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M119 分生共筆 5
1. -
Ch25-1 DNA Replication 2. -
3. The Replication Fork 後半段
備註 如果想複製學長的共筆,那也複製的有誠意一點,不要直接截圖^^
25-1.3 The Replication Fork 後半段
作者:巴崇生
延長作用
ppt,39~40
一、 DNA 合成發生在領先股(Leading Strand)以及延遲股(Lagging Strand)
二、 β clamp 的釋放與結合
1
岡崎片段合成後的轉換
ppt,41
一、 岡崎片段一旦合成完成後,RNA 引子酶會
被 DNA 聚合酶 I 所移除
二、 利用 DNA 聚合酶 I 促進新的 DNA 併入
三、 留下的缺口則由 DNA 接合酶(DNA ligase)
負責封閉
DNA 接合酶反應的機轉
ppt,42
+
一、 5’-PO4 被 AMP(從 ATP 或 NAD )的連接所活
化
二、 3’-OH 親核攻擊磷酸鹽,取代 AMP
複製的第三部分:終止 Termination
ppt,42~45
一、 在大腸桿菌的染色體上,兩個複製叉會在一段有 20bp 的序列中,稱為 Ter 的末端區域相遇
(Ter 代表 terminus 的末端)
1. Ter 在染色體有兩群相反排列的序列
2. 這個 Ter 序列的染色體上的排列產生一種複製叉只能進不能出的陷阱
3. 複製叉一旦遇上就不能離開,並作為 Tus 蛋白的結合位,使複製叉停止
二、 Ter 是蛋白質 Tus(Terminus Utilization Sequence)的結合位點
1. 當複製叉遭遇到一具功能的 Tus-Ter 複體時,它會停下來
三、 DNA 複製,形成兩個拓蹼連接(topologically interlinked)的環狀染色體,又可稱為分子環鏈
(catenanes)
四、 E.coli 的分子環鏈的分離需要拓蹼異構酶 IV(topoisomerase IV, a type II topoisomerase)
五、 在大腸桿菌內,染色體的終止作用
2
1. 這張圖表現了 DNA topoisomerase IV 在 E.
coli.染色體複製的終止階段分離鏈結
(catenated)的染色體時,扮演重要的角色
真核生物複製的過程比細菌複雜
ppt,46~47
一、 真核生物的複製十分緩慢:真核生物的複製速度: 50 nucleotides/sec;速度為 E.coli.的二十分之
一
1. 每 30~300kbp 有一個起始點,不需像細菌必須快速繁殖以適應多變的環境
二、 酵母菌有多達 400 個起始點,是很明確的起始點,此起始點稱為自動複製序列(Autonomously
Replicating Sequences, ARS)或複製體(replicators)
2. Replicator 的構造
三、 整個 genome 一個週期僅複製 1 次
1. 由 Cyclin proteins 週期素和 Cyclin-Dependent Kinases (CDKs)的調控
2. Cyclin 在 M phase 的末期,會和泛素(ubiquitin)結合(ubiquinated),然後被蛋白水解酶破壞
3
前複製複合物的聚集在真核生物複製起始點
ppt,48
二、 DNA 聚合酶 δ
1. 主要用來同時合成領先股(leadingstrand)與延遲股(lagging strand)
2. 此酶會被 proliferating cell nuclear antigen (PCNA,功能相當於 β clamp 的三體)活化
(1) PCNA:常在增殖細胞的細胞核內發現,名為增殖細胞核抗原(proliferating cell nuclear
antigen,分子量 29,000),其功能和 β 次單元類似,會形成一個環狀的 clamp,有效協助聚
合酶作用
3. 和細菌的 DNA Pol III 比較,DNA 聚合酶 δ 具有 3’端到 5’端的外切酶校對功能
三、 DNA 聚合酶 ε
1. 在某些情況下,用來修復 DNA
2. DNA 聚合酶 ε 也可能作用在複製叉上,其功能類似細菌 DNA 聚合酶 I,會移除岡崎片段的引
子
3. 在真核生物線狀染色體的複製終止階段,會有端粒(telomeres)合成在染色體末端
4
HSV 的 DNA 聚合酶被無環鳥糞核苷 Acyclovir 抑制
ppt,50
DNA 損傷和突變
ppt,3
一、 化學、物理因素皆會造成 DNA 傷害
1. 主要以未受損的一股做模板股
2. 若有少數錯誤未被修正,則會產生突變,並在複製後,新的 DNA 序列也會帶有錯誤的序列(突
變)
二、 病變(lesion)=DNA 損傷
三、 若病變未修復,則會變成突變(序列永久改變)
1. point mutation
2. deletion:易發生
3. addition
4. silent mutation:對基因功能無影響
四、 對於真核生物,突變累積與癌症有正相關,大多數致癌因子即為突變因子
五、 基於基因修復,每天有數千個病變,但是只有 1/1000 成為突變
六、 人類基因組中有超過 130 種修復蛋白的基因
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DNA 損傷之種類
ppt,4
一、 Mismatch:複製時配對錯誤的核甘酸
二、 Abnormal base
1. deamination(C→U)
2. 鹼基甲基化
3. 自由基攻擊
三、 Pyrimidine dimer:DNA 受 UV 照射
四、 Backbone lesion:游離輻射、自由基造成
DNA 損傷
ppt,5~7
一、 內源性損傷(endogenous DNA-damaging reaction)
1. 平常身體每個細胞都可能隨時隨地會發生
2. 雖常累積的病變數量非常大,但不用擔心,正常情況下細胞不是快死掉了,不然就是不正常,
讓它自然凋亡就好,或者大部分的細胞內會有好幾套的修復機制,絕大部分都可以修好
種類 說明 Lesion/cell/day
Depurination 18000 次
500 次
Deamination
(正常 DNA 不應該有 U)
1500 次
Oxidation
2000 次
Nonenzymatic
6000 次
methylation by SAM
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三、 甲基化試劑與環境毒素
MNNG:常用做實驗使細胞產生變異
(N-Methyl- N’-nitro-N-nitrosoguanidine)
DNA 甲基化試劑
(DNA-methylating reagent)
苯並[a]芘(Benzo[a]pyrene):菸草中的致癌碳 水
化合物
親電子試劑
(Bulky electrophilic agent)
(環境毒素)
鹼基相似物(base analog)
會和 DNA 做配對,看起來像 DNA 的 base
嵌入劑(intercalating agent)
嵌入相鄰 2 鹼基間,使部份雙螺旋構造鬆開,使
鹼基的距離拉大一倍,造成 DNA 複製過程中,
多或少了一個鹼基,產生突變
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DNA 的化學性修飾
ppt,8
一、 交叉鏈結會使 DNA 無法複製或轉錄,進而破壞其功能
8
25-2.2 DNA Repair (上述「如何修復」之深入討論)
作者:林承威、李澤、許智翔
藉由光解酶 Photolyase 修復嘧啶二聚體與 6-4 光產物
ppt,11~14
一、 光解酶藉由吸收光能來反轉造成損傷的光反應
二、 在 E. coli 的光解酶內有兩個負責捕捉光能的中心,分別為 FADH-和 MTHFpolyGlu
(N5,N10-methenlytetrahydrofolylpolyglutamate)
三、 MTHFpolyGl 為一種葉酸衍生物,作為天線吸收藍光光子並將能量轉移給 FADH-
四、 激化的能量傳遞給 FADH-,而激發態的*FADH-將一個電子轉移給嘧啶二聚體,並產生重新排列
1. 藍 光 光 子 (300-500nm) 被 MTHF-polyGlu 吸
收,呈激發態
2. 激發能傳遞到位於活性部位的 FADH-上
3. 處於激發態的黃素(由三環的雜環異惡嗪形
成,這裡指*FADH-)將電子捐贈給嘧啶二聚
體,產生不穩定的二聚體自由基
4. 電子的重新排列讓二聚體回復成單體
5. 排列後丟出來的電子轉移回帶自由基的黃
素(FADH●)上,重新產生 FADH-
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直接修復烷基化造成的 DNA 傷害
ppt,15~17
一、 以 alkyltransferase 消除高能量的 DNA 傷害
1. 細胞中有很多含氮鹼基可能有烷基化的現象,可能是
(1) 身體自己的代謝
(2) 外來物的影響,例如吃藥、特別成分食物
2. 含 氮 鹼 基 G 若 是 甲 基 化 成 為 O6
alkylations-G,便不能與 C 配對了,會變成
與 T 配對,導致複製序列的改變,但是 O6
alkylations-G 可以直接被 O6-methylguanine
alkyltransferase (suicide enzyme)反轉為正
常G
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二、 AlkB 對甲基化含氮鹼基的直接修復
1. 在細胞中,常用甲基化來調節基因的表現,但是甲基有可能接錯地方,因此需要有機制可以
切除接錯的甲基
2. AlkB 為真正的酶,可以重複使用,是細胞中最常見也最典型的去甲基化方式,例如:組蛋白、
基因調控常常有許多地方需要甲基化,AlkB 去切除接錯地方的甲基
3. α-ketoglutarate 作為 substrate,提供還原能,產生 CO2 和琥珀酸(succinate),再氧化脫去甲
醛,而後形成去甲基化的含氮鹼基
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四、 Early steps in methylation-directed mismatch repair in E.coli
1. MutH 辨識 5’-GATC,MutS 辨識錯誤配對
2. MutL 和 MutS 在錯誤配對的位置形成一個複
合物,讓 DNA 縮起來
3. DNA 穿過此複合物,同時沿著 DNA 的兩個
方向搜尋,直到遇到 MutH 結合的 hemi -CH3
GATC (可能距離 1000bp),就可分辨出誰是舊
股誰是新股了
4. MutH 切斷在未甲基化股上序列的 5’-G
5. DNA 解旋酶 II 複合物(UvrD)與其中一核酸外
切酶
6. 從被切斷的 5’-G 的位置分解未甲基化股到
錯誤配對的位置
7. 看缺口位置
(1) 若切口位於 DNA 靠近舊股的 5’端,會透過 DNA 解旋酶 II(DNA helicase II)、
核酸外切酶 I(exonclease I)或核酸外切酶 X(exonclease X)以 3’~5’方向切除和修復
(2) 若切口位於 DNA 靠近舊股的 3’端,會透過 DNA 解旋酶 II、核酸外切酶 VII(exoncleaseVII)
或 RecJ nuclease 進行 3’~5’方向切除和修復
8. 間隙由 DNA 聚合酶 III 及 DNA 連接酶接合及填補
9. DNA 解旋酶 ll、SSB 和四種不同核酸外切酶之一的共同作用是移除新股上 MutH 切開位置和錯
誤配對之間的片段
10. 所使用的核酸外切酶會取決於相對於錯誤配置對位置的切割點
11. 所產生的間隔由 DNA 聚合酶 lll 所填補,而缺口則被 DNA 接合酶(DNA Ligase)所封填
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六、 MMR 與癌症
1. MMR 若發生問題能會導致嚴重結果,包含癌症
2. MMR 系統中蛋白質基因突變會造成先天性癌症傾向,如遺傳性非瘜肉結直腸綜合症(heritable
nonpolyposis colon cancer, HNPCC),又稱為 Lynch Syndrome
3. 基因的生殖系突變(germ-line mutation)中五種不同 MMR 蛋白被發現與 HNPCC 有關
4. 有將近 0.5%美國人感染 HNPCC,約占全部大腸癌(colon cancer)的 15%,大部分是因為 hMLH1、
hMLH2 突變
5. HNPCC 與微衛星片段不穩定(MSI)
(1) 因為 HNPCC 而形成之腫瘤細胞有微衛星
片段(一種 repeated DNA,是 DNA
fingerpoint 中一種)不穩定(microsatellite
instability, MSI),如圖
(2) 病患生前會有大規模細胞中的微衛星片
段重複量改變
(3) MSI 不是 HNPCC 造成癌症原因,只是
HNPCC 導致癌症腫瘤中 DNA 都有 MSI,
因此被認定為診斷 HNPCC 依據
(4) 每個人複製時經常因 DNA 複製時的滑動
(slippage in DNA replication)造成未修復的
(5) 錯誤配對氣泡(mismatch bubbles)而產生
外圈(loop out)或凸起(bulge),此時需仰
賴 MMR 修復,而 HNPCC 患者因 MMR 系
統傳統性損害而無法修復,進而造成
MSI
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二、 BER 中經由鹼基切除後修復(U 當例子)
三、 BER 的另一個例子:8-oxoG 修復
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核甘酸切除修復 Nucleotide Excision Repair, NER
ppt,27~32
一、 簡介
1. 常用於 UV 所造成之 CPD
2. 相對於光反應,此反應可在黑暗中進行
3. 可除去 large bulky/helix distorting DNA lesions(如大的烷基團、CPD、6-4 光產物、bulky PAH
adducts 及 cross-strand adducts
4. 普遍存在於哺乳類生物中
5. 在大腸桿菌中,主要基因有 uvrA、uvrB、uvrC、uvrABC excinuclease,切除 12~13 個核甘酸序列
(老師說還有 Uvr D 但沒特別解釋)
6. 人類的 excinuclease 於-22 與+6 處切除(相對於 DNA 受損處)
7. 人類需要兩種內核酸酶,分別負責 5’與 3’端之切除
8. 在真核生物中,NER 系統有二
(1) global genome-NER (GG-NER):在基因體中尋找變異
(2) transcriptionalcoupled NER (TC-NER):負責轉錄過程中之修復
二、 環境中的毒素
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三、 Bacterial NER:UvrABC
四、 人類與細菌的 NER
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五、 NER 系統失能而造成的疾病
1. 著色性乾皮症(xeroderman pigmentosum, XP)
(1) 無法修復陽光帶來的 CPD,因此不能曬到太陽
(2) 研究發現 XP 的病症由 8 個基因所調控,其中 7 個與 NER 有關,另外一個是 XPA-XPG,在跳
過變異處時才會用到
(3) 此外,XP 患者也常有神經方面的異常
2. 除 XP 之外,還有 trichothiodystrophy (TDD 毛髮缺硫性失養)和 Cockayne’s syndrome (CS 柯凱因
氏症候群),造成低矮、弱智、神經失能等症狀,容易早夭(TDD 6 歲;CS 12 歲)
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