ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI

TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN

KHOAHÓA HỌC

TRỊNH THỊ THỦY- K59A Hóa học

SỬ DỤNG PHẦN MỀM OLEX2 ĐỂ GIẢI VÀ TINH CHỈNH

CẤU TRÚC TINH THỂ

Báo cáo nghiên cứu khoa học hệ đại học hệ chính quy.
Ngành: Hóa học.
(Chương trình đào tạo chuẩn).

Hà Nội – 2017

1
 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI
TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN
KHOA HÓA HỌC

TRỊNH THỊ THỦY - K59A Hóa học

SỬ DỤNG PHẦN MỀM OLEX2 ĐỂ GIẢI VÀ TINH CHỈNH

CẤU TRÚC TINH THỂ
Báo cáo nghiên cứu khoa học hệ đại học hệ chính quy
Ngành: Hóa học.
(Chương trình đào tạo chuẩn)

Cán bộ hướng dẫn: TS BÙI THÁI THANH THƯ

Hà Nội – 2017

2
 LỜI CẢM ƠN

Báo cáo nghiên cứu khoa học này được thực hiện tại Bộ môn Hóa lý, Khoa
Hóa học, Trường Đại học Khoa học tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội.
Với lòng biết ơn sâu sắc chúng em xin gửi lời cảm ơn chân thành tới cô giáo
hướng dẫn TS. BÙI THÁI THANH THƯ cùng với sự quan tâm đặc biệt đã giao đề
tài và tạo mọi điều kiện tốt nhất trong quá trình chúng em thực hiện nghiên cứu .
Em cũng xin gửi lời cảm ơn chân thành tới các thầy cô trong bộ môn Hóa Lý
cùng các anh chị đang làm công tác học tập và nghiên cứu trong bộ môn đã quan
tâm giúp đỡ, chỉ bảo, góp ý chúng cho em trong quá trình thực hiện nghiên cứu đề
tài.
Hà Nội, ngày tháng năm 2017
Sinh viên

TRỊNH THỊ THỦY

 MỤC LỤC

LỜI NÓI ĐẦU ............................................................................................................1

CHƯƠNG I: TỔNG QUAN .......................................................................................2
I.1Giới thiệu ............................................................................................................2
I.2-Mô tả phần mềm................................................................................................2
I.2.1-Cách dùng phần mềm .............................. Error! Bookmark not defined.
I.2.2-Các dạng nguyên tử ...................................................................................4
I.2.3- Thiết kế và thực hiện ............................... Error! Bookmark not defined.
I.2.4 – Ngôn ngữ thực hiện ................................... Error! Bookmark not defined.
I.2.5-Giao diện người dùng ................................................................................6
I.2.6-Chức năng ..................................................................................................6
I.2.7-Lịch sử ........................................................................................................6
I.2.8 –Tệp I/O và tệp thao tác ............................... Error! Bookmark not defined.
I.2.9 – Phân tích dữ liệu .....................................................................................7
I.2.10 – Xác định cấu trúc .......................................................................................7
I.2.11 – Phân tích cấu trúc .................................................................................8

CHƯƠNG II: PHƯƠNG PHÁP GIẢI VÀ TINH CHỈNH CẤU TRÚC TINH THỂ
................................................................................Error! Bookmark not defined..8
II.1- Phương pháp hay phần mềm sử dụng : Olex2.................................................9
II.1.1- giải cấu trúc trong Olex2 .........................................................................9

II.1.2 - Tinh chỉnh cấu trúc ........................... Error! Bookmark not defined.
II.2. CÁCH TẠO FILE CIF ....................................... Error! Bookmark not defined.
CHƯƠNG III :MÔ HÌNH HÓA PHÂN TỬ TRONG TINH THỂError! Bookmark
not defined.
III.1- Thông tin về phân tử................................ Error! Bookmark not defined.
 III.2- Mô hình phân tử và khoảng cách của phân tử trong một tinh thể ...... Error!
Bookmark not defined.
CHƯƠNG IV :KẾT LUẬN ......................................................................................20
CHƯƠNG V : TÀI LIỆU THAM KHẢO ................ Error! Bookmark not defined.
 LỜI NÓI ĐẦU
Thế giới ngày càng hiện đại, các ngành khoa học công nghệ càng được coi
trọng hơn. Đòi hỏi sự mới mẻ sáng tạo trong công việc, luôn cần những phần mềm
để hoàn thiện công việc được tốt hơn, đạt hiệu quả cao mà tiết kiệm được thời gian
cũng như chi phí. Đặc biệt trong ngành hóa học, ngoài vận dụng thêm thiết bị máy
móc, kiến thức hóa học cần có thì một cái không thể thiếu là phần mềm hỗ trợ thêm
để mô phỏng các kết quả đo được từ quá trình làm thí nghiệm. Từ đó chúng ta thu
được những tệp thông tin hay hình ảnh, đồ thị,... để người xem khi nhìn vào những
thông số, dữ liệu có thể hiểu đôi phần về đề tài nghiên cứu.

Để mô phỏng cấu trúc của một tinh thể vô cơ hay hữu cơ, có rất nhiều phần
mềm hữu ích nhưng để có độ tin cậy và chính xác cao thì Olex2 sẽ là công cụ tốt, bổ
trợ thêm cho việc giải cấu trúc của một tinh thể có phân tử khối không quá cao và
quá thấp. Phần mềm mới, Olex2 đã được phát triển để xác định, hình dung và phân
tích cấu trúc tinh thể phân tử. Phần mềm này có một giao diện người dùng đồ hoạ
dễ sử dụng và định hướng quy trình làm việc liên tục cũng như các công cụ mới để
phân tích cấu trúc.
Chúng tôi sử dụng Olex2 để giải và tinh chỉnh một phân tử hữu cơ, được định
hướng làm thuốc chống ung thư. Phần mềm Olex2 là phần mềm mới được phát triển
để giải và tinh chỉnh, phân tích cấu trúc tinh thể phân tử. Phần mềm này có một giao
diện đồ họa người dùng rất dễ hiểu vớimục đích cuối cùng là tạo ra một ứng dụng
hữu ích cho cả nhà hóa học và nhà tinh thể học. Dữ liệu đo nhiễu xạ tia X thu được
từ thí nghiệm với đơn tinh thể được đưa vào phần mềm Olex2 để giải và tinh chỉnh
cấu trúc. Vận dụng vào kiến thức hóa học và dựa vào dữ liệu Olex2 cung cấp, sẽ thu
được cấu trúc hoàn chỉnh với độ sai số thấp.
Trong báo cáo này, chúng tôi sẽ trình bày rõ về phần mềm Olex2. Trước tiên
là giới thiệu cho mọi người về Olex2, cùng với giao diện và chức năng cụ thể của
Olex. Tiếp đến là cách dùng và vận dụng để giải, phân tích cấu trúc tinh thể. Cuối
cùng là kết quả thu được. Nhận thấy, dữ liệu Olex2 đưa ra hoàn toàn sát với kết quả
thực nghiệm.

-1-
 Trên cơ sở nghiên cứu đề tài này, từ cấu trúc tinh thể thu được bằng Olex2,
chúng tôi tiếp tục nghiên cứu mật độ điện tích của các nguyên tử trong phân tử,
tương tác nội phân tử, ngoại phân tử giữa các nguyên tử với nhau. Từ đó định
hướng ứng dụng các phân tử nghiên cứu vào các mục đích khác nhau.

-2-
 CHƯƠNG I: TỔNG QUAN
I.1 Giới thiệu
Phần mềm Olex2 là phần mềm mới được phát triển để xác định, biểu diễn và
phân tích cấu trúc tinh thể của phân tử. Phần mềm này định hướng hoạt động một
cách có hệ thống theo một quy trình liên tục và có độ tin cậy cao. Giao diện đồ họa
người dùng rất thuận tiện cho người sử dụng bằng cách sử dụng chuột để giải và
tinh chỉnh cấu trúc tinh thể. Olex2 liên kết tất cả cácquá trình giải cấu trúc, tinh
chỉnh và đăng báo cấu trúc tinh thể thu được trong một quy trình định hướng và liên
tục nhằm tạo ra một công cụ hữu ích cho các nhà hóa học và tinh thể học.

I.2 Mô tả phần mềm

Olex2 cho phép người dùng quan sát hình ảnh ba chiều của cấu trúc phân tử,
cũng như là cung cấp các phương tiện để người dùng có thể thao tác và phân tích
chúng. Olex2 gồm hai phần chính. giao diện đồ họa người dùng (GUI), linh hoạt dễ
sử dụng và thư viện tinh thể học. GUI cung cấp cách truy cập trực quan đến thư
viện tinh thể học. Nó được thiết kế để làm rõ các vấn đề có thể xảy ra với cấu trúc
và thực hiện một cách dễ dàng để làm theo quy trình. Thư viện tinh thể học cung
cấp rất nhiều tính năng cho phần mềm tinh thể học.
Phần mềm này có chứa các bảng, thanh công cụ như sau:
1, Bảng điều khiển giao diện chính gồm: home, works, view, tools, information.
2, Cửa sổ đồ họa
3, Dòng lệnh
4, Tệp

-3-
Hình 1: Hình ảnh mô phỏng các giao diện và tính năng của phần mềm Olex2

I.2.1 Cách dùng phần mềm

Để làm việc với Olex2 thì bạn cần gõ Olex2 hoặc click biểu tượng Olex trên
màn hình làm việc. Khi mở ra thì phần mềm hiện sẵn công thức ví dụ, để làm với
công thức cần nghiên cứu thì phải đóng file công thức mẫu và mở file có đuôi.ins
của công thức cần giải. Trước tiên ta cần click chuột vào “works” thì ở thanh công
cụ này hiện “solution (giải cấu trúc), refinement (tinh chỉnh cấu trúc), report (báo
cáo kết quả)”. Ở “solution” cần chọn chương trình, phương pháp hợp lí để
giải.Người dùng có thể lựa chọn một trong bốn chương trình như là ShelXD,
ShelXS, ShelXT (AmyA. Sarjeant et all 1) hoặc Olex².solve. Khi phần mềm được
mở ra thì chương trình được lựa chọn mặc định là Olex².solve.Sau khi giải được cấu
trúc theo chương trình lựa chọn thì cần ấn « refine » để phần mềm kiểm tra và tinh
chỉnh cấu trúc sao cho phù hợp nhất với kết quả thực nghiệm nhiễu xạ tia X. Và
chúng ta làm lần lượt thứ tự dựa vào các pic mật độ điện tích (electron density
peaks). Các pic có giá trị mật độ điện tích lớn nhất được gán cho các nguyên tử có
nguyên tử khối cao nhất. Sau đó lần lượt đến các nguyên tử có khối lượng nguyên
tử nhỏ hơn. Hoặc trong phân tử có cấu trúc đặc biệt, ví dụ như vòng benzen sẽ dễ

-4-
dàng được nhận ra qua hình ảnh sáu pic mật độ điện tích đều nhau và nằm trên một
phẳng. Trong quá trình giải thì nguyên tử Hidro luôn được gán sau cùng.Do nó có
khối lượng nguyên tử nhỏ nhất nên vị trí của nó cũng khó được cố định nhất và đôi
khi cũng bị nhầm với nhiễu xạ nền của thực nghiệm. Sau khi hoàn thành công thức
thì có thể nhấn « Ok » để phần mềm nhận cấu trúc vừa được giải. Và khi công thức
đã được giải xong hoàn chỉnh thì Olex² sẽ tự động cập nhật và lưu lại kết quả nhận
được.
I.2.2 Các hình dạng nguyên tử
Ta có thể thấy, Olex2 là công cụ rất hữu ích cho các nhà hóa học để tìm ra
công thức hay file chuẩn. Nó cũng giúp chúng ta kiểm tra lại công thức mà mình đã
tìm hay đo được trong quá trình phân tích làm thí nghiệm. Olex2 cung cấp không
gian đồ họa ba chiều của cấu trúc tinh thể. Phần mềm đọc một số thông tin, file hóa
học, định dạng hiển thị cấu trúc trên màn hình. Người dùng có thể tương tác với mô
hình bằng kích chuột hoặc các dòng lệnh. Đây là chương trình ứng dụng tương tác
với đồ họa tăng tốc độ phần cứng. Điều này tạo ra màn hình chất lượng cao và có
thể tùy chỉnh cấu trúc không gian ba chiều trên màn hình. Trên thực tế, có thể dùng
tới tám nguồn ánh sáng đồng nhất cho các đối tượng được hiển thị có thể được đặt
vào các mô hình ánh sáng khác nhau có thể xác định được. Mô hình này cung cấp
cho người sử dụng tương tác để tùy chỉnh các thiếp lập của tất cả đồ họa.
Olex2 cung cấp tất cả các dạng biểu diễn của phân tử: elip, quả bóng, gậy, khung
dây và hình vẽ bao quanh. Bản vẽ dạng elip là bản vẽ mô hình bất đẳng hướng hiển
thị các nguyên tử tỉ lệ thuận với Uios và giúp quan sát các sai sót trong mô hình
hiện tại. Các đại diện mờ của cột đỉnh, mật độ e còn xót lại tỉ lệ thuận với chiều cao
giúp làm nổi bật các nguyên tử bị thiếu.
I.2.3 Thiết kế và thực hiện
Olex2 hoàn toàn tự động và chạy trên windows, macosx leopard và nền tảng
linux. Olex2 được viết bằng ngôn ngữ mở rộng, cung cấp cho người dùng bộ điều
khiển GUI. Nó cho phép người dùng sử dụng phân giải cấu trúc, tinh chỉnh, và tạo
báo cáo sử dụng rõ ràng để dễ dàng làm và tiến hành làm theo công việc. GUI có
thể dễ dàng sửa đổi và mở rộng cho phù hợp với yêu cầu của người dùng. Với tùy

-5-
chọn tự động cập nhật được bật, Olex2 phát triển theo khuôn khổ cho phép cập nhật
GUI trong một thời gian khởi động chương trình. Olex2 được thiết kế như một thư
viện, có thể được sử dụng lại để xây dựng các ứng dụng càng it phụ thuộc càng tốt.
Olex2 sử dụng wxWidgets(2008)(wxWidgest – Cross-Platform GUI library,
http://www.wxwidgets.org(9)) cho GUI. Tuy nhiên, các thư viện bên dưới này được
thiết kế để tránh sự phụ thuộc này. Những thư viện này cung cấp hầu hết API cho
Olex2 và quản lí tập tin tinh thể hoạt động đầu vào đầu ra và các nhiệm vụ liên quan
đến đối xứng.
Chương trình được xây dựng như là một Unicode (unicode consortium (
2008). The unicode standard, http://www.olex2.org(8)) và olex2 GUI có khả năng đa
ngôn ngữ với hỗ trợ trang web.Người dùng quan tâm đến bản dịch của Olex GUI có
thể đăng kí trên trang web olex2 (puschmann, H(2008). The Olex2 Website,
http://www.olex2.org(6) ) cung cấp dịch các cụm từ đã cho vào ngôn ngữ quan tâm.
Thông tin này được cập nhật thường xuyên nhưng không đảm bảo tính nhất quán
hoặc chính xác của bản dịch.
I.2.4. Ngôn ngữ thực hiện.
Cốt lõi của Olex2 được viết bằng C++, trong khi một số chức năng mở rộng
của nó được cung cấp bởi ngôn ngữ lập trình python (python software foundation,
(2008). python programming language, http://www.python.org(7)). Hầu hết các tiện
ích được cung cấp bởi lõi olex2 đều có thể truy cập từ các dòng lệnh cũng như từ
GUI theo các yêu cầu. Thư mục thực thi olex2 và các thư viện bên dưới đưa ra một
số chức năng vào ngôn ngữ lập trình python. Những chức năng này được sử dụng
trong GUI để tương tác với olex2 và chúng cũng cung cấp cơ sở để mở rộng chức
năng trong khi thực hiện đầy đủ lợi thế của python: dễ phát triển, nhanh chóng tạo
mẫu, dễ đọc và tính di động của mã. Ngoài ra, còn có một cơ sở trong olex2 để đăng
kí chức năng python để được gọi vào các sự kiện nhất định (call back- chức năng)
hoặc để lộ cho người sử dụng thông qua giao diện điều khiển / HTML.
Một lớp python cho phép tích hợp hộp công cụ phân tử nhỏ (smtbx) (bourhis
et al- 2007) về xác định cấu trúc và các bước tinh chỉnh vào olex2 GUI.Lớp này
khai thác chức năng của olex2 để truyền dữ liệu giữa olex2 và hộp công cụ phân tử

-6-
nhỏ (smtbx).Olex2 cho thấy mô hình cấu trúc và thông tin liên quan như có sẵn hạn
chế và xử lí nguyên tử cho lớp python, mà làm cho nó dễ kiểm soát, đọc và viết từ
mô hình olex2.
Một ngôn ngữ vĩ mô đơn giản, được thiết kế cho người dùng để phát triển
lệnh điều khiển riêng của họ, cũng được cung cấp. Các lệnh này có thể được sử
dụng từ GUI hoặc truy cập trực tiếp thông qua các dòng lệnh. Người dùng có thể
chỉnh sửa các tệp vĩ mô được cung cấp cho olex2, có thể được người sử dụng dùng
để tùy chỉnh hành vi của các hoạt động nhất định ví dụ như tải tệp, ứng dụng khởi
động, vv... Các tệp vĩ mô này cũng được sử dụng bên trong để đồng bộ hóa các
trạng thái của python, olex2 và GUI , cung cấp một công cụ hữu ích để tham gia vào
các giai đoạn khác nhau của phân giải cấu trúc và tinh chỉnh.
I.2.5 Giao diện người dùng
Cửa sổ chính olex2 bao gồm hiển thị đồ họa và bảng điều khiển HTML có
thể điều chỉnh chiều rộng và chức vụ.Cửa sổ chính cũng có một thanh menu tùy
biến và một bảng điều khiển đầu vào.
Olex2 cung cấp một giao diện điều khiển bằng chuột để tương tác với mô
hình đồ họa cũng như bảng điều khiển để nhập lệnh bằng cách sử dụng bàn
phím.Hầu hết tất cả các lệnh đều điều khiển đều có thể truy cập từ GUI. Cú pháp
đầu vào của dòng lệnh tương tự như chương trình XP (một phần của SHELXTL)
của máy tính, trong khi nó cung cấp nhiều chức năng hơn và linh hoạt hơn thông
qua việc sử dụng chức năng được xây dựng do người dùng xác định và tham chiếu
đến cac đối tượng đồ họa thông qua việc lựa chọn.
GUI được điều chỉnh theo các phần mềm tinh thể khác đã biết đươc cài đặt
trên hệ thống và cho phép người sử dụng lựa chọn bất kì phần mềm cụ thể nào cho
các giai đoạn giải và tinh chỉnh cấu trúc. Tất cả các thông số mặc định của chương
trình này có thể được kiểm tra và sửa đổi, bất kì thông tin trợ giúp có liên quan nào
cũng được cung cấp khi cần thiết.
I.2.6.Chức năng

-7-
 Olex2 là một công cụ toàn diện để thực hiện phân tích cấu trúc tinh thể phân
tử nhỏ. Theo 3 bước (giải cấu trúc, tinh chỉnh, viết báo cáo), ngoài ra còn một số
công cụ khác hỗ trợ phân tích cấu trúc.
I.2.7.Lịch sử
Một số tính năng mở rộng vủa olex2 bao gồm lịch sử ghi lại tất cả các giải
pháp giải cấu trúc và tinh chỉnh, cung cấp phản hồi trực quan về các yếu tố R có
liên quan. Mô đun lịch sử tạo điều kiện dễ dàng chuyển đổi giữa các giải pháp của
cấu trúc khác nhau và các bước tinh chỉnh.
Trong một file CIF (tệp thông tin tinh thể, Hall, 1991), mô đun siêu dữ liệu
trong Olex² GUI, có chữa dữ liệu thu hoạch được và tạo báo cáo. Mô đun này phân
tích tệp cấu trúc thư mục và trích xuất thông tin . Và ngay sau đó thông tin sau này
được sử dụng để giải quyết các mục còn thiếu trong file CIF. Siêu dữ liệu GUI cung
cấp cho người dùng kiểm soát toàn diện để nhập dữ liệu vào CIF. Thông tin này
cũng như dữ liệu thu thập được lưu trữ nội bộ và CIF được cập nhật mỗi khi mình
thực hiện xong các bước thì báo cáo được tạo thành. Để chắc chắn rằng thông tin
cung cấp bởi người sử dụng là không bị mất sau khi giải và tinh chỉnh cấu trúc.
I.2.8.Tệp I/O và tệp thao tác.
Phần mềm có thể nhập và xuất dữ liệu cấu trúc thông qua một số định dang
tập tin tinh thể (các tệp SHELXL, CIF, MDL, MOL, PBD, XYZ, XD ) , tạo ra cấu
trúc nếu cần thiết, sản xuất hình ảnh đầu ra và cung cấp cấu trúc để báo cáo.
I.2.9.Phân tích dữ liệu
Người dùng có thể mở một P4P (định dạng tập tin độc quyền bruker AXS,
tập tin có chứa chi tiết dữ liệu như kích thước tế bàođơn vị, đơn vị bất đối xứng,
nhiệt độ thu thập dữ liệu và bước sóng bức xạ được sử dụng. File HKL hay tập tin
chứa dữ liệu thô (cung cấp kích thước ô mạng đã được đưa ra) để Olex xác định
nhóm cấu trúc không gian. Nếu việc xác định nhóm cấu trúc không gian cho một
kết quả thì Olex có thể giải cấu trúc một cách tự động và đưa ra kết quả cuối cùng
cho nguoif dung.Nếu không người dùng có thể dựa vào hiểu biết của mình để lựa
chọn nhóm cấu trúc không gian thích hợp để nhập vào chương trình và giải cấu
trúc.

-8-
Việc xác định nhóm không gian thực hiện trong olex2 là sự dụng phân tích có hệ
thống và sáp nhập số liệu thống kê bổ sung bởi số liệu thống kê Wilson (1994) để
xác định trung tâm đối xứng.
I.2.10. Xác định cấu trúc
Hiện tại Olex2 có rất nhiều tính năng, hỗ trợ cho các chương trình giải cấu
trúc.Phần mềm cũng hướng tới chương trình giải cấu trúc có sẵn khác như SIR 97.
Ngoài việc tinh chỉnh dựa trên hộp công cụ phân tử nhỏ (smtbx), Olex2 cũng hỗ trợ
chương trình tinh chỉnh SHELXL. Olex2 cung cấp công cụ đầu ra của tinh chỉnh
trên màn hình, cũng giống như công cụ để làm việc với mô hình, hạn chế các thông
số, rối loạn mô hình, và thực hiện phân tích cấu trúc. Mô đun tinh chỉnh cung cấp
cơ chế hoàn toàn minh bạch và chính xác.
I.2.11.Phân tích cấu trúc
Các khả năng phân tích cấu trúc bao gồm tính toán, hình ảnh và các bản đồ
fourier. Khác nhau kiểu vẽ, chẳng hạn như chiếu hai chiều hay ba chiều lên bản vẽ
hay bề mặt có sẵn.Các công cụ khác bao gồm sự kết hợp và khớp nối đoạn.Các sắp
xếp hoạt động tự do cho các mảnh với cùng một kết nối hoặc có thể được điều
khiển tương tác bởi người dùng. Một số công cụ và phương pháp có sẵn cho cơ cấu
phát triển cấu trúc.Các chức năng tiêu chuẩn khác bao gồm tính toán khoảng cách
và các góc giữa các nguyên tử.Công cụ tính toán thành phần phân tử và sự phân bố
mẫu đồng vị của cấu trúc hiện tại hoặc công thức được cung cấp đều có trong Olex2.
Olex2 là phần mềm tính toán hữu ích và cung cấp nền tảng cho các phương
tiện tinh chế của phân tử.Quan trọng nhất của chúng là một hộp công cụ toàn diện
và mạnh mẽ để xử lí các đối xứng tinh thể hỗ trợ mọi nhóm không gian trong bất kì
cài đặt nào.Một hộp công cụ quan trọng khác là hộp eltbx, nó liên quan đến tính
toàn về tán xạ cho bất kì nguyên tử hay ion nào hoặc bước sóng bất kì nào có thể
gặp phải trong thực tế.

-9-
 CHƯƠNG II: PHƯƠNG PHÁP GIẢI VÀ CẤU TRÚC TINH CHỈNH
II.1. Phần mềm sử dụng: Olex2
Olex2 là một chương trình đồ họa phân tử.Sử dụng phần mềm để giải cấu
trúc tinh thể phân tử nhỏ, tìm ra những công thức mong muốn.
Để giải được cấu trúc mà mình cần thì chúng ta cần phải thiết lập nên file có đuôi là
ins(filename.ins).Dữliệuđonhiễuxạtia X thuđượctừthínghiệmvớiđơntinhthểđượcđưa
vàophầnmềmOlex2đểgiảivàtinhchỉnhcấutrúc.Sau đó chọn mở với Olex².
II.1.1 Giải cấu trúc trong Olex²
1.Khi bạn có “filename.ins” trong olex2 thì kích chuột vào tab “work” (làm việc).
2.Nhấn V bên phải từ “Solve”
3.Điều này dẫn đến biểu tương của “Solve” GUI như ở trong hình. Nhấn vào tiêu đề
màu xám để mở rộng các phần.
4.Phần trên cùng của “Solve” GUI cho bạn chọn phương pháp, chương trình, tệp
(hkl) mà bạn đang sử dụng. Thành phần hóa học, giá trị Z,Z’ và ước tính khối lượng
nguyên tử của bạn cũng được hiển thị.(Z: số phân tử trong một ô mạng cơ sở; Z’: là
số phân tử trong một đơn vị bất đối xứng).

- 10 -
Hình 2: Cửa sổ giải cấu trúc phân tử

Nhấn “Solve” để bắt đầu chương trình giải cấu trúc. Lúc này trên màn hình
máy tính sẽ hiện ra một loạt các pic mật độ điện tích (pic Q) chưa đặt tên sắp xếp
không theo một trình tự nhất định.Các pic được hiển thị như quả cầu.Có thể nhấn
chuột phải kết hợp di chuyển chuột để thu nhỏ hay phóng to hình ảnh này. Để làm
việc với nó ta cần kích vào mục “infor”(thông tin) rồi chọn “electron density
peaks”(pic mật độ điện tích) để xem giá trị mật độ điện tíchtương ứng với từng pic.
Khi đó các “peaks Q” được sắp xếp theo giá trị từ cao xuống thấp. Kích chuột vào
“label” để hiện vị trí các pic Q.Kết hợp thêm kiến thức về hóa học với các giá trị
mật độ điện tích của pic để gán các tên nguyên tửcho là đúng vào các pic Q trên
màn hình.

- 11 -
Hình 3: Pic mật độ điện tích khi mới bắt đầu giải

Chất cần phân tích là một hợp chất hữu cơ, có khả năng là thuốc chống ung
thư.Đang được nghiên cứu thêm về hoạt tính và để hiểu rõ hơn cấu trúc cũng như
tính chất của phân tử này.
Nhấn vào “label” để hiện tên các đỉnh Q, và dựa vào thông tin của đỉnh và
màu sắc của nguyên tử gán tên vào nguyên tử đó. Có thể dựa vào màu đậm thì ta
nhận diện được đó là lưu huỳnh(S).Vì trong số các nguyên tử có thể có trong công
thức chất thì S có khối lượng nguyên tử lớn nhất. Và dựa vào sự sắp xếp 6 pic mật
độ điện tích theo vòng cùng nằm trên một mặt phẳng thì có thể cho rằng đó là vòng
benzen. Cứ tiếp tục làm như vậy. Sau đó nhấn tinh chỉnh “refine” để phần mềm
chỉnh sửa và phát hiện lỗi sai cho người dùng.

Khi nhìn vào mô hình điện tích sẽ tìm nguyên tử có phân tử khối cao trước
rồi lần lượt đến phân tử thấp hơn.Ở công thức này thì ta làm với S, rồi đến O, N, C.
Và H thì gán cuối cùng.Chúng ta cần tạo dựng khung chính (các nguyên tử có khối
lượng phân tử lớn) của cấu trúc phân tử trước.

- 12 -
Hình 4: khung của cấu trúc tinh thể

Khi được khung hoàn chỉnh thì tiến hành gán nguyên tử hidro. Do nguyên tử
hydro có khối lượng phân tử nhỏ nhất nên vị trí không cố định hoặc cũng có thể
nhầm với nhiễu xạ nền.
Để thêm H có thể nhấn nút “add H” ở thanh công cụ. Khi đó nguyên tử H
được tự động thêm vào cấu trúc.Ngoài ra có thể làm lần lượt chọn từng nguyên tử
rồi gán cho đó là hidro sau đó ấn “refine” để kiểm tra.

Hình 5: Màn hình làm việc của quá trình thêm Hidro.

- 13 -
Hình 6: Cấu trúc phân tử sau khi thêm Hidro

Sau khi giải được cấu trúc tinh thể ta cần tinh chỉnh lại cấu trúc cho hoàn
thiện.

II.1.2 Tinh chỉnh cấu trúc.

1. Trong cửa sổ tinh chỉnh (refine) sẽ nhìn thấy danh sách chương trình và
phương pháp như cửa sổ “solution”. Ngoài ra, hộp công cụ(toolbox), lịch sử
(history), lựa chọn (select), đặt tên (naming),... vẫn có mặt. Các thanh công
cụ trong cửa sổ này có cùng chức năng như trong cửa sổ slove. Olex2 chỉ tập
trung vào việc sử dụng các chương trình tinh chỉnh tinh chỉnh XL, và
phương pháp tinh chỉnh Least Squares (bình phươngtối thiểu).
2. Để điều chỉnh mô hình, việc trước tiên làm là gán bất kì đỉnh Q đại diện cho
các nguyên tử trong cấu trúc. Có một số cách để làm điều này trong olex2:
a. Kích chuột vào toolbox work, chọn chữ i thứ hai như trong hình để chọn tất
cả các đỉnh Q muốn gán cho một loại nguyên tử nào đó và nhấn nút tương
ứng với loại nguyên tử trong cửa sổ toolbox. Ví dụ “tên C” đặt tên cho

- 14 -
 nguyên tử cacbon, hay “tên S” đặt tên cho nguyên tử lưu huỳnh...

Hình 7: Màn hình làm việc của quá trình gán tên nguyên tử
b. Kích chuột vào nguyên tử muốn gán trong cửa sổ toolbox, nhấp Q tương ứng
trong cửa sổ đồ họa. Muốn thoát khỏi chế độ“name” thì ấn “Esc”.
3. Khi thay đổi mô hình, olex2 tự động lưu các thay đổi. Nếu thực hiện sai quá
trình, thử nhấn “Ctrl-Z” để quay trở lại. Sau khi các nguyên tử được phân
đúng cách sẽ đi tinh chỉnh mô hình cấu trúc. Bằng cách nhấn “refine” để bắt
đầu kiểm tra lại hoặc có thể nhấn “Ctrl- R” để bắt đầu refine.
4. Ngoài ra để muốn biết thêm thông tin khi làm nhấn vào biểu tượng “i” ở đầu
các thông số.
5. Khi “refinement” xong thì olex2 tự động lưu lại công thức và kết quả đo
được sau cả hai quá trình “solution” and “refine”. Công thức đạt hiệu quả tốt
nhất khi độ sai số “R” nhỏ hơn 5%, và độ tin cậy hay hoàn thiện là khoảng 1
“ Goof = 1.001”. Khi đó cấu trúc mình giải được là tối ưu và gần như chính
xác nhất. Thu được các giá trị gần đúng so với kết quả thực nghiệm, sai số
thấp và độ tin cậy cao.
6. Cuối cùng, khi giải xong, có được công thức chuẩn rồi thì chọn kiểu dạng
của phân tử, ví như như hình elips hay là hình gậy và quả bóng,.. rồi nhấn
ok. Olex2 tự động lưu lại file. Sau đó chọn mô hình hóa phân tử dạng bất
đẳng hướng.

- 15 -
 Hình 8: Hướng dẫn chọn mô hình bất đối xứng

II.2. Cách tạo file CIF

Khi kết thúc tinh chỉnh cấu trúc, sẽ cần phải tạo ra một file CIF hoàn thành.
Các tờ báo, tạp chí IUCr (Acta Crystallographica) yêu cầu thông tin được gửi như
một file CIF. Các tạp chí khác yêu cầu file CIF như công cụ hỗ trợ thông tin. Có
một số chương trình phần mềm tự do có sẵn có thể giúp chỉnh sửa file CIF để xuất
bản trong Acta Cryst. Olex2 sẽ giúp chuẩn bị file này một cách tốt nhất, tuy nhiên
vẫn cần phải chỉnh sửa bằng tay nếu bạn muốn gửi như một bài báo hoàn chỉnh.
1. Để chuẩn bị file CIF , nhấn biểu tượng V bên cạnh báo cáo “report”
2. Mở rộng tab“Source files” ở dưới cùng của bảng điều khiển. Chọn mở các
file pcf và p4p đã được hiển thị. Nhấp vào biểu tượng thư mục để chọn một
tập tin khác nếu cần.
3. Mở file pcf bằng cách nhấp biểu tượng thư mục ở trên cùng của Olex2. Một
cửa sổ khác sẽ được mở ra trong thư mục. Kích chuột vào file pcf để mở nó
trong phần trình soạn văn bản.
4. Mở rộng tab “Absorption Correction”, chọn phương pháp để hiệu chỉnh sự
hấp thụ của các nguyên tố với tia X.
a. Trong hộp có nhãn “Abs type” chọn “numerical” từ trong menu.
b. Chọn thông tin cho cách hiệu chỉnh hấp thụ
c. Điền giá trị abs Tmax/Tmin ở trong file pcf

- 16 -
 Hình 9: Màn hình của quá trình tạo file CIF
5. Mở rộng tab “diffraction”
a. Dưới Diffractometer, điền tên máy đo nhiễu xạ tia X (Bruker D8 Quest)
b. Đối với file “difinition” nhấn vào liên kết và chọn tập tin thích hợp cho việc
thu thập dữ liệu của bạn:
- moly.cif nếu sử dụng bức xạ MoKα ở hệ thống.
- DuoCu.Cif nếu sử dụng các nguồn trên Duo.
- prospector.cif nếu đã sử dụng prospector.
6. Một khi đã thêm tất cả thông tin, bấm vào nút “merge cif”. Điều này sẽ tập
hợp trong tệp tin CIF tạo ra từ mục tinh chỉnh.Lưu ý: nếu chạy bằng phần refine
khác thì nó sẽ ghi đè lên file CIF và sẽ phải bấm nút “merge CIF” một lần nữa.
7. Olex2 sẽ bật lên một trình soạn thảo văn bản với tệp CIF trong đó. Có thể di
chuyển qua các tệp tin để đảm bảo chắc chắn rằng các giá trị thích hợp đã được
bao gổm trong đó.
8. Quay trở lại với Olex2, nhấp vào “Get checkCIF report”. Thao tác này sẽ giúp
kiểm tra lại các lỗi sai trong file CIF.

- 17 -
 Lưu ý : CheckCIF không tực cập nhật như IUCr CheckCIF đã có sẵn trên
trang web
9. Một khi file CIF đã hoàn tất, có thể sử dụng nó để làm cho các loại báo cáo
như : Acta Cryst, hoặc sử dụng để báo cáo trong olex2.

Hình 10: File CIF

CHƯƠNG III: MÔ HÌNH HÓA PHÂN TỬ TRONG TINH THỂ

III.1: Thông tin về phân tử
Sau quá trình solution và refine, phần mềm sẽ đưa ra các thông số hay thông
tin cụ thể về cấu trúc tinh thể vừa giải. Cấu trúc tinh thể thu được có dạng đơn tà.
Trong tinh thể có một trục xoay bậc 2 đi qua tâm đối xứng.
C18H17NO4S
P21/n
a = 8.0277(4) Ǻ
b = 18.8459(9) Ǻ
c = 10.8812(5) Ǻ
α = 90◦
ᵝ = 100,7699(19)◦

ᵞ = 90◦

- 18 -
Z=4
Z’ = 1
V = 1617,21(13) Ǻ3
R1 = 3.02% ( sai số )
Max peak = 0.4 ( mật độ đỉnh cao nhất )
Min peak = -0.3 (mật độ đỉnh thấp nhất )
Goof = 1.001 (độ tin cậy )
Complete = 100 %
I/σ = 76.9 (I: cường độ của pic nhiễu xạ ; σ : sai số )
Dmin = 0.75

Hình 11: Các thông tin đánh giá quá trình giải và tinh chỉnh cấu trúc
IV.2 Mô hình phân tử và khoảng cách của phân tử trong một tinh thể.
Để biểu diễn cấu trúc tinh thể phân tử trong không gian ba chiềucó thể dùng
phần mềm mercury. Đây là phần mềm cung cấp hoàng loạt các công cụ để quan sát
cấu trúc 3D và thống kê phân tích dữ liệu. (hình ảnh minh họa )
Mercury cung cấp hàng loạt các lựa chọn để hỗ trợ và phân tích cấu trúc tinh
thể. Tạo các sơ đồ, xác định và quan sát các mặt mạng hkl. Xây dựng khám phá các
mạng lưới phân tử để hiểu rõ hơn về điểm mạnh điểm yếu của cấu trúc xác định
tương tác trong phân tử. Mercury cho phép :
- Hiển thị các yếu tố đối xứng không gian

- 19 -
- Tính toán và hiển thị lỗ trống dựa trên bề mặt tiếp xúc
- Tính toán khoảng cách của các tương tác mạnh trong cấu trúc tinh thể.

Hình 12:Mô hình phân tử của hợp chất thuốc trong một ô mạng cơ sở
a. Tính khoảng cách các nguyên tử trong một phân tử
Kết quả đo khoảng cách giữa các nguyên tử trong phân tử được thể hiện
trong bảng dưới đây
Bảng 1:
STT Nguyên tử 1 Nguyên tử 2 Chiều dài
1 C19 C17 1.380
2 C14 C7 1.389
3 C21 C16 1.399
4 H18 C18 0.95
5 C23 C24 1.507
6 O3 N6 1.234
7 N6 C20 1.468
8 S1 C11 1.755
9 C15 O2 1.365
10 O4 C16 1.363

- 20 -
Qua bảng trên ta nhận thấy, khoảng cách các nguyên tử phù hợp lý thuyết cấu tạo
các phân tử hóa học. Khoảng cách giữa các nguyên tử Cacbon trong vòng benzen là
khoảng 1,39Å. Chiều dài của liên kết S1 – C11 là 1.7551, O4 – C16 là 1.3631, C18 –
H18 là 0.952

Hình 13: Chiều dài liên kết nội phân tử

b. Tính khoảng cách các nguyên tử giữa các phân tử
Chiều dài của tương tác giữa các nguyên tử của hai phân tử khác nhau nhỏ hơn
tổng bán kính Van der Waals của nó được biểu diễn trong bảng sau :
Bảng 2: Chiều dài của các tương tác ngoại phân tử
STT Nguyên tử 1 Nguyên tử 2 Khoảng cách
(Å)
1 S1 S1 3,3514
2 O5 H24 2,6401
3 C9 C3 3,3119

- 21 -
Hình 14: chiều dài liên kết ngoại phân tử
Các tương tác ngoại phân tử là cơ sở của sự liên kết trong tinh thể. Các tương
tác quan sát được trong cấu trúc này là S···S, O···H, C···H với chiều dài tương tác
lần lượt là 3.3514; 2.6401; 3.3119.

CHƯƠNG IV: KẾT LUẬN

Dựa vào các kết quả nghiên cứu thu được trong báo cáo có thể rút ra kết luận
sau:
1. Olex2 là phần mềm đáng tin cậy, đưa ra được con số dữ liệu phù hợp với kết
quả thực nghiệm.
2. Có thể dùng Olex2 để phân giải và tinh chỉnh cấu trúc tinh thể cả hợp chất vô
cơ và hữu cơ có phân tử khối không quá cao hoặc quá thấp.
3. Olex2 giúp mọi người hình dung được cấu trúc không gian ba chiều của phân
tử và biết thêm được các tương tác nội phân tử trong hợp chất để từ đó hiểu
sâu hơn về tính chất của hợp chất đang được nghiên cứu.

Triển vọng của báo cáo

- 22 -
 Từ cấu trúc tinh thể phân tử thu được bằng phần mềm Olex², chúng tôi sẽ
tiếp tục nghiên cứu về mô hình mật độ điện tích của các nguyên tử trong phân tử.
Trên cơ sở đó nghiên cứu về tương tác nội phân tử, ngoại phân tư giữa các nguyên
tử với nhau, cũng như tính toán được năng lượng liên kết, tương tác giữa các
nguyên tử này.Từ đó định hướng ứng dụng các phân tử nghiên cứu vào các mục
đích và môi trường xác định một cách hiệu quả.

CHƯƠNG V: TÀI LIỆU THAM KHẢO

Tiếng việt
1. GS.Phạm Văn Tường, “vật liệu vô cơ”, NXB Đại học quốc gia Hà Nội
2007,tr 67-93
2. Trịnh Hân, Ngụy Tuyết Nhung, « Cơ sở hóa học tinh thể », NXB Đại học
Quốc gia Hà Nội.
Tiếng anh
3. AmyA. Sarjeant, Department of Chemistry Nothwestern University,
Evanston IL
4. Altomare, A., Burla, M. C., Camalli, M., Cascarano, G. L., Giacovazzo,
C., Guagliardi, A., Moliterni, A. G. G., Polidori, G. &Spagna, R. (1999). J.
Appl. Cryst. 32, 115-119.
5. Bourhis, L. J., Grosse-Kunstleve, R. W. & Adams, P. D. (2007). IUCr
Commission on Crystallographic Computing Newsletter, No. 8, pp.74-80.
http://www.iucr.org/resources/commissions/crystallographic-
computing/newletters/8.
6. Puschmann, H. (2008). The OLEX2 website, http://www.olex2.org.
7. Python Software Foundation (2008). Python Programming Language,
http://www.python.org.
8. Unicode Consortium (2008). The Unicode Standard,
http://www.unicode.org.
9. wxWidgets (2008). wxWidgets – Cross-Platform GUI Library,
http://www.wxwidgets.org.
10. larke, R., Latham, k., Rix, C., Hobday, M. & White, j.(2005)
CrystErgcomm, 7, 28-36

- 23 -
11. fabbrizza, L., Poggi, A., eds.Intransition Metals in supra – molecular
chemistry; VCH, 1994.
12. A Database Survey of Molecular and Crystallographic Symmetry
E. Pidcock, W. D. S. Motherwell, J. C. Cole, Acta Cryst., B59, 634-640,
2003.
13. CSDSymmetry: the definitive database of point group and space group
symmetry relationships in small- molecule crystal structures
J. W. Yao, J. C. Cole, E. Pidcock, F. H. Allen, J. A. K. Howard, W. D. S.
Motherwell, Acta Cryst., B58, 640-646, 2002.
14. Mercury - Crystal Structure Visualisation, Exploration and Analysis Made
Easy.

- 24 -