Scribd Logo
Upload

Welcome to Scribd!

  • Simple Guide Identification Bacteria: Dr. Khalil Alkuwaity

    Uploaded by

    Said Isaq
    51 views18 pages
    This document provides a quick guide for identifying clinically important bacteria. It begins with an introduction and outlines the key steps of identification which are culture, gram stain, and biochemical reactions. It then describes the cell wall structures of gram-positive, gram-negative, and acid-fast bacteria. The main sections classify bacteria based on their gram stain results into gram-positive cocci, gram-negative cocci, gram-positive bacilli, gram-negative bacilli, gram-negative coccobacilli, and acid-fast bacilli. Diagrams show the relationships between these groups and examples of bacteria within them.

    Original Description:

    A simple guide for the identification of bacteria

    Original Title

    One Big Family

    Copyright

    © © All Rights Reserved

    Available Formats

    PDF, TXT or read online from Scribd

    Did you find this document useful?

    Is this content inappropriate?

    Report this Document
    This document provides a quick guide for identifying clinically important bacteria. It begins with an introduction and outlines the key steps of identification which are culture, gram stain, and biochemical reactions. It then describes the cell wall structures of gram-positive, gram-negative, and acid-fast bacteria. The main sections classify bacteria based on their gram stain results into gram-positive cocci, gram-negative cocci, gram-positive bacilli, gram-negative bacilli, gram-negative coccobacilli, and acid-fast bacilli. Diagrams show the relationships between these groups and examples of bacteria within them.

    Copyright:

    © All Rights Reserved
    Download as PDF, TXT or read online from Scribd
    Flag for inappropriate content
    51 views18 pages

    Simple Guide Identification Bacteria: Dr. Khalil Alkuwaity

    Uploaded by

    Said Isaq
    This document provides a quick guide for identifying clinically important bacteria. It begins with an introduction and outlines the key steps of identification which are culture, gram stain, and biochemical reactions. It then describes the cell wall structures of gram-positive, gram-negative, and acid-fast bacteria. The main sections classify bacteria based on their gram stain results into gram-positive cocci, gram-negative cocci, gram-positive bacilli, gram-negative bacilli, gram-negative coccobacilli, and acid-fast bacilli. Diagrams show the relationships between these groups and examples of bacteria within them.

    Copyright:

    © All Rights Reserved
    Download as PDF, TXT or read online from Scribd
    Flag for inappropriate content
    of 18

     

     
     
     
     
     

     
    A  simple guide  for the  
    identification  of  bacteria 
     
    Dr. Khalil Alkuwaity 
     
     

    CONTENTS 
     
     
     
      Introduction  2 
      Abbreviations & shapes  3 
      The Family Stone  4 
     
      The Big Family  5 
      Gram Positive Cocci  6 
     
      Gram Negative Bacilli  8 
      Gram Positive Bacilli  9 
     
      Gram Negative Cocci  10 
      Gram Negative Coccobacilli  11 
     
      Anaerobic Bacteria  12 
     
    Acid Fast Bacilli  13 
     
      The Big Gathering  14 
     
      Member Profile  15 
      The Normal Flora  16 
     
      The Usual Suspects  17 
     
     
     
    Prepared by 
    DR. KHALIL ALKUWAITY 
    Department of Medical Laboratory Technology 
    Faculty of Applied Medical Sciences ‐ KAU 
    (December, 2012). 
     

    DR. ALKUWAITY  1   ONE BIG FAMILY 
      
    INTRODUCTION 
     
     
    The purpose of this booklet is to provide a quick and easy 
    guide to the classification of clinically important bacteria. 
     
     The classification is principally based on the  GRAM STAIN 
    result  of  the  organism.  Further  diagnostic  tests  include: 
    BIOCHEMICAL reactions AND sensitivity to ANTIBIOTICS. 
    *** 
    REMEMBER that good IDENTIFICATION always begins with 
    SEPARATED COLONIES and a clear GRAM STAIN result. 
     
     
     
     
     
    1  CULTURE   
     

    Gram‐negative 
    Gram‐negative  coccobacilli
    cocci in pairs 
    Gram‐positive 
    cocci in clusters 

    Gram‐positive 
    cocci in pairs 
    2  STAIN 
    Gram‐positive 
    cocci in chains 

    Gram‐negative 
    bacilli 

    Gram‐positive  Yeast cell
    bacilli (budding)

    DR. ALKUWAITY  2   ONE BIG FAMILY 
    ABBREVIATIONS & SHAPES 
     
     
    The following ABBREVIATIONS and SHAPES are used throughout this booklet: 
     
    GPB  Gram Positive Bacilli 
    GPC  Gram Positive Cocci 
    GNB  Gram Negative Bacilli 
    GNC  Gram Negative Cocci 
    GNCB  Gram Negative Coccobacilli 
    AFB  Acid Fast Bacilli 

    DNase positive 
     
    Bile Esculin positive 
     
    Lactose fermenter 
     
    Non‐lactose fermenter 
     
    Low virulence organism 
     
    S  Sensitive 
    R  Resistant 
    O2  Strict aerobic (O2 present) 
    CO2  Capnophilic (5% CO2) 
    MO2  Microaerophilic (Low O2) 

    Ø2  Strict anaerobic (O2 absent) 
    Spore‐forming 
     
      Motile 
    Diplococci 
     
      Likely to produce β‐lactamases 
    Curved bacilli 
     

    DR. ALKUWAITY  3   ONE BIG FAMILY 
    THE FAMILY STONE 
     
     
    The following diagrams compare the CELL WALL structure of 
    Gram‐positive, Gram‐negative and Acid‐fast bacteria: 
     
     
     
      GRAM‐POSITIVE CELL WALL

    Peptidoglycan (>60%) 
      Cytoplasmic membrane 

    GRAM‐NEGATIVE CELL WALL

    Outer membrane → Lipopolysaccharide 
     Periplasmic space   
      Peptidoglycan (5‐10%) 
       Periplasmic space 
        Cytoplasmic membrane 

    ACID‐FAST CELL WALL

    Glycolipids → Mycolic acid (60%) 
      Arabinogalactan
        Peptidoglycan 
          Cytoplasmic membrane 

    Cell wall 
    Cell membrane 
    Cytoplasm 

    DR. ALKUWAITY  4   ONE BIG FAMILY 
     
     
    THE BIG FAMILY 
     
     
     
     
     
     
     
     
     
     
      AFB
     
      GPB GPC 
     
     
     
     
      Bacteria 
     
     
     
      GNB GNC 
     
     
     
     
    GNCB 
     
     
     
     
     
     
    NOTES 
    When stained using the Gram stain: GRAM‐POSITIVE bacteria appear PURPLE, while 
    GRAM‐NEGATIVE bacteria appear PINK. 
    ACID FAST BACILLI (AFB) are stained using special dyes such as the Ziehl‐Neelson 
    stain and they appear as RED bacilli against a blue background. 
    In addition, there are other types of bacteria that belong to different groups such as 
    the Spirochetes, Chlamydia and Mycoplasmas. These are not included in this guide, 
    as their diagnosis is based on different detection or culture techniques. 
     

    DR. ALKUWAITY  5   ONE BIG FAMILY 
    Gram Positive Cocci 
     
     
     
     
     
    GPC  
     
     
     
    _
     
    Catalase
     
     
    +   
     
    Micrococcaceae 
     
    O2   
     
    Micrococcus   
     
     
     
    Staphylococci 
     
     
     
     
    Coagulase 
      _ 
    +   
     
     
    S. aureus   CoNS*
     
     
     
    Methicillin    Novobiocin 
     
      S R 
    R 
     
      S. epidermidis
    MRSA  
    S. saprophyticus
     
    Methicillin Resistant   
    Staphylococcus Aureus  This distinction is usually made in 
    urinary tract infections. 

    *
    Coagulase Negative Staphylococci 

    DR. ALKUWAITY  6   ONE BIG FAMILY 
    Gram Positive Cocci 
     
     
    ...continued
     
     
     
     
     
     
    Catalase   ̶  
     
     
     
    Streptococcaceae 
     
      6.5% NaCl  + 
     
      Enterococci 
     
     
      Vancomycin 
      R 
     
      VRE
     
    Streptococci
     
     
     
    Colony on Blood Agar 
     
     
    Beta hemolysis   Alpha hemolysis 
    OR   
     
    Bacitracin: S 
    Group A  
    Lancefield 

    Optochin
    Grouping 

     
    CAMP  +   
    Group B  
      S 
    S. pneumoniae
    6.5% NaCl   ̶   
    Group D
     
      R 
    Viridans Streptococci
     
     

    Group A = Streptococcus pyogenes  Enterococci include E. faecalis, E. faecium 
    Group B = Streptococcus agalactiae  VRE: Vancomycin Resistant Enterococci 
    Group D = Non‐Enterococci  Viridans Strept include S. mitis, S. mutans 

    DR. ALKUWAITY  7   ONE BIG FAMILY 
    Gram Negative Bacilli 
     
     
     
     
      Swarming, Urease + 
     
    Proteus
     
    spp.
      Indole +  XLD → Black center 
     
      Escherichia coli Salmonella spp.
     
    ESBL** 
     
     
    Klebsiella spp. Shigella spp.
     
     
     
     
      Enterobacteriaceae*
      _ 
     
     
      API 20E  OR 
     
    Oxidase  GNB Analytical  VITEK 
    Profile Index 
     
     
      + 
     
      O2  Pyocyanin  TCBS media 
     
      Pseudomonas aeruginosa Vibrio cholerae
       
      MO2 MO2 
     
    Helicobacter pylori Campylobacter jejuni
     
      Urease + 
     
     
    *
      Other important 
    **
      May produce ESBL enzymes  Enterobacteriaceae include: 
      (Extended Spectrum Beta‐Lactamases)   Citrobacter freundii 
      => Resistance to cephalosporins.   Enterobacter cloacae 
       Morganella morganii 
       Serratia marcescens 
       Yersinia enterocolitica 
      Identify using API or VITEK 

    DR. ALKUWAITY  8   ONE BIG FAMILY 
    Gram Positive Bacilli 
     
     
     
     
     
     
      B. cereus
      Psychrophile 
     
      L. monocytogenes B. anthracis
     
     
     
      Listeria  Bacillus
     
     
     
      All 
     
     
     
    Lactobacilli GPB Catalse + 
    Catalase  
     
     
     
     
    Corynebacterium  Diphtheroids
     
     
     
      C. diphtheriae
     
      Chinese letters 
      Tellurite‐blood agar  
      (Toxigenic) Elek test +
     
     
     
     
     
     
     
     
     
     
     
     
     

    DR. ALKUWAITY  9   ONE BIG FAMILY 
    Gram Negative Cocci 
     
     
     
     
     
     
     
      GNC
     
     
      CO2 All 
      Neisseria spp Neisseriaceae Oxidase + 
     
     
     
     
     
    Neisseria gonorrhoeae Neisseria meningitidis
     
      Glucose fermenter  Glucose/maltose fermenter 
      Thayer Martin agar 
     
     
      Moraxella catarrhalis
     
    Non‐fermenter
     
     
     
     
     
     
     
     
     
     
     
     
     
     
     
     
     
     
     
     
     

    DR. ALKUWAITY  10   ONE BIG FAMILY 
    Gram Negative Coccobacilli 
     
     
     
     
     
     
    XV 
     
     
     
    H. influenzae
      V  X 
     
      H. parainfluenzae H. ducreyi
     
     
     
    V&X 
     
    Factors 
     
      CO2 
     
      Haemophilus
     
     
    All 
     
      GNCB Catalase + 
      Oxidase + 
     
     
     
      Brucella  Bordetella 
     
      Serology  O2 
     
      B. pertussis
     
    B. melitensis
      Charcoal‐blood agar 
    B. abortus co2
      B. suis
     
     
     
     

    DR. ALKUWAITY  11   ONE BIG FAMILY 
    Anaerobic Bacteria 
     
     
     
     
     
     
      C. tetani C. botulinum
     
     
     
      C. perfringens C. difficile
     
      Naglar reaction Toxin-A test
     
     
     
      Clostridium 
     
     
     
      GPB
     
     
     

    Ø
     
     
    2
     
     
     
     
      GNB
     
     
     
      Bacteroides 
     
     
     
      B. fragilis
      Metronidazole: S
     
     
     
     
     

    DR. ALKUWAITY  12   ONE BIG FAMILY 
    Acid Fast Bacilli 
     
     
     
     
     
     
      AFB
    AFB
     
     
     
     
    Mycobacterium*
     
     
      O2 
      M. tuberculosis
     
     
     
     
     
     
     
     
     
     
      TB rods stained using Ziehl‐Neelsen (ZN) stain and  
      Auramine‐Rhodamine (AR) fluorescent stain
     
     
     
     
     
     
       
    TB colonies grown on 
     
    Lowenstein Jensen (LJ) medium 
     
     
     
      *
      Mycobacterium species include: 
      Mycobacterium tuberculosis (MTB) => TB infection 
      Mycobacteria Other Than Tuberculosis (MOTT) => TB‐like infection 
     
     
     
     

    DR. ALKUWAITY  13   ONE BIG FAMILY 
    THE BIG GATHERING 
     
    (Complete with the correct names of organisms) 
     
     
     
     
     
     
     
     

     
    +
     
     
     
     
     
     
     
     
     

    B    C
     
     
     
     

    DR. ALKUWAITY  14   ONE BIG FAMILY 
    MEMBER PROFILE 

    (Growth and colony appearance) 

      ORGANISM  MEDIA*  INCUBATOR  COLONY MORPHOLOGY 

    S. aureus  BAP & MSA  37°C  β‐hemolysis, yellow on MSA 

    S. pyogenes  BAP  Ø2  β‐hemolysis 


    GPC 

    S. pneumoniae  BAP  CO2  α‐hemolysis, doughnut shape 

    Enterococcus  BAP  37°C  Small, white 

    E. coli  MAC  37°C  Pink, dry 

    K. pneumoniae  MAC  37°C  Pink, mucoid 

    Proteus spp  MAC  37°C  Pale yellow 


    GNB 

    Salmonella spp  DCA & XLD  37°C  Pale yellow/pink, black center 

    Shigella spp  DCA & XLD  37°C  Pale yellow/pink 

    P. aeruginosa  MAC  37°C  Pale yellow, pyocyanin 

    V. cholerae  TCBS  37°C  Yellow (sucrose fermenter) 

    H. influenzae  CAP  CO2  Small, translucent 


    GNCB 

    Brucella spp  BAP  37°C  Gray‐white 

    B. pertussis  Charcoal‐BAP 37°C  Mercury‐like 

    C. diphtheriae  Tellurite‐BAP  37°C  Gray‐black 


    GPB 

    L. monocytogenes  BAP  37°C  β‐hemolysis 

    N. meningitidis  BAP  CO2  Shiny, grayish 


    GNC 

    M. catarrhalis  BAP  CO2  Crumble, slide across 

    C. perfringens  BAP  Ø2  Double β‐hemolysis 


    Others 

    B. fragilis  BAP  Ø2  Small, sensitive to MTZ disc 

    M. tuberculosis  LJ medium  37°C  Rough, tough and buff 

    * Shows characteristic morphology, but the organism may also grow on other media. 
     ABBREVIATIONS: 
    BAP = Blood Agar Plate,  CAP = Chocolate Agar Plate, 
    MSA = Mannitol Salt Agar,  DCA = Deoxycholate Citrate Agar, 
    MAC = MacConkey agar,  XLD = Xylose Lysine Desoxycholate, 
    LJ = Lowenstein Jenson,  TCBS = Thiosulfate Citrate Bile salts Sucrose. 

    DR. ALKUWAITY  15   ONE BIG FAMILY 
    THE NORMAL FLORA 
     
     
    (Normally present in healthy individuals) 
     
     
    BODY SITE  NORMAL FLORA 

    Skin, Eye  CoNS* 
    Viridans Streptococci 
    & Urethra 
    Diphtheroids 

    CoNS* 
    Viridans Streptococci 
    Oropharynx 
    Diphtheroids 
    Neisseria spp 

    GBS 
    CoNS* 
    Vagina 
    Lactobacilli 
    Candida spp 

    Bacteroides 
    Clostridium 
    Large intestine  Coliforms** 
    Proteus 
    Pseudomonas 

    CSF 
    BODY FLUIDS 

    Blood 
    Urine (in bladder)  Normally Sterile 
    Synovial Fluid 
    Ascitic Fluid 
     
    * 
    CoNS: Coagulase Negative Staphylococci (e.g. S. epidermidis). 
    **   
    Coliforms: are lactose‐fermenting Enterobacteriaceae, such 
     
    as E. coli, Klebsiella, Citrobacter and Enterobacter. 
     
     
     
     
     
     

    DR. ALKUWAITY  16   ONE BIG FAMILY 
    THE USUAL SUSPECTS 
     
     
    (Common causative agents) 
     
     
     
     
    Meningitis
     
    N. meningitidis
     
    Eye infection  S. pneumoniae
     
    H. influenzae Pharyngitis 
    H. influenzae
     
    E. coli Strept Group A,C,G
    S. pneumoniae
    P. aeruginosa  
    GBS H. influenzae (<6yrs)
     

    Pneumonia 
    Septicemia S. pneumoniae
    Staphylococci H. influenzae
    Streptococci M. catarrhalis
    GNB GNB
    C. albicans
    Anaerobes Skin & Wound
    S. aureus
    Gastroenteritis  S. pyogenes
    Salmonella GNB
    Shigella Anaerobes
    Campylobacter
    Helicobacter
    Urinary Tract 
    Vibrio
      Infection 
       E. coli
    Genital infection  Other Body Fluids Klebsiella
    N. gonorrhoeae Staphylococci Proteus
    T. pallidum Streptococci Enterococcus
    H. ducreyi GNB P. aeruginosa
    G. vaginalis Anaerobes S. saprophyticus
    C. albicans C. albicans

    DR. ALKUWAITY  17   ONE BIG FAMILY 

    You might also like