Professional Documents
Culture Documents
протокол 4
протокол 4
Теоретичні відомості
AGACCAGATTTCTGCCAG (4)
– AGACTTAG – – – –
AGACCAGATTTCTGCCA (5)
AGA * C * * * * * Т * Т * * * AG
з вагою -12, на відміну від ваги (4) рівної -14. Вирівнювання (5), незважаючи на
більшу вагу, гірше з точки зору пошуку співпадаючих фрагментів в
послідовностях. Це відображує той факт, що, якщо не враховувати кінцеві
пробіли, вага вирівнювання (4) дорівнює 3.
Опис алгоритму
Реалізація алгоритму
s1 = "_" + s1
s2 = "_" + s2
p = []
for i in s1:
col = []
for j in s2:
col.append(0)
p.append(col)
left = p[x-1][y] - 2
up = p[x][y-1] - 2
if s1[x] == s2[y]:
slog = 1
else:
slog = -1
x = len(s1)-1
y = len(s2)-1
lastrow = []
lastcol = []
for s in p:
print (s)
for i in range(len(s2)):
lastrow.append(p[x][i])
for j in range(len(s1)):
lastcol.append(p[j][y])
maxrow = max(lastrow)
maxcol = max(lastcol)
for i in range(len(s2)):
if lastrow[i] == maxrow:
ymax = i
xmax = x
res1 = ""
res2 = ""
xmax = xmax - 1
ymax = ymax - 1
if ymax == 0:
while xmax:
xmax = xmax - 1
if xmax == 0:
while ymax:
ymax = ymax - 1
for j in range(len(s1)):
if lastcol[j] == maxcol:
ymax = y
xmax = j
res1 = ""
res2 = ""
xmax = xmax - 1
ymax = ymax - 1
if ymax == 0:
while xmax:
xmax = xmax - 1
if xmax == 0:
while ymax:
ymax = ymax - 1
Обладнання