Bioteknologi A

Studentereksamen

Gammel ordning

Af opgaverne 1 og 2 skal begge opgaver besvares.

Af opgaverne 3 og 4 skal en og kun en af opgaverne

besvares.

Onsdag den 14. august 2019

gl-frs192-BTK/A-14082019 kl. 9.00 - 14.00
Opgave 1 Makroalger som ressource
Brune makroalger er meget udbredte i
verdenshavene, se figur 1.1.
De har en stor biomasse og et stort
vækstpotentiale. Derfor er de en mulig
ressource i den bioteknologiske industri,
for eksempel til produktion af bioethanol
og tilsætningsstoffer til fødevarer.
Makroalgerne indeholder store mængder
polysaccharider, men i modsætning til
landlevende primærproducenter inde-
holder de ikke det svært nedbrydelige
Shutterstock
stof lignin i deres cellevægge.
Figur 1.1. Brun makroalge.

Det hyppigst forekommende polysaccharid i brune makroalger er alginat, se figur 1.2.

Figur 1.2. Polysaccharidet alginat.

1. Beskriv den kemiske opbygning af alginat, vist i figur 1.2.

Alginat skal nedbrydes til monosaccharider, hvis det skal udnyttes til produktion af bioethanol.
Forskere har fundet en marin bakterie, som indeholder enzymet alginat lyase, der nedbryder alginat.
Bakterien egner sig dog ikke til industriel brug. De har derfor ved hjælp af rekombinant DNA-
teknik indsat genet for alginat lyase fra den marine bakterie i en laboratoriestamme af E. coli.
Enzymaktiviteten for alginat lyase fra E. coli ved forskellige temperaturer og forskellige pH-
værdier er vist i figur 1.3.

2
 Relativ aktivitet (%) 100 100

80 80

Relativ aktivitet (%)

60 60

40 40

20 20

0 0
0 10 20 30 40 50 2 4 6 8 10 12
Temperatur (°C) pH

Figur 1.3. Den relative aktivitet af enzymet alginat lyase fra E. coli som funktion af temperatur og pH.

2. Analysér resultaterne vist i figur 1.3, og vurder hvilke udfordringer, der kan være ved at
anvende alginat lyase i industriel sammenhæng.

For at oprense alginat lyase har man anvendt søjlekromatografi. Ved metoden anvendes en søjle
med et materiale, der indeholder Ni2+. Denne søjle er særlig velegnet til at oprense proteiner, der
ligesom alginat lyase i deres N- eller C-terminal indeholder mindst seks sidekæder af aminosyren
histidin. Oprensningen foregår ved, at et ekstrakt fra bakterien påføres søjlen i en opløsning med pH
9, hvorved sidekæder af histidin fra alginat lyase bindes til søjlen. Derefter påføres søjlen en stærk
syre. Når pH er faldet til 4, vil alginat lyase elueres1 fra søjlen og kan hermed opsamles.
Den kemiske struktur af et udsnit af N- eller C-terminalen af et histidinrigt protein ved pH 9 og pH
4 er vist i figur 1.4.

Figur 1.4. Udsnit af N- eller C-terminalen af et histidinrigt protein ved pH 9 og pH 4.

3. Forklar, hvorfor det er muligt at eluere alginat lyase fra søjlen, når pH er faldet til 4. Inddrag
figur 1.4.

1
Eluere betyder at et stof frigøres og udvaskes fra en søjle.

3
Enzymet alginat lyase har vist sig at være et protein med en molekylevægt på 39,14 kDa2.
Resultaterne af oprensningen blev analyseret ved hjælp af SDS-gelelektroforese, se figur 1.5. Ved
SDS-gelelektroforese behandles proteiner med det sæbelignende stof SDS, der medfører at de
denaturerer og får en regelmæssig negativ ladning.

kDa 1 2 3
116,0
66,2

45,0

35,0

25,0

18,4

© MarkR Grafik

Figur 1.5. Resultat af oprensning af alginat lyase. Bane 1: Størrelsesmarkør. Bane 2: Råekstrakt fra lyserede celler.
Bane 3: Ekstrakt efter søjlekromatografi.

4. Analysér resultaterne vist i figur 1.5, og forklar hvorfor SDS-gelelektroforese er en velegnet

metode til at undersøge, om oprensningen er lykkedes.

5. Diskuter fordele og ulemper ved at anvende marine makroalger som ressource til
fremstilling af f.eks. bioethanol.

2
1 kDa svarer til en molarmasse på 1000 g/mol.

4
Opgave 2 Plectasin – et antimikrobielt peptid
Visse sygdomsfremkaldende bakterier har udviklet resistens mod mange forskellige typer
antibiotika, og de kan derfor være svære at bekæmpe.
Såkaldte antimikrobielle peptider kan være en mulig løsning på problemet, da de angriber
bakterierne anderledes end normale antibiotika. Plectasin er et antimikrobielt peptid, der består af
40 aminosyrer, se figur 2.1a og b.
a) b)

Gly Phe Gly Cys Asn Gly Pro Trp Asp Glu
1 5 10

Asp Asp Met Gln Cys His Asn His Cys Lys
11 15 20

Ser Ile Lys Gly Tyr Lys Gly Gly Tyr Cys
21 25 30

Ala Lys Gly Gly Phe Val Cys Lys Cys Tyr
31 35 40

Figur 2.1. Plectasin. a) Primærstruktur. b) Sekundær og tertiær struktur. Aminosyrernes farver er anført efter hvor
hydrofobe eller hydrofile, de er. Røde aminosyrer er mest hydrofobe, og blå er mest hydrofile. Gul farve illustrerer
disulfidbindinger.

1. Beskriv primær-, sekundær- og tertiærstrukturen af plectasin. Inddrag figur 2.1.

Disulfidbindingerne i plectasin dannes ved reaktion mellem sidekæderne af to cysteinmolekyler, se

figur 2.2.

Figur 2.2. Dannelse af disulfidbinding ved reaktion mellem to sidekæder fra cysteinmolekyler (angivet som R-SH).

2. Argumentér for, at svovl oxideres i reaktionen, vist i figur 2.2.

5
De fleste antimikrobielle peptider virker ved at ødelægge cellemembranen. Her adskiller plectasin
sig ved fortrinsvis at forhindre dannelse af cellevæggen.

3. Giv forslag til, hvorfor det er en fordel, at plectasin fortrinsvist virker på cellevægge.

Forskere har fundet frem til en model for, hvordan plectasin binder sig til cellevæggen, se figur 2.3.

Plectasin

His 18

+
N-terminal
-
+
R3
Gly 3 R2
Phe 2
R4 Cys 4 R1

Cellevæg

Figur 2.3. Binding af plectasin til cellevæg. Cellevæggen er blå og plectasin er grøn.
Farvekoder for atomer: N - mørkeblå, O - rød, H - hvid og P - gul.
Tal angiver aminosyrernes placering i plectasins primærstruktur.

4. Forklar, hvilke typer bindinger der dannes, når plectasin bindes til cellevæggen ifølge
modellen, vist i figur 2.3.

6
Plectasin stammer oprindeligt fra en svamp, men kan fremstilles i forskellige varianter, hvor nogle
af aminosyrerne er ændrede. Man har bl.a. fremstillet en variant af plectasin, som kaldes NZ2114.
Effekten af NZ2114 på hæmning af væksten af en række multiresistente bakterier blev undersøgt og
sammenlignet med det oprindelige plectasin, samt med et almindeligt antibiotikum (vancomycin),
se figur 2.4.

Multiresistent Vancomycin Plectasin Plectasin NZ2114

bakteriestamme MHK, mg/L MHK, mg/L MHK, mg/L
MRSA 1 32 1
MSSA 1 0,5 8 1
MSSA 2 0,5 1 0,5
VRSA > 64 16 2
Figur 2.4. Antimikrobiel aktivitet af plectasin mod forskellige multiresistente bakterier. MHK står for ’mindste
hæmmende koncentration’.

5. Analysér resultaterne, vist i figur 2.4, og vurder effekten af de to typer plectasin.

7
Opgave 3 Quinoa
Quinoa er en plante, der vokser naturligt i
Andesbjergene i Sydamerika, se figur 3.1.

Quinoa har en høj næringsværdi, da den både

indeholder essentielle aminosyrer og fedtsyrer.

Quinoa indeholder dog også saponiner, der er

en gruppe stoffer, som er bitre og giftige i for
store mængder. Quinoa skal derfor vaskes
grundigt før indtagelse.
Shutterstock
Figur 3.1. Quinoaplanter.

Et eksempel på et saponin er solanin, se figur 3.2.

Figur 3.2. Kemisk struktur af solanin. Molarmasse 868,06 g/mol.

1. Giv forslag til, hvorfor solanin kan vaskes ud af quinoa med vand. Inddrag figur 3.2.

Undersøgelser af quinoas indhold af saponiner er foretaget ved at vaske 100 g quinoa i 1,00 L vand.
Koncentrationen af saponiner i vaskevandet blev bestemt til 0,00109 M.
Forsøg på mus viser, at saponiner har en LD50 på 200 mg/kg. LD50 angiver den dosis af et stof,
som vil slå halvdelen af de testede individer i et forsøg ihjel.

2. Beregn, hvor meget uvasket quinoa en person på 60 kg maksimalt kan indtage, for at det
svarer til 200 mg saponin pr. kg. Antag at alt saponin udgøres af solanin, og at alt optages i
kroppen. Svaret skal angives i kg.

8
Forskere arbejder på at udvikle quinoaplanter med lavere indhold af saponiner og har fundet et gen,
som medvirker til quinoas produktion af saponiner. Genet ønskes enten ændret eller ødelagt ved
hjælp af metoden CRISPR for på den måde at få planterne til at producere færre saponiner. I
CRISPR anvendes et særligt restriktionsenzym Cas, der er bundet til et stykke RNA med en kendt
sekvens. RNA-stykket kan variere alt efter hvilke gener, man vil ændre, se figur 3.3.

RNA-streng

Gen, der ønskes ændret eller ødelagt

a) b)
Cas-enzym © MarkR Grafik

Figur 3.3. CRISPR. a) Cas-enzym og gen, der ønskes ændret eller ødelagt. b) RNA-streng i Cas-enzym baseparrer med
DNA, og Cas-enzymet klipper i genet.

3. Forklar, hvordan CRISPR kan anvendes til at ændre på quinoas produktion af saponin.
Inddrag figur 3.3.

Quinoa kan både vokse på tørre jorde, og hvor saltindholdet er relativt højt. Det er endnu ikke
klarlagt, hvordan quinoa er tilpasset høje saltkoncentrationer, men salttolerante planter kan f.eks.
være tilpasset jord med høj saltholdighed ved at have en høj indre saltkoncentration i cellerne.

4. Forklar, hvordan en høj indre saltkoncentration i cellen kan være en fordel for planter, der
vokser i saltholdig jord.

5. Diskuter sundhedsmæssige og dyrkningsmæssige fordele og ulemper ved at dyrke

genmodificeret quinoa.

9
Opgave 4 Hørfrø
Hørfrø indeholder olier og fibre, der er gavnlige for
menneskets fordøjelse og ernæring. Hørfrø indeholder blandt
andet store mængder α-linolensyre, som er en polyumættet
fedtsyre, se figur 4.1.

Colourbox

a) b)
Figur 4.1. a) Den kemiske struktur af α-linolensyre. Molarmassen er 278,43 g/mol. b) Hørfrø.

1. Angiv hvilken type isomeri, der er i α-linolensyre. Begrund dit svar.

I hørfrø udgør α-linolensyre 57 % af fedtindholdet. Det samlede fedtindhold i hørfrø er ca. 31 %.

2. Beregn stofmængden af α-linolensyre i 100 g hørfrø.

Den polyumættede α-linolensyre er en essentiel fedtsyre, der i cellerne kan omdannes til
docosahexaensyre. Denne syre indeholder 22 carbonatomer og har seks dobbeltbindinger.
Docosahexaensyre er en vigtig fedtsyre i phospholipiderne i sædceller, hjerne og øjets nethinde, se
figur 4.2.

Figur 4.2. Kemisk struktur af docosahexaensyre.

Omdannelsen af α-linolensyre til docosahexaensyre sker over flere reaktionstrin, hvoraf nogle trin
forlænger fedtsyren, mens andre trin øger graden af umættethed. Figur 4.3 viser, hvordan en
fedtsyrekæde kan forlænges.

10
Figur 4.3. Forlængelse af carbonkæden i α-linolensyre.

3. Redegør for coenzymernes rolle i forbindelse med reaktionen vist i figur 4.3.

Hørfrø er en god kilde til kostfibre, idet frøene indeholder ca. 28 g fibre/100 g. Ca. 25 % af disse er
opløselige fibre. Samtidig er indholdet af fedt stort i hørfrø, og derfor er man i tvivl om, det er
hensigtsmæssigt at tilsætte frøene til f.eks. brød.

For at undersøge dette designede man et forsøg, hvor man lod 13 sunde og raske mænd i 20-års
alderen spise en standardkost i 7 dage, som fulgte de officielle kostråd, suppleret med 300 g
fuldkornsrugbrød tilsat 6,2 g hørfrø/100 g. Derefter undersøgte man mændenes udskillelse og
optagelse af fedt og energi. Man gentog forsøget med fuldkornsrugbrød uden hørfrø i 7 dage efter.
Resultaterne er vist i figur 4.4.

Fæces Fedt Energi Fordøjet Fordøjet Andel Andel

tørvægt udskilt udskilt fedt energi fordøjet fordøjet
via fæces via fæces fedt energi

g/dag g/dag MJ/dag g/dag MJ/dag % %

Standardkost +
fuldkornsrugbrød 84,0 22,2 1,9 88,8 13,1 80,0 87,3
med hørfrø
Standardkost +
fuldkornsrugbrød 62,0 8,6 1,2 95,4 13,4 91,7 91,7
uden hørfrø
Figur 4.4. Resultater fra udskillelse og optagelse af fedt og energi ved indtagelse af standardkost + 300 g
fuldkornsrugbrød med eller uden hørfrø. Fæces betyder afføring.

4. Analysér resultaterne vist i figur 4.4, og vurdér hørfrøs betydning for optagelsen af fedt fra
kosten.

5. Diskutér forsøgsdesignet, og vurdér fejlkilder af betydning for de opnåede resultater.

11
Figurliste

Opgave 1
Figur 1.1: Shutterstock.com
Figur 1.2, 1.3 og 1.4: Dorte Ankerfelt
Figur 1.5: MarkR grafik/Hans Marker

Opgave 2
Figur 2.1 og 2.3: Dorte Ankerfelt
Figur 2.2: Hanne Wolff
Figur 2.4: Kristine Rask Raae

Opgave 3
Figur 3.1: Shutterstock.com
Figur 3.2: Hanne Wolff
Figur 3.3: MarkR grafik/Hans Marker

Opgave 4
Figur 4.1b: Colourbox
Figur 4.1a, 4,2 og 4.3: Dorte Ankerfelt
Figur 4.4: Kristine Rask Raae

13