1. Što je aminokiselina?

U kemijskom smislu, aminokiseline su molekule koje sadrže amino skupinu (-NH2) i

karboksilnu skupinu (-COOH). Njihova glavna biološka uloga je izgradnja bjelančevina, iako
postoje i aminokiseline koje ne ulaze u sastav bjelančevina, a nazivaju se neproteinske
aminokiseline.

Osim amino i karboksilne skupine, strukturu aminokiselina određuje i bočni lanci koji se
nazivaju i bočni ogranci (R). Na temelju njihovih svojstava aminokiseline dijelimo u 4 skupine:
polarne nenabijene aminokiseline, hidrofobne, polarne pozitivno nabijene i polarne
negativno nabijene aminokiseline.

Jedna od osnovnih podjela aminokiselina je i na desne i lijeve aminokiseline, a odnosi se na

položaj amino-grupe u odnosu na ostatak lanca.

Najvažnija kemijska reakcija aminokiselina je formiranje peptidne veze koja omogućava

povezivanje dviju aminokiselina i stvaranje lanca aminokiselina (peptidi i proteini). Peptidna
veza je veza između karboksilne grupe jedne aminokiseline i amino grupe druge
aminokiseline u kojoj se atom ugljika veže za atom dušika uz oslobađanje molekula vode.

Aminokiseline još dijelimo na esencijalne i neesencijalne.

Esencijalne su one koje naš organizam ne može sam sintetizirati, a neophodne su za

organizam. Unosimo ih kroz hranu. To su: Arginin (njega možemo čak sintetizirati dok smo
bebe, a kasnije gubimo tu moć), Histidin, Leucin, Izoleucin, Lizin, Metionin, Fenilalanin,
Treonin, Triptofan, Valin.

Neesencijalne aminokiseline su one koje u tijelu nastaju biokemijskim pretvorbama. To su:

Alanin, Asparagin, Asparaginska kiselina, Cistein, Glutaminska kiselina, Glutamin, Glicin,
Prolin, Serin, Tirozin.

2. Što je stanica?

Stanica je osnovna strukturna i funkcionalna jedinica svih poznatih organizama. Često se

naziva i "građevnom jedinicom života". Postoje jednostanični organizmi (npr. bakterije)
i višestanični organizmi .

Dijele se na eukariotske i prokariotske.

Prokariotska stanica je jednostavne građe te ima staničnu stijenku i membranu, ali

nema staničnu jezgru i organele, osim ribosoma .
Prokariotske stanice su stanice kod kojih DNA molekula nije obavijena membranom, te
stanice nemaju jezgre. DNA je kružna molekula. Mogu vršiti proces sinteze i oksidativne
fosforelacije, ali se ti procesi umjesto u mitohondriju odvijaju na staničnoj membrani. U ovu
skupinu organizama pripadaju bakterije i Archaea. Zatvorena DNK  se zove nukleoid.

Eukariotska stanica je stanica kod kojih je nasljedni materijal (DNA) smješten u jezgri
obavijenoj jezgrinom membranom. Jezgra ima vanjsku i unutarnju membranu, linearna DNA
u obliku kromosoma. U eukariotskoj stanici razvile su se i brojne stanične organele kojih
nema kod prokariotskih organizama, među kojima su: endoplazmatiski retikulum, Golgijev
aparat, lizosomi, mitohondriji i plastidi. Eukariotske stanice su većinom puno veće od onih
od stanica prokariota.  Eukariotska DNK je podijeljena u nekoliko kromosoma.

3. Organeli?

To su posebni dijelovi stanice koji imaju svoju membranu i izvršavaju odgovarajuće funkcije.
Od citoplazme najčešće odijeljen membranom. To su: stanična jezgra, ribosom, golgijevo
tijelo, mitohondrij, jezgriza.

Stanična jezgra nosi staničnu genetsku uputu koja određuje razvoj organizma. Okružena je

dvjema membranama (jezgrinom ovojnicom), sastavljena od bjelančevina i dvaju
slojeva lipida. Ona sadrži brojne rupice (jezgrine pore), koje propuštaju određene tvari iz
jezgre i u jezgru. Jezgra sadrži jezgricu u kojoj se formiraju dijelovi ribosoma koji odvojeno
izlaze u citoplazmu gdje se spajaju u ribosom.

Mitohondrij je stanična organela eukariotskih stanica koja služi kao izvor stanične energije.

Sastoje se od matriksa, vanjske i unutarnje membrane. Unutarnja membrana je naborana,
kako bi se povećala površina za sintezu ATP-a. Vanjska membrana obavija mitohondrijski
matriks, a u njemu se nalaze različiti enzimi, ribosomska RNA i prstenasta molekula DNA.
Cilindrične su strukture.

Ribosom je stanična struktura, jer oni nisu organeli jer nemaju membranu. Njihova glavna
uloga je sinteza proteina. Građeni su od rRNA, proteina, a sastoje se od velike i male
podjedinice RNA. Aktivni samo kad se vežu za mRNA i grade poliribosome.

Golgijevo tijelo (ili Golgijev aparat) pohranjuje, pakira i distribuira proteine i lipide. Najčešće

se nalazi u blizini jezgre.

4. Mitoza i mejoza
Mitoza je dioba tjelesnih stanica. Ima 4 faze. Prilikom nje dolazi do udvostručenja broja
kromosoma, npr. ako je broj kromosoma kod čovjeka 46, onda u tom procesu dobivamo 92
kromosoma, a nakon toga dolazi do dijeljenja stanice, tj. ona se podijeli u nove 2 stanice od
kojih svaka ima po 46 kromosoma.

Mejoza je dijeljenje spolnih stanica. I u toj mejozi isto prvo dolazi do udvostručenja broja
kromosoma (dobivamo 92 kromosoma), tj. stanica je prvo sintetizirala 46 novih kromosoma.
Nakon toga se podijeli u 4 nove stanice (spolne stanice) od kojih će svaka imati po 23
kromosoma, jer su to spolne stanice koje služe za razmnožavanje i dolazi do spajanja muških
sa ženskim spolnim stanicama.

5. Što je ATP?

Molekula koja se naziva energetskom valutom, jer se njezinom hidrolizom oslobađa energija,
koja pokreće druge procese u stanici. ATP je građen od dušične baze adenina, trifosfata.
Sintetizira se u mitohondrijima, u procesu oksidacijske fosforelacije.

6. Peptidna veza?

To je amidna veza koja nastaje između amino skupine jedne aminokiseline i karboksilne
skupine druge aminokiseline. Tako se povezuju aminokiseline u proteinima.

7. Vrste raspodjela (razdioba)?

Raspodjele se dijele na diskretne i kontinuirane. U diskretne spadaju: binomna,

Poissonova, geometrijska i multinomna (Boltzmanova) raspodjela. U kontinuirane
spadaju: neprekidna, eksponencijalna i normalna (Gaussova) raspodjela.

8. Što je molekula DNA?

Molekula DNA je dvolančana polimerna molekula građena od nukleotida kao

monomernih jedinica. Svaki nukleotid je građen od baze, šećera deosiriboze i fosfatne
skupine. Nukleotidi se međusobno vežu kovalentnim tj. fosfodiesterskim vezama. U
molekuli DNA postoje 4 glavne vrste baze: adenin, gvanin, timin i citozin. Baze imaju
prstenastu strukturu, a mogu biti građene od jednog ili dva prstena. Ako su građene od
jednog prstena, onda se radi o pirimidinskim bazama, a to su timin i citozin. Od dva
prstena su građeni adenin i gvanin, a to su purinske baze.
Molekula DNA ima oblik dvolančane uzvojnice pri čemu se u unutrašnjosti nalaze baze,
a šećeri i fosfatne skupine čine okosnicu na vanjskoj strani molekule. Baze se povezuju
vodikovim vezama, tj. purinska baza s pirimidinskom. Tada se adenin povezuje s
timinom s dvjema vodikovim vezama, a gvanin s citozinom s tri vodikove veze. Za
nastajanje vodikovih veza odgovorni su atomi kisika i dišika koji na sebi imaju slobodne
elektronske parove koji privlače atome vodika sa susjedne baze.

9. Koje su veze jače?

Jače su kovalentne veze, jer su vodikove veze elektrostatske prirode i mogu se pucati pri
replikaciji DNA.

10. Kako se udvostručuje DNA?

DNA se udvostručuje replikacijom i ta se replikacija naziva semikonzervativna. To znači

da će svaka nova dvolančana molekula biti građena od jednog roditeljskog lanca DNA i
novosintetiziranog lanca. U toj replikaciji sudjeluju enzimi. Da bi uopće počela replikacija,
potrebno je prvo odmotat dvolančanu uzvojnicu, a to rade emnzimi topoizomeraza i
helikaza. Na osnovu tog jednog odvojenog lanca se sinetizira novi lanac
komplementarnim sparivanjem. Prilikom te sinteze jedan lanac će biti vodeći lanac, a
drugi lanac će biti tromi lanac. Sinteza vodećeg lanca je kontinuirana, a tromog nije
kontinuirana. Replikaciju radi enzim DNA polimeraza.

11. Koja je razlika između DNA i proteina?

DNA kao podjedinice sadrži nukleotide, a proteini sadrže aminokiseline. NUkleotidi se

povezuju fosfodiesterskim vezama, a aminokiseline peptidnim vezama. Proteini se
smataju u prostoru i tako zauzimaju sekundarnu, tercijalnu i kvaternu strukturu, dok je
DNA linearna molekula. DNA se nalazi u jezgri, a proteini, tj. aminokiseline svugdje u
stanici. Uloga DNA je da služi kao zapis za sintezu proteina, dok proteini imaju različite
uloge, npr. imaju ulogu katalizatora, strukturnu ulogu ( u izgradnju citoskeleta) i imaju
ulogu transportera koji omogućavaju prijenos tvari preko stanične membrane.

12. Što su proteini?

Proteini su biološki polimeri sastavljeni od monomernih jedinica koje se nazivaju

aminokiseline. Aminokiseline su građene od atoma vodika, R bočnog ogranka, amino i
karboksilnog kraja. Proteini imaju 4 razine strukture: primarnu, sekundarnu, tercijalnu i
kvaternu strukturu. Vodikove veze imaju važnu ulogu za oblikovanje tih struktura. U
potpunosti su odgovorne za sekundarnu strukturu proteina. Tu se ubrajaju
α −uzvojnica i β−nabrana ploča.
Kod -uzvojnice CO skupina svake aminokiseline tvori vodikov most s skupinom NH
četvrte aminokiseline po redu.

- nabrana ploča građena je od peptidnih lanaca koji se međusobno povezuju vodikovim

vezama. Ona nastaje elektrostatskim privlačenjem karbonilnog ugljika (CO) i dušika (N)
iz amino skupine (NH).

α −uzvojnica i β−nabrana ploča predstavljaju najstabilnije konformacije unutar

polipeptidnog lanca.

Osim za formiranje sekundarne strukture proteina vodikove veze su važne i za oblikovanje

tercijarne i kvaterne strukture. U stvaranju ovih struktura glavnu ulogu imaju bočni ogranci
(R).

Između takvih bočnih ogranaka aminokiselina dolazi do raznih interakcija kao što su ionske,
hidrofobne, van der Waalsove interakcije te vodikove veze. One se formiraju između polarnih
i nabijenih aminokiselinskih bočnih ogranaka.

Prema tome vodikove veze su uz ostale interakcije ključne za formiranje sekundarne,

tercijarne i kvaterne strukture odnosno za smatanje proteina. Smatanje daje proteinu njegov
oblik, ali je isto tako i ključno za njegovu biološku funkciju.

Prvi zakon termodinamike

Matematički oblik prvog zakona termodinamike potječe od H. Helmholtza (1874. godine).

Prvi zakon termodinamike tvrdi da je toplina, Q, oblik energije i da je u termodinamičkim
procesima energija sačuvana: toplina dovedena sustavu može se utrošiti na promjenu
unutrašnje energije sustava, ∆U, ili se može iskoristiti tako da sustav obavi određeni rad, A.

Q = ∆U + A

Rad je pozitivan ako ga sustav obavlja nad okolinom, a negativan ako okolina (vanjske sile)
obavljaju rad nad sustavom. Unutrašnje energija je po svom značenju funkcija stanja sustava:
svakoj konfiguraciji čestica termodinamičkog sustava se jednoznačno pridružuje određena
energija (translacijsko gibanje, vrtnja, titranje, elektronska ili nuklearna pobuđenja, ...).
S matematičkog stanovišta to znači da je ona potpuni diferencijal.

∫ dU=∆U =U ( k ) −U ( p) → ∮ dU=0
p
Za razliku od unutrašnje energije, nikakva toplina niti rad nisu pohranjeni u česticama sustava
i zato te dvije veličine nisu funkcije stanja, nego funkcije procesa, a s matematičkog
stanovišta, te veličine, iako mogu biti infinitezimalne, nisu diferencijali nekih funkcija. Uz
ova opažanja, diferencijalni oblik prvog zakona termodinamike glasi:

d'Q = dU + d' A

Primjetimo iz gornjeg izraza da iako ni d'Q ni d'A nisu pravi diferencijali, njihova razlika
jeste.

dU =d'Q − d' A

Adijabatskim procesima se nazivaju oni procesi u kojima sustav ne izmjenjuje toplinu s

okolinom, tj. d'Q ≡ 0. Za ove procese, prvi postulat glasi dU +d'W = 0.

Drugi zakon termodinamike

Pojam entropije (S) prvi je uveo Clausius 1865. godine nazvavši je prema grčkoj riječi za
transformaciju. Clausius je tu teorijsku veličinu definirao kao omjer male količine dodane
topline i temperature na kojoj se dodaje toplina.

∮d ' Q
=0
T

Za idealne, reverzibilne procese, u kojima termodinamički sustav prolazi kroz niz ravnotežnih
stanja, promjenu entropije možemo prikazati drugim stavkom termodinamike:

'
dQ
dS=
T

Entropija je uvedena kao funkcija stanja i takva je pravi totalni diferencijal. Reverzibilan
proces koji prevodi početno u konačno stanje, rezultirat će razlikom entropije.

∫ d' Q
p
=S ( k )−S ( p)
T

Promotrimo sada zatvoreni (kružni) proces koji se odvija između stanja A i stanja B. Karakter
procesa A → B ne specificiramo, a za proces B → A znamo da je reverzibilan.

B A B

∫d Q ∫ ' '
dQ
→
B 'Q ∫ dQ
'

A
T
+
B .rev .
T
≤0 ∫ dT ≤ A .rev .
T
=S ( B )−S( A)
A

Neka su A i B diferencijalno bliska stanja, tako da je S(B)−S(A) = dS. Tada gornji rezultat
prikazivamo kao:

d' Q
dS ≥
T

Nejednakost vrijedi ako je proces A → B ireverzibilan, a jednakost, ako je reverzibilan. Kod

adijabatskih procesa, kada nema izmjene topline s okolinom, d'Q = 0, gornja relacija kaže da
je:

d'Q = 0 dS ≥ 0

U fizikalnom razumijevanju, kako atmosferskih, tako i drugih prirodnih događaja, dominiraju

ireverzibilni procesi, koji se odvijaju unaprijed u vremenu od definirane prošlosti prema
nepoznatoj budućnosti. Ti procesi su spontani, te prevode sustav iz neravnotežnog prema
ravnotežnom stanju.
Prirodnim procesima se sustav ne može vratiti iz ravnotežnog u neravnotežno stanje – stoga
prirodni procesi i jesu ireverzibilni.

3.3. Treći zakon termodinamike

Ovaj je zakon postavio W. Nernst 1905q. godine: entropija svakog sustava opada sniženjem
temperature i u limesu apsolutne nule teži prema konačnoj vrijednosti.

S=k B InB

Gdje je B broj mikroskopskih konfiguracija sustava koje sve vode na isto makroskopsko
stanje (iste vrijednosti tlaka, volumena, magnetizacije, ...).

Omjer ovog broja i ukupnog broja svih raspoloživih konfiguracija, daje vjerojatnost
makroskopskog stanja sustava. Zakon porasta entropije izoliranog sustava pokazuje da sustav
prelazi u najvjerovatnije stanje.
Da bi entropija imala minimum na aposlutnoj nuli potrebno da je toplinski kapacitet ima ovu
vrijednost:

lim ⁡C ( T )=0
T→0

Uvijeti stabilnosti termodinamičkog stanja

Termodinamički procesi su jednosmjerni. Smjer termodinamičkih se određiva pomoću
karakterističnih funkcija. Da bi se odredilo u kojem smjeru se mijenja termodinamički
parametri pri prelazu sustava u ravnotežno stanje. Neka funkcija stanja ima vrijednost f1 na
početku, a f2 na kraju procesa, tada je važno znati da se ons u procesu povećala, smanjila ili
ostala konastanta. Ustanovimo li npr. Da je u konačnomm stanju f manje nego u početnom
stanju:
f2<f1

dobivamo uvjet za dozvoljene termodinamičke prijelaze. Taj uvjet koristimo proučavanju

faznih prijelaza. Naprimjer, u određenim termodinamičkim uvjetima mijenja se agregatno
stanje sustava.

Formula prvog zakona teromdinamike: d'Q = dU + d' A

'
dQ
Formula drugog zakona termodinamike: dS ≥
T

Izraz jednakosti vrijedi za reverzabilne, a izraz nejednakosti vrijedi za ireverzabilne.

Kombiniranje ova dva zakona dobije se osnovna relacija termodinamike: Tds ≥ dU + PdV

Polazeći od osnovne termodinamičke relacije promatrati ćemo termodinamičke procese u

kojima su pojedine funkcije stanja konstante.