Univerzitet u Istočnom Sarajevu

Medicinski fakultet Foča

Studijski program Zdravstvena njega

Epigenetika
Seminarski rad iz Humane genetike
 SADRŽAJ

UVOD ..............................................................................................................3
EPIGENETIKA ...............................................................................................3
NAJVAŽNIJI EPIGENETSKI MEHANIZMI ................................................5

METILACIJA MOLEKULA DNK I TRANSKRIPCIJA GENA ...................5

4.1 Metilacija i demetilacija DNK ...............................................5

MODIFIKACIJE HISTONA …………………………………………..……..8

5.1 Metilacija histona ...................................................................9

5.2 Inaktivacija X hromozoma .....................................................9
5.3 Fosforilacija histona ..............................................................10
5.5 Sumoilacija histona ...............................................................10
RNK INTERFERENCIJA (RNKi) ...................................................................10
EPIGENETIKA I BOLESTI ...........................................................11
6.1 Epigenetika i tumori ...............................................................11
6.2 Epigenetski lijekovi ................................................................12
6.4 Epigenetika i ishrana ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,.,,,13
ZAKLJUČAK ...................................................................................................14

LITERATURA ..................................................................................................15

2
 UVOD

Do nedavno smo bili uvjereni da sklonost ka nastanku bolesti zavisi isključivo od naslijednih
informacija sačuvanih u molekulu DNK. Shodno tome, puno je učinjeno kako bi se uspostavile
funkcionalne veze između promjena u strukturi molekula DNK (npr. mutacije, amplifikacije gena
koje dovode do promijenjene aktivnosti gena) i nastanka određenih bolesti. Ovaj pristup je
ponudio odgovore na veliki broj pitanja koja su dovela do otkrića gena koji, ako su mutirani,
dovode do nastanka bolesti. Znamo da se u redoslijedu nukleotida DNK, nalazi biološka
informacija neophodna za rast i razvoj svih živih organizama. Biološka informacija se u obliku
gena prenosi sa roditelja na potomke. Gen predstavlja redoslijed nukleotida DNK koji je potreban
za sintezu funkcionalnog genskog proizvoda. Ali uprkos očiglednom napretku još uvijek ne
postoje odgovori na dodatna, neodgovorena pitanja. Da li je isključivo raspored baza (GATC) u
molekulu DNK stvarni ključ koji će, s vremenom, otvoriti sve brave? Ovakve dileme možda je
najbolje opisao Manel Esteller, direktor Laboratorije za epigenetiku raka pri Nacionalnom
institutu za rak u Španiji, koji je rekao: “Vrijeme je da posložimo ovaj veliki telefonski imenik i
napravimo nekoliko telefonskih poziva kako bismo bili sigurni da su imena i adrese vezani za
ispravne brojeve.“
Savremene metode senkvencioniranja DNK  i  bioinformatike omogućavaju detaljno
proučavanje pozicije i funkcije gena kao i genske interakcije. Međutim, samim redoslijedom
nukleotida u genu ne može se u potpunosti objasniti funkcionisanje ćelija i
njihova diferencijacija, razvoj nekih bolesti kao ni različitosti organizama koji imaju
isti genom (npr. klonovi, jednojajčani blizanci). U novije vrijeme istraživanjima je ukazano na to
da na kompletan fenotip organizma utiču ne samo geni već i njihova aktivnost u pojedinim
ćelijama kao i nivo njihove transkripcije. Molekularne promjene stukture histona i same DNK
imaju značajan uticaj na transkripciju gena iako te promjene ne mijenjaju redoslijed nukleotida u
genu. Ako su te promjene nasledne nazivaju se epigenetičkim promenama, a nauka koja se bavi
njihovim proučavanjem je epigenetika.
Cilj ovog rada je definisati i opisati epigentiku, navesti i opisati njene mehanizme, te
opisati uticaj epigenetike na razvoj određenih bolesti.

EPIGENETIKA
Tek se nedavno postalo svjesno važnosti epigenomskih struktura u razvoju i pojavi
bolesti. Sam naziv epigenetika (grč. epigenesis - iznad gena) ističe njeno važno svojstvo, da se
promjene ne događaju u DNK sekvenci, a njen tvorac je razvojni biolog Conrad H. Waddington
(1942). Definisao ju je kao granu biologije koja proučava uzročne interakcije između gena i
njihovih produkata koji dovode do nastanka fenotipa.

3
Prema ovoj definiciji, epigenetika se odnosila na sve molekularne puteve koji moduliraju
ekspresiju genotipa u određeni fenotip. Tokom godina, razvoj nauke doveo je i do velikog
napretka u genetici i boljeg razumijevanja epigenetike kao i do saznanja da iako sve somatske
ćelije organizma imaju isti DNK, obrasci ekspresije gena uveliko se razlikuju između različitih
tipova ćelija, a ti obrasci se mogu klonalno nasljeđivati. Waddington je već 1947. pokrenuo
osnivanje odjeljenja za genetiku u Institutu Edinburgh. Za samo deset godina genetička
istraživanja u ovom institutu postala su prepoznatljiva po vrhunskom kvalitetu, a sam odjel bio je
više nego uspješan i postao je jedan od najvećih odjela genetike u svijetu. Tokom tih godina,
Waddington je planirao stvaranje laboratorija za epigenetiku. U svojoj je namjeri uspio tek 1965.,
kada je i službeno osnovana Grupa za epigenetička istraživanja, s Waddingotonom kao počasnim
direktorom na čelu. Nažalost, razvoj ove grupe nije se odvijao u skladu sa njegovom vizijom koja
je primarno bila usmjerena u područje embriologije. Naime, materijalna podrška je bila
preusmjerena u ona područja nauke u kojima su se otkrića temeljila na hibridizacijskim
tehnikama vezanim uz molekule DNK i RNK, koje se u to vrijeme u embriologiji nisu koristile.
Waddington je postavio hipotezu o mogućoj nadopunjivosti epigeneze (stari naziv za embriološki
rast i diferencijaciju) i preformacije, tvrdeći da “...su sve karakteristike odraslog organizma
prisutne u oplođenoj jajnoj ćeliji, ali se trebaju odmotati i razviti ...”. Na temelju toga je razvoj
smatrao epigenetičkim događajem: “…moglo bi se reći da epigenetsku građu ili epigenotip čini
niz događaja kroz koje određeno tkivo prolazi tokom razvoja; znači - određeni organ nastaje
zbog ličnih međudjelovanja genotipa, epigenotipa i spoljašnjih faktora”. Njegove su hipoteze
nastajale u vrijeme kada ih tehnički nije mogao potvrditi bez antitijela, bez rekombinantne
tehnologije DNK, bez ikakvih saznanja o tome kako su geni građeni i na koji bi način njihova
aktivnost uopšte mogla biti regulisana. Sve to je dovelo do savremenije definicije epigenetike kao
studije o mitotički i mejotički naslijednim promjenama u funkciji gena, koje se ne mogu objasniti
promjenama u DNK sekvenci.

Danas epigenetiku definišemo kao naslijednu i reverzibilnu promjenu funkcije gena,

nezavisno o rasporedu baza u molekulu DNK. Za razliku od epigenomike, koja proučava
globalnu sliku epi-događaja u određenom genomu, epigenetika ima sužen fokus i proučava
specifične epi-promjene vezane za tačno određene gene. Genom je programiran epigenomom.
Genom predstavlja potpunu genetsku informaciju sadržanu u DNK, unutar ćelija organizma. S
druge strane, epigenom uključuje modifikacije povezane s genomskom DNK, koje igraju ulogu u
uspostavljanju jedinstvenog ćelijskog i razvojnog identiteta. Genom nije taj koji ćeliji može
osigurati prilagodljivost, jer kad bi se mijenjao zavisno od zahtjeva okoline ili organizma,
degradirala bi se naslijedna svojstva kodirana u DNK sekvenci. Suprotno genomu koji je
konzistentan, epigenom dinamično i fleksibilno odgovara na unutarćelijske i vanćelijske
podražaje. Epigenetske modifikacije uslovljavaju ekspresiju pojedinog dijela genoma i
inaktivaciju preostalog, te omogućavaju rast, apoptozu, proliferaciju, mirovanje, diferencijaciju,
te akomodaciju ćelije na eventualne promjene. Epigenom tako omogućava organizmu da se
prilagodi podražajima okoline kroz ekspresiju određenih karakteristika ili fenotipa.

4
 Veliki napredak u epigenetici nastao je 2009. kada je otkrivena grupa enzima Tet
proteina sisara (engl. ten-eleven translocation proteins). Nazvani su po translokaciji koja je čest
uzrok raka. Određeni enzimi iz te grupe proteina učestvuju u demetilaciji DNK čime imaju važnu
ulogu u ranoj fazi razvoja embriona i nastanku polnih ćelija.

NAJVAŽNIJI EPIGENETSKI MEHANIZMI

Najvažniji epigenetski mehanizmi su:
 Metilacija molekula DNK
 Uspostavljanje kovalentnih, posttranslacijskih promjena histona - modifikacija
histona (metilacija, acetilacija, fosforilacija, sumoilacija)
 RNK interferencija - umirivanje gena zavisno o malim molekulama RNK.
Ova tri najvažnija epigenetska mehanizma usko su povezana u uspostavljanju lične
(epigenomske) mreže signala unutar koje se međusobno nadopunjuju i upravljaju važnim
procesima u ćeliji. Vrlo su važni i u odgovoru ćelije na djelovanje mutagena (epimutagena) iz
okoline. Otkriće metilacije DNK kojom se reguliše ekspresija gena, konkretno njena ulogu u
utišavanju gena, dovelo je do mnogih novih procesa koji ne mijenjaju primarnu strukturu DNK
(redosled nukleotida), a imaju ulogu u razvoju i diferencijaciji organizma kao i u nastanku tumora
i nekih bolesti koje nisu posledice genskih mutacija.

METILACIJA MOLEKULA DNK I TRANSKRIPCIJA GENA

4.1 Metilacija i demetilacija DNK
Kod kičmenjaka metilacija baza u DNK predstavlja značajan mehanizam kojim se
inaktivišu određeni geni tako što se prekida njihova transkripcija. Metilacijom se dodaje metil-
grupa (CH3 grupa) na peti ugljenikov atom (5C) baze citozina čime se obrazuje 5-metilcitozin.
Vrši se u prisustvu određenog enzima (DNK-metil transferaza) i ograničena je na citozin posebno
onaj koji je dio citozin-guanin dinukleotida i nalazi se u nizu CG baza u jednom od lanaca DNK.
Tim dodavanjem se mijenja funkcija DNK. Taj niz je označen kao CpG niz (CpG ostrvo) čime je
naglašeno da se radi o nukleotidima koji sadrže citozin i guanin i povezani su fosfodiestarskim
vezama u polinukleotidnom lancu. Nazivaju se CpG ostrva zato što su ti nizovi nejednako
raspoređeni u genomu, najbrojniji su u samim genima i grupisani su u pojedinim njihovim
regionima. CpG ostrva se mogu definisati kao odsječci DNK i kontrolišu aktivnost određenog
gena. Otprilike 60% ljudskih gena ima u području svojih genskih promotora CpG ostrva i za
razliku od većine CpG dinukleotida drugdje u genomu, CpG dinukleotidi u području CpG ostrva
većinom nisu metilisani u normalnim ljudskim ćelijama. Prema principu komplementarnosti baza
u lancima DNK, CG niz jednog lanca sparuje se sa GC nizom naspramnog lanca.

5
Tokom replikacije se postojeća metilacija DNK direktno nasljeđuje pošto enzimi vrše metilaciju
samo onih CpG dijelova sparenih sa GC nizovima koji su već metilisani. Takav način metilacije
se nasljeđuje u somatskim ćelijama kroz mitoze. Potvrda za to jeste da kćerke ćelije imaju iste
inaktivne gene (zbog istih metilisanih baza) kao majka ćelija. DNK metilacija je važna za
normalan razvoj i povezana je sa mnogim ključnim procesima uključujući genomski otisak,
inaktivaciju X hromozoma, represiju repetitivnih elemenata, starenje i kancerogenezu. U
funkcionalnom se smislu metilacija molekula DNK, kao izuzetno važan biološki fenomen,
proučava primarno na nivou transkripcije gena pri čemu se najpojednostavljeniji scenario može
odvijati na dva nivoa: metilisani promotor - gen je umiren, nemetilisani promotor - gen je
aktivan. Vrlo osjetljiv i precizan proces tokom kojeg citozin postaje metilisan predstavlja osnovni
mehanizam normalnog razvoja kod svih vrsta, a pritom i dodatno pojašnjava vremensku i tkivno
specifičnu ekspresiju. Jednostavno; svi posjedujemo 46 hromozoma koji na sebi imaju sve naše
gene, ali nisu svi naši geni stalno aktivni u svim tkivima.

Slika 1. Shematski prikaz epigenetičkih promjena u genu čiji je promotor bogatom CpG ostrvcima. A. Histoni su acetilirani, CpG ostrvca su
nemetilisani, gen je aktivan. B. Dio histona je izgubio acetilne grupe, dio CpG ostrvaca je metilisan, gen nije aktivan, ali je promjena
reverzibilna. C. Histoni su hipoacetilirani, a CpG ostrvca metilisani. Gen je umiren, promjena je ireverzibilna.

DNK metilacija može izmijeniti ekspresiju gena u ćelijama pri diobi i diferencijaciji iz
embrionalnih matičnih ćelija u specifična tkiva. Rezultat promjene je trajan i jednosmjeran, što
onemogućuje ćeliji da se vrati u matičnu ćeliju i diferencira u neko drugo tkivo. Metilacijske
modifikacije koje regulišu gensku ekspresiju su uglavnom naslijedne tokom mitotičke ćelijske
diobe. Neke metilacije su naslijedne i tokom mejotične ćelijske diobe kojom nastaju polne ćelije.
Nakon oplodnje, majčin i očev genom podliježu opsežnoj demetilaciji i de novo metilaciji. Svega
3-6 sati nakon oplodnje, očeva DNK prolazi kroz demetilacijski proces, dok majčina DNK
započinje metilaciju. Demetilacijom se uklanja metil grupa (vrši je enzim demetilaza) čime se
molekul DNK vraća u stanje prije metilacije. U različitim fazama ontogenetskog razvića jedinke
mijenja se aktivnost genoma zahvaljujući promjenama stepena metilacije DNK.

6
U spermatozoidima je DNK kondezovana i geni su neaktivni pa je tu metilacija skoro potpuna. U
oocitama je određen broj gena aktivan, njihovom transkripcijom se sintetišu RNK neophodne za
period posle oplođenja, tako da je stepen metilacije u oocitama srazmjerno manji u odnosu na
spermatozoide. Poslije oplođenja dolazi do aktivacije naslednog materijala zigota tako što se vrši
demetilacija. Tokom embrionalnog razvića opet dolazi do metilacije određenih gena tokom
procesa determinacije i diferencijacije ćelija tkiva.
Danas se smatra da su epigenetske promjene odgovorne za nastanak i razvoj malignih
promjena barem u jednakoj mjeri kao i mutacije. Knudsonova hipoteza kaže da je za
kancerogenezu potreban gubitak oba alela određenog gena sa svojstvom tumor supresora. Za
utišavanje oba alela potencijalnog tumor supresor gena može biti odgovorna bilo koja
kombinacija genetske i epigenetske promjene. Metilacija, takođe može potencirati učinak
egzogenih karcinogena, kao u primjeru benzo(a)piren diola iz dima cigarete koji se učestalije
vezuje za gvanin u sklopu metilisanog CpG dimera, što olakšava mutaciju gvanina u timin. Metil
grupa mijenja talasnu dužinu apsorpcije ultraljubičaste svjetlosti za citozinsku bazu, što olakšava
stvaranje pirimidinskih dimera (CCTT) u DNK-a ćelijama epidermisa i vodi povećanoj
incidenciji mutacija tumor supresor gena TP53.
Ovaj biološki proces nije posebno važan samo u razvojnoj biologiji. Važan je i za
patofiziologiju bolesti, posebno u malignim bolestima. Značaj ovog procesa je pokazan u
eksperimentalnim modelima u kojima različito aktivni transgeni (aktivni ili umireni, zavisno od
stepena metilacije) zadržavaju obrazac aktivnosti tokom stotinjak dioba. Reakcija DNK metilacije
je katalizovana pomoću DNK metiltransferaza (DNMT). Metilacija DNK se odvija neposredno
nakon replikacije prenosom metil grupe sa donora S-adenozil-L-metionin (SAM ili AdoMet) u
reakciji katalizovanoj pomoću DNMT. Umreženi signali koji su odgovorni za tačno kopiranje
obrasca metilacije iz generacije u generaciju zavise od dvije DNMT: DNMT3A i DNMT3B. Ova
dva enzima posjeduju metilacijsku aktivnost de novo, što znači da su neophodni za uspostavljanje
obrasca metilacije tokom ranog razvoja jedinke. Nakon njegove uspostave aktivira se DNMT1
koja je odgovorna za tačno kopiranje uspostavljenog obrasca u sledeću generaciju ćelija.
Bez ovih enzima bi život bio nemoguć, što je i pokazano na primjeru miševa. Životinje
kod kojih su ovi enzimi bili umireni uginule su tokom ili nakon završenog embrionalnog razvitka,
a u cjelokupnoj slici je preovladavala globalna hipometilacija molekule DNK. Tokom malignog
preobražaja ostrvaca, CpG koji se nalaze u područjima promotora gena postaju hipermetilisani.
Posledica ovog događaja je umirivanje tumorsupresorskih i drugih gena koji su odgovorni za
nastanak raka. Dva modela objašnjavaju pretjeranu metilaciju promotora i umirivanje gena. Prvi
se temelji na činjenici da se metlisani citozin istegne u veliki zavoj molekula DNK i pritom
izazove promjenu konformacije. To za posledicu ima nemogućnost vezivanja faktora
transkripcije na ciljno CpG - vezno mjesto. Drugi nas model ponovo približava Waddingtonovoj
mreži i temelji se na funkciji proteina MeCP2 (engl. methylcytosine binding proteins). Kao što i
samo ime govori, ovi se proteini vežu za metlisana ostrvca CpG i pritom stvaraju prepreku zbog
koje se faktori transkripcije ne mogu vezati.

7
 MODIFIKACIJE HISTONA
Dobro je poznato da je molekula DNK u ćelijama eukariota organizovana u obliku
hromatina. Gradivne jedinice hromatina su nukleozomi koji sadrže 147 parova baza DNK
omotanih oko osmodijelnog kompleksa sastavljenog od po dvije molekule histona H2A, H2B, H3
i H4. Histoni su osnovni proteini u eukariotskim ćelijama koji zajedno sa namotanom DNK čine
hromatin. Histoni regulišu pakovanje DNK i imaju veliku ulogu u kompakciji hromatina što utiče
na transkripcijsku aktivnost. U ćelijama koje se ne dijele, hromatin može biti u dva funkcionalna
stanja: euhromatin i heterohromatin. Euhromatin ili otvoreni hromatin predstavlja način
pakovanja hromatina u kojem je DNK dostupna transkripciji. S druge strane, kod
heterohromatina ili zatvorenog hromatina, DNK je gusto pakovana i nije dostupna transkripciji.
Način na koji je hromatin organizovan tokom različitih nivoa ćelijskog ciklusa i u različitim
ćelijama reguliše se putem epigenetičkih mehanizama. Histoni H2A, H2B, H3 i H4 čine srž, a
histoni H1 i H5 su vezujući hromozomi. Oko srži oktamera je omotano oko 145 parova baza
DNK. Histoni podliježu posttranslacijskim modifikacijama što mijenja njihove interakcije sa
molekulama DNK i nuklearnim proteinima. H3 i H4 histoni imaju duge repove koji vire iz
nukleozoma. Ti repovi mogu biti kovalentno modifikovani na nekoliko mjesta. Srž histona
takođe može biti modifikovana. Kombinacije modifikacija čine tzv. histonski kod. Modifikacije
histona imaju ulogu u različitim biološkim procesima poput regulacije gena, popravka DNK,
mitozi i spermatogenezi.

Acetilacija histona se događa enzimatskim dodavanjem acetil grupe s acetilkoenzima A.

Proces acetilacije histona je usko vezan za regulaciju mnogih ćelijskih procesa uključujući
transkripciju i dinamiku hromatina, utišavanje gena, progresiju ćelijskog ciklusa, apoptozu,
diferencijaciju, DNK replikaciju, DNK popravak, import u jedro i neuronsku represiju. Enzimi
uključeni u acetilaciju se nazivaju histon acetil-transferaze (HAT) i igraju važnu ulogu u kontroli
acetilacije H3 i H4 histona.
Pronađeno je više od 20 acetil-transferaza. Jačina acetilacije H3 histona se može povećati
povećanjem inhibicije deacetilacije histona pomoći histon-deacetilaza (HDAC) i smanjenjem
inhibicije HAT. Histondeacetilaze katalizuju hidrolitičko uklanjanje acetil grupa. Neuravnotežena
acetilacija histona se povezuje s kancerogenezom i napretkom razvoja tumora.
Deacetilaze histona su proteini - enzimi, uključeni u proces uklanjanja acetilne grupe iz
repa histona. Ovaj je događaj ključan u umirivanju gena. U pojednostavljenom biološkom
scenariju, deacetilacija histona za posledicu ima zgušnjavanje kompleksa DNK-histon (slika 1C).
Ova promjena konformacije takođe stvara fizičku prepreku zbog koje se faktori transkripcije ne
mogu vezati za ciljno mjesto na promotoru gena koji se zbog toga umiri.

Ali, pravi scenario koji se odvija na nivou epigenomske komunikacije puno je složeniji:
deacetlacija histona je praćena aktvacijom DNK-metilaza koje dovode do lokalne hipermetilacije
molekule DNK, u području promotora. Ovo se dešava u strogo određenoj kaskadi događaja.

8
 Acetilacija histona spriječava metilaciju molekula DNK i to tako da:

a) spriječi pristup DNK-metilazama, a u isto vrijeme

b) pozitivno djeluje na vezanje faktora transkripcije, prvenstveno zahvaljujući prekomjernoj
acetilaciji histona H3 i H4.

Znači, na nivou globalnog, acetilacija histona ima suprotni učinak u odnosu na metilaciju
molekule DNK i dobro korelira s globalnom transkripcijskom aktvnošću. Prema tome, primjena
inhibitora deacetilaza histona (HDAC) podržavaće acetilaciju histona i, posledično, uticati na
stepen metilacije promotora gena. Ovo je kristalno jasno pokazano u modelu karcinoma prostate
čovjeka, na 131 uzorku tkiva tumora i 65 uzoraka dobroćudnog, ali hipertrofičnog tkiva prostate.
U eksperimentima je praćeno ponašanje tumor-supresorskog gena RASSF1. Konačna
informacija koja je značajno mijenjala sliku epigenetičkog mozaika bila je jako zanimljiva:
smanjena acetilacija histona, ili dimetilacija H3K4, udružena s povišenom dimetilacijom lizina,
devetog u slijedu aminokiselina histona H3 (H3K9m2), ima ključnu ulogu u umirivanju gena
RASSF1. Na osnovu ovog rada postalo je očito da ispravna komunikacija na nivou: acetilacija
histona - metilacija molekule DNK predstavlja jako važnu sponu za funkcionisanje ćelije.

Epigenetske promjene DNK u nastanku malignih ćelija su za razliku od genetskih

promjena (mutacije, delecije, ampflikacije, translokacije) potencijalno reverzibilne, a reaktivacija
epigenetski utišanog tumor supresor gena bi dovela do teminalne diferencijacije maligne ćelije.
5.1 Metilacija histona
Histoni su osim acetilaciji i deacetilaciji podložni i metilaciji posredovanoj brojnim metil-
transferazama, a zavisno od aminokiselinskog ostatka koji biva metilisan hromatin postaje
transkripcijski aktivan i neaktivan. Metilacija histona se definiše kao prenos jedne, dvije ili tri
metil grupe sa Sadenozil-L-metionina na lizinske ili argininske ostatke histonskih proteina
pomoću metiltransferaze (HMT). HMT kontrolišu ili regulišu DNK metilaciju kroz represiju ili
aktivaciju transkripciju zavisnu o hromatinu. U ćelijskom jedru kada se odvija metilacija histona,
specifični geni na histonskoj DNK mogu biti aktivirani ili utišani. Uklanjanje metil grupa se
naziva demetilacija histona. Odvija se pomoću histon demetilaza. Ove demetilaze imaju
potencijalnu onkogenu ulogu i takođe učestvuju u drugim patološkim procesima. Otkriće histon
demetilaza pokazuje da metilacija histona nije stalna modifikacija nego više dinamičan proces.

5.2 Inaktivacija X hromozoma

Kod ženki, kada spermatozoid koji sadrži X hromozom oplodi jaje, nastaje embrion sa
dvije kopije X hromozoma. Ženke ne trebaju obje kopije X hromozoma jer bi to samo
udvostručilo količinu proteina koji se proizvode. Očinski X hromozom se brzo inaktivira te
nastaje inaktivni X hromozom (Xi) koji je smješten u heterohromatinu. To pakovanje se događa
uslijed metilacije 11 raznih lizinskih ostataka.

9
 Iako se metilacija odvija na različitim histonima, najkarakterističnija metilacija na Xi se
javlja na devetom lizinu trećeg histona (H3K9). Iako je dovoljna jedna metilacija u ovoj regiji da
bi geni ostali transkripcijski aktivni, u heterohromatinu ovaj lizin je često metilisan dva ili tri
puta. Tokom metilacije histona odvija se utišavanje gena tako da Xi ostane inaktiviran tokom
replikacije i diobe ćelije.
5.3 Fosforilacija histona
Fosforilacija histona se može odvijati na serinu, treoninu i tirozinu i sačinjava esencijalni
dio histonskog koda. Fosforilacija H2A je važna modifikacija histona koja igra važnu ulogu u
odgovoru DNK na oštećenja. Kod sisara, ova modifikacija se nalazi na serinu 139. Događa se u
svim fazama ćelijskog ciklusa. Katalizuje je protein kinaze ATM i ATR. Značajan broj
fosforilizovanih histonskih ostataka se povezuje sa ekspresijom gena. Fosforilacija serina 10 i 28
H3 histona je povezan sa regulacijom transkripcije gena za faktor epidermalnog rasta. Budući da
je fosforilacija H3 histona uključena u relaksaciju hromozoma i regulaciju genske ekspresije, ova
modifikacija se izvorno povezivala sa zbijanjem hromozoma tokom mejoze i mitoze. Sveukupno
su pronađena 4 fosforilirana ostatka u N-terminalnom H3 repu koja su povezana sa
kondenzacijom i razdvajanjem hromozoma: T3, S10, T11 i S28. Postoji nekoliko poveznica
između fosforilacije histona i apoptoze. Fosforilacija N terminalnog repa histona H2B je
esencijalna za kondenzaciju hromatina izazvanu apoptozom. U apoptičnim ćelijama sisara je
pronađen fosforiliran serin 14.
5.4 Sumoilacija histona
Nedavno se pokazalo da se u ćelijama sisara histoni sumoiliraju. SUMO (SMT3 kod
kvasca S. cerevisiae) je mali modifikujući protein od oko 100 aminokiselina koji se nalazi kod
eukariota. Kod kvasaca heterodimer Aos1/Uba2 formira visoko energetsku tioestersku vezu da bi
aktivirao SUMO. SUMO se zatim prenosi na Ubc9. Ubc9 je sposoban povezati SUMO na lizin 6
ili lizin 7 na N-terminalnom kraju histona H2B. Sumoilacija je uključena u regulaciju
transkripcije, regulaciju proteina transkripcijske mašinerije i komponenata koji modifikuju
strukturu hromatina. Jedna od uloga sumoilacije histona je gen-specifična negativna kontrola,
gdje sumoilacija pomaže u održavanju niskog nivoa transkripcije. Druga negativna regulatorna
uloga sumoilacije je povećanje intenziteta utišavanja telomera. Treće, sumoilacija histona je u
negativnoj korelaciji s acetilacijom i ubivkitinacijom histona. Smanjenje sumoilacije rezultira
povećanjem acetilacije.

RNK INTERFERENCIJA (RNKi)

RNKi je jednostavna i brza metoda utišavanja gena kod raznolikih organizama.
Utišavanje gena je posledica razgradnje RNK u kratke RNK koji aktiviraju ribonukleaze koje
ciljaju na mRNK. Utišavanje gena se povezuje s regulatornim procesima poput utišavanjem
transpozona, mehanizmima odbrane od virusa, regulacije gena i modifikacije hromozoma.

10
Genetička i biohemijska analiza je otkrila mehanizam od dva koraka utišavanja gena pomoću
RNKi. Prvi korak uključuje degradaciju dsRNK u male interferirajuće RNK (siRNK), duge 21-
25 nukleotida pomoću aktivnosti poput Rnaze III. U drugom koraku, siRNK se pridružuju
kompleksu RNaze, RIS, koji dolazi na mRNA i razlaže je. Neke ključne komponente RNK
interferencije su otkrivene kod različitih organizama; Dicer, RNK-zavisna RNK polimerala,
helikaze i dsRNK endonukleaze. Neke od ovih komponenata kontrolišu razvoj mnogih
organizama procesuirajući mnoge nekodirajuće RNK zvane mikro-RNK. Članovi Rnaza III su
jedne od malog broja nukleaza koje imaju specifičnost za dsRNK. Dicer je enzim iz grupe Rnaza
III i dobio je naziv prema sposobnosti razgradnje dsRNK u manje RNK (siRNK). Dicer ima 4
specifične domene: amino-terminalni helikazni domen, dvostruku RNaznu sekvencu, dsRNA
vezani domen i PAZ domen.

EPIGENETIKA I BOLESTI
Epigenetičke promjene su potrebne za normalan razvoj i zdravlje, ali one takođe mogu
biti odgovorne za mnoge bolesti. Poremećaj bilo koje epigenetske promjene može uzrokovati
abnormalnu aktivaciju ili utišavanje gena. Takvi poremećaji su povezani sa tumorima,
sindromima vezanim za nestabilnost hromozoma, mentalnom retardacijom, itd.
6.1 Epigenetika i tumori
Prva bolest povezana s epigenetikom je tumor. 1983. godine otkriveno je da bolesno tkivo
pacijenta sa kolorektalnom tumorom je imalo manje metilisanu DNK nego normalno tkivo. Zbog
toga što su metilisani geni većinom utišani, gubitak metilacije DNK može uzrokovati
abnormalno visoku aktivaciju gena. S druge strane, prevelika metilacija može spriječiti zaštitnu
ulogu gena koji potiskuju tumore. DNK metilacija se odvija na CpG mjestima, a većina CpG
citozina je kod sisara metilisana. Kako god, postoje mjesta na DNK blizu promotorskih regija
koje imaju veću koncentraciju CpG-a (CpG ostrva) koji su u normalnim ćelijama nemetilisani. U
tumorskim ćelijama ta CpG ostrva bivaju pretjerano metilisani uzrokujući da geni budu utišani.
Ova abnormlanost je zaštitni znak epigenetskih promjena koji se pojavljuje u tumorima i
pojavljuje se u ranim stadijima razvoja tumora. Hipermetilacija CpG ostrva može podstaći razvoj
tumora utišavajući tumor-supresorske gene. Zapravo, svi ovi tipovi promjena mogu biti učestaliji
u tumorskim ćelijama nego sama mutacija DNK sekvence. Iako epigenetske promjene ne
mijenjaju sekvencu DNA, mogu uzrokovati mutacije.
Oko polovine gena koji uzrokuju porodične ili nasledne oblike tumora su ugašeni metilacijom.
Većina tih gena normalno potiskuje stvaranje tumora i pomaže pri popravci DNK, uključujući O6
-metilgvanin-DNA-metiltransferaze (MGMT), mutL homolog 1 (MLH1) ciklinovisna-kinaza
inhibitor 2B (CDKN2B), i RASSF1A. Na primjer, hipermetilacija promotora MGMT uzrokuje
povećanje G-A mutacija. Hipermetilacija može dovesti do nestabilnosti mikrosatelita, koji su
ponavljajuće sekvence DNK. Mikrosateliti su česti u normalnim DNK i uglavnom se sastoje od

11
ponavljajućih citozin-adenin dinukleotida. Previše metilacije na promotoru gena za popravak
DNK MLH1 može uzrokovati nestabilnost mikrosatelita i produžiti ili skratiti ih. Nestabilnost
mikrosatelita se povezuje s razvojem mnogih tumora, uključujući kolorektalni, endometrijalni,
tumor jajnika i želuca.
6.2 Epigenetski lijekovi
Sama činjenica, da su epigenomske promjene reverzibilne, otvara mogućnost novom,
epigenomskom liječenju. S obzirom na to da je reverzibilnost procesa osnov hemoprevencije,
epigenomski bi pristup vrlo brzo mogao u potpunosti promijeniti naše sadašnje shvatanje
hemoprevencije. Dakle, za razliku od konvencionalnog liječenja raka citostaticima kojima se
manje - više neselektivno ubijaju sve ćelije koje se dijele, epigenomskim bi se pristupom,
pokušalo proces vratiti nazad. Pritom bi se mogle pratiti pojave kod bolesnika s prekanceroznim
lezijama te ciljano, uravnoteženjem mreže epigenetskih signala, liječiti ovu grupu ljudi (slika
1B). Možda bi se otkrivanjem ranih epigenomskih - epigenetskih promjena u naizgled zdravom
tkivu mogla predvidjeti sklonost nastanku bolesti. Znači, u pravilnim bi se indikacijskim
granicama epigenetske analize mogle primijeniti i u dijagnostičke svrhe. Trenutno postoje dvije
vrste epigenomskih lijekova: inhibitori DNK metiltransferaza i inhibitori deacetilaza histona.
Prva grupa lijekova poznata je i pod nazivom demetilatori koji svoje djelovanje ostvaruju
ugradnjom u molekulu DNK, tokom njene replikacije. Ovo im omogućuje njihova hemijska
struktura po kojoj su vrlo slični nukleozidu citidin. Posledica njihove ugradnje u novonastajući
lanac molekula DNK je zarobljavanje DNK-metiltransferaze, zbog čega dolazi do gubitka njene
aktivnosti, a cijeli sistem postaje hipometilisan. Trenutno se na tržištu u SAD-u nalaze dva lijeka
derivata citidina hipometilatora, koje je odobrila FDA. Prvi, VidazaTM (5-azacytidine), dok je
DacogenTM (5-aza-2’ deoxycytidine), koji je deoskiriboza - analog 5-azacidina. Prva indikacija
za primjenu ovih dvaju lijekova je mijelodisplastični sindrom (MDS). Dok se 5-aza-2’-
deoxycytidine veže samo za molekulu DNK, 5-azacytidine se veže i za molekul RNK, pa
negativno utiče na translaciju u citoplazmi. Oba lijeka svoj terapijski učinak prvenstveno
ostvaruju hipometilacijom promotora gena koji su neophodni za diferencijaciju, ali i direktnim
citotoksičnim učinkom na hematopoetske ćelije u koštanoj srži koje su u potpunosti izgubile
regulatorne mehanizme uključene u kontrolu ćelijskog ciklusa i zbog toga postale u potpunosti
neosjetljve na podražaje fiziološkim signalima rasta. Neproliferirajuće ćelije su relativno
neosjetljive na Vidazu. Potreba za odobravanjem inhibitora deacetilaza histona bila je logična, s
obzirom na velik broj naučnih dokaza o prekomjernoj aktivnosti deacetilaza histona u ćelijama
raka.

Prema tome, osnovna ideja je uvođenje ove grupe lijekova u kliniku kako bi se, inhibiranjem
deacetilaza, podržalo postojanje histona u njihovom acetiliranom obliku. Ovo bi, spriječilo
umotavanje molekula DNK u zgusnutu strukturu koja za posledicu ima umirivanje gena. Znači,
terapijski bi se učinak trebao zasnivati na reaktiviranju umirenih tumor - supresorskih gena.
Najveći problem s kojim se ovdje srećemo je neselektivnost.

12
 Naime, acetilacija je osnovni biološki proces i primjena ovakvog lijeka sigurno ima uticaj
na sve signalne puteve koji su regulisani acetilacijom. Prema tome, ako i postoji pozitivan
terapijski učinak (a postoji), mreža signala na koju utiče je toliko široka da na kraju ne znamo
koji je signalni put bio kritičan u liječenju. Drugim riječima, pravi mehanizam molekularnog
djelovanja u ovom slučaju ostaje sakriven. Ne smijemo zaboraviti da trenutno poznajemo 11
enzima, članova porodice HDAC. Ono što je dobro jeste da smo svjesni nesavršenosti terapijskog
pristupa korišćenjem ove grupe lijekova: na primjer vorinostat (ZolinzaTM), koji prvenstveno za
liječenje kožnih manifestacija T-ćelijskog limfoma (CTCL) kod oboljelih od progresivne, stalne
ili rekurentne bolesti, prepoznat je kao paninhibitor, bez toliko potrebne selektivnosti.
Jasno je, dakle, da je jedan od najvažnijih ciljeva koji bi trebao biti postignut u području
epigenomskih lijekova upravo selektivnost. Postoji nekoliko studija čiji rezultati upućuju na to da
bi neki HDAC-inhibitori mogli biti uspješno primijenjeni i u liječenju Hodgkinova limfoma,
akutne mijeloične leukemije i samog mijelodisplastičnog sindroma. Ono što je važno napomenuti
je da je kombinovana primjena demetilatora i inhibitora HDAC već u kliničkim ispitivanjima i
rezultati su, barem za sada, obećavajući.
6.4 Epigenetika i ishrana
Epigentičke promjene mogu nastati kao odgovor na faktore iz sredine, a jedan od
najvažnijih takvih faktora je ishrana. Tačan mehanizam uticaja ishrane na epigenetiku nije u
potpunosti razjašnjen, ali neki su primjeri dobro proučeni. Tokom zime 1944-1945 godine,
Nizozemci su patili od strašne gladi zbog njemačke okupacije. Nutritivni unos bio je niži od 1000
kalorija dnevno. Na temelju nedavnih studija ustanovljeno je da pojedinci koji su bili izloženi
kalorijskom deficitu u majčinom tijelu, imaju višu stopu hroničnih bolesti, kao što su dijabetes,
bolesti kardiovaskularnog sistema i debljinu, u poređenju sa svojom braćom. Čini se da su prvi
mjeseci trudnoće imali najznačajniji uticaj na rizik od razvoja bolesti. Tačna priroda
epigenetičkih promjena još nije razjašnjena, ali je otkriveno da ljudi koji su bili izloženi gladi u
majčinu tijelu imaju niži nivo metilacije gena uključenog u metabolizam insulina od svoje braće.
Ovo ima iznenađujuće posledice: iako su genetičke promjene teoretski reverzibilne, neke
promjene koje nastaju tokom razvoja embrija mogu se zadržati i tokom života odraslog čovjeka,
čak i kada nisu više korisne, nego mogu postati i štetne. Neke od ovih promjena mogu se čak i
zadržati nekoliko generacija (unučad). Nedovoljan unos folne kiseline takođe utiče na razvoj
čovjeka i može dovesti do stanja kao što su spina bifida (deformacija kičmenog stuba) i drugih
poremećaja neuralne cijevi. Da bi se izbjegli ovakvi poremećaji, ona se posebno preporučuje
trudnicama i ženama koje žele zatrudnjeti. Određena hrana može sadržavati različite biološki
aktivne materije pa je teško zaključiti šta je uticaj na epigenetiku, a šta je sveukupni uticaj na
tijelo.

13
 ZAKLJUČAK

Dakle da rezimiramo, epigenetika se bavi multidisciplinarnim istraživanjima čiji je

zadatak otkriti mehanizme regulacije aktivnosti pojedinih gena, odnosno istražiti funkciju i
fiziologiju gena. Za razliku od epigenomike koja objedinjuje globalne analize epigenetičkih
promjena cijelog genoma, epigenetika analizira promjene tačno određenih gena i/ili grupa gena
u zadatom vremenskom i prostornom kontekstu.

Istraživanje u području epigenomike prepoznato je kao prioritet u cijelom svijetu.

Naročito se ističu programi koje finansira Evropska unija, ali do izražaja sve više dolaze i
nacionalne inicijative. Neke od njih su: istraživanje metilacije molekule DNK (HEP); određivanje
strukture hromatina (HEROIC); i konačno, liječenje maligne bolesti (EPITRON). Istraživanja su
pokazala da je raspodjela metiliranih ostrvaca molekule DNK jedinstvena za svakog pojedinca,
jedinstvena za svako tkivo, jedinstvena za svaki od analiziranih MHC-lokusa. Već 2004. godine
Evropska komisija je pokrenula osnivanje Epigenomske mreže izvrsnosti (NoE). Primarni je cilj
bio stvaranje umreženog epigenomskog istraživanja u Evropi. Zaključak je, da se otpočne s
projektom Epigenom čovjeka, s primarnim ciljem: “... da se identifikuju sve hemijske promjene i
međusobni odnosi između svih konstitutivnih dijelova hromatina koji utiču na “funkciju koda
DNK”, kako bi se bolje razumio razvoj, starenje, gubitak kontrole aktivnosti gena u ćelijama
raka i drugim bolestima, kao i uticaj sredine na zdravlje čovjeka”. Glavni zadatak projekta bilo 
je mapiranje ostrvaca metilacije u molekuli DNK. Primarni cilj im je definisanje epigenomskih
markera u određenim tkivima čovjeka na različitim stepenima razvoja.

Dakle, epigenetička istraživanja su vrlo bitna jer se na temelju otkrića mijenja pristup
prema raznim bolestima i one se brže i lakše mogu izliječiti.

14
 LITERATURA

The American Associa on for Cancer Research Human Epigenome Task Force
and the European Union, Network of Excellence, Scien fic Advisory Board.
Moving AHEAD with an interna onal human epigenome project. Science
2008;457:711-5.
Rakyan VK, Hildmann T, Novik KL, Lewin J, Tost J, Cox AV et al. DNA methyla
on profiling of the human major histocompa bility complex: a pilot study for the
human epigenome project. PLoS Biol 2004 D; 2(12): e405
(doi:10.1371/journal.pbio.0020405)
https://www.moj-imunitet.com/epigenetika.html (26.10.2020)
https://sh.wikipedia.org/wiki/Epigenetika (28.10.2020.)
https://www.in-portal.hr/in-portal-news/in-posao/4437/epigenetika
(28.10.2020.)

15