Professional Documents
Culture Documents
UNIVERZITET U BRČKOM
SEMINARSKI RAD
Predmet: Biohemija
Broj indexa:
1. UVOD …………………………………………………………………………………....... 3
2. Rekombinantna DNK ............................................................................................................ 4
3. ZAKLJUČAK ..................................................................................................................... 17
4. LITERATURA .................................................................................................................... 18
2
1. UVOD
1
https://www.slideshare.net/MelisaKadric/rekombinantna-dna-92342822
3
2. Rekombinantna DNK
Rekombinantna DNK je vrsta DNK koja nastaje umjetnim putem. Ne postoji u prirodi, nego
se laboratorijskom genskom rekombinacijom (primjerice molekulsko kloniranje) različitih
vrsta. Ovim se prenosi gen jedne vrste u genom sasvim druge vrste, biljne i životinjske i
stvara se sekvencija nukleinske kiseline koja ne postoji u prirodi. Rekombinantnu DNK
moguće je napraviti jer su sve molekule DNK svih organizama iste hemijske strukture, a
razlikuju se samo u nukleotidnom nizu unutar te strukture. Genska rekombinacija se
primjenjuje radi proizvodnje vakcina, inzulina i dr. Rekombinantna DNK često se koristi u
kontekstu plazmida – kratkih, kružnih dijelova DNK s nekoliko gena na njima. Ubacivanjem
plazmida u bakterije i uzgajanjem tih bakterija na tanjiru s agarom (kako bi se izolirali
klonovi stanica bakterija), naučnici mogu molekularno klonirati ubačeni fragment DNK. Za
reakciju spajanja vektorske i strane DNK upotrebljava se naziv rekombinacija in vitro, dok se
produkt reakcije naziva rekombinantnom DNK. Da bi se molekule rekombinantne DNK
autonomno replicirale, treba ih unijeti u bakterijske ili kakve druge prikladne stanice.2
2
https://www.slideshare.net/MelisaKadric/rekombinantna-dna-92342822
4
široku primjenu ne samo u naučnim istraživanjima, već u mnogim drugim oblastima ljudske
djelatnosti kao što medicina, veterina, farmacija, agronomija, šumarstvo, zaštita životne
sredine, tako da u velikoj mjeri utiču na poboljšanje kvaliteta života čovječanstva.
Tehnologija DNK obuhvata niz tehnika uz pomoć kojih se može manipulirati malim
fragmentima hromozomske DNK ili pojedinačnim genima, u cilju ispitivanja i i mijenjanja
njihove strukture, proučavanja mehanizama putem kojih se reguliše njihova ekspresija,
upoznavanje strukture i uloge njihovih proteinskih produkata itd. Tehnike koje se koriste za
izolovanje pojedinh gena iz hromozoma i njihovo ugrađivanje u molekule DNK, koje se
mogu unijeti u ćeliju u kojoj će se autonomno replicirati ispitivani gen, poznate su kao
kloniranje DNK.3
3
https://www.slideshare.net/MelisaKadric/rekombinantna-dna-92342822
5
DNK molekula koja se replicira unutar žive ćelije. Vektori su uglavnom izvedeni iz plazmida
ili virusa, a predstavljaju relativno male segmente DNK koji sadrže potrebne genetičke
signale za replikaciju, kao i dodatne elemente radi lakšeg umetanja u stranu DNK,
identifikaciju ćelije koje sadrže rekombinantne DNK, i gdje je to moguće, ispoljavanje strane
DNK. Izbor vektora za kloniranja molekula ovisi o izboru organizma domaćina, veličine
DNK koji se klonira, o tome i da li i na koji način ispoljava strana DNK. Segmenti DNK se
mogu kombinirati koristeći razne metode, kao što su kloniranje pomoću restrikcijskih
enzima/ligaza ili Gibsonovim sklopom. U standardnom protokolu kloniranja, kloniranje
DNK fragmenata u osnovi uključuje sedam koraka:
4
https://www.slideshare.net/MelisaKadric/rekombinantna-dna-92342822
6
2.3. Karakteristike organizama sa rekombinantnom DNK
U većini slučajeva, organizmi koji sadrže rekombinantnu DNK imaju normalne fenotipove.
To se odnosi na njihov izgled, ponašanje i metabolizam, koji su obično nepromijenjeni, a
jedini način da se pokaže prisustvo rekombinantne DNK sekvence je da se ispita sama DNK,
obično koristeći polimeraznu lančanu reakciju (PCR test). Ako je u rDNK sekvenci kodirajući
gen koji se izražava, onda se prisustvo RNK i / ili proteinskog proizvoda rekombinantnog
gena mogu otkriti, obično pomoću RTPCR ili Western blot metodom hibridizacije zapadne
hibridizacije. Ukupne fenotipske promjene nisu norma, osim ako su izabrani i modificirani
rekombinantni gen unesen da se generira biološka aktivnost u organizmu domaćina. Dodatni
fenotipovi koji se pojave, uključuju toksičnost na organizam domaćina uzrokovanu
proizvodom rekombinantnog gena, posebno ako je proteinska ekspresija prekomjerno
izražena u neodgovarajućim ćelijama ili tkivima. U nekim slučajevima rekombinantna DNK
može imati pogubne efekte čak i ako nije izražena. Jedan mehanizam koji dovodi do te pojave
da se to dogodi je insercijska inaktivacija, u kojoj je rDNK umetnuta u gen ćelije domaćina. U
nekim slučajevima, istraživači koriste ovaj fenomen za „nokaut“ gena da odrede njihovu
biološku funkciju i značaj. Drugi mehanizam kojim umetnuta rDNK hromosomsku DNK
može uticati na ekspresije gena je za neprikladna aktivacija prethodno neispoljenih gena ćelije
domaćina. To se može dogodit, na primjer, kada se fragment rekombinantne DNK koji sadrži
aktivni promotor nalazi pored prethodno „tihog“ gena ćelije domaćina ili kada gen ćelije
domaćina svojom funkcijom obuzda ekspresiju gena putem insercijske inaktivacije
rekombinantne DNK.5
Pronađen u sirilu, himozin je enzim potreban za proizvodnju sira. To je bio prvi genetički
modificirani prehrambeni aditiv koji se koristi u komercijalne svrhe. Tradicionalno, hymozin
je dobijan iz sirila, koje je vađeno iz četvrtog želuca mlijekom hranjenih teladi. Nučnici su
kreirali nepatogeni soj (K-12) za bakterije Escherichia coli, za laboratorijsku proizvodnju
velikih količina enzima. Ovaj mikrobiološki proizvod rekombinantnog enzima, strukturno je
identičan sa telećim, troškovi su neuporedivo manji, pa se proizvodi u ogromnim količinama.
Danas je oko 60% tvrdog sira u USA napravljeno upotrebom rekombinantnog himozina. Od
1990. godine, nadležna agencija za hranu i lijekove (FDA) je odobrila ovakav himozin
deklaracijom „općenito priznato kao sigurno“ (GRAS), na osnovu podataka koji pokazuju da
je enzim bio siguran.7
6
https://www.slideshare.net/MelisaKadric/rekombinantna-dna-92342822
7
https://www.slideshare.net/MelisaKadric/rekombinantna-dna-92342822
8
2.4.2. Rekombinantni ljudski inzulin
Potreban je pacijentima čija žlijezda hipofiza stvara nedovoljne količine hormona za podršku
normalnog rasta i razvoja. Prije nego je postao dostupan rekombinantni HGH, za terapeutsku
upotrebu je dobijan iz hipofize žlijezda leševa. Ova nesigurna praksa, je kod pacijenata u
razvoju, dovela do pojave Creutzfeldt-Jakobove bolesti. Rekombinantni HGH eliminira ovaj
problem, a danas se masovno koristi u terapeutske svrhe. Također je zloupotrebljen i kao
stimulirajuća droga za poboljšanje spremnosti sportista i drugih osoba.9
8
https://www.slideshare.net/MelisaKadric/rekombinantna-dna-92342822
9
https://www.slideshare.net/MelisaKadric/rekombinantna-dna-92342822
9
2.4.4. Rekombinantni faktor zgrušavanja krvi, faktor VIII
Faktor VIII zgrušavanja krvi koji se daje pacijentima s oblicima pomećaja krvarenja, kao što
je hemofilija. Oni nisu u stanju da proizvedu faktor VIII u količinama koje omogućavaju
normalno zgrušavanje krvi. Prije razvoja rekombinantnog faktora VIII, protein je dobijen
obradom velike količine ljudske krvi iz više donatora , koja je imala vrlo visok rizik od
prenosa krvno prenosivih zaraznih bolesti, na primjer HIV-a i hepatitisa B.10
Oficijelne sorte važnih poljoprivrednih kultura (uključujući i soju, kukuruza sirak, uljanu
repicu, lucerku i pamuk) su razvijene u pravcima koji podrazumjevaju rekombinantni gen koji
rezultira otpornošću na herbicid glifosat a pojednostavljuje suzbijanje korova. Ovi usjevi se
zajednički komercijalno koriste u nekoliko zemalja.
Restrikcijski enzimi ili endonukleaze su oni enzimi koji su sposobni razdvajati (sjeći)
sekvence baznih parova na bazno specifičnim mjestima u molekuli DNK. Restrikcijski enzimi
10
https://www.slideshare.net/MelisaKadric/rekombinantna-dna-92342822
10
režu (sijeku) molekulu DNK na određene bazne sekvence tako da svaki do sada izolirani
enzim ima „svoju“ prepoznatljivu sekvencu koju izdvaja. To omogućava usmjereno
„parčanje“ DNK pri čemu nastaju definirani dijelovi određene dužine i poznatih krajnjih
sekvenci. Zato su ovi enzimi među najdjelotvornijim i najšire primjenivanim sredstvima u
ciljanim istraživanjima u oblasti genetičkog inžinjerstva i biotehnologije. Pomoću ovih
biološki aktivnih supstanci moguće je izdijeliti duge makromolekule DNK u fragmente koji
su pogodni za dalje manipuliranje. Specifičnost mjesta rezanja omogućava bolje upoznavanje
specifične strukture pojedinih sekvenci DNK. Poznato je nekoliko stotina restrikcijskih
enzima za različite pozicije specifičnih rezova. Rezovi molekula DNK tvore sekvence koje
mogu imati dvije vrste krajeva:
oni koji su na krajevi koji strše i označavaju se kao ljepljivi krajevi. Ovi enzimi su
veoma praktični za primjenu u genetičkom inžinjerstvu jer se dva različita fragmenta
DNK lako spoje hibridizacijom između jednolančanih krajeva, pod uslovom da su oba
fragmenta dobijena uz pomoć istog enzima (tada su njihovi krajevi komplementarni);
glatki rezovi bez stršećih DNK krajeva, a zovu se tupi krajevi. Jedan od primjera u
prvoj kategoriji je restrikcijski enzim EcoRI, a u drugoj restrikcijski enzim HaeIII,
npr.11
11
https://www.slideshare.net/MelisaKadric/rekombinantna-dna-92342822
11
Unutar prokariota, restrikcijski enzimi selektivno sijeku stranu DNK u procesu koji se zove
restrikcija, dok se sopstvena DNK zaštićen modificiranim enzimom (metiltransferaza), koja
blokira rezanje prokariotske DNK. Zajedno, ova dva procesa formiraju restrikcijski sistem
modifikacije. Detaljno je istraživano preko 3000 restrikcijskih enzima, a više od njih 600 su
pripremljeni za komercijalni promet. Ovi enzimi se rutinski upotrebljavaju za DNK
modifikacije u molekulskom kloniranju. Ovi enzimi nose troslovne nazive koji predstavljaju
skraćenice od imena bakterije iz koje su izolovane. Npr. enzim izolovan iz bakterije E.coli
nosi naziv Eco, enzim iz bakterije Bacillus amyloliqucfacicns je Bam.12
2.6.1. Plazmidi
Plazmidi su mali kružni molekuli dvolančane DNK koji se prirodno nalaze u bakterijama i
ćelijama kvasca, a repliciraju se nezavisno od genoma. Oni često sadrže neke za bakteriju
veoma važne gene, kao što su geni koji obezbjeđuju otpornost na antibiotike. Plazmidi koji se
12
https://www.slideshare.net/MelisaKadric/rekombinantna-dna-92342822
12
koriste kao vektori za kloniranje najčešće su modifikovani tako da najbolje zadovolje potrebe
eksperimentatora. Tipičan plazmidni vektor sadrži:
13
https://www.slideshare.net/MelisaKadric/rekombinantna-dna-92342822
13
2.6.2. Bakteriofag λ
Za kloniranje nešto dužih segmenata DNK kao vektor se najčešće koristi bakteriofag λ. Ovaj
virus može poslužiti kao pogodan vektor zbog toga što se trećina njegovog genoma može
zamjeniti stranom DNK, a da to ne utiče na virulentnost, tj. sposobnost virusa da inficira
bakterijsku stanicu. Genom ovog virusa je linearna DNK molekula u kome su strukturni geni
za protein virusnog omotača smješteni u desnom i lijevom kraju, a sredina virusne DNK se
može za potrebe kloniranja, zamjeniti restrikcionim mjestima za različite enzime. Krajevi
virusnog genoma su jednolančani i bitni za pakovanje virusne DNK u proteinski omotač.
Kada se u genom virusa ugradi ispitivani segment strane DNK, dobijeni hibridni molekul se
može in vitro, pod određenim uslovima spakovati u virusni omotač tako da se dobiju
virulentni virusi koji će prilikom inficiranja bakterije ubaciti svoj genom a time i ispitivani
fragmenti DNK u bakterijsku ćeliju. U ćeliji domaćina replikuje se virusni genom, sintetišu
protein omotača i pakuju nove virusne partikule koje će lizirati bakterijsku ćeliju.14
14
https://www.slideshare.net/MelisaKadric/rekombinantna-dna-92342822
14
2.6.3. Kozmidi
Za potrebe kloniranja velikih fragmenata DNK konstruisani su kozmidi, kao vektori koji
predstavljaju kombinaciju korisnih osobina plazmida i bakteriofaga. Plazmidi sa tzv. cos
mjestima su kozmidi (cos mjesto čini jednočlana DNK od 12 baza, to su kohezivni ili ljepljivi
krajevi, takva mjesta ima u svom genomu fag lambda). To su mali krućni molekuli DNK koji
sadrže replikativni početak plazmida, jedan ili nekoliko markera za selekciju, više različitih
restrikcionih mjesta u koje se može graditi ispitivani fragment DNK i dijelove genoma
bakteriofaga koji su neophodni za in vitro pakovanje u virusni omotač. Kozmidi se u
bakterijama replikuju na sličan način kao plazmidi.15
Stanica kvasca S. cerevisiae ima prirodni plazmid oko 2 mm dužine, pa se takav plazmid
koristi za unos gena. To se radi na sljedeći način: konstruira se bakterijski plazmid sa CEN
(centromer) regijom i izvorom replikacije kvasca i tjelomjernom sekvencom hromozoma
15
https://www.slideshare.net/MelisaKadric/rekombinantna-dna-92342822
15
kvasca. Tako konstruirani plazmid je YAC (Yeast Artificial Chromosome). YAC može nositi
veliki dio strane DNK (250-2000 kb i više, to je vrlo pogodno upravo za eukariotske gene)
koja se prenosi iz generacije u generaciju u stanici kvasca.16
16
https://www.slideshare.net/MelisaKadric/rekombinantna-dna-92342822
16
3. ZAKLJUČAK
17
4. LITERATURA
1. https://www.slideshare.net/MelisaKadric/rekombinantna-dna-92342822
18