Canlılıkta Makromoleküller

Prof. Dr. Hamiyet Altuntaş

Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı
 • Canlıların yapısında bulunan organik bileşiklerden başlıcaları; proteinler, yağlar,
karbonhidratlar, enzimler, vitaminler, nükleik asitler ve ATP’dir.
• İnsan vücudu, su, proteinler, yağlar, mineraller, karbohidratlar ve diğer
bileşenlerden oluşur.

https://opentextbooks.concordia.ca/fundamentalsofhealthandphysicalactivity/chapter/2-2-3-body-composition-and-health/ 2
 Hücrelerin moleküler içeriği:
• Hücreler, su, inorganik iyonlar ve
karbon içeren moleküllerden (organik
bileşikler) oluşurlar.
• Hücrelerin % 70' i sudur. Su ve diğer
hücre bileşenleri arasındaki etkileşimler,
biyolojik kimyada önemli bir rol oynar.

https://www.nature.com/scitable/topicpage/what-is-a-cell-14023083/ 3
• Suyun önemli özelliği, polar molekül olmasıdır. Oksijen atomunda (δ-) - yük,
hidrojen atomunda (δ+) + yük vardır. Bu polarite ile, polar moleküller arasında H
bağı oluşur.
• Su molekülleri polar yapısından dolayı, kendi aralarında ya da diğer polar moleküller
ile H bağı oluşturabilir (+ ve - yüklü iyonların etkileşimi gibi.)
• Bu etkileşimlerin sonucu olarak, iyonlar ve polar moleküller, suda çözülebilir
(hidrofilik).
• Nonpolar moleküller de, suyla etkileşmez, sulu ortamlarda az çözünür (hidrofobik).
• Nonpolar moleküllerin birbirleriyle ilişkisi sayesinde suyla kontakları azdır. Polar ve
nonpolar moleküllerin suyla ve birbirleriyle etkileşimleri, hücre zarı gibi biyolojik
yapılarda önemlidir.

4
Ayrıca su molekülleri yüklü iyonlar ile etkileşebilir (Na+ ile).
Hücrenin inorganik iyonları, Na+, K+ ,Mg+2, Ca+2, fosfat (HPO4-2), Cl- ve
bikarbonat (HCO-3) içerirler ve hücrenin % 1 'ini oluştururlar. Bu iyonlar,
hücre fonksiyonlarında kritik roller oynarlar.

5
 Hücrelerin makromolekülleri:
• Makromolekül, küçük yapıtaşlarının yani monomerlerin polimerleşmesiyle (kovalent
bağ ile bağlanmasıyla) oluşmuş çok büyük moleküler yapılardır.
• Proteinler, nükleik asitler, lipitler, ve çoğu karbohidratlar: Yüzlerce binlerce
öncüllerinin (aminoasit, nükleotid, yağ asitleri ve basit şekerler) polimerizasyonu ile
oluşurlar.
• Makromoleküller, çoğu hücrelerin kuru ağırlığının % 80-90 'ını oluşturur. Hücrenin
kalanını, küçük organik moleküller (makromoleküllerin öncülleri ) oluşturur.

Makromolekül Monomerleri Örnekler

Karbohidratlar Monosakkaritler Glikojen, Nişasta, Selüloz
Proteinler Amino Asitler İnsülin, Hemoglobin, Enzimler
Nükleik Asitler Nükleotidler DNA, RNA (ATP, cAMP)
Lipitler Gliserol, Kolesterol, Fosfolipit
Yağ asitleri

6
https://slideplayer.com/slide/10308067/
 Makromolekül
Yapı taşı (monomer) Onları bağlayan bağ tipi
(Polimer)
Proteinler Amino asitler Peptid
Nükleik asitler Fosfodiester
Nükleotidler: Fosfat, riboz, ve baz
DNA
(adenin, guanin, timin, sitozin)
Nükleotidler: Fosfat, riboz, ve baz
RNA
(adenin, guanin, urasil, sitozin)
Polisakkaritler Monosakkaritler Glikozidik
Bazı lipidler ester bağlarıyla
Lipitler diğer makromoleküllerden
bir arada tutulur; bazıları ise
farklı olarak kimyasal yapı ile
hidrofobik etkileşimlerle bir
Lipitler tanımlanmazlar.
arada tutulan küçük
Lipitler, organik nonpolar bir
moleküllerin oluşturduğu
moleküldür.
büyük yapılardır.

7
 DNA RNA Protein
Genetik bilgiyi
Evet Evet Hayır
şifreler
Biyolojik
reaksiyonları Hayır Evet Evet
katalizler
Yapı taşı (tip) Nukleotid Nukleotid Amino asit
Yapı taşı (sayı) 4 4 20
İplik yapısı Çift Tek Tek
Yapısı Çift heliks Kompleks Kompleks
Stabilitesi Daha stabil Değişken Değişken
Tamir sistemi Var Yok Yok

8
KARBOHİDRATLAR

9
Karbohidratlar,
Hem basit şekerleri hem polisakkaritleri içine alır.
Glukoz gibi basit şekerler, hücrelerin temel besinleridir. Parçalanması ile hem
enerji kaynağı olur hem de diğer hücre yapılarının sentezi için öncül
materyal olarak iş görürler.
Polisakkaritler, şekerlerin depo formudur ve hücrelerin yapısal parçalarını
oluşturur.
Ayrıca polisakkaritler ve daha kısa şeker polimerleri (Oligosakkaritler), çeşitli
hücre tanıma işlevinde markır olarak iş görürler (hücrelerin komşu
hücrelerle adhezyonunda ve proteinlerin hücre içinde uygun yerlere
taşınmasında iş görerek).
Basit şekerlerin (monosakkarit) yapısal formülü (CH2O)n’ dir. Karbohidrat
ismi, C=karbo ve H2O=hidrat ’dan gelir. n; 3, 4, 5, 6, ya da 7 olabilir. (3-7
C’lu)

10
• Tüm monosakkaritler, - OH grup ve aldehit ya da keto grubu içerirler.
• Primer önemli şekerler, 5C’lu pentozlar ve 6C’lu heksozlar’dır.
• Glukoz (C6H12O6) , yüksek organizmaların tüm hücrelerinde ana enerji
kaynağıdır (6 C lu’şeker).
• Riboz ve deoksiriboz; 2 pentoz şeker, nükleik asitlerin temel yapısında yer
alır. Riboz, RNA, ATP, NAD , NADP ve FAD moleküllerinin yapısında bulunur.
Deoksiriboz, DNA molekülünün yapısında bulunur.

11
• Polisakkaritler (kompleks karbohidratlar, polimerize şekerler); 10 ve daha
fazla monosakkarit içerirler. Hücre içinde enerji depo molekülleri olarak ve
hücreler arasında ya da hücre dış yüzeyinde yapısal elementler olarak
önemli roller oynarlar.
• Oligosakkarit zincirler; sıklıkla proteinlere ya da lipitlere bağlanabilir (kısa
şeker polimerleridir. 3-9 monosakkarit olabilir). Bu modifiye moleküller
glikoproteinler ya da glikolipitler olarak adlandırılır ve hücre zarlarında
önemli elemanlardır.

12
 Monosakkaritler
3 ve 5 C ’ lu şekerler yaygın olarak bulunurlar. 5 ya da daha fazla C içeren
şekerler halkalı yapıları oluştururlar. Hücre içinde halka yapısı şeklinde
bulunmaları yaygındır.
Halka yapısındaki şekerler 2 alternatif formda ( α ya da β ) , karbon 1
konfigürasyonuna göre bulunabilirler.

13
• Aldehit ve keto grubu içermelerine göre Aldoz ve ketoz
olarak sınıflandırılır.

Trioz (3 C’lu) şekerler (C3H6O3)

Gliseraldehit
(aldoz)

dihidroksiaseton
(ketoz)

14
• Açık zincirde C atomlarından biri O atomuna çift bağla
bağlanır: karbonil grubu,
• Diğer her C’lar, -OH grubuna sahiptir,
Aldoz: Karbonil grup zincir sonunda ise (aldehit)
Keton: Diğer herhangi bir konumda ise (keto)

15
 Pentoz şekerler (C5H10O5)

( Lineer/ doğrusal formu) (doğrusal ve halkasal formu)

16
 Heksoz şekerler( C6H12O6)

Glukoz ( lineer form )

17
Örnekler:
Monosakkaritler =
2 C’lu: Glukoaldehit
3C’ lu: Gliseraldehit ( D ve L formları), Dihidroksiaseton
4C’ lu: Eritroz, Treoz
5C’ lu: Riboz , Arabinoz , Ksiloz, Ribuloz, Deoksiriboz
6C ‘lu: Glukoz, Galaktoz, Mannoz, Fruktoz

Disakkaritler=
Sükroz= şeker kamışı ya da pancar (glukoz + fruktoz) (α-1→ 2)
Laktoz= süt (galaktoz + glukoz) (β-2 → 4)
Maltoz= (glukoz + glukoz ) (α-1 → 4 )

( insanlarda laktoz, laktaz ile; bakterilerde laktoz, β- galaktozidaz ile

hidrolizlenir).

18
 Oligosakkaritler ve Polisakkaritler

• Monosakkaritler, H2O ‘ nun ayrıldığı dehidrasyon reaksiyonları ile

bağlanabilir ve 2 karbon arasında glikozidik bağ oluşur.
• Yüzlerce binlerce şekerin bağlanmasıyla oluşan polimerler, polisakkaritler,
• Birkaç şekerin (3-9 şeker) bağlanmasıyla oluşan polimerler, oligosakkaritler
olarak adlandırılır.
• Oligosakkaritlerin bazısı doğal, bazısı ise polisakkaritlerden asidik enzimatik
hidrolizlerle oluşur.

19
α formunda 2 glukoz molekülü, 1. karbon ve 4. karbon arasında oluşan
α (1 → 4 ) glikozidik bağı ile bağlanırlar.

20
2 yaygın polisakkarit, glikojen ve nişasta biri hayvan hücrelerinin diğeri bitki
hücrelerininin depo formudur.

Glikojen ve nişasta, her ikisi de, α konfigürasyonundaki glukoz moleküllerinden

oluşur.
Temelde, bir glukozun 1.C ile ikinci glukozun 4.C ‘u arasında oluşan bağ (α 1→ 4)
vardır.
Ayrıca, glikojende ve nişastanın bir formu olan amilopektinde, dallanma
bölgelerinde, α (1→ 6) bağı vardır. Bir glukozun 1. C’ u ile 2. şekerin 6. C ‘ u
arasında oluşur.

21
 Nişasta
Selüloz Amiloz Amilopektin Glikojen

Kaynak Bitkisel Bitkisel Bitkisel Hayvansal

Monomer β-glukoz α-glukoz α-glukoz α-glukoz
Bağ β ( 1→ 4) α ( 1→ 4) α ( 1→ 4) ve α (1→ 4) ve
α ( 1→ 6) α ( 1→ 6)
Dallanma Yok Yok ~20 birimde bir ~10 birimde bir

Glikojen: α ( 1→ 4) ve α ( 1→ 6) bağları (dallanma var)

Nişasta: amilopektin: α (1→ 4) ve α (1→ 6) bağları (dallanma var)
amiloz: α (1→ 4 ) bağı ( dallanmayan)
Selüloz: β( 1→ 4) bağı (dallanmayan)
22
Glikojen: α ( 1→ 4) ve α ( 1→ 6) bağları
Nişasta: amilopektin: α (1→ 4) ve α (1→ 6) bağları
amiloz: (dallanmayan) α (1→ 4 ) bağı
Selüloz: β ( 1→ 4) bağı (dallanmayan)

(3’ü de glukoz birimlerinden oluşur.)

23
Glikojen ve nişasta temelde benzerdir. Fonksiyonları glukozu depo etmektir.
Glikojen, nişasta ve selüloz’ un temel yapı taşı glukozdur.
Glikojen:
Dallanma noktasında α (1→ 6) bağı bulunur ve her 8-10 birimde dallanma olur.
Nişasta (Amiloz ve Amilopektin):
Amiloz, n sayıda α glukoz, α (1→ 4) glikozidik bağ ile bağlanmıştır. Düz zincir halindedir
dallanma yapmaz. Zincirde birkaç bin glukoz bulunabilir
Amilopektin, amilozdaki düz zincirli yapıya ilaveten α (1→ 6) bağlı dallanmış zincirler
içerir. 20-30 glukozda bir dallanma olur. Dallardaki glukozlar α (1→ 4) bağlıdır.
Selüloz:
Ayrı bir fonksiyonu vardır; bitki hücre duvarının temel yapısını oluşturur.
Selülozda, glukoz birimleri β (1→ 4) bağı ile düz şekilde bağlanmış (dallanmayan) β-
glukozlardan oluşur.
β(1→ 4) bağı, büyük mekanik güçteki fibrilleri oluşturmak üzere uzun zincirleri
meydana getirir.
Kitin:
Selüloz gibi β 1 →4 bağı var, ama glukoz türevi olan N-Asetilglukozamin birimlerinden
oluşur (böcek ve mantarlarda bulunur).

24
Glikojen molekülünde bir dal, indirgen olmayan şekerle sonlanır, molekülde
indirgen olmayan uç kadar dal vardır, sadece tek indirgen uç içerir.
Glikojen enerji kaynağı olarak kullanıldığında yapıdan glukoz birimi, indirgen
olmayan uçlardan her defa bir kez azalır.
Parçalayıcı enzimler indirgen olmayan uçta etkindir.

25
Selüloz β (1 →4) (glukoz polimerleri)
Kitin β (1 →4) (glukoz türevi olan N-Asetilglukozamin polimerleri)

Kitin; β bağlarıyla bağlı N-asetilglukozaminler tarafından oluşturulur.

Doğrusal homopolisakkariddir. Selüloz yapısına benzer genişletilmiş lif oluşturur,
omurgalılar tarafından sindirilemez.
Selulozdan (glukozdan) farkı 2.C’da OH yerine asetillenmiş NH2 grubu bulunur.

26
• Glikolipit ve Glikoprotein (hücrenin dış yüzeyinde bulunurlar).

• Oligosakkaritler ve polisakkaritler, enerji depolanması ve hücre yapısı rollerine

ilaveten, hücre sinyali işlevlerinde görev görürler. Örneğin; hücre yüzeyine transportu
ve farklı hücre içi organellere gitmesi için marker olarak iş görürler.

• Hücre yüzeyinde marker olarak iş gören oligosakkaritler ve polisakkaritler, çok hücreli

organizmaların dokularında hücreler arası etkileşimlerde ve hücre tanınmasında
önemli rol oynarlar.

27
• İnsan eritrosit zarındaki, glikolipit ve
glikoproteinler kan grup antijenlerini
oluşturur.
• Kan grubu antijenleri: Glukoz, galaktoz, N-
asetilgalaktozamin (GalNAc) ve fukozdan
oluşan ana karbonhidrat yapısı eritrosit
membranlarında sfingolipitlere (Glikolipit
yada Serebrozid) bağlanarak kan grubu
antijenlerini meydana getirirler.
• Eritrositlerdeki temel kan grubu antijeni 0
grubu antijenidir. Bu antijenin karbonhidrat
kısmı glukoz-galaktoz-N-asetilgalaktozamin
ve fukozdan oluşur. Lipit kısmında ise
sfingozin (amino-alkol) ve yağ asidi
bulunur.
• 0 grubu antijenine, N-asetilgalaktozamin
eklenmesiyle A grubu antijeni, galaktoz
eklenmesiyle B grubu antijeni oluşur.

28
LİPİTLER

29
 Lipitler hücrelerde 3 temel role sahiptir:
1. Önemli enerji depo formu,
2. Hücre zarlarının temel parçası,
3. Hücre sinyalinde, hem steroid hormon (östrojen ve
testosteron gibi) hem de hücre yüzeyindeki
reseptörlerden hücre içindeki hedeflere sinyalleri taşıyan
mesenjer moleküller,
olarak önemli roller oynarlar.

30
• Lipitler, suda çözünmeyen, yada çok az çözünen organik moleküllerdir.
Lipitlerin, büyük kısmı C ve H atomlarından oluşan hidrofobik kısmı
(hidrokarbon kısmı) suda çözünmez.
• En basit lipitler, yağ asitleridir; uzun hidrokarbon zincirlerinden oluşur
(çoğunlukla 16-18 C atomu içerir) ve bir ucunda karboksil grubu ( COO- )
bulunur. COO- grubu asidik karakterlidir.

16 C atomlu palmitik asit (Palmitat; doymuş yağ asidi)

31
• Yağ asitlerinin, uzun hidrokarbon zincirleri, nonpolar C-H bağları içerir, suyla
etkileşmez, hidrofobiktir.
• Bu hidrofobik yapı, özellikle biyolojik zarların oluşumunda önemlidir.

32
18 C atomlu Stearat (doymuş yağ asidi)
18 C atomlu Oleat (doymamış yağ asidi; 9. ve 10. C’lar arasında cis çift bağ)

33
• Doymamış yağ asitindeki çift bağ 2 olası konfigürasyona
sahiptir; cis ya da trans;

34
Çoğu doymamış yağ asitlerindeki çift bağ, cis durumundadır ve
hidrokarbon yan zincirinde bir kavis oluşturur, bükülmeye sebep olurlar.

35
 • Doymuş yağ asitlerinde, çift bağ yok ve karbonların tümü maksimum
sayıda H atomları ile bağlıdır.

Doymuş yağ asitleri (hayvansal ve bitkisel kaynaklı):

36
https://slidetodoc.com/lpdleri-lipidler-karbon-ve-hidrojen-atomlarndan-olumutur-az/
 • Doymamış yağ asitleri, karbon atomları arasında bir yada daha fazla (1-3)
çift bağ içerirler.
Doymamış yağ asitleri (hayvansal ve bitkisel kaynaklı):

37
https://slidetodoc.com/lpdleri-lipidler-karbon-ve-hidrojen-atomlarndan-olumutur-az/
Triaçilgliseroller (yada yağlar), yağ
asitlerinin depo şeklidir.
Triaçilgliseroller, 3 yağ asidinin bir
gliserol molekülüne bağlanmasından
oluşurlar.

(Gliserolün 3 OH grubu, yağ asidi ile

eşleşir. 3 H2O molekülü ayrılır)
(Genelde, triaçilgliserollerde farklı yağ
asitleri bulunur)
(Yağ asidi kısmı, triaçilgliserolün, açil
grubu olarak adlandırılır)

38
• Triaçilgliseroller, suda çözünmez ve sitoplazmada yağ damlaları olarak
birikirler. Yağ hücrelerinde (adipoz h.) yağ damlaları olarak depolanırlar.
Gerektiğinde, enerji veren reaksiyonlarda kullanılmak üzere
parçalanabilirler.
• Adrenalin gibi hormonlarla uyarıldıklarında, adipoz hücreleri
triaçilgliserolleri serbest yağ asitlerine hidroliz eder ve kana salınırlar,
enerji oluştururlar.
• Yağlar, karbohidratlardan daha etkili enerji depo formudur. Çünkü; yağlar
parçalandıkları ağırlık başına 2 kattan daha fazla enerji verirler. Böylece
yağlar, aynı enerji miktarı için karbohidratlara göre depolanması gereken
vücut ağırlığının yarısından daha azını depolarlar. Bu hareketli
olmalarından ötürü özellikle hayvan hücreleri için önemlidir.

39
Lipitler üç başlıkta toplanabilir:
• Yağlar (Triaçil gliseroller)
• Steroidler (kolesterol ve bazı hormonları içine alır)
• Fosfolipidler (PL’ler)

40
• PL’ler, hücre zarlarının ana yapıtaşlarıdır. İki yağ asidinin polar bir baş
grupla bağlanmasından meydana gelirler.
• PL’ler, amfipatik moleküllerdir, yani, bir kısmı suda çözünebilir ve bir
kısmı suda çözünmez. PL’lerin bu özelliği, biyolojik zarların oluşumu için
temeldir.
• PL’ler, 2 hidrokarbon zincirinden oluşan hidrofobik kuyruklara ve fosfat
yada başka bir polar gruplardan oluşan hidrofilik baş gruplara sahiptir.

41
• PL’lerde (Gliserofosfolipitler), iki yağ asidi
gliserolün karbon atomlarına bağlıdır.
Gliserolün 3. karbonu bir fosfat grubuna
bağlıdır. Ancak buradaki fosfat grubu,
genelde başlıca (kolin, serin, etanolamin,
inositol gibi) küçük bir polar moleküle
bağlıdır.
• Sonuç olarak: Fosfatidil kolin, fosfatidil
serin, fosfatidil etanolamin ve fosfatidil
inositol’ü oluştururlar.
• Sfingomiyelin, hücre zarındaki tek gliserol
içermeyen bir PL’dir (2 hidrokarbon zincir
gliserolden farklı serin, fosfat ve
kolinden’den oluşan bir polar baş gruba
bağlıdır).

42
https://www.researchgate.net/figure/Triglyceride-and-phospholipid-structures_fig1_233829425
• Fosfatidilkolin molekülü. (Yağ asitleri: 16 C’lu doymuş
palmitik asit ve 18 C’lu doymamış oleik asit (çift bağ)).

43
 Fosfatidil inozitol

• Memeli hücre zarlarında temel 4 fosfolipit bulunur: Fosfatidiletanolamin,

Fosfatidilserin, Fosfatidilkolin, sfingomiyelin. (Sfingomiyelin baş grubu, serin,
fosfat, ve kolinden oluşur. Serin 2 yağ asidine bağlıdır.)
• Escherichia coli (E. coli) plazma zarında, lipitlerin %80’ni
Fosfatidiletanolamin’ dir.
44
Hücre zarlarında az miktarda bulunan
fosfatidil inositol hücre içi sinyalizasyonda
kullanılır.
(2 yağ asidi, gliserol, fosfat, inozitol)

Fosfatidilinozitol

45
• Fosfatidilinositol-4,5-bifosfat
(PIP2 ) hücre zar yapısında iç
kısımda bulunan minor bir
PL’dir. Hücre içi sinyal
iletiminde rol oynar.

46
• Fosfatidilinositol-4,5-bifosfat (PIP2)’dan, fosfolipaz C ile İnositol 1,4,5-
trisfosfat (IP3) ve diaçilgliserol (DAG) oluşturulur. (İkincil haberciler)
• Hücre içi sinyal iletiminde görevli başlıca moleküller;
 İkincil haberciler (cAMP, cGMP, IP3, DAG, Ca+2)
 Protein Kinazlar’dır.

47
İkincil habercilerden (second messenger);
 IP3, kalsiyum iyon (Ca+2) depolarından (endoplazmik retikulumdaki Ca+2
kanalına bağlanır) Ca+2 salınmasını uyarır.
 DAG, zarda kalır ve protein kinaz C’yi aktifleştirir (hücre çoğalması).

Kinaz aktivitesi, bir ya da daha fazla fosfat grubunun protein üzerindeki amino
grubuna transfer edilmesidir.

48
• Fosfolipitler, sulu ortamlarda, 3
farklı formu oluştururlar: Misel,
Bilayer tabakalar ve Lipozomlar.

(komşu fosfolipitlerin hidrokarbon yan

zincirleri hidrofobik ve van der-Waals
etkileşimleri ile, polar baş grupları da
suyla elektrostatik (iyonik) ve hidrojen
bağları ile stabilize olurlar.)

49
• Çoğu hücre zarları PL’lere ilaveten, glikolipit ve
kolesterol içerirler (hayvansal hücrelerde) .

50
Glikolipitler, karbohidrat içeren polar baş gruplara bağlı 2
hidrokarbon zincirden oluşurlar (2 yağ asidi, gliserol, şeker birimi).
Glikolipitler, PL’lere benzer amfipatik özellik gösterirler.

51
Kolesterol, lineer hidrokarbon zincirden ziyade 4 tane hidrokarbon halka
içerir. Hidrokarbon halkalar, kuvvetli şekilde hidrofobiktir, fakat
kolesterolün bir ucuna bağlı hidroksil (-OH) grup vardır ve hidrofiliktir
(zayıf olarak). Böylece kolesterol de amfipatik bir moleküldür.

52
•Lipitler, hücre zarlarındaki yapısal fonksiyonlarından başka, hücre içinde ve
hücreler arasında sinyal ileten moleküller olarak da fonksiyon görürler (hücre
çoğalması, hareketi, yaşamı ve farklılaşması gibi hücresel olayları düzenlemede
rol alırlar).
•Kolesterolden sentezlenen östrojen ve testosteron gibi steroid hormonları
(cinsiyet), 4 hidrokarbon halka içerir ve kimyasal mesenjerların değişik bir
grubudur.

53
Kolesterol’den, östrojen ve testosteron gibi steroid hormonları, kortizol, safra
asitleri ve D vitamini sentezlenir (öncülüdür).

54
• Kolesterol, steroid hormonların
öncülleri, hücre içinde haberleşmeyi
sağlarlar.
• Steroid hormonlar, sentezlendikten
sonra kan yoluyla hedeflerine taşınırlar.
Bu hormonlar hücrelere difüzyonla pasif
olarak girerler (küçük moleküller
oldukları için). Bundan sonra etki
gösterip göstermeyecekleri, hücrenin
sitoplazmasındaki özgül reseptörlerine
bağlıdır. Hormon, reseptörü ile
birleştikten sonra kompleks halinde
çekirdeğe girmektedir.

55
56
PROTEİNLER
Nükleik asitler, hücrenin genetik bilgilerini taşırken proteinler bu bilgi
tarafından gelen görevleri yerine getirirler.
En bol çeşidi olan makromoleküllerdir, her bir hücre binlerce farklı protein
içerir ve çeşitli fonksiyonları görürler:
• Hücre ve dokuların yapısal parçaları olarak iş görürler, (hemoglobin ile
oksijenin transportu gibi)
• Küçük moleküllerin depolanmasında,
• Hücreler arası bilginin iletilmesinde (protein hormonları gibi),
• Enfeksiyona karşı savunmada (antikor gibi) rol oynarlar,
• Enzim olarak biyolojik sistemlerde kimyasal reaksiyonları katalizlerler.
Böylece proteinler, hücrenin tüm aktivitelerini yönetirler.

58
• Yunanca “proteios”dan gelir ve ilk sıra, ilk mertebe anlamına gelir.
Proteinler 20 farklı aminoasitden oluşur.
Her bir amino asit:
Bir C atomuna ( α karbon) bağlı olarak;
• H atomu,
• Karboksil grup (-COO-)
• Amino grup (-NH3+)
• Değişken yan zincirler’den oluşur.
Yan zincirlerin farklı olması ve yan zincirlerin kimyasal özellikleri, protein yapı
ve fonksiyonunda her bir amino asitin rollerini belirler.

59
 Kapalı formülleri aynı fakat üç boyutlu yapıları farklı olan moleküllere
"İzomer moleküller" adı verilir.
Amino asitlerde, her iki molekülün yapısı aynı olmasına karşın H ve NH2
(amino grubu) molekülünün yerleri değişiktir.
Canlı organizmaların yapısında ise yalnızca L konfigürasyonundaki
amino asitler bulunmuş olup çok ender olarak bazı hücrelerde D
konfigürasyonuna sahip amino asitlere de rastlanılmıştır.

60
61
62
 Amino asitler, yan zincir özelliklerine göre 4 kategoriye ayrılırlar:
1. Nonpolar amino asitler: 10 tane, suyla etkileşemeyen non-polar yan zincirlere
sahiptirler. Glisin en basit amino asit’dir ve yan zinciri tek H atomundan oluşur.
Alanin, valin, lösin, izolösin, hidrokarbon yan zincirlere sahiptir. Bu aminoasitlerin
yan zincirleri hidrofobiktir ve proteinlerin iç kısmında yer alırlar ve suyla
etkileşmezler. Prolin de hidrokarbon yan zincirine sahiptir fakat siklik bir yapı
oluşturarak α C atomuna bağlı amino grubunun azotuna bağlanırlar. Sistein ve
methionin’in yan zincirler sülfür (kükürt) içerirler. Methionin oldukça
hidrofobiktir fakat sistein sülfidril (-SH) grubundan dolayı daha az hidrofobiktir.
Sisteinin sülfidril grubu, protein yapısında önemli bir rol oynar çünkü farklı sistein
birimlerinin yan zincirleri arasında disülfid bağları oluşabilir. Fenil alanin ve
triptofan da oldukça hidrofobik aromatik halkalar içerirler.

Sistein (Cys or C)
(polar olarak da
değerlendirilebilir)

63
2. Polar amino asitler: 5 tane, yüksüz fakat polar yan zincirlere sahiptirler.
Serin, threonin ve tirozin yan zincirlerinde OH gruplarına sahiptir.
Asparajin ve glutamin de yan zincirlerinde polar amid gruplarını (O=C-NH2)
içerirler. Bu amino asidlerin polar yan zincirleri suyla hidrojen bağı
oluşturabilir ve böylece bu amino asidler hidrofiliktir ve proteinlerin dış
kısmında yer alırlar.

64
3. Bazik amino asitler: 3 tane, lizin, arjinin ve histidin, yüklü bazik grupları
içeren yan zincirlere sahiptirler. Lizin ve arjinin çok bazik amino asidlerdir ve
yan zincirleri hücrelerde pozitif yüklüdür. Sonuç olarak çok hidrofiliktir ve
proteinlerin yüzeyinde suyla etkileşirler. Histidin fizyolojik pH da ya yüksüz ya
da pozitif yüklü olabilirler. Böylece hidrojen iyonlarının değişimini içeren
enzimatik reaksiyonlarda aktif rol oynarlar.

65
4. Asidik amino asitler: 2 amino asid, aspartik asit ve glutamik asit, karboksil
gruplarla sonlanan asidik yan zincirlere sahiptir. Bu amino asitler hücre içinde
negatif yüklüdür ve genelde aspartat ve glutamat olarak adlandırılırlar. Asidik
bu amino asidler çok hidrofiliktir ve genelde proteinlerin yüzeyinde yer alırlar.

66
• Amino asitler, birbirlerine peptid bağı ile bağlanırlar. Bu bağın oluşumu için
bir amino asidin α-karboksil grubundan ve diğer bir amino asidin α-amino
grubu arasında olur. Bir molekül su ayrılır.
• Polipeptidler amino asidlerin lineer zincirleridir ve genelde yüzlerce ya da
binlerce amino asit uzunluğundadır. Her bir polipeptid zincir 2 farklı uca
sahiptir. Bir uç α-amino grubunda (amino ucu) diğer ucu α-karboksil
grubunda (karboksil uç) sonlanır.
• Polipeptidler amino ucundan karboksil uzuna doğru sentezlenir.

67
• Polipeptitde amino asit sekansı aynı sırada yazılır. Proteinlerin özellikleri amino
asit sekansları ile belirlenir.
• 1953’de Frederick Sanger, insülin hormonunun tam amino asit sekansını ilk kez
belirledi. İnsülin 2 polipeptid zincirinden oluşur ve sistein amino asitleri
arasındaki disülfit bağları ile bağlanır (51 amino asit).

68
• Frederick Sanger (d. 13 Ağustos 1918 - ö. 19 Kasım 2013)

Britanyalı biyokimyager. 1958 ve 1980 yıllarında 2 kez Nobel

Kimya Ödülü kazanmıştır.

• 1958 yılında "proteinlerin yapısı, özellikle de insülinin yapısı üzerine çalışmaları için"
Nobel Kimya Ödülü kazanmıştır.

• 1980 yılında da "nükleik asitlerdeki baz dizilerinin belirlenmesiyle ilgili katkıları

nedeniyle" Walter Gilbert ile, ayrıca "nükleik asitlerin, özellikle de rekombinant DNA'nın
biyokimyası üzerine temel çalışmaları için" Paul Berg, birlikte bu ödülü kazanmıştır.

• Sanger iki Nobel Ödülü'ne layık görülen dört kişiden birisidir. Nobel Ödülü'nü iki kez
kazanan diğer kişiler şunlardır: Marie Curie (1903'te fizik, 1911'de kimya), Linus Carl
Pauling (1954'te kimya, 1962'de barış) ve John Bardeen (1956 ve 1972 fizik).

69
 Proteinlerin yapısı genelde 4 seviyede tanımlanır:
1. Primer yapısı: Polipeptid zincirinin amino asit sekansıdır.
2. Sekonder yapısı: Polipeptitin lokalize bölgeleri içinde aminoasitlerin düzenli yer
almasıdır. 2 tip sekonder yapı vardır. α-heliks ve β-sheet.
3. Tersiyer yapı: Primer yapının farklı bölgelerinde bulunan aminoasitlerin yan
zincirleri arasındaki etkileşimlerin sonucunda polipeptid zincirinin katlanmasıdır.
4. Quaterner yapı: Birden fazla polipeptidden oluşan proteinlerdeki farklı polipeptit
zincirler arasındaki etkileşimlerden oluşur.

70
 Proteinlerin sekonder yapısı
1. α-Heliks: Zincir şeklinde H bağları vardır. α-heliks yapısı en fazla iç hidrojen bağı oluşumuna imkan
tanıdığı için en kararlı ve proteinlerde en çok bulunan ikincil yapıdır.
2. β-sheet: β konformasyonunda birbirine yakın polipeptit zincirleri paralel veya antiparalel (aynı
yönde veya zıt amino-karboksil düzenlenmesine sahip olan) tabakalı yapılar oluştururlar.
Bu iki sekonder yapı, peptid bağlarının C=O (karbonil) ve NH (amid) grupları arasında hidrojen
bağları ile oluşturulur. α-heliks, polipeptid zincirinin kendi üzerindeki katlanmaları ile oluşur ve
lineer polipeptid zincirde birinci peptid bağın C=O grubu ile takiben dördüncü peptid bağın N-H
grubu arasında hidrojen bağı oluşur. β-sheet, yan yana uzanan 2 polipeptid zincir arasında
hidrojen bağları ile oluşur ve β-sheet birbirine paralel yada antiparalel olan birkaç polipeptid
zincir arasında oluşabilir.

71
https://www.ojo-7.top/products.aspx?cname=alpha+and+beta+helix
Doğada primer yapıda protein yoktur.
Sekonder yapıda proteinlere örnekler:
1. α-heliks:
Kollajen (3α heliks) (bağ doku)
Elastin (α heliks) (bağ doku)
Keratin (2α heliks) (deri pr.)
Myosin (2α heliks) (kas pr.)
2. β-sheet: İpek böceği fibrili.

Tersiyer (3 boyutlu) yapıda proteinler:

1. Fibröz proteinler: Uzun çubuk şeklinde ve dokulara sağlamlık verir. Suda
çözünmez. (α-keratin ve kollajen gibi)

2. Globüler proteinler: Yumak gibi bir görüntüsü vardır

ve yuvarlak şekillidir. Suda çözünürler.
(enzimler, antikorlar, albümin gibi)

72
3. Tersiyer yapı: Primer yapının farklı bölgelerinde bulunan aminoasitlerin yan zincirleri
arasındaki etkileşimlerin sonucunda polipeptid zincirinin katlanmasıdır.
• Tersiyer yapıda, hidrojen bağı, iyonik bağlar, hidrofobik etkileşimler, van der waals
etkileşimleri (zayıf bağlar) ve disülfit bağları (kovalent, güçlü bağlar) bulunur ve
proteinlerin katlı yapılarını stabilize ederler.
• Tersiyer yapıda proteinin iç kısmında hidrofobik aminoasitler ve proteinin yüzeyinde
(suyla etkileşen) hidrofilik aminoasitler yerleşir. Böylece katlı proteinlerin iç kısmını α-
heliks ve β-sheet şeklinde düzenlenmiş hidrofobik aminoasitler oluştururken,
proteinlerin sekonder yapılarında hidrojen bağları kurularak C=O ve N-H grupların polar
özellikleri nötralize edilmiş, kapatılmıştır.
73
 • Çoğu proteinlerde α-heliks ve β-sheet polipeptid zincirler luplarla birbirine
bağlanırlar ve globüler yapılara katlanırlar (domain olarak adlandırılırlar).
• Ribonükleaz ya da myoglobin gibi küçük proteinler tek bir birim (domain)
içerir. Daha büyük proteinler birçok farklı birim içerirler ve bu birimler
farklı fonksiyon görebilirler.

Bovine pancreatic ribonuclease, also often

referred to as bovine pancreatic ribonuclease A or
simply RNase A, is a pancreatic
ribonuclease enzyme that cleaves single-
stranded RNA.

https://en.wikipedia.org/wiki/Bovine_pancreatic_ribonuclease 74
 4. Quaterner yapı: Birden fazla polipeptidden oluşan proteinlerdeki farklı
polipeptit zincirler arasındaki etkileşimlerden oluşur.
Örneğin; hemoglobin, 4 polipeptid zincirden (globin zinciri) oluşur. Her biri
heme grubuna bağlıdır. 2 eş α zincir ve 2 eş β zincirden oluşur. Quaterner
yapıda H bağı, iyonik etkileşimler ve hidrofobik etkileşimler yer alır.
4 tane tersiyer yapı vardır.

Hemoglobin, kandaki oksijen taşıyıcısı olarak

kırmızı kan hücrelerinde bulunur, oksijeni
akciğerlerden vücudun geri kalanına taşır.

https://themedicalbiochemistrypage.org/hemoglobin-and-myoglobin/
75
 • Heme grubu: Myoglobin ve hemoglobinde oksijen bağlanma bölgesidir.
Heme, demir atomu ve organik kısımdan oluşur. Organik kısım
protoporfirindir ve 4 pirol halkasından oluşur. Fe atomu, ferröz (+2) ya da
ferrin (+3) olabilir. Yalnız +2 redükte durumunda (ferro hemoglobin)
oksijene bağlanabilir.

https://www.drawittoknowit.com/course/biochemistry/glossary/biochemical-pathway/hemoglobin-
myoglobin-1-prosthetic-heme-group
76
• 1958 de John Cowdery Kendrew ilk kez bir proteinin myoglobinin 3 boyutlu
yapısını belirledi. Myoglobin 153 aminoasit ile nispeten basit bir proteindir ve
oksijen transportundan sorumludur. Myoglobinde polipeptid zincir, bir tane heme
grubu (oksijen bağlanma bölgesi olarak iş görür) etrafında katlanmıştır.
• Sonra 3000 proteinden fazla proteinin 3 boyutlu yapısı belirlenmiştir.
• Myoglobin gibi proteinlerin çoğu kompakt yapılara katlanmış polipeptid zincirli
globüler proteinlerdir.

Myoglobin, kaslarda oksijen depolayan protein

olarak fonksiyon görür ve kaslar çalışırken
oksijeni serbest bırakır.

Max Ferdinand Perutz hemoglobin ve John Cowdery Kendrew myoglobin üzerindeki

çalışmaları ile 1962 Nobel Kimya ödülünü paylaştılar.
77
https://www.dreamstime.com/structure-human-myoglobin-molecule-myoglobin-iron-oxygen-binding-protein-myoglobin-iron-oxygen-binding-image192071194
 İyi Dersler

İyi Çalışmalar
 Monosakkaritlerin Asimetrik merkezleri vardır

• Dihidroksi aseton dışında tüm monosakkaritler bir veya daha fazla

Asimetrik C atomu içerirler
• Asimetrik C atomu varlığı moleküle optikçe aktivite kazandırır.
• Düz polarize ışın demeti optikçe aktif bir çözelti içinden geçirildiğinde sağa
(+ ) (D) dekstrorotatuar veya sola (-) (L) levorotatuar sapar.

79
 D-L izomerizm

• Memelilerde monosakkaritlerin çoğu D şeker.

• Metabolizmadan sorumlu enzimler bu konfigurasyona spesifik.
• Asimetrik karbon atomu bileşiğe optikçe aktiflik verir.

80