POPRAVKA DNK

SEMINARSKI RAD

Predmet: Biologija sa humanom genetikom

Mentor:
Student:
Indeks br.:
Studijski program:

Cazin, 2016.

S AD R AJ
1.UVOD.....................................................................................................................................3

2.SISTEMI POPRAVKE DNK..................................................................................................4

3.DIREKTNI POPRAVAK OTEENJA DNK.......................................................................5
4.POPRAVAK EKSCIJOZOM..................................................................................................6
5.POPRAVAK KRIVO SPARENIH BAZA..............................................................................7
6.REKOMBINACIJSKI POPRAVAK.......................................................................................8
7.ZAKLJUAK.......................................................................................................................10
8.LITERATURA......................................................................................................................11

1.UVOD
Budui da je DNK jedinstvena i trajna kopija genoma ona je vrlo bitna za zdravlje pojedinca i
za uspjeno odravanje reproduktivnosti. Meutim kao i sve druge molekule u naem
2

organizmu i DNK u ivoj stanici moe biti izloena razliitim hemijskim utjecajima. Na taj
nain dolazi do promjena u njenoj strukturi i dolazi do pojave mutacija. A znamo da bilo koja
promjena u DNK sekvenci organizma predstavlja mutaciju. Sve stanice posjeduju enzime za
DNK popravak koji pokuavaju smanjiti broj mutacija koje se dogaaju. Hemijske promjene
DNK se dogaaju spontano ili pod utjecajem raznih hemikalija i zraenja. Da bi se popravila
oteena DNK, stanica je razvila razliite mehanizme kao to su: izravni obrat oteenja
DNK, popravak izrezivanjem, popravak sklon pogrekama i rekombinacijski popravak.

2.SISTEMI POPRAVKE DNK

Na hiljade genoma pati svaki dan zbog raznih oteenja i zato je bitno da stanica posjeduje
uinkovit sistem za popravak. Bez popravka genom ne bi bio u mogunosti odravati svoje
osnovne stanine funkcije vie od nekoliko sati.1
Veina stanica posjeduje 4 razliita tipa popravke DNK sistema, na slici 2.1.:
Izravni popravak oteenja DNK, kao to samo ime govori, djeluje direktno na
oteene nukleotide, vraajui ih u izvornu strukturu.
Popravak ekscizijom ( izrezivanjem nukleotida ) ukljuuje odstranjenje jednog
oteenog segmenta nukleotida praenog resintezom ispravnog slijeda nukleotida od
strane DNK polimeraze.
Popravak krivo sparenih baza ispravlja pogreke napravljene tokom replikacije tako
to dolazi do isjecanja DNK izmeu loma lanca i krivo sparenih baza.
Rekombinacijski popravak se zasniva na zamjeni oteene DNK rekombinacijom s
neoteenom molekulom.
Veina organizama, ako ne i svi, takoe posjeduju sisteme koji im omoguavaju da repliciraju
oteena podruja njihovog genoma bez prethodne popravke.

3.DIREKTNI POPRAVAK OTEENJA DNK

1Cooper, M.G., Hausman, E.R. ( 2004 ). Stanica molekularni pristup ( tree izdanje ).
Zagreb: Medicinska naklada
4

Veina oteenja DNK, nastala pod utjecajem hemijskih ili fizikih mutagena, moe se
popraviti rezanjem oteenih nukleotida nakon ega slijedi resinteza ispruene DNK kao to
je prikazano na slici 2.1. Samo se nekoliko vrsta oteenih nukleotida moe popraviti
direktno : 2

Ogrebotine moe popraviti DNK ligaza samo ukoliko je fosfodiesterska veza pukla i
ukoliko nema oteenja na 5'- fosfatnoj i 3' hidroksilnoj grupi nukleotida,na obje
strane upljine. To je esto sluaj sa ogrebotinama nastalim djelovanjem jonizirajueg
zraenja na slici 2.2.
Neki oblici alkilirajuih oteenja se mogu direktno popraviti reverzibilnim enzimima
koji prenose alkilnu grupu od nukleotida do vlastitih polipeptidnih lanaca. Enzimi
sposobni za ovaj popravak se nalaze u mnogim organizmima i tu npr. spada Ada
enzim E. coli koji je ukljuen u proces prilagoavanja, tako da ga ova bakterija moe
aktivirati kao odgovor na oteenje DNK. Ada uklanja alkilne grupe zakaene na
kisikove grupe na poziciji 4 i 6 timina i guanina, a takoe moe popraviti
fosfodiesterske veze koje su postale metilirane. Meutim neki enzimi imaju
ogranieno

djelovanje,

primjer

je

ljudski

MGMT

(O6-metilguanin-DNA

metiltransferaza ) koji , kako mu samo ime govori, samo uklanja alkilne grupe sa
pozicije 6 guanina.
Ciklobutilni dimeri se saniraju putem svjetla odnosno procesom fotoreaktivacije. Kod
E. coli ovaj proces ukljuuje enzim DNK fotoliazu. Kada je stimulirana svjetlom
valne duine izmeu 300 i 500 nm, enzim se vee za ciklobutilne dimere i vraa ih u
prvobitne monomerne nukleotide. Fotoreaktivacija je iroko rasprostranjena meutim
ona nije univerzalna vrsta popravke: poznata je kod mnogih , ali ne kod svih bakterija,
dosta kod eukariota ukljuujui i neke kimenjake, ali je nema kod ljudi i drugih
sisara sa placentom.

2Brown, T.A. ( 2002 ). Genomes. 2nd edition. Oxford: Willey Liss

5

4.POPRAVAK EKSCIJOZOM
Direktne popravke oteenja DNK su vane , ali one ine vrlo malu komponentu meu
sistemima popravke DNK veine organizama. Ovo je zbog toga to nacrt sekvenci ljudskog
genoma sadri samo jedan gen za kodiranje proteina ukljuenih u direktnu popravku
( MGMT gen ), ali koji ima najmanje 40 gena za puteve ekscizijskog popravka.
Puteve ekscizijskog popravka moemo podijeliti u dvije kategorije:
Popravak izrezivanjem baza ukljuuje uklanjanje oteene baze, izrezivanjem kratkog
komada polinukleotida oko AP mjesta, i ponovnu resintezu uz pomo DNK
polimeraze, na slici 2.3.
Popravak izrezivanjem nukleotida je slian prethodno opisanom popravku , meutim
njemu ne prethodi uklanjanje oteene baze i moe djelovati na znatno vie podruja
oteene DNK.

5.POPRAVAK KRIVO SPARENIH BAZA

Popravak krivo sparenih baza ispravlja pogreke napravljene tokom replikacije. Svaki od
sistema popravka prepoznaju i djeluju na oteenje DNK uzrokovano mutagenima. To znai
da oni trae abnormalne hemijske strukture poput modificiranih nukleotida i ciklobutilnih
dimera. Meutim oni ne mogu popraviti krivo sparene baze koje su rezultat greaka u
replikaciji. Popravak krivo sparenih baza ispravlja replikacijske greke, ali on ne detektuje
krivo sparene nukleotide nego detektuje nedostatak baznih parova izmeu roditelja i kerke
elije. Kada se krivo sparene baze pronau, ovaj sistem popravke ree dio polinukleotida
kerke elije i ispunjava praznine, na slian nain kao kod bazne i nukleotidne ekscizije.
Popravak se mora desiti u polinukleotidu kerke elije, jer je u ovom novosintetiziranom
lancu dolo do pogreke; polinukleotid roditelja ima pravilan slijed ( sekvencu ). 3 Kako
sistem popravka zna koji je lanac iji? Kod E. coli kerkin lanac je slabo metiliran te se moe
razlikovati od roditeljskog polinukleotidnog lanca, koji ima puni set metilnih grupa. Kod E.
coli DNK je metilirana zbog djelovanja DNK adenin metilaze ( Dam ), koja konvertuje
adenin u 6 metiladenin u slijedu 5' GATC 3' i DNK citozin metilaze ( Dcm ) , koja
konvertuje citozin u 5 metilcitozin u slijedu 5' CCAGG 3' i 5' CCTGG 3'. Ove
metilacije nisu mutageni, modificirani nukleotidi imaju osobine istog baznog uparivanja kao
nepromijenjene verzije. Postoji kaenjenje kod DNK replikacije i metilacije kerkinog lanca i

3Lindahl, T., Wood, R.D. ( 1999 ). Quality control by DNA repair. Science. PubMed: ;
286:18971905.
7

tokom tog kaenjenja postoji prilika da sistem popravka skenira krivo sparene baze i da uini
potrebne ispravke u slabo metiliranom kerkinom lancu.
E. coli ima 3 sistema za popravak krivo sparenih baza: duga zakrpa, kratka zakrpa i
vrlo kratka zakrpa. Imena pokazuju relativne duine izrezanih i resinteziranih segmenata.
Dugi sistem zakrpe zamjenjuje do kb ili vie DNK i zahtijeva MutH, MutL i MutS proteine
kao i DNK helikazu II koju smo susreli tokom nukleotidne ekscizije. MutS prepoznaje krivo
sparene baze, a MutH razlikuje dva lanca vezujui se za nemetilirane 5' GATC 3'
sekvence.
Uloga MutL je nejasna, ali bi on mogao koordinirati aktivnosti druga dva proteina tako da se
MutH vee za 5' GATC 3' sekvencu samo u blizini mjesta krivo sparenih baza koje
prepoznaje MutS. Nakon vezanja, MutH ree fosfodiestersku vezu uzvodno od G u
metilacijskoj sekvenci i DNK helikaza II odvaja jedan lanac. Ne javlja se enzim koji ree
lanac nizvodno od mjesta krivo sparenih baza; umjesto toga usamljena jednolanana regija
biva degradirana od strane egzonukleaze koja prati helikazu i dalje nastavlja da se kree izvan
krivo sparenih baza. Otvor popunjava DNK polimeraza I i DNK ligaza. Slino se dogaa kod
kratkog i vrlo kratkog popravka krivo sparenih baza, jedino je razlika u specifinosti proteina
koji prepoznaju neusklaenost. Kratki sistem popravke, koji je rezultat rezanja segmenta
manje od 10 nukleotida po duini, poinje kada MutY prepoznaje A G ili A C
neusklaenost, a vrlo kratki sistem popravka ispravlja G T neusklaenosti koje su
prepoznate od strane Vsr endonukleaze .4
Eukarioti imaju homologe Mut proteina E. coli i njihov proces popravka krivo sparenih baza
vjerovatno radi na slian nain ( Kolodner, 2000 ). Jedina razlika je u tome da metilacija nee
biti metod koji se koristi za razlikovanje izmeu roditeljskog i kerkinog polinukleotidnog
lanca. Metilacija je upletena u popravak krivo sparenih baza u stanicama sisara, ali i kod
DNK nekih eukariota, ukljuujui vone muice i kvasac, koja nije puno metilirana.

6.REKOMBINACIJSKI POPRAVAK

4Wood, R.D., Mitchell, M., Sgouros, J., Lindahl, T. ( 2001 ). Human DNA repair genes.
Science. PubMed: 291:12841289.
8

Bez rekombinacije, genomi bi bili relativno statine strukture, podlone vrlo malim
promjenama. Postupno nakupljanje mutacija tokom dueg vremenskog razdoblja bi
rezultiralo malim promjenama u slijedu nukleotida genoma, ali mnogo opsenijem
restruktiriranjem, to je uloga rekombinacije, ali to nee nastupiti i evolucijski potencijal
genoma bi bio strogo ogranien.
Rekombinacija je prvi put prepoznata kao proces odgovoran za crossing over i izmjenu
DNK segmenata izmeu homolognih hromosoma tokom mejoze u eukariotskim stanicama, a
potom je upletena u integraciju prenosa DNK u bakterijski genom nakon konjugacije,
transdukcije ili transformacije.

7.ZAKLJUAK
DNK je izloena razliitim hemijskim reakcijama i promjena njene strukture bi dovela do
razliitih posljedica kao to su mutacije. Mutacije mogu nastati kao posljedica ugradnje
pogrene baze za vrijeme umnoavanja DNK. Izloenost DNK razliitim hemikalijama ili
zraenju takoe moe blokirati replikaciju ili transkripciju. Da bi odrale svoj genom stanice
su razvile mehanizme za popravak oteenja DNK, a to su: direktni popravak oteenja DNK,
popravak ekscizijom, popravak krivo sparenih baza i rekombinacijski popravak. Direktni
popravak oteenja DNK djeluje direktno na oteene nukleotide, vraajui ih u izvornu
strukturu.
U direktnom popravku oteenja DNK ogrebotine nastale djelovanjem jonizirajueg zraenja
moe popraviti DNK ligaza, alkilirajua oteenja se direktno popravljaju reverzibilnim
enzimima kao to je npr. Ada enzim E.coli . Meutim neki enzimi imaju ogranieno
djelovanje kao to je ljudski MGMT ( O6-metilguanin-DNA metiltransferaza ) , koji uklanja
samo alkilne grupe sa pozicije 6 guanina. Ciklobutilni dimeri se saniraju procesom
fotoreaktivacije. Popravak ekscizijom se moe podijeliti na popravak izrezivanjem baza
( uklanjaju se oteene baze ) i popravak izrezivanjem nukleotida ( njemu ne prethodi
uklanjanje oteene baze) .
Kod izrezivanja baza DNK glikozilaza uklanja oteenu bazu i taj postupak koristi se za
popravak mnogih modificiranih nukleotida ije su baze pretrpjele manju tetu koja je rezultat
izloenosti alkilirajuim agensima ili jonizirajuem zraenju.Popravak izrezivanjem
nukleotida se koristi za saniranje mnogo veih vrsta oteenja. Popravak krivo sparenih baza
ispravlja krivo sparene baze koje su rezultat pogreke napravljene tokom replikacije. On ne
detektuje krivo sparene nukleotide nego detektuje nedostatak baznih parova izmeu roditelja
i kerke elije. Rekombinacijski popravak podrazumijeva zamjenu oteene DNK
rekombinacijom s neoteenom molekulom.

10

8.LITERATURA
1. Cooper, M.G., Hausman, E.R. ( 2004 ). Stanica molekularni pristup ( tree izdanje ).
Zagreb: Medicinska naklada
2. Brown, T.A. ( 2002 ). Genomes. 2nd edition. Oxford: Willey Liss
3. Lindahl, T., Wood, R.D. ( 1999 ). Quality control by DNA repair. Science. PubMed: ;
286:18971905.
4. Wood, R.D., Mitchell, M., Sgouros, J., Lindahl, T. ( 2001 ). Human DNA repair
genes. Science. PubMed: 291:12841289.
5. Seeberg, E. Eide, L., Bjoras, M. ( 1995 ). The base excision repair pathway. Trends
Biochem. Sci. PubMed: 20:391397.

11

12