Canlıların kimyasal

kompozisyonu
Dr. Öğr. Üyesi Muhammed Kamil Turan
Karabük Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji ve Genetik
Ana Bilim Dalı

2021
 Biyolojinin kimya ile ilişkisi

 Çok basit olarak biyoloji ve kimyayı ayrı bilim disiplinleri olarak

düşünüp aralarında bir ortaklığın olmadığını düşünebilirsiniz
 Amazon Yağmur Ormanları’ndaki ‘ŞEYTAN BAHÇELERİ’ hakkında ne
düşünüyorsunuz?
 Bu bahçede tek bir tür bitki yaşar Duroia Hirsuta,
 Başka bir bitki bu bahçede bulunmaz izole bir alandır,
 Ormanın kötü ruhuna ithafen Amzon yerlileri Devil Garden olarak isimlendirmiştir.
 Bir ruhun o bahçenin bahçıvanı olduğunu düşünülür (Mit).
 Şeytan Bahçesi hakkındaki hipotezler

 Bu bahçelerde hemen
tamamen tek bir türün
hakimiyeti vardır.
 Duroia Hirsuta: Küçük çiçekli,
içi boş bir bitki türüdür.
 İki hipotez kurulmuştur.
 Myrmelachista Schumanni
karıncaları tarafından
korunur
 Duroia Hirsuta kendi kendini
korur.
 Ama nasıl?
 Çözüm ortağı karıncanın doğal
konakçısı olmayan Cedrela fidanları
 Bu hipotezleri test etmek
için:
 Bahçe içine ve bahçe dışına
karıncaların konağı olmayan
Cedrela bitkisi ekilmiştir.
 Cedrela fidanalarının içeri
ve dışarı ekilen bazılarının
etrafına böcek geçişini
engelleyecek reçine
koruması yapılmıştır.
 Böylece içeride ve dışarıda,
korunmuş ve korunmamış
fidanlar elde edilmiştir.
 Çözüm ortağı karıncanın doğal
konakçısı olmayan Cedrela fidanları
 Sonra Cedrela
yapraklarındaki karınca
aktivitesini belirlemek için
ölü alanların tek tek
ölçümü yapılmıştır.
 Çözüm ortağı karıncanın doğal
konakçısı olmayan Cedrela fidanları
 Sonra Cedrela
yapraklarındaki karınca
aktivitesini belirlemek için
ölü alanların tek tek
ölçümü yapılmıştır.
 Çözüm ortağı karıncanın doğal
konakçısı olmayan Cedrela fidanları
 Sonuç olarak Myrmelachista
Schumanni türü karıncaların kendi
konakçıları olayan ağaçların
yapraklarına formik asit enjekte
ederek yaprak ölümüne neden
oldukları ve bu bahçede bu vasıta
ile birer bahçıvan görevi
üstlendikleri sonucuna varılmıştır.
Namib Çölündeki gizemli daireler ‘fairy
circle’
 Namib Çölündeki gizemli daireler ‘fairy
circle’
 Çorak Namibya çöl
toprağında bitkilerin belirli
çaplı daireler içinde
yetişmediği bu çapın
dışında birden bire gür ve
sık olarak yetiştiği
dairelerdir.
 Henüz sırları çözülemedi,
fakat:
 Meteorlar
 Radyoaktif toprak
 Toprağın kimyasal farklılığı
 Namib Çölündeki gizemli daireler ‘fairy
circle’

• 6 yıl ve 40’a yakın geziden sonra

bir kum termiti olan P. alloceru
‘nun bu yıkımdan sorumlu
olabileceği savı ortaya atılmış ve
1200 millik bir sahada binlerce
dairede yapılan araştırmalar
tarafından doğrulandı
• Termitler kuru sezonda bitki
köklerini yiyerek besleniyor ve
yağmur sezonunda ise bitkiler
tekrar yeşeriyor.
 Neler biliyoruz

 Neil Campbell bir gün bir hava alanında beklerken şöyle bir iddia
ortaya atıldığını duydu. ‘Endüstriyel ya da tarımsal faaliyetler
sonucu ortaya çıkan kimyasal atıkların çevreyi kirletmeleri
konusunda kaygılanmak paranoyakça ve cahilcedir. Neticede bu
atıklar çevremizde zaten bulunan atomlardan yapılmıştır.’
 Kısa tanımlar

 Organizmalar maddelerden oluşur; madde uzayda yer işgal eden ve

kütlesi olan her şeyi ifade eden bir kavramdır.,
 Madde elementlerden oluşur; element kimyasal tepkimelerle başka
bileşiklere parçalanamayan maddedir.
 Bileşik, belirli oranlarda bir araya gelen iki ya da daha çok elementi
içeren maddelere verilen addır.
 Kendini oluşturan elementlerin kimyasal ve fiziksel özelliklerini taşımazlar.
 NaCl, H2O
Kısa tanımlar
 Hücrenin inorganik ve organik
kompozisyonu
 Hücrenin kimyasal kompozisyonunu incelenirken:
 Organik kompozisyon:
 C, H, O ve bazen N, P atomu bulundururlar
 İnorganik kompozisyon
 Karbon atomu bulundurmazlar
 Lakin şunlar hariç tutulmalıdır:
 CO, CO2, HCO3
 Hücrenin inorganik kompozisyonu

 Doğal elementlerin yaklaşık %20-25 ‘i bir organizmanın sağlıklı bir

şekilde büyüyüp gelişmesi için gereklidir. Bunlara zorunlu elementler
adı verilir.
 Bunların dört tanesi (C, H, O, N) canlıların yapı taşlarının %96’sını
oluşturmaktadır.
 Geri kalan yaklaşık %4’lük kısım ise (Ca, P, K, S, Na, Cl, Mg) ve “İz
Elementler ( %0,01’den daha az oranda)” dediğimiz (B, Cr, Co, Cu, F,
I, Fe, Mn, Mo, Se, Si, Sn, V ve Zn) elementlerdir.
 Hücrenin inorganik kompozisyonu

 İz elementlere vücut kimyamız içinde çok çok az oranda bulunsalar

da hayati görevler üstlenirler:
 Fe: Hemoglabin molekülü üzerinde oksijen taşınması
 I: Tiroid hormonu sentezi
 Hücrenin inorganik kompozisyonu

Biyolojik açıdan önemli bir takım sorular:

• Nerede bulunurlar?
• Nasıl depo edilirler?
• Nasıl kullanılırlar?
• Nasıl atılırlar?
 Hücre su içeriği

 Hücrelerin yaklaşık olarak %70 -

%80 kadarı sudan oluşur.
 Yaşam için gerekli olan anyon
ve katyonlar bu sıvı içinde
çözünmüş durumdadır.
 Hücre su içeriği

 Bu elementler sıvılar içinde çözünmüş

halde bulunurlar.
 Canlı sistemde sıvılar iki
kompartımanda incelenir.
 Intrasellüler
 Extrasellüler
 Intravasküler (damar içi)
 Intersellüler (hücreler arası)
 Intertisiel (dokular arası)
 Hücre su içeriği

 Hücreler semipermeable bir Membran ile dış ortamdan ayrılırlar.

 Membran ile ayrılan kompartman intrasellüler saha olarak adlandırılır.
Bu kısımda ki sıvıya ise intrasellüler sıvı adı verilir.
 Membran ile ayrılmış sahanın dışına intersellüler saha ve bu kısımdaki
sıvıya ise intersellüler sıvı adı verilir.
 İntersellüler sahada intersellüler sıvı
 İnterstisiyel dokular arası mesafe ve interstisiye sıvı
 Intravasküler damar içi saha ve intravasküler sıvı
 Hücre su içeriği

 Hücre içindeki en önemli

elektrolitler: Elektrolit
Değerli Extrasellüle Intrasellül
E/I I/E
ği r er
 Potasyum,
Ca++ 2 5 1 5 0,2
 Magnesium, 0,03546
K+ 1 5 141
 Fosfatlar. 1 28,2
0,0704
 Hücre dışının en önemli Na+ 1 142 10 14,2
23
elektrolitleri: 0,05172 19,333
Mg++ 2 3 58
 Kalsiyum, 4 33
SO-- -2 1 2 0,5 2
 Sodyum,
0,3571
 Klor. HCO3- -1 28 10 2,8
43
 Bu oranların değişmesi 0,05333
Fosfatlar 4 75
3 18,75
homeostasisin ve dolayısı ile
0,0307
organizmanın sonu demektir. Cl- -1 130 4 32,5
69
 Hücre su içeriği

 Hücre içindeki en önemli

elektrolitler: K+
Mg++
 Potasyum,
P
 Magnesium,
 Fosfatlar.
 Hücre dışının en önemli
elektroklitleri: Ca++
 Kalsiyum, Na+
Cl-
 Sodyum,
 Klor.
 Hücrenin organik kompozisyonun dört
ana yapı taşı
The Approximate Chemical Composition of a
 Hücreler 30 karbona kadar Bacterial Cell*
küçük monomer şeklinde ki PERCENT OF TOTAL CELL
WEIGHT
NUMBER OF TYPES OF
EACH MOLECULE
pek çok zaman sıvılar içinde Water 70 1

serbest bir şekilde çözünmüş Inorganic ions

Sugars and precursors
1
1
20
250
halde bulunan moleküller Amino acids and 0.4 100
precursors
içerir. Nucleotides and 0.4 100
precursors
 Bunlar karbonhidratların, Fatty acids and 1 50
precursors
yağların, proteinlerin ve Other small molecules 0.2 ~300

nükleik asitlerinde Macromolecules

(proteins, nucleic acids,
26 ~3000

yapıtaşlarıdır. and polysaccharides)

* The Cell 6th Edition

 Hücresel aktiviteleri düzenlerler
Hücrenin organik kompozisyonun dört
ana yapı taşı
The Approximate Chemical Composition of a
Bacterial Cell*
PERCENT OF TOTAL CELL NUMBER OF TYPES OF
WEIGHT EACH MOLECULE
Water 70 1
Inorganic ions 1 20
Sugars and precursors 1 250
Amino acids and 0.4 100
precursors
Nucleotides and 0.4 100
precursors
Fatty acids and 1 50
precursors
Other small molecules 0.2 ~300
Macromolecules 26 ~3000
(proteins, nucleic
acids, and
polysaccharides)

* The Cell 6th Edition

 Karbon

 Hücredeki organik
bileşiklerin çok büyük bir
bölümü direk olarak karbon
atomu içerir.
 Karbon yanında O, S, H, N
‘de bulundurabilirler.
 Bunun en temel nedeni C ‘un
4 valance eletktrona sahip
olmasıdır
 Hidrokarbon

 Karbon atomu yanında fonksiyonel grup olarak sadece H atom ya

da atomlarının bulunması durumunda hidrokarbon denen bileşikler
oluşur.
 Hidrokarbonlar insanlığın enerji kaynaklarının büyük bir bölümünü
oluşturur.
 Örneğin metan gazı bir karbon ve etrafından 4 H atomundan oluşur.
 Örneğin propan gazı 3 karbon ve onun etrafında 6 adet H atomundan oluşur

Metan Etan Propan Bütan

 Hidrokarbon

 Farklı uzunluklarda olabilirler.

İsimlendirilmeleri de bu şekilde
yapılır. Metan Etan Propan Bütan
 Dallanma gösterebilirler.
 Çift bağlar içerebilirler.
 Halkalar yapıya katılabilir.
 Hidrokarbon

 Hidrokarbonlar hücrede çok yaygın olarak bulunmazlar.

 Makromoleküllerin fonksiyonel gruplarında sıklıkla karşımıza çıkarlar
(metil çok büyük oranda bulunur).
 Çok miktarda enerjinin ortaya çıktığı tepkimelerde sıklıkla karşımıza
çıkarlar.
 İzomer

 Aynı atomun aynı sayıda bulunduğu lakin sahip oldukları farklı yapı ile
birbirinden ayrılan bileşiklere izomer adı verilir.
 Yapısal izomeri
 cis/trans izomeri
 Enantiyomer
 Yapısal izomeri

 Atomların kovalan düzenlenişi

aynıdır.
 Lakin karbon iskeletin kovalan
düzenlenişleri farklıdır.
 Cis/trans izomeri

 Karbonlar aynı atomlara

kovalent bağlarla bağlıdırlar
ancak bu atomlar karbon
atomlarının arasındaki çift
bağların esnek olmamasından
dolayı uzaydaki
konformasyonları bakımından
birbirinden ayrıdır. Bu küçük fark
bile biyolojik canlıların
fonksiyonlarını ciddi derece de
etkiler.
 Retinal rodopsinin ışık etkisiyle
 Enantiyomer

 Birbirinin ayna görüntüsü olan

dört tane farklı gruba bağlı bir
asimetrik karbon atomunun
varlığında enantiyomer izomeri
ortaya çıkar. Sağ el ve sol-el
enantiyomerleri şeklinde
isimlendirilir.
 İbuprofen
 Albuterol
 Metanfemtamin
 Enantiyomerlerde biyolojik
aktivite genelde sadece bir
formdadır.
 Diğer form ise aktif formun
etkisini baskılar
 Bileşiklerin fonksiyonel grupları onların
farklı işlevlerinden sorumludur
 C – H bağı kovalan bir bağdır hem C ‘nin hem de H’nin
elektronegativitesi neredeyse aynı olduğundan elektron iki atom
arasında neredeyse düzenli olarak dağılır, bu yapı onu nonpolar bir
hale sokar.
 Hücreler tarafından sentezlenen organik bileşiklerin büyük bir kısmı C,
H’den oluşmuş olsa da onlara farklı yeni özellikler katacak yan
gruplara ihtiyaç duyarlar.
 Bu yan gruplar molekülün charge seviyesini değiştirir bu nedenle de
fonksiyonel grup olarak adlandırılırlar.
Bileşiklerin fonksiyonel grupları onların
farklı işlevlerinden sorumludur
 Makromoleküller

 Makromoleküller çoğunlukla küçük öncüllerin birbiri ardına birbirlerine

zincir şeklinde bağlanmaları neticesinde oluşur.
 Örneğin:
 Glikojen
 Nişasta
 DNA
 RNA
 Selüloz
 Kitin
Makromoleküller
 Makromoleküller

 Makromoleküller oldukça farklı yapılarda olsalar da ve fonksiyonel

grupları birbirlerinden farklı da olsa hemen hemen aynı kimysal
yollardan geçerek oluşurlar.
 Bir önceki subunitin –H grubu ile bir sonraki subunit’in –OH grubu
arasında kovalan bir bağ oluşur.
 Bu bağ neticesinde –H ve –OH arasında bir molekül –H2O molekülü
oluşur ve bu tepkime kondenzasyon olarak adlandırılır.
 Dehidrasyon sentezi
 Subunitlerin birbirinden ayrılması için hidrasyon tepkimesi olması
gerekir ve enerji gerektirir.
 Hidroliz
Makromoleküller
 Protein

 Proteinler aminoasit adı verilen birimlerin birbiri ardına dizilerek

aralarında peptit bağı oluşturmaları ile meydana gelen bir
makromoleküldür.
Protein
Protein
Protein
Protein
 Nükleik asit

 Nükleik asitlerin yapı taşları nükleotid denen

ünitelerdir.
 Canlılarda iki grup nükleik asit vardır.
 DNA
 RNA
 Hemen hemen tüm nükleik asitlerin
monomerleri:
 Adenin
 Guanin
 Citozin
 Timin
 Nükleik asit

 Hemen hemen tüm nükleik

asitlerin monomerleri:
 Adenin
 Guanin
 Citozin
 Timin
 Aralarında fosfodiester bağı
bulunur
 Nükleik asit

DNA RNA
 Karbonhidratlar

 Hem şekerkeri hem de bunların polimerlerinden oluşan biyolojik

olarak oldukça aktif makromoleküldürler.
 Monosakkaritler yaygın yapıtaşlarıdır ve (CH2O)n farklı sayılarda
tekrarlarıdan oluşur.
 En iyi bilineni glukoz olup n=6 için (C2H12O6) şeklinden ifade edilir.
 Başta beyin olmak üzere tüm vücudun en basit enerji kaynağıdır.
 İki monosakkaritin dehidrasyonu sonucunda disakkartiler ortaya çıkar.
Karbonhidratlar
Karbonhidratlar
 Karbonhidratlar

 Polisakkaritler ise yüzlerce ya da binlerce monosakkaritin glikozidik

bağlarla bağlanması şeklinde oluşurlar.
 Bunların biyolojik aktiviteleri genelde depo şeklindedir.
 İyi bilienen iki örnek olarak Glikojen ve Nişasta verilebilir.
 Glikojen insan ve hayvanların glikozu kaslarda depo etme formudur.
 Nişasta bitkilerde glukozun depo formudur.
 Yağlar

 Yağlar polimer değildirler fakat küçük birimlerin farklı tekrarlaını

içerdikleri ve sentezlerinde dehidrasyon sentezi şeklinde
gerçekleşmeleri nedeni ile makromolekül olarak sınıflandırılmıştır.
 YAĞ = GLİSEROL + YAĞ ASİDİ
 Yağ asidi genelde 16 ya da 18 karbonludur.
 Gliserol ile 3xYağ Asidi birleşerek yağ molekülünü oluşturur.
 Arada ester bağları oluşur. Ester bağları kovalen özelliktedir.

 Yağlar su ile karışmaz.

Yağlar
Yağlar
 Kaynaklar

 The Cell 6th Edition

 Campbell Biology 9th Edition,
 Frederickson, M. E., Greene, M. J., & Gordon, D. M. (2005). Ecology:‘Devil's gardens’
bedevilled by ants. Nature, 437(7058), 495-496.
 Jankowitz, W. J., Van Rooyen, M. W., Shaw, D., Kaumba, J. S., & Van Rooyen, N.
(2008). Mysterious circles in the Namib Desert. South African Journal of Botany,
74(2), 332-334.
 The Biological Underpinnings of Namib Desert Fairy Circles, Norbert Juergens;
Science 29 Mar 2013;Vol. 339, Issue 6127, pp. 1618-1621; DOI:
10.1126/science.1222999
 www.ncbi.nlm.nih.gov [Section:Book Topic:Chemical Composition Of The Cell <2016>]