DNA footprinting

DNA footprinting là một phương pháp nghiên cứu sự tương tác giữa protein-DNA . Kĩ thuật này
cực kì hiệu quả trong nghiên cứu về sự liên kết cũng như vị trí các protein liên quan đến điều hòa
, khởi đâu quá trình phiên mã , các yếu tố hoạt hóa hay protein ức chế biểu hiện gen .

Phương pháp :
Nguyên lý của phương pháp đó là khi protein gắn với một vùng DNA thì nó sẽ bảo vệ trình tự
DNA này không bị các nuclease phân cắt .
Mẫu DNA được khuếch đại bằng phản ứng PCR được đánh dấu ở đầu 3' hoặc 5' có thể được
sử dụng dấu phóng xạ và huỳnh quang để đánh dấu DNA ( Đánh dấu phóng xạ rất nhạy và tối ưu
để hiển thị một lượng nhỏ DNA tuy nhiên có thể ảnh hưởng đến sức khỏe con người . Đánh dấu
huỳnh quang sẽ an toàn hơn tuy nhiên, việc tối ưu hóa khó khăn hơn vì không phải lúc nào cũng
đủ nhạy để phát hiện nồng độ thấp của chuỗi DNA mục tiêu được sử dụng trong các thí nghiệm
DNA footprinting ) . DNA được chia vào 2 ống nghiệm , 1 ống chỉ có DNA mẫu , ống còn lại sẽ
có thêm protein cần nghiên cứu tương tác với DNA . Bổ sung enzym nuclease ( ví dụ DNAse I )
vào 2 ống , sau đó cho biến tính mẫu ( tách DNA ra khỏi protein ) và đem mẫu DNA sau khi cắt
điện di trên Gel và chụp ảnh bằng kĩ thuật phóng xạ tự chụp ( khi mẫu DNA đánh dấu phóng
xạ ).Khi một vùng DNA được protein bảo vệ thì kết quả sẽ xuất hiện 1 khoảng trống , hay “dấu
chân” , so với một phổ nhiều băng liên tục tạo ra ở mẫu không chứa protein . Trong thí nghiệm
nghiên cứu với 1 đoạn DNA chứa vùng điều khiển đã biết , sự xuất hiện của dấu chân với đoạn
DNA chứa vùng điều khiển đã biết chỉ ra rằng yếu tố phiên mã gắn với vùng điều khiển này nằm
trong mẫu protein thí nghiệm .

Ứng dụng
In vivo footprinting có thể phân tích các tương tác protein-DNA đang xảy ra trong tế bào tại
một thời điểm nhất định , phân tích các yếu tố điều hòa phiên mã , DNA footprinting có thể kết
hợp với phương pháp kết tủa miễn dịch protein để nghiên cứu sự tương tác đặc hiệu của 1
protein nhất định . Phương pháp cũng có thể giúp xác định độ bền của liên kết giữa protein và
DNA bằng cách tăng dần nồng độ DNAase và quan sát “dấu chân” thay đổi như thế nào .
* Ngoài phương pháp DNA footprinting còn có phương pháp EMSA ( Electrophoretic mobility
shift assay) – Thí nghiệm đo lường thay đổi tính lưu động qua điện trường với nguyên lý độ lưu
động ( khả năng di chuyển ) của 1 đoạn DNA bị giảm khi nó gắn với một protein , dẫn đến thay
đổi vị trí băng DNA sao với đối chứng , càng nhiều protein tương tác , tốc độ di chuyển càng
giảm .
DNA footprinting