Reproduction in Organisms  
Asexual Reproduction  
● The period through which a certain organism lives is known 
as its life span. 
● Reproduction is the process by which every organism 
ensures its continuity. 
● It is the process through which organisms produce young 
ones, which in turn mature to give rise to their young ones.  
● Reproduction can be: 
○ Asexual − Only one individual is involved 
○ Sexual − Two individuals (male and female) are 
involved 
  
Asexual Reproduction 
● In this type, a single parent can produce offspring. 
● The produced offspring are clones of each other (i.e., 
identical to each other and to the parent). 
● It is commonly seen in unicellular organisms belonging to 
protista and monera. 
● Here, the cell division itself is the mode of reproduction. 
Means of Asexual Reproduction 
● Binary Fission​
 − In this process, the cell divides into 
halves, and each half develops into an adult (example: 
Amoeba​
, ​
Paramecium)​
. 
 ● Budding​
 − In this process, the cell divides unequally to 
form buds, which remain attached to the parent initially, and 
then detach and develop into a mature cell (example: 
yeast). 
 
● Formation of specialized structures 
○ Conidia − (Example: ​
Penicillium) 
○ Gemmules − (Example: Sponges) 
○ Buds − (Example: ​
Hydra​
) 
○ Zoospores − Microscopic, motile spores (Example: 
Algae) 
● Vegetative propagation​
 − It means of asexual 
reproduction in plants. Different structures are capable of 
giving rise to new plants. 
○ Runner − (Example: Gladiolus) 
○ Rhizome − (Example: Ginger) 
○ Sucker 
○ Tuber − (Example: Potato) 
○ Offset 
○ Bulb − (Example: Onion) 
 ​
Sexual Reproduction: Pre­Fertilisation Events  

● Sexual reproduction involves the formation of the male and 
female gametes in either the same individual or two 
individuals. These gametes fuse to form a zygote, which 
develops into a new individual. 
● Offspring are not identical to each other or to the parents. 
So, sexual reproduction gives rise to diversity among living 
 organisms. 
● All organisms pass through two stages. 
○ Juvenile phase − Period of growth; non reproductive 
○ Vegetative phase or reproductive phase 
● In non­primate mammals like rats, sheep, dogs, cows and 
tigers, the cyclic change in the activities of the ovaries and 
the oviduct is called the ​
oestrus cycle​
; in primates like 
monkeys, apes and humans, it is called the​
 menstrual 
cycle​
. 
● Certain mammals are called ​
continuous breeders​
 since 
they can reproduce throughout their reproductive phase, 
while some are called ​
seasonal breeders​
 since they can 
reproduce only in the favourable seasons. 
Events in Sexual Reproduction  
● Organisms reproducing sexually exhibit certain events. 
These are: 
○ Pre­fertilisation events 
○ Fertilisation events 
○ Post­fertilisation events 
Pre­Fertilisation Events 
● Events taking place before the fusion of the gametes 
● Consist of: 
○ Gametogenesis 
○ Gamete transfer 
Gametogenesis 
● Process of formation of gametes (male and female) 
 ● Gametes are haploid 
● In some organisms (like algae), they are almost similar 
(homo or isogametes), and cannot be categorised as male 
and female gametes. 
● In others, the two gametes are morphologically and 
physiologically different (heterogametes), and are of two 
types—antherozoid or sperm (male gamete) and egg or 
ovum (female gamete). 
● In some organisms both the sexes are present in the same 
individual (monoecious or homothallic), and in others, they 
are present in two individuals (dioecious or heterothallic). 
In a unisexual flower, the male flower is called staminate and 
the female flower is called pistillate. 
● Gamete formation takes place by cell division. 
In haploid parents, it is by mitosis; in diploid parents, it is by 
meiosis, with specialised cells called meiocytes undergoing 
meiosis. 
.​
Gamete Transfer 
● For their fusion to take place, the gametes need to be 
transferred. 
● In most organisms, the male gametes are motile, while the 
female gametes are non­motile, and the male gametes need 
a medium for their movement. A large number of male 
gametes do not make it to the female gamete, and hence, 
several thousands of male gametes are produced to 
overcome this loss. 
 ● In angiosperms, the pollen grain carries the male gamete 
and the ovule carries the female gamete. 
● Pollen grains are produced in the anther and need to be 
transferred to the stigma for fertilisation to occur. This is 
easy in monoecious plants as both the anther and the 
stigma are present close by; in dioecious plants, it takes 
place by pollination. 
Sexual Reproduction: Fertilisation Events  
● Fertilisation is the most important event in sexual 
reproduction. 
● This process is also called ​
syngamy​
 and leads to the 
formation of the zygote. 
● However, in some organisms, zygote formation takes place 
without fertilisation, and is known as ​
parthenogenesis 
(occurs in rotifers, honeybees and some lizards). 
● In most aquatic organisms and amphibians, fertilisation 
takes place outside their body (in the water), and is termed 
as ​
external fertilization​
.Their eggs and offspring are 
highly vulnerable to predators and this threatens their 
survival up to adulthood. 
● In most terrestrial organisms, fertilisation is internal, i.e., it 
takes place inside the female body. In this process, the male 
gamete is motile and reaches the female gamete to fuse 
with it, thereby forming zygote. Male gametes are produced 
in large numbers. 
Sexual Reproduction: Post­Fertilisation Events  
● Events taking place after fertilisation are called 
 post­fertilisation events. 
Zygote 
● The haploid gametes fuse to form a diploid zygote in all 
organisms. 
● In external fertilisation, a zygote is formed in an external 
medium, and in internal fertilisation, a zygote is formed 
inside the individual. 
● The development of a zygote depends upon the life cycle of 
an organism and its surroundings. In some organisms, the 
zygote does not develop immediately, and develops a thick 
wall around itself. This wall is resistant to damage and 
desiccation. 
Embryogenesis 
● It is the process of development of the embryo from the 
zygote. 
● The zygote undergoes cell division and differentiation. 
● Cell division increases the number of cells of the embryo, 
and cell differentiation helps the cells undergo modifications 
to form specialised tissues and organs. 
● Animals can be grouped into two categories based on how 
and where the development of the zygote takes place. These 
categories are: 
○ Oviparous​
 − The fertilised egg is covered by a 
calcareous shell and is released into the outside 
environment. The development takes place inside the 
egg and the young one hatches out (example: birds 
and reptiles). 
 ○ Viviparous​
 − The development of the zygote takes 
place inside the female body, and the developed young 
one is delivered outside (example: mammals, including 
humans). 
● In flowering plants, the zygote is formed inside the ovule. 
○ Zygote ​ Develops into ​
→​  Embryo 
→​
○ Ovule ​ Develops into ​
→​  Seed 
→​
○ Ovary ​ Develops into ​
→​  Fruit ​
→​  Contains ​
→​  Seeds ​
→​ → 
Disperse and germinate to form new plants 
 
  
 Sexual Reproduction in Flowering Plants 
 

Pre­Fertilisation Events  
● Several hormonal and structural changes result in the 
development of a flower. 
● Inflorescences bear the flower buds, and then the flowers. 
● Flowers are the reproductive parts of a plant. 
● In the flowers, the androecium (male reproductive part) and 
the gynoecium (female reproductive part) develop. 

Androecium 
● The androecium consists of whorls of stamen. 
● The stamen consists of the ​
filament ​
(long and slender 
stalk) and ​
anther​
 (bilobed structure). 
● Filament is attached to the thalamus or to the petal. 
● Anther​
: 
○ A typical anther is bilobed and each lobe is dithecous 
(consists of two theca). 
○ Theca are separated by a longitudinal groove running 
lengthwise. 
 ○ The microsporangia are located at the corners, two in 
each theca. They further develop to form pollen sacs, 
which contain the pollen grains. 

● Structure of microsporangium 
○ The microsporangium is surrounded by four wall layers 
(epidermis, endothecium, middle layers, and tapetum). 
○ The outer three layers are protective and help in 
dehiscence of anther to release the pollen grains. The 
tapetum provides nourishment to the developing pollen 
grains. 
○ In the young anther, the sporogenous tissue forms the 
centre of each microsporangium. 
  

Microsporogenesis 
● It is the process of formation of microspore from PMC (Pollen 
Mother Cells). 
● As development occurs in the anther, the sporogenous 
tissue undergoes meiosis to form microspore tetrad. 
● Each cell of sporogenous tissue has capacity to give rise to a 
tetrad. Hence, each cell is a potential pollen or PMC. 
● As the anther matures, the microspores get detached from 
each other and develop into pollen grains. 
Pollen grains 
● Represent the male gamete and are spherical, having a 
two­layered wall: 
○ Exine (outer) − Hard layer made of sporopollenin, 
which is extremely resistant and can withstand high 
temperatures, acidic and alkaline conditions, and 
enzymes 
○ Intine (inner) − Thin and continuous layer made up of 
cellulose and pectin 
● Mature pollen grain contains two cells: 
 ○ Vegetative cell − Large with irregular nucleus, contains 
food reserves 
○ Generative cell − Small and floats in the cytoplasm of 
the vegetative cell 

● In 60% of the angiosperms, pollen grains are shed at 
2­celled stage while in others generative cell undergoes 
mitosis to form two male gametes (3­celled stage). 
● The viability of pollen grains after they are shed depends 
upon temperature and humidity. It ranges from 30 minutes 
to few months. 
Gynoecium and Formation of Female Gametophyte  
● The gynoecium represents the female reproductive part of a 
flower. 
● It may be mono­carpellary (one pistil) or multi­carpellary 
(many pistils). In multi­carpellary, the pistils may be fused 
in one (syncarpous) or free (apocarpous). 
● Each pistil consists of: 
○ Stigma​
 − Receives the pollen grains 
○ Style​
 − Elongated, slender part below the stigma 
○ Ovary​
 − Bulged basal part containing the placenta, 
which is located inside the ovarian locule (cavity) 
○ The placenta contains the megasporangia or ovules. 
  

Megasporangium 
● The ovule is attached to the placenta by the ​
funicle​
. The 
junction of the ovule and the funicle is called ​
hilum​
. 
● Each ovule has one or two protective layers, called 
integuments​
, which cover the rest of the ovule, except for 
a small opening called ​
micropyle​
. 
● The ​
chalaza​
 lying on the opposite side of the micropyle end 
represents the basal part of the ovule. 
● Nucellus​
 is present within the integuments and contains 
reserved food. The ​
embryo sac​
 or female gametophyte is 
located within the nucellus. 
  

Megasporogenesis  
● The ​
megaspore mother cell​
 (MMC) gets converted into 
megaspores by the process of megasporogenesis. 
● The MMC is large and contains a dense cytoplasm and a 
prominent nucleus. It undergoes meiosis to produce four 
megaspores. 
Female Gametophyte  
● In most flowering plants, only one megaspore is functional 
while the other three degenerate. 
● The single functional megaspore develops into the female 
gametophyte. This kind of development is called monosporic 
development. 
● The nucleus of the functional megaspore divides mitotically 
to form 2 nuclei, which move towards the opposite ends, 
forming a 2­nucleate embryo sac. Two more mitotic divisions 
ensue, leading to the formation of 4­nucleate and 8­nucleate 
embryo sacs. 
● After the 8­nucleate stage, the cell walls are laid down and 
the typical female gametophyte (embryo sac) gets 
 organised. 
● Six of the 8­nuclei get surrounded by the cell wall and the 
remaining two, called ​
polar nuclei​
, are situated below the 
egg apparatus in the large ​
central cell​
. 
● Three of the six cells are placed at the micropylar end and 
constitute the ​
egg apparatus ​
(2 ​
synergids​
 + 1 ​
egg cell​
). 
● The synergids have special thickenings at the micropylar 
end. These are together called the ​
filiform apparatus​
. It 
helps in leading the pollen tubes into the synergids. 
● Three cells are at the chalazal end, and are called ​
antipodal 
cells​
. 
● A typical angiosperm female gametophyte is 7­celled and 
8­nucleated at maturity. 

Pollination  
● It is the process of transfer of pollen grains from the anther 
to the stigma. 
● Depending on the source of pollen, pollination can be divided 
as follows: 
○ Autogamy ​
− It is the transfer of pollen grains from the 
anther to the stigma of the same flower. Autogamy 
 requires the anther and the stigma to lie close. It also 
requires synchrony in the pollen release and stigma 
receptivity. 
Plants like ​
Viola​
, ​
Oxalis​
, etc., produce two kinds of 
flowers—​
chasmogamous flowers​
 (with exposed 
anther and stigma) and ​
cleistogamous flowers 
(which do not open at all and only autogamy occurs). 
○ Geitonogamy​
 − It is the transfer of pollens from the 
anther of one flower to the stigma of another flower in 
the same plant. Genetically, it is similar to autogamy, 
but it requires pollinating agents. 
○ Xenogamy​
 − It is the transfer of pollen grains from 
the anther to the stigma of a different plant. Pollination 
causes genetically different types of pollens to be 
brought to a plant. 
Agents of Pollination 
● Plants use air, water (abiotic agents) and animals (biotic 
agents) for pollination. 
● Pollination by wind 
○ It is the most common form of abiotic pollination. 
○ Plants possess well­exposed stamens and large, 
feathery stigma. 
○ Pollens should be light and non­sticky to be carried 
easily by winds. 
○ Wind­pollinated flowers often have single ovule in the 
ovary and numerous flowers packed in an 
inflorescence. 
 ○ It is common in grass. 
● Pollination by water 
○ It is rare in flowering plants, except for some aquatic 
plants like ​
Vallisneria ​
and ​
Hydrilla.​
 
○ In most water­pollinated plants, the pollen grains are 
long and ribbon­like, and are protected from wetting by 
mucilaginous covering. 
○ In a majority of water plants like water hyacinth and 
water lily, flowers emerge above the water level and 
are pollinated by insects. 
● Pollination by animals 
○ Majority of flowering plants use butterflies, bees, wasps 
etc., for pollination. 
○ Most of the insect­pollinated flowers are large, 
colourful, fragrant, and contain nectar to attract the 
animal pollinators. These are called floral rewards. 
○ Floral reward can be in the form of providing safe 
places to lay eggs (example: the tallest flower, 
Amorphophallus​
) 
○ A symbiotic relationship exists between the plant, 
Yucca​
 and its pollinator moth. The moth is dependent 
on the plant since the moth deposits its eggs in the 
locule of the ovary of the plant, and in return, the plant 
is pollinated by the moth. 
○ The pollen grains are sticky and get stuck to the body 
of the pollinator. 
Out Breeding Devices 
 ● Repeated self pollination leads to inbreeding depression. 
● Plants have developed methods to prevent self pollination. 
Autogamy is prevented by following ways: 
○ Pollen release and stigma receptivity not coordinated 
○ Different positioning of the anther and the stigma 
○ Production of unisexual flowers 
● Ways to prevent both autogamy and geitonogamy: 
○ Presence of male and female flowers on different 
plants, such that each plant is either male or female 
(dioecy). 
○ This mechanism is present in several species of papaya. 
Pollen−Pistil Interactions 
● Pollination does not always ensure the transfer of compatible 
pollens. 
● Hence, the pistil has the ability to recognise the right type of 
pollen to promote post­ pollination events. 
● If the pollen is of the wrong type, the pistil prevents pollen 
germination. 
● This interaction is mediated by chemical components of the 
pollen and the pistil. 
● Pollen−pistil interaction is a dynamic process involving 
pollen recognition, followed by promotion or inhibition of the 
pollen. 
● The pollen tube reaches the ovary and enters the ovule 
through the micropyle. Then, through the filiform apparatus, 
it reaches synergids. In this way, the pollen tube grows. 
Artificial Hybridisation & Double Fertilisation  
  

Artificial Hybridisation 
● It is a method to improve crop yield. 
● In this method, it is essential to ensure that the right kinds 
of pollen grains are used, and the stigma is protected from 
unwanted pollen grains. It is achieved by: 
○ Emasculation − The anther is removed from the bud if 
the female parent bears bisexual flowers. 
○ Bagging − The emasculated flower is covered by a bag 
so as not to allow contamination of the stigma by 
unwanted pollen grains. 
● When the stigma of the bagged flower becomes receptive, 
the collected pollen grains are dusted onto the stigma, and 
then the flower is rebagged. 
● If the female parent is unisexual, emasculation is not 
necessary. In this case, the female bud is directly bagged, 
and when the stigma turns receptive, suitable pollen grains 
are dusted onto it so as to allow germination. 
Double Fertilisation 
● When the pollen grains fall on the stigma, the pollen tube 
enters one of the synergids and releases two male gametes. 
● One of the male gametes moves towards the egg cell and 
fuses with it to complete the ​
syngamy​
 to form the ​
zygote​
. 
● The other male gamete fuses with the two polar nuclei and 
forms triploid ​
primary endosperm nucleus (PEN)​
. This is 
termed as ​
triple fusion​
. 
 ● Since two kinds of fusion—syngamy and triple fusion—take 
place, the process is known as double fertilisation, and is 
characteristic of flowering plants. 
● After triple fusion, the central cell becomes the primary 
endosperm cell (PEC). 
● The primary endosperm nucleus gives rise to the 
endosperm, while the zygote develops into the embryo. 

Post­Fertilisation Events  
It includes development of endosperm and embryo, and 
maturation of ovules into seeds and ovaries into fruits. 
Formation of Endosperm 
● The endosperm develops before the embryo because the 
cells of the endosperm provide nutrition to the developing 
embryo. 
● The primary endosperm nucleus repeatedly divides to give 
rise to free nuclei. This stage of development is called free 
nuclear endosperm. 
● Cell wall formation occurs next, resulting in a cellular 
 endosperm. 
● The endosperm may be either fully consumed by the 
growing embryo (as in pea and beans) or retained in the 
mature seed (as in coconut and castor). 
Development of Embryo 
● The embryo develops at the micropylar end of the embryo 
sac where the zygote is situated. 
● The zygote gives rise first to the pro­embryo, and then to 
the globular, heart­shaped, mature embryo. 
● A typical ​
dicot embryo​
 consists of an embryonal axis and 
two cotyledons. 
● The portion of the embryonal axis above the level of 
cotyledons is called epicotyl. It contains the plumule (shoot 
tip). The portion below the axis is called hypocotyl. It 
contains the radicle (root tip). The root tip is covered by the 
root cap. 

● In a ​
monocot embryo​
, there is only one cotyledon. In 
grass, it is known as the scutellum, and is situated at one 
side of the embryonal axis. At its lower end, the embryonal 
axis has the radicle and the root cap enclosed in the 
 coleorrhiza. 
● The epicotyl lies above the level of the scutellum, and has 
the shoot apex and leaf primordia enclosed in hollow 
structures called coleoptiles. 

 
 
Seeds and Fruits  
Development of Seeds 

● It is the last stage of sexual reproduction in angiosperms. 
● Seeds are the fertilised ovules that are developed inside a 
fruit. 
● A seed consists of: 
○ Seed coat 
○ Cotyledons 
○ Embryonal axis 
● Seeds may be ​
albuminous​
 (endosperm present; as in 
wheat and maize) or ​
non­albuminous​
 (endosperm absent; 
 since it is consumed by the growing embryo; as in pea and 
beans). 
● Some seeds such as black pepper and wheat have remnants 
of nucellus known as ​
perisperm​
. 
● The integuments of ovules harden to form the seed coat, 
and the micropyle facilitates the entry of oxygen and water 
into the seed. 
● As it loses moisture, the seed may enter dormancy, or if 
favourable conditions exist, it germinates. 
Development of Fruits 
● The ovary of a flower develops into a fruit. 
● The walls of the ovary transform into the walls of the fruit 
(pericarp). 
● Fruits may be fleshy, as in mango and orange, or can be 
dry, as in groundnut and mustard. 
● In some plants, floral parts other than the ovary take part in 
fruit formation, as in apple and strawberry. In these, the 
thalamus contributes to fruit formation. Such fruits are 
called ​
false fruits​
. Fruits that develop from the ovary are 
called ​
true fruits​
. 
● Some fruits develop without fertilisation, and are known as 
parthenocarpic fruits​
 (example: banana). 
Apomixis and Polyembryony  
● Some plants produce seeds without fertilisation. This process 
of seed formation is known as apomixis. 
● Apomixis is a form of asexual reproduction mimicking sexual 
reproduction. 
 ● In some species, apomixis occurs as the diploid egg cell is 
formed without meiosis, and develops into embryo without 
fertilisation. 
● In some varieties of citrus and mango, the nucellus cells 
divide and protrude into the embryo sac to develop into 
embryos. In such cases, each ovule may contain several 
embryos and this condition is called polyembryony. 
● Apomixis is important for producing hybrid varieties of fruits 
and vegetables, and also for increasing crop yield multifold. 
 
 
 
 
 
 Human Reproduction 
 
Male and Female Reproductive Systems  
● Human beings reproduce sexually and are viviparous. 
● In humans, the reproductive phase starts after puberty. 
● It involves: 
○ Gametogenesis 
○ Insemination 
○ Fertilisation 
○ Implantation 
○ Gestation 
○ Parturition 
The Male Reproductive System 

● It is located in the pelvic region. 
● It consists of: 
○ A pair of testes 
○ Accessory glands and ducts 
○ External genitalia 
Testes  
● Situated within the ​
scrotum​
, which protects the testes and 
also helps in maintaining the temperature. 
● Each testis is 4 to 5 cm in length, and 2 to 3 cm in width, 
and has about 250 compartments called ​
testicular lobules​
. 
● Testicular lobules have ​
seminiferous tubules​
 which are the 
sites of sperm formation. 
● Seminiferous tubules are lined by two types of cells: 
○ Male germ cells​
 − They undergo meiosis to form 
sperms. 
○ Sertoli cells​
 − They provide nourishment to the germ 
cells. 
● Region outside the seminiferous tubules is called the 
interstitial space, which contains ​
Leydig cells​
 (interstitial 
cells). The Leydig cells produce androgens. 
Accessory Ducts and Glands 
● Accessory ducts include: 
○ Rete testis 
○ Vasa efferentia 
○ Epididymis 
○ Vas deferens 
● The seminiferous tubules open into the vasa efferentia 
through the ​
rete testis​
. 
● The vasa efferentia open into the ​
epididymis​
, which leads 
to the ​
vas deferens​
. The vas deferens opens into the 
urethra along with a duct from the seminal vesicle called the 
ejaculatory duct​
. 
 ● The ejaculatory duct stores the sperms and transports them 
to the outside 
● The urethra starts from the urinary bladder, extends through 
the penis and opens via the ​
urethral meatus​
. 
● Accessory glands include: 
○ A pair of seminal vesicles 
○ Prostate gland 
○ A pair of bulbourethral glands 
● The secretions of these glands make up the seminal plasma, 
and provide nutrition and a medium of motility to the 
sperms. 
The Female Reproductive System 

● It is located in the pelvic region: 
● It includes: 
○ A pair of ovaries 
○ A pair of oviducts 
○ Uterus 
○ Cervix 
○ Vagina 
 ○ External genitalia 
○ Mammary glands (not part of the reproductive system, 
but aids in child care) 
Ovaries 
● They are the primary female sex organs. They produce the 
ovum and other ovarian hormones. 
● They are located in the lower abdomen, and are 2 to 4 cm in 
length. 
● They are connected by ligaments to the pelvic walls and to 
the uterus. 
● Each ovary is covered by epithelium, and contains the 
ovarian stroma. 
● The ovarian stroma is made up of: 
○ Peripheral cortex 
○ Inner medulla 
 
Oviducts 
● They are also called ​
fallopian tubes​
. 
● They are 10 to 12 cm long, and extend from the ovary to 
the uterus. 
● The part of each oviduct lying towards the ovary is funnel 
shaped, and is called ​
infundibulum​
. It has finger­like 
projections called ​
fimbriae​
. 
● The infundibulum leads to the ampulla, and then to the 
isthmus, which has a narrow lumen opening into the uterus. 
Uterus 
 ● It is also called ​
womb​
, and is ​
pear shaped​
. 
● It is connected to the pelvic walls by ligaments. 
● The uterine wall consists of: 
○ External perimetrium 
○ Middle myometrium 
○ Internal endometrium, which lines the uterine cavity 
● The endometrium undergoes changes during the menstrual 
cycle. 
Cervix and Vagina 
● The cervix connects the uterus to the vagina. 
● The cervix and the vagina constitute the birth canal. 
External Genitalia  
● Consists of: 
○ Mons pubis − Fatty tissue covered by skin and pubic 
hair 
○ Labia majora − Extends from mons pubis and 
surrounds the vaginal opening 
○ Labia minora − Fold of skin beneath the labia majora 
○ Hymen − Partially covers the vaginal opening 
○ Clitoris − Lies at the junction of labia minora 
Mammary Glands 
● Present in all female mammals 
● It is ​
paired ​
and is ​
glandular​
. 
● Each breast contains 15 to 20 mammary lobes with ​
alveoli 
which secrete milk. 
● The alveoli open into the mammary tubules, which unite to 
 form a mammary duct. 
● Many mammary ducts constitute the mammary ampulla, 
which is connected to the ​
lactiferous duct​
. 
Gametogenesis  
The testis and ovary produce the male and female gametes 
respectively by gametogenesis (spermatogenesis in males and 
oogenesis in females). 
Spermatogenesis 

● In males, sperms are produced by the ​
spermatogonia 
(immature germ cells), which are present in the inner walls 
of the seminiferous tubules. 
● Spermatogonia increase in number by mitosis. These are 
diploid. 
● Some of the spermatogonia called ​
primary spermatocytes 
periodically undergo meiosis. 
 ● After the first meiotic division, two haploid and equal 
secondary spermatocytes​
 are formed. 
● These further undergo meiosis to give rise to four haploid 
spermatids. 
● These spermatids are converted into sperms by 
spermiogenesis. 
● The sperm head gets embedded in the Sertoli cells after 
spermiogenesis and is released from the seminiferous 
tubules by ​
spermiation. 
● Spermatogenesis starts at puberty by the action of the 
gonadotropin releasing hormone (GnRH), which in turn 
causes the release of two gonadotropins called Luteinizing 
Hormone (LH) and Follicle Stimulating Hormone (FSH). 
● LH acts on Leydig cells and causes them to release 
androgens, which stimulate the process of spermatogenesis 
while the FSH acts on the Sertoli cells, which help in 
spermiogenesis. 
Structure of a Sperm 

 
 ● A mature sperm consists of: 
○ Head 
○ Neck 
○ Middle piece 
○ Tail 
● The whole sperm is enclosed in a plasma membrane. 
● The head consists of a haploid nucleus and a cap­like 
acrosome​
, which contains enzymes that aid in fertilisation. 
● The middle piece contains several mitochondria, which 
produce energy for the motility of the sperm. 
● Sperms released by the seminiferous tubules are 
transported by the accessory ducts. 
● Secretions of epididymis, vas deferens, seminal vesicles, and 
prostate are essential for maturation and motility of sperms. 
Oogenesis 

 
 ● The ovum is formed by the process of oogenesis. 
● It starts during embryonic growth and millions of gamete 
mother cells (​
oogonia​
) are formed in the foetal ovary. 
● These cells undergo meiosis, but get temporarily arrested at 
the prophase and are called ​
primary oocytes​
. 
● Before reaching puberty, a large number of primary oocytes 
degenerate and the remaining ones get surrounded by 
layers of granulosa cells and new theca and are called 
secondary follicles​
. 
● The secondary follicles are then converted into ​
tertiary 
follicles​
 that have characteristic fluid­filled cavity called 
antrum. At this stage, the primary oocyte present within the 
tertiary follicle completes meiosis, which results in the 
formation of haploid secondary oocyte and a tiny polar body. 
● This tertiary follicle further changes into the ​
Graafian 
follicle​
. The secondary oocyte is surrounded by the zone 
pellucida. 
● Then the Graafian follicle ruptures to release the ovum by 
ovulation. 
Menstrual Cycle & Fertilisation  
  
  

● Menstrual cycle is the reproductive cycle in all primates and 
begins at puberty (menarche). 
● In human females, menstruation occurs once in 28 to 29 
days. The cycle of events starting from one menstruation till 
the next one is called the ​
menstrual cycle​
. 
● During the middle of the menstrual cycle, one ovum is 
released (ovulation). 
● The cycle starts with the ​
menstrual flow ​
(3 to 5 days), 
caused due to the breakdown of the endometrium of the 
uterus. Blood vessels in liquid state are discharged, but this 
occurs only when the ovum is not fertilised. 
● It is followed by the ​
follicular phase​
.In this phase, the 
primary follicles mature into the Graffian follicles. This 
causes the regeneration of the endometrium. 
 These changes are brought about by ovarian and pituitary 
hormones. In this phase, the release of gonadotropins (LH 
and FSH) increases. This causes follicular growth and the 
growing follicles produce oestrogen.  
● The LH and FSH are at their peak in the middle of the cycle 
(14​  day), and cause the rupture of the Graffian follicles to 
th​

release ovum. This phase is called the ​
ovulatory phase​
. 
● The remains of the Graffian follicles get converted into the 
corpus luteum, which secretes progesterone for the 
maintenance of the endometrium. 
● In the absence of fertilisation, the corpus luteum 
degenerates, thereby causing the disintegration of the 
endometrium and the start of a new cycle. 
● In humans, the menstrual cycle ceases to operate at the age 
of 50 years. This phase is known as the ​
menopause​
. 
Fertilisation and Implantation  
● During coitus, the semen is released into the vagina, passes 
through the cervix of the uterus and reaches the 
ampullary­isthmic junction of the fallopian tube. 
● The ovum is also released into the junction for fertilisation to 
occur. 
● The process of fusion of the sperm and the ovum is known 
as fertilisation. 
● During fertilisation, the sperm induces changes in the ​
zona 
pellucida​
 and blocks the entry of other sperms. This 
ensures that only one sperm fertilises an ovum. 
● The enzymatic secretions of the acrosomes help the sperm 
 enter the cytoplasm of the ovum. 
● This causes the completion of meiotic division of the 
secondary oocyte, resulting in the formation of a haploid 
ovum (ootid) and a secondary polar body. 
● Then, the haploid sperm nucleus fuses with the haploid 
nucleus of the ovum to form a diploid ​
zygote​
. 
● Mitosis starts as the zygote moves through the isthmus of 
the oviduct (cleavage) and forms 2, 4, 8, 16 daughter cells 
called ​
blastomeres​
. 
● The 8−16 cell embryo is called a ​
morula​
, which continues to 
divide to form the ​
blastocyst​
. The morula moves further 
into the uterus.  
● The cells in the blastocyst are arranged into an outer 
trophoblast ​
and an ​
inner cell mass​
. 
● The trophoblast gets attached to the uterine endometrium, 
and the process is called implantation. This leads to 
pregnancy. 
● The inner cell mass gets differentiated to form the embryo. 
Pregnancy, Parturition and Lactation  
 

Pregnancy  
● After implantation, the trophoblast forms finger­like 
projections called chorionic villi, surrounded by the uterine 
tissue and maternal blood. 
● The chorionic villi and the uterine tissue get integrated to 
form the ​
placenta​
, which helps in supplying the developing 
embryo with oxygen and nutrients, and is also involved in 
 the removal of wastes. 
● The placenta is connected to the embryo by the ​
umbilical 
cord​
. The placenta acts as an endocrine gland, and 
produces the human chorionic gonadotropins, human 
placental lactogen, oestrogen, progesterone and relaxin 
(later stages of pregnancy). 
● These hormones support foetal growth and help in the 
maintenance of pregnancy. Hormones like oestrogen, 
progestogen, cortisol, prolactin, etc., are increased several 
folds in the maternal blood. 
● Immediately after implantation, the inner cell mass 
(embryo) gets differentiated into the ectoderm, mesoderm 
and endoderm, which give rise to the different tissues. This 
ability of the inner cell mass is due to the presence of 
multi­potent cells called ​
stem cells​
. 
● Most of the major organs are formed at the end of 12 weeks 
of pregnancy; during the 5​  month, the limbs and body hair 
th​

are formed; by the 24​  week, the eyelids separate and 
th​

eyelashes are formed. At the end of nine months, the foetus 
is fully formed. 
Parturition and Lactation  
● Human pregnancy has the duration of 9 months. This 
duration is called the ​
gestation period​
. 
● At the end of this period, vigorous uterine contractions lead 
to the delivery of the foetus. This process is called 
parturition​
. 
● Parturition is a neuro­endocrine mechanism, and is started 
 by the signals from the developed foetus and the placenta, 
which produce the ​
foetal ejection reflex​
. 
● This causes the release of oxytocin from the pituitary, which 
causes stronger uterine contractions. 
● This leads to the expulsion of the baby along with the 
placenta. 
● During pregnancy, the mammary glands undergo 
differentiation, and milk is produced during the end of 
pregnancy. 
● The milk produced during the first few days of lactation is 
known as ​
colostrums​
.It contains several antibodies that aid 
the newborn to develop resistance. 
 
WWW.NCRTSOLUTIONS.IN

CHAPTER 4 - REPRODUCTIVE HEALTH

WHO - WORLD HEALTH ORGANISATION HAS DEFINED IT AS A TOTAL WELL-BEING IN ALL

ASPECTS OF REPRODUCTION, I.E., PHYSICAL, EMOTIONAL, BEHAVIORAL & SOCIAL.

REPRODUCTIVE HEALTH – PROBLEMS AND STRATEGY:

 INDIA WAS AMONG THE 1ST COUNTRIES TO INITIATE ACTIONS & PLANS TO ATTAIN TOTAL
REPRODUCTIVE HEALTH AS SOCIAL GOAL.
 THESE PROGRAMMES ARE CALLED AS ‘ FAMILY PLANNING’
 IMPROVED PROGRAMMES CURRENTLY IN OPERATION HAVE A POPULAR NAME
‘REPRODUCTIVE & CHILD HEALTH CARE PROGRAMMES’ (RCH).

HOW HAS THE GOVERNMENT TAKEN MEASURES?

 THROUGH THE HELP OF AUDIO-VISUALS & PRINT MEDIA.

 EVEN FAMILY MEMBERS, CLOSE RELATIONS ARE INVOLVED IN THE AWARENESS.
 SEX EDUCATION WAS INTRODUCED IN SCHOOLS TO PROVIDE AWARENESS
 PROPER INFORMATION ABOUT REPRODUCTIVE ORGANS, ADOLESCENCE & RELATED CHANGES
, SAFE & HYGIENIC SEXUAL PRACTICES, SEXUALLY TRANSMITTED DISEASES, AIDS ETC.

AMNIOCENTESIS
IT IS A TECHNIQUE USED TO FIND OUT CHROMOSOMAL ABNORMALITIES IN DEVELOPING EMBRYO BY
USING AMNIOTIC FLUID.

 IT IS ALSO MISUSED TO CHECK FOETAL SEX DETERMINATION BASED ON THE CHROMOSOMAL

PATTERN IN THE AMNIOTIC FLUID SURROUNDING THE DEVELOPING EMBRYO.

POPULATION EXPLOSION & BIRTH CONTROL:

 THE WORLD’S POPULATION BEING 2 BILLION IN 1900 WAS RELOCATED TO 6 BILLION IN

2000…
 INDIA’S POPULATION WAS ABOUT 350 MILLION DURING INDEPENDENCE & ALMOST REACHED
BILLION .
WWW.NCRTSOLUTIONS.IN

 A RAPID DECLINE IN DEATH RATE, MMR & IMR AS AN INCREASE IN NUMBER OF PEOPLE IN
REPRODUCIBLE AGE ARE THE REASON FOR THIS .

WHY SUCH POPULATION EXPLOSION?

o MOST OF THE URBAN PEOPLE ARE UNEDUCATED.

o GIRLS WERE GIVEN INTO EARLY MARRIAGES AT 18 YRS OF AGE.

CONTRACEPTIVE METHODS:

 THROUGH MEDIA – HUM DO HAMARE DO!!!!! (WE 2 , OUR 2)

 SAHELI - IT IS A CONTRACEPTIVE METHOD DEVELOPED BY SCIENTISTS IN CDRI -

CENTRAL DRUG RESEARCH INSTITUTE.

CONTRACEPTIVE METHODS:

 NATURAL METHODS
 BARRIERS
 IUD
 ORAL CONTRACEPTIVES
 INJECTABLE IMPLANTS
 SURGICAL METHODS

1. NATURAL METHODS:
AVOIDS MEETING OF SPERM & OVUM.

 PERIODIC ABSTINENCE - AVOID COITUS FROM DAY 10 – 17 OF MENSTRUAL CYCLE WHEN

OVULATION IS EXPECTED. BECAUSE CHANCES OF FERTILITY IS VERY HIGH DURING THIS PERIOD,
HENCE KNOWN AS FERTILE PERIOD.
 WITHDRAWAL OR COITUS INTERUPTUS - MALE PARTNER WITHDRAWS HIS PENIS FROM
VAGINA BEFORE EJACULATION AVOIDING INSEMINATION OF SPERMS
 LACTATIONAL AMENORRHEA-ABSENCE OF MENSTRUAL CYCLE DURING FIRST SIX MONTHS OF
INTENSE LACTATIONAL PERIOD.
WWW.NCRTSOLUTIONS.IN

2.BARRIER METHODS:

 CONDOMS - THIN RUBBER USED TO COVER PENIS IN MALE OR VAGINA & CERVIX IN FEMALES.
 DIAPHRAGMS, CERVICAL CAPS & VALUTS ARE ALL BARRIERS FOR FEMALES TO COVER CERVIX
DURING COITUS.

ADVANTAGES OF BARRIER METHODS:

1. THEY ARE DISPOSABLE.
2. THEY CAN BE SELF –INSERTED.
3. THEY ARE REUSABLE.
4. PREVENTS CONCEPTION BY BLOCKING ENTRY OF SPERM THRU CERVIX.
3. INTRA UTERINE DEVICES (IUD’S):

 DEVICES INSERTED BY DOCTORS OR NURSES IN UTERUS THRU VAGINA.

EXAMPLES. CU T, CU7, MULTILOAD 375, LIPPES LOOP.

 CU IONS RELEASED SUPPRESS SPERM MOTILITY & FERTILIZING CAPACITY OF SPERMS.

 HORMONE RELEASING IUDS MAKES THE UTERUS UNSUITABLE FOR IMPLANTATION & CERVIX
HOSTILE TO THE SPERM.

4. ORAL PILLS:

 PILLS ARE TAKEN DAILY FOR 21 DAYS.

 THEY ARE VERY EFFECTIVE WITH LESS SIDE EFFECTS.
 SAHELI - NEW ORAL CONTRACEPTIVE CONTAINS A NON-STEROIDAL PREPARATION.
 IT IS A ‘ONCE A WEEK ‘PILL WITH HIGH CONTRACEPTIVE VALUE.
 INJECTION OR IMPLANTATION OF PROGESTERONE /ESTROGEN UNDER THE SKIN.

5. SURGICAL METHOD:

 THIS METHOD IS ALSO CALLED AS STERILISATION.

 IT IS ADVISABLE FOR MALE/FEMALE PARTNER AS A TERMINAL METHOD TO PREVENT ANY
MORE PREGNANCIES.
 IN MALE, THEY’RE CALLED VASECTOMY, WHERE THE VAS DEFERENS IS CUT OR TIED.
WWW.NCRTSOLUTIONS.IN

 IN FEMALE, IT IS CALLED TUBECTOMY, WHERE A SMALL PART OF THE FALLOPIAN TUBE IS CUT
OR TIED UP.
 THIS METHOD IS HIGHLY EFFECTIVE BUT THEIR REVERSIBILITY IS VERY POOR.

SIDE EFFECTS OF CONTRACEPTIVE METHOD:

• IT IS VERY IMPORTANT THAT THE SELECTION OF CONTRACEPTIVE METHOD SHOULD BE TAKEN
UNDER THE CONSULTATION OF THE DOCTORS.
• HOWEVER, THEIR POSSIBLE ILL-EFFECTS LIKE NAUSEA, ABDOMINAL PAIN, BREAKTHROUGH
BLEEDING, IRREGULAR MENSTRUAL BLEEDING OR EVEN BREAST CANCER.
• THESE SYMPTOMS SHOULD NOT BE TOTALLY IGNORED.

WHAT IS MTP?
INTENTIONAL OR VOLUNTARY TERMINATION OF PREGNANCY BEFORE FULL TERM IS CALLED MEDICAL
TERMINATION OF PREGNANCY (MTP) OR INDUCED ABORTION.

WHY MTP?

 MTP IS DONE TO GET RID OF UNWANTED PREGNANCIES DUE TO CASUAL UNPROTECTED

INTERCOURSE OR FAILURE OF THE CONTRACEPTIVE USED DURING COITUS OR RAPE.
 MTPS ARE ALSO ESSENTIAL IN CERTAIN CASES WHERE CONTINUATION IN PREGNANCY COULD
BE HARMFUL OR EVEN FATAL TO THE MOTHER OR TO THE FOETUS OR BOTH.

SEXUALLY TRANSMITTED DISEASES ( STDS)

DISEASES OR INFECTIONS WHICH ARE TRANSMITTED SEXUALLY THROUGH SEXUAL INTERCOURSE ARE
CALLED AS SEXUALLY TRANSMITTED DISEASES (STDS) OR VENEREAL DISEASES (VDS) OR
REPRODUCTIVE TRACT INFECTIONS. STDS CAN BE CLASSIFIED AS VIRAL, BACTERIAL, PROTOZOAN,
FUNGAL, ETC.

HOW ARE STDS CAUSED?

DEPENDING ON THE DISEASE, STDS CAN BE SPREAD WITH ANY TYPE OF SEXUAL ACTIVITY. STDS ARE
MOST OFTEN CAUSED BY VIRUSES AND BACTERIA.

VARIOUS TYPES OF SEXUALLY TRANSMITTED DISEASES:

THE VARIOUS TYPES OF SEXUALLY TRANSMITTED DISEASES INCLUDE GONORRHOEA, SYPHILIS, GENITAL
HERPS, CHANCROID AND OF COURSE THE MOST COMMON HIV LEADING TO AIDS.
WWW.NCRTSOLUTIONS.IN

CHLAMYDIASIS

 CHLAMYDIASIS IS A SEXUALLY TRANSMITTED DISEASE IN HUMANS CAUSED BY THE BACTERIUM

CHLAMYDIA TRACHOMATIS. CHLAMYDIASIS IS A MAJOR INFECTIOUS CAUSE OF HUMAN
GENETIAL AND EYE DISEASES.
 CHLAMYDIASIS WAS ONCE THE MOST IMPORTANT CAUSE OF BLINDNESS. THE INFECTION CAN
SPREAD FROM EYE TO EYE BY FINGERS, SHARED TOWELS, EYE SEEKING FLIES, AND CLOTHS ETC.

PREVENTION
STDS ARE A MAJOR THREAT TO A HEALTHY SOCIETY. THEREFORE EARLY DETECTION OR PREVENTION
AND CURE OF THESE DISEASES ARE GIVEN PRIME CONSIDERATION UNDER REPRODUCTIVE HEALTH-
CARE PROGRAMMES THOUGH ALL PERSON ARE VULNERABLE TO THESE INFECTIONS, THEIR INCIDENCES
ARE REPORTED TO BE VERY HIGH AMONG THE AGE GROUP OF 15-24YEARS.THESE INFECTIONS CAN BE
PREVENTED BY FOLLOWING A FEW SIMPLE RULES WHICH INCLUDE:

 AVOID SEX WITH UNKNOWN PARTNERS OR MULTIPLE PARTNERS

 ALWAYS USE CONDOMS DURING COITUS
 IN CASE OF DOUBT, GO TO A QUALIFIED DOCTOR FOR EARLY DETECTION AND GET COMPLETE
TREATMENT IF DIAGNOSED WITH DISEASE.

INFERTILITY
A LARGE NO OF COUPLES ALL OVER INDIA ARE INFERTILE, I.E., THEY ARE UNABLE TO PRODUCE
CHILDREN IN SPITE OF UNPROTECTED SEXUAL CO-HABITATION. THE REASONS FOR THIS COULD BE
MANY-PHYSICAL, CONGENITAL, DISEASES, DRUGS, IMMUNOLOGICAL OR EVEN PSYCHOLOGICAL.

ASSISTED REPRODUCTIVE TECHNOLOGIES (ART) ARE SPECIAL TECHNIQUES THAT ASSIST COUPLES TO
HAVE CHILDREN.
VARIOUS TYPES OF ASSISTED REPRODUCTIVE TECHNOLOGIES ( ART)INCLUDE:
· IN-VITRO FERTILISATION (IVF)
· ZYGOTE INTRA FALLOPIAN TRANSFER (ZIFT)
· INTRA CYTOPLASMIC SPERM INJECTION(ICSI)
· GAMETE INTRA FALLOPIAN TRANSFER(GIFT)
· ARTIFICAL INSEMINATION (AI)

1) IN VITRO FERTILIZATION (IVF)

WWW.NCRTSOLUTIONS.IN

IT IS THE FERTILIZATION OUTSIDE THE BODY IN ALMOST SIMILAR CONDITIONS AS THAT IN THE BODY. IN
THIS METHOD, POPULARLY KNOWN AS TEST TUBE BABY PROGRAMME, OVA FROM THE WIFE / DONOR
(FEMALE) AND SPERMS FROM THE HUSBAND / DONOR (MALE) ARE COLLECTED AND ARE INDUCED TO
FORM THE ZYGOTE UNDER SIMULATED CONDITIONS IN THE LAB. THE ZYGOTE OR EARLY EMBRYOS
COULD THEN BE TRANSFERRED INTO THE FALLOPIAN TUBE (ZIFT -ZYGOTE INTRA FALLOPIAN
TRANSFER)

2) ZYGOTE INTRA FALLOPIAN TRANSFER (ZIFT)

THE ZYGOTE WITH 8 BLASTOMERES CAN BE TRANSFERRED INTO THE FALLOPIAN TUBE.

3) INTRA CYTOPLASMIC SPERM INJECTION (ICSI)

INTRA CYTOPLASMIC SPERM INJECTION (ICSI) IS ANOTHER SPECIALIZED PROCEDURE TO FORM AN
EMBRYO IN THE LAB IN WHICH A SPERM IS DIRECTLY INJECTED INTO THE OVUM.

4) GAMETE INTRA FALLOPIAN TUBE (GIFT)

TRANSFER OF AN OVUM COLLECTED FROM A DONOR INTO THE FALLOPIAN TUBE OF ANOTHER FEMALE
WHO CANNOT PRODUCE ONE, BUT CAN PROVIDE SUITABLE ENVIRONMENT FOR FERTILISATION AND
FURTHER DEVELOPMENT IS ANOTHER METHOD ATTEMPTED.

5) ARTIFICIAL INSEMINATION (AI)

INFERTILITY CASES EITHER DUE TO INABILITY OF THE MALE PARTNER TO INSEMINATE THE FEMALE OR
DUE TO VERY LOW SPERMS COUNTS IN THE EJACULATES COULD BE CORRECTED BY ARTIFICIAL
INSEMINATION.

IN THE TECHNIQUE, THE SEMEN COLLECTED EITHER FROM THE HUSBAND OR A HEALTHY DONOR IS
ARTIFICIALLY INTRODUCED INTO THE VAGINA OR INTO THE UTERUS (IUI - INTRA UTERINE
INSEMINATION) OF THE FEMALE.

6) ADOPTION – CAN BE DONE FROM ORPHANAGE / RELATIVES.

COUNSELING AND INFORMATION ON INFERTILITY

IT IS IMPORTANT TO INVOLVE BOTH PARTNERS IN ALL ASPECTS OF MANAGEMENT. DISCUSSIONS OF

WISHES, PLANS, BELIEFS AND MOTIVES ARE IMPORTANT.
 PRINCIPLES OF INHERITANCE AND VARIATION 
  

Genetics 

Genetics is a branch of biology dealing with inheritance and variation 
of characters from parents of offspring. 

Inheritance 

Process by which characters are passed on from parent to progeny 

Variation 

Degree by which the progeny differs from its parents 

Mendel’s Experiments 

● Gregor Johann Mendel known as the father of genetics proposed the 
laws of inheritance. 
● He used garden pea as his sample. 
● Large sampling size gave credibility to his collected data. 
● Garden pea plant possessed certain completely opposite traits. 

Example − tall and dwarf plants 

● He worked on the following ​
seven​
 traits of garden pea: 

S. No.  Character  Dominant  Recessive 

1  Stem height  Tall  Dwarf 

2  Flower colour  Violet  White 

3  Flower position  Axial  Terminal 

4  Pod shape  Inflated  Constricted 

5  Pod colour  Green  Yellow 

 6  Seed shape  Round  Wrinkled 

7  Seed colour  Yellow  Green 

● True breeding pea lines were obtained by continuous self pollination 
for several generations. 
● Fourteen true breeding pea lines were selected as pairs, which were 
similar except for one character with contrasting traits. 
● Artificial cross pollination (hybridisation) was performed on such 
varieties to obtain first hybrid generation known as the first filial 
progeny or F​. 
1​

Inheritance of One Gene 

● After hybridisation, the F​ generation so obtained resembled only one 
1​

of its parents (say, all tall; no dwarf). 
● When 2 plants from F​ generation were self pollinated, the second filial 
1​

progeny or F​ generation was obtained. 
2​

● Revival of unexpressed trait (dwarf) was observed in some F​ progeny. 
2​

Both traits, tall and dwarf, were expressed in F​ in ratio 3:1. 
2​

● Mendel proposed that something is being passed unchanged from 
generation to generation. He called these things as ‘factors’ (presently 
called genes). 
● Factors contain and carry hereditary information. 
● Alleles − Slightly different form of same factor 

Two alleles code for a pair of two contrasting traits. (e.g., tall and dwarf) 

Monohybrid Cross 

● Cross that considers only a single character (e.g., height of the part) 
●  
● Studying the cross: 
○ TT, tt, and Tt are genotypes while the traits, tall and dwarf, are 
phenotypes. 
○ T stands for tall trait while t stands for dwarf trait. 
○ Even if a single ‘T’ is present in the genotype, phenotype is ‘tall’. 
When ‘T’ and ‘t’ are present together, ‘T’ dominates and 
suppresses the expression of ‘t’. Therefore, T (for tallness) is 
dominant trait while t (for dwarfness) is recessive trait. 
○ TT and tt are homozygous while Tt is heterozygous. 
○ From the cross, it can be found that alleles of parental pair 
separate or segregate from each other and only one allele is 
transmitted to the gamete. 
○ Gametes of TT will have only T alleles; gametes of tt will have 
only t alleles, but gametes of Tt will have both T and t alleles. 
● Punnett square 
○ Graphical representation to calculate the probability of all 
possible genotypes of offsprings in a genetic cross 
○ Possible gametes are written on two sides, usually at top row 
and left columns, and combinations are represented in boxes. 
  
○ With the help of Punnet square, genotypic ratio in F​ generation 
2​

can be found. From the above given Punnet square, it is evident 
that genotypic ratio TT: Tt: tt is 1:2:1. 

○ The ratio 1:2:1 or  of TT: Tt: tt can be derived from 
binomial expression (​
ax​
 + ​
by​
)2​
​. 

○ Gamete­bearing genes are in equal frequency of  . 
○ Hence, the expression can be expanded as 

Law of Dominance, Test Cross, Law of Segregation & Incomplete 
Dominance  
  

Mendel’s Laws of Inheritance 

● Based on his experiments, Mendel proposed three laws or principles of 
inheritance: 
○ Law of Dominance 
○ Law of Segregation 
 ○ Law of Independent Assortment 
● Law of dominance and law of segregation are based on monohybrid 
cross while law of independent assortment is based on dihybrid cross. 

Law of Dominance 

● According to this law, characters are controlled by discrete units called 
factors, which occur in pairs with one member of the pair dominating 
over the other in a dissimilar pair. 
● This law explains expression of only one of the parental character in F​
1 

generation and expression of both in F​ generation. 
2 ​

Test Cross 

● Cross between F​ progeny and its homozygous recessive parent 
2​

● This cross determines whether the dominant character is coming from 
homozygous dominant genotype or heterozygous genotype. (e.g., 
tallness coming from TT or Tt) 
● When TT is crossed with tt, we obtain all Tt (tall) individuals in the 
progeny. Whereas when Tt is crossed with tt, we obtain Tt (tall) and tt 
(dwarf) individuals in the progeny. 
● Therefore, if tallness is coming from TT, then we obtain all tall 
progenies in test cross. We obtain both tall and dwarf varieties in test 
cross, if tallness is coming from Tt. 
  

Law of Segregation 

● This law states that the two alleles of a pair segregate or separate 
during gamete formation such that a gamete receives only one of the 
two factors. 
● In homozygous parents, all gametes produced are similar; while in 
heterozygous parents, two kinds of gametes are produced in equal 
proportions. 

Incomplete Dominance 

● In incomplete dominance, F​ generation has a phenotype that does not 
1​

resemble either of the two parents, but is a mixture of the two. 
● Example − Flower colour in dog flower (snapdragon), where: 
○ RR − Red flowers 
○ rr − White flowers 
○ Rr − Pink flowers 
● Here, genotypic ratio remains same as in Mendelian crosses, but 
phenotypic ratio changes since complete dominance is not shown by R 
(hence, incomplete dominance). 
  

● Phenotypic Ratio − 1:2:1 that denotes Red: Pink: White 
● Genotypic Ratio − 1:2:1 that denotes RR: Rr: rr 

What is Dominance? 

● A diploid organism produces two copies of a gene, which need not be 
identical and may have minor alterations. 
● Suppose a normal gene produces a product P. Then, the altered 
version of it must produce a non­functional product P′ or no product at 
all. 
● The altered version of the gene must not perform the functions that a 
normal gene performs. It must affect the phenotype. 
● The original gene is said to be dominant while the modified gene is 
recessive. 

Law of Segregation and Co­dominance  
Co­dominance 

● In co­dominance, the F​ progeny resembles both the parents. 
1​

● Example: ABO blood groups in human beings 
● ABO blood groups are controlled by gene ​
I​
. Gene ​
I​
 has three alleles, ​
I 
, ​
A​
I B​
 and ​
​
i​
. A person possesses any two of the three alleles. 
 ● IA​
 and ​
​
I B​
 dominate over ​
​
i​
. But with each other, ​
IA​
 and ​
​
IB​
 are 
​

co­dominant. 
● IA​
 and ​
​
I B​
 contain A and B types of sugar, while ​
​
i​
 does not contain any 
sugar. 

 
Allele from  Allele from  Genotype of  Blood type of 
Parent 1  Parent 2  offspring  offspring 

I A 
​ I A 
​ I A​
 I ​
​ A 
A 

I A 
​ I B 
​ I A​
 I ​
​ B 
AB 

I A 
​ i  I A​
 i 
​
A 

I B 
​ I A 
​ I A​
 I ​
​ B 
AB 

I B 
​ I B 
​ I B​
 I ​
​ B 
B 

I B 
​ i  I B​
 i 
​
B 

i  i  i i  O 

● Multiple alleles: When more than two alleles control a character, as in 
human blood groups 
○ Multiple alleles are used in population studies. 

Inheritance of Two Genes (Dihybrid Cross) & Law of Independent 
Assortment  
  

Inheritance of Two Genes (Dihybrid Cross) 

● In dihybrid cross, we consider two characters. (e.g., seed colour and 
seed shape) 
● Yellow colour and round shape is dominant over green colour and 
wrinkled shape. 
  

● Phenotypic ratio − 9:3:3:1 
Round yellow − 9 
Round green − 3 
Wrinkled yellow − 3 
Wrinkled green −1 

Law of independent Assortment 

● When two pairs of traits are combined in a hybrid, one pair of 
character segregates independent of the other pair of character. 
● In a dihybrid cross between two plants having round yellow (RRYY) 
and wrinkled green seeds (rryy), four types of gametes (RY, Ry, rY, 
ry) are produced. Each of these segregate independent of each other, 
each having a frequency of 25% of the total gametes produced. 

 ​
Chromosomal Theory of Inheritance  

Rediscovery of Mendel’s Work 

● Mendel’s work remained unrecognised for several years because of the 
following reasons. 
○ Lack of communication and publicity 
○ His concept of factors (genes) as discrete units that did not 
 blend with each other was not accepted in the light of variations 
occurring continuously in nature. 
○ Mendel’s approach to explain biological phenomenon with the 
help of mathematics was also not accepted. 
○ In 1990, three scientists Hugo deVries, Correns and Von 
Tschermak independently rediscovered Mendel’s work. 

Chromosomal Theory of Inheritance 

● By 1900, due to the advancement in microscopy, chromosomes were 
also discovered. 
● Sutton and Bovery discovered that the behaviour of chromosomes was 
parallel to the behaviour of genes. 
● Chromosomes and genes both occur in pairs—two alleles of a gene 
pair are located on ​
homologous sites of homologous 
chromosomes​
. 
● Sutton and Bovery further proposed that it is the pairing and 
separation of a pair of chromosomes that ultimately leads to 
segregation of the pair of factors they carry. 
● Union of knowledge of chromosomal segregation with Mendelian 
principles constitutes chromosomal theory of inheritance. 

Dihybrid Cross in Drosophila to Study Linkage and Recombination  
Linkage and Recombination 

● Thomas Hunt Morgan discovered the basis of variations that sexual 
reproduction produced. 
● He worked on fruit flies, ​
Drosophila melanogaster​
. He chose ​
Drosophila 
because of the following reasons: 
○ They were suitable to grow on synthetic medium in laboratory. 
○ Their life cycle is complete in two weeks. 
○ Single mating produces many progeny flies. 
○ Clear differentiation of sexes − Easily distinguishable male and 
female 
○ Hereditary variations clearly visible with low power microscopes 
● Morgan’s experiment 
 ○ Dihybrid cross was carried out on fruit flies. Yellow bodied, white 
eyed females were crossed with brown bodied, red eyed males. 
○ F​ progeny was obtained, which were inter­crossed. 
1​

○ F​ progeny was obtained and F​
2​  ratio was observed. 
2​

○ F​ ratio was observed to be significantly different from 9:3:3:1 
2​

as observed in Mendelian dihybrid cross. 
● Explanation of deviation from Mendelian ratio: 
○ Genes involved are located on X chromosome. 
○ When two genes are located on the same chromosome, the 
proportions of parental gene combinations were much higher 
than those of non­parental. 
○ Linkage − Physical association of genes on a chromosome 
○ Recombination − Non­parental gene combination 
  
● Alfred Sturtevant utilised the knowledge of frequency of gene 
recombination as a measure of physical distance between two genes 
and to map their position on chromosomes. 
● In this way, genetic maps were prepared, which are extensively used 
 today for genome sequencing projects as in human genome project. 

Sex Determination in Various Animals Including Humans­Male and 
Female Heterogamety  
Sex Determination 

● Henking discovered the genetic/chromosomal basis of sex 
determination by working on insects. He observed specific nuclear 
structures during spermatogenesis in insects. He named these 
structures as X bodies. 
● He observed that after spermatogenesis, 50% of the sperm obtained 
these structures, while 50% did not. 
● Later on, it was found that the X body observed by Henking was 
actually a chromosome and thus, this chromosome was named X 
chromosome. 
● Chromosomes involved in sex determination are called sex 
chromosomes, while the other chromosomes are called autosomes. 
● XO type of sex determination 
○ Other than autosomes, at least one X chromosome is present in 
all insects. 
○ Some sperms contain X chromosomes, while some do not. 
○ Eggs fertilised by sperms having X chromosomes become 
females. So, females have two X chromosomes. 
○ Eggs fertilised by sperms not having X chromosomes become 
males. So, males have only one X chromosome. 
○ Example of organisms with XO type of sex determination − 
Insects 
● XY type of sex determination 
○ Males have X chromosome and its counterpart Y chromosome, 
which is distinctly smaller. Hence, males are XY. 
○ Females have a pair of X chromosomes. Hence, females are XX. 
○ Example of organisms with XY type of sex determination − 
Humans and ​
Drosophila 
● Male heterogamety − XO and XY types of sex determination are 
 examples of male heterogamety. 
○ In XO type, some gametes have X chromosomes, while some 
gametes are without X chromosomes. 
○ In XY type, some gametes have X chromosomes, while some 
gametes have Y chromosomes. 
● Female heterogamety − ZW type of sex determination is an example 
of female heterogamety. 
○ In ZW type, the female has one Z and one W chromosome, while 
the male has a pair of Z chromosomes. 

Mutation, Pedigree Analysis, & Genetic Disorders  
  

Mutation 

● Alteration of DNA sequence resulting in changes in genotype and 
phenotype of organisms 
● DNA helix runs in a chromatid, hence any change (insertion or 
deletion) in the DNA sequence affects the chromosome. 
● Point Mutation − Mutation arising due to change in single base pair of 
DNA as in sickle cell anaemia 
● Frameshift Mutation − Mutations arising due to deletion or insertion in 
DNA sequence 
● Mutagens − Chemical or physical agents that lead to mutations 
Example − UV radiations 

Pedigree Analysis 

● Pedigree analysis is the analysis of inheritance of traits in several 
generations of a family. 
● A particular trait under study is represented in a family tree. 
● By using pedigree analysis, inheritance of a specific trait, abnormality 
or disease, can be traced. 
● DNA is believed to be the carrier of genetic information, which passes 
unaltered from generation to generation. Mutations occasionally alter 
the genetic material and genetic diseases are believed to be associated 
 with these alterations only. 
● Standard symbols in pedigree analysis are as follows: 

● Pedigree chart is represented as follows: 

 
Chart (a) represents inheritance of an autosomal dominant trait as in 
muscular dystrophy. 
Chart (b) represents inheritance of an autosomal recessive trait as in 
sickle cell anaemia. 

Genetic Disorders 

● Include Mendelian disorders and chromosomal disorders 
Mendelian Disorders 

● Characterized by mutation in a single gene 
● Their mode of inheritance follows the principles of Mendelian genetics. 
● Mendelian disorders can be 
○ autosomal dominant (muscular dystrophy) 
○ autosomal recessive (sickle cell anaemia) 
○ sex linked (haemophilia) 
● Haemophilia 
○ Sex­linked recessive disease 
○ Transmission − From unaffected female (carrier) to male 
progeny 
○ Females act as carriers of disease, but rarely suffer from 
haemophilia since for a female to become haemophilic, the 
mother should be carrier and father should be haemophilic. 
○ In this disease, protein involved in blood clotting is affected. 
Therefore, even a simple cut results in uncontrolled bleeding. 
● Sickle cell anaemia 
○ Autosomal recessive disease 
○ Transmission − From parent to offspring when both parents are 
carriers of disease 
○ Pair of alleles Hb​ and Hb​
A​
 controls the expression of this 
S​

disease. 
Hb​ and Hb​
A​
 − Normal 
A​

Hb​ and Hb​
A​
− Carrier of disease 
S ​

Hb​ and Hb​
S​
 − Diseased 
S​

○ Cause of the disease − Change in gene causes the replacement 
of GAG by GUG leading to the substitution of Glu by Val at sixth 
position of beta globin chain of haemoglobin. 
○ The mutant haemoglobin so formed polymerises at low oxygen 
tension, resulting in change in shape of RBC to sickle­like. 
● Phenylketonuria 
○ Autosomal recessive disease 
 ○ Phenylalanine  Tyrosine 
The enzyme responsible for this conversion gets mutated. 
○ Phenylalanine accumulates. Then, 
Phenylalanine ​
→​ Phenylpyruvic acid ​
→​ Accumulates in brain ​
→ 
Mental retardation 
○ Phenylpyruvic acid also gets excreted through urine since 
kidneys poorly reabsorb it. 

Chromosomal Disorders 

● Total number of chromosomes in humans = 46 (23 pairs) 
● Total 23 pairs = Autosomes (22 pairs) + Sex chromosomes (1 pair) 
● Monosomy − Lack of any one pair of chromosomes 
● Trisomy − Inclusion of an additional copy of chromosomes 
● Aneuploidy − Loss or gain of chromosomes due to failure of 
segregation of chromatids during cell division 

Chromosomal Disorders  
● Total number of chromosomes in humans = 46 (23 pairs) 
● Total 23 pairs = Autosomes (22 pairs) + Sex chromosomes (1 pair) 
● Monosomy − Lack of any one pair of chromosomes 
● Trisomy − Inclusion of an additional copy of chromosome 
● Aneuploidy − Loss or gain of chromosomes due to the failure of 
segregation of chromatids during cell division 
● Down’s Syndrome 
○ Cause: Presence of an additional copy of chromosome 21 
(Trisomy of 21) 
○ Affected individual has short stature, small, round head, 
furrowed tongue, partially opened mouth, palm crease, 
congenital heart disease and mental retardation. 
● Klinefelter Syndrome 
○ Cause: Additional copy of X chromosome, i.e., 47 chromosomes 
(XXY) 
○ Affected individual has an overall masculine development with 
gynaecomastia; individual is sterile 
 ● Turner’s Syndrome 
○ Cause: Absence of one X chromosome, i.e., 45 chromosomes 
(XO). 
○ Affected females are sterile; have rudimentary ovaries; 
secondary sexual characters are absent 

 
 MOLECULAR BASIS OF INHERITANCE 
 
DNA : Structure of Polynucleotide Chain  
● DNA − Polymer of deoxyribonucleotides 
● Nucleoside = Nitrogenous base + Pentose sugar (linked through​
 N − 
glycosidic bond​
) 
Example − adenosine, deoxyadenosine, cytidine, etc. 
● Nucleotide = Nucleoside + Phosphate group (linked through 
phosphodiester bond​
) 
● Many nucleotides link together through 3′ ​
− ​
5′ ​
phosphodiester bond 
to form polynucleotide chain (as in DNA and RNA). 
● In course of formation of polynucleotide chain, a phosphate moiety 
remains free at 5′ end of ribose sugar (5′ end of polymer chain) and 
one ­OH group remains free at 3′ end of ribose (3′ end of polymer 
chain). 

Double Helix Model for the Structure of DNA 

● Scientists involved 
○ Friedrich Meischer​
 − First identified DNA as an acidic 
substance present in nucleus and named it as ‘Nuclein’ 
○ Wilkins and Franklin​
 − Produced X­ray diffraction data for 
DNA structure 
○ Watson and Crick​
 − Proposed double helix structure model for 
DNA based on X­ray diffraction data 
○ Erwin Chargaff​
 − Proposed that in ds DNA, ratios A:T and C:G 
remain same and are equal to one 

Features of double helix structure of DNA: 
 ● In a DNA, two polynucleotide chains are coiled to form a helix. 
Sugar­phosphate forms backbone of this helix while bases project in 
wards to each other. 

 
● Complementary bases pair with each other through hydrogen bond. 
Purines always pair with their corresponding pyrimidines. Adenine 
pairs with thymine through two hydrogen bonds while guanine pairs 
with cytosine through three hydrogen bonds. 

 
○ The helix is right­handed. 
Pitch − 3.4 nm 
10 bp in each turn 
○ The plane of one base pair stacks over the other in a double 
helix. This provides stability to the helix along with hydrogen 
bonding. 
Packaging of DNA Helix  
Packaging of DNA Helix 

● Distance between two consecutive base pairs in a DNA = 0.34 nm = 
0.34 × 10​  m 
−9​

● Total number of base pairs in a human DNA = 6.6 × 10​ bp 
9​

● Total length of human DNA = 0.34 × 10​  × 6.6 × 10​
−9​ 9 

= ~ 2.2 m 

● 2.2 m is too large to be accommodated in the nucleus (10​  m). 
−6​

● Organisation of DNA in prokaryotes: 
○ They do not have nucleus. DNA is scattered. 
○ In certain regions called nucleoids, DNA (negatively charged) is 
organised in large loops and is held by some proteins (positively 
charged). 
● Organisation of DNA in eukaryotes: 
○ They have positively charged basic proteins called histones 
(positive and basic due to presence of positive and basic amino 
acid residues, lysine and arginine). 
○ Histone octamer − Unit of eight molecules of histone 
○ DNA (negatively charged) winds around histone octamer 
(positively charged) to form nucleosome. 

 
○ 1 nucleosome has approx. 200 bp of DNA. 
○ Nucleosomes in a chromatin resemble beads present on strings. 
○ Beads on string structure in chromatin are further packaged to 
form chromatin fibres, which further coil and condense to form 
chromosomes during metaphase. 
 ○ Non­histone chromosomal proteins − Additional set of proteins 
required for packaging of chromatin at higher level 

  

Transforming principle, Hershey and Chase experiments, & 
Properties of genetic material  
  

Discovery of DNA as a Genetic Material 

● Though principles of inheritance and discovery of chromosomes in 
nucleus were achieved long time back, there was confusion about 
which molecule acted as genetic material. 

Transforming Principle 

● Griffith performed experiments with the bacteria ​
Streptococcus 
pneumoniae​
. This bacterium has two strains − S strain and R strain. 

S strain Bacteria   R strain Bacteria 

○ Produce smooth colonies on  ○ Produce rough colonies on 
culture plate  culture plate 

○ Have a polysaccharide coat  ○ Do not have a 
polysaccharide coat 

○ Virulent (causes  ○ Non­virulent (does not cause 
pneumonia)  pneumonia) 

● Griffith’s experiment 
  

● Live R strain in the presence of heat­killed S strain produce virulence 
because somehow R strain bacteria is transformed by heat­killed S 
strain bacteria. Hence, it was concluded that there must be transfer of 
genetic material. 

Biochemical Nature of Transforming Material 

● Avery, McLeod, and McCarthy worked to determine the biochemical 
nature of genetic material responsible for transformation. 

●  

●  
● This suggests that DNA has to be the genetic material. 

Hershey and Chase Experiment to Confirm DNA as the Genetic 
Material 
● Hershey and Chase worked on bacteriophages (viruses that infect 
bacteria).  
● When a bacteriophage infects a bacterium, the viral genetic material 
gets attached with the bacterial genetic material and bacteria then 
treats the viral genetic material as its own to synthesise more viral 
particles. 
● Hershey and Chase worked to discover whether it was a protein or 
DNA that entered the bacteria from virus. 
● They labelled some phages with radioactive sulphur and the others 
with radioactive phosphorus. 
● These radioactive phages were used to infect ​
E. coli​
. 
● E.coli​
 was then blended and centrifuged to remove viral particles. 
● It was observed that bacteria with radioactive DNA were radioactive 
while those with radioactive proteins lost their radioactivity. 
● This showed that it is the DNA that enters the bacteria from viruses 
and not proteins. Hence, it was concluded that DNA is the genetic 
material. 

 
Properties of the Genetic Material 

● It should be able to replicate (duplicate to produce its identical copy). 
● It should be chemically and structurally stable. 
● It should have scope for changes that are essential for evolution. 
● It should follow the Mendelian principles of inheritance. 
● Difference between DNA and RNA: 

DNA  RNA 

○ Has deoxyribose  ○ Has ribose sugar 
sugar 

○ 5­methyl uracil  ○ Uracil is present in place of 
(thymine) is present.  thymine. 

○ Mostly DNA acts as  ○ RNA acts as a messenger and 
the genetic material.  adaptor. It acts as a genetic 
material in some viruses. 

○ DNA is stable.  ○ Presence of 2′ OH group at every 
nucleotide makes RNA labile and 
easily biodegradable. 

○ Chemically less  ○ Mutation in RNA is faster. 
reactive, mutates 
slowly 

○ DNA requires RNA for  ○ RNA directly codes for proteins. 
protein synthesis. 
DNA ​
→​ RNA ​
→​ Protein 

Why DNA is more stable than RNA? 

● In RNA, a 2′ OH group is present at every nucleotide. This makes RNA 
unstable and degradable. 
● Presence of thymine in place of uracil confers additional stability to 
DNA. 
 ● RNA being a biocatalyst is more reactive. 
● DNA is double­stranded having complementary strand, which resists 
the changes by repair mechanism. 

DNA Replication with Experimental Proof Machinery and Enzymes 
Involved  
What is DNA Replication? 

● DNA replication is the phenomenon in which a duplicate copy of DNA is 
synthesised. 
● In replication, two strands of the DNA helix separate and each strand 
acts as a template for synthesising new complementary strands. 
● After completion of replication, the two copies so produced will have 
one parental and one newly synthesised strand. This scheme of 
replication is called semi­conservative replication. 

Experiment to Prove That DNA Replicates Semi­Conservatively 

● Performed by − Messelson and Stahl 
● E.coli​
 was grown in a medium containing heavy isotope ​ N as the 
15​

nitrogen source. 
● N was incorporated into newly synthesised DNA as well and the DNA 
15​

became heavy DNA. 
 ● Heavy DNA molecule can be differentiated from normal DNA by density 
gradient centrifugation using cesium chloride as the gradient. 
● Then, cells were again transferred into a medium with ​ N as nitrogen 
14​

source. Samples were taken from this media and their DNA was 
extracted. 
● E .coli​
 divides every 20 minutes. Therefore, the DNA extracted after 20 
minutes had a hybrid density. 
● DNA extracted after 40 minutes had equal amount of hybrid and light 
intensities. 
● This implies that the newly synthesised DNA obtained one of its 
strands from the parent. Thus, replication is semi­conservative. 

Mechanism of DNA Replication 

● Replication occurs in S phase of cell cycle. 
● Enzyme involved ­ DNA polymerase (DNA dependent DNA polymerase) 
● Replication requires energy. 
Source of energy − Deoxyribonucleoside triphosphates (DNTPs) 
● DNTPs have dual purpose − Act as substrates and provide energy also 
● Replication initiates at specific regions in DNA called origin of 
replication. 
● DNA polymerase polymerises a large number of nucleotides in a very 
short time. 
● During the course of replication, two parent strands do not completely 
 open, but a small opening forms in which replication occurs. This small 
opening forms a replication fork. 
● DNA polymerase can polymerise only in one direction that is '​
​. 
● Therefore, replication occurs smoothly at  to  end of DNA. 
(continuous replication, but occurs discontinuously at  to end) 
● The discontinuous fragments so formed are joined by DNA ligase. 

Transcription Unit ­­­ Structure and its Relationship with a Gene  
Transcription 

● Transcription is the process of formation of RNA molecules from the 
DNA. 
● During transcription, only a segment of DNA from only one of the 
strands participates. 
● Both strands are not copied during transcription because: 
○ If both strands get transcribed at the same time since the 
sequences of amino acid would be different in both (due to 
complementarity), then two RNA molecules with different 
sequences will be formed, which in turn give rise to two different 
proteins. Therefore, one DNA would end up giving rise to two 
different proteins. 
○ Two RNA molecules so formed will be complementary to each 
other, hence would end up forming a double­stranded RNA 
leaving the entire process of transcription futile. 
Transcriptional Unit 

● A transcriptional unit has primarily three regions: 
○ Promoter − Marks the beginning of transcription; RNA 
polymerase binds here 
○ Structural gene − Part of the DNA that is actually transcribed 
○ Terminator − Marks the end of transcription 

Template Strand and Coding Strand 

● Enzyme involved in transcription, RNA polymerase (DNA dependent 
RNA polymerase), catalyses in only one direction i.e., 5′ to 3′. 
● Therefore, the strand with polarity 3′ ​
→​ 5′ acts as a template 
(Template Strand). 
● The strand with polarity 5′ ​
→​ 3′ acts as coding strand (which is a 
misnomer since it does not code for anything). Coding strand has 
sequence similar to RNA formed after transcription except for the 
change that thymine is present instead of uracil. 

Gene 

● The DNA sequence which codes for tRNA or rRNA molecule defines a 
gene. 
● Cistron − Segment of DNA that contains the genetic code for a single 
polypeptide 
● The structural genes could be of two types: 
○  Monocistronic (mostly in eukaryotes) 
○ Polycistronic (mostly in prokaryotes) 
● Monocistronic genes have two parts: 
○ Exon − Sequences that code for a particular character and is 
expressed in a matured and processed mRNA 
○ Intron − Interrupting sequences that do not appear in a mature 
 and processed mRNA 
● Regulatory genes − Sequences that do not code for anything, but have 
regulatory functions 

 ​
Types of RNA & Transcription Process  

  

Types of RNA 

● mRNA (messenger RNA) − It serves as a template for protein 
synthesis. DNA is transcribed to form an mRNA, which in turn is 
translated to form protein. [Central dogma of molecular biology] 
● tRNA (transfer RNA) − It brings amino acids during translation and 
reads the genetic code. 
● rRNA (ribosomal RNA) − These are the work benches of translation. 
They play a structural and catalytic role during translation. 

Transcription Process 

● Transcription has three steps − initiation, elongation, and termination. 
● Initiation: 
○ RNA polymerase binds with the promoter to initiate the process 
of transcription. 
○ Association with initiation factor (σ) alters the specificity of RNA 
polymerase to initiate the transcription. 
● Elongation​
: 
○ RNA polymerase uses nucleotide triphosphate as substrate, and 
polymerisation occurs according to complementarity. 
● Termination: 
○ Termination occurs when termination factor (P) alters the 
specificity of RNA polymerase to terminate the transcription. 
● As the RNA polymerase proceeds to perform elongation, a short 
stretch of RNA remains bound to the enzyme. As the enzyme 
reaches the termination region, this nascent RNA falls off and 
transcription is  
○ terminated. 
  

Complexities Associated with Transcription 

● In prokaryotes: 
○ There is no clear demarcation between cytosol and nucleus. 
Therefore, translation can begin even before transcription is 
completed. Thus, in prokaryotes, transcription and translation 
are coupled. 
● In eukaryotes: 
○ Three different kinds of RNA polymerases are present. 
RNA polymerase I transcribes rRNA. 
RNA polymerase II transcribes hnRNA (mRNA precursor). 
RNA polymerase III transcribes tRNA, snRNA, and srRNA. 
○ The precursor of mRNA, i.e. hnRNA, contains both introns and 
exons. Introns are removed and exons are joined by a process 
called splicing. 
○ Capping − In this, methyl guanosine triphosphate is added to 
the 5′ end of hnRNA. 
○ Tailing − In this, adenylate residues are added to the 3′ end of 
hnRNA. 
○ When hnRNA is fully processed, it is known as mRNA, which is 
 transported out of the nucleus to get translated. 

Genetic Code and Study of Mutations  
Genetic Code 

● Genetic code directs the sequence of amino acids during the synthesis 
of proteins. 
● George Gamow proposed that if 20 amino acids are to be coded by 4 
bases, then the code should be made up of three nucleotides. 4​ = 64 
3​

(4​ = 16), which is less than 20; so, the codon was proposed to be 
2​

triplet. 
● Har Gobind Khorana developed a chemical method to synthesise RNA 
molecules with defined combination of bases. 
● Nirenberg developed cell­free systems for protein synthesis, which 
helped the code to be deciphered. 
● The enzyme known as Severo Ochoa enzyme (polynucleotide 
phosphorylase) helped to polymerise RNA with defined sequences in a 
template independent manner. 
● It finally gave rise to the checker­board for genetic code. 
  

● Salient features of genetic code: 
○ Codon is triplet. 4​ = 64 (61 codons code for amino acids while 3 
3​

are stop codons) 
○ One codon codes for a single specific amino acid. Codons are 
unambiguous. 
○ Codons are degenerate since some amino acids are coded by 
more than one codon. 
○ Genetic code is universal. 1 codon codes for same amino acid in 
all species. 
○ Codons are read continuous. They lack punctuations. 
○ AUG has dual functions − Codes for Methionine and acts as a 
start codon 

Effects of Mutations on Genetic Code 

● Mutations include insertions, deletions, and rearrangements. 
● Mutation results in changed phenotype and diseases such as sickle cell 
anaemia. (Change Glu ​
→​ Val in gene coding for beta globin chain of 
haemoglobin) Such mutations are called ​
joint mutations​
. 
● Insertion or deletion of a single base pair disturbs the entire reading 
frame in mRNA. Such mutations are called ​
frameshift mutations​
. 
● Frameshift mutations hold the proof of the fact that codon is triplet 
 because if we insert three or multiple of three bases followed by the 
deletion of same number of bases, then the reading frame will remain 
unaltered. 

Structure of tRNA; Process of Translation; Regulation of Gene 
Expression  
 

tRNA 

● tRNA is an adapter molecule. On one hand, it reads the genetic code 
and on the other hand, it binds to specific amino acids. 
● tRNA has an ​
anticodon loop​
 that has bases complementary to the 
mRNA code and an ​
amino acid acceptor end​
 where it binds to the 
corresponding amino acid. 
● Initiation tRNA − This tRNA is essential for initiation of translation and 
has AUG in anticodon loop and Met in amino acid acceptor end. 
● There are no tRNAs for stop codons. 

Translation 

● The mRNA contains the genetic information, which is translated into 
the amino acid sequence with help of tRNA. Amino acids are 
polymerised to form a polypeptide. 
● Amino acids are joined by peptide bond. 
● First of all, charging of tRNA (amino­acylation of tRNA) takes place. In 
this, amino acids are activated in the presence of ATP and are linked to 
 their corresponding tRNA. 
● Ribosomes are the workbenches for translation. Ribosomes have 2 
subunits: a large subunit and a small subunit. 
● Smaller subunit comes in contact with mRNA to initiate the process of 
translation. 
● Translational unit in an mRNA is the region flanked by start codon and 
stop codon. 
● Untranslated regions (UTR) are the regions on mRNA that are not 
themselves translated, but are required for efficient translation 
process. They may be present before start codon (5′ UTR) or after 
stop codon (3′ UTR). 
● Initiator tRNA recognises the start codon. (Initiation) 
● Then t­RNA­amino acid complexes bind to their corresponding codon 
on the mRNA and base pairing occurs between codon on mRNA and 
tRNA anticodon. 
● tRNA moves from codon to codon on the mRNA and amino acids are 
added one by one. (Elongation) 
● Release factor binds to stop codon to terminate the translation. 
(Termination) 

Regulation of Gene Expression 

● Regulation of gene expression could be exerted at following levels. 
○ Transcriptional level (following of primary transcripts) 
○ Processing level (splicing) 
○ Transport of mRNA from nucleus to cytoplasm 
○ Translational level 
● In addition, metabolic, physiological, or environmental conditions 
regulate the expression of genes. 
● Expression of genes coding for enzymes is required only when 
substrate for that enzyme is available. 
For example: 

Lactose  Glucose + Galactose 
E.coli​
 synthesises beta­galactosidase, only when lactose is available. 
 ● Regulation in prokaryotes 
○ Gene expression is regulated by controlling the rate of 
transcriptional initiation. 
○ The activity of RNA polymerase at a given promoter is regulated 
by accessory proteins. The accessory proteins affect the ability of 
a promoter to recognise start sites. 
○ A regulatory protein could be activator or repressor. 
○ Accessibility of promoter is also affected by operators. Operator 
is the region located adjacent to promoter. 
○ Each operon has a specific operator and a specific repressor. 
○ Usually operator binds to a repressor protein. 

 ​
Regulation of Lac Operon  

Lac​
 Operon 

● Operon − An arrangement where a polycistronic gene is regulated by a 
common promoter and regulatory genes 
● Lac​
 operon, ​
trp​
 operon, ​
his​
 operon, ​
val​
 operon are the examples of 
such systems. 
● The elucidation of ​
lac​
 operon as a transcriptionally active system was 
first done by geneticist Jacob and biochemist Monod. 
● Genes constituting ​
lac ​
operon: 

Gene  Nature  Function 

i​
 gene  Inhibitor  It codes for repressor of ​
lac ​
operon. 

z  Structural  It codes for β­galactosidase. 
gene   

Lactose Galactose + Glucose 

y  Structural  It codes for permease, which increases the 
gene  permeability of cell to β­galactosidase. 
 a  Structural  It codes for transacetylase. 
gene 

● All genes involved in ​
lac​
 operon are required for metabolism of lactose. 
● Inducer​
 − Lactose acts as an inducer for​
 lac​
 operon since it regulates 
the switching on and off of the operon. 
● If lactose is provided to the growth media of bacteria in absence of any 
other carbon source, then it is transported inside the cells by 
permease. 
● For permease to be present and lactose to enter inside the cells, low 
level of expression of ​
lac​
 operon must be present all the time. 

Regulation in Absence of Inducer 

● In absence of inducer, ​
i​
 gene transcribes to synthesise repressor 
mRNA, which translates to form repressor. 
● This repressor binds with the operator region of operon and prevents 
RNA polymerase to transcribe genes − ​
z​
, ​
y​
, and​
 a​
 (negative 
regulation). 
● Therefore, in absence of the products of these genes, metabolism of 
lactose ceases. 

Regulation in Presence of Inducer 

● Inducer binds with the protein product of gene ​
i​
 (repressor) and 
inactivates it. 
● This inactivated repressor is unable to inactivate RNA polymerase 
enzyme and ​
z​
, ​
y​
, and ​
a ​
genes synthesise their respective mRNA, which 
in turn gets translated to form β­galactosidase, permease, and 
transacetylase. 
 ● In presence of all these enzymes, the metabolism of lactose proceeds 
in a normal manner. 

Human Genome Project (HGP)  
● Joint venture of US department of energy and National Institute of 
Health (NIH); later joined by Welcome Trust (UK) 
● Launched in 1990, completed in 2003 
● This project worked towards the determination of complete DNA 
sequence of humans. 
● DNA is the storehouse of genetic information and determining its 
sequence of base pairs can solve many medical, agricultural, 
environmental, and evolutionary mysteries. 

Relationship of HGP with Bioinformatics 

● Human genome (genome refers to the totality of genes that are 
present in a human being) contains 3 × 10​ base pairs. 
9​

● Cost of sequencing 1 bp = US $ 3 
Cost of sequencing 3 × 10​ bp = US $ 9 billion 
9​

● Enormous sequence data so generated would have required 3300 
books containing 1000 pages each just for a human genome. 
● Hence, for storing, retrieving, and analysing this enormous data, a 
new branch of biology has been developed known as bioinformatics. 
● Genomes of many non­human models such as bacteria, yeast, 
Caenorhabditis elegans​
, ​
Drosophila​
, plants (rice and ​
Arabidopsis​
) have 
also been sequenced. 

Methods to Identify Genes 
 ● Two methods − identifying ESTs (Expressed sequence Tags) and 
sequence annotation 
● ESTs − As the name suggests, this refers to the part of DNA that is 
expressed, i.e. transcribed, as mRNA and translated into proteins 
thereafter. It basically focuses on sequencing the part denoting a 
gene. 
● Annotation − In this approach, entire genome (coding + non­coding) 
is sequenced and later on function is assigned to each region in the 
genome. 

Genome Sequencing 

● DNA from the cells is isolated and is randomly broken into fragments 
of smaller sizes. 
● These fragments are cloned into suitable host using vectors. 
● Cloned fragments amplify in the host. Amplification facilitates an easy 
sequencing. 
● Common vectors used − BAC (Bacterial artificial chromosomes) and 
YAC (Yeast artificial chromosomes) 
● Common hosts − Bacteria and yeasts 
● Automated sequencers are used to sequence these smaller fragments 
(Sanger sequencing). 
● The sequences so obtained are arranged based on overlapping regions 
within them (alignment). 
● Alignment of the sequences is also done automatically by computer 
programs. 
● Then these sequences are annotated and assigned to each 
chromosome. 

Preparation of Genetic and physical maps on Genome 

● 2 methods are used − restriction polymorphism and microsatellites 
● Restriction polymorphism − Specialized enzymes called restriction 
endonucleases are used to cut the genome at specialized sites called 
restriction endonuclease recognition site and maps are prepared based 
on it. 
 ● Microsatellites − These are repetitive DNA sequences. 

Observations from HGP 

● Human genome contains 3 × 10​ (3164.7 million) nucleotide bases. 
9​

● An average gene consists of 3000 bases. However, the size of genes 
varies. Largest gene is dystrophin (2.4 m bases). 
● Total number of genes in human genome − 30,000 
● Over 50% of the discovered genes have unknown functions. 
● Less than 2% of genome is coding. 
● Large portion of genome consists of repeating sequences. 
● Repetitive sequences have no coding function. They are repeated over 
hundred to thousand times. They may have a role in evolution, 
chromosome structure, and dynamics. 
● Chromosome with most genes − Chromosome 1 (2968) 
Chromosome with fewest genes − Chromosomes Y (231) 
● SNPs (single nucleotide polymorphism) occur at about 1.4 million 
locations in human DNA. They are believed to have significance in 
explaining diseases and evolutionary history of human beings. 

DNA Fingerprinting  
Introduction  

● DNA fingerprinting is a method for comparing the DNA sequences of 
any two individuals. 
● 99.9% of the base sequences in all human beings are identical. It is 
the remaining 0.1% that makes every individual unique. 
● It is a really difficult and time­consuming task to sequence and 
compare all 3 × 10​ bases in two individuals. So, instead of 
9​

considering the entire genome, certain specific regions called repetitive 
DNA sequences are used for comparative study. 

Basis of DNA Fingerprinting  

● Repetitive DNA is separated from bulk genomic DNA since it appears 
as a distinct peak during density gradient centrifugation. 
● Major peak: Formed by bulk DNA 
 Smaller peak: Satellite DNA 
● Satellites are of two types—micro­satellites and mini satellites, 
depending upon the base composition, length of segment and the 
number of repetitive units. 
● Satellites do not code for proteins, but have a major role to play in 
DNA fingerprinting. 
● Polymorphism is actually a result of mutation. A germ cell mutation 
(which can pass on to the next generation through sexual 
reproduction) gives rise to polymorphism in populations. 
● In other words, an inheritable mutation if observed in higher 
frequencies in a population is known as polymorphism. 
● Polymorphisms arise normally in non­coding sequences because 
mutations in non­coding sequences do not affect an individual’s 
reproductive ability. 

Methodology of DNA fingerprinting  

● VNTR (variable number of tandem repeats) are satellite DNAs that 
show high degree of polymorphism. 
● VNTRs are used as probes in DNA fingerprinting. 
● First of all, DNA from an individual is isolated and cut with restriction  
endonucleases. 
● Fragments are separated according to their size and molecular weight 
on gel electrophoresis. 
● Fragments separated on electrophoresis gel are blotted (immobilised) 
on a synthetic membrane such as nylon or nitrocellulose. 
● Immobilised fragments are hybridised with a VNTR probe.  
● Hybridised DNA fragments can be detected by autoradiography. 
● VNTRs vary in size from 0.1 to 20 kb. 
● Hence, in the autoradiogram, band of different sizes will be obtained.  
● These bands are characteristic for an individual. They are different in 
each individual, except identical twins. 
  

Applications of DNA Fingerprinting  

● DNA fingerprinting is widely used in forensics since every DNA of every 
tissue from an individual has the same degree of polymorphism. 
● DNA fingerprinting forms the basis of paternity testing since a child 
inherits polymorphism from both its parents. 
● It can be used for studying genetic diversity in a population and 
evolution. 

 
 
 

 
 Evolution  
 
Origin of Life 

Year   Scientist   Theory/Experiment  Conclusion 

1927  Lemaitre  Big Bang theory  The universe 

expanded from 
explosion of a 
primordial, hot 
substance. 

1924  Oparin and  Chemical evolution preceded  Simple organic 

−  Haldane   organic evolution  molecules originated 
1929  from inorganic 
precursors. 

1952  Stanley  Synthesis of biomolecules by  Amino acids were 

Miller and  creation of similar conditions  synthesised from 
Urey   as primitive atmosphere on  ammonia, oxygen, 
laboratory scale  and carbon dioxide 
inside specialised 
apparatus. 

Urey and Miller experiment 
  

● Primitive atmosphere had high temperature, volcanic storms, and 
reducing atmosphere, containing CH​ NH​
4, ​ H​
3, ​ etc. 
2, ​

● Urey and Miller took the same compounds in a closed flask along with 
water vapour at 800​C and created an electric discharge. 
º​

● Formation of biomolecules such as amino acids, simple sugars, fats, 
etc. was observed in the flask. 

Theories of Evolution 

● The theory of special creation or divine intervention was challenged by 
Charles Darwin. 
● He made observations on his sea­trip around the world aboard H.M.S. 

Beagle and concluded that all existing living forms share similarities among 
themselves and also with other life forms, which existed millions of years 
ago of which many are extinct. 

● The evolution of life forms has been gradual and those life forms 
better fit in environments that leave more progeny. This is called 
natural selection and is a mechanism of evolution. 
● Alfred Wallace working in the Malay Archepelago also came to the 
same conclusion. 

Evidences of Evolution 
 ● Fossils​
 − They represent plants and animals that lived millions of 
years ago and are now extinct. Different aged rock sediments contain 
fossils of different life­forms, which probably died during the formation 
of the particular sediment. 
● Comparative anatomy and morphology​
 − It shows evidences of 
the similarities and differences between living forms of today and that 
of the prehistoric times. Some of the examples of comparative 
anatomy and morphology are: 
● Homologous organs​
 − All mammals share the same pattern of 
forelimbs. Though they perform different functions, they are 
anatomically similar. This is called ​
divergent evolution​
 and the 
structures are called homologous structures (common ancestors). 
● Analogous organs​
 − The pair of organs is not anatomically similar, 
but performs the same function (e.g., the wings of butterflies and 
birds). This is called ​
convergent evolution​
. 
● Adaptive melanism​
 − In England, it was noted that before industrial 
revolution, the number of white­winged moths was more than that of 
dark melanised moth. However, after industrialisation, there were 
more of dark melanised moths. The explanation was that after 
industrialization, the tree trunks became darker with deposits of soot 
and smoke and hence, the number of dark moths increased in order to 
protect themselves from predators while the white­winged ones were 
easily picked up by the predators. 
● Similarly, the herbicide and pesticide resistant plants and animals and 
antibiotic resistant bacteria are some of the evidences that point 
towards evolution. 

Adaptive Radiation  
● During his exploration of the Galapagos Islands, Darwin noticed that 
there were many varieties of finches in the same island. 
● They varied from normal seed eating varieties to those that ate 
insects. 
● This process of evolution starting from a single point and radiating in 
 different directions is called adaptive radiation. 
● The other example for this is the evolution of the Australian marsupials 
from a single ancestor. Placental mammals also exhibit similarities to 
their corresponding marsupial. Example: placental wolf and the 
Tasmanian wolf 
● When more than one adaptive radiation occurs in an isolated 
geographical area, the phenomenon is called convergent evolution. 

Biological Evolution & Mechanism of Evolution  
 
● According to Darwin, evolution took place by natural selection. 
● The number of life forms depends upon their ability to multiply and 
their life span. 
● Another aspect of natural selection is the survival of the fittest, where 
nature selects the individuals, which are most fit, to adapt to their 
environment. 
● Branching descent​
 and ​
natural selection​
 are the two important 
concepts of Darwin’s theory of evolution. 
● The French naturalist Lamarck observed that evolution occurs due to 
 the use or disuse of particular organs or body parts. For example, 
giraffe have developed long necks as a result of attempts to eat leaves 
high up on trees. 
● Darwin also observed that variations are inheritable and the species fit 
to survive the most, leaves more offsprings. Hence, the population’s 
characteristics change, giving rise to the evolution of new life forms. 

Mechanism of Evolution 

● Darwin did not quite explain how evolution gave rise to different 
species of the same organism. 
● Mendel mentioned about inheritable factors, which influenced the 
phenotype of an organism. 
● Hugo de Vries based on his work on evening primrose suggested that 
variations occurred due to mutations. 
● Mutations are random and directionless while the variations that 
Darwin talked about were small and directional. Hugo de Vries gave 
the name ​
saltation ​
(single step large mutation) to the mutations 
which brought about speciation. 

Hardy­Weinberg Principle  
● The frequency of occurrence of alleles of a gene in a population 
remains constant through generations unless disturbances such as 
mutations, non­random mating, etc. are introduced. 
● Genetic equilibrium (gene pool remains constant) is a state which 
provides a baseline to measure genetic change. 
● Sum total of all allelic frequencies is 1. 
● Individual frequencies are represented as p and q such as in a diploid, 
where p and q represent the frequency of allele ​
A​
 and ​
a​
. 

The frequency of ​
AA​
 is p​, that of ​
2​
aa​
 is q​, and that of ​
2​
Aa​
 is 2pq. 

● Hence, p​ + 2pq + q​
2​
 = 1, which is the expansion of (p + q)​
2​
. 
2​

● When the frequency measured is different from that expected, it is 
indicative of evolutionary change. 
● Hardy­Weinberg equilibrium is affected by 
 ● gene flow or gene migration 
● genetic drift (changes occurring by chance) 
● mutation 
● genetic recombination 
● natural selection 
● Sometimes, the change in allele frequency is so prominent in the new 
sample of population that they become a different species and the 
original drifted population becomes the founder. This effect is called 
founder effect. 
● The advantageous mutations that help in natural selection over the 
generations give rise to new phenotypes and result in speciation. 

Evolution of Plants and Animals  
Evolution of Plants 

● Cellular life forms occurred on earth about 2000 million years ago. 
● Some of these cells had the ability to produce oxygen through 
reactions similar to photosynthesis. 
● Slowly, single­celled organisms became multicellular. 
● Seaweeds and some plants probably existed around 320 million years 
ago. 
  

Evolution of Animals 

● Animals evolved about 500 million years ago. The first of them to 
evolve were invertebrates. 
● Jawless fishes evolved around 350 million years ago. 
● Some of the fishes could go on land, and then come back to water. 
These were the first amphibians. In 1938, a fish Coelacanth, which 
was thought to be extinct, was caught in South Africa. This variety of 
fish, called lobefins, is believed to have evolved into the first 
amphibians. 
● Amphibians evolved into reptiles. In the next 200 million years, 
reptiles of different sizes dominated the earth. However, about 65 
million years ago, some of them such as dinosaurs disappeared. 
● The first among the mammals were small shrew­like mammals. 
● During continental drift when North America joined South America, 
primitive mammals suffered, but pouched mammals of Australia 
survived the same drift because of lack of competition from other 
mammals. 
  

Origin and Evolution of Man  
Year  Evolution  Characteristics 

15 million  Dryopithecus ​
(ape­like) and  Hairy and walked similar to 
years ago  Ramapithecus​
 (man­like)  chimpanzees 

3 − 4  Man­like primates  Not tall, but walked straight 

million years 
ago 

2 million  Australopithecines​
, also called  Used stone weapons and ate 
years ago  Homo habilis​
,lived in East  fruits; 
Africa   

human­like with brain 
capacity of 650 − 800 cc; not 
meat eaters 
 1.5 million  Homo erectus   Brain capacity of about 900 
years ago  cc; were meat eaters 

1,000 − 40,  Neanderthal man  Brain capacity of 1400 cc; 

000 years  used hides 
ago 

75, 000 −  Homo sapiens     
10, 000 
years ago 

When we compare the skulls of an adult human being, baby chimpanzee, 
and adult chimpanzee, we observe that skull of baby chimpanzee resembles 
human being more as compared to adult chimpanzee. 

 
Common Diseases in Humans  
What is Health? 

● Health is the state of complete physical, mental, and social well being. 
● Health increases productivity and ensures longevity. 

Ways to Ensure Good Health 

● Balanced diet 
● Personal hygiene 
● Exercise 
● Awareness about prevention and control of diseases 
● Proper waste disposal and control of vectors 
● Vaccination 

Why do Diseases Occur? 

● Genetic reasons − Innate deficiencies and inheritable defects 
● Infections 
● Sedentary life style − Junk food, consumption of alcohols/drugs, lack 
of exercise 

Pathogenic Diseases 

● Pathogens are the parasites that enter the human body through 
various means, then multiply, and interfere with normal vital activities. 

Bacterial Diseases 

● Typhoid 
○ Pathogen − ​
Salmonella typhi 
○ Spreads through − Contaminated food and water 
○ Site of infection − Small intestine 
○ Symptoms − High fever, stomach pain, headache, loss of 
appetite, constipation, and intestinal perforations in severe cases 
○ Confirmatory test − Widal test 
● Pneumonia 
○ Pathogens − ​
Streptococcus pneumoniae​
 and ​
Haemophilus 
influenzae 
 ○ Spreads through − Droplets/aerosols released from infected 
person, sharing of glasses or utensils 
○ Site of infection − Alveoli (gets filled with fluid, difficulty in 
breathing) 
○ Symptoms − Fever, chills, cough, headache, lips and nails 
become grey in severe cases 

Viral Diseases 

● Common cold 
○ Pathogen − Rhino viruses 
○ Site of infection − Nose and respiratory passage 
○ Spreads through − Droplets released from coughing or sneezing, 
or contaminated objects 
○ Symptoms − Nasal congestion and discharge, sore throat, 
cough, headache, tiredness 

Protozoan Diseases 

● Malaria 
○ Pathogen − ​
Plasmodium ​
sps. (​
P.vivax, P. falciparum, P. malaria​
) 
○ Vector − Female ​
Anopheles​
 mosquito 
○ Symptoms − High grade fever, chills 
● Amoebiasis 
○ Pathogen − ​
Entamoeba histolytica 
○ Vector − Housefly 
○ Site of infection − Large intestine 
○ Symptoms − Constipation, abdominal pain, cramps, stools with 
mucous, and blood clots 

Fungal Diseases 

● Ringworms 
○ Pathogens − Genera ​
Microsporum​
, ​
Trichophyton​
, and 
Epidermophyton 
○ Spreads through − Towels, clothes, comb (Fungus is acquired 
from soil) 
 ○ Symptoms − Appearance of dry, scaly lesions on various body 
parts with intense itching 

Diseases Caused by Worms 

● Ascariasis 
○ Pathogen − Round worm, ​
Ascaris 
○ Spreads through − Water, vegetables, fruits contaminated by 
faeces of infected person 
○ Symptoms − Internal bleeding, muscular pain, fever, anaemia, 
blockage of intestinal passage 

  

● Elephantiasis​
 ​
(filariasis) 
○ Pathogen − ​
Wuchereria​
 (​
W.malayi​
 and ​
W.bancrofti​
) 
○ Spreads through − Bite of female mosquito vector 
○ Symptom − Chronic inflammation of the organs, usually the 
lymphatic vessels of lower limb 

Life Cycle of ​
Plasmodium 

● Plasmodium​
 requires two hosts to complete its life cycle. 
● When female ​
Anopheles​
 mosquito bites a healthy human being, it 
releases​
 Plasmodium​
, which lives in its body as sporozoite (infectious 
form). 
● The parasites multiply (asexual reproduction) in the liver cells and 
finally burst the liver cells. Sporozoites are released in blood. 
● Parasites enter RBCs and further multiply (asexual reproduction) here 
and finally burst RBCs also. 
● Bursting of RBCs is accompanied by release of a toxic substance called 
haemozoin (associated with fever and chills). 
● In the RBCs, only sporozoites change into gametocytes (sexual stage). 
Gametocytes multiply. 
● When the diseased person is bitten by a female ​
Anopheles​
 mosquito, 
gametocytes are introduced into the mosquito. 
● Gametocytes fertilise and develop inside the intestine of mosquito to 
 form sporozoites. 
● Sporozoites are stored in the salivary glands of mosquito and are 
released into the healthy person who is bitten by this mosquito. 

Immunity  
What is immunity​
? 

● The ability of body to fight the disease­causing organisms is called 
immunity. 

Types of immunity 

● Immunity is of two types − innate immunity and acquired immunity. 
● Innate immunity​
 − It is present from the time of birth. It is 
non­specific. It consists of 4 kinds of barriers. 
 ○ Physical barriers − Skin and mucus coating of respiratory, 
gastrointestinal, and urogenital tract prevent entry of microbes 
into body. 
○ Physiological barriers − Acid in stomach, saliva in mouth, tears 
from eyes 
○ Cellular barriers − Blood has leukocytes such as polymorpho 
nuclear leukocytes, monocytes, etc. and tissue has macrophages 
which phagocytose the microbes. 
○ Cytokine barriers − Special proteins called interferons are 
secreted by virus­infected cells that prevent the further spread 
of viral infection. 
● Acquired immunity ​
− It is acquired, which means that it is produced 
in response to an encounter with a pathogen based on memory. It is 
pathogen specific. 
○ When a pathogen for the first time infects a person, low intensity 
immune response is generated (primary response). 
○  When the same pathogen attacks again, intensified immune 
response in generated, thereby preventing the occurrence of 
disease (secondary response). 
○ Acquired immunity involves two types of cells − B­lymphocytes 
and T­ lymphocytes. 
○ B­lymphocytes − Secrete proteins called antibodies in response 
to pathogens ​
Antibodies​
 are specialized proteins with 4 peptide 
chains (2 light and 2 heavy), hence denoted as H​L​
2​ . IgA IgM, 
2​

IgE, etc. are examples of some of the antibodies. They generate 
humoral immune response​
 (found in blood). 
○ T­lymphocytes − They help B­cells to produce antibodies. They 
generate ​
cell ­mediated immune response​
. This response 
helps the body to differentiate between ‘self’ and ‘non­self’ as 
occurs in case of graft rejection. 

Difference between active immunity and passive immunity 

● Active Immunity 
 ○ This is the naturally acquired immunity produced in the host 
body in response to an antigen. 
○ Immunization and body naturally getting immune to a microbe 
that had caused infection previously are examples of active 
immunity. 
● Passive immunity 
○ When ready­made antibodies are provided to an individual to 
protect against foreign agents 
○ Colostrums present in mother’s milk contain IgA. Also, the foetus 
gets antibodies from mother through placenta. 

How does vaccination help? 

● Vaccines are nothing but inactivated pathogens. 
● These inactivated pathogens when introduced in the body produce a 
primary immune response and antibodies are produced against the 
pathogen. 
● Memory B and T­cells are produced. 
● Now when the pathogen again attacks the person, memory B and 
T­cells generate a massive immune response and the pathogen is 
killed. 

Problems of immune system 

● Allergies 
○ Exaggerated immune response to certain antigens present in 
environment 
○ Allergens − Substances in response to which allergy is produced 
E.g., dust, pollen, etc. 
○ Antibodies involved − IgE type 
○ During allergic reactions, chemicals such as histamines and 
serotonins are released. 
○ Symptoms − Sneezing, watery eyes, difficulty in breathing, etc. 
○ Allergy test − Patient is injected with small doses of allergens to 
monitor his response. 
○ Antihistamines, adrenalins, and steroids may be given so that 
 the symptoms of allergy subside. 
● Autoimmunity 
○ In autoimmunity, body generates immune response against its 
own cells. 
○ Reasons − Genetic and other unknown reasons 
○ Example − Rheumatoid arthritis is an autoimmune disease. 

Human immune system 

● Lymphoid organs are of two types − primary lymphoid organs and 
secondary lymphoid organs. 
● Primary lymphoid organs consist of bone marrow and thymus. Here, 
immature lymphocytes are differentiated to form antigen­sensitive 
lymphocytes. 
○  Bone marrow − Here, all blood cells including lymphocytes are 
produced. 
○ Thymus − It is responsible for maturation of T­lymphocytes. This 
lobed organ is situated near the heart and keeps on reducing in 
size as the age increases. 

  

  

● Secondary lymphoid organs − Lymphocytes migrate here after 
attaining maturity. It includes spleen, lymph nodes tonsils, Peyer’s 
patches, and appendix. 
○ Spleen − Large bean­shaped organ containing lymphocytes and 
phagocytes, which acts as a filter for blood 
○ Lymph nodes − Located at different points throughout the 
immune system, they trap the antigens present in lymph or 
tissue fluid, and these antigens cause activation of lymphocytes 
and generation of immune response. 
● MALT (Mucosal­associated lymphoid tissue) − Lines major tracts 
(respiratory, digestive, urogenital, etc); constitutes 50% of lymphoid 
tissue in body 
AIDS & Cancer  
  

AIDS (Acquired Immuno Deficiency Syndrome) 

● Caused by HIV (Human Immunodeficiency Virus) [HIV is a retrovirus 
(RNA virus)] 
● Transmission of HIV occurs through: 
○ Sexual contact with infected person 
○ Sharing infected needles (as in case of intravenous drug 
abusers) 
○ Transfusion of contaminated blood 
○ Infected mother to child through placenta 
● Time lag between infection and appearance of symptoms − Few 
months to many years (5­10 years) 
● How does AIDS infection spread? 
○ Virus enters the body of a person and enters macrophages. 
○ Here, virus replicates (viral RNA reverse transcribes to viral DNA, 
which gets incorporated into hosts DNA and subsequently new 
viral particles are produced). 
  
  
○ Macrophages become a virtual HIV factory. 
○ Thereafter, HIV enters helper T­lymphocytes, replicates, and produces 
progenies. 
○ As the progenies are released, they attack other T­lymphocytes. 
○ Therefore, T­lymphocytes start decreasing in number and immune 
response of the person becomes weak. 
○ Even infections which could be overcome easily start aggravating. 
● Diagnosis of AIDS − ​
By ELISA (Enzyme Linked Immuno Sorbent 
Assay) 
● Treatment −​
 No permanent cure; antiretroviral therapies can prolong 
the life of patient 
● Prevention of AIDS 
○ Ensuring use of disposable syringes 
○ Screeningblood from blood banks 
○ Advocating safe sex 
○ NACO (National AIDS Control Organization) and many NGOs are 
doing a lot to create awareness among people. 

Cancer 
● The process of development of cancer is called ​
oncogenic 
transformation. 
● Normal cells have the property of contact inhibition (stoppage of 
growth on coming in contact with other cells), but cancer cells lose this 
property. 
● As a result, cancer cells divide continuously to give rise to mass of 
cells (tumours). 
● Tumours are of 2 types − benign and malignant. 
● Benign tumours − Remain confined to their original location and do not 
spread 
● Malignant tumours− These exhibit ​
metastasis​
 i.e., the cells sloughed 
from such tumours reach distant sites and wherever they reach, new 
tumour is formed. 
● Malignant tumours actually represent cancer. The cells actively divide, 
grow, and starve the normal cells of vital nutrients. 
● Causes of cancer 
○ Carcinogens − ​
Physical, chemical, and biological agents that 
cause cancer Example ­ ionizing radiations (X­rays and gamma 
rays), non­ionizing radiations (UV) 
○ Oncogenic (cancer­causing) viruses​
 − They have viral 
oncogenes (cancer­causing genes). 
○ Sometimes normal genes in our body called proto­oncogenes get 
converted into cellular oncogenes that cause cancer. 
● Diagnosing cancer 
○ Biopsy and histopathological studies 
○ Biopsy​
 − Suspected tissue is cut into thin sections and 
examined microscopically 
○ Radiography​
, CT scan (computed tomography), and MRI 
(Magnetic resonance imaging) are techniques of diagnosing 
cancers. 
○ C T Scan​
 − 3­D imaging of internals of an organ is generated by 
X­rays. 
○ MRI Scan​
 − Pathological and physiological changes in a living 
 tissue are detected by using magnetic fields and non­ionising 
radiations. 
○ Immunological and molecular biological diagnostic techniques 
can all be used to detect cancers. 
○ Identifying certain genes, which make an individual susceptible 
to cancers, can help to prevent cancers. 
● Treatment of cancer 
○ Radiotherapy ​
− Tumour cells are irradiated to death. Also, 
proper care is taken for protecting surrounding normal tissues. 
○ Chemotherapy ​
− Drugs specific for particular tumours are used 
to kill cancer cells. They have side effects such as hair loss, 
anaemia, etc. 
○ Immunotherapy​
− Biological response modifiers such as α­ 
interferons are used. They activate the immune system of 
patient and helps in destroying the tumour. 

Commonly Abused Drugs  
 ​

Opioids (Heroin) 

● Source: Acetylation of morphine extracted from the latex of poppy 
plants (​
Papaver somniferum​
) 
● Consumed by: Snorting or injection 
● Properties: White, bitter and odourless 
● Mode of action: Binds to opioid receptors present in the CNS and GI 
tract 
● Effect: It is a depressant; slows down body functions 

Cannabinoids 

● Source: Inflorescences of the plant ​
Cannabis sativa 
● Consumed by: Inhalation or oral ingestion 
● Mode of action: Binds to cannabinoid receptors present in the brain 
● Effect: Affects the cardiovascular system 

Cocaine 
 ● Source: Coca plant ​
Erythroxylum coca​
, found in South America 
● Consumed by: Snorting 
● Mode of action: Interference with transfer of neurotransmitter, 
dopamine 
● Effect: Stimulates the CNS, producing a sense of euphoria and 
increased energy; excessive dosages cause hallucination 

Drugs Normally Used as Medicines 

● Drugs like barbiturates, amphetamines, benzodiazepines, LSD 
(Lysergic acid diethyl amides) are used as medicines to help patients 
with mental illness and insomnia. 
● Morphine: It is a pain killer which is used for patients who have 
undergone surgery, but it is also abused. 

Nicotine 

● Present in tobacco, which is smoked, chewed or snuffed 
● Mode of action: Stimulates the adrenal gland to release adrenaline and 
nor­adrenaline 
● Effect: Increases blood pressure and heart rate 

Ill Effects of Smoking 

● Increased risk of diseases like bronchitis, emphysema, coronary heart 
disease, gastric ulcer and cancer (throat, lung and urinary bladder) 
● Increased carbon monoxide levels in blood, leading to oxygen 
deficiency 

Alcohol / Drug Abuse  
Causes of alcohol/ Drug Abuse 

● Alcohol / drug abuse normally starts in adolescence (period between 
12­18 yrs − transition phase between childhood and adulthood). 
● Many adolescents are motivated towards drugs/ alcohol due to 
curiosity and experimentation. 
● Peer pressure, academic stress, unstable family structure further 
incline youth towards alcohol/ drug abuse. 
 ● Perception of consuming alcohol / drug being cool and progressive and 
use of alcohol/drug in television, movies, etc. further promote this 
habit. 

Alcohol/ Drug Addiction 

● When a person uses alcohol/ drug repeatedly, he becomes addicted. 
● Addiction refers to psychological attachment to certain effects such as 
euphoria and temporary feeling of well­being associated with use of 
alcohol or drugs. 
● In addiction, tolerance level of receptors present in our body increases 
towards the drug. 
● This drives the person to use them even when they are not required or 
when they tend to harm his health / family life. 
● Subsequently, the user runs into a vicious circle of addiction and 
subsequent dependence. 
● Dependence leads to manifestation of withdrawal syndrome on 
discontinuation of use. 
● Withdrawal syndrome − Anxiety, nausea, sweating, shakiness, and 
sometimes may be lethal 

Effects of Alcohol/ Drug Abuse 

● Immediate effect − Vandalism, violence, and reckless behaviour 
● Drop in academic performance, lack of interest in personal hygiene, 
rebellious behaviour, and change in eating and sleeping patterns, 
weight and appetite fluctuations 
● Mental, psychological, and financial loss not only to the user, but also 
to his family 
● Those who take drugs intravenously have a high risk of acquiring 
deadly diseases such as AIDS and hepatitis B. 
● Damage to nervous system and liver (cirrhosis) 
● Use of anabolic steroids by sportsperson have adverse effects: 
○ In females − Increase of masculinity, aggressiveness, 
depression, abnormal menstrual cycle, facial hair growth, 
enlargement of clitoris, and deepening of voice 
 ○ In males − Acne, aggressiveness, depression, reduction in size 
of testicles, decreased sperm production, enlargement of 
prostate gland, breast enlargement, premature baldness 
● Ultimately, prolonged use of alcohol/drugs leads to coma and death. 

Preventing Alcohol/ Drug Abuse 

● It is better to prevent the inclination of an individual towards alcohol/ 
drugs right from adolescence. Some of the ways of prevention are: 
○ Avoid peer pressure − Understand the unique personality and 
capabilities of a child 
○ Education and counselling − A child must be taught to accept 
success and failure equally. Especially during adolescence, he 
must be inclined towards constructive activities such as music, 
yoga, sports, reading based on his interest. 
○ Help from parents and peers − This includes proper guidance, 
advice, and trust to overcome problems such as stress and guilt. 
○ Identifying danger signals − If any sign of symptom of alcohol / 
drug abuse is seen in the adolescent by family or friends, then it 
should not be ignored because prevention is better than cure. 
● Seeking medical help − Psychologists and rehabilitation programs 
surely help an addict. Medical help should be sought to prevent further 
damage. 

 
 Strategies For Enhancement In Food 
Production 
 
Animal Husbandry  
Introduction 

● The practice of breeding and raising livestock is called animal husbandry. 
● It includes breeding of livestock (cows, buffaloes, pigs, etc.), poultry farming, 
and fisheries. 

Farm Management 

● Dairy Farm Management 
○  Milk yield is dependent upon the quality of breed selected. Quality 
encompasses yielding potential and disease resistance. 
○ Care of cattle − Proper accommodation, adequate water, feeding in a 
scientific manner (quality of fodder), hygiene, visits by a veterinary 
doctor 
○ All these processes nowadays have become mechanised and proper 
record keeping is followed. 
● Dairy Farm Management 
○ Poultry includes meat from birds such as chicken, ducks, and turkey. 
○ The main emphasis in poultry farming is selection of a disease­free 
and healthy breed. 
○ Safe farm conditions, proper feed, water, and hygiene are also 
necessary. 

Animal Breeding 

● Breed − A group of animals related by descent and similar in most characters 
such as general appearance, features, size, etc. 
● Aims of breeding: 
○ To increase yield of animals 
○ To improve desirable qualities in produce 
● Breeding is of two types − inbreeding and out­breeding. 
● Inbreeding 
○ Mating of more closely related individuals of same breed for four 
generations 
 ○ Superior females and superior males are identified and mated. 
○ Superior females − Produce more milk per lactation 
○  Superior males − Give rise to a superior progeny 
○ Inbreeding increases homozygosity. It evolves a pure line. 
○ It accumulates superior genes, but also threatens to accumulate 
harmful recessive genes 
●  
○ Continuous inbreeding may reduce fertility and productivity. This 
problem is called inbreeding depression. 
○ Out­breeding provides a solution to inbreeding depression. 
● Out­breeding − It includes out­crossing, cross­breeding, and interspecific 
hybridisation. 
○ Out­crossing​
 − It is the mating between animals of same breed, but 
not having common ancestors for 4 − 5 generations. It is usually used 
for animals, which have below average productivity and growth rate. 
○ Cross­breeding​
 − It is the mating between superior male of one 
breed with superior female of another breed. Superior qualities of both 
the breeds combine and this is known as hybrid vigour. The progeny 
so formed is called hybrid. A hybrid may be used as it is or may be 
further subjected to inbreeding. 
Example: ​
Hisardale ​
sheep is a hybrid of Bikaneri ewes and Marino 
rams. 
○ Interspecific Hybridization​
 − Males and females of different, but 
related species are mated. Progeny has desirable features of both the 
species. 
Example − Mule is an interspecific hybrid of donkey and horse. 

Controlled Breeding Techniques 

● Artificial Insemination 

Semen is collected from the male and injected into the reproductive tract of 
the female. 

Semen can be frozen for later use or used immediately. 

● Multiple Ovulation Embryo Transfer (MOET) Technology 
○ Cow is administered with FSH­like hormone, which induces follicular 
maturity and super ovulation. 
 ○ In super ovulation, instead of one egg/cycle, 6 − 8 eggs are produced 
per cycle. 
○ The cow is either naturally mated with a superior bull or artificially 
inseminated. 
○ Fertilized egg is recovered at 8 − 32 cell stages non­surgically and 
transferred to a surrogate mother. 
○ Using this technique, high milk­yielding breeds of females and lean 
meat­yielding bulls have been bred successfully. 

Apiculture 

● Apiculture is the practice of bee­keeping. It includes maintenance of beehives 
for production of honey. 
● Uses of apiculture: 
○ Honey has a high nutritive value and medicinal value. 
○ Honeybees also produce beeswax that is used in preparation of 
polishes and cosmetics. 
○ Most commonly reared species of honeybee is ​
Apis indica.​
 
● Bee­keeping is not labour intensive. It is relatively easy, but requires some 
specialized knowledge about 
○ nature and habits of bees 
○ selection of suitable location for keeping beehives 
○ catching and hiving of swarms 
○ beehive management during different seasons 
○ handling and collection of honey and beeswax 

Fisheries 

● Include catching, processing, and selling of fishes, shellfishes, and other 
aquatic animals (prawn, crab, lobster, etc.) 
● Edible freshwater fishes − ​
Catla ​
and ​
Rohu 
● Edible Marine fishes − ​
Hilsa,​
 pomfrets, and sardines 
● Aquaculture and pisciculture are the technologies to commercially rear fishes. 
● The fisheries industry is flourishing in our country and ‘Blue Revolution’ is on 
the verge of being implemented. 

Plant Breeding  
What is Plant Breeding? 
 ● It is the purposeful manipulation of plant species in order to create desired 
plant types which are better suited for cultivation, give better yields, and are 
disease resistant. 
● Classical plant breeding​
: It includes crossing of superior pure lines and 
selection of plants with desired characteristics. 
● Modern plant breeding​
: It includes the use of molecular biology and 
genetics. 
● Desirable plant traits wished to be incorporated by plant breeding − 
○ Increased crop yield 
○ Improved quality 
○ Tolerance to environmental stresses 
○ Pathogen resistance 
○ Tolerance to insects and pests 

Steps Involved in Breeding a New Genetic Variety of a Crop 

● Collection of genetic variability 
○ Genetic variability is availed from the wild relatives of the crop. 
○ Hence, all the wild varieties and relatives of the crop are collected and 
preserved. 
○ The natural genes available in a population are utilised by this method. 
○ Entire collection of plants/seeds (wild types/relatives) of the given 
crop, which has all the diverse alleles for all genes, is called 
germplasm collection. 
● Evaluation and selection of parents 
○ From the available genetic variability, the germplasm is analysed and 
evaluated to identify the plants with desirable traits. 
● Crop hybridisation among selected parents 
○ Two selected parents are crossed (hybridised). This facilitates the 
combination of desired traits from two different plants. 
○ Pollen grains from one plant are dusted over the stigma of the other 
plant. 
● Selection of superior recombinants 
○ Among the hybrid progeny, those plants are selected which have the 
desired character combination. 
○ Careful scientific evaluation of progeny is required for selection. 
○ This step yields the plant that is superior to both the parents. 
 ● Testing, release and commercialisation 
○ Selected yields are evaluated for traits like quality, disease resistance, 
insect resistance, etc. 
○ These crops are grown in research fields and their performance is 
recorded under ideal conditions. 
○ This crop is then grown by farmers at several locations, for at least 
three growing seasons. 
○ The crop is evaluated by comparing with the best available local crop 
cultivar (which acts as a reference). 

Indian Hybrid Crops  

Wheat and Rice 

● In 1960s, wheat and rice production increased tremendously. 
● Norman E. Borlang developed semi­dwarf varieties of wheat. 
● Sonalika​
 and​
 Kalyan sona​
 are two of the hybrid wheat varieties grown in 
India. 
● Semi­dwarf wheat varieties were taken from IR−86 (International Rice 
Research Institute) and Taichung native−I (from Taiwan). 
● Jaya​
 and ​
Ratna​
 are the better­yielding, semi­dwarf rice varieties that were 
later introduced. 

Sugarcane 

● Saccharum barberi​
 is a native of North India and ​
S. officinarum ​
belongs to 
South India. 
● S. officinarum​
 has thicker stems and higher sugar content, but it does not 
grow well in North India. 
● These two varieties were crossed to get the desirable qualities of both 
(Higher sugar content, thicker stems and the ability to grow in North India). 

Millets 

● Hybrid maize, ​
jowar​
 and ​
bajra​
 have been successfully developed in India. 
● These varieties are high yielding and resistant to water stress. 

Applications of Plant Breeding  
● If resistance to a particular disease is already present in a plant, it reduces 
the dependence of the plant on fungicides and bacteriocides. 
● Before breeding, one must know the causative agent of a disease, and its 
 mode of transmission. 
● Some common diseases: 
○ Fungal − brown rust of wheat, red rot of sugarcane and late blight of 
potato 
○ Bacterial − black rot of crucifers 
○ Viral − tobacco mosaic 
● Disease resistance can be provided by conventional breeding, mutational 
breeding or genetic engineering. 
● Conventional breeding​
: It includes the basic steps of screening, 
germplasm, hybridisation, selection, testing and release. 
○ Example − wheat variety, ​
Himgiri​
 (resistant to leaf/stripe rust and hill 
bunt) and ​
Brassica v
​ariety, ​
Pusa swarnim​
 (resistant to white rust) are 
bred by conventional breeding. 
○ One limitation of this method is that the genes for disease resistance 
are limited in number. 
● Mutational breeding​
:In this method, genetic variations are created, which 
then result in the creation of traits not found in the parental type. 
○ Mutations are induced with the help of mutagens (like chemicals) or 
irradiation. 
○ The plants in which the desired character (in this case, the desired 
resistance) has come through mutation are selected. 
● Genetic engineering​
: 
○ Certain wild varieties have disease­resistant characteristics, but they 
are low yielding. 
○ Disease­resistant genes from such varieties are introduced in 
high­yielding varieties through recombinant DNA technology. 
○ Example − resistance to the yellow mosaic virus in ​
bhindi ​
was 
transferred from a wild species to produce a new disease­resistant 
variety of ​
bhindi​
, ​
Parbhani Kranti.​
 

Pest­Resistant Crops 

● Certain morphological characters (like hairy leaves, solid stems of wheat) 
naturally provide resistance from insects and pests. 
● Similarly, biochemical characters provide resistance from insects and pests. 
For example, the high aspartic acid and low nitrogen and sugar content in 
maize lead to resistance against maize stem borers. 
 ● Such varieties are bred with non­resistant varieties to produce pest­resistant 
hybrids. 
● Example − ​
Pusa Gaurav​
 variety of ​
Brassica ​
is resistant to aphids. 

Improvement in Food Quality 

● A large number of people all over the world suffer from micronutrient, protein 
and vitamin deficiencies (hidden hunger) since they cannot afford to buy food 
rich in these nutrients. 
● Such deficiencies lead to diseases, mental retardation and reduced lifespan. 
● An alternative to this problem is to breed crops that are rich in nutrients. 
● This approach is called bio­fortification of crops. Objectives of bio­fortification 
are to improve − 
○ Protein content and quality 
○ Oil content and quality 
○ Vitamin content 
○ Micronutrient and mineral content 
● Examples − 
○ Maize hybrids developed in the year 2000 have twice the amount of 
lysine and tryptophan compared to other maize hybrids. 
○ Atlas 66 (a wheat variety having higher protein content) 

Single­Cell Protein & Tissue Culture  
  

Single­Cell Protein (SCP) 

● Single­cell protein means that microbes are used as a source of protein. 
● Microorganisms, despite being very small, are capable of producing tonnes of 
proteins due to their higher rates of biomass production. 
● Just like mushroom culture, it is expected that microbes will soon be 
accepted as a source of food. 
● Presently, ​
Spirulina​
, an alga is widely accepted as a source of SCP. It is 
economical and eco­friendly as well. 
● It can be grown on economical substrates like waste water from potato 
processing plant, straw, molasses or even sewage. 

Tissue Culture 

● Tissue culture is the process of developing a complete plant from a part of a 
 plant. The plant part is called an explant. 
● Explants can be grown in sterile conditions in special nutrient media to 
regenerate complete plants. 
● Nutrient media contain a carbon source (such as sucrose), organic salts, 
vitamins, amino acids and phytohormones. 
● Hence, propagation is achieved for a large number of plants in a short 
duration. This process is called micropropagation. 
● Somaclones​
 − All the plants obtained by tissue culture are called 
somaclones since they are genetically identical to each other as well as the 
parent plant. 
● Somatic hybridisation​
 − It refers to the hybridisation of the somatic parts 
of two plants. Protoplasts are isolated and fused to get a hybrid protoplast, 
which grows further to form a new plant. This new plant is called a somatic 
hybrid. 

E.g., protoplasts of potato and tomato have been actually fused to form a 
Pomato, but this plant is not commercially viable. 

● Applications of tissue culture 
○ Many important plants like apple, banana and tomato have been 
grown on laboratory scale by using this method. 
○ This method can be used to recover a healthy plant from a diseased 
plant. Example − a plant inflicted with virus may not have virus in its 
apical and axillary meristems. Hence, these parts can be cultured to 
obtain a healthy plant. 

 
WWW.NCRTSOLUTIONS.IN

CHAPTER – 10 : MICROBES IN HUMAN WELFARE

Microbes in Household products:

 A common example is the production of curd from milk. Micro-organisms such as

Lactobacillus and others commonly called Lactic Acid Bacteria (LAB) grow in milk and
convert it to curd. During growth, the LAB produces acids that coagulate and partially
digest the milk proteins. It also improves its nutritional quality by increasing vitamin
B12. In our stomach too, the LAB play very beneficial role in checking disease causing
microbes.
 The dough, which is used for making bread, is fermented by using baker’s yeast
(Saccharomyces cerevisiae).
 “Toddy”, a traditional drink of some parts of southern India is made by fermenting sap
from palms.
 Microbes are also used to ferment fish, soya bean and bamboo-shoots to make
foods. Cheese, is one of the oldest food items in which microbes were used. The large
holes in ‘Swiss cheese’ are due to production of a large amount of CO2 by a bacterium
named Propionibacterium sharmanii. The ‘Roquefort cheese’ is ripened by growing a
specific fungus on them for a particular flavour.

Microbes in Industrial products:

Production on an industrial scale requires growing microbes in very large vessels called
Fermentors.

a) Fermented Beverages:
The yeast Saccharomyces cerevisiae used for bread making and commonly called
brewer’s yeast, is used for fermenting malted cereals and fruit juices to produce ethanol. Wine
and beer are produced without distillation whereas whisky, brandy and rum are produced by
distillation of the fermented broth.

b) Antibiotics:
Antibiotics are chemical substances, which are produced by some microbes and can kill
or retard the growth of other disease causing microbes.
Pencillin was the first antibiotic to be discovered and it was a chance
discovery. Alexander Fleming while working on Staphylococci bacteria, once observed a mould
growing in one of his unwashed culture plates around which Staphylococci could not grow. He
found out that it was due to a chemical produced by the mould and he named it Pencillin after
the mould Pencillium notatum. Later, Ernest Chain and Howard Florey made its full potential
effective antibiotic.

c) Chemicals, Enzymes and other Bioactive Molecules:

WWW.NCRTSOLUTIONS.IN

 Aspergillus niger (fungus) – Citric acid

 Acetobacter aceti (bacterium) – Acetic acid
 Clostridium butylicum (bacterium) – Butyric acid
 Lactobacillus (bacterium) – Lactic acid
 Saccharomyces cerevisiae – Ethanol

Enzymes:

 Lipase – used in laundry detergents

 Pectinase and protease – used in bottled juices
 Streptokinase (Streptococcus bacterium) – used as clot buster (to remove clots)

Bioactive molecules:

 Cyclosporin A (Trichoderma polysporum fungi) – used as immunosuppressive agent (for

organ transplant patients).
 Statins (Monascus purpureus yeast) – used as blood cholesterol lowering agents.

Microbes in Sewage Treatment:

Treatment of waste waster is done by heterotrophic microbes naturally present in the
sewage. This treatment is carried out in two stages;
Primary treatment / Physical treatment: It involves physical removal of particles from
the sewage through filtration and sedimentation.

 Sequential filtration – to remove floating debris

 Sedimentation – to remove grit (soil and small pebbles)

All solids that settle form the primary sludge, and the supernatant forms the effluent.
The effluent from the primary settling tank is taken for secondary treatment.

Secondary treatment / Biological treatment:

 The primary effluent is passed into large aeration tanks, this allows vigorous growth of
aerobic microbes into flocs. While growing, these microbes consume the major part of
the organic matter in the effluent. This significantly reduces the BOD (biochemical
oxygen demand) of the effluent. BOD is a measure of the organic matter present in the
water. The greater the BOD of waste water, more is its polluting potential.
 Once the BOD of sewage water is reduced significantly, the effluent is then passed into a
settling tank where the bacterial ‘flocs’ are allowed to sediment. This sediment is called
Activated sludge.
 A small part of this sludge is pumped back into the aeration tank to serve as the
inoculum.
WWW.NCRTSOLUTIONS.IN

 The remaining major part of the sludge is pumped into large tanks called anaerobic
sludge digesters.
 During this digestion, bacteria produce a mixture of gases such as methane, hydrogen
sulphide and carbon dioxide. These gases form biogas.
 The effluent from the secondary treatment plant is generally released into natural water
bodies like rivers and streams.

Microbes in Production of Biogas:

Biogas is mixture of gases produced by the microbial activity and which may be used as
fuel. Certain bacteria, which grow anaerobically on cellulosic material, produce large amount of
methane along with CO2 and H2. These bacteria are collectively called Methanogens
(Methanobacterium).

These bacteria are also present in the rumen of cattle. A lot of cellulosic material
present in the food of cattle is also present in the rumen. In rumen, these bacteria help in the
breakdown of cellulose and play an important role in the nutrition of cattle. Thus, the excreta
(dung) of cattle, commonly called Gobar, is rich in these bacteria. Dung can be used for
generation of biogas commonly called gobar gas.

Biogas Plant:

 The technology of biogas production was developed in India mainly due to the efforts of
Indian Agricultural Research Institute (IARI) and Khadi and Village Industries Commission
(KVIC).
 The biogas plant consists of a concrete tank in which bio-wastes are collected and slurry
of dung is fed.
 A floating cover is placed over the slurry, which keeps on rising as the gas is produced in
the tank due to the microbial activity.
 The biogas plant has an outlet, which is connected to a pipe to supply biogas to nearby
houses.
 The spent slurry is removed through another outlet and may be used as fertilizer.
 The biogas thus produced is used for cooking and lighting.

Microbes as Biocontrol Agents:

Biological control of pests and diseases:

 Lady bird – to control aphids

 Dragon fly – to control mosquitoes
 Bacillus thuringiensis (Bt Cotton) – to control wide range insects
 Trichoderma (fungi) – protects root system and control plant pathogens.
 Baculoviruses (Nucleopolyhedrovirus) – to attack insects and other arthropods.
WWW.NCRTSOLUTIONS.IN

Microbes as Biofertilisers: Biofertilizers are organisms that enrich the nutrient quality of the
soil. The main sources of biofertilisers are bacteria, fungi and cyanobacteria.

Bacteria:

 Symbiosis – Rhizobium with root nodules of leguminous plants

 Free living (in the soil) – Azotobacter and Azospirillum.

Fungi:

 Symbiosis – Mycorrhiza with root system of genus Glomus and absorb phosphorus and
water from the soil for the plant growth.

Cyanobacteria:

 Symbiosis – Anabaena in Azolla

 Free living – Nostoc, Oscillatoria and Blue green algae.
Biotechnology: Principles and processes  
 
What is biotechnology? 

● Biotechnology refers to the technology using biology, which has 
applications in agriculture, food processing industry, medicine 
diagnostics, bioremediation, waste treatment, and energy production. 
● The European Federation of Biotechnology (EFB) defines biotechnology 
as “the integration of natural science and organisms, cells, parts 
thereof and molecular analogues for products and services”. 

Basis of Modern Biotechnology 

● Genetic engineering − ​
Introduction of foreign genetic material 
(DNA/RNA) into the host’s genome and altering its phenotype 
● Aseptic techniques − ​
Involves maintenance of contamination­free 
ambience in chemical engineering processes for manufacture of 
products such as antibiotics, vaccines, etc.This is done so as to enable 
the growth of only desired microbes responsible for a bioprocess. 

Genetic Engineering 

● Asexual reproduction preserves the genetic information while sexual 
reproduction preserves variations. 
● Plant and animal hybridization procedures often result in introduction 
of undesirable genes along with desirable ones. 
● Genetic engineering overcomes this limitation. 
● Genetic engineering includes: 
○ Creation of recombinant DNA 
○ Gene cloning 
○ Gene transfer into host organism 
● The introduced piece of DNA does not replicate in the host unless it is 
integrated with the chromosome of host. 
● For getting replicated, the foreign DNA must integrate into the host 
DNA sequence having ‘origin of replication’. When this integration 
occurs, foreign DNA is replicated and many copies are formed. This 
 process is called ​
cloning ​
(the process of formation of multiple identical 
copies of DNA). 

Construction of a Recombinant DNA 

● Plasmid (autonomously replicating, circular, extra­chromosomal DNA) 
is isolated.  
● Plasmid DNA acts asa​
 vector ​
since it is used to transfer the piece of 
DNA attached to it to the host. 
● Plasmid DNA also contains genes responsible for providing antibiotic 
resistance to the bacteria. 
● Plasmid DNA was cut with a specific restriction enzyme (‘molecular 
scissors’ − that cut a DNA at specific locations). 
● The DNA of interest (to be inserted) was also cut with the same 
restriction enzyme. 
● The DNA of interest is hybridised with the plasmid with the help of 
DNA ligase to form a ​
Recombinant DNA​
. 
●  Recombinant DNA is then transferred to a host such as ​ E.coli​
, where it 
replicates by using the host’s replicating machinery. 
● When ​ E.coli​
 is cultured in a medium containing antibiotic, only cells 
containing recombinant DNA will be able to survive due to antibiotic 
resistance genes and one will be able to isolate the recombinants. 

Restriction Enzymes as Tools of RDT  
 ​

● Restriction enzymes are specialised enzymes that recognise and cut a 
particular sequence of DNA. 
● Nucleases are of two types: 
○ Endonucleases − Cut the DNA at specific positions within the 
DNA 
○ Exonucleases − Cut the DNA at the ends (Remove the 
nucleotides at the ends of the DNA) 
● Every restriction enzyme identifies different sequences (Recognition 
sequences). Over 900 restriction enzymes have been isolated, all of 
which recognise different sequences. 
● Recognition sequences are ​
pallindromic­​
 Pallindromes are the 
 sequence of base pairs that read same both backwards and forwards 

(i.e., same  and  direction). 

Example: 

● Restriction enzymes cut a little away from the centre of pallindrome 
site, but between the same two bases on the opposite strands. 

● As a result, overhangs (called sticky ends) are generated on each 
strand. 

● Sticky ends form hydrogen bonds with their complementary 
counterparts with help of DNA ligases. 
● All these processes form the basis of RDT. 
  

● Naming restriction enzyme 
○ I​  letter − Genus of the organism from which the enzyme is 
st​

derived 
○ II​  and III​
nd​
 letters − Species of the organism 
rd​

○ IV​  letter − Name of the strain 
th​

○ Roman number − Order of isolation 
E.g., In EcoRI − Derived from ​
E.coli​
, strain R. 
It is the I​  to be discovered. 
st​

Gel Electrophoresis 

● The fragments obtained after cutting with restriction enzymes are 
separated by using gel electrophoresis. 
● Electric field is applied to the electrophoresis matrix (commonly 
agarose gel) and negatively charged DNA fragments move towards the 
anode. 
● Fragments separate according to their size by the sieving properties of 
agarose gel. Smaller the fragment, farther it moves. 
● Staining dyes such as ethidium bromide followed by exposure to UV 
 radiations are used to visualise the DNA fragments.  
● DNA fragments are visible as bright orange coloured bands in the 
agarose matrix. 
● These bands are cut from the agarose gel and extracted from the gel 
piece (elution). 
● DNA fragments are purified and these purified DNA fragments are used 
in constructing recombinant DNAs. 

Cloning vectors & host as tools of RDT  
Cloning Vectors 

● Plasmids and bacteriophages are commonly used as cloning vectors. 
● Both of these have the ability to replicate within the bacterial cells 
independent of the chromosomal DNA. 
● Bacteriophages − Have high copy number (of genome) within the 
bacterial cell 
● Plasmids − May have 1 − 2 copy number to 15 − 100 copy number 
per cell 
● If foreign DNA is linked to these vectors, then it is multiplied to the 
number equal to the copy number of vector. 
● Features present in the vector itself help in the easy isolation of 
recombinants from the non­recombinants. 

Components of a plasmid cloning vector 

● Origin of replication (​
ori​
) 
○ Replication starts from ​
ori​
. Any fragment of DNA when linked to 
 ori ​
can be made to replicate. 
○ With the help of this, the genetic engineer may control copy 
number of the recombinant DNA. To recover a high number, 
suitable origin of replication must be chosen. 
● Selectable marker 
○ These genes help to select recombinants over non­recombinants. 
○ Antibiotic resistance genes such as amp​ (ampicillin resistant), 
R​

tet​ (tetracycline resistant) serve as selectable markers usually. 
R​

● Cloning sites 
○ These sites refer to the recognition sites for restriction enzymes 
(such as EcoRI, Hind III, PvuI , BamHI, etc.) 
○ These are the sites where restriction enzymes cut the DNA. 
○ Cloning process becomes completed when more than one 
recognition sites are present. 
○ Therefore, ligation is carried out only at the restriction sites 
present on the antibiotic resistance genes. 

How antibiotic resistance genes help in selecting recombinants? 

● Suppose tet​ gene has Bam HI recognition site. 
R​

● When BamHI is used for restriction, foreign DNA fragment is inserted 
within the tet​ gene. 
R​

● Hence, tetracycline resistance is not present in the recombinants. 
● Recombinants will grow on the media containing ampicillin, but will die 
on media containing tetracycline. 
● On the other hand, non­recombinants will grow on medium containing 
ampicillin as well as on medium containing tetracycline. 
● In this way, antibiotic resistance gene helps in selecting transformants. 

Alternate selectable marker 

● Other than antibiotic resistance genes, alternative markers can be 
used. 
● One of them is gene coding for  galactosidase. 
● When foreign gene is inserted within  ­galactosidase gene, the 
 enzyme  ­galactosidase gets inactivated (insertional inactivation). 
● Then the bacteria are grown on a chromogenic substrate. 
● Non­recombinants will produce blue­coloured colonies. 
● Recombinants will produce colourless colonies.  

Cloning vectors for plants and animals 

● Ti plasmid (tumour­inducing plasmid) refers to the plasmid of 
Agrobacterium tumefaciens​
. 
○ A. tumefaciens​
 is a plant pathogen. It produces tumours in the 
plants it infects. 
○ Ti plasmid can be modified into a cloning vector by removing the 
genes responsible for pathogenicity. 
● Retrovirus − These are the viruses that infect animals. They produce 
cancers in animals. 
○ Retroviruses can be disarmed to be used as a cloning vector. 

Competent host 

● Competent host refers to the bacterial cells that have the ability to 
take up the vector (containing Recombinant DNA). 
● Methods to introduce recombinant DNA into competent host: 
○ Cells are treated with divalent cations (e.g. Ca​ ). Then, these 
2+​

cells are incubated with recombinant DNA on ice, followed by 
heat shock (at 42º), and then putting them back on ice. By this, 
bacteria are able to take up recombinant DNA. 
○ Microinjection​
 − Recombinant DNA is directly injected into the 
nucleus of animal cell. 
○ Biolistics (Gene Gun)​
 − Cells are bombarded with high velocity 
micro particles of gold or tungsten. 
○ Disarmed vector as in case of ​
A. tumefaciens​
 and retrovirus 

Processes of RDT  
Isolation of Genetic Material (DNA)  

● For the processes of RDT, DNA must be available in its pure form. 
● First of all, cells are treated with specific chemicals to break open the 
 cell to release cellular components such as DNA, RNA, proteins, etc. 
This is done by enzymes such as lysozymes (bacterial cell), cellulase 
(plant cell), and chitinase (fungal cell). 
● Contaminants such as RNA and proteins are digested with the help of 
ribonucleases and proteases respectively. 
● Addition of chilled ethanol ultimately precipitates out the purified DNA, 
which can be seen as collection of fine threads in the suspension. 

Cutting of DNA at Specific Locations 

● DNA is cut into fragments with the help of restriction enzymes. 
● Fragments generated after restriction are isolated with the help of gel 
electrophoresis. 
● Recombinant DNA is obtained by hybridising ‘gene of interest’ with 
vector, with the help of enzyme DNA ligase. 

Polymerase Chain Reaction (PCR) 

● Recombinant DNA can be amplified by PCR. Several identical copies of 
it can be synthesised in vitro. 
● Two sets of ​
primers​
 (chemically synthesised oligonucleotide stretches 
that are complementary to a region of DNA), enzyme ​
DNA 
polymerase​
,and deoxynucleotides are added. 
● PCR consists of 3 steps: 
○ Denaturation​
 − Double helical DNA is denatured by providing 
high temperature. DNA polymerase does not get degraded in 
such high temperatures since the DNA polymerase used in this 
reaction is thermostable as it is isolated from thermophilic 
bacteria,​
 Thermus aquaticus ​
(​
Taq​
). 
○ Extension ​
− Replication of DNA occurs in vitro. 
○ This cycle is repeated several times to generate up to 1 billion 
identical copies of the DNA. 
  

Insertion of Recombinant DNA into Competent Cells 

● Insertion of recombinant DNA into host is done by several methods: 
○ Transformation in case of bacteria 
○ Disarmed vectors, biolistics, and micro­injections in case of plant 
and animal cells 
○ The cells bearing recombinant DNA are selected because the 
recombinants exclusively have selectable marker present in 
them (similar to antibiotic resistance). 

Obtaining the Foreign Gene Product 

● This is the stage for which the recombinant DNA was produced. 
● The cell containing recombinant DNA will produce a novel protein 
product (desirable product/Recombinant protein). 
● For large scale production of the desirable product (antibiotics, 
vaccines, enzymes), optimum conditions are to be provided. 
● Continuous culture − Used culture media is drained from one side and 
fresh culture media is added from the other side. 
○ Cells are kept throughout in their log/exponential phase. 
○ Larger biomass is produced by this method leading to higher 
 yield. 
● Bioreactors − Large vessels in which large volumes (100 − 1000 litres) 
of culture can be produced 
○ Optimal growth conditions for microbes are present 
(temperature, pH, substrate, salts, vitamins, etc.). 

○  
●  
○ A bioreactor has the following components ­ agitator system, 
oxygen delivery system, foam control system, temperature and 
pH control system, sampling ports.  

  

Downstream Processing 

● Biosynthesis of many compounds such as enzymes, alcohols, and 
antibiotics take place within the bioreactor. 
● The products so obtained are crude and require separation, 
purification, and finishing, which is done under downstream processing 
(DSP). 
● DSP makes a crude bio product marketable. 
● After proper separation and purification, preservatives are added and 
the finished product is made to undergo clinical trials and quality 
 checks before being sent to market. 

 
 Biotechnology and its Applications 
 
Genetically Engineered Crops 

● Genetically engineered crops have desirable genes (as of insect/pest 
resistance, giving better yield) incorporated in them. 
● Genetically modified crops have 
○ more tolerance to abiotic stresses such as cold, drought, salinity, 
heat, etc. 
○ insect/pest resistance 
○ reduced post­harvest losses 
○ efficient mineral usage by plants 
○ enhanced nutritional value (e.g., Vitamin A rich rice) 

Bt ​
Cotton 

● Bacillus thuringiensis​
 is a bacterium that produces proteins to kill 
certain insects such as lepidopterans (armyworm), coleopterans 
(beetles), and dipterans (flies/ mosquitoes). ​
B. thuringiensis​
 produces 
a protein crystal containing a toxic protein (inactivated state). 

● Inactivated toxin Activated toxin (gut of insect) 
● Activated toxin binds to the epithelial cells in the midgut of insect and 
creates pores that cause lyses and swelling and eventually death of 
insect. 
● This toxin is encoded by a gene called ​
Cry​
 in the bacterium. Genes 
encoded by ​
Cry IAc ​
and ​
Cry II​
 ​
Ab​
 control cotton bollworms and those 
encoded by ​
Cry IAb​
 control corn borer. 
● Cry genes are introduced into the cotton plants to produce ​
Bt​
 cotton, 
which is an insect resistant variety of cotton. 

RNA Interference (RNAi​
) 

● RNAi is a method adopted to prevent infestation of roots of tobacco 
plants by a nematode ​
Meloidegyne incognitia​
. 
● In RNAi, a complementary RNA binds to mRNA to form a ds RNA, 
 which cannot translate and hence, its expression is blocked 
(Silencing). 
● This complementary mRNA may come from 
○ infection by RNA viruses 
○ transposons (mobile genetic elements) 
● RNAi exists naturally in eukaryotes as a method of cellular defence. 
● Nematode specific genes (DNA) were introduced in the host plant. 
● The introduced DNA forms both sense and anti­sense RNA. 
● Two strands being complementary to each other bend and form ds 
RNA, leading to RNAi. 
● mRNA of nematode is silenced and the parasite cannot survive in the 
transgenic host. 

Applications of Biotechnology in Medicine  
Recombinant Therapeutics  

● With the help of RDT, mass production of efficient therapeutic drugs 
can be accomplished. 
● These are safe and do not induce unwanted immunological response. 

Genetically Engineered Insulin  

● Insulin is in great demand due to increase in number of patients with 
adult onset diabetes. 
● Insulin extracted from animal source (example, slaughtered cattle and 
pigs) induce allergy in humans. 
● Insulin as a pro­enzyme consists of 3 peptide chains − A, B, and C. 

● Pro­enzyme insulin  Mature insulin 
● Mature insulin consists of only two peptide chains − A and B. Both 
these chains were separately isolated and introduced in plasmids of ​
E. 
coli​
 to produce insulin chains. 
● Separately produced chains A and B were extracted and combined by 
creating a disulphide bond to form mature human insulin. 

Gene Therapy 
 ● Gene therapy is an attempt to deal with genetic or congenital diseases. 
● This aims at correction of a genetic defect by delivery of a normal gene 
into an individual or embryo to take over or compensate the function 
for a non­functional gene. 
● The first disease to have a gene therapy is ADA (Adenosine 
deaminase) deficiency. In this, the gene coding for enzyme ADA gets 
deleted leading to deficiency of ADA and problems in immune system. 
● ADA deficiency can also be treated with: 
○ Bone marrow transplantation 
○ Enzyme replacement therapy 
● Gene therapy for ADA deficiency: 
○ Lymphocytes isolated from patient’s blood are cultured in­vitro. 
○ Functional ADA cDNA are then introduced into the cultured 
lymphocytes. 
○ These lymphocytes are returned back to the patient’s body. 
● Lymphocytes are not immortal. Therefore, repeated infusion of 
genetically engineered lymphocytes is required. 
● Permanent cure − Introduction of gene isolated from bone marrow 
cells producing ADA into cells at early embryonic stages 

Molecular Diagnosis 

● Recombinant DNA technologies, PCR, ELISA (enzyme linked immuno 
sorbent assay) are some of the technologies of molecular diagnosis. 
● Early diagnosis of bacteria and virus in body, when the concentration 
is extremely low, can be done by PCR since it amplifies the DNA 
several folds. 
● PCR is used to detect HIV virus in suspected AIDS patients and 
mutations in genes in suspected cancer patients. 
● ELISA is based on antigen­antibody interactions. In the presence of an 
antigen, the antibody produced against it can be detected. 
● Hybridisation with a radioactive probe − In this approach, gene is 
hybridized with a radioactive probe and autoradiography is used for 
detection. The regions where mutation is present in the gene will not 
 appear in the photographic film since probe will not be able to bind 
with that part. 

Transgenic Animals & Biopiracy  
  

Transgenic Animals 

● Animals that have their DNA manipulated to possess or express an 
extra gene are called transgenic animals. 
● Till date, transgenic rats, rabbits, pigs, sheep, cows, and fish have 
been produced. 

Reasons for Producing Transgenic Animals 

● Study of normal physiology 
○ Transgenic animals serve as models to study genetics, regulation 
and down regulation of genes, and their corresponding effects on 
physiology. 
○ They give information about the biological role of a particular 
factor in the body. 
● Study of diseases 
○ They act as models to study genetic basis of diseases. 
○ These studies aid in finding possible treatments of diseases. 
○ Transgenic models exist of various human diseases such as 
cancer, cystic fibrosis, rheumatoid arthritis, Alzheimer’s, etc. 
● Biological products 
○ Treatment of diseases often requires certain products that are 
expensive to make. 
○ Transgenic animals can be produced that have genes, coding for 
that particular product. 
○ Example − Human protein α­1­antitrypsim used to treat 
emphysema is isolated by this method. 
○ In 1997, first transgenic cow Rosie produced human 
protein­enriched milk, which contained α­lactalbumin and was 
nutritionally more suitable for human babies. 
 ● Vaccine safety tests 
○ Transgenic mice are used to test vaccines for their safety before 
they are used for humans. 
○ Example − Transgenic mice are used to check polio vaccines. 
● Chemical safety testing 
○ Transgenic animals contain genes that make them more 
sensitive to toxic substances than non­transgenic. 
○ Toxicity testing in such animals helps us to obtain results in less 
time. 

Ethical Issues Associated with Transgenic Animals 

● Indian government has set up an organization GEAC (Genetic 
Engineering Approval Committee), which makes decisions regarding 
validity of GM research and its use for public utility. 
● Modification which may result in the loss of biological significance of 
animals cannot go beyond regulation. 
● Unpredictable results may be observed, if these organisms are 
introduced in natural ecosystem. 
● Patents for transgenic varieties also create problems as many 
indigenous varieties are claimed by multinational companies as their 
own inventions. 
● For example − A new variety of Basmati was claimed by an American 
company through patenting. This new variety was actually derived by 
Indian farmers by crossing Indian Basmati with semi­dwarf varieties. 
● Similarly Neem and turmeric, which have been used for ages in Indian 
medicines, are also matters of dispute for patent rights. 

Biopiracy 

● Use of bio­resources by MNCs and other organisations without proper 
authorisation from countries and people concerned without 
compensatory payment 
● Industrialized and developed nations are economically rich, but poor in 
biodiversity while opposite prevails for developing nations. Therefore, 
developed countries exploit traditional knowledge and resources of 
 poor countries for commercialisation. 
● This is a matter of injustice since inadequate compensation and benefit 
sharing is given to poor countries in return. Therefore, steps should be 
taken by developing countries to prevent this exploitation. 
● The Indian parliament has recently introduced second amendment of 
Indian patents bill to deal with these issues. 

 
 
 Organisms and Environment 
 
● Ecology deals with interactions among different organisms and their 
environment. 
● Organisms get adapted to their environment for their survival and 
reproduction. 
● The rotation of the earth about its axis brings about changes in the 
environment, leading to different seasons. This leads to the formation 
of various biomes such as desert, grassland, etc. 
● Life not only exists in favourable habitats, but also in harsh and 
extreme conditions. 
● The environment of an organism can be divided into: 
○ Abiotic factors 
○ Biotic factors 

Abiotic Factors 

● Some of the major abiotic factors that interact with the organisms are: 
○ Temperature​
 − It is the most relevant abiotic factor since all 
organisms require an optimum temperature for their metabolism 
and other body functions. Depending upon their ability to 
tolerate temperature range, organisms are of two types­ 
stenothermal (restricted to a narrow range of temperature) and 
eurythermal (can tolerate a wide range of temperature). 
○ Water​  − Water also is a major influencing factor. Life on earth is 
impossible without water as it forms the major constituent of all 
living cells. In oceans where quantity of water is not a limitation, 
the quality of water becomes one. Depending upon the ability to 
tolerate salinity, organisms can be stenohaline (restricted to 
narrow range of salinity) and euryhaline (tolerant to wider range 
of salinity). 
○ Soil​ − The nature and composition of soil differs from one place 
to another depending upon the climate, weathering process, and 
soil development method. The characteristic features such as soil 
composition, grain size, percolation, water holding capacity, etc. 
 determine the native of the organisms it can support. 
○ Light​
 − The major source of light on earth is the Sun. Light is 
essential for plants to perform photosynthesis. Certain plants 
become adapted to perform photosynthesis under very low light 
since they are constantly overshadowed by tall trees. Many 
plants also depend on light for their flowering (photoperiodism). 
The availability of light on land is comparatively higher than that 
in water. 

Responses to Abiotic Factors  
● All organisms in order to sustain maximum functionality maintain a 
constant internal environment (homeostasis). An organism may adopt 
one of the following strategies for homeostasis: 
○ Regulate​
 − Certain animals have the ability to maintain a 
constant temperature and a constant osmolarity to keep up their 
homeostasis. Mammals have a constant body temperature 
(37°C) irrespective of the outside temperature. In summers, to 
maintain the temperature, we sweat and in winters we shiver, 
which produces heat. 
○ Conform​
 − Animals and plants except mammals do not have a 
constant body temperature and their body temperature changes 
in accordance with the outside temperature. Such organisms are 
called conformers. Conformers have not evolved. They have 
become regulators since regulation is energetically more 
expensive. 
○ Migrate​
 ​
− The organism can move temporarily from stressful 
habitats to more hospitable areas and return once the period 
changes. Birds can migrate from cold regions to relatively 
warmer regions during winter and vice­versa during summers. 
○ Suspend​
 − Some organisms cease to be metabolically active 
during stressful period. They suspend all activity and enter a 
period of dormancy. For example − Spores in bacteria and lower 
plants; and hibernation (winter sleep) and aestivation (summer 
 sleep) in animals Similarly, zooplankton enter diapause, a stage 
of suspended development during unfavourable conditions. 

Adaptations  
● Adaptations are certain characteristics that organisms develop in order 
to survive and reproduce better in their habitat. 
● These adaptations can be physiological, behavioural, or morphological. 
● Some of the adaptations are: 
○ Desert plants​
 have thick cuticle on their leaf surface and 
stomata arranged in deep pits to reduce water loss. Their special 
photosynthetic pathway CAM enables their stomata to remain 
closed during day time. Their leaves are reduced to spines and 
photosynthesis is carried out by flattened stems. 
○ Animals of colder regions​
 have shorter limbs and ears to 
minimise heat loss (Allen’s rule) and the body is covered by thick 
fur to reduce the heat loss. Their body has a thick layer of fat 
(blubber) below their skin that acts as an insulator to minimise 
heat loss. 
○ People living in high altitudes​
 have high RBC production and 
increased breathing rates. 
○ Some ​
desert animals​
 are capable of burrowing in order to 
escape the heat. In addition, some desert animals such as 
kangaroo rat are able to meet their water requirement through 
internal fat oxidation. They also have ability to concentrate their 
urine. 

Population  
● It is a group of similar individuals living in a geographical area, sharing 
similar resources, and capable of interbreeding. 
● Population has certain attributes, which individual organisms do not 
possess: 
○ Birth rate ​
per capita​
 births 
○ Death rate ​
per capita​
 deaths 
 ○ Sex ratio − Ratio of number of males to females in a population 
● Age distribution 
○ A population can be composed of individuals of different age 
groups. 
○ Age distribution plot for a given population is given by the age 
pyramid. 
○ The structure of the age pyramid determines the growth status 
of the population, whether it is growing, stable, or declining. 

● Population size, more technically, is referred to as population density 
(N), which indicates the number of individuals inhabiting a particular 
niche. 
● If the population is huge, then relative density is measured instead of 
absolute density whose measurement is time­consuming. 

Population Growth  
● The size of a population is an ever­changing aspect since it depends 
upon availability of food, predation, weather conditions, etc. 
● This gives us an idea whether a certain population is growing or 
declining. 
● Some of the reasons for the increase or decrease in population: 
○ Natality (B) − Number of births during a given period in the 
given population 
○ Mortality (D) − Number of deaths during a given period in the 
given population 
○ Immigration (I) − Number of individuals of the same species 
who have come into the habitat from elsewhere during a given 
period 
○ Emigration (E) − Number of individuals of the same species who 
have left the habitat and gone elsewhere during a given period 
 ● If N is the population at time t, then its density at t + 1 is 

N​ = N​
t + 1 ​ + [(B + I) − (D + E)] 
t ​

Growth Models 

● Exponential Growth​
 − When the resources are unlimited, population 
tends to grow in an exponential pattern. 
○ If the population size is N and the birth and death rates (not ​
per 
capita​
) are b and d respectively, then increase or decrease in N 
at t (time period) is given by, 

dN /dt = (b − d) × N 

If (b − d) = r, then 

dN/ dt = rN 

r is the “intrinsic rate of natural increase”. 

Or, 

N​ = N​
t​  e​
0​
rt 

Where, 

N​ − Population density at time t 
t​

N​ − Population density at time 0 
0​

r − Intrinsic rate of natural increase 

e − Base of natural logarithms (2.71828) 

● Logistic growth​
 − When the resources are limited leading to 
competition between individuals and survival of the fittest, the 
population tends to grow in a logistic manner. 
○ In this kind of growth, there is an initial lag phase followed by 
acceleration or deceleration phases and finally asymptote, when 
it reaches its carrying capacity (K). 
○ When N in relation to t is plotted, it results in a sigmoid curve 
called the Verhulst − Pearl Logistic growth given by, 
  

N − Population density at time t 

r − Intrinsic rate of natural increase 

K − Carrying capacity 

Life History Variations 

● Populations tend to increase their reproductive fitness in order to 
survive better. This is known as Darwinian fitness (high r value). 
● Some of the trends they follow in course of achieving this: 
○ Some organisms breed only once in their lifetime. Example ­ 
Salmon, Bamboo 
○ Some breed many times. Example ­ Birds, mammals 
○ Some produce a large number of small­sized offsprings. Example 
­ Oyster 
○ Some produce small number of large­sized offsprings. Example ­ 
Birds, Mammals 

Population Interactions  
● A natural habitat consists of many organisms living together and these 
organisms communicate and interact with each other. For example, 
plants depend on insects for pollination. 
● Interspecific interactions are interactions between two different species 
of organisms. They can be either beneficial or harmful to one or both 
 partners. 

Interspecific interactions 

● Predation​
 − It is beneficial to the predator while the prey is harmed. 
○ It acts as a means of transfer of energy to the next higher 
trophic level and of maintaining balance in the ecosystem. 
○ For plants, herbivores are predators and some plants produce 
secondary metabolites, thorns, or poisonous chemicals to ward 
off predators. 
○ Similarly, animals also camouflage themselves to protect 
themselves from predators. Some preys are poisonous or 
distasteful (Monarch butterfly is highly distasteful because of a 
special chemical it acquires during its caterpillar stage by feeding 
on poisonous weeds) so as to avoid predators. 
● Competition​
 − It occurs only in closely related species wherein they 
share the same type of habitat and food resources. 
○ However, for competition to take place resources need not be 
always scarce and competition does not necessarily take place 
between same species. 
○ In competition, the fitness of one species is significantly lower in 
presence of another species and survival of fittest ultimately 
takes place. 
○ Gause’s ​
Competitive Exclusion Principle​
 states that two closely 
related species competing for the same resource cannot co­exist 
indefinitely and the competitively inferior will be eliminated 
eventually. 
●  
○ Moreover, some species may develop mechanisms to facilitate 
their co­existence. 
● Parasitism​
 − In this interaction, one of the partners is benefited 
because it resides outside or inside the body of the host and gets free 
accommodation and food while the host is affected due to loss of 
nutrients. 
 ○ Parasites in nature have developed a wide variety of adaptations 
such as hooks and suckers for attachment, loss of digestive 
system, high reproducing capacity, etc. 
○ Parasites can live either outside (ectoparasites) or inside 
(endoparasites) the body of the host organisms. 
○ Brood parasitism is seen in birds in which the parasitic bird lays 
its egg in the nest of the unassuming host bird, which takes care 
of them until they hatch. For example, Koel lays its eggs in the 
nest of the crow. 
● Commensalism​
 − In this interaction, one of the partners is benefited 
while the other is neither benefited nor harmed. 

For example, an orchid growing as an epiphyte on the mango tree 

The orchid gets support while the mango tree is unaffected. 

● Mutualism or symbiosis​
 − In this interaction, both the partners are 
benefited. 

For example, lichens, interaction of algae and fungi, where both are 
benefited 

The fungi give support to the algae while the algae prepare the food for 
the fungi. 

 
 Ecosystem 
 
● Ecosystem is the interaction of living things among themselves and 
with their surrounding environment. 
● There are two basic ecosystems − terrestrial and aquatic. 

Structure of Ecosystem 

● The interactions between the various biotic and abiotic factors of an 
ecosystem lead to the maintenance of the ecosystem. 
● Stratification is the vertical distribution of the different species 
occupying the different levels. For example, trees occur at a higher 
level then shrubs. 
● The various aspects taken into consideration to study the functioning 
of ecosystem are: 
○ Productivity 
○ Decomposition 
○ Energy flow 
○ Nutrient cycling 

Productivity 

● A constant supply of sunlight is required for the proper functioning of 
any ecosystem. 
● The amount of biomass produced per unit area over a time period by 
plants during photosynthesis is defined as the ​
primary productivity​
. 
● It is expressed as weight (g​ ) or energy (Kcal m​
−2​
). 
−2​

● Productivity can be mainly divided into gross primary productivity 
(GPP) and net primary productivity (NPP). GPP is the rate of 
production of organic matter during photosynthesis. 

NPP = GPP − Respiratory losses (R) 
● Secondary productivity​
 is defined as the rate of formation of new 
organic matter by consumers. 
● Primary productivity depends upon 
○ type of plant species inhabiting a particular area 
 ○ photosynthetic capacity of plants 
○ nutrient availability 
● Annual net productivity for whole biosphere is about 170 b tons of 
organic matter. 

Decomposition 

● It is the process of breakdown of complex organic matter into 
inorganic substances such as carbon dioxide, water, nutrients, etc. 
● Fragmentation​
 − Breaking down of detritus (dead plant and animal 
remains, faecal matter) into smaller particles by detritivores 
(decomposers) 
● Leaching​
 ­ Process by which these inorganic matters enter the soil 
● Catabolism​
 − Process by which detritus is degraded into simpler 
inorganic substances by bacterial and fungal enzymes 
● Humification​
 − Accumulation of humus in the soil. 
Humus is resistant to microbial action and decomposes at an 
extremely slow rate. It acts as a reservoir of nutrients. 
● Mineralization​
 − Process by which humus further degrades to release 
minerals into the soil 
● It is an oxygen consuming process and is controlled by the chemical 
composition of detritus and climatic conditions. 

Energy Flow  
● Sun is the sole source of energy for all ecosystems on the earth. 
● Plants and other photosynthetic organisms utilize less than 50% of the 
solar radiation known as the ​
photosynthetically active radiation 
(PAR)​
. 
● In an ecosystem, plants are called ​
producers​
 and all animals depend 
upon the plants directly or indirectly for their food. Hence, they are 
known as consumers or heterotrophs. 
● The consumers can be further divided into primary consumers 
(herbivores), secondary consumers (primary carnivores), and tertiary 
consumers (secondary carnivores). 
● Food chain​
 − The energy flow among the various constituent animals 
 is known as the food chain. 
● Food web​
 − The interconnection of the various food chains is called 
the food web. 
● Trophic level​
 − Every organism occupies a specific level in their food 
chain known as the trophic level. 
● Standing crop​
 − Each trophic level contains a certain amount of 
living material at a certain time known as the standing crop. 
● The number of trophic levels in a food chain is restricted since the 
energy transfer follows the 10 percent law i.e., only 10% of the energy 
is transferred from a lower trophic level to a higher one. 

Ecological Pyramids  
● The energy relationship between the different trophic levels is 
represented by the ecological pyramids. 
● Their base represents the producers or the first trophic level while the 
apex represents the tertiary or top level consumer. 
● Ecological pyramids are of 3 types: 
○ Pyramid of number 
○ Pyramid of biomass 
○ Pyramid of energy 
  

● In most ecosystems, the three pyramids are upright except in some 
cases: 
○ The pyramid of biomass is inverted in an ocean ecosystem since 
a small standing crop of phytoplankton supports a large number 
of zooplankton. 
○ The pyramid of number can be inverted when, say, a large tree 
is eaten by small insects. 
○ However, the pyramid of energy is always upright. 
● A trophic level represents a functional level and not a single species as 
such. Also, a single species may become a part of more than one 
trophic level in the same ecosystem at the same time depending upon 
the role it plays in the ecosystem. 
● Limitations of ecological pyramids: 
○ The ecological pyramids do not take into account the same 
species belonging to more than one trophic level. 
 ○ It assumes a simple food chain that almost never exists in 
nature. It does not explain food webs. 
○ Saprophytes are not given a place in ecological pyramids even 
though they play a vital role in ecosystem. 

Ecological Succession  
● The composition of all ecosystems keeps on changing with change in 
their environment. These changes finally lead to the climax 
community. 
● Climax community​
 − It is the community which is in equilibrium with 
its environment. Gradual and fairly predictable change in the species’ 
composition of a given area is called ecological succession. 
● Sere(s)​
 − It is the sequence of communities that successively change 
in a given environment. The transitional communities are called seral 
stages or seral communities. 
● Succession happens in areas where no life forms ever existed as in 
bare rocks, cool lava, etc. (​
primary succession​
), or in areas which 
have lost all life forms due to destructions and floods (​
secondary 
succession​
). 
● Primary succession takes hundreds to thousands of years as 
developing soil on bare rocks is a slow process. Secondary succession 
is faster than primary succession since the nature does not have to 
start from scratch. 
● During succession, any disturbances (natural/man­made) can convert 
a particular seral stage to an earlier one. 
● Hydrarch succession​
 − It takes place in wet areas and converts 
hydric conditions to mesic. 
● Xerarch succession​
 − It takes place in dry areas and converts xeric 
conditions to mesic. 
● Pioneer species​
 − These are the species that first invade a bare 
area. On land, these could be lichens that secrete enzymes to dissolve 
the rock surfaces for soil formation while in water, pioneer species 
could be phytoplanktons. 
 ● The ultimate result of all successions is a climax community, a mesic. 

Nutrient Cycling  
● The amount of nutrients present in the soil at a given time is known as 
the standing state. 
● Nutrients are never lost from the ecosystem. They are only recycled 
from one state to another. 
● The movement of nutrients through the various components of the 
ecosystem is called nutrient cycling or biogeochemical cycles. They are 
of two types: 
○ Gaseous​
 − Reservoir for these types of cycles exist in the 
atmosphere. 
○ Sedimentary​
 − Reservoir for these types of cycles exist in the 
earth’s crust. 

Carbon Cycle 

● About 49% of the dry weight of living organisms is made up of carbon. 
● The ocean reserves and fossil fuels regulate the amount of CO​ in the 
2​

atmosphere. 
● Plants absorb CO​ from the atmosphere for photosynthesis, of which a 
2​

certain amount is released back through respiratory activities. 
● A major amount of CO​ is contributed by the decomposers who 
2​

contribute to the CO​ pool by processing dead and decaying matter. 
2 ​

● The amount of CO​ in the atmosphere has been increased considerably 
2​

by human activities such as burning of fossil fuels, deforestation. 

Phosphorus Cycle 

● Phosphorus is an important constituent of cell membranes, nucleic 
acids, and cellular energy transfer systems. 
● Rocks contain phosphorus in the form of phosphate. 
● When rocks are weathered, some of the phosphate gets dissolved in 
the soil solution and is absorbed by plants. 
● The consumers get their phosphorus from the plants. 
● Phosphorus returns back to the soil by the action of 
 phosphate­solubilising bacteria on dead organisms. 

 
 Biodiversity and Conservation 
 
● Biodiversity occurs not only in the species level, but also in the 
macromolecular levels. 
● Biodiversity as described by Edward Wilson is the combined diversity 
at all levels of biological organisation. 
● The most important forms of biodiversity are: 
○ Genetic diversity​
 (diversity at the genetic level) 
○ Species diversity​
 (diversity at the species level) 
○ Ecological diversity​
 (diversity at the ecosystem level) 
● There are close to 1.5 million plants and animals that have to be 
discovered and described. More species have been discovered in 
temperate regions as compared to tropics. 
● According to an estimate made by Robert May, global species 
biodiversity is about 7 million. 
● Of the total species discovered so far, 70% are animals and 22% are 
plants. Of the animals, 70% are insects. 
● India has 2.4% of the world’s land and 8.1% of the total species 
diversity. According to May’s estimate, 78% of the biodiversity is still 
to be discovered. 
● Applying this to India’s biodiversity figures, there still is a scope for 
discovery of over 1 lakh species of plants and 3 lakh species of 
animals. 

Patterns of Biodiversity 

● Latitudinal gradients​
 − The plants and animals are not distributed 
evenly worldwide. The diversity of living forms decreases as we go 
from the equator towards the poles. A huge amount of plants and 
animals are concentrated in the tropical region because of the 
following reasons. 
● Tropical environment is less seasonal and almost constant and 
predictable as compared to temperate environment. 
 ● Tropics receive the major part of the solar energy, which contributes 
to great productivity. 
● Speciation is dependent upon time. Tropical areas have remained 
undisturbed for millions of years unlike temperate regions, which have 
experienced frequent glaciations in the past. 
● Species­Area relationships​
 − Alexander von Humboldt observed 
that biodiversity increases with increase in explored area. This 
relationship can be given by, 

log S = log C + Z log A 

Where, 

S = Species richness 

A = Area 

Z = Slope of the line (regression co­efficient) 

C = Y­intercept 

Value of Z is found to lie in the range of 0.1 to 0.2 for comparatively 
smaller areas such as countries while for very large areas such as entire 
continents, the slope of the line is much steeper with Z value lying from 
0.6 to 1.2. 

Importance of biodiversity & Loss of 
Biodiversity  
What is the importance of biodiversity on the Earth? 

● There is no exact answer to this question, but experiments conducted 
by many ecologists have demonstrated that a system with greater 
biodiversity is more stable and has greater productivity. 
● In the long run, biodiversity is related with overall health of our 
ecosystem and survival of human race on the earth. 
● Characteristics of a stable community: 
○ It should not show much variation in productivity from year to 
year. 
○ It must be either resistant or resilient to occasional disturbances. 
 ○ It must be resistant to invasion by alien species. 

Loss of Biodiversity 

● Due to human activities, the natural wealth is getting lost rapidly. 
● The last 20 years have seen the loss of 27 species. 
● Some of the causes of this loss are: 
○ Habitat loss and fragmentation​
 − This is the major cause for 
loss of biodiversity. Habitat destruction is caused by human 
activities such as deforestation and increasing pollution, leading 
to the loss of many plants and animals. 
○ Over­exploitation​
 − Humans due to their greed and increased 
exploitation of natural resources have contributed to the 
endangerment of commercially important species of plants and 
animals. Example − Species such as Steller’s sea cow and 
passenger pigeon have been extinct due to over exploitation by 
humans. 
○ Alien­species invasion​
 − The unintentional or deliberate 
introduction of alien species causes the declination of the 
indigenous species. Example − Nile perch introduced in Lake 
Victoria led to the extinction of more than 200 species of cichlid 
fish in the lake. 
○ Co­extinction​
 − When a plant or animal becomes extinct, 
another plant or animal which is dependent on it in an obligatory 
way also becomes extinct. Example − In case of plant­pollinator 
mutualism, the extinction of one partner will eventually lead to 
the extinction of other also. 

Biodiversity Conservation  
● Biodiversity conservation is necessary because of the following 
reasons: 
○ Many commercially important products are obtained by nature 
such as food, fibre, wood, and countless industrial products. 
○ Certain activities and products cannot be accomplished without 
the help of nature such as production of oxygen and pollination. 
 ○ Intangible benefits such as aesthetic pleasure are derived from 
nature. 
○ Conserving the species we share our planet with and passing the 
rich legacy of biodiversity to our future generations is our ethical 
duty. 
● Biodiversity can be conserved by: 
○ In­situ conservation​
 ­ In order to conserve biodiversity better, 
some of the world’s biodiversity hotspots (with high degree of 
biodiversity and endemism) have been identified and are 
protected. In India, biosphere reserves, wildlife sanctuaries, and 
national parks are built for this purpose. 
○ Ex­situ conservation​
 ­ The threatened species of plants and 
animals are taken out of their habitats and are kept in special 
settings as in zoological parks, botanical gardens, and wildlife 
parks. 
Nowadays, the gametes of endangered species can be preserved 
viable by methods such as cryopreservation and can be fertilized 
in­vitro followed by propagation through tissue culture methods. 
Similarly, seeds can be preserved in seed banks. 

 
 Environmental Issues 
Pollution is the undesirable change brought about by chemical, particulate 
matter, or biological materials to air, water, or soil. 

Air Pollution 
● Air is a complex, dynamic natural entity, which is essential for 
supporting life on earth. 
● Air pollutant is a substance that causes harm to the humans and other 
living organisms. 
● Some of the common pollutants of air: 
○ Nitrogen dioxide 
○ Sulphur dioxide 
○ Carbon monoxide and carbon dioxide 
○ Volatile organic compounds 
○ Particulate matter 

Control of Air Pollution 

● Air pollution causes severe respiratory disorders in humans and other 
animals and also affects plants. It can be controlled by the following 
ways: 
○ Fitting smokestacks and smelters, with ​
filters​
 to separate 
pollutants from the harmless gases 
○ Particulate matter can be removed by using an ​
electrostatic 
precipitator​
. It contains electrode wires maintained at several 
thousand volts, which produce electrons. These electrons cling 
on to dust particles and give them a net negative charge and are 
attracted by collecting plates, which are grounded. The velocity 
of air passing through the plates should be low enough to allow 
the dust to fall. 
  
○ A ​
scrubber​
 can be used to remove gases such as SO​ wherein 
2​

the exhaust passes through a spray of water or lime. 

 
○ Vehicular pollution can be reduced by using less polluting fuels 
such as ​
CNG​
, which is more efficient and less costly as 
compared to petrol or diesel. In 2002, all the buses were 
switched to CNG in Delhi and this has indeed led to a fall in 
pollution levels in the city. 
○ Vehicles can be fitted with ​
catalytic converters ​
that have 
metals such as platinum, palladium, and rhodium as catalysts. 
These catalysts carry out the following conversions: 

Unburnt hydrocarbons ​
→​ CO​ and H​
2 ​ O 
2​

Carbon monoxide ​
→​ Carbon dioxide 

Nitric oxide ​
→​ Nitrogen gas 

Unleaded petrol​
 must be used with catalytic converters as presence of lead 
in the petrol inactivates the catalyst. 

Greenhouse Effect 

● It is a natural phenomenon that keeps the earth’s atmosphere warm. 
○ Without this phenomenon, the temperature of the earth would 
become too cold for living beings to survive. 
○ The greenhouse gases (CO​, methane, etc.) absorb the heat of 
2​

sun and the earth and emit it back to the earth’s surface. 
○ Thus, these gases prevent a part of heat rays from escaping into 
atmosphere. 
○ This cycle is repeated many times to maintain the earth’s 
temperature to an optimum 15ºC. 
● The concentration of these gases has increased due to increased 
industrialisation, leading to the heating up of the earth’s surface 
(global warming). 
● This has increased the overall temperature of the earth, resulting in 
changes in the earth’s climate. During the last century, the 
temperature of earth has increased by 0.6ºC. 
● This increase in temperature is ultimately believed to cause the 
melting of polar ice caps, rise in the sea level, and submerging of the 
coastal areas. 
● Greenhouse effect can be controlled by reducing the use of fossil fuels, 
which produce greenhouse gases on burning, afforestation, efficient 
energy usage, etc. 

Water Pollution 
● Water is very essential for the maintenance of life on earth. 
● Due to human activities, water bodies have become polluted all over 
the world. 
● Some of the common pollutants and their sources are: 
○ Domestic sewage​
 − It mainly contains organic matter, which is 
biodegradable. Microorganisms involved in their degradation 
consume a lot of oxygen and the BOD of the water body 
increases leading to the death of fishes and other aquatic life. 
 Sewage also contains many pathogenic microbes, which may 
cause the outbreak of many diseases such as typhoid, jaundice, 
etc. 
○ Industrial Effluents​
 − Industrial effluents contain inorganic 
toxic substances, which may undergo ​
biomagnification 
(increase in concentration of a toxin at successive trophic 
levels). The toxin gets accumulated in the body of an organism 
and is passed on to the next level. For example, DDT and other 
heavy metals such as mercury, cadmium, etc. 
○ Thermal wastewater discharge ​
− Heated water flowing out of 
the thermal power plants increase the temperature of the water 
body. It eliminates the cold water species and promotes the 
warm water species. In the long run, it causes damage to the 
indigenous biodiversity of the water body. 
● Eutrophication 
○ It is the ageing of a water body due to nutrient enrichment of its 
water. It can be natural or artificial. 
○ The natural process takes thousands of years, but due to human 
activities, this process has got accelerated (accelerated/cultural 
eutrophication). 
○ Release of nutrient rich sewage and industrial effluents lead to 
introduction of nutrients such as nitrogen and phosphorus and 
increase in temperature and BOD of the water body, causing 
increased biological activity, thereby leading to algal blooms. 
This results in the loss of indigenous flora and fauna. 
○ In some cases, large masses of floating plants (bog) develop, 
finally converting the water body into land. 

Control of Water Pollution 

● Raw sewage can be treated using biological and other means to 
remove the solid, suspended, and inorganic materials before it is 
released back into the environment. 
● Nitrogenous fertilizers can be denitrified using microbes, which can 
 convert nitrate and nitrite into gaseous nitrogen by a process called 
de­nitrification. 
● Integrated wastewater management​
 as practiced in Arcata, 
California­ In this approach, the water is first treated by conventional 
means such as filtration, sedimentation, and chlorine treatment, 
followed by bioremediation. (Marshes having appropriate plants, 
bacteria, fungi, and algae were seeded, which assimilate dangerous 
pollutants such as heavy metals) 

Solid Waste 
● Consists of all the unwanted undesired materials thrown into the 
dustbin 
● It may be composed of biodegradable or non­biodegradable wastes. 
● Open dumps used for disposing solid waste serves as breeding ground 
for rats and flies. Therefore, sanitary landfills are used as a substitute 
for these. 
● Biodegradable wastes can be either aerobically on anaerobically 
broken down using microbes. The non­biodegradable waste can be 
recycled, reused, or dumped in landfills. 
● Hospital wastes also contain hazardous materials, which have to be 
disposed properly. Hospital wastes are generally incinerated. 
● Irreparable computers and other electronic goods make up e­wastes, 
which are either dumped in land fills or are incinerated. E­waste can 
be recycled also to recover metals such as copper, iron, silicon, gold, 
etc. 
● To use the plastic waste in an efficient way, ​
polyblend​
, a fine powder 
of recycled modified plastic, has been developed. When polyblend is 
mixed with bitumen, it can be used to lay roads with greater water 
repellent capacity and greater life. 

Agrochemicals and Radioactive Wastes  
Agrochemicals 

● The increased use of pesticides, fertilizers for increasing the produce 
 has led to eutrophication and biomagnifications in water sources. 
● In order to check this, the concept of organic farming is increasingly 
becoming popular. In this technique, instead of using chemical 
fertilizers and pesticides, natural materials and techniques such as 
organic manure (cow dung manure), compost, biological pest control, 
and crop rotation are used. This leads to a balanced soil, which does 
not cause soil infertility, but causes the rejuvenation of the soil. 

Radioactive Wastes 

● Nuclear energy is a non­polluting energy except the threats posed by 
accidental leakage and difficult disposal of radioactive waste. 
● Radioactive substances cause severe damages such as mutations and 
cancer in lower doses and higher doses can be lethal. 
● Radioactive wastes should be suitably pre­treated in shielded 
containers buried under rock surfaces about 500 m under the earth’s 
surface. 

Improper Utilisation of Resources 

● Natural resources can get degraded by their improper use. 
○ Soil erosion and desertification​
 − Over­cultivation, 
overgrazing, deforestation, and poor irrigation techniques lead to 
soil erosion and desertification. 
○ Water logging and soil salinity ​
­ Lack of proper drainage 
leads to water logging, which affects the crops and also leads to 
increase in the salinity of the soil. 

Ozone Depletion and Deforestation  
Ozone Depletion 

● The ozone layer is found in the upper part of the stratosphere. 
● It protects the earth from the harmful UV rays of the Sun. High energy 
UV rays break the bonds within the molecules such as DNA and 
proteins. 
● Ozone is formed by the action of UV rays on oxygen molecule and its 
thickness is measured in ​
Dobson units (DU)​
. 
 ● The ozone layer is getting depleted by the action of 
chlorofluorocarbons ​
(CFCs) found in refrigerants and perfumes. 
● The CFCs are acted upon by UV rays in the stratosphere, liberating the 
Cl atoms, which act as catalysts to degrade ozone into molecular 
oxygen. 
● The ozone depletion is particularly greater in Antarctica, resulting in 
the formation of a large thinned ozone layer commonly known as 
ozone hole​
. 
● The UV rays of shorter wavelength cause skin cancers, mutations in 
the cellular DNA, snow­blindness, cataract, etc. 
● To check this ozone depletion, ​
Montreal Protocol​
 was passed in 1987 
to control the use of substances that cause ozone depletion. 

Deforestation 

● It is the unlimited cutting of trees and conversion of forests into 
cultivable land. 
● In the beginning of 20​  century, India had 30% of its area under 
th​

forests, which was reduced to just 19.4% by the end of 20​  century. 
th​

● Deforestation is a result of a number of human activities such as 
increased population and the demand for land. 
● Trees are cut for timber, fuel, and also for ​
Slash and burn 
agriculture​
, also called Jhum cultivation. In this, trees are cut and 
plant remains in the forest are burned since the ash acts as a fertilizer. 
● Some of the major effects of deforestation are the increase in 
carbon­dioxide levels, loss of habitat for wild animals, soil erosion, and 
consequent desertification. 
● Deforestation can be controlled by reforestation and afforestation. 
● In 1980s, the concept of ​
Joint Forest Management​
 was introduced 
by the government of India. In this, support of local communities was 
taken for conservation of forests and in return, the local people were 
free to use the products obtained from the forests.