See discussions, stats, and author profiles for this publication at: https://www.researchgate.

net/publication/265209343

INVESTIGASI WABAH PENYAKIT PADA ITIK DI JAWA TENGAH, YOGYAKARTA,

DAN JAWA TIMUR : IDENTIFIKASI SEBUAH CLADE BARU VIRUS AVIAN
INFLUENZA SUBTIPE H5N1 DI INDONESIA

Article · December 2012

CITATIONS READS

4 5,240

26 authors, including:

Hendra Wibawa Ni Luh Putu Indi Dharmayanti

Disease Investigation Centre, Yogyakarta, Indonesia Indonesian Research Center for Veterinary Sciences
42 PUBLICATIONS   312 CITATIONS    69 PUBLICATIONS   365 CITATIONS   

SEE PROFILE SEE PROFILE

Sri Handayani Irianingsih

Animal Disease Investigation Centre, Yogyakarta, Indonesia
9 PUBLICATIONS   36 CITATIONS   

SEE PROFILE

Some of the authors of this publication are also working on these related projects:

Bovine Viral Diarrhea Virus Characterization on Genetics and Virology View project

Unraveling transmission of Highly Pathogenic Avian Influenza virus using molecular epidemiology and analysis of the contacts within and between Indonesian poultry
sectors View project

All content following this page was uploaded by Hendra Wibawa on 02 September 2014.

The user has requested enhancement of the downloaded file.

BULETIN LABORATORIUM VETERINER Vol : 12 No : 4 Tahun 2012
Balai Besar Veteriner Wates Jogjakarta Edisi Bulan : OKTOBER - DESEMBER
International Standard Serial Number (ISSN) : 0863-7968

INVESTIGASI WABAH PENYAKIT PADA ITIK DI JAWA TENGAH,

YOGYAKARTA, DAN JAWA TIMUR : IDENTIFIKASI SEBUAH CLADE
BARU VIRUS AVIAN INFLUENZA SUBTIPE H5N1 DI INDONESIA
1 1 2
Hendra Wibawa , Walujo Budi Prijono , Ni Luh Putu Indi Dharmayanti ,
1 3 4 5
Sri Handayani Irianingsih , Yuli Miswati , Anieka Rohmah , Ernes Andesyha ,
5 4 3
Romlah , Rosmalina Sari Dewi Daulay dan Kiki Safitria
1 2
Balai Besar Veteriner Wates Yogyakarta, Balai Besar Penelitian Veteriner Bogor,
3 4
Balai Penyidikan dan Pengujian Veteriner Regional II Bukittinggi, Pusat Veterinaria Farma, Surabaya,
5
Balai Besar Pengujian Mutu dan Sertifikasi Obat Hewan Bogor

ABSTRACT
The Eurasian lineage of H5N1 viruses continue to cause highly pathogenic avian influenza
(HPAI) in poultry in some countries in Asia and Africa. In Indonesia, H5N1 clade 2.1 viruses
have been known to cause all H5N1 HPAI outbreaks in which 2.1.3 clade viruses have
predominantly circulated in poultry in this country since 2005. Most H5N1 HPAI outbreak
occurs in chickens, whereas outbreak in other avian species including ducks is rare.
However, between September and November 2012, several disease outbreaks were reported
from duck farms in three provinces in Java (Central Java, Yogyakarta and East Java) with
high morbidity and mortality seen in ducks. The majority of disease cases found in young
ducks, but in some occasions, adult ducks were also affected. Neurological signs, whitish eye
and death were the main clinical signs in young ducks, while reduced in egg production were
frequently observed in affected laying ducks. Histopathology showed acute necrotic to chronic
non-suppurative encephalitis and perivascular cuffing in dead or severe infected ducks.
Immunohistochemistry result showed H5N1 viral antigen detected mainly in brain. H5N1
virus was successfully isolated either from tissues, oropharyngeal and cloacal swabs or from
feather samples. Avian influenza subtype H5 viral RNA was detected by real-time reverse
transcription PCR. Phylogenetic analysis of hemagglutinin sequences of seven H5N1 virus
isolates indicated that these isolates belong to clade 2.3.2, a H5N1 sublineage that previously
has not been detected in Indonesia. Further analysis should be done to investigate whether
the emergence of this virus in Indonesia is due to new H5N1 viral introduction or to mutation
processes occurring in poultry. In addition, another study is necessary to assess the
pathogenecity of the virus in ducks and other poultry, including chickens.

PENDAHULUAN ; Swayne, 2007; Wibawa et al., 2012). Ha-

Penyakit highly pathogenic avian influenza sil-hasil studi ini sesuai dengan hasil in-
(HPAI) yang disebabkan oleh virus avian vestigasi BBVet/BPPV dan beberapa sur-
influenza subtipe H5N1 diidentifikasi pada vei epidemiologi dan epidemiologi mole-
unggas sejak tahun 2003 (Dharmayanti et kuler yang menunjukkan bahwa tingkat
al., 2004; Wiyono et al., 2004). Menurut prevalensi virus H5N1 clade 2.1 pada itik
klasifikasi WHO/OIE/FAO, semua virus dan unggas air lainnya di Indonesia sa-
H5N1 yang diisolasi dari unggas dan ma- ngat rendah dibandingkan prevalensi virus
nusia di Indonesia termasuk dalam clade pada ayam (Henning et al., 2010; Wibawa
2.1. Virus H5N1 yang predominan ditemu- et al., 2011; Loth et al., 2011). Pada bulan
kan sejak tahun 2005 sampai saat ini ber- September - November 2012 dilaporkan
asal dari clade 2.1.3 (2.1.3.1, 2.1.3.2, dan terjadinya kasus kematian yang cukup
2.1.3.3). Beberapa penelitian menunjuk- ting-gi pada itik di daerah Jawa Tengah,
kan bahwa infeksi virus-virus H5N1 clade DI Jogjakarta dan Jawa Timur. Balai Be-
2.1 pada golongan ayam (gallinaceous) sar Veteriner Wates (BBVet Wates) mela-
seperti ayam layer, ayam broiler, ayam kukan invesitigasi di lapang dan mela-
kampung bersifat sangat pathogen, me- kukan pengambilan sampel guna meng-
nyebabkan sakit perakut dan kematian da- identifikasi agen penyebab dari kematian
lam jumlah tinggi, sedangkan itik dan ung- itik tersebut. Makalah ini bertujuan untuk
gas air lainnya relatif lebih tahan terhadap mengidentifikasi agen penyebab dari pe-
infeksi virus-virus ini (Bingham et al., 2009

INVESTIGASI WABAH PENYAKIT PADA ITIK DI JAWA TENGAH, YOGYAKARTA, DAN JAWA TIMUR : IDENTIFIKASI SEBUAH CLADE BARU
VIRUS AVIAN INFLUENZA SUBTIPE H5N1 DI INDONESIA
oleh : Hendra Wibawa, Walujo Budi Prijono, Ni Luh Putu Indi Dharmayanti, Sri Handayani Irianingsih, Yuli Miswati,
Anieka Rohmah, Ernes Andesyha, Romlah, Rosmalina Sari Dewi Daulay dan Kiki Safitria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
 BULETIN LABORATORIUM VETERINER Vol : 12 No : 4 Tahun 2012
Balai Besar Veteriner Wates Jogjakarta Edisi Bulan : OKTOBER - DESEMBER
International Standard Serial Number (ISSN) : 0863-7968

nyakit infeksius yang bersifat patogen ter- perorangan (peternak), serta dengan ke-
hadap itik. giatan semi aktif/pasif dimana sampel di-
ambil pada saat tim BBVet Wates mela-
Materi dan Metode kukan kegiatan aktif servis pada kegiatan
monitoring atau surveilan penyakit hewan
1. Penyidikan Kasus Penyakit
yang lain. Investigasi kasus penyakit di Ja-
Penyidikan penyakit dilakukan dengan ke- wa Tengah, Yogyakarta dan Jawa Timur
giatan aktif dimana tim BBVet Wates me- dilakukan dari bulan September-Novem-
lakukan respon secara aktif, berdasarkan ber 2012 menindaklanjuti beberapa lapor-
laporan dari peternak maupun dinas, un- an kematian itik di beberapa kabupaten di
tuk melakukan investigasi langsung di lo- ketiga propinsi tersebut. Kronologi kasus
kasi terjadinya kasus. Selain aktif servis penyakit dijabarkan dalam Tabel 1.
juga dengan pasif servis yaitu meng-
evaluasi sampel kiriman dinas maupun

Tabel 1. Rekaman kronologi kasus kematian itik di Yogyakarta, Jawa Tengah dan Jawa Timur,
September-November 2012.
Jumlah Spesies/ Rapid
Tanggal Kabupaten Populasi Mortalitas Gejala Klinis
Peternak Umur Test AI
Itik disekitar Ayam:
Wonosobo kasus kematian
12-09-12 1 tc tinggi Positif
(Jateng) kematian Itik:
pada ayam tortikolis
Kulon Progo Kematian,
15-09-12 1 Itik muda tc tinggi td
(DIY) mata putih
Yogyakarta
19-09-12 1 Itik muda 600 100% Kematian td
(LDCC)
Sukoharjo Itik muda-
20-09-12 4 200-225 75-100% Kematian td
(Jateng) dewasa
Bantul Itik muda-
26-09-12 1 350 51.4% Kematian Positif
(DIY) dewasa
Lumpuh,
Bantul Itik muda-
22-10-12 1 1200 29.2% kejang, Positif
(DIY) dewasa
kematian
Inkoordinasi,
Wonogiri Itik muda-
23-10-12 1 800 50% tortikolis, Positif
(Jateng) dewasa
mata putih
Pekalongan Itik muda-
01-11-12 4 400-1700 16.3-80% Kematian td
(Jateng) dewasa
Mati
Blitar Itik muda- mendadak,
05-11-12 2 3000-8325 8.3-39.3% Positif
(Jatim) dewasa kelumpuhan
tortikolis
Keterangan : Mortalitas dihitung berdasarkan jumlah kematian itik pada total populasi dalam sebuah
peternakan, tc: tidak ada catatan karena berdasarkan laporan informal peternak, td: tidak dilakukan.

Beberapa informasi dari peternak juga me- ngan prosentase terendah 8,3% dan ke-
nyebutkan bahwa wabah kematian itik ju- matian tertinggi mencapai 100,0%.
ga terjadi di beberapa kabupaten di Jawa
Tengah diantaranya Boyolali, Pati dan 2. Uji Laboratorium
Rembang. Berdasarkan hasil investigasi di Pengujian laboratorium dilakukan di BBVet
lapangan dan laporan kematian dari pe- Wates untuk mengetahui agen utama pe-
ngantar sampel itik diperoleh data bahwa nyakit yang menyebabkan kasus kematian
rata-rata kematian itik adalah 39,3% de- pada itik. Beberapa pengujian dilakukan
INVESTIGASI WABAH PENYAKIT PADA ITIK DI JAWA TENGAH, YOGYAKARTA, DAN JAWA TIMUR : IDENTIFIKASI SEBUAH CLADE BARU
VIRUS AVIAN INFLUENZA SUBTIPE H5N1 DI INDONESIA
oleh : Hendra Wibawa, Walujo Budi Prijono, Ni Luh Putu Indi Dharmayanti, Sri Handayani Irianingsih, Yuli Miswati,
Anieka Rohmah, Ernes Andesyha, Romlah, Rosmalina Sari Dewi Daulay dan Kiki Safitria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
BULETIN LABORATORIUM VETERINER Vol : 12 No : 4 Tahun 2012
Balai Besar Veteriner Wates Jogjakarta Edisi Bulan : OKTOBER - DESEMBER
International Standard Serial Number (ISSN) : 0863-7968

antara lain dengan uji bedah bangkai, Ra- pasangan primer spesifik yang telah dide-
pid Test AI, histopatologi, imunohistokimia, sain oleh AAHL (AAHL, 2008). Primer-
isolasi virus, konvensional polymerase primer ini didesain untuk mensekuen ke-
chain reaction (PCR) untuk deteksi ND seluruhan fragment gen HA sehingga da-
virus, realtime reverse transcription PCR pat diperoleh full open reading frame
(RT-PCR) untuk deteksi influenza virus ti- (ORF) gen ini (AAHL, 2008).
pe A dan subtipe H5 virus, kultur bakteri,
dan uji serologi (titer AI dan ND). 3. Analisis sekuen dan filogenetik
Selain pengujian di laboratorium BBVet DNASTAR Lasergene 8.0 software digu-
Wates, juga dilakukan uji sekuensing DNA nakan untuk assembly dan editing sekuen-
untuk mengetahui urutan nukleotida (asam sekuen HA gen. Multiple alignment dilaku-
nukleat) yang menyusun gen hem- kan dengan menggunakan program Clus-
agglutinin (HA) influenza A virus dari sam- talW dalam software Bioedit (Hall, 1999).
pel-sampel yang positif berdasarkan hasil Konstruksi filogenetik dilakukan dalam
isolasi virus H5N1 dan RT-PCR subtipe MEGA 4 software (Tamura et al., 2007)
H5. Dari beberapa sample yang positif, se- dengan metode Neighbour Joining (NJ)
banyak 3-7 sampel dikirim ke sequencing tree menggunakan 1000 bootstrap repli-
lab partner, yaitu Pusat Veterinaria Farma kasi dan Tamura-Nei93 (TN93) untuk mo-
(3 sampel itik), Balai Besar Penelitian Ve- del substitusi nucleotide. Analisis jarak
teriner Bogor (3 sampel), Balai Besar Pe- pasangan nukelotida dilakukan dengan p-
ngujian dan Sertifikasi Obat Hewan Bogor distance model dengan 1000 bootsrap re-
(7 sampel) dan Balai Penyidikan dan Pe- plikasi.
ngujian Veteriner Regional II Bukittinggi (7
sampel). Sampel itik No.1-3, dikirim kepa- Hasil dan Pembahasan
da semua sequencing lab partner, se- Hasil pengujian laboratorium
dangkan No. 4-7 dikirim ke BBPMSOH
dan BPPV II Bukittinggi. Detil penaamaan Untuk mengetahui kemungkinan penye-
isolat-isolat virus H5N1 dari itik seperti di bab wabah kematian itik telah dilakukan
bawah ini : pemeriksaan dan pengujian di laborato-
rium baik dengan uji cepat (Rapid Test)
No. 1 : A/duck/Sukoharjo/BBVW-1428-9/2012 untuk AI, pemeriksaan secara klinis, pato-
No. 2 : A/duck/Bantul/BBVW-1443-9/2012
logis anatomis, histopatologis, imunohis-
No. 3 : A/duck/Sleman/BBVW-1463-10/2012
tokimia dan pengujian secara serologis,
No. 4 : A/duck/Wonogiri/BBVW-1730-11/2012
bakteriologis, virologi dan biologi moleku-
No. 5 : A/duck/Blitar/BBVW-1731-11/2012
No. 6 : A/duck/Tegal/BBVW-1727-11/2012
lar dengan realtime RT-PCR menggu-
No. 7: A/muscovy duck/Tegal/BBVW-1732-11/2012 nakan primer dan probe spesifik yang me-
ngidentifikasi AI subtipe H5. Hasil pengu-
Sekuensing DNA dilakukan dengan stan- jian virologi dan molekular biologi secara
dard operation procedure (SOP) dari Aus- khusus disajikan dalam Table 2.
tralian Animal Health Laboratory (AAHL),
Geelong Australia, menggunakan empat

Tabel 2. Rekapitulasi hasil pengujian virologi dan biologi molekuler sampel-sampel itik
Kasus Kasus Dalam Tidak
Jenis Uji Total
Positif Negatif proses uji dilakukan
Isolasi virus AI H5 10 2 5 - 17
Isolasi virus ND 1 11 5 - 17
rRT-PCR AI H5 9 1 1 6 17
RT-PCR ND - 9 2 6 17

Pada pemeriksaan secara klinis terhadap kan perubahan yang spesifik kecuali ada-
itik yang sakit, terlihat bahwa itik yang sa- nya kornea mata yang keputihan baik uni-
kit menunjukkan gejala klinis syaraf seperti lateral maupun bilateral (Gambar 2), garis-
tortikolis (Gambar 1), tremor, kesulitan garis keputihan pada otot jantung yang
berdiri, kehilangan keseimbangan saat bervariasi dari ringan sampai berat serta
berjalan dan pada kasus parah disertai ke- adanya kongesti pada pembuluh darah
matian. Hasil bedah bangkai tidak ditemu-
INVESTIGASI WABAH PENYAKIT PADA ITIK DI JAWA TENGAH, YOGYAKARTA, DAN JAWA TIMUR : IDENTIFIKASI SEBUAH CLADE BARU
VIRUS AVIAN INFLUENZA SUBTIPE H5N1 DI INDONESIA
oleh : Hendra Wibawa, Walujo Budi Prijono, Ni Luh Putu Indi Dharmayanti, Sri Handayani Irianingsih, Yuli Miswati,
Anieka Rohmah, Ernes Andesyha, Romlah, Rosmalina Sari Dewi Daulay dan Kiki Safitria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
 BULETIN LABORATORIUM VETERINER Vol : 12 No : 4 Tahun 2012
Balai Besar Veteriner Wates Jogjakarta Edisi Bulan : OKTOBER - DESEMBER
International Standard Serial Number (ISSN) : 0863-7968

dan malasea (nekrosis) pada otak dengan jadi infiltrasi limfosit pada otak (Gambar 3)
variasi dari ringan sampai berat. yang diikuti oleh adanya peradangan peri-
Pemeriksaan histopatologis menunjukkan vaskular cuffing ringan sampai berat. Pada
adanya infiltrasi limfosit dalam jumlah pewarnaan dengan metode imunohisto-
yang tinggi pada otot jantung. Pada otak kimia dengan menggunakan antibodi AI
terjadi peradangan akut multifocal nekro- H5N1 ditemukan adanya antigen virus pa-
sis dan pada kasus yang lebih khronis ter- da sel-sel neuron otak (Gambar 4).

1 2

3 4

Gambar : 1. Gejala klinis H5N1 yang dijumpai pada itik muda (tortikolis). 2. Mata yang diambil dari itik yang mati
atau sakit parah menunjukkan selaput keputihan pada kornea. 3. Otak yang menunjukkan multifocal nekrosis
disertai dengan infiltrasi sel-sel radang (pewarnaan H&E). 4. H5N1 antigen terdeteksi pada sel-sel neuron otak
(pewarnaan IHC).
Perubahan histopatologis dan hasil imuno- tas isolat-isolat baru ini pada spesies ung-
histokimia ini mirip dengan pengamatan gas yang berbeda, terutama ayam dan itik.
pada pada perubahan mikroskopis pada Pada pemeriksaan kultur bakteri dari ma-
itik-itik eksperimen yang diinfeksi oleh ta, cairan mata, otak, jantung dan hati se-
isolat virus H5N1 dari clade 1 atau 2.1 mua hasilnya negatif jamur dan bakteri pa-
(Bingham et al., 2009; Wibawa et al., thogen. Hal ini menunjukkan bahwa ke-
2012). Tetapi virus-virus H5N1 yang diiso- mungkinan permasalahan kematian pada
lasi dari kasus itik baru-baru ini terlihat itik bukan disebabkan oleh infeksi penyakit
memiliki tingkat keparahan lesi yang lebih bakteri maupun jamur. Pada uji secara
tinggi dibanding infeksi yang ditimbulkan serologis, dari 28 sampel serum itik yang
virus-virus dari clade 2.1. Oleh karena itu, diuji ditemukan 8 sampel (28,6%) positif
perlu dilakukan penelitian lebih lanjut un- antibody AI H5 dan 12 sampel (42,9%) po-
tuk mengetahui sejauh mana pathogenesi- sitif antibody ND. Dengan adanya titer an-
tibodi baik AI maupun ND pada serum itik,
INVESTIGASI WABAH PENYAKIT PADA ITIK DI JAWA TENGAH, YOGYAKARTA, DAN JAWA TIMUR : IDENTIFIKASI SEBUAH CLADE BARU
VIRUS AVIAN INFLUENZA SUBTIPE H5N1 DI INDONESIA
oleh : Hendra Wibawa, Walujo Budi Prijono, Ni Luh Putu Indi Dharmayanti, Sri Handayani Irianingsih, Yuli Miswati,
Anieka Rohmah, Ernes Andesyha, Romlah, Rosmalina Sari Dewi Daulay dan Kiki Safitria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
BULETIN LABORATORIUM VETERINER Vol : 12 No : 4 Tahun 2012
Balai Besar Veteriner Wates Jogjakarta Edisi Bulan : OKTOBER - DESEMBER
International Standard Serial Number (ISSN) : 0863-7968

hal ini menunjukkan bahwa itik kemung- 1707 pasangan basa (base pairs) dan ini
kinan pernah divaksin atau pernah ter- mengkode 569 asam amino dari HA pro-
serang penyakit AI atau ND lapangan. Da- tein. Ketujuh isolat memiliki kesamaan ge-
ri data hasil uji isolasi virus ditemukan 1 netik yang tinggi, yaitu 99% baik itu pada
kasus positif ND (sampel dari LDCC), 10 tingkat kesamaan genetik nucleotida mau-
positif AI, 1 negatif isolasi dan sisanya 5 pun asam amino. Hasil analisis Basic Lo-
kasus masih dalam proses isolasi virus cal Alignment Search Tools (BLAST) di
(Tabel 2). Untuk isolat virus ND, uji coba Genbank dan jarak genetik menggunakan
telah dilakukan dengan menyuntikkan iso- Mega 4 Software (Tamura et al., 2007)
lat virus yang bersangkutan pada itik se- menunjukkan bahwa ketujuh isolat-isolat
cara intra vena, namun demikian setelah 3 H5N1 itik ini memiliki tingkat homologi se-
minggu itik tidak mati dan timbul antibodi besar 97-98% dengan virus-virus H5N1
ND dengan titer yang cukup tinggi (titer HI clade 2.3.2.1. Sebaliknya, berdasarkan,
5
2 ). Hasil ini mengidikasikan bahwa isolat tingkat homologi dengan virus-virus dari
virus ND yang ditemukan bukan penyebab clade 2.1 rendah sekitar 91-93%. Hasil ini
wabah kematian itik. Pada pemeriksaan mengindikasikan bahwa isolat-isolat H5N1
dengan metode PCR, dari 17 kasus itik, dari itik ini bukan berasal dari Indonesian
11 kasus dilakukan uji PCR dan diperoleh clade 2.1.
data sebagai berikut: 9 sampel positif H5 Analisis sekuen HA protein menunjukkan
viral RNA, 9 negatif ND viral RNA, satu bahwa ketujuh isolat itik memiliki motif se-
sampel yang negatif baik H5 maupun ND, kuen asam amino basic yang berulang
dan satu sisanya masih dalam proses pe- daerah tapak pemotongan enzim protease
ngujian (Tabel 2). Hasil pengujian mole- (proteolitic cleavage site) yang identik
kular ini memperkuat dugaan penyebab dengan virus-virus dari clade 2.3.2.1, yaitu
wabah kematian yang terjadi pada itik PQRERRRKR (Li et al., 2011) (Gambar
adalah virus AI subtipe H5. 5). Hal ini mengindikasikan bahwa virus-
Analisis Sekuen dan Filogenetik Gen virus yang diisolasi dari itik ini memiliki
Hemagglutinin kharakteristik HPAI virus (Perdue et al.,
1997; Senne et al., 1996).
Hasil sekuen DNA menunjukkan bahwa
ORF dari gen HA dari virus ini adalah

Gambar 5. Motif asam-asam amino pada daerah tapak pemotongan proteolitik HA protein (diberi kotak merah)
dari isolat-isolat H5N1.

Untuk melihat klasifikasi H5N1 isolat-isolat mengetahui jarak rata-rata pasangan nu-
yang diisolasi dari itik, dilakukan analisis kleotida isolat-isolat itik ini dengan virus-
filogenetik menggunakan Neighbor-Joining virus dari clade 2.3.2.1. WHO/OIE/FAO
(NJ) Tree dengan TN93 model subtitusi H5N1 Evolution Working Group (WHO,
nekleotida menggunakan 1000 bootstrap 2008; WHO, 2012) telah membuat keten-
replikasi. Hasil pohon filogenetik menun- tuan klasifikasi H5N1 clade sebagai beri-
jukkan bahwa isolat-isolat itik termasuk kut: 1) Digolongkan sebuah clade baru jika
dalam clade 2.3.2 dan berada pada ca- memiliki rata-rata persentase jarak (kera-
bang filogenetik dalam clade 2.3.2.1 gaman) pasangan nucleotida antar spe-
(Gambar 6). Selanjutnya, untuk melihat sies (average pairwise distance) lebih dari
apakah virus-virus ini masih dalam satu 1.5% dari clade yang telah ada dan ter-
galur (lineage) dengan clade 2.3.2.1, ma- definisi sebelumnya, 2) Hasil analisis
ka dilakukan uji keragaman genetik untuk phylogenetic dan keragaman HA sequen-

INVESTIGASI WABAH PENYAKIT PADA ITIK DI JAWA TENGAH, YOGYAKARTA, DAN JAWA TIMUR : IDENTIFIKASI SEBUAH CLADE BARU
VIRUS AVIAN INFLUENZA SUBTIPE H5N1 DI INDONESIA
oleh : Hendra Wibawa, Walujo Budi Prijono, Ni Luh Putu Indi Dharmayanti, Sri Handayani Irianingsih, Yuli Miswati,
Anieka Rohmah, Ernes Andesyha, Romlah, Rosmalina Sari Dewi Daulay dan Kiki Safitria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
BULETIN LABORATORIUM VETERINER Vol : 12 No : 4 Tahun 2012
Balai Besar Veteriner Wates Jogjakarta Edisi Bulan : OKTOBER - DESEMBER
International Standard Serial Number (ISSN) : 0863-7968

ce menunjukkan sharing common ances- clade (setelah 1000 neighbour-joining

tral node dengan nilai bootstrap > 60% bootstrap replicates).
pada nodus filogenetik yang menunjukkan

A/goose/Guangdong/1/96
98 A/chicken/Laos/44/2004
99 A/Viet Nam/1203/2004 1
A/duck/Cambodia/D1KC/2006
99 A/duck/Sleman/BBVW-1003-34368/2007
A/chicken/Legok/2003
2.1.1
A/Chicken/West Java/HAMD/2006
A/Duck/Indonesia/MS/2004
64 A/Chicken/Karo/BBPVII/2006
91 A/Chicken/Medan/BPPV1-498/2005
99 100 2.1.2
A/Chicken/Padang/BBPVII/2006
A/Chicken/Langkat/BBPV1-576/2005
100 A/Chicken/Indonesia/Soppeng1631-71/2007
100 A/chicken/East Java/UT6016/2006
A/chicken/Central Java/UT3091/2005
100 A/Indonesia/6/2005
69 A/Swan/Indonesia/Malang1631-61/2007
72 A/chicken/Bantul/BBVW-678-443/2007
64 A/Chicken/Indonesia/Garut1631-51/2006
2.1.3.2
100 78
A/Chicken/West Java/TASIKSOL/2006
A/Chicken/West Java/PWT-WIJ/2006
77 A/Indonesia/5/2005
95 A/chicken/Sulawesi Selatan/UT2093/2005
2.1.3
85 A/chicken/Wajo/BBVM/2005
99 98
A/chicken/Bali/UT2091/2005 2.1.3.1
A/Chicken/Papua/TA5/2006
A/Chicken/Indonesia/Wates1/2005
65 A/Chicken/Bandar Lampung/BBPVIII/2006
A/Chicken/Way Kanan/BBPVIII/2006
98
A/swine/North Sumatra/UT6004/2006 2.1.3.3
A/Chicken/Sembawa/BPPV-III/2005
68 A/Chicken/Palembang/BPPV-III/2005
A/whooper swan/Mongolia/244/2005
100
A/chicken/Egypt/1709-5/2008 2.2
90
92 A/chicken/Nigeria/228-10/2006
A/chicken/Sichuan/81/2005
94 A/Hunan/2/2009
100
A/goose/Yunnan/6384/2006 2.3.4
A/duck/Anhui/1/06
74 A/duck/Hunan/69/2004
A/goose/Guiyang/3422/2005
2.3.3
100 A/chicken/Guiyang/3055/2005
97 A/Duck/Hunan/191/2005
95 A/Dk/HN/303/2004 2.3.1
A/chicken/Guangdong/191/04
84 84 A/Guangxi/1/2009
96 A/grey heron/Hong Kong/779/2009
A/feral pigeon/Hong Kong/3409/2009
A/large billed crow/Hong Kong/885/2009
G rup 1
99
99
A/house crow/Hong Kong/7677/2008
61 79 A/crested myna/Hong Kong/1178/2009
A/great egret/Hong Kong/807/2008
79 A/magpie robin/Hong Kong/1897/2008
74 A/muscovy duck/Vietnam/LBM14/2011
93 A/duck/Vietnam/LBM140/2012
A/duck/Vietnam/OIE-2533/2011
62
A/Hubei/1/2010
100 80
G rup 2
A/muscovy duck/Vietnam/LBM57/2011
A/duck/India/02CA10/2011
100
A/chicken/India/TR0383/2011
100 A/chicken/India/CL03485/2011
A/peregrine falcon/Tochigi/15/2011
2.3.2.1
96 A/peregrine falcon/Aichi/2302O017/2011
67
A/whooper swan/Hokkaido/6/2011
100
A/bar-headed goose/Qinghai/1/2010
A/ruddy shelduck/Mongolia/X42/2009 G rup 3
97
83 A/bar-headed goose/Mongolia/X53/2009
A/chicken/Nepal/111/2010
73
A/great crested grebe/Qinghai/1/2010
91 100 A/grebe/Tyva/2/2010
A/duck/Bantul/BBVW-1443-9/2012
A/muscovy duck/Tegal/BBVW-1732-11/2012
100
A/duck/Wonogori/BBVW-1730-11/2012
A/duck/Tegal/BBVW-1727-11/2012
A/duck/Sleman/BBVW-1463-10/2012
A/duck/Blitar/BBVW-1731-11/2012
78 A/duck/Sukoharjo/BBVW-1428-9/2012

Gambar 6. Pohon filogenetik dari isolat-isolat H5N1 yang diisolasi dari itik (3 isolate dipake untuk analisis). Analisis meng-
0.005 gunakan NJ tree, dengan model substitusi nukleotida Tamura-Nei (TN93) dengan 1000 boostrap replikasi. Pohon filogenetik
diroot-kan pada A/goose/ Guangdong/1/96 (H5N1). Isolat-isolat H5N1 dari kasus itik diberi warna merah.

INVESTIGASI WABAH PENYAKIT PADA ITIK DI JAWA TENGAH, YOGYAKARTA, DAN JAWA TIMUR : IDENTIFIKASI SEBUAH CLADE BARU
VIRUS AVIAN INFLUENZA SUBTIPE H5N1 DI INDONESIA
oleh : Hendra Wibawa, Walujo Budi Prijono, Ni Luh Putu Indi Dharmayanti, Sri Handayani Irianingsih, Yuli Miswati,
Anieka Rohmah, Ernes Andesyha, Romlah, Rosmalina Sari Dewi Daulay dan Kiki Safitria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
BULETIN LABORATORIUM VETERINER Vol : 12 No : 4 Tahun 2012
Balai Besar Veteriner Wates Jogjakarta Edisi Bulan : OKTOBER - DESEMBER
International Standard Serial Number (ISSN) : 0863-7968

Analisis filogenetik dan keragaman genetik garis keturunan H5N1 virus clade 2.1
dengan menggunakan MEGA 4.0 software yang telah endemis pada unggas di In-
menunjukkan bahwa rata-rata jarak pa- donesia.
sangan nucleotida antar sesama isolat itik 3. Isolat-isolat H5N1 virus yang diisolasi
adalah 0.3% yang berarti bahwa ketujuh dari itik ini memiliki tingkat kekerabatan
isolat H5N1 dari kasus itik ini masih ber- yang lebih tinggi terhadap virus-virus
ada dalam satu grup, tetapi rata-rata jarak dari clade 2.3.2.1 (97-98% nucleic acid
pasangan nucleotida dengan group atau similarity) dibandingkan kekerabatan
kluster lain dalam clade 2.3.2.1 (grup 1, terhadap virus-virus dari clade 2.1 (91-
grup 2 dan grup 3) adalah lebih dari 1.5 % 93%).
(2.3-4.6%) (Gambar 6). Meskipun rata-rata 4. Berdasarkan analisis filogenetik, isolat-
jarak pasangan nukletida antara isolat itik isolat H5N1 virus yang diisolasi dari itik
ini lebih dari 1.5% dari grup lain dalam ini termasuk dalam clade 2.3.2.
clade 2.3.2.1, semua isolat virus ini masih 5. Berdasarkan analisis keragaman ge-
share satu common ancestral node dari netik sekuen nukleotida gen HA, tidak
clade 2.3.2. Hasil ini mengindikasikan bah- menutup kemungkinan jika isolat-isolat
wa ada kemungkinan isolat-isolat itik ada- virus ini tergolong ke dalam sebuah
lah atau berasal dari sebuah group atau group (sublineage) baru tetapi masih
cluster filogenetik baru dalam clade 2.3.2 termasuk dalam clade 2.3.2. Hal ini
(Gambar 6). Sampai saat ini diketahui perlu pembuktian dengan analisis yang
bahwa hanya vi-rus-virus yang berasal da- lebih akurat dan komprehensif melibat-
ri clade 2.1 yang menyerang unggas dan kan lebih banyak isolat virus.
manusia di Indonesia. Dengan penemuan 6. Faktor-faktor yang menyebabkan mun-
clade H5N1 ba-ru di Indonesia, khususnya culnya clade 2.3.2 ke Indonesia perlu
di daerah Yogyakarta, Jawa Tengah dan diteliti lebih lanjut, apakah hal ini dise-
Jawa Timur, menunjukkan adanya ke- babkan oleh introduksi virus baru ke
mungkinan introduksi virus baru ke Indo- Indonesia.
nesia. Tetapi terja-dinya awal introduksi, 7. Perlu ditingkatkan monitoring pada
spesies hewan yang terlibat, dan faktor- unggas (ayam dan unggas air) tentang
faktor penyebab munculnya virus ini se- sirkulasi virus-virus yang menyerupai
hingga mengakibatkan kematian pada itik- clade 2.3.2 dan endemisitas HPAI
itik di ketiga daerah di Jawa tersebut yang diakibatkannya.
belum diketahui. Untuk mengetahui hal ini
perlu diadakan kajian retrospektif baik se- UCAPAN TERIMA KASIH
cara epidemiologi dan molekular epide- Penulis mengucapkan terima kasih kepa-
miologi. Hal yang lebih penting adalah da Direktur Kesehatan Hewan, Kepala
perlu ditingkatkan perhatian (awareness) BBVet Wates, Kepala BPPV Regional II
dan monitoring atas kemungkinan adanya Bukittingi, Kepala BBalitvet, Kepala Pus-
perluasan virus ini ke wilayah lain di In- vetma dan Kepala BBPMSOH atas ma-
donesia melalui lalu lintas unggas ataupun sukan dan dukungan yang diberikan da-
produknya. Untuk mencegah penyebaran lam penulisan artikel ini. Ucapan terima
kasus, perlu dilakukan tindakan pengen- kasih juga kami sampaikan kepada Aus-
dalian diantaranya depopuasi atau culling tralian Animal Health Laboratory (AAHL),
pada unggas itik yang terinfeksi dan pem- Geelong, Australia dan FAO-OIE OFFLU
batasan serta pengawasan ketat lalu lintas Project yang telah membantu peningkatan
itik dan produknya dari dan ke dalam ke- kapasitas pengujian dan pengembangan
tiga daerah tersebut di atas. diagnosis AI dan sequensing DNA di la-
KESIMPULAN DAN SARAN boratorium-laboratorium pada unit pelaya-
nan teknis di bawah Direktorat Jenderal
1. Berdasarkan data hasil uji laboratorium
Peternakan dan Kesehatan Hewan, Indo-
disimpulkan bahwa diduga penyebab
nesia. Kami juga mengucapkan terima
wabah kematian itik yang saat ini ter-
kasih kepada semua pihak, khususnya Di-
jadi di Provinsi Jawa tengah, DI Yog-
nas Pertanian/Peternakan dan Kesehatan
yakarta dan Jawa Timur adalah pe-
Hewan di kabupaten dan juga peternak
nyakit AI subtipe H5N1.
yang telah membantu dalam investigasi
2. Tujuh isolat H5N1 virus yang telah di-
penyakit.
sekuensing diduga bukan berasal dari

INVESTIGASI WABAH PENYAKIT PADA ITIK DI JAWA TENGAH, YOGYAKARTA, DAN JAWA TIMUR : IDENTIFIKASI SEBUAH CLADE BARU
VIRUS AVIAN INFLUENZA SUBTIPE H5N1 DI INDONESIA
oleh : Hendra Wibawa, Walujo Budi Prijono, Ni Luh Putu Indi Dharmayanti, Sri Handayani Irianingsih, Yuli Miswati,
Anieka Rohmah, Ernes Andesyha, Romlah, Rosmalina Sari Dewi Daulay dan Kiki Safitria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
 BULETIN LABORATORIUM VETERINER Vol : 12 No : 4 Tahun 2012
Balai Besar Veteriner Wates Jogjakarta Edisi Bulan : OKTOBER - DESEMBER
International Standard Serial Number (ISSN) : 0863-7968

DAFTAR PUSTAKA

AAHL (2008). Sequencing of Avian Influenza. CSIRO-Australian Animal Health Laboratory

(AAHL),Geelong, Australia.
Bingham, J., Green, D. J., Lowther, S., Klippel, J., Burggraaf, S., Anderson, D. E., Wibawa,
H., Hoa, D. M., Long, N. T., Vu, P. P., Middleton, D. J. &Daniels, P. W. (2009).
Infection studies with two highly pathogenic avian influenza strains (Vietnamese and
Indonesian) in Pekin ducks (Anas platyrhynchos), with particular reference to clinical
disease, tissue tropism and viral shedding. Avian Pathol 38(4): 267-278.
Dharmayanti, NLP.I., Damayanti, R., Wiyono, A., Indriani, R., dan Darminto. 2004. Identifikasi
virus avian influenza virus isolat Indonesia dengan metode reverse transcripatese
polymerase chain reaction RT-PCR. JITV. 9. 2 : 136-142
Hall, T. (1999). BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis
program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symp Ser 41: 95-98.
Henning, J., Wibawa, H., Morton, J., Usman, T. B., Junaidi, A. &Meers, J. (2010). Scavenging
ducks and transmission of highly pathogenic avian influenza, Java, Indonesia. Emerg
Infect Dis 16(8): 1244-1250.
Li, Y., Liu, L., Zhang, Y., Duan, Z., Tian, G., Zeng, X., Shi, J., Zhang, L. &Chen, H. (2011).
New avian influenza virus (H5N1) in wild birds, Qinghai, China. Emerg Infect Dis
17(2): 265-267.
Loth, L., Gilbert, M., Wu, J., Czarnecki, C., Hidayat, M. &Xiao, X. (2011). Identifying risk
factors of highly pathogenic avian influenza (H5N1 subtype) in Indonesia. Prev Vet
Med 102(1): 50-58.
Perdue, M. L., Garcia, M., Senne, D. &Fraire, M. (1997). Virulence-associated sequence
duplication at the hemagglutinin cleavage site of avian influenza viruses. Virus Res
49(2): 173-186.
Senne, D. A., Panigrahy, B., Kawaoka, Y., Pearson, J. E., Suss, J., Lipkind, M., Kida, H.
&Webster, R. G. (1996). Survey of the hemagglutinin (HA) cleavage site sequence of
H5 and H7 avian influenza viruses: amino acid sequence at the HA cleavage site as a
marker of pathogenicity potential. Avian Dis 40(2): 425-437.
Swayne, D. E. (2007). Understanding the complex pathobiology of high pathogenicity avian
influenza viruses in birds. Avian Dis 51(1 Suppl): 242-249.
Tamura, K., Dudley, J., Nei, M. &Kumar, S. (2007). MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics
Analysis (MEGA) software version 4.0. . Molecular Biology and Evolution 24: 1596-
1599.
WHO (2008). Toward a unified nomenclature system for highly pathogenic avian influenza
virus (H5N1). Emerg Infect Dis 14(7): e1.
WHO (2012). Continued evolution of highly pathogenic avian influenza A (H5N1): updated
nomenclature. WHO/OIE/FAO H5N1 Evolution Working Group. Influenza Other Respi
Viruses 6(1): 1-5.
Wibawa, H., Bingham, J., Nuradji, H., Lowther, S., Payne, J., Harper, J., Wong, F., Lunt, R.,
Junaidi, A., Middleton, D. &Meers, J. (2012). The pathobiology of two Indonesian
H5N1 avian influenza viruses representing different clade 2.1 sublineages in chickens
and ducks Comp Immunol Microbiol Infect Dis. In Press.
Wibawa, H., Henning, J., Wong, F., Selleck, P., Junaidi, A., Bingham, J., Daniels, P. &Meers,
J. (2011). A molecular and antigenic survey of H5N1 highly pathogenic avian
influenza virus isolates from smallholder duck farms in Central Java, Indonesia during
2007-2008. Virol J 8: 425.
Wiyono, A., Indriani, R., Dharmayanti, N.L.P.I., Damayanti, R., dan Darminto. 2004. Isolasi
dan Karakterisasi Virus Highly Pathogenic Avian Influenza subtipe H5 dari ayam asal
Wabah di Indonesia. JITV. 9.1 : 61-71

INVESTIGASI WABAH PENYAKIT PADA ITIK DI JAWA TENGAH, YOGYAKARTA, DAN JAWA TIMUR : IDENTIFIKASI SEBUAH CLADE BARU
VIRUS AVIAN INFLUENZA SUBTIPE H5N1 DI INDONESIA
oleh : Hendra Wibawa, Walujo Budi Prijono, Ni Luh Putu Indi Dharmayanti, Sri Handayani Irianingsih, Yuli Miswati,
Anieka Rohmah, Ernes Andesyha, Romlah, Rosmalina Sari Dewi Daulay dan Kiki Safitria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9

View publication stats