Edukativni tečaj analize i obrade snimaka/podataka daljinskih

istraživanja
SADRŽAJ
1. Uvod...............................................................................................................................................1
2. Učitavanja podataka u QGIS softver...............................................................................................2
2.1. Učitavanje vektorskog poligonskog podatka..........................................................................2
2.2. Učitavanje rasterskih podataka (satelitskih snimki)................................................................5
3. Atmosferska korekcija....................................................................................................................7
4. Izrezivanje kanala satelitske snimke na područje interesa...........................................................10
5. Vegetacijski indeksi.......................................................................................................................12
5.1. Vegetacijski indeks normalizirane razlike – NDVI.................................................................12
5.2. Vegetacijski indeks otpornosti na atmosferu – ARVI............................................................12
5.3. Vegetacijski indeks prilagođen tlu – SAVI.............................................................................13
5.4. Vegetacijski indeks transformirane razlike – TDVI................................................................13
5.5. Izračun vegetacijskih indeksa u QGIS softveru......................................................................13
5.6. Vizualizacija dobivenih vegetacijskih indeksa.......................................................................15
 1. Uvod

Ovaj edukativni materijal u okviru Edukativnog tečaja analize i obrade snimki/podataka daljinskih
istraživanja opisuje postupak učitavanja vektorskih podataka i kanala snimke u QGIS program,
izrezivanje kanala snimke na područje interesa, provedbu atmosferske korekcije snimke u okviru
predobrade te izračun i vizualizaciju odabranih vegetacijskih indeksa.

Područje interesa za potrebe ove edukacije je Nacionalni park Paklenica (u daljnjem tekstu: Park).
Satelitska snimka Sentinel-2 sustava 1C razine obrade preuzeta je s EarthExplorer stranice
(https://earthexplorer.usgs.gov/) za 19.07.2022., a vektorski poligonski podaci granice Parka s
Overpass Turbo stranice (https://overpass-turbo.eu/). Svi potrebni podaci za praćenje i sudjelovanje
u ovoj Edukaciji nalaze se u Zadatak_2 direktoriju.

Zadatak_2 direktorij sadrži:

1. Vektorski poligonski podatak granice Parka: nacionalni_park_paklenica.shp (u direktoriju:

Vektorski podaci granice Parka),
2. Kanale satelitske snimke: IMG_DATA (u direktoriju: Satelitske snimke),
3. Prazan direktorij Izrezane snimke za pohranu izrezanih kanala (u direktoriju: Satelitske snimke),
4. Prazan direktorij Atmosferska korekcija za atmosferski korigirane kanale snimke (u
direktoriju: Satelitske snimke),
5. Prazan direktorij Snimke_1000 za multiplicirane atmosferski korigirane kanale snimke ( u
direktoriju: Satelitske snimke),
6. Prazan direktorij Vegetacijski indeksi za pohranu izračunatih vegetacijskih indeksa (u
Zadatak_2 direktoriju).

1
 2. Učitavanja podataka u QGIS softver

U nastavku su prikazane upute za učitavanje vektorskih podataka i kanala satelitske snimke u QGIS
softver.

2.1. Učitavanje vektorskog poligonskog podatka

Za potrebe praktičnog dijela ove edukacije, prvo je potrebno učitati vektorski poligonski sloj granice
Parka. Kako bi se navedeno napravilo, potrebno je odabrati Layer na menu traci QGIS sučelja, a zatim
Add Layer i Add Vector Layer… (Slika 1.).

Slika 1. Prikaz učitavanja vektorskog podatka

Odabirom Add Vector Layer… otvara se dijaloški okvir u kojem se odabirom tri točkice (prikazano
brojem 1 na slici 2.) odabire direktorij u kojem se nalazi vektorski poligonski sloj granice Parka u
Esrishapefile (*.shp) formatu. Nakon odabira odgovarajućeg sloja u *.shp formatu (prikazano
brojevima 2 i 3 na slici 2.), pritiskom na opciju Add (prikazano brojem 4 na slici 2.), sloj je dodan u
QGIS softver.

Slika 2. Prikaz odabira vektorskog podatka u *.shp formatu

Tako je učitan potreban poligonski podatak granice Parka (Slika 3.). Desnim klikom na učitani sloj i
odabirom Properties dolazi se do postavka sloja(Slika 4.). Pod karticom Simbologija (engl. Symbology)
(prikazano na slici 5. brojem 1) moguće je promijeniti izgled poligonskog sloja odabirom Simple Fill

2
opcije (prikazano na slici 5. brojem 2), a potom je kod Fill color opcije (prikazano brojem 3 na slici 6.)
potrebno označiti Transparent Fill (prikazano brojem 4 na slici 6.). Za kraj, pritiskom na tipku Apply, a
zatim Okay (prikazano na slici 6. brojem 5 i 6), zadane postavke postaju vidljive na poligonskom sloju
u QGIS-u (Slika 7.). Tako je postavljena transparentna ispuna poligona kako bi se učitani i izrezani
kanali satelitske snimke vidjeli.

Slika 3. Prikaz rezultata učitavanja vektorskog poligonskog podatka Parka u QGIS softveru

Slika 4. Prikaz odabira postavka sloja

3
 2
1

Slika 5.Prikaz kartice Simbologija postavka sloja

5
6
Slika 6. Prikaz postavljanja transparentne ispune poligona

4
 Slika 7. Prikaz dobivenog rezultata nakon promjena postavki sloja

2.2. Učitavanje rasterskih podataka (satelitske snimke)

Nakon što je uspješno učitan vektorski sloj, potrebno je učitati kanale preuzete satelitske snimke
potrebne za daljnju obradu i analizu. Kako bi se prethodno napravilo, potrebo je odabrati Layer na
menu traci, pa Add Layer i zatim Add Raster Layer…(Slika 8.).

Slika 8. Prikaz postupka dodavanja rasterskog sloja

Isto kao i prilikom učitavanja vektorski podataka, odabirom Add Raster Layer… otvara se dijaloški
okvir u kojem se odabirom tri točkice (prikazano brojem 1 na slici 9.) odabire direktorij u kojem se
nalaze kanali preuzete satelitske snimke. Nakon odabira potrebnih kanala (prikazano brojevima 2 i 3
na slici 9.), pritiskom na opciju Add (prikazano brojem 4 na slici 9.), isti su dodani u QGIS softver.

*Napomena: kanali satelitskih snimki nalaze se u IMG_DATA direktoriju unutar direktorija

Satelitske snimke.

U ovoj edukaciji za potrebe izračuna vegetacijskih indeksa koristit će se kanali prikazani u tablici 1.
Tablica 1. Prikaz kanala Sentinel-2 snimke koje je potrebno učitati u QGIS softver

Prostorna
rezolucija Kanal Opis
[m]
B02 Plavi (engl. Blue)
10 B04 Red (engl. Red)
B08 Blisko-infracrveni (engl. Near-infrared – NIR)
*Napomena: samo kanale prikazane u tablici 1. potrebno je učitati u QGIS softver.

5
 Slika 9. Prikaz odabira potrebnih kanala za učitavanje u QGIS

Na slici 10. prikazan je dobiveni rezultat nakon uspješnog učitavanja kanala.

Slika 10. Prikaz učitanih kanala

6
 3. Atmosferska korekcija

U okviru predobrade satelitskih snimki potrebno je provesti atmosfersku korekciju. U ovoj edukaciji
atmosferska korekcija napravit će se pomoću Semi-Automatic Classification Plugin-a. Snimke se
korigiraju provedbom atmosferske korekcije po metodi Dark Object Subtraction 1 (DOS 1).
Atmosferska korekcija kanala napravljena je kako bi se izvorne vrijednosti piksela ili digitalni broj
preračunao u refleksijsku vrijednost pojedinog kanala.

Navedeno je napravljeno odabirom SCP na menu traci, potom Preprocessing te Sentinel-2 (Slika 11.).

Slika 11. Prikaz odabira Sentinel-2 opcije SCP dodatka

Odabirom navedenog, otvara se dijaloški okvir za provedbu korekcije. Pod Directory containing
Sentinel-2 bands (prikazano brojem 1 na slici 12.) potrebno je odabrati direktorij koji sadrži kanale
satelitske snimke (IMG_DATA). Zatim je potrebno je označiti opciju Apply DOS1 atmospheric
correction (prikazano brojem 2 na slici 12.). Naposlijetku se odabira tipka RUN (prikazano brojem 3 na
slici 12.) koja zahtijeva odabir direktorija za pohranu atmosferski korigiranih snimki. Snimke je
potrebno pohraniti u predefinirani direktorij Atmosferka korekcija unutar direktorija Satelitske
snimke.

1
2

Slika 12. Prikaz dijaloškog okvira za atmosfersku korekciju Sentinel-2 snimki u SCP dodatku

7
Na slici 13. prikazan je dobiveni rezultat nakon provedene korekcije.

Slika 13. Prikaz rezultata korekcije

Nakon provedene atmosferske korekcije, dobivene satelitske snimke potrebno je pomnožiti s 1000
kako bi se dobile odgovarajuće vrijednosti piksela potrebne za izračun vegetacijskih indeksa.
Odabirom Raster na menu traci dolazi se do raster kalkulatora (engl. Raster Calculator), koji se koristi
za analize s različitim rasterskim podacima s ciljem kreiranja novih rasterskih slojeva. On omogućava
različite izračune temeljene na postojećim vrijednostima piksela (Slika 14.).

Slika 14. Prikaz odabira Raster Calculator alata

Na slici 15. prikazan je dijaloški okvir raster kalkulatora. Na lijevoj strani vidljiv je popis sa svim
rasterskim slojevima koji su učitani u QGIS program u trenutku korištenja kalkulatora. Svaki takav
rasterski podatak s popisa dostupan je za različite izračune i kombinacije s ostalim podacima kako bi
se dobio željeni rezultat. U ovom slučaju koristit će atmosferski korigirani kanali (prikazano brojem 1
na slici 15.). U donjem dijelu dijaloškog okvira nalazi se predviđeni prostor za definiranje željenog
izraza (prikazano brojem 2 na slici 15.). U ovom slučaju potrebno je kanale pomnožiti s 1000. Nakon
podešavanja svih potrebnih parametara i definiranja izraza za izračun, kao izlazni rezultat dobivaju se
rasterski podaci u GeoTIFF formatu.

8
1

Slika 15. Prikaz izraza u Raster Calculator-u

9
 4. Izrezivanje kanala satelitske snimke na područje interesa

Za izračun i vizualizaciju vegetacijskih indeksa, potrebno je izrezati (engl. clip) kanale snimke na
područje Parka zbog jednostavnije i brže obrade. Navedeno je napravljeno odabirom Raster na menu
traci, a potom odabirom Clip Raster by Mask Layer algoritma pod opcijom Extraction (Slika 16.).

Slika 16. Prikaz odabira Clip Raster by Mask Layer... algoritma

Spomenuti algoritam odabran je jer zadržava razlučivost rastera, čuva izvorne vrijednosti i ne provodi
nikakvu interpolaciju. U dijaloškom okviru za ulazni sloj postavljeni su pojedinačno potrebni kanali
snimke (prikazano brojem 1 na slici 16.).

Za sloj maske odabran je vektorski poligonski sloj granice Parka (prikazano brojem 2 na slici 18.). Za
ciljani referentni koordinatni sustav postavljen je HTRS96/TM (označeno brojem 3 na slici 18.) i
označena je opcija zadržavanja rezolucije ulaznog rastera te opcija usklađivanja opsega izrezanog
rastera s opsegom sloja maske (označeno brojem 4 na slici 18.). Pod Clipped (mask) je potrebno
odabrati opciju Save to File… te odabrati predefiniranu datoteku Izrezane snimke (Slika 17.). Za kraj je
potrebno pritisnuti tipku Run (prikazano brojem 5 na slici 18.)kako bi se izrezivanje izvršilo, a izrezani
kanal pohranio u datoteku.

Slika 17. Prikaz načina pohrane izrezanih kanala

10
 1
2

5
Slika 18. Prikaz dijaloškog okvira Clip Raster by Mask Layer algoritma s postavljenim parametrima

Na slici 19. u nastavku prikazan je rezultat nakon izrezivanja snimaka na područje interesa.

Slika 19. Prikaz rezultata izrezivanja kanala

11
 5. Vegetacijski indeksi

Nakon uspješno provedene atmosferske korekcije i izrezivanja kanala na područje Parka, potrebno je
izračunati vegetacijske indekse.

Indeksi koji će se koristiti za potrebe ove edukacije su sljedeći:

1. Vegetacijski indeks normalizirane razlike (engl. Normalized Difference Vegetation Index –

NDVI),
2. Vegetacijski indeks otpornosti na atmosferu (engl. Atmospherically Resistant Vegetation Index
– ARVI),
3. Vegetacijski indeks prilagođen tlu (engl. Soil Adjusted Vegetation Index – SAVI),
4. Vegetacijski indeks transformirane razlike (engl. Transformed Difference Vegetation Index –
TDVI)

5.1. Vegetacijski indeks normalizirane razlike – NDVI

Vegetacijski indeks normalizirane razlike najkorišteniji je indikator za otkrivanje promjena u biljnom

pokrovu. Predstavlja omjer između razlike i zbroja blisko infracrvenog dijela spektra i crvenog dijela
spektra (formula ((1))).
𝑁𝐼𝑅 − 𝑅𝐸𝐷
𝑁𝐷𝑉𝐼 = (1)
𝑁𝐼𝑅 + 𝑅𝐸𝐷

gdje je: NIR zračenje u blisko infracrvenom dijelu spektra ( 𝜆 ≈ 0.8 μm) i RED zračenje u crvenom dijelu
spektra (𝜆 ≈ 0.6 μm).

Vrijednosti NDVI indeksa kreću se između minus jedan (–1) i plus jedan (+1). Nula je područje gologa
tla i kamena, međutim u praksi se gotovo nikada ne susreću vrijednost 0 (Vela i dr., 2017). Negativne
vrijednosti predstavljaju vodu, snijeg i oblake, a vrijednosti od 0 – 0.33 nezdravu vegetaciju,
vrijednosti od 0.33 – 0.66 umjereno zdravu vegetaciju i vrijednosti od 0.66 – 1 zdravu vegetaciju.

5.2. Vegetacijski indeks otpornosti na atmosferu – ARVI

S obzirom da je NDVI osjetljiv na učinke svjetline tla, boju tla, atmosferu, oblake, sjenu oblaka i sjenu
krošnje lišća te zahtjeva kalibraciju daljinskog senzora, razvijen je ARVI. To je prvi indeks koji nije
relativno sklon atmosferskim čimbenicima kao što je aerosol. U osnovi je NDVI korigiran za efekte
atmosferskog raspršenja u crvenom spektru refleksije korištenjem mjerenja u plavim valnim
duljinama.

Navedeni indeks može se izračunati pomoću formule ((2)):

𝑁𝐼𝑅 − (2 · 𝑅𝐸𝐷) + 𝐵𝐿𝑈𝐸
𝐴𝑅𝑉𝐼 = (2)
𝑁𝐼𝑅 + (2 · 𝑅𝐸𝐷) + 𝐵𝐿𝑈𝐸

gdje su: NIR zračenje u blisko infracrvenom dijelu spektra ( 𝜆 ≈ 0.8 μm), RED zračenje u crvenom dijelu
spektra (𝜆 ≈ 0.6 μm) i BLUE zračenje u plavom dijelu spektra ( 𝜆 ≈ 0.4 μm).

Vrijednosti ovog indeksa kreću se od minus jedan (–1) do plus jedan (+1), a uobičajeni raspon za

12
zelenu vegetaciju je između 0.2 do 0.8.

13
 5.3. Vegetacijski indeks prilagođen tlu – SAVI

S obzirom na učinak pozadine tla, zračenje crvenog spektra značajno raste kada je vegetacijski pokrov
rijedak i obrnuto blisko infracrveno zračenje se smanjuje kako bi odnos između vegetacije i tla postao
razumniji. Budući da NDVI ima nedostatke u opisivanju spektralnog ponašanja vegetacije i pozadine
tla, uspostavljen je indeks prilagođen tlu. Predstavlja modificirani NDVI, a primjenjuje se kada je
potrebno otkloniti utjecaj atmosfere i tla na snimci sa smanjenim vegetacijskim pokrovom.

Može se izračunati prema formuli ((3)):

(1 + 𝐿) · (𝑁𝐼𝑅 − 𝑅𝐸𝐷)
𝑆𝐴𝑉𝐼 = (3)
𝑁𝐼𝑅 + 𝑅𝐸𝐷 + 𝐿

gdje su: NIR zračenje u blisko infracrvenom dijelu spektra ( 𝜆 ≈ 0.8 μm), RED zračenje u crvenom dijelu
spektra (𝜆 ≈ 0.6 μm) i L faktor prilagođavanja pozadini lišća.

Faktor L je funkcija gustoće vegetacije i često zahtjeva prethodno poznavanje vegetacije. Vrijednosti
ovog faktora kreću se u rasponu od minus jedan (-1) do plus jedan (+1) u ovisnosti od količine
prisutne zelene vegetacije na nekom području. Za područja s visokom količinom zelene vegetacije, L
se postavlja na nulu, dok područja s rijetkom vegetacijom zahtijevaju L = 1. Heute predlaže optimalnu
vrijednost L
= 0.5 kako bi se uzele u obzir varijacije pozadine tla prvog reda.

Uzimajući u obzir prethodno, SAVI se može izračunati za potrebe ove edukacije prema formuli ((4)):
1.5 · (𝑁𝐼𝑅 − 𝑅𝐸𝐷)
𝑆𝐴𝑉𝐼 = (4)
𝑁𝐼𝑅 + 𝑅𝐸𝐷 + 0.5

5.4. Vegetacijski indeks transformirane razlike – TDVI

Ovaj indeks je koristan za praćenje stanja vegetacije u urbanim sredinama.

Spomenuti indeks može se izračunati prema formuli (5):

𝑁𝐼𝑅 − 𝑅𝐸𝐷
𝑇𝐷𝑉𝐼 = 1.5 ∙ ( 2 ) (5)
√𝑁𝐼𝑅 + 𝑅𝐸𝐷 + 0.5

gdje su: NIR zračenje u blisko infracrvenom dijelu spektra ( 𝜆 ≈ 0.8 μm) i RED zračenje u crvenom
dijelu spektra (𝜆 ≈ 0.6 μm).

5.5. Izračun vegetacijskih indeksa u QGIS softveru

Za izračun vegetacijskih indeksa koristit će se već spomenuti raster kalkulator algoritam.

Na slici 20. prikazan je dijaloški okvir raster kalkulatora. U ovom slučaju prilikom izračuna koristit će
se izrezani kanali snimke (clip_B02_blue, clip_B04_red i clip_B08_NIR) (prikazano brojem 1 na slici
20.). U donjem dijelu dijaloškog okvira nalazi se predviđeni prostor za definiranje željenog izraza
(prikazano brojem 2 na slici 20.). U ovom slučaju prikazan je izraz za izračun vegetacijskog indeksa
normalizirane razlike. S desne strane nalazi se opseg sloja i izlazni referentni koordinatni sustav (engl.

14
Coordinate Reference System – CRS). Sustav je automatski postavljen na sustav cijelog projekta,
odnosno službeni

15
sustav Republike Hrvatske (prikazano brojem 3 na slici 20.). Nakon podešavanja svih potrebnih
parametara i definiranja izraza za izračun, kao izlazni rezultat dobivaju se rasterski podaci koji
prikazuju željene vegetacijske indekse u GeoTIFF formatu.

*Napomena: izračunate vegetacijske indekse pohraniti u predefinirani direktorij Vegetacijski

indeksi.

Slika 20. Prikaz dijaloškog okvira Raster Calculator-a

Izlazni rezultat prikazan je na slici 21.

Slika 21. Rezultat dobiven za NDVI Raster Calculator-om

16
Na isti način je potrebno izračunati preostala tri vegetacijska indeksa.

5.6. Vizualizacija dobivenih vegetacijskih indeksa

Vegetacijski indeksi vizualizirati će se u postavkama sloja (Slika 22.).

Slika 22. Prikaz odabira postavka sloja

U kartici Simbologija umjesto Singleband gray za Render type postavljen je Singleband pseudocolor
(prikazano brojem 1 na slici 23.). Na taj način radilo se s jednim kanalom kako bi se indeksi prikazali u
više boja. Za metodu interpolacije postavljena je opcija linearno (engl. Linear) kako bi se vrijednosti
postepeno miješale (prikazano brojem 2 na slici 23.). Pod način (engl. Mode) je postavljeno
Continuous ili neprekidan (prikazano brojem 3 na slici 23.). Kako bi navedene postavke bile vidljive na
rasterskim slojevima, potrebno je odabrati opciju klasificiraj (engl. Classify) (prikazano brojem 4 na
slici 23.), a potom primjeni (engl. Apply) (prikazano brojem 5 na slici 23.). Tako je postignuta bolja
vizualizacija rezultata.

17
 1

3
4

5
Slika 23. Prikaz dijaloškog okvira kartice Simbologija u postavkama sloja s definiranim postavkama

Na ovaj način potrebno je vizualizirati sve izračunate vegetacijske indekse.

U nastavku na slici prikazani su svi izračunati i vizualiziran indeksi.

18
Slika 24. Prikaz izračunatih i vizualiziranih indeksa