Dnešní schůzka

Co si tedy dnes navrhl udělat je první využít pouze jednu z os, např. x-ovou, ve které se bude
simulovat polymerace.
V této ose, pro každé i (tj. č. simulace anebo taky č./index simulovaného řetězce) bude vždy hodnota
(délka řetězce) právě pro jeden z druhů řetězců.
Sašo, co tě k tomu vedlo – kam nás to dovede?
Pokud to takto uděláme (s tím, že už budeš mít ve struktuře klidně i předpřipravené další osy
y,z - prozatím prázdné), budeš mít univerzální strukturu, která Ti umožní ukládat jak lineární
řetězce (vždy jen ve směru jedné osy a v ní buď R, D nebo G typ, nic jiného), tak hvězdice,
které můžou mít v každém směru x, y či z jednu ze tří možností R, D, G). Opakuji, že je tam
zásadní rozdíl oproti aktuální implementaci, kde index i (pořadí řetězce) například i = 26 ve
vektoru R, tedy R(26) ukazuje na délku odlišného řetězce, než třeba D(26). V implementaci,
kterou navrhuji, bude index i v této struktuře ukazovat vždy na jednu unikátní
makromolekulu - buď lineární (typ ryze R, D či G) anebo hvězdici (kombinaci těchto tří
možností přes 3 ramena/osy).

Vlastní návrh
Napadá mě, že by mohlo být snad lepší využít již všech tří os ale s tím, že by v každé vždy byl
generován právě jeden z druhů řetězců.
Ovšem, ani to, co zde navrhuju já se mi nezdá optimální – je mi jasné, že si nejprve přeješ zjistit, jestli
bude implementace správně provedena – jestli se nám budou shodovat obdržené hodnoty
s hodnotami původního modelu.
Nene, kombinace všech tří os bude využita pouze při ukládání hvězdic. Ty bys teď měl
nejdříve modifikovat strukturu na ukládání řetězců a testovat její funkčnost čistě na lineární
polymeraci, abychom si byli jisti, že při implementaci struktury se nezměnila dosavadní
funkčnost modelu.

Možné rozuzlení
Proto si myslím, že by bylo snad nejlepší udělat to, že bychom vzali pouze jednu osu a v této volně
nechali růst řetězce všechny 3 – obdrželi bychom tak tím vlastně matici 3 vektorů R, D a G v ose x,
ovšem – neboť osa x je jediná osa,
její důležitost se ztrácí, a tím se nám výsledek simulace redukuje zpět do původního znění, čímž
bychom mohli jednoduše zjistit správnost modelu.
Současné vektory R, D, G sice můžeš zkombinovat do jedné matice, ale nic tím nezískáš.
Rozhodně to není vhodné pro navrhovanou obecnou strukturu, protože by jsi tímto
způsobem získal na jednom ramenu hvězdice (ve směru jedné osy) kombinaci tří délek
řetězců R, D, G, což je podle mě hybrid, který nedává chemicky smysl.
jak píšeš - začni s j = 1, zaplňuješ jen jednu osu, probíhá lineární polymerace. Budeš
samozřejmě muset upravit i konverzi původních vektorů R, D, G (nyní matic) na distribuci
molvah, ale tak jako tak, pokud to uděláš správně, výsledky by měly být pořád stejné.

Pak teprve můžeš do makro-modelu přidat bilanci terciárního alkoholu, načítat ji v mikro-
modelu a následně přidávat související reakce vedoucí k růstu hvězdiček. Pak už nemáme
moc validovat čím, ale rozhodně by se měly zvyšovat molváhy polymeru s větší koncentrací
glycerolu.