Modul: Kemija Kemija s osnovama biokemije

OSNOVE BIOKEMIJE

Literatura:
P. Karlson, Biokemija, kolska knjiga, Zagreb, 1993 L. Stryer, Biokemija, kolska knjiga, Zagreb, 1991

AMINOKISELINE
Sadre karboksilnu skupinu, amino skupinu i poboni lanac (R skupinu), vezane na -ugljikov atom. Izuzeci: glicin (ne sadri poboni lanac) prolin (ciklika aminokiselina) Sve proteinske aminokiseline, osim glicina, imaju L konfiguraciju i najmanje jedan kiralni centar.

Aminokiseline s nepolarnom pobonom skupinom: Gly, Ala, Val, Ile, Leu, Met, Pro, Phe,Trp

Aminokiseline s polarnom pobonom skupinom bez naboja: Ser, Thr, Asn, Gln, Tyr, Cys

Aminokiseline s polarnom pobonom skupinom s nabojem: Lys, Arg, His, Asp, Glu

Struktureaminokiselina

Kiselobazinasvojstvaaminokiselina
Aminokiseline su amfoternog karaktera. Njihova struktura odreena je pH vrijednou sredine u kojoj su aminokiseline otopljene: U jako kiseloj sredini (pH < 1) aminokiselina se pojavljuje u obliku protoniranog kationa (A). U jako lunatoj sredini (pH >12) aminokiselina se nalazi u obliku aminokarboksilatnog aniona (C). U sredini iji je pH izmeu gore navedenih pH vrijednosti aminokiselina se pojavljuje u obliku dipolarnog (zwitter) iona (B), uz odreene koliine A i C.

PEPTIDIIPROTEINI
Aminokiseline su osnovne graevne jedinice peptida i proteina, meusobno povezane peptidnom vezom. Peptidna veza nastaje reakcijom karboksilne skupine jedne aminokiseline i amino skupine druge aminokiseline.

 Peptidna veza ima parcijalni karakter dvostruke veze.

rezonancijske strukture peptidne veze

Nomenklatura: Oligopeptidi sadre 2 do 10 aminokiselina. Polipeptidi sadre vie od 10 aminokiselina. Proteini su poliaminokiseline ija je molekulska masa >10000.

STRUKTURNERAZINEUARHITEKTURI PROTEINA
Primarna struktura - redosljed aminokiselina u polipeptidnom lancu (a) Sekundarna struktura - raspored polipeptidnih lanaca u prostoru, ne uzimajui u obzir pobone aminokiselinske ostatke (b) Tercijarna struktura - poloaj svih atoma u prostoru, ukljuujui i atome pobonih aminokiselinskih ostataka (c) Kvaterna struktura - prostorni raspored podjedinica u proteinu koji sadri vie od jednog polipeptidnog lanca (d)

Razlike u sekvenciji aminokiselina citokroma c ovjeka nekih biljnih i ivotinjskih vrsta. Peptidni lanac citokroma c izgraen je od 104 aminokiseline.
Brojrazliitihaminokiselina impanza pas konj penica 0 11 12 35

Veze koje stabiliziraju tercijarnu strukturu proteina: (a) ionska privlaenja (b) vodikove veze (c) disulfidne veze (d) hidrofobne veze

DENATURACIJAPROTEINA
Djelomino ili potpuno gubljenje trodimenzijske strukture proteina pri emu ne dolazi do cijepanja peptidnih veza. Denaturaciji podlijeu sekundarna, tercijarna i kvaterna struktura proteina. Denaturacija dovodi do promjene fiziko-kemijskih i biolokih svojstava proteina (npr. smanjenje topljivosti, gubitak enzimskog djelovanja).

Neki agensi koji uzrokuju denaturaciju: toplina: uzrokuje cijepanje vodikovih veza u proteinu primjer: prenje ili kuhanje jaja organske tvari: tvore intramolekularne veze s proteinom primjer: djelovanje 70% alkohola kao dezinficijensa jake kiseline ili luine: mijenjaju ionizacijsko stanje karboksilnih i amino skupina proteina soli tekih metala: tvore veze s ioniziranom karboksilnom skupinom kiselih aminokiselina ili tiolnom skupinom aminokiselina sa sumporom primjer: soli Hg2+, Ag+, Pb2+

PODJELAPROTEINA
Prema obliku: fibrilarni proteini - izduenog oblika, netopivi u vodi primjeri: keratin, kolagen globularni proteini - kuglastog oblika, topivi u vodi ili razrijeenim otopinama soli primjeri: proteini bjelanca jajeta, enzimi

Prema grai: jednostavni proteini - izgraeni iskljuivo od aminokiselina sloeni proteini - sadre osim aminokiselina i prostetske skupine

JEDNOSTAVNIPROTEINI
Protamini topivi u vodi primjer: salmin topivi u vodi primjer: globin topivi u vodi i razrijeenim otopinama soli primjer: ovalbumin, laktalbumin, albumin krvne plazme topivi u razrijeenim otopinama soli primjer: laktglobulin, legumin, fazeolin, glicinin topivi u razrijeenim otopinama alkohola primjer: glijadin, zein, hordein topivi u razrijeenim kiselinama i luinama primjer: glutenin, zeanin

Histoni

Albumini

Globulini

Prolamini

Glutelini

SLOENIPROTEINI
Prostetskaskupina Fosfoproteini Glikoproteini Lipoproteini Kromoproteini Metaloproteini Nukleoproteini fosfatnakiselina ugljikohidrat lipid pigment ionmetala nukleinskakiselina Primjer kazein,vitelin mucin lipoproteini krvneplazme hemoglobin alkohol dehidrogenaza ribosom

BIOLOKAFUNKCIJAPROTEINA
Enzimi: pepsin,tripsin Strukturniproteini: kolagen,keratin Kontraktilniproteini: miozin,aktin Transportniproteini: hemoglobin,albuminkrvne plazme Rezervniproteini:kazein,gliadin,zein Zatitniproteini: antitijela

NUKLEINSKEKISELINE
Struktura nukleinskih kiselina Heterociklike baze s duikom pirimidinske baze: citozin, uracil, timin purinske baze: adenin, gvanin

eeri pentoze riboza deoksiriboza Nukleozid - N-glikozid pirimidinskih ili purinskih baza i eera pentoze

Nukleotid - fosfatni ester nukleozida

Tipovinukleinskihkiselina
Deoksiribonukleinska kiselina (DNA) - nositelj genetske informacije u stanici. Graa DNA - izgraena od dva spiralna polinukleotidna lanca usukana oko zajednike osi - spiralni lanci proteu se u suprotnim smjerovima - purinske i pirimidinske baze lee unutar uzvojnice (heliksa), priblino okomito na os uzvojnice - deoksiriboze i fosfatne skupine ine okosnicu heliksa - lanci su povezani vodikovim vezama izmeu purinskih i pirimidinskih baza - adenin se uvijek sparuje s timinom preko dvije vodikove veze - gvanin se uvijek sparuje s citozinom preko tri vodikove veze

Ribonukleinskekiseline
Strukturne razlike izmeu molekula RNA i DNA: - u strukturi RNA dolazi eer riboza, umjesto deoksiriboze koju nalazimo DNA - molekule RNA sadre uracil, umjesto timina koji nalazimo u DNA - RNA je jednolanana molekula - molekule RNA su mnogo manje molekule nego DNA Tipovi ribonukleinskih kiselina m-RNA (informacijska RNA) - slui kao kalup za sintezu proteina t-RNA (transfer RNA) - donosi aktivirane aminokiseline na mjesto sinteze proteina r-RNA (ribosomska RNA) - strukturna komponenta ribosoma

LIPIDI
Heterogena skupina organskih spojeva, koji su topivi u nepolarnim organskim otapalima, a netopivi u vodi.

PODJELALIPIDA
OSAPUNJIVILIPIDI Triacilgliceroli Voskovi Fosfogliceridi Produktihidrolize masnekiseline glicerol masnekiseline dugolananialkoholi masnekiseline glicerol fosfatnakiselina polarnialkohol masnekiseline sfingozin fosfatnakiselina polarnialkohol masnekiseline sfingoziniliglicerol jedaniliviepolisaharida

Sfingolipidi

Glikolipidi

NEOSAPUNJIVI LIPIDI Steroidi Terpeni Prostaglandini Vitaminitopivi u mastima

ZASIENEMASNEKISELINE
CH3CH2CH2COOH CH3(CH2)4COOH CH3(CH2)6COOH CH3(CH2)8COOH CH3(CH2)10COOH CH3(CH2)12COOH CH3(CH2)14COOH CH3(CH2)16COOH maslanakiselina kapronskakiselina kaprilnakiselina kaprinskakiselina laurinskakiselina miristinskakiselina palmitinskakiselina stearinskakiselina

Masne kiseline kraeg lanca (C4 do C10) - u mlijenim mastima Palmitinska kiselina - u biljnim uljima i ivotinjskim mastima Stearinska kiselina - u mastima preivaa

NEZASIENEMASNEKISELINE
Skraeninainpisanja
CH3(CH2)7CH=CH(CH2)7COOH

18:1 18:2 18:3

oleinskakiselina
CH3(CH2)4CH=CHCH2CH=CH(CH2)7COOH

linolnakiselina
CH3CH2CH=CHCH2CH=CHCH2CH=CH(CH2)7COOH

linolenskakiselina

Oleinska kiselina - u maslinovom i bademovom ulju Linolna kiselina - u ulju soje, kukuruza i suncokreta Linolenska kiselina - u ulju lana

Triacilgliceroli
Esteri alkohola glicerola i viih masnih kiselina. Mast - smjesa triacilglicerola koja se kod sobne temperature nalazi u krutom ili polukrutom stanju Ulje - smjesa triacilglicerola koja se kod sobne temperature nalazi u tekuem stanju u mastima su zastupljenije zasiene masne kiseline, dok u uljima prevladavaju nezasiene masne kiseline vane su energijske rezerve u organizmu jedan gram masti skladiti est puta vie energije od jednog grama hidratiziranog glikogena, budui da su triacilgliceroli jae reducirani od ugljikohidrata i skladite se u bezvodnom obliku.

Strukturezasienihinezasienihmasnihkiselina

a zasienamasnakieslina b cis nezasienamasnakiselina c trans nezasienamsnakiselina

KVARENJEULJAIMASTI
Hidrolitiko kvarenje Dolazi do hidrolize esterskih veza i oslobaanja niih masnih kiselina neugodnog mirisa. Proces katalizira enzim lipaza. Primjer: kvarenje maslaca Oksidacijsko kvarenje Zbiva se u triacilglicerolima koji sadre polinezasiene masne kiseline. U poetnoj fazi dolazi do stvaranja hidroksiperoksida. Slijede reakcije oksidacije u kojima dolazi do cijepanja kemijskih veza i nastajanja kratkolananih aldehida i ketona neugodnog mirisa.

KEMIJSKEKONSTANTEMASTI
Broj kiselosti Broj miligrama KOH ili NaOH utroenih za neutralizaciju slobodnih masnih kiselina u 1g masti ili ulja. Visok broj kiselosti ukazuje na pojavu hidrolitikog kvarenja masti. Broj saponifikacije Broj miligrama KOH ili NaOH utroenih za saponifikaciju 1 g masti ili ulja. Pokazuje prosjenu molekularnu masu masnih kiselina u mastima i uljima. Jodni broj Broj grama joda koji se veu na 100 grama masti ili ulja. Pokazuje zastupljenost nezasienih masnih kiselina u mastima i uljima.

VOSKOVI
Esteri dugolananih alkohola i viih masnih kiselina. Biljni voskovi - tvore zatitni sloj na liu i plodovima viih biljaka - tite biljke od dehidracije i tetnih mikroorganizama Animalni voskovi - tvore zatitni sloj na koi, krznu i perju - djeluju vodoodbojno Primjeri: miricil-palmitat (u pelinjem vosku) lanolin (sastojak ovje vune)

Fosfogliceridi - glavni sastojci mnogih biljnih i animalnih membrana - odvode se od fosfatidne kiseline (diacilglicerol-fosfata) - najzastupljeniji fosfogliceridi u viim biljkama i ivotinjama su: fosfatidilkolini (lecitini) - u bjelancu jaja i soji kefalini (fosfatidiletanolamini i fosfatidilserini) - u mozgu

Sfingolipidi - nalazimo ih u membranama biljnih i ivotinjskih stanica - okosnicu sfingolipida u sisavaca ini dugolanani nezasieni aminoalkohol sfingozin - najzastupljeniji sfingolipidi u ivotinja - sfingomijelini (nalazimo ih u mijelinskim ovojima ivaca)

Glikolipidi
- sadre i lipidnu i ugljikohidratnu strukturnu komponentu - u glikolipidima biljaka okosnicu ini alkohol glicerol, a u animalnim stanicama alkohol sfingozin - najednostavniji glikolipidi su cerebrozidi (nalazimo ih u mozgu)

Steroidi Steroidi sadre sustav od etiri kondenzirana prstena koji se naziva ciklopentano-perhidro-fenantren (ciklopentan + hidrirani fenantren) ili gonan

Steroli Policikliki steroli. Dijele se na: zoosterole (kolesterol) fitosterole (stigmasterol)

Kolesterol - sudjeluje u izgradnji staninih membrana - najzastupljeniji je steroid u ljudskom tijelu - pretea je u biosintezi unih soli, seksualnih hormona, hormona nadbubrene lijezde i vitamina D

Prostaglandini - hormonima sline tvari - izgraeni od 20 ugljikovih atoma - svi sadre osnovnu strukturu prostanske kiseline - reguliraju krvni tlak - prisutni su kod upalnih procesa

Terpeni - organski spojevi izgraeni od dvije ili vie izoprenskih jednica - primjer: geraniol (u ulju rue)

ENZIMI
Enzim je organska molekula koja katalizira biokemijske reakcije. Jednostavni enzimi - izgraeni samo od proteina Konjugirani enzimi - osim proteinske sadre i neproteinsku komponentu Holoenzim - biokemijski aktivni konjugirani enzim Holoenzim = kofaktor + apoenzin Apoenzim - proteinski dio konjugiranog enzima Kofaktor - neproteinski dio konjugiranog enzima - anorganski (obino metalni) ion ili organska molekula (koenzim) Supstrat - molekula na koji enzim djeluje Aktivno mjesto enzima - dio enzima na koji se vee supstrat

Nain djelovanja enzima

sniava energiju aktivacije neke reakcije prvi korak u enzimskoj reakciji je nastajanje enzim-supstrat kompleksa, vezanjem supstrata na aktivno mjesto enzima slijedi pretvorba supstrata u produkte, koji disociraju s enzima

Teorija kljua i brave - aktivno mjesto je oblikom komplementarno supstratu

Teorija induciranog prilagoavanja - aktivno mjesto je fleksibilno, prilagouje se supstratu

Specifinost enzima
apsolutna specifinost - enzim je specifian samo za jedan supstrat primjer: ureaza

stereokemijska specifinost - enzim je specifian samo za jedan od stereoizomera primjer: fumaraza

grupna specifinost - specifinost za strukturno sline molekule koje imaju istu funkcionalnu skupinu primjer: karboksipeptidaza - cijepa peptidne veze poev od karboksilnog kraja peptida specifinost za vezu - specifinost za odreenu kemijsku vezu primjer: lipaza

Faktori koji utjeu na enzimsku aktivnost

Koncentracija enzima - brzina enzimske reakcije je direktno proporcionalna koncentraciji enzima Koncentracija supstrata - ovisnost brzine enzimske reakcije o koncentraciji supstrata prikazana je na slici:

- kod niske koncentracije supstrata brzina enzimske reakcije je proporcionalna koncentraciji supstrata - kod visoke koncentracije supstrata brzina enzimske reakcije je neovisna o koncentraciji supstrata

Temperatura - ovisnost brzine enzimske reakcije o temperaturi prikazana je na slici:

Optimalna temperatura - temperatura pri kojoj je aktivnost nekog enzima najvia. Optimalna temperatura enzima toplokrvnihivotinja iznosi 37 0C. Koncentracija vodikovih iona - ovisnost brzine enzimske reakcije o pH prikazana je na slici:

Optimalni pH je onaj pH pri kojoj je aktivnost nekog enzima najvia. Optimalni pH za brojne enzime nalazi se u pH podruju 7 - 7,5. Optimalni pH tripsina - 8,0 Optimalni pH pepsina - 2,0

Reverzibilna inhibicija enzimske aktivnosti

Kompetitivna inhibicija inhibitor je strukturno slian supstratu inhibitor se natjee sa supstratom za aktivno mjesto enzima inhibicija se moe ponititi dodatkom suvika supstrata primjer: djelovanje malonske kiseline na aktivnost enzima sukcinat-dehidrogenaze

Nekompetitivna inhibicija - inhibitor nije strukturno slian supstratu - inhibitor se ne vee na aktivno mjesto enzima, ve na neko drugo mjesto na enzimu - vezanje inhibitora mijenja trodimenzijsku grau enzima - inhibicija se ne moe ponititi dodatkom suvika supstrata primjer: vezanje iona tekih metala (Ag+, Pb2+, Hg2+) na karboksilne i tiolne skupine enzima

Primjena enzimskih inhibitora u praksi: - insekticidi (karbamati) - herbicidi (glifosat) - lijekovi (sulfonamidi)

Nomenklatura iklasifikacijaenzima
Starinazivizaenzimesu: trivijalnaimena(npr.pepsin) - imenaizvedenaiznazivasupstaratanakojienzimdjeluju,tako dasena korijen nazivasupstratadodajenastavakaza,npr.ureaza (odurea) - imenaizvedenaprematipureakcijekojuenzimkatalizira(npr. dehidrogenaza) Internacionalnabiokemijskaunijaje1961.godinepredloilasistematsku klasifikacijuenzimapremaopemtipureakcijekojuonikataliziraju. Primjer: CH3CH2OH+NAD+ CH3CHO+NADH+ +H+ predloeninazivzaenzim:alkohol:NADoksidoreduktaza (starinazivzaenzim: alkoholdehidrogenaza)

Glavne skupine enzima

Oksidoreduktaze Transferaze Hidrolaze

kataliziraju oksido-redukcijske reakcije kataliziraju prijenos funkcionalne skupine s jednog spoja na drugi kataliziraju hidrolitika cijepanja kemijske veze kataliziraju unutarmolekulske pregradnje kataliziraju reakcije nastajanja dvostruke veze, odnosno reakcije adicije na dvostruku vezu kataliziraju reakcije nastajanja kemijske veze na raun energije hidrolize ATP-a

Izomeraze Liaze

Ligaze

VITAMINI I KOENZIMI
Vitamini su esencijalne organske tvari koje su potrebne u vrlo malim koliinama u prehrani ovjeka i ivotinja. Mnogi vitamini su pretee koenzima. Podjela: Vitamini topivi u vodi: vitamini B-kompleksa, vitamin C Vitamini topivi u mastima: vitamini A, D, E, K

Tiamin (vitamin B1)

Izvori: meso, jaja, itarice Avitaminoza: bolest beriberi Koenzim: tiamin-difosfat Uloga: sudjeluje u oksidacijskoj dekarboksilaciji -ketokiselina

Riboflavin (vitamin B2)

Izvori: mlijeko, jetra, zeleno povre, meso, jaja, ribe Avitaminoza: dermatitis, upala usne upljine Koenzim: FAD (flavin-adenin-dinukleotid) FMN (flavin-mononukleotid) Uloga: sudjeluje u oksidoredukcijskim reakcijama

flavin adenin - dinukleotid

Vitamin B6 (piridoksin, piridoksal, piridoksamin)

Izvori: jetra, meso, jaja, mlijeko Avitaminoza: u ovjeka se rijetko pojavljuje Koenzim: piridoksal-fosfat Uloga: sudjeluje u metabolizmu aminokiselina

Nikotinska kiselina i amid nikotinske kiseline

Izvori: jetra, meso, kvasci, ribe Avitaminoza: pelagra Koenzim: NAD+ (nikotinamid-adenin-dinukleotid) NADP+ (nikotinamid-adenin-dinukleotidfosfat) Uloga: sudjeluje u oksidoredukcijskim reakcijama

Biotin (vitamin H)
Izvori: jetra, bubrezi, mlijeko, kvasci Avitaminoza: u ovjeka se rijetko pojavljuje Koenzim: biocitin Uloga: sudjeluje u reakcijama karboksilacije

Pantotenska kiselina (vitamin B5)

Izvori: kvasac, jetra, bubreg, mlijeko, rajica, zelje Avitaminoza: u ovjeka nepoznata Koenzim: koenzim A Uloga: sudjeluje u prijenosu acilne skupine

Folna kiselina
Izvori: jetra, kvasac, zeleno povre Avitaminoza: anemija Koenzim: tetrahidrofolna kiselina Uloga: prijenos C1-fragmenata

Cijanokobalamin (vitamin B12)

Izvori: jetra, meso, jaja, mlijeko Avitaminoza: anemija Koenzim: adenozil-kobalamin Uloga: sudjeluje u reakcijama pregradnje i metiliranja

Vitamin C (askorbinska kiselina)

Izvori: svjee voe i povre Avitaminoza: skorbut (smetnje u metabolizmu vezivnog tkiva) Uloga: biokemijski redoks sustav

Vitamin A
Izvori: riblje ulje, jetra, jaja, mlijeni proizvodi, u hrani biljnog porijekla: -karoten, provitamin vitamina A (npr. mrkva) Avitaminoza: nona sljepoa, keratinizacija epitela Uloga: u biokemiji vida, reprodukciji, rastu i razvoju epitela

Vitamin D
Izvori: riblje ulje, jaja, jetra Avitaminoza: rahitis Uloga: odrava normalnu razinu kalcijevih i fosfatnih iona u krvi te tako omoguuje kostima apsorpciju ovih iona

Provitamin vitamina D2 (ergokalciferol):

biljni sterol ergosterol

Provitamin vitamina D3 (kolekalciferol):

7-dehidrokolesterol (nalazi se u
koi ovjeka i ivotinja)

Aktivni oblici vitamina D2 i D3:

1,25-dihidroksiergokalciferol 1,25-dihidroksikolekalciferol

Nastaju hidroksilacijom ugljikova atoma 25 (u jetri) i ugljikova atoma 1 (u bubrezima).

Vitamin E
Izvori: biljna ulja (sojino ulje) Avitaminoza: u ovjeka vrlo rijetka Uloga: prirodni antioksidans, titi nezasiene membranske lipide od oksidacije

Vitamin K
Izvori: lisnato povre, jetra, mlijeko, jaja Avitaminoza: sklonost krvarenju, smetnje pri gruanju krvi Uloga: vaan u sintezi faktora gruanja krvi Vitamin K1 (menakinon) - sintetiziraju crijevne bakterije Vitamin K2 (filokinon) - nalazimo u biljkama

METABOLIZAM
Suma svih biokemijskih reakcija koje se dogaaju u organizmu. Katabolizam - sve metabolike reakcije u kojima dolazi do razgradnje sloenih molekula na jednostavnije uz oslobaanje energije Anabolizam - sve metabolike reakcije u kojima dolazi do sinteze sloenih molekula iz jednostavnijih uz utroak energije

ATP (adenozin-trifosfat)
- univerzalna energijska valuta u biolokim sustavima - ATP je spoj s visokim potencijalom za prijenos fosforilne skupine ("visokoenergijski fosfatni spoj") - troi se u procesima poput kontrakcije miia ili reakcijama biosinteze, a regenira oksidacijom hrane - slobodna energija koja se oslobaa hidrolizom ATP pokree reakcije kojima je potreban dotok slobodne energije - hidrolizom ATP nastaje: ADP (adenozin-difosfat) i Pa (anorganski fosfat) ili AMP (adenozin-monofosfat) i PPa (pirofosfat)

Stupnjevi crpljenja energije iz hrane 1. Velike molekule hrane razgrauju se do manjih molekula, pri emu ne nastaje korisna energija. 2. Manje molekule se dalje razgrauju do jednostavnih jedinica, npr. acetil-CoA. U ovom koraku nastaje neto ATP. 3. Zajednikim djelovanjem ciklusa limunske kiseline i procesa oksidacijske fosforilacije acetil-CoA se oksidira do CO2, pri emu nastaje najvei dio ATP kao rezultat razgradnje hranjivih tvari.

GLIKOLIZA
Metaboliki put u kojem se glukoza prevodi u dvije molekule piruvata, uz istovremeno nastajanje dvije molekule ATP i dvije molekule NADH+ + H+.

- zbiva se u citosolu - omoguuje dobivanje ATP u anaerobnim uvjetima

Nastajanje glukoze-6-fosfata (utroak prve molekule ATP-a)

Nastajanje fruktoze-6-fosfata

Nstajanje fruktoze-1,6-difosfata (utroak druge molekule ATP-a)

Nastajanje trioza-fosfata

Izomeracija trioza fosfata

Nastajanje 1,3-difosfoglicerata (nastajanje prvoga "visokoenergijskog" intermedijera)

Nastajanje 3-fosfoglicerata (nastajanje prvog ATP-a)

Nastajanje 2-fosfoglicerata

Nastajanje fosfoenolpiruvata (nastajanje drugog "visokoenergijskog" intermedijera)

Nastajanje piruvata (nastajanje drugog ATP-a)

Energijskiprinospripretvorbiglukozeupiruvat
enzim
Heksokinaza Fosfofruktokinaza Fosfogliceratkinaza Piruvatkinaza

promjenaATPpomolekuliglukoze 1 1 2 2 2

gliceraldehid-3-fosfatdehidrogenaza

2 NADH po molekuli glukoze

Metabolika sudbina piruvata

U anaerobnim uvjetima piruvat se moe pretvoriti u laktat (mlijeno-kiselo vrenje) ili u etanol (alkoholno vrenje). U aerobnim uvjetima piruvat se oksidira do acetil-CoA. Vrenje je biokemijski proces u kojem se NADH oksidira do NAD+ bez prisustva kisika. Mlijeno kiselo vrenje: - pri kiseljenju mlijeka, pripravi silae, konzerviranju povra (provode ga bakterije mlijeno-kiselog vrenja) - u miiima pri intenzivnoj kontrakciji Alkoholno vrenje: - provode ga kvasci

MITOHONDRIJ
glavno mjesto sinteze ATP graa mitohondrija - unutarnja membrana mitohondrija (a): sadri proteinske komplekse koji sudjeluju u procesu oksidacijske fosforilacije - matriks mitohondrija (b): sadri enzime ciklusa limunske kiseline i -oksidacije masnih kiselina - vanjska membrana mitohondrija (c): propusna za male molekule - unutarnja membrana mitohondrija : nepropusna za veinu tvari

Ciklus limunske kiseline (Krebsov ciklus)

Niz biokemijskih reakcija u kojima se acetil-CoA oksidira do CO2 uz nastajanje reduciranih koenzima NADH i FADH2. Enzimi ciklusa limunske kiseline nalaze se u matriksu mitohondrija, osim enzima sukcinat-dehidrogenaze, koji je integralni dio unutarnje membrane mitohondrija. Acetil-CoA, koji ulazi u ciklus limunske kiseline, produkt je razgradnje ugljikohidrata, masnih kiselina ili nekih aminokiselina. 3 molekule NADH i 1 molekula FADH2, koje nastaju u ciklusu limunske kiseline, oksidiraju se u procesu oksidacijske fosforilacije, pri emu dolazi do sinteze ATP-a.

OKSIDACIJSKA FOSFORILACIJA
Proces nastajanja ATP-a na raun energije koja se oslobaa pri prijenosu elektrona s NADH ili FADH2 na molekulski kisik, putem serije nosaa elektrona.

U prijenosu elektrona s reduciranih koenzima na kisik sudjeluju sljedei nosai elektrona: flavin mononukleotid (FMN) kompleksi eljezo-sumpor (Fe-S) koenzim Q (CoQ) citokromi (b, c1, c, a, a3) Svi nosai elektrona, osim CoQ i citokroma c vezani su na proteinske komplekse (kompleksi I, II, III i IV)

Oksidoredukcijske reakcije pri prijenosu elektrona s reduciranih koenzima na kisik

NADH + H+ NAD+ + 2 H+ + 2 eFMN + 2 H+ + 2 e- FMNH2 FADH2 FAD + 2H+ + 2 eCoQ + 2 H+ + 2 e- CoQH2 Citokrom (Fe 3+) + e- Citokrom (Fe 2+) O2 + 2 H+ + 2 e- H2O

Proteinski kompleksi i nosai elektrona koji sudjeluju u prijenosu elektrona s reduciranih koenzima na kisik

kompleks II (sukcinat-dehidrogenaza)

FADH2 NADH FMN kompleks I (NADH-dehidrogenaza) CoQ cit. b cit. c1 kompleks III (bc1 kompleks) cit. c cit. a cit. a3 kompleks IV (citokrom c oksidaza) O2

Energija koja se oslobaa pri prijenosu elektrona kroz komplekse I, III i IV koristi se za crpljenje protona iz matriksa mitohondrija u meumembranski prostor i stvaranje elektrokemijskog potencijala (proton-motorne sile), kao rezultat razlike u koncentraciji vodikovih iona u meumembranskom prostoru i matriksu mitohondrija. Komplekse I, III i IV nazivamo protonske crpke. Pri povratku protona u matriks mitohondrija, kroz enzimski kompleks ATP sintazu, dolazi do sinteze ATP-a. Oksidacijom1molekuleNADH nastaju3molekuleATPa (elektroniprolazekroz triprotonskecrpke). Oksidacijom1molekuleFADH2 nastaju2molekuleATPa (elektroniprolazekroz dvijeprotonske crpke).

GRAA ATP SINTAZE

BILANCA POTPUNE OKSIDACIJE GLUKOZE

glikoliza 2ATP 2(NADH+H+) oksidativnadekarboksilacija piruvata 2(NADH+H+) Krebsovciklus 2GTP 6(NADH+H+) 2FADH2 2ATP 18ATP 4ATP 36ATP(38ATP) 6ATP 2ATP 4ATP(6 ATP)

PROBAVA I APSORPCIJA TRIACILGLICEROLA

Hidroliza triacilglicerola u duodenumu djelovanjem enzima lipaze pankreasa: triacilgliceroli monoacilgliceroli + masne kiseline Stanice mukoze tankog crijeva apsorbiraju monoacilglicerole i masne kiseline. Resinteza triacilglicerola. Novosintetizirani triacilgliceroli zajedno s membranskim lipidima i specifinim proteinima tvore hilomikrone. Hilomikroni putem limfnog sustava dospjevaju u krvotok. Djelovanje enzima lipoprotein lipaze (u kapilarama miinog i adipoznog tkiva) : triacilglicerolna komponenta hilomikrona glicerol + masne kiseline Masne kiseline se koriste kao izvor energije (miino tkivo) ili pohranjuju u obliku triacilglicerola (adipozno tkivo).

oksidacija masnih kiselina

oksidacija dugolananih masnih kiselina uz nastajanje energije u obliku ATP-a.

- zbiva se u matriksu mitohondrija - acil-CoA je aktivirani oblik masnih kiselina - masne kiseline se razgrauju postupnim odcjepljivanjem jedinica od dva ugljikova atoma (acetil-CoA) - NADH i FADH2, nastali u procesu -oksidacije masnih kiselina, oksidiraju se u procesu oksidacijske fosforilacije - nastale molekule acetil-CoA dalje se razgrauju u ciklusu limunske kiseline, gdje nastaju dodatne molekule NADH i FADH2.

Aktivacijamasnihkiselina

acilCoA sintetaza

Reakcijeoksidacija masnih kiselina

BILANCA OKSIDACIJE PALMITINSKE KISELINE

Palmitoil-CoA + 7 CoA + 7 FAD + 7 NAD+ 8 acetil-CoA + 7 FADH2 + 7 NADH + 7 H+

7FADH2 7NADH 8acetilCoA

14ATP 21ATP 96ATP 131ATP 2ATP (aktivacijapalmitinskekiseline) 129ATP

Sinteza ketonskih tijela

Zbiva se u mitohondrijima jetre, kada je koncentracija masnih kiselina u krvi visoka (npr. kod gladovanja). Iz jetre ketonska tijela krvlju dospijevaju u periferna tkiva (miii) gdje se oksidiraju. Za vrijeme gladovanja koncentracija ketonskih tijela u krvi poraste do razine koja dozvoljava njihov ulazak u mozak, koji ih koristi kao izvor energije.

ketonska tijela: acetoacetat, -hidroksibutirat, aceton

Sinteza ketonskih tijela

PROBAVA PROTEINA
Zapoinje u elucu gdje se dogaa denaturacija i hidroliza proteina: - proteini se denaturiraju djelovanjem klorovodine kiseline prisutne u eluanom soku - pepsin djeluje prije svega na peptidne veze koje ukljuuju Trp, Tyr, Phe, Met, Leu Probava proteina zavrava u tankom crijevu:

- kimotripsin djeluje na peptidne veze u koje je ukljuena karboksilna skupina Phe, Trp, Tyr - tripsin djeluje na peptidne veze u koje je ukljuena karboksilna skupina Lys i Arg - karboksipeptidaza cijepa peptidne veze s karboksilnog kraja peptidnog lanca - aminopeptidaza cijepa peptidne veze s amino kraja peptidnog lanca - dipeptidaze i tripeptidaze cijepaju dipeptide i tripeptide

Aminokiseline se transportiraju aktivnim transportom preko stanine stijenke tankog crijeva u portalnu cirkulaciju i prenose do jetre. Jetra je glavni organ za sintezu i razgradnju aminokiselina.

RAZGRADNJA AMINOKISELINA Viak aminokiselina, iznad koliine potrebne za sintezu proteina i drugih organskih spojeva s duikom, koristi se kao metaboliko gorivo. Razgradnja aminokiselina odvija se u dva koraka: - uklanjanje -amino skupine - razgradnja ugljikova skeleta

Uklanjanje -aminoskupine Transaminacija: zamjena aminoskupine -aminoseline s keto skupinom -keto kiseline. Oksidacijska deaminacija: biokemijska reakcija u kojoj se -aminokiselina prevodi u -ketokiselinu uz nastajanje amonijeva iona.

Ciklus uree
Niz biokemijskih reakcija pomou kojih se toksini amonijak prevodi u netoksinu i u vodi dobro topivu ureu. Najvei dio uree sintetizira se u jetri.

Razgradnja ugljikova skeleta

Metabolika sudbina ugljikova skeleta (a) ketogenih i (b) glukogenih aminokiselina: (a) ketogene aminokiseline Ile Leu Trp acetil-CoA Leu Lys Phe Tyr Trp acetoacetil-CoA

ketonska tijela
(b) glukogene aminokiseline Ala Gly Cys Ser Thr Trp piruvat Asp Asn Tyr Phe Asp Ile Met Val Thr sukcinil-CoA Glu Gln His Pro Arg -ketoglutarat

oksaloacetat glukoza

fumarat

Replikacija DNA u prokariota

Replikacija je semikonzervativna. Nova DNA je izgraena od roditeljskog i novosintetiziranog lanca.

Za replikaciju su potrebni: - kalup (jednolanana DNA) - dATP, dGTP, dCTP, dTTP

enzimi replikacije: helikaza (odmotava dvostruku uzvojnicu) topoizomeraza (uklanja supernavoje) primaza (sintetizira klicu) DNA-polimeraza III (sintetizira najvei dio novosintetizirane DNA) DNA-polimeraza I (sijee klicu, ispunjava nastale praznine s deoksiribonukleotidima) DNA-ligaza (povezuje fragmente DNA)

DNA-polimeraze sintetiziraju DNA u smjeru 5'3'. Budui da su lanci DNA antiparalelni, samo se jedan lanac sintetizira kontinuirano u smjeru 5'3' (vodei lanac), dok se drugi lanac (tromi lanac) sintetizira diskontinuirano, pomou Okazakijevih fragmenata.

Prijenos genetike informacije

Genetika ifra
genetika ifra skup kodona za proteinske aminokiseline kodon slijed triju baza (triplet) u mRNA, koji odreuje neku proteinsku aminokiselinu

 ezdesetjedan triplet predstavlja ifru za odreenu aminokiselinu tri tripleta predstavljaju ifru za zavretak lanca (UAA, UAG, UGA) ifra je degenerirana: samo Met i Trp imaju po jednu ifru ostale aminokiseline imaju dvije ili vie ifri sinonimi kodoni koji predstavljaju ifru za istu aminokiselinu veina se sinonima razlikuje samo u posljednjoj bazi tripleta: tripleti XYC i XYU uvijek predstavljaju ifru za istu aminokiselinu tripleti XYA i XYG gotovo uvijek predstavljaju ifru za istu aminokiselinu

Sinteza RNA (transkripcija genetike poruke) u prokariota

Za sintezu RNA su potrebni: - kalup (jednolanana DNA) - ATP, GTP, CTP, UTP - enzim: RNA-polimeraza ( podjedinica + sr enzima)

promotor mjesto poetka transkripcije terminacijska regija slijed baza koji RNA polimeraza ita kao stop signal (zavretak transkripcije)

Mutacije promjene u slijedu baza DNA tipovi mutacija: - supstitucija zamjena jednog para baza ili vie njih drugim parom baza - insercija umetanje jednog para baza ili vie parova baza - delecija isputanje jednog para baza ili vie parova baza - mutagen tvar ili agens koji uzrokuje promjene u strukturi gena (npr. radijacija ili kemijski agensi)

Biosinteza proteina (translacija genetike poruke) u prokariota

Usinteziproteinasudjeluju: mRNA molekuletRNA aminokiseline ribosomi velikbrojrazliitihenzima ribosom kompleksrRNAiproteina izgraenoddvijepodjedinice:malepodjedinice(30S)ivelikepodjedinice(50S) mjestosintezeproteina tRNA jednolanana molekula izgraena od oko 80 nukleotida dvodimenzijska struktura ima oblik lista djeteline sadri mnoge modificirane nukleotide

D petlja sadri dihidrouridin antikodonska petlja sadri antikodon koji se sparuje s odgovarajuim kodonom na m-RNA TC petlja sadri ribotimidin i pseudouridin aktivirana aminokiselina se vee na 3'- hidroksilnu skupinu terminalnog adenozina

Razlikujemo pet koraka u procesu translacije: aktivacija aminokiselina inicijacija elongacija terminacija posttranslacijske modifikacije

Aktivacijaaminokiselina:

Inicijacija mRNA se vee na malu podjedinicu ribosoma startni kodon (AUG) se nalazi u peptidilnom mjestu (P) N-formilmetionil-t-RNA s antikodonom komplementarnom AUG vee se na startni kodon po principu sparivanja baza vezanjem velike podjedinice zavrava nastajanje inicijacijskog kompleksa

Elongacija na mjesto A (aminoacilno mjesto) se vee aktivirana tRNA s odgovarajuim antikodonom djelovanjem enzima peptidiltransferaze nastaje dipeptid, koji je vezan za tRNA u mjestu A deacilirana tRNA (u mjestu P) odlazi s ribosoma istovremeno se ribosom pomie za jedan kodon (tri baze) du mRNA (translokacija) tRNA na koju je vezan dipeptid dolazi u mjesto P u mjestu A izloen je trei kodon na koji se vee aktivirana tRNA s komplementarnim antikodonom proces se ponavlja do pojave stop kodona

Terminacija pojavljivanjem jednog od triju stop kodona zavava sinteza proteina nastali polipeptid se hidrolizom odcjepljuje s tRNA

poliribosom (polisom) kompleks mRNA i nekoliko ribosoma

Posttranslacijske modifikcije Proteini nakon translacije obino doivljavaju odreene preinake, npr. cijepanje N-terminalnog f-metionina stvaranje disulfidnih veza izmeu ostataka cisteina