Transkripsiyon

• Genetik bilgilerin DNA dan RNA ya aktarılması

RNA polimeraz tarafından gerçekleştirilir. Bu
enzim, kalıp olarak DNA yı kullanarak
ribonükleotitler arasında fosfodiester bağlarının
oluşumunu katalizler.
• Transkripsiyonun mekanizması replikasyona çok
benzerdir ancak iki temel fark bulunur.
• A) transkripsiyonda replikasyona göre çok küçük
bir molekül üretilir.
• B) Transkripsiyonda DNA nın sadece bir ipliği
kullanılır.
• Transkripsiyon işlemi başlama, uzama ve
sonlanma olmak üzere üç aşamada gerçekleşir.
• Başlama basamağında, RNA polimeraz DNA
üzerinde kopyalanacak genin 5’ ucunda kalan ve
promotor olarak adlandırılan özel bir bölgeyi
tanır ve burada çift sarmal açılmaya başlar.
• Transkripsiyon başladığında, süreci katalize eden RNA
polimerazın yardımıyla DNA gevşemelidir.
• Transkripsiyonda, başlatıcı diziye sahip olan DNA
zincirlerinden sadece biri kopyalanır. bu iplik duyu iplikçiği
olarak bilinirken, tamamlayıcı iplik duyu olmayan iplikçik
olarak bilinir.
• Kopyalanan mRNA, normalde sense sarmalının bir kopyasıdır,
ancak, kopyalanan antisens sarmalıdır.
• Ribonükleosit trifosfat (NTP'ler), baz çiftlemesi ile antisens
DNA zinciri boyunca hizalanır, ardından RNA polimeraz,
ribonükleotitleri bir araya getirerek, antisens zincirindeki bir
bölgeye tamamlayıcı bir ön-haberci RNA molekülü oluşturur.
• RNA polimeraz enzimi, durdurma sinyali olarak
okunan bir üçlü baz bulduğunda transkripsiyon
tamamlanır. Bu aşamada, DNA molekülü çift
sarmalı yeniden oluşturmak için geri sarılır.
• Haberci RNA'nın (mRNA) oluşumu üç aşamada
yapılır: Başlatma, uzatma ve sonlandırma
Başlatma
• Transkripsiyonun başlaması, promoter olarak bilinen bir
bölgede sinyallenir.
• Promoter, RNA polimeraz bağlanması bölgesidir, öyle ki
promoter, transkripsiyonu başlatmak için DNA üzerinde
oturması gereken polimerazı yönlendirir.
• RNA polimeraz, transkripsiyon mekanizmasını katalize
eden enzimdir.
• RNA polimeraz enzimi, enzimin -35 ile -10 bölge arasında
aralıklı olan promoter dizisini (transkripsiyonun başlangıç
​noktası) tanımasına izin veren ayrıştırıcı birim olan bir
sigma (σ) faktörüne sahiptir.
• Promoter dizisi, DNA kalıp ipliğine bağlanır ve bu molekül
boyunca hareket ederek RNA polimerazın holoenzim alt
birimi tarafından tanınır. Bu, kapalı bir destekleyici
kompleksi oluşturur.
• Tek bir DNA molekülü, çok sayıda promoter sekansına
veya kapalı promoter komplekslerine sahip olabilir.
• RNA polimeraz ile birlikte transkripsiyon faktörleri ile
bağlanan promotör bir kompleks oluşturur.
• Transkripsiyon faktörleri, transkripsiyon oranını kontrol
eden düzenleyici proteinlerdir.
• RNA polimeraz, hızlandırıcı sekansına bağlandığında, DNA
çift sarmalinin açılarak transkripsiyon hızlı bir şekilde
gerçekleşir.
 RNA POLİMERAZLAR
• RNA polimerazın DNA kalıbı çift zincirli bir DNA
molekülüdür. Fakat herhangi bir gen için iki zincirin
sadece bir tanesi transkriptlenir.
• Bakteri türlerinde bütün RNA polimerazlar
birbirleriyle benz er yapıya sahiptir. E. coli deki RNA
polimeraz b, b’, a, s sigma olmak üzere dört farklı
alt üniteye sahiptir. Alfa iki kopya halinde bulunur.
• Tüm parçaların bir arada olduğu enzime holo
enzim adı verilirken; yapıya sigma diğer
parçalara güçlü bir şekilde bağlanamaz ve
kolayca enzimin yapısından ayrılır. Kalan kısma
kor enzim adı verilir. Kor enzim kendi başına
RNA nın oluşumunu katalizleyebilir.
• Sigmanın rolü ise RNA sentezinin başlaması için
DNA üzerindeki uygun bölgenin tanınmasıdır.
• RNA polimeraz büyük bir protein olup yanında
bulunan çok fazla sayıda DNA bazı ile temas
halindedir. RNA sentezini doğru bir şekilde
başlatabilmek için RNA polimerazın DNA
üzerinde doğru bölgeye bağlanması gereklidir.
Bu bölgeye promotor adı verilir.
• RNA polimeraz promotora bağlanınca buradaki
çift sarmal DNA yı açar ve transkripsiyon başlar.
Bu sırada enzimin promotora bağlandığı
bölgede çift sarmal DNA açılır ve kalıp zincire
göre RNA sentezlenir.
• Kısa bir RNA zinciri oluşunca sigma faktörü
ayrılır ve uzama kor enzim tarafından devam
ettirilir. Transkripsiyon sonlandırıcı bölgelerde
durur.
• Böylece tüm genomu kopyalayan DNA
replikasyonunun aksine transkripsiyon ile çok
daha küçük DNA bölgesi kopyalanır.
• Bu sistem ile gerektiği zaman gerekli
proteinlerin üretimi gerçekleştirilerek gen
ifadesinin kontrolüyle hücre kaynaklarının
verimli kullanılması sağlanır.
• RNA polimerazın bağlandığı olan özel bölgeler
promotor olarak isimlendirilir. Bu enzimin bir
ünitesi olan sigma faktörü promotorların
tanınmasında önemli rol oynar.
• RNA zincirinin uzatılması işlemi sırasında RNA
polimeraz gen boyunca hareket ederek mevcut
nükleotidin ribozonun 3’-OH ına ribonükleotit
trifosfatları (ATP, GTP, UTP ve CTP) kullanarak
kalıp DNA ya tamamlayıcı RNA yı sentezler.
• Sonlanma aşamasında ise RNA polimeraz
sonlandırma dizisine gelince işlem sonlanır.
• Böylece DNA sentezinde olduğu gibi RNA
sentezinde de büyüme 5’ uçtan 3’ uca doğrudur.
Ve kalıp zincir yeni sentezlenene antiparaleldir.
Ayrıca sentez primersiz gerçekleşebilir.
Promoter ve Ökaryotlarda başlangıç
• Ökaryotlarda, RNA polimeraz, prokaryotlarda olduğu gibi
promoter sekansına doğrudan bağlanmaz.
• Bazal (genel) transkripsiyon faktörü olarak bilinen
yardımcı bir promoter, önce promoter'a bağlanır ve bu
da RNA polimerazın DNA şablonuna bağlanmasına
yardımcı olur.
• Ökaryotlar , sonunda RNA polimerazın bağlanmasına izin
veren transkripsiyon faktörleri tarafından tanınan , TATA
kutusu adı verilen bir promoter sekansına sahiptir .
• TATA kutusunda, DNA ipliklerini ayırmayı kolaylaştıran
çok sayıda As ve Ts bulunur.
Uzama
• Transkripsiyonu başlattıktan sonra, sigma (σ) faktörü
RNA polimerazdan ayrılır.
• Şablon ipliği 3 ila 5 yönünde okunur, bu da RNA
sentezinin 5 ila 3 yönünde gerçekleştiği ve nükleosit
trifosfatın (NTP'ler) enzim için substrat görevi gördüğü
anlamına gelir.
• DNA şablonundaki diğer iplik, kodlama zinciri olarak
bilinir, çünkü yeni mRNA'nın baz dizisi, tiaminin urasil
bazı ile değiştirilmesi dışında, bununla aynıdır.
• RNA polimeraz, bitişik ribonükleotidler arasında bir
fosfodiester bağı oluşumunu katalize eder.
• RNA polimeraz tarafından kullanılan enerji, yüksek
enerjili trifosfatın monofosfata bölünmesi ve
inorganik difosfatların (PPi) salınmasıyla elde edilir.
• Bir transkripsiyon balonu oluşur ve çift iplikli DNA
şablonunda sinüs transkripsiyonunun gerçekleşmesi
sağlanmalıdır. Kabarcık, uzama sırasında DNA
dupleksi boyunca hareket eder.
• Durdurma veya duraklatma yaygındır ve bunlar
daha sonra transkripsiyonun sonlandırılması için
gereklidir.
 Sonlandırma

• Bu, sonlandırıcı dizi olarak bilinen bir

durdurma dizisi tarafından sinyal verildiğinde
meydana gelen transkripsiyonu sonlandırma
işlemidir.
• Bu, RNA polimeraz, sonlandırıcı diziyi
kopyaladığında gerçekleşir.
• RNA polimeraz daha sonra çift sarmallı bir
yapıya geri dönen DNA molekülünden ayrılır.
 Rho'ya bağlı sonlandırma

• Bakterilerde iki sonlandırma yöntemi vardır.

• Bu, RNA molekülünün, DNA dizisine bağlanan Rho faktörü olarak
bilinen bir protein için bir bağlanma bölgesi içerdiği sonlandırma
sürecidir.
• Transkript, RNA polimerazına doğru tırmanmaya başlar ve
transkripsiyon balonuna ulaşır.
• Kabarcıkta Rho faktörü, RNA transkriptini ve DNA şablon zincirini
ayırarak RNA molekülünü serbest bırakır ve transkripsiyon
sürecini sonlandırır.
• Daha sonra DNA'da bulunan bir transkripsiyon durma noktası
dizisi, RNA polimerazın durmasına ve Rho faktörünün süreci
yakalamasına ve sonlandırmasına izin vermesine neden olur.
 RHO dan bağımsız sonlanma
• Protein sentezinin güvenirliliği açısından
başlamasının doğruluğu yanı sıra sonlandırılması
da doğru olmalıdır.
• RNA sentezinin sonlanması DNA üzerindeki özel
baz dizilerinde meydana gelir. Bakterilerde
merkez kısmı tekrar etmeyen ters yönlü tekrar
dizilerinden oluşan sonlandırma dizisi bulunur.
Böyle bir dizi transkriplendiği zaman RNA zincir
içi baz eşleşmesiyle sonlandırıcı olan bir gövde
halka yapısı oluşturabilir.
• Transcription signals in E.
coli DNA. (A) RNA
polymerase binds to a region
of DNA with the sequences
shown. Once the polymerase
is bound, transcription begins
with the GTA signal
(corresponding to the CAT
sequence on the
complementary strand ) and
proceeds until a termination
signal is encountered. (B) The
termination signal consists of
a “self-complementary”
sequence – one that can bind
to itself – and four to eight
adenines (corresponding to
thymines on the
complementary strand). (C)
At this point, the tail of the
mRNA forms a short double-
helix hairpin loop, and the
polymerase stops
synthesizing. Note that RNA
polymerase inserts a uracil
wherever DNA polymerase
would add a thymine.
• DNA üzerindeki en yaygın sonlandırma dizisi AT
dizilerinin takip ettiği GC zengin diziyi taşıyan
bölgedir.
• Bu dizileri içeren DNA bölgesinden sentezlenen RNA
daki GC bazları kendi aralarında eşleşerek RNA nı saç
tokası şeklinde bir yapı oluşturmasına neden olur.
• Bu yapı RNA polimeraz için fiziksel bir stres oluşturur
ve transkripsiyon burada yavaşlayarak durur. Saç
tokası oluşumunu 4 veya daha fazla urasil takip eder.
Bu urasil bazları DNA daki adeninler ile eşleşmesi
sonucu oluşan zayıf bağlar RNA nın DNA dan
kopmasına neden olur.
Ökaryotlarda gen transkripsiyonu
• Ökaryotik ve prokaryotik transkripsiyon
mekanizmaları genel yönleriyle
birbirleriyle benzerdir.
• Ancak ökaryotlarda çekirdeklerde
gerçekleşen transkripsiyon daha
komplekstir.
• Ökaryotlarda değişik tipteki genlerin
transkripsiyonunu gerçekleştiren
prokaryotik polimerazlardan daha büyük 3
farklı RNA polimeraz bulunur.
27
• RNA Pol I:Çekirdekçikte bulunur,
28S, 18S ve 5.8S rRNA genlerinin
transkripsiyonunu kontrol eder.
• RNA Pol II: Nükleoplazmada bulunur,
protein kodlayan genlerden mRNA
sentezi ve küçük ve nüklear RNA ların
sentezinden sorumludur.
• RNA Pol III: Nükleoplazmada
bulunur, tRNA, 5S rRNA, snRNA lar ve
7S RNA ların sentezini kontrol eder.

28
• Transkripsiyonun başlaması için RNA
polimeraz II genel transkripsiyon
faktörlerine ihtiyaç duyar.
• Bu faktörler olmadan RNA polimeraz II
ökaryotik promotora doğrudan bağlanamaz
ve transkripsiyonu başlatamaz.
• RNA polimeraz II tarafından transkribe
edilen bazı protein kodlayan bazı genlerin
ekspresyonu sürekli gerçekleştirilir. Bütün
hücrelerde düşük seviyelerde eksprese
edilen genler housekeeping genler olarak
bilinirler.

29
• RNA zincirinin uzaması sonlanma
gerçekleşinceye kadar devam eder.
Prokaryotik RNA polimeraz II nin aksine
transkripsiyonu sonlandıran özel bölgeler
bulunmamaktadır.
• RNA polimeraz II tarafından bir protein
kodlayan genden sentezlenen RNA molekülü
öncül transkript olarak adlandırılır.
• Prokaryotların aksine ökaryotlarda,öncül
transkriptin translasyona uğraması için
mRNA işlenerek olgun mRNA
oluşturulmalıdır.

30
 RNA işlenmesi (processing)
• Transkripsiyon sonucu üretilen mRNA,
tRNA ve rRNA lardan, prokaryotik mRNA
dışındaki bütün RNA moleküllerinin
işlevsel olabilmesi için işlenmesi
gereklidir.
• Ökaryotlarda mRNA , RNA polimeraz II
enzimi tarafından uzun bir öncül olarak
sentezlenir. Bu öncül mRNA molekülüne
heterojen nüklear RNA (hnRNA) adı
verilir.

31
RNA işlenmesi ise öncül RNA nın olgun
RNA ya dönüştürülmesi işlemidir. Bu
işlem:
• RNAya başlık takılması
• Poliadenilasyon
• RNA splicing işlemlerinden oluşur.

32
 RNA ya başlık yapısının takılması
• Öncül transkriptin sentezinden hemen
sonra 5’ ucuna metillenmiş guanin (7-
metil guanozin) başlık yapısı takılarak
modifiye edilir.
• Bu sayede 5’ ucu ribonükleaz
aktivitesinden korunmuş olur.
• Sadece ökaryotik proteinleri kodlayan
genlerin RNA transkriptlerine başlık
yapısı ilave edilir, prokaryotik mRNA,
ökaryotik tRNA ve rRNA lar
abaşlıksızdır. 33
 Poliadenilasyon
• Öncül transkriptin sentezinden hemen sonra
5’ ucuna metillenmiş guanin takıldıktan sonra,
3’ ucunda enzimatik bir kırılma meydana gelir
ve yaklaşık 100-200 adenin içeren poli A
kuyruğu ilave edilir.
• Bu kuyruk yapısı da mRNA nın 3’ ucunu
ribonüklezlar tarafından parçalanmaya karşı
korur ve mRNA nın kararlı hale gelmesini
sağlar.
• Yapılan çalışmalarda histon mRNA ları
dışındaki tüm mRNA ların 3’ ucunda poliA
kuyruğu bulunduğu tespit edilmiştir.
34
 RNA Splicing
• mRNA işlenmesindeki son aşama
intronların kesilip çıkarılması ve ekzonların
birleştirilmesi yani RNA splicing işlemidir.
• Ökaryotlarda protein kodlayan genlerin
birçoğunda intron ve ekzonlar bulunur.
Yapısında intron bulunan genlere parçalı
genler adı verilir.
• RNA splicing işlemi, ekzon-intron
sınırlarındaki fosfodiester bağlarının
kırılması ve ekzon uçları arasında yeni
bağların oluşumunu içerir.
36
 Prokaryotlarda Gen Transkripsiyonunun
Kontrolü
• Prokaryotik canlılar çevre koşullarındaki
değişikliklere hızla uyum sağlama
yeteneğindedirler.
• Dış ortamdaki değişikliklere cevap olarak
transkripsiyondaki değişiklikler pek çok
çalışmaya konu olmuştur.
• Özellikle bu konu hakkında E. coli ile çok çalışma
yapılmıştır. Ör: Bakteriler glikoz bulunan besin ortamında
üretildikleri zaman laktoz ve selüloz gibi alternatif karbon
kaynaklarını kullanmalarını sağlayacak enzimleri
üretmelerine gerek yoktur. Bu gibi gereksiz enerji
tüketimini engelleyecek şekilde değişen ortamlara uyum
sağlamak için genlerin ifadelerinin kontrolünü sağlayan
regülatör sistemler mevcuttur.
• Gen ifadesinin kontrolü transkripsiyon, mRNA işlenmesi
veya translasyon gibi farklı düzeylerde ortaya çıkabilir.
• Gen regülasyonu negatif veya pozitif olabilir.
 Gen Transkripsiyonunun Negatif Kontrolü

Laktoz Operonu
• Prokaryotik genler genellikle tek bir regülatör
bölge tarafından kontrol edilen operatörler
halinde organize olmuşlardır.
• Bu sayede gen transkripsiyonunun kontrolü
kolaylaşmıştır. İşlevsel olarak ilgili genlerin
oluşturduğu gen kümelerine operon adı verilir.
En çok çalışılmış ve en çok bilgiye sahip olunan
laktoz operonudur.
• Bu operon, laktoz metabolizmasında
işlev gören;
• galaktoz permeaz=laktoz permeaz
• Beta galaktozidaz
• Tiyogalaktosid transasetilazı kodlar.
• Normalde E. coli bu enzimleri çok az
seviyede sentezler. Ancak ortama laktoz
ilave edildiği zaman her bir enzimin
sentez hızında artış görülür. Bunun gibi
sadece gerektiği zaman sentezlenen
enzimlere indüklenebilir enzimler adı
verilir.
• Yine ortam koşullarını gözetmeksizin
sürekli sentezlenen enzimlere ise
konstitüf enzimler adı verilir.
• lac operonunun
indüksiyonunda ,
hücrelerde indüksiyondan
önce Beta galaktozidaz
molekülleri laktozu
allolaktoza dönüştürerek
ve bu molekül indükleyici
olarak üç enzimin sentezini
indükler.
• lac opreonunun bir diğer
indükleyicisi IPTG
(izopropiltiyogalaktozit)
olarak bilinen laktozun
kükürtlü sentetik
analoğudur.
http://biochem.co/page/3/
• Operon modeli, bir regülatör gen, bir operatör bölge
ve yapısal genlerden oluşur. lac operonu da; sırasıyla
beta galaktozidaz, permeaz ve transasetilaz
enzimlerini kodlayan lacZ, lacY ve lacA genlerinden
oluşur. Ve tek bir mRNA ya transkribe edilirler
(polisistronik). Bu sayede aynı anda tüm enzim
miktarları birlikte kontrol edilebilir.
• Operonlarda, transkripsiyon yapısal genlerin üst
kısmında bulunan RNA polimerazın bağlandığı
tek bir promotorda gerçekleşir. Promotor ve
yapısal genler arasından operatör bölge ve
represör proteini kodlayan i geni bulunur.
• Represör gen, represör mRNA oluşumu için RNA
polimerazın bağlandığı kendine ait bir
promotora sahiptir.

47
• Ortamda indükleyici bulunmadığı zaman lac
operonunda i geni transkribe edilir ve üretilen
represör protein operatöre bağlanarak z, y ve a
geninin transkripsiyonuna engel olurken,
• İndükleyici mevcut iken indükleyici represör
moleküle bağlanarak onun operatöre
bağlanmasını engeller ve z, y ve a genlerinin
transkripsiyonunu dolaylı olarak aktive eder.
• Burada transkripsiyon yalnızca represörün
operatör bölgeye bağlanamadığı zaman
gerçekleştiği için negatif kontrol söz konusudur.
 CRP / KAP

• Lak operonun yüksek seviyeli transkripsiyonu, cAMP reseptör

proteini (CRP) olarak da adlandırılan katabolit aktivatör proteini
(CAP) adı verilen spesifik bir aktivatör proteininin varlığını
gerektirir.
• Bir dimer olan bu protein, 3'5 ′ siklik AMP (cAMP) ile
kompleksleşmedikçe DNA'ya bağlanamaz.
• CRP – cAMP kompleksi, RNA polimeraz için bağlanma
bölgesinden hemen yukarı akıştaki lac promotörüne bağlanır.
• RNA polimerazın bağlanmasını arttırır ve böylece lak operonun
transkripsiyonunu uyarır.
• CRP proteininin lak promotörüne bağlanıp bağlanamayacağı,
bakteri için mevcut karbon kaynağına bağlıdır.
• Glikoz mevcut olduğunda, E. coli laktozun bir karbon
kaynağı olarak kullanılmasına gerek yoktur ve bu
nedenle lak operonun aktif olması gerekmez.
• Böylece sistem glikoza duyarlı olacak şekilde gelişmiştir.
• Glikoz, ATP'den cAMP'yi sentezleyen enzim olan
adenilat siklazı inhibe eder.
• Böylece, glikoz varlığında hücre içi cAMP seviyesi düşer,
bu nedenle CRP lak promotörüne bağlanamaz, ve lak
operon sadece zayıf bir şekilde aktiftir (laktoz varlığında
bile).
• Glikoz olmadığında, adenilat siklaz inhibe edilmez, hücre
içi cAMP seviyesi yükselir ve CRP'ye bağlanır.
• Bu nedenle, glikoz olmadığında ancak laktoz mevcut
olduğunda, CRP – cAMP kompleksi lak operonun
transkripsiyonunu uyarır ve laktozun alternatif bir karbon
kaynağı olarak kullanılmasına izin verir.
• Laktoz yokluğunda, lak baskılayıcı elbette lak operonun
aktif kalmamasını sağlar.
• Bu birleşik kontroller, lacZ, lacY ve lacA genlerinin sadece
glikoz yoksa ve laktoz varsa güçlü bir şekilde
kopyalanmasını sağlar.
 Gen transkripsiyonunun Pozitif Kontrolü

• Negatif kontrolde, kontrol

elementlerinden represör proteinler
mRNA sentezinin baskılanmasını sağlar.
Ayrıca transkripsiyonun pozitif
kontrolünde, düzenleyici protein RNA
polimerazın bağlanmasını
aktifleştirdiğinden pozitif olarak ifade
edilir.
• E. coli deki maltoz katabolizması pozitif
regülasyona örnektir.
• E. coli deki maltoz katabolizması enzimleri sadece
ortama maltoz ilave edildikten sonra sentezlenir.
Bu enzimlerin sentezlenmesi Beta galaktozidazın
üretildiği şekilde gerçekleşir. Ancak burada
negatif değil pozitif kontrol söz konusudur.
• Transkripsiyon bir aktivatör protein aktivitesine
ihtiyaç duyar.
• Maltoz aktivatör proteinin DNA ya bağlanabilmesi
için önce maltoza bağlanması gerekir. Maltoz
aktivatör protein DNA ya bağlandığı zaman, RNA
polimerazın transkripsiyona başlamasına izin verir.
• Represörlerde olduğu gibi aktivatörler de
DNA da sadece özel dizilere bağlanırlar.
Bu bağlanma bölgeleri operatör değil
aktivatör bağlanma bölgesi olarak
isimlendirilir.
• Aktivatör bağlanma bölgesi tarafından
kontrol edilen genler bir operon olarak
isimlendirilir.
Aktivatör Proteinlerin bağlanması
• Negatif kontrolde repressör operatöre
bağlanır ve transkripsiyonu engeller.
• Pozitif kontrol edilen operonların
promotorları korunmuş korunmuş bir
nükleotit dizisine sahip değildir, bu
nedenle doğru sigma faktörüne rağmen
RNA polimeraz bu promotoru tanımada
zorlanır.
• Aktivatör proteinin DNA ya
bağlanması ise polimerazın
promotora bağlanmasını kolaylaştırır
ve transkripsiyon başlar.
• E. coli de çoğu genler pozitif kontrol
altında olan promotorlara, bir çoğu
da negatif kontrol altında olan
promotorlara sahiptir.

57
 Ökaryotlarda gen transkripsiyonunun
kontrolü
• Ökaryotlarda gen transkripsiyonunu
kontrolü prokaryaotlara göre daha
karmaşıktır. Bunun sebepleri olarak:
• Ökaryotik hücrelerin prokaryotik hücrelere
göre çok daha fazla genetik bilgi içermesi
• DNA nın kromatin yapısını oluşturmak üzere
histonlar ve diğer proteinlerle birleşmesi
• Transkripsiyonun ökaryotlarda çekirdekte
translasyonun ise sitoplazmada
gerçekleşmesi bu sayılabilir.

58
• Ayrıca her bir ökaryotik genin kendi
promotorunun bulunması,
• Prokaryotik genlerin represör proteinler
tarafından aktivitesinin kontrol edilmesi,
• Ökaryotlarda ise represör proteinlerden
çok transkripsiyonel aktivatörlerin
transkripsiyonu kontrol ettiği
bilinmektedir.

59
• Ökaryotlarda ve prokaryotlarda transkripsiyonun bazı
benzerlikleri ve farklılıkları vardır.
• Benzerlikler
• Ortak benzerliklerden bazıları şunlardır;
• DNA, her iki organizmada da şablon olarak kullanılır
• RNA polimeraz, her iki organizmadaki tüm mekanizmayı
kolaylaştıran ana enzimdir.
• RNA molekülü, her iki organizmada da son üründür
• Transkriptin kimyasal bileşimi her iki organizmada da
aynıdır
 Farklılıklar
• Ökaryotlar ve prokaryotlar arasındaki transkripsiyondaki
başlıca farklılıklar şunları içerir:

• Prokaryotların üç promoter elementi vardır, yani -10, -35

promoter ve upstream elementler
• Ökaryotların birçok farklı destekleyici elemanı vardır, yani
TATA kutusu, başlatıcı elemanlar, aşağı akışlı çekirdek
destekleyici, CAAT kutusu ve CG kutusu
• RNA polimeraz:
• Prokaryotlar, RNA sarmalının sentezine yardımcı olan bir tür
RNA polimerazına sahiptir.
• Ökaryotlar, RNA zinciri sentezine yardımcı olan üç tip RNA
polimeraz I, II ve III'e sahiptir.
 Başlatma:

• Ökaryotların başlangıç ​kompleksi, başlatma sürecinin

tamamlanmasıyla ayrışan çeşitli transkripsiyon faktörlerinden
oluşur.
• Prokaryotlar bir başlatıcı kompleks oluşturmazken
• Transkripsiyon ve çeviri eşzamanlılığı
• Diğer bir önemli fark, prokaryotlarda, transkripsiyon ve
translasyonun ökaryotlarda aynı anda meydana gelmesi,
transkripsiyonların tercüme mekanizması başlatılmadan önce
tamamlanması gerektiğidir.
• Ökaryotlardaki RNA, çeviriye ilerleyen olgun bir mRNA oluşturmak
için kapatma, poliadenilasyon ve ekleme gibi transkripsiyon sonrası
değişikliklere uğrar. Bu işlemler prokaryotlarda gerçekleşmez
• RNA genetiği
• Prokaryotlardaki mRNA, tek mRNA'da birçok farklı gene
sahiptir, bu nedenle polisistronik olarak adlandırılırlar.
• Ökaryotlar, bir mRNA molekülü üzerinde tek bir gene
sahiptir, dolayısıyla monosistronik olarak adlandırılır.
• Sonlandırma
• Prokaryotlarda sonlandırmaya, Rho'ya bağımlı veya
Rho'dan bağımsız faktörler yardımcı olurken,
ökaryotlarda transkripsiyon, poli-adenile (A) sinyal ve
aşağı akış sonlandırıcı sekans ile sonlandırılır.
 Ters transkripsiyon
• Bu, RNA'nın DNA'ya dönüştürülmesidir, bu sayede
RNA, tamamlayıcı DNA (cDNA) olarak bilinen bir
DNA türünün sentezinde şablon görevi görür.
• Merkezi dogma, DNA sentezini (replikasyon), RNA
sentezini (transkripsiyon), protein sentezini
(translasyon) ve cDNA sentezini (ters
transkripsiyon) içeren mekanizmaları tanımlar. Bu
nedenle, RNA için DNA kodları, proteinler için
RNA kodları ve RNA ayrıca ters transkripsiyon
durumunda DNA için kodlama yapabilir.
• RNA kodlu virüsler, ters transkripsiyon
mekanizmasından geçer ve burada genomik RNA, ters
transkriptaz enzimi yardımıyla DNA'ya dönüştürülür.
• Ters transkripsiyon ayrıca retrotranskripsiyon veya
retrotras olarak da bilinir. İlaç direncine neden
olabilecek mutasyonlara yol açabilen son derece hatalı
bir süreçtir.
• RNA'nın DNA'ya dönüştürülmesi, normalde
laboratuvarda büyük ölçüde HIV, hepatit, grip,
koronavirüsler, vb. Gibi çoğu RNA virüsü için bir teşhis
aracı olarak kullanılması arzu edilir.
• Transkripsiyon inhibitörleri, transkripsiyon sürecini
engelleyen RNA polimeraz enziminin etkisini ve
mekanizmasını inhibe etmek için kullanılan
elementlerdir. Transkripsiyon inhibitörleri, hastalığa
neden olan patojenlerde bakteriyel transkripsiyon
mekanizmalarını engellemek için büyük ölçüde
kullanılır. En yaygın olarak kullanılan inhibitörlerden
bazıları şunlardır:
• α-amanitin - Bu, RNA polimeraz II ve RNA polimeraz III
için seçici olan mayadan ekstrakte edilmiş bir
inhibitördür.
• Rifampisin, beta alt birimine bağlanarak DNA'ya
bağımlı RNA polimerazı inhibe ederek bakteriyel
transkripsiyonu inhibe eder.
• 8-hidroksikinolin ayrıca antifungal bir
transkripsiyon inhibitörüdür
• Diğerleri arasında aktinomisin D, DRB gibi CDK9
inhibitörleri ve flavopiridol, triptolit bulunur.
• Engelleyici bir mekanizma, transkripsiyonun
etkisini engelleyen histon metilasyonudur.