Solutions for Practice Problems for Molecular Biology, Session 2: DNA Replication

Question 1

ATP *

a) Box the part that is added to a growing chain of nucleic acid.

b) Star the atom(s) that can form a hydrogen bond with the complementary nitrogenous base.

c) Circle the part of the molecule that decreases the stability of RNA as compared to DNA.

d) Draw an arrow to the part of this molecule that you would modify to prevent further elongation. Indicate what
change you would make next to the arrow drawn.

Question 2

Consider the following origin of replication that is found on a chromosome. The sequence of region 1 is shown.

top
5’ 3’
ori
3’ 5’
bottom
Region
1
Region 1: 5’…CTGACTGACA…3’
3’…GACTGACTGT…5’

a) Within Region 1, which strand will be the template for leading strand synthesis, the top or the bottom?
The bottom strand will be the template for leading strand synthesis.

b) If we assume that a lagging strand fragment is made from region 1, what will be its sequence?
5’ TGTCAGTCAG 3’
c) You have a mutant DNA polymerase that is partially defective. In vitro experiments using the mutant DNA
polymerase gives an error rate of 10 -3, as compared to the expected error rate of 10 -6. Which of the following
activities is the mutant polymerase likely to be missing, as compared to the normal polymerase? Circle all that
apply.
5’3’ polymerase 3’5’ exonuclease
5’3’ exonuclease 3’5’ polymerase
5’3’ recombinase 3’5’ recombinase

Question 3

Shown below is a schematic of replicating DNA in a bacterial cell.

S
To it
p A e
stra A A
nd C
5’ G A 3’
S A
3’ Bot it C
5’
to e G
m B
stra
nd
Region 1 Origin Region 2

a) On the diagram, label the 5’ and the 3’ ends of the parental DNA strands.

b) Which parental DNA strand (top or bottom) serves as a template for the synthesis of the leading strand in
Region 2?
Bottom strand

c) To which site (A, B, or both) can the primer 5’ UUGC 3’ bind?

Site B

d) The replication of which strand (top, bottom, or both) in Region 2 would be affected in the absence of RNA
primase? Assume that replication has not yet initiated on either strand. Explain.
Both. DNA polymerase is a primer dependent enzyme, it needs a single RNA primer for the leading strand
synthesis and multiple primers for the lagging strand synthesis.

e) You perform DNA replication in a test tube (in vitro) using a single-stranded linear DNA as the template and the
appropriate DNA primer. From the list below, circle the proteins that are required for one round of replication.

Primase DNA polymerase Ribonuclease Topoisomerase Ligase Helicase

f) Why does the DNA of a eukaryotic cell require multiple origins of replication when some prokaryotic cell
genomes have only one origin of replication?
The eukaryotic genomes are much larger than the prokaryotic genomes. Having multiple origins of replication
allows replication to start simultaneously at multiple regions and reduces the total time required for the whole
genome to replicate.

g) The “leading strand” terminology refers to the fact that this strand is the first daughter DNA strand to be
completed from a given replication fork. Explain why the leading strand is completed before the lagging strand.
The leading strand is made continuously from 1 primer whereas the lagging strand is made in many smaller
fragments. This requires that DNA polymerase attach to the template many times, which is the rate-limiting step
in polymerization. In additional, each fragment needs to have the RNA primer replaced with DNA and
phosphodiester bonds must be formed between each fragment by DNA ligase.
 h) Which of the following statements is true?
a. DNA polymerase moves along the template strand in the 3’ to 5’ direction.
b. DNA polymerase requires a primer to initiate replication.
c. DNA polymerase forms a covalent bond between a phosphate group and a hydroxyl group.
d. Polymerization of DNA for both the lagging and the leading strands is in the 5’ to 3’ direction.
e. Shortly after DNA replication has begun, you find two replication forks moving in opposite directions
away for the Origin of Replication.
f. All of the above statements are true.
e. None of the above statements are true.

Statement f. All of the above statements are true

TRANSLATE

2. a) Dalam Wilayah 1, untai manakah yang akan menjadi template untuk sintesis untai
terkemuka, atas atau bawah?
Untai bawah akan menjadi template untuk sintesis untai terkemuka.
b) Jika kita mengasumsikan bahwa fragmen untai tertinggal dibuat dari wilayah 1, apa
urutannya? 5 'T G T C A G T C A G 3'
c) Anda memiliki DNA polimerase mutan yang sebagian rusak. Eksperimen in vitro
menggunakan DNA polimerase mutan memberikan tingkat kesalahan 10-3, dibandingkan
dengan tingkat kesalahan yang diharapkan 10-6. Manakah dari aktivitas berikut ini yang
kemungkinan besar akan hilang dari polimerase mutan, dibandingkan dengan polimerase
normal? Lingkari semua itu menerapkan.

Question 3
a) Pada diagram, beri label ujung 5 'dan 3' dari untaian DNA induk.

b) Untai DNA induk manakah (atas atau bawah) yang berfungsi sebagai templat untuk
sintesis untai utama di Wilayah 2?
Untai bawah

c) Di situs mana (A, B, atau keduanya) primer 5 ’UUGC 3’ dapat diikat?

Situs B

d) Replikasi untai mana (atas, bawah, atau keduanya) di Wilayah 2 yang akan terpengaruh
jika tidak ada RNA primase? Asumsikan bahwa replikasi belum dimulai pada salah satu untai.
Menjelaskan.
Kedua. DNA polimerase adalah enzim yang bergantung pada primer, ia membutuhkan primer
RNA tunggal untuk sintesis untai utama dan banyak primer untuk sintesis untai tertinggal.

e) Anda melakukan replikasi DNA dalam tabung reaksi (in vitro) menggunakan DNA linier
beruntai tunggal sebagai templat dan primer DNA yang sesuai. Dari daftar di bawah, lingkari
protein yang diperlukan untuk satu putaran replikasi.

Primase Ribonuclease Topoisomerase Ligase Helicase

f) Mengapa DNA sel eukariotik memerlukan banyak asal replikasi ketika beberapa genom sel
prokariotik hanya memiliki satu asal replikasi?
Genom eukariotik jauh lebih besar daripada genom prokariotik. Memiliki beberapa asal
replikasi memungkinkan replikasi dimulai secara bersamaan di beberapa wilayah dan
mengurangi total waktu yang diperlukan untuk replikasi seluruh genom.

g) Terminologi "untai utama" mengacu pada fakta bahwa untai ini adalah untai DNA anak
pertama yang diselesaikan dari garpu replikasi yang diberikan. Jelaskan mengapa untai
terdepan diselesaikan sebelum untai tertinggal. Untai utama dibuat terus menerus dari 1
primer sedangkan untai tertinggal dibuat dalam banyak fragmen yang lebih kecil. Ini
mengharuskan DNA polimerase menempel pada cetakan berkali-kali, yang merupakan
langkah pembatas laju dalam polimerisasi. Sebagai tambahan, setiap fragmen harus memiliki
primer RNA yang diganti dengan DNA dan ikatan fosfodiester harus dibentuk di antara setiap
fragmen dengan DNA ligase.

h) Manakah dari pernyataan berikut yang benar?

a. DNA polimerase bergerak di sepanjang untai cetakan dalam arah 3 'sampai 5'.
b. DNA polimerase membutuhkan primer untuk memulai replikasi.
c. DNA polimerase membentuk ikatan kovalen antara gugus fosfat dan gugus hidroksil.
d. Polimerisasi DNA untuk untaian lagging dan untai utama dalam arah 5 'sampai 3'.
e. Tak lama setelah replikasi DNA dimulai, Anda menemukan dua garpu replikasi bergerak
berlawanan arah menuju Origin of Replication.
f. Semua pernyataan di atas benar.
e. Tak satu pun dari pernyataan di atas benar.

Pernyataan f. Semua pernyataan di atas benar