MAKALAH

STRUKTUR, REPLIKASI, dan PERBAIKAN

REKOMBINAN DNA
 KATA PENGANTAR

Alhamdulillah, puji dan syukur tim penulis

panjatkan kehadirat Allah Ta’ala. atas limpahan
rahmat dan karunia-Nya sehingga makalah
yang berjudul, “STURUKTUR, REPLIKASI, dan
PERBAIKAN REKOMBINAN DNA” dapat kami
selesaikan dengan baik. Kamibberharap
makalah ini dapat menambah pengetahuan dan
pengalaman bagi pembaca tentang
pelanggaran atau kesalahan apa saja yang biasa
terjadi dalam bahasa keseharian yang bisa kita
pelajari salah satunya dari karya film. Begitu
pula atas limpahan kesehatan dan kesempatan
yang Allah SWT karuniai kepada kami sehingga
makalah ini dapat kami susun melalui beberapa
sumber yakni melalui kajian pustaka maupun
melalui media internet.
Demikian makalah ini kami buat, apabila
terdapat kesalahan dalam penulisan, atau pun
adanya ketidaksesuaian materi yang kami
angkat pada makalah ini, kami mohon maaf.
Kami menerima kritik dan saran seluas-luasnya
dari pembaca agar bisa membuat karya
makalah yang lebih baik pada kesempatan
berikutnya.

Ambon, 01 Oktober 2022

Pengertian DNA
DNA adalah deoxyribonucleic acid atau asam
deoksiribosa yang mengandung informasi
genetik. Di dalamnya, terdapat molekul
kompleks yang terdiri dari berbagai komponen.
Di mana, sebagian di antaranya diturunkan dari
organisme induk ke keturunannya selama
proses reproduksi.
DNA adalah deoxyribonucleic acid atau asam
deoksiribosa yang mengandung informasi
genetik. Di dalamnya, terdapat molekul
kompleks yang terdiri dari berbagai komponen.
Di mana, sebagian di antaranya diturunkan dari
organisme induk ke keturunannya selama
proses reproduksi.
DNA di dalam sel terletak pada nukleus atau inti
sel dan mitokondria. Sementara, RNA terbentuk
di nukleus, kemudian berpindah ke daerah
khusus sitoplasma, bergantung pada jenis RNA
yang terbentuk.

Fungsi DNA
fungsi DNA adalah menurunkan informasi
genetik dari orang tua ke anaknya.
DNA juga mempunyai peran penting lain, di
antaranya:
1. DNA membawa materi genetik yang ada
di setiap sel dan bereplikasi selama
pembelahan sel.
2. bersama protein, DNA membantu
pembentukan struktur tubuh, enzim, dan
hormon.
3. DNA menyimpan informasi genetik yang
diperlukan untuk pewarisan, serta
memberikan instruksi dan proses kehidupan
 yang diteruskan melalui transfer gen
vertikal.
DNA juga memiliki 4 fungsi Pokok yaitu :
1. Replikasi dan Keturunan
Setiap molekul DNA dibedakan berdasarkan
urutan nukleotida. Yaitu, urutan basa nitrogen
muncul dalam makromolekul mengidentifikasi
molekul DNA. Misalnya, ketika genom manusia
diurutkan, nukleotida yang membentuk
masing-masing dari 23 pasang kromosom
diletakkan, seperti serangkaian kata pada
sebuah halaman.
Ketika molekul DNA beruntai ganda perlu
direplikasi, hal pertama yang terjadi adalah
bahwa kedua untai terpisah sepanjang
bentangan pendek, menciptakan struktur
seperti gelembung.
Di daerah beruntai tunggal sementara ini,
sejumlah enzim dan protein lainnya, termasuk
DNA polimerase bekerja untuk membuat untai
komplementer, dengan nukleotida yang tepat
dipilih melalui pembentukan ikatan hidrogen.
Enzim-enzim ini menciptakan molekul
polinukleotida baru sampai seluruh DNA
direplikasi.
Kehidupan dimulai dari satu sel. Bagi manusia,
ini adalah zigot yang dibentuk oleh pembuahan
sel telur oleh sperma. Setelah ini, seluruh
susunan sel dan tipe jaringan yang mempesona
diproduksi oleh pembelahan sel.
2. Transkripsi
Fungsi penting kedua dari DNA sebagai materi
genetik adalah untuk mengarahkan aktivitas
fisiologis sel. Kebanyakan peran katalitik dan
fungsional dalam tubuh dilakukan oleh peptida,
protein, dan RNA. Struktur dan fungsi molekul-
molekul ini ditentukan oleh urutan nukleotida
dalam DNA.
Ketika molekul protein atau RNA perlu
diproduksi, langkah pertama adalah transkripsi.
Seperti replikasi DNA, ini dimulai dengan
pembentukan sementara wilayah beruntai
tunggal. Daerah beruntai tunggal kemudian
bertindak sebagai templat untuk polimerisasi
molekul RNA polinukleotida komplementer.
Hanya satu dari dua untai DNA yang terlibat
dalam transkripsi. Ini disebut untai templat dan
untai lainnya disebut untai pengkodean. Karena
transkripsi juga tergantung pada pasangan
pasangan komplementer, urutan RNA hampir
sama dengan untai pengkodean.
3. Mutasi dan Evolusi
Salah satu fungsi utama dari DNA adalah untuk
direplikasi dan diwariskan. Untuk menciptakan
generasi baru, informasi genetik perlu
diduplikasi dan ditransmisikan secara akurat.
Struktur DNA memastikan bahwa informasi
yang dikodekan dalam setiap untaian
polinukleotida direplikasi dengan akurasi yang
mencengangkan.
Meskipun penting bagi DNA untuk diduplikasi
dengan tingkat akurasi yang sangat tinggi,
keseluruhan proses evolusi membutuhkan
adanya keragaman genetik dalam setiap
spesies. Salah satu cara terjadinya hal ini adalah
melalui mutasi pada molekul DNA.

Perubahan urutan nukleotida dalam materi

genetik memungkinkan pembentukan alel baru.
Alel adalah varietas yang berbeda, kebanyakan
fungsional, dari setiap gen. Misalnya, orang
yang memiliki golongan darah B memiliki gen
tertentu yang menghasilkan protein permukaan
tertentu pada sel darah merah.
Protein ini berbeda dari antigen permukaan
pada mereka yang memiliki golongan darah A.
Demikian pula, orang dengan anemia sel sabit
memiliki alel hemoglobin yang berbeda
dibandingkan dengan mereka yang tidak
menderita penyakit tersebut.
Mutasi ini dan adanya variabilitas
memungkinkan populasi untuk berkembang
dan beradaptasi dengan keadaan yang
berubah.
4. Rekayasa genetika
Pada tingkat lain, peran DNA sebagai bahan
genetik dan pemahaman tentang kimianya
memungkinkan kita untuk memanipulasinya
dan menggunakannya untuk meningkatkan
kualitas hidup. Misalnya, tanaman rekayasa
genetika yang tahan hama atau kekeringan
telah dihasilkan dari varietas tipe liar melalui
rekayasa genetika. Banyak biologi molekuler
tergantung pada isolasi dan manipulasi DNA,
untuk mempelajari proses kehidupan.

Struktur dan Komponen DNA

Sebenarnya, DNA udah ditemukan sejak tahun
1869 oleh seorang ahli biologi asal Swiss
bernama Johannes Friedrich Miescher selama
penelitiannya tentang sel darah putih. Tapi,
pada saat itu, peran DNA dalam pewarisan
genetik belum begitu terlihat.
Sampai akhirnya pada 1953, James Watson dan
Francis Crick dibantu oleh ahli biofisika Rosalind
Franklin dan Maurice Wilkins menemukan
bahwa struktur DNA adalah heliks beruntai
ganda. Struktur ini berbentuk spiral yang terdiri
dari dua untai DNA yang saling melilit.

perhatikan gambar struktur DNA berikut ini.

DNA merupakan merupakan polimer
nukleotida. Artinya, rantai DNA yang berbentuk
heliks ganda (double helix) itu terdiri atas
senyawa organik nukleotida yang berulang-
ulang dan tersusun rangkap.
Dari gambar DNA di atas, bisa kita lihat kalau
setiap nukleotida terdiri dari tiga gugus molekul
sebagai berikut:
1. gula pentosa atau deoksiribosa;
2. basa nitrogen yang terdiri dari golongan
purin yaitu Adenin (Adenine = A) dan
Guanin (Guanine = G), serta golongan
pirimidin yaitu Sitosin (Cytosine = C) dan
Timin (Thymine = T);
3. gugus fosfat.

Replikasi DNA
Replikasi DNA yang terjadi, dikata replikasi
semikonservatif, karena masing-masing dari
kedua rantai DNA induk berperan sebagai
cetakan/templat bagi pembuatan dua rantai
DNA dengan untai ganda yang baru.
Replikasi DNA adalah ronde penggandaan
rantai ganda DNA. Pada sel, replikasi DNA
terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota
bertali-tali menerapkan replikasi DNA. Pada
eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA
sangatlah diatur, adalah pada fase S siklus sel,
sebelum mitosis atau meiosis I. Penggandaan
tersebut memanfaatkan enzim DNA polimerase
yang membantu pembentukan ikatan selang
nukleotida-nukleotida penyusun polimer DNA.
Ronde replikasi DNA dapat pula dimainkan in
vitro dalam ronde yang dikata reaksi berantai
polimerase (PCR).
Replikasi di prokariota dan eukariota
1. Replikasi DNA prokariota
Replikasi DNA kromosom prokariota, khususnya
bakteri, sangat bersesuaian dengan siklus
pertumbuhannya. Kawasan ori pada E. coli,
misalnya, memuat empat buah tempat
pengikatan protein inisiator DnaA, yang
masing-masing panjangnya 9 pb. Sintesis
protein DnaA ini sejalan dengan laju
pertumbuhan bakteri sehingga inisiasi replikasi
juga sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri.
Pada laju pertumbuhan sel yang sangat tinggi;
DNA kromosom prokariota dapat merasakan
reinisiasi replikasi pada dua ori yang baru
terbentuk sebelum putaran replikasi yang
pertama belakang suatu peristiwanya.
Akibatnya, sel-sel hasil pembelahan akan
menerima kromosom yang sebagian telah
bereplikasi.

Protein DnaA membentuk struktur kompleks

yang terdiri atas 30 hingga 40 buah molekul,
yang masing-masing akan terikat pada molekul
ATP. Kawasan ori akan mengelilingi kompleks
DnaA-ATP tersebut. Ronde ini membutuhkan
kondisi superkoiling negatif DNA (pilinan kedua
untai DNA berbalik arah sehingga terbuka).
Superkoiling negatif akan mengakibatkan
pembukaan tiga sekuens repetitif sepanjang 13
pb yang kaya dengan AT sehingga
memungkinkan terjadinya pengikatan protein
DnaB, yang merupakan enzim helikase, adalah
enzim yang akan memakai energi ATP hasil
hidrolisis bagi melakukan usaha di sepanjang
kedua untai DNA dan memisahkannya.
Untai DNA tunggal hasil pemisahan oleh
helikase selanjutnya diselubungi oleh protein
pengikat untai tunggal atau single-stranded
binding protein (Ssb) bagi melindungi DNA
untai tunggal dari kerusakan fisik dan
mencegah renaturasi. Enzim DNA primase
kesudahan akan menempel pada DNA dan
menyintesis RNA primer yang pendek bagi
memulai atau menginisiasi sintesis pada untai
pengarah. Supaya replikasi dapat terus
berlanjut menjauhi ori, diperlukan enzim
helikase selain DnaB. Hal ini karena pembukaan
heliks akan disertai oleh pembentukan putaran
baru berupa superkoiling positif. Superkoiling
negatif yang terjadi secara alami ternyata tidak
cukup bagi mengimbanginya sehingga
diperlukan enzim lain, adalah topoisomerase
tipe II yang dikata dengan DNA girase. Enzim
DNA girase ini merupakan target serangan
antibiotik sehingga pemberian antibiotik dapat
mencegah berlanjutnya replikasi DNA bakteri.
Seperti telah diterangkan di atas, replikasi DNA
terjadi adun pada untai pengarah maupun pada
untai ketinggalan. Pada untai ketinggalan suatu
kompleks yang dikata primosom akan
menyintesis sejumlah RNA primer dengan
interval 1.000 hingga 2.000 basa. Primosom
terdiri atas helikase DnaB dan DNA primase.
Primer adun pada untai pengarah maupun pada
untai ketinggalan akan merasakan elongasi
dengan bantuan holoenzim DNA polimerase III.
Kompleks multisubunit ini merupakan dimer,
separuh akan melakukan pekerjaan pada untai
pengarah dan separuh lainnya melakukan
pekerjaan pada untai ketinggalan. Dengan
demikian, sintesis pada kedua untai akan
berlanjut dengan kecepatan yang sama.
Masing-masing bidang dimer pada kedua untai
tersebut terdiri atas subunit a, yang
mempunyai fungsi polimerase sesungguhnya,
dan subunit e, yang mempunyai fungsi
penyuntingan berupa eksonuklease 3’– 5’.
Selain itu, terdapat subunit b yang
menempelkan polimerase pada DNA.
Begitu primer pada untai ketinggalan dielongasi
oleh DNA polimerase III, mereka akan segera
dibuang dan celah yang ditimbulkan oleh
lenyapnya primer tersebut dimasukkan oleh
DNA polimerase I, yang mempunyai aktivitas
polimerase 5’ – 3’, eksonuklease 5’ – 3’, dan
eksonuklease penyuntingan 3’ – 5’.
Eksonuklease 5’ - 3’ membuang primer,
sedangkan polimerase akan mengisi celah yang
ditimbulkan. Akhirnya, fragmen-fragmen
Okazaki akan dipersatukan oleh enzim DNA
ligase. Secara in vivo, dimer holoenzim DNA
polimerase III dan primosom diyakini
membentuk kompleks berukuran luhur yang
dikata dengan replisom. Dengan demikianlah
keadaanya replisom sintesis DNA akan
berlanjut dengan kecepatan 900 pb tiap detik.
Kedua garpu replikasi akan berjumpa
persangkaan pada posisi 180 °C dari ori. Di lebih
kurang kawasan ini terdapat sejumlah
terminator yang akan memberhentikan gerakan
garpu replikasi. Terminator tersebut
ditengahnya berupa produk gen tus, suatu
inhibitor bagi helikase DnaB. Ketika replikasi
beres, kedua lingkaran hasil replikasi masih
menyatu. Pemisahan dimainkan oleh enzim
topoisomerase IV. Masing-masing lingkaran
hasil replikasi kesudahan disegregasikan ke
dalam kedua sel hasil pembelahan.

2. Replikasi DNA eukariota

Pada eukariota, replikasi DNA hanya terjadi
pada fase S di dalam interfase. Bagi memasuki
fase S diperlukan regulasi oleh sistem protein
kompleks yang dikata siklin dan kinase
tergantung siklin atau cyclin-dependent protein
kinases (CDKs), yang bersambung akan
diaktivasi oleh sinyal pertumbuhan yang hingga
permukaan sel. Sebagian CDKs akan
menerapkan fosforilasi dan mengaktifkan
protein-protein yang diperlukan bagi inisiasi
pada masing-masing ori.
Berhubung dengan kompleksitas struktur
kromatin, garpu replikasi pada eukariota
melakukan usaha hanya dengan kecepatan 50
pb tiap detik. Sebelum menerapkan penyalinan,
DNA harus ditinggalkan dari nukleosom pada
garpu replikasi sehingga gerakan garpu replikasi
akan diperlambat menjadi lebih kurang 50 pb
tiap detik. Dengan kecepatan seperti ini
diperlukan waktu lebih kurang 30 hari bagi
menyalin molekul DNA kromosom pada
kebanyakan mamalia.
Sederetan sekuens tandem yang terdiri atas 20
hingga 50 replikon merasakan inisiasi secara
serempak pada waktu tertentu selama fase S.
Deretan yang merasakan inisasi paling
permulaan adalah eukromatin, sedangkan
deretan yang persangkaan lambat adalah
heterokromatin. Kawasan sentromer dan
telomer dari DNA bereplikasi paling lambat.
Pola semacam ini mencerminkan aksesibilitas
struktur kromatin yang berbeda-beda terhadap
faktor inisiasi.
Seperti halnya pada prokariota, satu atau
sebagian DNA helikase dan Ssb yang dikata
dengan protein replikasi A atau replication
protein A (RP-A) diperlukan bagi memisahkan
kedua untai DNA. Selanjutnya, tiga DNA
polimerase yang tidak sama terlibat dalam
elongasi. Untai pengarah dan masing-masing
fragmen untai ketinggalan diinisiasi oleh RNA
primer dengan bantuan aktivitas primase yang
merupakan bidang integral enzim DNA
polimerase a. Enzim ini akan meneruskan
elongasi replikasi tetapi kesudahan segera
ditukarkan oleh DNA polimerase d pada untai
pengarah dan DNA polimerase e pada untai
ketinggalan. Adun DNA polimerase d maupun e
mempunyai fungsi penyuntingan. Kemampuan
DNA polimerase d bagi menyintesis DNA yang
panjang diakibatkan oleh demikianlah
keadaanya antigen perbanyakan nuklear sel
atau proliferating cell nuclear antigen (PCNA),
yang fungsinya setara dengan subunit b
holoenzim DNA polimerase III pada E. coli.
Selain terjadi penggandaan DNA, kandungan
histon di dalam sel juga merasakan
penggandaan selama fase S.
Mesin replikasi yang terdiri atas semua enzim
dan DNA yang bersesuaian dengan garpu
replikasi akan diimobilisasi di dalam matriks
nuklear. Mesin-mesin tersebut dapat
divisualisasikan memakai mikroskop dengan
melabeli DNA yang sedang bereplikasi.
Pelabelan dimainkan memakai analog timidin,
adalah bromodeoksiuridin (BUdR), dan
visualisasi DNA yang dilabeli tersebut
dimainkan dengan imunofloresensi memakai
antibodi yang mengenali BUdR.
Ujung kromosom linier tidak dapat direplikasi
sepenuhnya karena tidak berlaku DNA yang
dapat menggantikan RNA primer yang dibuang
dari ujung 5’ untai ketinggalan. Dengan
demikian, informasi genetik dapat lenyap dari
DNA. Bagi mengatasi hal ini, ujung kromosom
eukariota (telomer) mengandung beratus-ratus
sekuens repetitif sederhana yang tidak memuat
informasi genetik dengan ujung 3’ melampaui
ujung 5’. Enzim telomerase mengandung
molekul RNA pendek, yang sebagian
sekuensnya komplementer dengan sekuens
repetitif tersebut. RNA ini akan berperan
sebagai cetakan (templat) bagi penambahan
sekuens repetitif pada ujung 3’.
Hal yang menarik adalah bahwa aktivitas
telomerase merasakan penekanan di dalam sel-
sel somatis pada organisme multiseluler, yang
lambat laun akan mengakibatkan pemendekan
kromosom pada tiap generasi sel. Ketika
pemendekan hingga DNA yang membawa
informasi genetik, sel-sel akan menjadi layu dan
mati. Fenomena ini diduga sangat penting di
dalam ronde penuaan sel. Selain itu,
kemampuan penggandaan yang tidak
terkendali pada kebanyakan sel kanker juga
bersesuaian dengan reaktivasi enzim
telomerase.

REKOMBINAN DNA
Rekombinasi DNA pertama kali dihasilkan oleh
Paul Berg pada tahun 1972 menggunakan
ecoRI. Kemudian, tahun 1973, Boyer, Cohen
dan Chang melakukan rekayasa pada bakteri E.
coli dengan plasmid rekombinan. Meskipun
teknologi DNA rekombinan pertama kali
ditunjukkan tahun 1970-an, prinsip-prinsip
dasar dalam rekombinasi telah ditemukan jauh
sebelumnya sebagai contoh oleh Frederick
Giffith pada tahun 1928 saat meneliti tentang
penyakit pneumonia di London.
DNA rekombinan atau rDNA yang berasal dari
bahasa inggris recombinant DNA. Secara istilah,
DNA rekombinan adalah suatu bentuk DNA
buatan yang dibuat dengan cara
menggabungkan atau merekombinasi dua atau
lebih untaian benang DNA yang dalam keadaan
normal tidak berpasangan atau terjadi
bersama.
Dalam biologi molekuler, modifikasi genetik
dilakukan dengan memasukkan DNA yang
relevan ke dalam DNA organisme yang hidup
misalnya pada plasmid bakteri, untuk
menyandikan suatu sifat khusus tertentu
seperti antibiotik dan sifat lain. Hal ini berbeda
dengan konsep DNA rekombinan yang
kombinasi DNAnya tidak terjadi secara alami di
dalam sel tetapi direkayasa.
Proses rekombinasi DNA yang umum dilakukan
adalah dengan menggabungkan untaian DNA
dari dua organisme yang berbeda.
Bergabungnya dua DNA dari organisme yang
berbeda misalnya pada suatu plasmid bakteri
dibantu oleh enzim ligase. Teknologi DNA
rekombinan melalui teknik pemotongan DNA
merupakan salah saktu bukti penguat yang
menunjukkan bahwa DNA adalah suatu unit
pewarisan.
 DAFTAR PUSTAKA

https://www.zenius.net/blog/konsep-dna
https://www.google.com/s?
q=DNA+rekombinan+atau+rDNA+yang+ber
asal+dari+bahasa+inggris+recombinant+DN
A.
https://www.google.com/amp/s/
www.harianhaluan.com/pendidikan/amp/
pr-103996707/bioteknologi-rekombinasi-
dna
http://p2kp.stiki.ac.id/id3/2-3060-2956/
Replikasi_167881_p2kp-stiki.html
https://m.merdeka.com/sumut/fungsi-dna-
pada-penurunan-sifat-pengertian-struktur-
dan-karakteristiknya-kln.html