Alosterini pojavi

1 Alosterija 2 Kooperativnost 3 Kinetika 4 matematina formulacija 5 molekulski modeli 6 pseudo-kooperativnost

Alosterini pojavi
1 Alosterija je pojav, pri katerem poteka kontrola (katalitske) funkcije z efektorji, ki se veejo bolj ali manj DALE od aktivnega mesta

Glikogenska fosforilaza (1HLF)

Alosterini pojavi

oligosaharid

AMP PLP

monosaharid produkt - inhibitor

Glikogen fosforilaza (1HLF)

Ser14

Alosterini pojavi
2 Kooperativnost je pojav, pri katerem je sistem sposoben vplivati sam nase
Substrat ali efektor s svojo vezavo povzroi konformacijske spremembe v polipeptidni verigi (podenoti), da le-te vplivajo na aktivna mesta oligomernih proteinov tako, da se spremeni njegova funkcija ali katalitina sposobnost homotropina - heterotropina kooperativnost Vpliv je taken, da se delovanje sistema ojauje ali dui: pozitivna - negativna kooperativnost Vpliv je lahko na vezavo (K-sistemi, proteini in encimi) ali na pretvorbo (V-sistemi, encimi)

Alosterini pojavi
3 Kinetini aspekti delovanja alosterinega encima
Odvisnost aktivnosti od koncentracije substrate je sigmoidna. Vzrok za tako obnaanje so medsebojni vplivi med polipeptidnimi verigami oligomernih encimov.

[ E] * [S ] n Alosterini pojavi K = [ ES ] n [ E] = K 4 Matematina formulacija [ ELn ] [ S ] n delovanja alosterinega [ E ] 0 [ ES n ] = K encima [ ES n ] [S]n [ E]0 1 = K [ ES n ] [S]n [ E]0 = 1 + K [ ES n ] [S]n [ ES n ] = 1 n je tudi h [ E]0 1 + K [S]n v [S]n = VMAX [ S ] n + K
Enaba sigmoidne krivulje

E + nS K ES n

[ E ] tot = [ E ] + [ ES n ]

[ ES n ] = v [ E ] 0 VMAX

v=

VMAX [ S ]

[S]n + K

Alosterini pojavi
Hill-ov koeficient n

[ E] * [ S ] n K= [ ES n ] [ E] = K [ ELn ] [ S ] n [ E ] 0 [ ES n ] = K [ ES n ] [S]n [ ELn ] 1 [ E] 0 = K [ ES n ] [ S ] n [ E] 0

VMAX [S]n = v K 1 VMAX v

E + nS K ES n

[ E ] 0 = [ E ] + [ ES n ] [ E] 0 [ ES n ] = v [ E ] 0 VMAX
v VMAX v

[S]n =
K

v = n * log( [ S ] ) log( K ) log V MAX v

Alosterini pojavi
5 Molekulski modeli - oligomerna sestava soasni MWC

zaporedni AKNF

Alosterini pojavi
5 Molekulski modeli
Monod-Wyman-Changeux

Adair-ova enaba

K1 X + 2 K1 K 2 X 2 + 3 K1 K 2 K 3 X 3 + 4 K1 K 2 K 3 K 4 X 4 Y= 4 1 + K1 X + K1 K 2 X 2 + K1 K 2 K 3 X 3 + K1 K 2 K 3 K 4 X 4

Adair-Koshland-Nemethy-Filmer

Sploen

Alosterini pojavi
6 Psevdokooperativnost
Substrat ali efektor s svojo vezavo povzroi spremembe, ki vplivajo na aktivnost. Protein ni oligomerem. a kcat

ES + P

S VMAX S 1 + a K si v= S K s + S 1 + K si

Alosterini pojavi
1 alosterija: v sistemu iz podenot poteka kontrola funkcije z drugega mesta 2 kooperativnost: sistem je sposoben vplivati sam nase 3 kinetika: sigmoidna krivulja v:[S] 4 matematina formulacija: 5 molekulski modeli:
v= VMAX [ S ] [ S ]n + K
n

soasni MWC

zaporedni AKNF

6 psevdo-kooperativnost: sistem ni iz podenot

Alosterini pojavi - primeri

1 Hemoglobin (Hb) 2 Fosfofruktokinaza -1 (PFK-1) 3 Aspartat transkabamoilaza (ATC) 4 Proteinske kinaze (PK, PKK, PKKK) 5 Laktat dehidrogenaza (LDH)

Hemoglobin - Hb

Heterotetramer Transportna beljakovina Hb + 4 O2 Hb(O2)4

Hemoglobin - Hb

Hemoglobin - Hb

Hemoglobin - Hb

Hemoglobin - Hb

Hemoglobin - Hb

Hemoglobin - Hb

Hemoglobin - Hb
K1 K2 K3 K4

K1 X + 2 K1 K 2 (O2 ) 2 + 3K1 K 2 K 3 (O2 )3 + 4 K1 K 2 K 3 K 4 (O2 ) 4 Y= 4 1 + K1 (O2 ) + K1 K 2 (O2 ) 2 + K1 K 2 K 3 (O2 ) 3 + K1 K 2 K 3 K 4 (O2 ) 4

Adair-ova enaba

V [S ] v = MAX [ S ]n + K

A[ O2 ] y= n B + [ O2 ]
n

Hemoglobin - Hb

Vpliv pH na vezavo kisika - Bohrov efekt

Hemoglobin - Hb

Hemoglobin - Hb

E6V

Srpasta anemija

Fosfofruktokinaza - PFK1
PDB koda 1MTO: homodimer dimerov

Fruktoza-6-P

Fruktoza-1,6-biP

Fosfofruktokinaza - PFK1

ATP, PEP, Citrat

Fruktoza-6-P

--+++
AMP, F-2,6 bi P

Fruktoza-1,6-biP

Fosfofruktokinaza - PFK1

Aspartat transkarbamoilaza - ATC

Aspartat transkarbamoilaza - ATC

karbamoil-P

aspartat

karbamoil-aspartat

Proteinska kinaza - PK
Katalitska podenota

Regulatorna podenota

Proteinska kinaza - PK

Katalitska podenota

Regulatorna podenota

cAMP ATP

Laktat dehidrogenaza Piruvat Laktat PDB koda: 1CET, P. malariae tetramer: M, H verige

chloroquine

Laktat dehidrogenaza
PDB koda: 3LDH, M tetramer PDB koda: 1LDH, M dimer + H dimer

Aktivna oblika

Aktivna oblika
Fruktoza 1,6 bi fosfat

Neaktivna oblika Laktat

Piruvat

+++

Laktat dehidrogenaza