Nama : Dinny

NIM : 10518056

1. Lakukan screenshot pada struktur protein dalam bentuk chain tanpa molekul ligand

Gambar1. struktur protein dalam bentuk chain tanpa molekul ligand

Pengoperasian: File → Open PDB file → Pilih File Protein yang telah didownload (5RFB)
→ Klik kanan pada kolom “side” yang terdapat pada control panel untuk menghilangkan
residu → Klik kiri pada kode ligan (DMS401, DMS402, DMS403, DMS405, dan T9M404)
yang ada padakolom “show” pada control panel untuk menghilangkan ligan → Gambar 1.
 2. Lakukan screenshot pada struktur protein dalam bentuk ribbon tanpa molekul ligand!

Gambar2. struktur protein dalam bentuk ribbon tanpa molekul ligand

Pengoperasian: Proses untuk gambar 1 → Klik kanan pada kolom “ribn” yang terdapat pada
control panel → Gambar 2.

3. Lakukan screenshot pada struktur protein dalam bentuk ribbon dengan molekul
ligand!

Gambar3. struktur protein dalam bentuk ribbon dengan molekul ligand

Pengoperasian: Proses untuk gambar 2 → Klik kiri pada kode ligan (DMS401, DMS402,
DMS403, DMS405, dan T9M404) yang ada pada kolom “show” pada control panel untuk
memunculkan kembali ligan → Klik kiri pada kode ligan yang ada pada kolom “label” pada
control panel untuk memunculkan nama ligan → Gambar 3.

4. Pilihlah asam-asam amino pembentuk heliks di dalam struktur protein. Lakukan

screenshot pada struktur heliks yang terbentuk!

Gambar4. Asam-asam amino pembentuk heliks di dalam struktur protein

Pengoperasian: Proses untuk gambar 1 → Menu “Select” → Pilih “Secondary Structure” →

Klik “Helices” → Klik kiri pada kolom “ribn” milik kode asam amino yang berwarna merah
→ Gambar 4.

5. Pilihlah asam-asam amino pembentuk sheet di dalam struktur protein (minimal 3

sheets). Lakukan screenshot pada struktur sheet yang terbentuk dan tunjukkan ikatan
hidrogen yang terbentuk (seperti slide halaman 42)!
Gambar5. Asam-asam amino pembentuk sheet di dalam struktur protein

Pengoperasian: Proses untuk gambar 1 → Menu “Select” → Pilih “Secondary Structure” →

Klik “Strands” → Klik kiri pada kolom “ribn” dan kolom “label” milik kode asam amino
yang berwarna merah → Klik kanan pada kolom “show” → klik kiri pada kolom “show”
milik kode asam amino yang berwarna merah → Tools → Klik “Compute H-Bonds” →
Gambar 5.

6. Tunjukkan konformasi protein yang menunjukkan perbedaan jenis asam-asam amino

di dalam struktur protein yang dibedakan berdasarkan warna (seperti slide halaman
47). Klasifikasikan jenis asam amino dalam protein berdasarkan sifatnya (polar, non-
polar)!
Gambar6. Jenis asam amino dalam protein berdasarkan sifatnya

Pengoperasian: Proses untuk gambar 1 → Menu “Color” → Klik “Type” → Gambar 6.

Dari struktur asam amino diatas terdapat 4 warna yaitu merah, kuning, abu-abu, dan biru.
Warna merah menunjukkan sifat yang negatif, biru menunjukkan sifat positif, kuning
menunjukkan sifat polar dan abu-abu menunjukkan sifat hydropobik.

Berikut klasifikasi polar dan non polar:

Polar :
SER1, SER10, GLN19, THR21, THR24, THR25, THR26, ASN28, TYR37, THR45,
SER46, ASN53, TYR54, SER62, ASN63, ASN65, GLN69, ASN72, GLN74, SER81,
GLN83, ASN84, THR93, ASN95, THR98, TYR101, GLN107, GLN110, THR111,
SER113, TYR118, ASN119, SER121, SER123, TYR126, GLN127, ASN133,
THR135, SER 139ASN142, SER144, SER147, ASN151, TYR154, SER158,
TYR161THR169, THR175, ASN180, TYR182, GLN189, THR190, GLN`192,
THR198, THR199, THR201, ASN203, TYR209, ASN214, ASN221, THR224,
THR225, THR226, ASN 228, ASN231, TYR237, ASN238, TYR239, THR243,
GLN244, SER254, GLN256, THR257, SER267, GLN273, ASN274, SER284,
THR292, GLN299, SER301, THR304.

Hydropobik:
GLY2, PHE3, MET6, ALA7, PHE8, PRO9, GLY11, VAL13, GLY15, CYS16,
MET17, VAL18, VAL20, CYS22, GLY23, LEU27, GLY29, LEU30, LEU31,
LEU32, VAL35, VAL36, CYS38, PRO39, VAL42, ILE43, CYS44, MET49, LEU50,
PRO52, LEU57, LEU58, LEU59, PHE66, LEU67, VAL68, ALA70, GLY71, VAL73,
LEU75, VAL77, ILE78, GLY79, MET82, CYS88, LEU89, VAL91, ALA94, PRO96,
PRO99, PHE103, VAL104, ILE106, PRO108, GLY109, PHE112, VAL114, LEU115,
ALA116, CYS117, GLY120, PRO122, GLY124, VAL125, CYS128, ALA129,
MET130, PRO132, PHE134, ILE136, GLY138, PHE140, LEU141, GLY143,
CYS145, GLY146, VAL148, MET162, PRO168, PHE181, GLY183, ILE200,
LA193, ALA194, GLY195, TRP207, PHE223, LEU227, PHE230, GLY251, ILE249,
PRO252, ALA255, GLY258, ILE259, ALA260, VAL261, LEU268, LEU271,
MET264, MET276, GLY302, VAL303.
7. Identifikasilah sisi pengikatan antara protein (ribbon) dengan ligand. Pilihlah residu-
residu di sekitar sisi pengikatan, screenshot ikatan hidrogen di antara ligand dengan
sisi pengikatan di sekelillingnya (seperti slide halaman 56)! Sebutkan asam amino apa
saja yang berinteraksi dengan ligand!

Ikatan hidrogen antara ligand dengan sisi pengikatan sekelilingnya

Gambar7. Sisi pengikatan antara protein (ribbon) dengan ligand

Pengoperasian: Klik kode ligan (DMS401, DMS402, DMS403, DMS405, dan
T9M404) hingga tulisan berwarna merah (gunakan ctrl pada keyboard) → Pilih menu
“Select” → Klik “Neighbors of Selected Residues” → Klik “OK” → Klik kiri pada
kolom “show” dan “ribn” untuk asam amino yang terpilih → Pilih menu “Tools” →
Klik “Compute H-Bonds” → Gambar 7.
Untuk melihat residu-residu pengikatannya dapat dengan mengklik “tabel”, sehingga
dapat diketahui residu pengikatannya seperti berikut:

 DMS403 : GLY15, ASN95, CYS16, GLY17, TRP31, ALA 70

 DMS402 : ASN151, PHE8, PRO9, ALA7, ASP295, PHE294
 DMS401 : ARG76, LEU75, GLY71, GLN74, VAL68,
 DMS405 : HIS164, HIS172, HIS163, ASN142, GLU166
 T9M404 : GLY143, SER144, THR24, PHE140, THR26, GLY143

Asam amino yang berinteraksi dengan ligand!

a. T9M404
Pengoperasian: Klik kode ligan T9M404 hingga tulisan berwarna → Pilih menu
“Select” → Klik “Neighbors of Selected Residues” → Klik “OK”→ Pilih menu
“Tools” → Klik “Compute H-Bonds”

Dari ligand T9M404 yang asam amino yang berinteraksi dengan ligand adalah :

THR24, THR25, THR26, LEU27, ASN28, HIS41, TYR118, ASN119, LEU141,

ASN142, GLY143, SER144, CYS145, GLY146.

b. DMS401

Pengoperasian: Klik kode ligan DMS401 hingga tulisan berwarna → Pilih menu
“Select” → Klik “Neighbors of Selected Residues” → Klik “OK”→ Pilih menu
“Tools” → Klik “Compute H-Bonds”

Dari ligand DMS401, asam amino yang berinteraksi dengan ligand adalah :

LEU142, GLY143, SER144, CYS145, GLY146

c. DMS402

Pengoperasian: Klik kode ligan DMS402 hingga tulisan berwarna → Pilih menu
“Select” → Klik “Neighbors of Selected Residues” → Klik “OK”→ Pilih menu
“Tools” → Klik “Compute H-Bonds”

Dari ligand DMS402, asam amino yang berinteraksi dengan ligand adalah :

VAL8, GLN74, LEU75, ARG76, VAL77, MET6, ALA7, PHE8, PRO9, THR111,
SER113, GLN127, ASN151

d. DMS403

Pengoperasian: Klik kode ligan DMS403 hingga tulisan berwarna → Pilih menu
“Select” → Klik “Neighbors of Selected Residues” → Klik “OK”→ Pilih menu
“Tools” → Klik “Compute H-Bonds”
 Dari ligand DMS403, asam amino yang berinteraksi dengan ligand adalah :

GLU14, GLY15, CYS16, MET17, VAL18, TRP31, ALA70, GLY71, ASN95,

LYS97, GLY120.

e. DMS405

Pengoperasian: Klik kode ligan DMS405 hingga tulisan berwarna → Pilih menu
“Select” → Klik “Neighbors of Selected Residues” → Klik “OK”→ Pilih menu
“Tools” → Klik “Compute H-Bonds”

Dari ligand DMS405, asam amino yang berinteraksi dengan ligand adalah :

PHE140, LEU141, ASN142, GLY143, SER144, CYS145, HIS163, HIS164,

MET165, GLU166, HIS172.

8. Carilah jenis protein yang sama dengan struktur yang berbeda pada laman Protein
Data Bank (PDB) https://www.rcsb.org/. Lakukan proses superimpose pada kedua
struktur protein tersebut. Lakukan screenshot pada struktur protein yang terbentuk
setelah dilakukan proses superimposition! Berapa ukuran kemiripan kedua protein
tersebut? Apa tujuan dilakukan superimposition protein dan kaitannya dengan drug
discovery? (20 poin) Selamat mengerjakan!
Gambar8. Struktur protein yang terbentuk setelah dilakukan proses superimposition

Pengoperasian: File → Open PDB file → Pilih File Protein yang telah didownload
(5RG1 dan 5RG2) → Pilih menu “Fit” → Klik “Iterative Magic Fit” → Gambar 8.

Protein yang dipakai : 5RG2 dan 5RG1

Taxon : SARS-CoV-2
Superimposition

RMS : 0.17 Å

Atom yang terlibat : 304

Superimposition dilakukan untuk mengetahui seberapa banyak asam amino

yang mirip di antara kedua struktur protein. Hal tersebut dapat dilihat dari nilai RMS.
Semakin kecil nilai RMS, maka akan semakin mirip kedua protein tersebut.
Kaitannya dengan drug discovery adalah suatu protein dapat menggantikan protein
yang lain dalam sintesis obat karena kemiripan dua struktur protein.

Adapun tujuan dari superimposition protein dalam penemuan obat adalah

sebagai metode untuk mengidentifikasi adanya bioisterik dan scaffold hopping dari
ligan yang ada. Bioisterik dan scaffold hopping merupakan konsep dalam desain dan
optimalisasi obat yang dapat didefenisikan juga sebagai pergantian fragmen senyawa
yang aktif secara biologis untuk meningkatkan aktivasi, mengurangi toksisitas,
memudahkan bahan, atau mendiversifikasi ruang scaffold.