics  of  biocompatibility  at  the  molecular  level  and  development  of 

advanced,  compatible  biomaterials  to  be  used  in  tissue  repair  or  as  replacement  artificial 

tissues and organs 

• Create  bioengineering  approaches  for  regeneration  of  diseased  tissues  using  adult  stem 

cells and natural scaffolds 

• Implement  research  findings  and  novel  scaffold‐based  therapies  into  patient‐tailored 

regenerative medicine.    

 Scaffold preparation and design, cell culturing, biochemistry, bioreactor design and testing 

Undergraduates  learn  implant  compatibility  and  regenerative  medicine  by  combining  input 

from  the  clinical  setting  with  basic  biomedical  knowledge  and  engineering  principles  to 

improve  performances of  currently  available  medical  devices, and  develop  novel  regenerative 

treatments.  

Equipment 

 CO2 incubators (CO 170 – New Brunswick Scientific) 

 Class A2 Vacuum Hood (1387 – Thermo Scientific) 

 Sterile biologic hood (Delta series – labconco) 
  A  high‐tech  96‐well  plate  ELISA  reader  and  washer  is  available  to  greatly  facilitate 

reproducible assays  

 Multispeed refrigerated centrifuge reaching speeds of up to 12000 rpm that handle small 

volumes (1‐2 ml) (11210918 Iec/Thermo Shandon)  

 Refrigerated centrifuges that reach 5000 rpm for larger volumes (up to 50 ml tubes) (5804 

– Eppendorf AG).  

 Axiovert  40  CLF  microscope  with  digital  cameras  for  cell  cultures  and  conventional 

histology (Axiovert 40 CFL‐451212 –Zeiss) 

 Pear Physica Modular compact rheometer MCR300 – Paar Physics) 

 Fisher Hamilton Manifold Assembly/Center Standing Island  

 Pipettors,  manual  (Eppendorf)  and  digital  (BrandTech),  including  mutichannel 

pipettors,  disposable  plastic  ware,  digital  water‐baths,  dry  digital  hybridization  ovens 

for  temperature‐controlled  reactions,  balances,  digital  pH  meters,  hot  plates  and 

magnetic stirrers, homogenizers 

 A total of seven computers in both labs. 

Biofluid Mechanics Laboratory  

Headed by Dr. Richard Figliola, the Biofluid Mechanics Laboratory is located in G07 and G06 of 

the Fluor Daniel Engineering Innovation Building. The laboratory is equipped with several flow 

benches, including a right heart circulation simulator and several mock circuits simulating the 

circulation with single ventricle heart defects. Special equipment includes a 6W Ar‐ion laser, 150 

mJ Ng‐Yag pulsed laser, high‐speed digital CCD cameras, automated data acquisition systems, 

and both particle image velocimeter and laser Doppler velocimeter systems for high resolution 

flow  measurements.  The  lab  also  maintains  a  multiple  processor  high  performance  parallel 

computer  for  flow  simulations.  Current  research  involves  pulmonary  prosthetic  valve 

evaluation and design, and multi‐scale modeling.  

Biomaterials Laboratory 

The  Laboratory  for  Orthopaedic  Tissue  Regeneration  &  Orthobiologics  (Ortho  X),  under  the 

direction  of  Dr.  Jeremy  Mercuri,  focuses  on  the  development  of  regenerative  medicine 

technologies (including  the generation of novel  biomaterials and evaluating the application of 

stem cells) to restore the anatomy and physiology of damaged or diseased orthopaedic tissues.  

Projects currently undertaken by both graduate and undergraduate students in the lab  span the

research and development continuum including projects which are short-term and may be
directly translatable into clinical application (i.e. biomaterials development and point-of-care
tissue engineering) to those which are considered basic science (i.e. geared towards
understanding orthopaedic disease processes and cellular biology) or experimental (i.e.
engineering entire tissues from the ground-up). The lab strives to continue to work hand-in-hand
with its clinical collaborators and industry partners to improve patient clinical outcomes. The lab
itself contains space of bioengineering, biochemistry, molecular biology, cell-culture, and
scaffold development facilities located on the third floor of the Rhodes Engineering Research
Center of Clemson University 307/309. Available equipment includes the following: 
 Refrigerated Centrifuge and Microfuge 

 6ft Cell Culture Hood 

Biomolecular Interactions Laboratory  

Located  in  the  Rhodes  Research  Center,  the  Biomolecular  Interactions  Lab  is  dedicated  to 

studies  on  quantitative  measurement  of  molecular‐level  aspects  related  to  the  orientation, 

conformation,  and  bioactivity  of  adsorbed  peptides  and  proteins  to  surfaces  as  a  function  of 

surface  chemistry.  Studies  are  specifically  designed  and  coordinated  to  support  the 

development  of  computational  chemistry  methods  by  the  Biomolecular  Modeling  Lab  to 

accurately simulate the protein adsorption behavior.  

The BIL has a wet lab space and is fully equipped with work benches, sinks, refrigerator/freezer, 

and fume‐hoods. Specific equipment includes a 

 Surface plasmon resonance (SPR) spectroscopy instrument (Biacore X, Biacore, Inc.) for 

adsorption kinetics and thermodynamics studies. 

 Reichert  AR700  temperature  controlled  automatic  refractometer  (precision  refractive 

index measurement for SPR bulk shift subtraction). 

 JASCO J‐810 circular dichroism spectropolarimeter with Peltier temperature control for 

protein secondary structure analysis, a variable angle spectroscopic ellipsometer (GES5, 

SOPRA Inc.) for SAM surface and protein adsorption characterization. 
  Computerized  contact  angle  instrument  and  image  analysis  system  (Krüss  DSA‐20E 

instrument) for surface characterization,  

 Spin coater (MTI corporation)  

 Carver  Model  C  lab  hot  press  (Carver,  Inc.)  for  fabricating  polymeric  films  of 

nanometeric thicknesses. 

Biomolecular Modeling Laboratory  

The Biomolecular Modeling Lab is located in 407 Rhodes Research Center, the purpose of which 

is to theoretically assess the molecular behavior to complement the experimental studies of the 

Biomolecular  Interactions  Lab.  The  lab  conducts  molecular  dynamics  simulations  using 

advanced sampling techniques to model the behavior of materials (e.g., polymer hydration and 

hydrolysis) and to predict the adsorption behavior of peptides and proteins to different types of 

solid  material  surfaces.  Advanced  sampling  algorithms,  modeling  methods,  and  force  field 

parameterization  are  developed  to  accurately  simulate  peptide  and  protein  adsorption 

behavior.  A  set  of  six  UNIX  workstations  networked  with  Clemson  Universityʹs  Palmetto 

Computer  Cluster  for  research  computing,  administered  through  Clemson  Universityʹs 

Cyberinfrastructure Technology Integration (CITI) group, are available.  

Biotribology Laboratory (503 Rhodes) 

The  focus  of  the  biotribology  laboratory  involves  the  characterization  and  analysis  of 

biomaterials  and  orthopeadic  implant  bearing  surface  wear.  Within  the  laboratory  are 

experimental  testing  and  analysis  instrumentation  for  the  elucidation  of  biomaterial  wear 

behavior. 

 Basic  materials  wear  and  mechanical  characterization  –  an  ATMI  Six  Station 

Multimotion  Wear  Testing  Machine  (ATMI  PD‐05‐06  OrthoPOD)  pin‐on‐disk  testing 

machine, a low modulus materials testing system (Vitrodyne V‐1000 with 150g, 500g, 5lb 

and 10lb load cells), and a MAX‐Shear pin‐on‐disc wear testing machine.  

 Characterization  of  biomaterial  surfaces  ‐  Sophisticated  measurement  instrumentation; 

including two non‐contact surface profilometers with 1.5X, 20X and 100X magnification 

heads (NT‐2000 by Veeco Corporation) with a vertical scanning range of 1nm to 500um 

Ra.  
  Fabrication  of  polymers  ‐  performed  using  Carver  Hot  presses  with  a  cooling  system 

permitting  to  control  the  annealing  of  polymer  specimens  fabricated  are  also  in  use  in 

our facilities (max 800F and 10,000 lbs). 

 Comprehensive  study  of  orthopeadic  implant  bearing  surface  wear  ‐  two  4‐station 

model KC Stanmore/Instron total knee wear replacement testing simulators are available 

to  evaluate  the  mechanical  properties  of  new  orthopeadic  implant  designs  over  long‐

term physiologic testing conditions and the influence of aberrant loading conditions and 

clinical factors can be studied in detail.  

 Additional equipment includes a Digital Storage Dual Channel Oscilloscope (Gould); a 

high  speed,  high  frame  rate  imaging  system  (Hi‐speed  motion  CCD  camera),  and  a 

multifunction I/O board (national instruments). 

BSL‐2 Cell Culture Laboratory (202 Rhodes) 

The  BSL‐2  lab  has  laminar  flow  hoods  for  cell  culture  and  microbiology.  It  is  equipped  and 

approved  for  Biosafety  Level  2  work,  which  includes  contact  with  animal  and  human  tissues. 

Access is restricted to authorized trained personnel, or students who undergo specific training.  

The BSL lab has the following equipment. 

 Nikon Diaphot Research Microscope 

 Isotemp Co2 water jacketed incubator (Fisher Scientific) 

 Thermo‐scientific general purpose incubator for bacteria growth (no CO2) 

 Beckman Coulter Allegra 6R Centrifuge 

 Baker Sterilgard III Advanced Class II Biological Safety Cabinet 

 Locator Junior liquid nitrogen dewar 

 Fisher Scientific 3300 Osmometer  

Cardiovascular Implant Research Laboratory (CIRL‐ I) –Rhodes 409/411 – 414/416 ‐ 418 

The purpose of CIRL elucidates the molecular mechanisms of implant failure, synthetic polymer 

materials, tissue‐derived materials and site specific therapies. Laboratory projects seek to extend 

the  durability  of  tissue‐derived  biomaterials,  specifically  bioprosthetic  heart  valves,  by 
improving  tissue  fixation.  Here  undergraduates  learn  expertise  required  for  training  and 

experimentation with cells and tissues and performing histological and pathological analysis of 

implants.    The  tissue  engineering,  cell  culture  and  histocompatibility  labs  (414/416,  418)  also 

provide such expertise and are very popular among undergraduates.  In these labs cell cultures 

are  incubated,  bioreactors  for  mechanical  simulation  is  undertaken  and  engineering  tissue  is 

imaged. Available equipment includes 

 Refrigerated Centrifuges w/4 place rotor (Iec‐8r) 

 Incubator – DBL. Auto Trpl. Gas hi 115V (7301‐0R Napco) 

 FX‐3000 Flexercell Strain Unit (FX 3000 AFC‐CTL) 

 Z2 Analyzer (Dual threshold & size distribution) (Beckman Coulter) 

 Universal Microplate Spectrometer MQX200 (Uquant) 

 Class II Biosafety Hood 36208/36209 Type AZ (Labconco) 

 Autoclave 3870M (Tuttnauer Brinkman) 

 Freezer 17.2 cubic feet (‐80 C) ULT1786‐5A40 (Revco) 

 3 computers 

Cardiovascular Implant Research Laboratory (CIRL‐ II – Rhodes 518) 

The  purpose  of  CIRL  II  is  used  to  train  students  in  the  area  of  heart  valve  and  vascular 

pathology and implant analysis. CIRL II has the following equipment. 

 Nikon Diaphot Fluorescence Microscope (Nikon) 

 Mastercycler Gradient (Eppendorf) 

 FT/IT‐430 Spectrometer (FT/IR – Jasco) 

 Universal Microplate Spectrophotometer – (Uquant)  

 Axioskop 2 plus research microscope ‐ AXIOSKOP 2 PLUS (Zeiss) 

 Gel electrophoresis system M‐20  (Bio Doc‐It System) 

 Micro CT Scanner  MICRO CT 20 (Smith Kline Beecham) 

 Nikon FL Microscope DIAPHOT (Nikon) 

 YSI 2300D Stat Plus Analyzer 2300 STAT PLUS D (Yellow Springs Inst. Co.) 

 CO2 Incubator CO_170PLUS‐115 (New Brunswick Scientific) 

 Atomic Absorption Spectrophotometer (Aanalyst 200 (Perkin Elmer) 
  Kevex X‐ray MICROCT80 (Kevex) 

 MicroCT 80 Computer RX2660 HP 

 Centrifuge 5810R Eppendorf AG 

Cardiovascular Tissue Engineering Lab (CTEL)  

The  current  research  interests  of  the  Cardiovascular  Tissue  Engineering  Laboratory  (CTEL) 

encompass  various  converging  approaches  to  treat  the  problem  of  re‐occlusion  that  follows 

interventional  revascularization  of  occluded  small  diameter  blood  vessels.  The  successful 

application  of  ECM‐based  tissue  engineering  technologies  to  improve  current  stents  can  (i) 

prevent  sudden  death  due  to  stent‐induced  distal  embolization;  (ii)  eliminate  the  need  for 

secondary  revascularization  procedures;  and  (iii)  reduce  the  frequency  of  limb  amputation  by 

facilitating  lasting  revascularization  and  faster  healing  of  wounds.  The  alleviation  of  these 

complications  can  help  dramatically  lower  healthcare  costs  and  direct  available  monetary, 

research, and healthcare resources towards treatment of other challenging medical conditions. 

Cell Culture Laboratory (206 Rhodes) 

This  laboratory,  which  is  available  to  undergraduate  BioE  students,  has  the  following 

equipment. Associated with the Electrophysiology Lab (204 Rhodes) 

 Zeiss Axiotech plus 100 Reflected Light Microscope 

 A Thermo, Iec Centrifuge (GP8PR) 

 An SC‐603 6 foot biological safety cabinet 

 An Axioskop 2 plus microscope (Zeiss) 

 An Axiovert 200 MOT F/H/DIC and accessories (Zeiss) 

 A High speed HSM axiocam monochrome camera (Zeiss) 

Creative Inquiry Laboratory (304/306); Molecular Biology Laboratory 

The CI lab provides participating CI BioE undergraduates with resources for the 16 CI projects 

currently  underway  in  BioE,  specifically  having  tools  and  materials  for  small  prototype 

production and analysis. It also has one computer.  

C.W. Hall Documentation Center (Rhodes 208) 
This  documentation  center  and  reading  lounge  holds  collections  of  instruction  materials 

including  books,  manuscripts,  patent  information,  video  and  audio  tapes,  and  other  CU  BioE 

artifacts. 

Clemson  University  Technology‐guided  Therapy  for  Endoscopic  and  Robotic  Surgery 

(CUTTERS) Rhodes 212 

The  robotics  laboratory  hosts  undergraduate  students  for  research  and  honors  training.  It  is 

equipped with electronics for designing medical imaging and image processing. It also has four 

computers for image guided and robotic surgery.  The lab has the following equipment. 

 Aurora Magnetic Tracker System Control Unit (Northern Digital Instruments) 

 Four computers 

Design Machine Shop (Rhodes 214) 

The  design  machine  shop  is  used  for  the  mechanical  testing  of  gear  and  equipment  for  the 

analysis  of  working  prototypes  (Instron).  There  are  two  computers  available  in  this  shop  for 

student use.  The design machine shop has the following equipment. 

 Zeiss Panel Computer Projection with overhead projector 

 Zeiss Cabinet Industrial x‐ray 

 Zeiss Microscopic Image Analysis System 

 Zeiss Axiovert CFL 

 Amit Six channel multi‐component force transducer (MC3A‐1000) 

Electrophysiology Laboratory (204/205 Rhodes) 

The Electrophysiology Lab in 204 Rhodes is equipped for patch clamp analysis for cell cultural 

analysis  which  prepares  living  cells  for  electrophysiology  tests.  The  lab  has  the  following 

equipment 

 Axioskop 2 FS Upright Fixed Stage Microscope (A710SKOP‐Zeiss) 

 60 Channel MEA System (MCS MEA‐60‐SYS)  

 Multiclamp 700A Amplifier (Axon Instruments)  

 Electrophysiology  Rig  (Patch  Clamp  setup),  a  Axiovert  200  microscope  w/accessories 

(Zeiss 202057)  

 Flaming/Brown tyupe micropipette puller (p‐97 Sutter Instruments)  
  Nanoscope IVA SPM Control Station (D3100S‐1; Digital Instruments)  

 Automated Goniometer (Rhodes 205) KSV instruments. 

Histocompability Laboratory (418) 

The  histocompatibility  pathology  laboratory  (HPL)  is  equipped  to  do  routine  paraffin  and 

plastic embedding sections, and for processing staining and sectioning of histological tissue.  It 

has state of the art sectioning, polishing and staining equipment and numerous smaller pieces 

of equipment such as a magnetic stirrer, vacuum pump, and an oven. The lab has the following 

equipment. 

 POLYCUT E Microtome w/knife and holder (Excel technology) 

 Processor tissue Tek vacuum infiltration processor (Miles scientific) 

 Exakt Medical grinding/cutting system (SAW) 

 Olympus microscope pathology/microbiology 

 Zeiss cryostat machine (Micron HM 505N) 

 Buehler Isomet 3 8” polisher (Buehler) 

 Isomet 4000 Precision saw  112680 (Buehler) 

Materials Characterization and Testing Lab (MCT) (520 Rhodes) 

The  Materials  Characterization  and  Testing  (MCT)  Lab  is  equipped  with  state  of  the  art 

analytical  and  testing  instruments.  MCT  Lab  supports  researchers,  students  and post  doctoral 

fellows sponsored by COBRE in the testing, characterization, and analysis of biomaterials. The 

lab has the following instrumentation. 

1. Spectropolarimeter  (Jasco  J‐810)  –  Measures  the  circular  dichroism  (CD)  and  optical 

rotary dispersion (ORD) of the sample. 

 Specifications: Wavelength range from 163 to 900 nm 

 Accessories: Peltier type temperature controller Jasco PFD‐425S; Automated pH titrator 

Jasco ATS‐429S. 

 Applications: 

o Verifies the chirality of molecules or compounds; 

o Estimates  fractions  of  each  different  conformation  in  protein  structure  using 

available software; 
 o Studies conformational changes of molecules with temperature; 

o Verifies that the protein is in its native conformation; 

o Protein folding studies; 

o Purity testing of optically active substances. 

2. Temperature Controlled Automatic Refractometer AR700 (Reichert) 

 Specifications: Reading range of 1.33000 to 1.60000 Refractive Index and the full Brix 

scale. Precision: to 0.01 Brix or 0.00001 RI 

 Applications:  Measures  refractive  index  of  transparent,  translucent,  and  opaque 

liquids. 

3. CAM 200 Optical Contact‐angle Goniometer – DSA‐20E (Kruss Instruments) 

Applications: 

o Contact angle measurements 

o Surface free energy measurements 

o Absorption and wetting 

o Surface/interfacial tension 

4. Variable‐angle Spectroscopic Ellipsometer GES 5 (Sopra Inc) ‐ Thickness measured: from 

monoatomic  to  several  microns  thick.  The  beam  size:  1  mm2  and  10  mm2;  variable 

angles: from 7º to 90º with variable +/‐ 0.01º; spectral range from 200 nm to 800 nm 

Applications: 

o Measures material refractive indices; 

o Layer thicknesses of thin film layers on flat substrates; 

o Up  to  7  layers  can  be  analyzed  in  terms  of  thickness  and  optical  characteristics 

for each layer. 

5. Flame Atomic Absorption ‐ AAnalyst 200 Instrument (Perkin Elmer) 

Specifications: Wavelength range from 189 to 900 nm. 

Applications: For determining very precisely the concentration of a particular element in 

a liquid sample; detects from 1 to 1000 μg/L. For each element, the specific lamp is 

required. Ca lamp is available.  
6. Surface Plasmon Resonance Spectrometer Biacore X ‐ Measures the interactions between 

proteins, in real time using the phenomenon of surface Plasmon resonance (SPR). 

Specifications: 

 Two Flow cell capability; 

 Temperature regulation from 4 to 40oC; 

 Flow rates 1‐100μL/min, steps of 1 μL; 

 Required sample volume: injection volume (minimum 5 μL +20 μl); 

 Molecular weight detection: >180 Da; 

 Refractive index range from 1.33 to 1.40; 

 Sensitivity:  70000  RU*,  where  RU,  resonance  units,  1RU  =  1  pg/mm2  of  sensor 

surface. 

7. Materials Testing System (MTS) Synergie 100  

Applications: Tensile, Flex, Peel/Tear, Strain, and Compression test methods. 

Specifications: 

 Loading available is 10 N (2 lbf); 

 Speed range from 0.001 to 1000 mm/min (0.00004‐39 in/min); 

 Max specimen thickness for grips: 13 mm (0.5 in); 

 50 mm (2.0 inch) diameter lightweight compression platens. Face set, 25x25 mm 

rubber, for 100/2000 advantage pneumatic and screw action grips. 

8. HPLC/GPC System (Waters) 

 Applications: MW determination, high resolution separation and purification. 

 Features:  Binary  Gradient  Pumping  System,  Autosampler,  Photodiode  Array  Detector 

(Wavelength  Range  from  190  to  800  nm  with  1.2  nm  resolution  with  wavelength 

accuracy:  ±  1  nm);  Refractive  Index  Detector  (Refractive  Index  Range:  1.00  to  1.75  RIU 

with  temperature  control  from  30  to  55oC);  Column  Heater  (Temperature  Range  from 

20oC to 60oC; with temperature accuracy of ±0.8oC; Column Capacity of up to four 7.8 

mm  x  300  mm  columns);  Fraction  Collector  (Methods  of  Operation:  time,  drop  count, 

drop volume, signal). 

9. Expanded Plasma Surface Treatment Unit PDC‐001 (Harrick Plasma) 
 Features: 

 Expanded Pyrex plasma chamber 6″diameter x 6.5″ length (15.24cm x16.51 cm) 

 PlasmaFlo gas mixer 

 Oxygen service pump 

Mechanical Testing Lab (216 Rhodes) 

The  purpose  of  this  lab  is  to  test  working  prototypes  of  various  BioE  systems.  It  has  the 

following equipment. 

 Platform biomechanics w/mounting fixture (Adv. Mechanical Tech) ORG‐1‐5 

 Biaxial test system 8847 Instron 

 8800 Digital Controller w/second control channel 8800 Instron 

 Instron Servohydraulic testing machine 

Molecular Biology Lab (Rhodes 308) 

The molecular biology lab is a high tech facility equipped with the latest technology available to 

undergraduates  for  protein  analysis,  gene  expression  and  advance  imaging.    The  molecular 

biology lab facility has 5 computers.  The Molecular Biology Lab has the following equipment. 

 UV/VIS spectrometer DU640B (Beckman Instruments) 

 Rotor‐Gene  real  time  DNA  amplification  system  SPECTRA  MAX  GEMINI  EM 

(Molecular Device) 

 Agilent 2100 Bioanalyzer G2938C  

 Fluor‐Chem SP Imaging System FLUORCHEM SP – Alpha Innotech 

Multipurpose lab (104 Rhodes) 

The  multipurpose  creative  inquiry  implant  retrieval  labis  equipped  for  surface  analysis  of 

retrieved  implants  and  biomaterials,  cleaning  processing  and  cataloging  of  retrieved  implants 

and biomaterials.  This lab has the following equipment. 

 LFM‐2 Digital Instruments Nanoscope E Scanning Probe Microscope Station 

 Kodak M35A‐X Mat. Film Processor 

 Buehler Micromet 5101 Microindentation hardness tester  

 Labconco Chemical Hood 

 Biometrics DataLOG Kinematic Measurement System (W4X8) 
  Cetr Microtester APEX‐UMT‐2MO 

 WYKO Optical Phase Shifting and Vertical Scanning Interferometry (PZ‐06‐SC‐SF) 

 4 computer workstations 

Multiscale Bioelectromechanics Laboratory (MBL) (Rhodes 515) 

Directed by Dr. Delphine Dean, the MBL is dedicated to AFM and scanning probe microscopy 

and nano and micro‐mechanics. Bringing together undergraduate and graduate students under 

the direction of Dr. Delphine Dean, our broad goal is to understand how small scale phenomena 

affect  large scale  tissue properties.  Equipment  is  available  for  cell  culturing,  imaging  analysis, 

computational modeling, and surface chemistry. It has the following equipment. 

 Olympus Microscope with accessories (CKX415F) 

 Isoterm WJ CO2 incubator Fisher Scientific 3531 

 Thermo Fisher Scientific Microplate Reader 

 Three computers 

Tissue Engineering Laboratory 

The  Tissue  Engineering  Laboratory,  directed  by  Dr.  Karen  Burg,  engages  in  research  that  has 

evolved around the development of biologic‐based solutions for tissue engineering replacement 

and/or  repair.  Cells  are  isolated  from  a  patient,  expanded  in  culture,  combined  with  an 

absorbable biomaterial, and cultured. The tissue‐biomaterial construct is then implanted in the 

patient.  The  developing  tissue  acquires  the  shape  of  the  material,  as  the  material  gradually 

absorbs. Tissue engineering eliminates the need for immunosuppression, minimizes traditional 

transplantation complications and donor tissue, eliminating all foreign materials.  

The facility encompasses a cell culture laboratory, a polymer processing laboratory, and a tissue 

biofabrication  laboratory.  These  laboratories  include  a  BSL  II  cell  culture  room,  BSL  II  culture 

hoods,  autoclave,  incubators,  roller  bottle  incubator,  centrigues,  a  Zeiss  inverted  microscope 

with Image Pro image analysis software, stereoscopes with digital imaging and image analysis 

software, a differential scanning calorimeter, a gel permeation chronograph, lactic acid glucose 

analyzer,  Pentium  computers  with  network  printing  capabilities,  a  contact  angle  analyzer,  a 
fluorometric microplate reader, a visible light microplate reader, a Parr pressure reaction vessel, 

a hydraulic press, a gradient thermocycler, a gel imaging unit, a PCR hood, chemical hoods, a 

melt indexer, a spin coater, peristaltic pumps with computer interface and bioreactors.  

Clemson University Biomedical Engineering Innovation Campus, CUBEInC 

The facilities at CUBEInC, in partnership with the Greenville Hospital System, are the product 

of  a  $7.5  million  investment  by  the  state  of  South  Carolina.  This  state‐of‐the‐art  laboratory 

complex  in  Greenville,  South  Carolina,  encompasses  10  laboratories  occupying  the  entire 

fourth‐floor,  including  offices  and  conference  areas.    This  space  is  dedicated  to  medical 

specialties  (orthopaedics,  cardiovascular,  regenerative  medicine,  histology  and  pathology, 

robotic  surgery,  etc.)  and  also  houses  industry  start‐up  incubator  space  for  potential 

partnerships  with  small  companies  in  the  local  area.  CUBEInC  is  located  within  walking 

distance of the two major hospital systems in the Upstate region of South Carolina (Greenville 

Health  System;  Bon  Secours  St.  Francis  Hospital  System),  enabling  the  PIs’  continued 

participation  in  translational  research.  All  laboratories  and  offices  at  CUBEInC  are  fully 

connected to the computational infrastructure of the main Clemson University campus through 

high  speed  internet,  including  the  21x30  foot  video  conference  facility  providing  for  suitable 

video conference and virtual meeting capabilities as required for this project. 

The  laboratory  also  houses  various  test  systems,  including  an  Instron  model  8874  hydraulic 

materials  testing  frame  capable  of  apply  up  to  25kN  of  axial  load  and  100  Nm  of  torque,  a 

Bruker NP‐Flex non‐contact 3D optical surface metrology system, a Motic K400P reflected‐light 

optical microscope with a Lumenera Infinity 2‐1C color digital camera attached, a Motic BA210 

transmitted‐light  optical  microscope,  two  chemical  fume  hoods,  Millipore  water  systems, 

Anaprolene  sterilizer,  small  steam  sterilizer,  Isotemp  CO2  incubators,  and  a  Bransonic  5510 

ultrasonic cleaner.  Computational capacity includes six computers with software necessary for 

handling  the  DICOM  medical  image  formats  received  from  the  clinical  collaborators  in  the 

current  project,  as  well  as  the  full  complement  of  analytical  and  design  software  (LabVIEW, 

Solidworks,  SAS,  ANSYS,  COMSOL,  etc.)  that  is  licensed  and  fully  available  to  Clemson 

University faculty. Attached adjacent to the laboratory space is the PI’s 9x11 foot office, as well 

as  several  other  similarly  sized  rooms  housing  four  specimen  freezers,  chemical  storage 
cabinets,  and  a  vast  collection  of  hand‐held  instruments  and  tools  suitable  for  sectioning, 

precise measurement and analysis of implanted biomaterials.  

The  extraordinary  intellectual  environment  in  CUBEInC  also  houses  research  facilities  for 

Clemson  Bioengineering  faculty  engaged  in  improving  such  orthopaedics  and  developing 

protocols to repair damaged or diseased human tissue using the body’s own adult stem cells. Of 

particular relevance to this proposal is the fully functional histology and immunohistochemistry 

facility,  with  sectioning  and  staining  equipment  suitable  for  processing  and  sectioning 

explanted prosthesis materials and attached hard tissues.   

The  equipment  includes  an  Isomet  5000  Buehler  Precision  saw,  an  E‐BS1PKG  Dorn  and  Hart 

Microedge  saw,  a  Bond  Max  Leica  fully  automated  IHC  and  ISH  staining  system,  a  Leica 

RM2255  Automated  Microtome,  an  M1950  Leica  Automated  Cryostat,  an  A81000002  Richard‐

Allan  Scientific  Company  HistoStar  Embedding  Center,  an  electro  force  3230  Series  II  Bose 

Axial/Torsion  high‐accuracy  displacement  measurement  system,  and  a  V402  Van  der  Stahl 

Medical  Pouch  Vacuum  Sealer.  Rapid  prototypes  of  medical  devices  can  be  generated  from 

surface  models  using  the  ProJet  SD  3000  3‐D  Printer,  from  3D  Systems  Corporation,  with 

Mimics innovation suite medical software. 

Undergraduate Lounge (312 Rhodes) 

The undergraduate lounge provides BioE students with a collaborative study environment and 

a study lounge. Five computers are available. 

RHODES ENGINEERING RESEARCH CENTER AND ANNEX 

The  Rhodes  Engineering  Research  Center  houses  complete  biomaterials  instrumentation  and 

analysis  facilities  for  structural,  cellular,  and  surface  characterization,  with  equipment  for 

physical,  chemical,  and  histological  analysis,  and  access  to  imaging  instrumentation  (optical 

microscopes,  atomic  force  microscopes,  confocal  microscopes,  electron  microscopes,  etc.).  As 

with the video conference facility at CUBEInC, smart classrooms within the Rhodes Engineering 

Research Center have video conference capabilities for virtual meetings. With the inception of 

the  new  bioengineering  undergraduate  program,  an  $11.5  million  addition  to  Rhodes  was 

constructed to meet the needs to support that objective.   
The  main  departmental  administration  located  in  301  Rhodes  consists  of  offices  for  the 

department  chair,  administrative  coordinator  and  assistant,  account  and  graduate  program 

coordinator.  Students  are  tasked  with  receptionist  duties  and  a  dedicated  suite  for 

undergraduate  affairs  is  located  in  the  Rhodes  Annex  for  the  undergraduate  coordinator  and 

student  workers.  The  administration  offices  occupy  the  new  space.  Both  Rhodes  and  Rhodes 

annex have a total of six classrooms with a seating capacity ranging from 25 to 85 seats: Rhodes 

302  (816  square  feet/26  seats),  Rhodes  422  (600  square  feet/25  seats),  Rhodes  516  (450  square 

feet/20  seats),  Rhodes  522  (600  square  feet/25  seats),  Rhodes  Annex  109  (551  square  feet/46 

seats),  Rhodes  Annex  111  (1050  square  feet/85  seat  auditorium),  and  Rhodes  Annex  201  (336 

feet/46  seats).  All  classrooms  have  an  LCD  projector,  instructor  lectern  and 

computer/Sympodium (SMART Podiums), and wireless Internet.    

Biodesign and Biomaterials Multipurpose Laboratories (312/315 Rhodes Annex) 

The Biodesign lab is used to teach undergraduates how to create materials for small prototype 

production and design, and is supplemented by support and microscopy rooms 313 and 314.  It 

has two computers. 

The  Biomaterials  lab  is  used  to  process,  section,  and  staining  histological  tissues  and  for 

microscopic imaging. It has two computers.  

The lab has the following equipment 

 Nikon microscopes with various attachments LABOPHOT‐2 

 Leica RM 2155 Rotary Microtome RM 2155  

Bionstrumentation Laboratory (316 Rhodes Annex) 

The bioinstrumentation laboratory is equipped with computers and electrophysiology systems 

for  ECG  and  is  the  main  lab  for  teaching  BIOE370  Bioinstrumentation.    Specifically,  students 

construct  electronics  for  building  and  testing  small  prototypes,  and  conduct  electrophysical 

measurements ECG and electronic prototyping. The lab has the following equipment.  

 Advanced Teaching System ML‐856 – AD instruments 

 Eight computers 

Bionanomaterials Laboratory (217 Rhodes Annex) 
The  Bionanomaterials  laboratory  is  used  for  the  purposes  of  synthesizing  and  analyzing 

liposomes,  nanoparticles  and  bioconjugates  of nanoparticles.  The  laboratory  has  the  following 

equipment.  

 Bio‐Tek Microplate Reader Spectrofluorometer (SYNERGY HT) 

 Beckman Coulter ALGRA64R Centrifuge, Refrig 208V  

 Brookhaven particle sized analyzer (90 plus) 

 Biotek Flash Reader (synergy 4) 

 Eppendorf AG centrifuge 5415R 

BioPhotonics Laboratory (212 Rhodes Annex) 

The biophotonics lab entails developing laser guidance techniques, optical trapping technique, 

and microfluidic devices to create biochip models of neuronal networks for studying network 

processing dynamics and neurodegenerative disease; applying microfluidics to miniaturize and 

automate cell‐culture assays for tissue‐engineering studies as well as for bioinstrumentation and 

diagnostics,  and  optics  based  cell  sorting  and  disease  diagnostics.    The  laboratory  has  the 

following equipment 

 4ft. laminar flow hood  

 TI: Sapphire laser guidance system for cell sorting (Edmond Optics) 

 Zeiss incubator with a temp control Co2 controller 

 Raman Fiber Laser Center Wavelength (Keopsys – KPSBT2RFL148010FA) 

 A Micronics Microflow System 

 An optical  coherence tomography (OCT) biomedical imaging system to investigate the 

development of the heart  (Oplink PIOC850000TH101) 

 A two‐photon Confocal Microscope Camera to study cell differentiation (Andor X‐3873) 

 An Aurora Holoeye Spatial Light Modulator (ASI6010‐X‐LO1‐00D) 

 Hamamatsu photomultiplier (H7422P‐40 

 Seven computers  

Biosensors Laboratory (Rhodes Annex 210) 
The biosensors laboratory is equipped with electrochemical workstations to study and develop 

biosensors and bioanalytical methods and technologies. It has two computers, and the following 

equipment 

 Tahner IM6 Electrochemical Workstation 

 VMC‐2 Potentionstat/Galvanostat/Impedence Analyzer (Princeton Applied Research) 

 Nicolet  6700  FTIR  Gold  spectrometer  and  accessories  (Thermoscientific  model 

6700912A0637) 

Cell Culture Support Laboratory (Rhodes Annex 206 

This  cell  culture  support  lab  has  laminar  flow  hoods  for  cell  culture,  and  one  computer 

workstation. It has the following equipment 

 Baker Sterilgard hood – SG603 

 Labconco Purifier and Base Stand 16‐107‐168 

 PH Blood Gas System (ALB5) 

 Stemi 20000CS Microscope and accessories (KL 1500 CD – Zeiss) 

Cell Mechanics and Mechanobiology Lab (213 Rhodes Annex) 

Directed by Dr. Jiro Nagatomi, Assistant Professor of Bioengineering at Clemson University, the 

Clemson University Mechanobiology lab conducts ethical and innovative research at the cutting 

edge  of  engineering  and  biomedical  sciences  by  providing  quality  education  and  rigorous 

training  for  the  future  bioengineering  professionals.  It  has  900  square  feet  of  wet  laboratory 

space,  equipped  with  two  chemical  fume  hoods,  complete  facilities  for  cell  and  molecular 

biology  experiments,  and  capability  for  fabrication  of  experimental  setups.    The  lab  has  the 

following equipment. 

 Axiovert 200 Inverted Research Microscope (Zeiss) 

 Purifier hood and base stand (Labconco) 

 Genios microplate reader (GENIOS‐BASIC/Tecan‐Genios) 

 Eppendorf Centrifuge MDL 5810R 

 Protean IEF System (Biorad) 

 Two computers 
  Nikon TE20000S Inverted Microscope  

Current  research  is  underway  in  the  mechanotransduction  of  hydrostatic  pressure,  the 

application of mechanobiology to functional tissue engineering, developing microfluidic 3D cell 

culture platform to study mechanically‐induced differentiation of bone marrow stem cells, and 

the developing scar‐inhibiting bladder tissue adhesive. 

Mechanotransduction of Hydrostatic Pressure ‐ Hydrostatic pressure is a ubiquitous mechanical 

quantity  in  which  human  organs  that  contain  fluids  are  constantly  subjected  to  pressure 

fluctuations in addition to the stretching of wall tissues and shear stress generated by fluid flow. 

This  work  involves  the  investigating  how  cells  detect  hydrostatic  pressure,  and  will  help 

elucidate  the  knowledge  necessary  for  understanding  the  complex  phenomena  of  cellular 

mechanotransduction. 

Because hydrostatic pressure does not theoretically produce any deformation of what we know 

as  incompressible  materials,  cellular  responses  to  hydrostatic  pressure  are  often  viewed  as 

experimental  artifacts  because  they  are  believed  to  react  only  to  deformation  of  physical 

structures.  However  from  a  physics  perspective,  hydrostatic  pressure  is  a  thermodynamic 

intensity  parameter  like  temperature:  Our  current  hypothesis  is  that  hydrostatic  pressure 

directly influences electrochemical potential around cells by activating certain ion transporters. 

Changes in electrical potential across cell membranes and ion flux can trigger molecular events 

such  as  cytoskeletal  rearrangements  inside  cells.  Working  toward  innovative  concepts  of 

cellular mechanotransduction of pressure in the absence of deformation, we are  

•  Developing  novel  experimental  systems  to  investigate  the  mechanotransduction  events  at 

the single‐cell level using electrophysiological recordings and optical imaging; 

•  Examining the potential link between applied pressure and altered mechanical behavior of 

cells due to changes in cytoskeletal architecture (structural response); 

•  Using  a  proteomics  approach  to  determine  intracellular  signal  transduction  (molecular 

response) induced by exposure of cells to hydrostatic pressure. 

Identifying  sensors  in  various  cells  will  help  guide  the  development  of  new  pharmacological 

agents for numerous applications from peripheral organs to the central nervous system. 

Using Mechanobiology for Functional Tissue Engineering 
So that cultured cells may develop functional tissues in vitro, biochemical cues but mechanical 

environments that mimic that of in‐vivo conditions is necessary.  This work involves the design, 

construction  and  calibration  of  novel  bioreactors  to  condition  cultured  cells  and  tissue 

engineering  constructs  under  mechanical  stimuli  to  guide  growth  and  development.  These 

studies will provide a new methodology in Tissue Engineering to generate and to characterize 

fully  functional,  implantable  tissue  constructs.  Current  research  in  our  laboratory  includes 

tissue  engineering  of  the  bladder  wall  using  bladder  smooth  muscle  cells  in  3‐D  collagen 

cultures subjected to mechanical stimuli. 

Developing Scar‐inhibiting Bladder Tissue Adhesive  

An estimated 22 million women in the United States have undergone hysterectomy. Accidental 

laceration  of  the  bladder  during  these  surgeries  is  the  most  common  complication,  and  while 

they  are  repaired  during  surgery  with  the  bladder  drained  via  catheter  postoperatively,  such 

injuries  can  form  scar  tissue.  Such  scar  tissue  is  especially  undesirable  as  it  can  either 

compromise  the  proper  distension  of  the  bladder  to  store  urine,  and  subsequent  catheter  use 

and collecting bags during recovery can severely diminish patients’ quality of life.  

This  research  involves  the  engineering  of  a  tissue  adhesive  to  eliminate  the  need  for  surgical 

sutures and minimize scar formation. Specifically, the Nagatomi group is designing a clinically 

applicable easy‐to‐use tissue adhesive (rapid curing, two‐component solutions with long shelf 

life),  that  can  stretch  with  the  bladder  wall,  and  degrades  with  controlled  release  of  bioactive 

molecules to inhibit scar formation. Specific aims are to 1) optimize mechanical properties of the 

bladder tissue adhesives ex vivo, 2) optimize the scar‐inhibiting function of the tissue adhesive 

ex vivo, and 3) evaluate the efficacy of the selected scar‐inhibiting tissue adhesive in vivo. This 

in  vivo  data  will  be  used  to  further  modify  the  design  for  advancing  this  research  to  clinical 

trials.  

Confocal Microscopy Laboratory (313 Rhodes Annex) 

The confocal microscopy laboratory is used for confocal microscopic imaging, AFM imaging of 

biological samples, small tissue mechanical testing, mechanotransduction, molecular mechanics. 

This lab supports research in rooms 312/315, and has the following equipment. 

 Olympus 1 X71 Inverted Microscope – U‐LH100HGAPO 
  Olympus Atomic Force Microscope 7 and accessories MFP‐3D‐OLY 

  Asylum Research Petri Dish Heater MFP‐3D‐OLY 

 Metamorph Microsoft Objective w/software  

Microenvironmental Engineering Laboratory (216 Rhodes Annex) 

The 252 sq. ft  lab is used for the surface modification of polymer films for hydrogen grafting, 

and for the modificaton of cells for non‐viral gene delivery.   

Nanomedicine Laboratories (203 Rhodes Annex –office/ 207 Rhodes Annex ‐ lab) 

Directed  by  Dr.  Frank  Alexis,  this  research  lab  in  Rhodes  Engineering  Research  Center  at 

Clemson  University  is  equipped  with  working  benches,  chemical  storage  cabinet,  exhaust 

system, air and purified nitrogen gas, DI water. Tissue culture is conducted in the departmental 

cell  culture  facility  directed  by  Cassie  Gregory.  The  purpose  of  the  lab  is  to  design  and 

synthesize advance polymers The lab has the following equipment.  

 Filtration system in parallel (4 polymers) 

 Freeze dryer Multiarm (Labconco) 

 Vacuum oven, 20L (Fisher) 

 Multi stirrer system to synthesize 50 different types of nanoparticles simultaneously 

 Ultracentrifuge equipped with rotors for any tube sizes 

 One computer 

Undergraduate Tissue Engineering Laboratory (310 Rhodes Annex 

This lab is used to teach undergraduates tissue engineering techniques and is fully equipped for 

cell  and  tissue  experiments  needed  to  teach  tissue  engineering  class  (BIOE448)  and  in  other 

undergraduate research activities. The lab has the following equipment. 

 Zeiss AXIOVERT S 100 Inverted Research Micro  

 Labonco 6 ft. Laminar Flow Hoods (3460001) 

 SORVALL ST 40 centrifuge (Thermo scientific) 

 2 computers 

Biosystems Research Complex (Room 202 ‐ 105 Collings St., Clemson, SC) 
The  BRC  houses  the  bioprocessing  facility  for  the  BioE  department  in  Room  202  in  which 

equipment  is  available  to  teach  undergraduate  students  fermentation  and  purification 

techniques.  Room 202 has the following equipment.  

 Labconco Biologic safety hood, Delta series 

 Constant Systems cell disruptor 

 Hermle Refrigerated centrifuge 

 Sartorius Fermenter vessel: UniVessel 1L CC double wall  (Biostat B plus 8843478) 

 Two Sartorius computer controlled fermenters with 5‐L vessels 

 Tecan‐Genious Microplate reader (GENIOUS‐BASIC) 

 Thermo Incubator 51028064 

 Fisher Scientific Isotemp CO2 water jacketed incubator (IR control) 

 Hermle microcentrifuge (10,000 x g) 

 Olympus phase contrast microscope 

 Sartorious  Ultrafiltration/Diafiltration  Unit  (SARTOJET  Slice  Cassette  Bench  Top 

System) 

Additional Equipment 

Rhodes 205 – Allegra 6r refrigerated benchtop centrifuge 

Rhodes 210 – HP Designjet 5000PS Printer 

Rhodes 211 – XYZ Direct Drive Assembly, ANT‐21L (Aerotech); Digital Phosphor Oscilloscope 

DP07104 Tektronic; Image Scanning Unit, 6215H Cambridge Tech.  

Rhodes  508/509/510    –    Apparatus  Stereo  Lithography  Laser  System,  Oven  UV  Post  Cure  3‐D 

system, Drive Disk Subsystem, MTS Synergie 100 Material Testing System, Varian 932‐0028 E‐

Gun Evanporator, Controller w/monitor 2000 55SX IBM,  Jasco J‐810 System CD spectrometer